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peptides HS1 Unique peptides HS2 Unique peptides HS3 Unique peptides Recovery1 Unique peptides Recovery2 Unique peptides Recovery3 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Q-value Score Identification type control1_1 Identification type control1_2 Identification type control1_3 Identification type control2_1 Identification type control2_2 Identification type control2_3 Identification type HS1 Identification type HS2 Identification type HS3 Identification type Recovery1 Identification type Recovery2 Identification type Recovery3 Sequence coverage control1_1 [%] Sequence coverage control1_2 [%] Sequence coverage control1_3 [%] Sequence coverage control2_1 [%] Sequence coverage control2_2 [%] Sequence coverage control2_3 [%] Sequence coverage HS1 [%] Sequence coverage HS2 [%] Sequence coverage HS3 [%] Sequence coverage Recovery1 [%] Sequence coverage Recovery2 [%] Sequence coverage Recovery3 [%] Intensity Intensity control1_1 Intensity control1_2 Intensity control1_3 Intensity control2_1 Intensity control2_2 Intensity control2_3 Intensity HS1 Intensity HS2 Intensity HS3 Intensity Recovery1 Intensity Recovery2 Intensity Recovery3 iBAQ iBAQ control1_1 iBAQ control1_2 iBAQ control1_3 iBAQ control2_1 iBAQ control2_2 iBAQ control2_3 iBAQ HS1 iBAQ HS2 iBAQ HS3 iBAQ Recovery1 iBAQ Recovery2 iBAQ Recovery3 LFQ intensity control1_1 LFQ intensity control1_2 LFQ intensity control1_3 LFQ intensity control2_1 LFQ intensity control2_2 LFQ intensity control2_3 LFQ intensity HS1 LFQ intensity HS2 LFQ intensity HS3 LFQ intensity Recovery1 LFQ intensity Recovery2 LFQ intensity Recovery3 MS/MS Count control1_1 MS/MS Count control1_2 MS/MS Count control1_3 MS/MS Count control2_1 MS/MS Count control2_2 MS/MS Count control2_3 MS/MS Count HS1 MS/MS Count HS2 MS/MS Count HS3 MS/MS Count Recovery1 MS/MS Count Recovery2 MS/MS Count Recovery3 MS/MS Count Only identified by site Reverse Potential 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protein 28; MLP-like protein 28; MLP-like protein 28; MLP-like protein 28 5 3 2 2 2 2 2 2 3 2 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 13.5 9.7 9.7 32.277 288 288;335;173;201;249 0 4.1158 By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 8.7 8.7 8.7 8.7 13.5 8.7 13.5 8.7 8.7 8.7 8.7 8.7 24760000 688450 794840 874190 1567400 1247900 589090 12915000 2017500 2737500 456240 475210 397270 1456500 40497 46755 51423 92201 73404 34653 759680 118670 161030 26838 27953 23369 0 0 0 0 1240000 0 3392100 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 0 3 1 1 0 1 2 12 34 5237;5239;14161 True;True;False 5247;5249;14181 43153;43154;43155;43173;43174;43175;43176;43177;43178;43179;43180;43181;43182;43183;43184;117904;117905;117906;117907;117908;117909;117910;117911;117912;117913;117914;117915;117916;117917;117918 30731;30732;30733;30751;30752;30753;30754;30755;30756;30757;30758;30759;84106;84107;84108;84109;84110;84111;84112;84113;84114;84115 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.1 22.3 18.5 15.6 17.9 14.5 16.5 18.2 12.2 20.4 20.1 16.8 374730000 20470000 39929000 34745000 38583000 23080000 20326000 64164000 26136000 18700000 28755000 34472000 25371000 4117900 224940 438780 381810 423990 253630 223360 705100 287210 205490 315990 378810 278810 22829000 27682000 25605000 20892000 21179000 25716000 17050000 20372000 15438000 26104000 26220000 26618000 17 26 20 21 22 20 15 18 13 24 22 18 236 37 1261;1308;1374;3306;3876;4042;6750;7041;8781;9012;9439;9619;10202;10316;10343;10344;10459;10610;11772;11801;11802;12122;12123;12124;12263;12322;12445;12556;12956;15087 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10 5 10 5 10 10 10 10 5 0 0 0 11854000 873670 1282700 776110 1854200 983580 830210 3076000 968810 1208400 0 0 0 987810 72805 106890 64676 154520 81965 69184 256330 80734 100700 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 764050 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 6 + 39 78;11239 True;False 78;11253 730;731;732;733;734;735;736;737;738;93503;93504;93505;93506;93507;93508 578;579;580;581;582;583;66228;66229;66230;66231;66232 578;66229 23 170 A8MRD8;Q9LVW7 A8MRD8;Q9LVW7 1;1 1;1 1;1 Carbamoyl-phosphate synthase small chain, chloroplastic CARA Carbamoyl phosphate synthetase A; Carbamoyl-phosphate synthase small chain, chloroplastic 2 1 1 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 3.4 3.4 3.4 38.948 358 358;430 0.00036819 2.5709 By matching By matching By MS/MS By MS/MS 0 0 3.4 0 0 0 3.4 3.4 0 3.4 0 0 1340800 0 0 101300 0 0 0 907030 219690 0 112810 0 0 95773 0 0 7235.6 0 0 0 64788 15692 0 8058.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 111050 0 0 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1231;1375;10068;11143;13439 True;True;True;True;True 1235;1380;10081;11157;13458 10395;10396;11606;11607;11608;11609;11610;11611;11612;11613;83879;83880;83881;83882;83883;83884;83885;83886;83887;83888;92740;92741;92742;92743;92744;92745;92746;92747;92748;92749;92750;111607;111608;111609;111610;111611;111612;111613;111614;111615 7606;7607;8461;8462;8463;8464;8465;8466;8467;59619;59620;59621;59622;59623;59624;59625;59626;59627;59628;59629;59630;59631;59632;65737;65738;65739;65740;65741;65742;65743;65744;79418 7607;8465;59620;65744;79418 24;25;26 397;422;423 A8MRI9;Q38853-2;Q38853 A8MRI9;Q38853-2;Q38853 10;10;10 10;10;10 10;10;10 Rhodanese-like domain-containing protein 15, chloroplastic SEN1;STR15 Senescence-associated protein DIN1; Isoform 2 of Rhodanese-like domain-containing protein 15, chloroplastic; Rhodanese-like domain-containing protein 15, chloroplastic 3 10 10 10 7 7 8 7 9 8 9 10 9 6 5 6 7 7 8 7 9 8 9 10 9 6 5 6 7 7 8 7 9 8 9 10 9 6 5 6 54.8 54.8 54.8 20.037 177 177;161;182 0 25.539 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 36.7 33.3 36.7 33.3 44.1 39 44.1 54.8 44.1 26 26 28.2 945610000 45791000 31048000 41205000 52182000 56204000 30654000 197550000 169690000 159490000 60249000 50190000 51361000 94561000 4579100 3104800 4120500 5218200 5620400 3065400 19755000 16969000 15949000 6024900 5019000 5136100 46087000 22695000 38025000 25952000 50676000 41176000 53686000 133220000 86819000 58793000 42261000 64807000 7 3 5 6 8 7 6 11 6 6 2 7 74 45 729;2857;4489;4490;4823;5381;5791;8530;13128;14101 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 732;2864;4499;4500;4833;5391;5801;8541;13146;14121 6196;6197;6198;6199;6200;6201;6202;6203;6204;6205;23670;23671;23672;23673;23674;23675;23676;23677;23678;23679;23680;23681;36880;36881;36882;36883;36884;36885;36886;36887;36888;36889;36890;36891;36892;36893;36894;36895;36896;36897;36898;36899;36900;36901;36902;36903;36904;36905;36906;36907;36908;36909;39810;39811;39812;39813;39814;39815;39816;44408;48019;48020;48021;48022;48023;48024;48025;48026;48027;48028;48029;48030;71069;71070;71071;71072;71073;71074;71075;109112;109113;109114;109115;109116;109117;109118;109119;109120;109121;109122;109123;109124;109125;109126;109127;109128;109129;109130;109131;109132;109133;109134;109135;109136;109137;109138;117376;117377;117378;117379;117380;117381;117382;117383 4632;17164;17165;17166;17167;17168;17169;17170;17171;26323;26324;26325;26326;26327;26328;26329;26330;26331;26332;26333;26334;26335;26336;26337;26338;26339;26340;26341;26342;28502;31644;34152;34153;34154;34155;34156;34157;34158;34159;34160;34161;50149;50150;50151;50152;50153;50154;50155;77678;77679;77680;77681;77682;77683;77684;77685;77686;77687;77688;77689;77690;77691;77692;77693;77694;77695;77696;77697;77698;77699;83744;83745;83746;83747 4632;17168;26325;26341;28502;31644;34153;50153;77679;83747 27;28 1;118 A8MRL0;P59226;P59169;Q9LR02;Q9FX60;Q9FKQ3 A8MRL0;P59226;P59169;Q9LR02;Q9FX60;Q9FKQ3 2;2;2;1;1;1 2;2;2;1;1;1 2;2;2;1;1;1 Histone H3.2;Histone H3.3;Histone H3-like 3;Histone H3-like 1;Histone H3-like 5 At4g40030;HTR2;HTR4 Histone H3.3; Histone H3.2; Histone H3.3; Histone H3-like 3; Histone H3-like 1; Histone H3-like 5 6 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 11 11 11 18.702 164 164;136;136;136;136;139 0 4.7911 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.7 6.7 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 320890000 13247000 12325000 26997000 55289000 37684000 34357000 44658000 21446000 25950000 16011000 17891000 15040000 45842000 1892500 1760700 3856800 7898400 5383400 4908200 6379700 3063700 3707200 2287300 2555800 2148500 21767000 17395000 21116000 28274000 28338000 31751000 14949000 17067000 15874000 13300000 13697000 0 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 2 17 46 2764;12160 True;True 2771;12177 22914;22915;22916;22917;22918;22919;22920;22921;22922;22923;22924;22925;22926;22927;22928;22929;22930;22931;22932;22933;22934;22935;22936;22937;100827;100828;100829;100830;100831;100832;100833;100834;100835;100836 16656;16657;16658;16659;16660;16661;16662;16663;16664;71636;71637;71638;71639;71640;71641;71642;71643 16659;71638 A8MRP8;F4HUK6 A8MRP8;F4HUK6 2;2 2;2 2;2 Probable acyl-activating enzyme 1, peroxisomal AAE1 Acyl activating enzyme 1; Probable acyl-activating enzyme 1, peroxisomal 2 2 2 2 1 1 0 2 1 1 2 0 2 2 2 2 1 1 0 2 1 1 2 0 2 2 2 2 1 1 0 2 1 1 2 0 2 2 2 2 5 5 5 52.603 478 478;556 0 3.9165 By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.9 1.9 0 5 1.9 1.9 5 0 5 5 5 5 9293900 359650 769080 0 1617300 408100 328310 2119100 0 1110200 841510 970230 770430 404080 15637 33438 0 70318 17744 14274 92134 0 48271 36587 42184 33497 0 0 0 778440 0 0 676800 0 723980 776110 753130 858180 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 2 2 7 47 11273;13004 True;True 11288;13022 93832;93833;93834;93835;93836;93837;93838;93839;93840;93841;108071;108072;108073;108074;108075;108076 66473;76839;76840;76841;76842;76843;76844 66473;76843 29 315 A8MRW0;Q9SA23 A8MRW0;Q9SA23 2;2 2;2 2;2 Syntaxin-51 SYP51 Syntaxin-51; Syntaxin-51 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 2 1 11.4 11.4 11.4 25.523 228 228;232 0 33.743 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.4 11.4 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49861;49862;49863;49864;49865;49866;49867;49868;49869;49870;60666;60667;60668;60669;60670;60671;60672;60673;60674;60675;60676;60677;60678;60679;60680;67222;67223;67224;83201;83202;83203;83204;83205;83206 49866;60671;67224;83205 31 1 A8MRW5;O65423;B9DGL1 A8MRW5;O65423;B9DGL1 4;4;2 4;4;2 4;4;2 At4g21580;F18E5.200 Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein; AT4g21580/F18E5_200; AT4G21580 protein 3 4 4 4 3 3 2 3 3 2 4 3 3 2 3 2 3 3 2 3 3 2 4 3 3 2 3 2 3 3 2 3 3 2 4 3 3 2 3 2 18.2 18.2 18.2 33.835 319 319;325;292 0 22.619 By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 12.9 12.9 7.8 12.9 12.9 7.8 18.2 12.9 12.9 9.7 12.9 9.7 22907000 801060 915830 650840 1324500 1106300 546750 9148200 2221300 3199800 753470 1510500 728590 1145400 40053 45792 32542 66225 55317 27337 457410 111070 159990 37674 75526 36429 711240 570050 698240 674870 728730 816380 2555100 1861500 2318400 811300 1008600 638840 0 0 0 0 1 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A8MS07;Q3E7D0-2;Q3E7D0 2;2;2 2;2;2 2;2;2 Nucleobase-ascorbate transporter 12 NAT12 Nucleobase-ascorbate transporter 12; Isoform 2 of Nucleobase-ascorbate transporter 12; Nucleobase-ascorbate transporter 12 3 2 2 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 6.6 6.6 6.6 58.006 542 542;589;709 0 35.037 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3 3 3 6.6 3 3 3.7 3 3 3 3 3 6351000 483970 411560 481300 808760 600840 486850 581600 537990 560410 330910 567910 498870 334260 25472 21661 25331 42566 31623 25624 30610 28315 29495 17416 29890 26257 0 0 0 0 0 0 157320 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1 1 1 1 1 1 1 1 11 53 834;3684 True;True 838;3691 7089;7090;7091;7092;7093;7094;7095;7096;7097;7098;7099;30036;30037 5256;5257;5258;5259;5260;5261;5262;5263;5264;21379;21380 5258;21380 A8MS34;Q9LDU6 A8MS34;Q9LDU6 1;1 1;1 1;1 7-dehydrocholesterol reductase DWF5 7-dehydrocholesterol reductase; 7-dehydrocholesterol reductase 2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 49.404 431 431;432 0 17.549 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7641500 733550 619000 0 793020 492810 523590 1174800 785550 681120 407290 820030 610660 764150 73355 61900 0 79302 49281 52359 117480 78555 68112 40729 82003 61066 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 661900 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 54 6062 True 6072 50414;50415;50416;50417;50418;50419;50420;50421;50422;50423;50424 35865;35866;35867;35868;35869;35870;35871;35872;35873;35874;35875 35867 A8MS37 A8MS37 6 1 1 At3g14420 Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO1 1 6 1 1 2 2 1 2 2 2 3 4 3 3 2 3 1 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 17.5 3.1 3.1 39.462 360 360 1 -2 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching 5.8 5.8 2.8 5.8 5.8 5.8 9.4 12.2 8.6 8.9 6.7 9.7 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.6 10 9.5 10 4 4 11.5 6.8 9.9 6.8 4 5.7 45268000 2020700 5655600 3595000 5024000 634530 576390 13582000 2996500 4419800 2339100 2462400 1961300 984080 43929 122950 78151 109220 13794 12530 295260 65141 96082 50850 53532 42638 1673400 2528100 1587000 1907700 1802700 1957200 2124100 2921700 2964400 2573000 2816500 3162300 2 6 3 4 3 2 7 2 7 7 2 3 48 56 887;2283;3462;3544;3547;9847;11858;11926 True;True;False;True;True;True;True;True 891;2290;3469;3551;3554;9860;11875;11943 7569;7570;19125;19126;19127;19128;19129;19130;19131;19132;19133;19134;19135;19136;28338;28962;28963;28964;28965;28966;28990;28991;28992;28993;28994;28995;28996;28997;28998;28999;29000;29001;29002;82164;82165;82166;82167;82168;82169;82170;82171;82172;82173;82174;82175;98537;98538;98539;98540;98541;98542;98543;98544;99079;99080;99081;99082;99083 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elicitor receptor kinase 1 CERK1 Chitin elicitor receptor kinase 1 1 2 2 2 1 2 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 2 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 2 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 3.4 3.4 3.4 67.314 617 617 0.0028289 2.2571 By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching 1.8 3.4 1.8 0 1.8 1.8 0 0 1.8 1.8 1.8 1.8 5957700 561610 932380 512400 0 531750 529510 0 0 504470 947810 678020 759760 198590 18720 31079 17080 0 17725 17650 0 0 16816 31594 22601 25325 0 638560 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 62 8110;11989 True;True 8121;12006 67891;99556;99557;99558;99559;99560;99561;99562;99563;99564 47805;70690;70691 47805;70690 A8R7K9 A8R7K9 2 2 2 Vacuolar protein sorting-associated protein 35C VPS35C Vacuolar protein sorting-associated protein 35C 1 2 2 2 0 1 2 0 1 1 2 2 2 0 2 1 0 1 2 0 1 1 2 2 2 0 2 1 0 1 2 0 1 1 2 2 2 0 2 1 3.5 3.5 3.5 89.404 790 790 0 5.082 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 1.9 3.5 0 1.6 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19671;19672;19673;19674;19675;19676;19677;19678;19679;19680;19681;19682;21877;21878;21879;21880;21881;21882;65551;65552;65553;65554;65555;65556;65557;65558;65559;65560;65561;65562;94567;94568;94569;94570;94571;94572;94573;94574;94575;119056;119057;119058;119059;119060;119061;119062;119063;119064;119065;119066;119067 14345;14346;14347;14348;14349;14350;14351;14352;15909;15910;15911;15912;15913;46202;46203;46204;46205;46206;46207;46208;46209;46210;46211;46212;46213;46214;46215;66949;66950;66951;66952;66953;66954;66955;66956;66957;84860;84861;84862;84863;84864;84865;84866;84867;84868;84869;84870;84871;84872 14351;15912;46206;66955;84865 B3H4B6;Q9T029;Q8GYL5;Q9SIW5;F4IHJ8;Q9SIK2 B3H4B6;Q9T029;Q8GYL5;Q9SIW5 5;5;3;3;2;2 5;5;3;3;2;2 5;5;3;3;2;2 40S ribosomal protein S25-4;40S ribosomal protein S25-3;40S ribosomal protein S25-1 At4g39200;RPS25E;RPS25D;RPS25A 40S ribosomal protein S25-4; 40S ribosomal protein S25-4; 40S ribosomal protein S25-3; 40S ribosomal protein S25-1 6 5 5 5 1 1 1 3 2 1 3 1 2 3 2 1 1 1 1 3 2 1 3 1 2 3 2 1 1 1 1 3 2 1 3 1 2 3 2 1 43 43 43 11.925 107 107;108;108;109;107;108 0 11.323 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 12.1 12.1 12.1 34.6 21.5 12.1 43 12.1 23.4 23.4 21.5 13.1 31050000 1746100 2173300 1912800 7759900 4289300 1429300 3538400 1370500 1817900 2076800 2935700 0 5175000 291010 362220 318800 1293300 714880 238220 589740 228420 302980 346130 489280 0 0 0 0 2389300 2011900 0 1653700 0 2475000 1173500 1433200 0 1 1 1 4 2 1 5 1 2 0 1 1 20 66 3492;7364;8894;14566;14567 True;True;True;True;True 3499;7375;8905;14587;14588 28559;28560;28561;61746;61747;61748;61749;74038;74039;74040;74041;74042;74043;74044;74045;74046;74047;74048;74049;74050;74051;74052;74053;74054;74055;74056;74057;74058;74059;121386;121387;121388 20363;20364;43555;43556;52318;52319;52320;52321;52322;52323;52324;52325;52326;52327;52328;86491;86492;86493;86494;86495 20363;43555;52324;86491;86495 41;42 39;91 B3H4F6;Q8LPG9 B3H4F6;Q8LPG9 1;1 1;1 1;1 Protein IQ-DOMAIN 14 IQD14 Protein IQ-DOMAIN 14; Protein IQ-DOMAIN 14 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 2.4 2.4 2.4 74.41 669 669;668 0 18.468 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.4 2.4 2.4 630510 0 0 0 0 0 0 0 0 0 320940 0 309570 19106 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9725.5 0 9380.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 335540 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 4 67 10032 True 10045 83588;83589;83590 59420;59421;59422;59423 59421 B3H4K4;F4JXE5;F4JXE3;Q8L773 B3H4K4;F4JXE5;F4JXE3;Q8L773 1;1;1;1 1;1;1;1 1;1;1;1 THO complex subunit 4A At5g59950;ALY1 RNA recognition motif-containing protein; RNA recognition motif-containing protein; RNA recognition motif-containing protein; RNA recognition motif-containing protein 4 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 6.6 6.6 6.6 23.579 211 211;242;245;244 0.00039078 3.0057 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 6.6 0 0 0 0 0 0 0 6.6 0 6.6 480940 0 175310 0 0 0 0 0 0 0 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35.5 35.5 20526000 977450 1352900 2703900 1817600 1445900 1810500 0 2373800 2304100 1164100 2370000 2206300 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2391400 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 6 + 81 8877 True 8888 73884;73885;73886;73887;73888;73889;73890;73891;73892;73893;73894 52195;52196;52197;52198;52199;52200 52197 52;53 1;4 B6EUA6;B3H5K9 B6EUA6;B3H5K9 1;1 1;1 1;1 NEDD1 Transducin/WD40 domain-containing protein; Transducin/WD40 domain-containing protein 2 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 2 2 2 84.627 781 781;782 0 3.112 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 0 2 0 0 2 0 2 2 0 2 2 0 1311200 0 245250 0 0 190830 0 631350 0 0 0 243730 0 30492 0 5703.4 0 0 4437.9 0 14683 0 0 0 5668.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 201620 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 5 82 82 True 82 768;769;770;771;772;773;774 601;602;603;604;605 601 B3H5L4;Q9SJY3 B3H5L4;Q9SJY3 2;2 2;2 2;2 At2g22520 Uncharacterized protein; Putative uncharacterized protein At2g22520 2 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 0 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 0 2 2 2 2 2 1 1 1 22.5 22.5 22.5 17.263 151 151;185 0.010013 1.4923 By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching 22.5 22.5 22.5 0 22.5 22.5 22.5 22.5 22.5 10.6 10.6 10.6 23001000 1866300 3055000 2788100 0 2250100 2706300 3605300 1617200 2529700 994080 729990 859060 2300100 186630 305500 278810 0 225010 270630 360530 161720 252970 99408 72999 85906 0 2234700 0 0 0 2240800 1324700 1548000 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 3 1 0 0 0 0 6 83 314;2885 True;True 315;2892 2661;2662;2663;2664;2665;2666;2667;2668;23879;23880;23881;23882;23883;23884;23885;23886;23887;23888;23889;23890 2076;17311;17312;17313;17314;17315 2076;17312 B3H5L7;O23129 B3H5L7;O23129 6;6 6;6 6;6 At1g22930;F19G10.11 T-complex protein 11; Putative uncharacterized protein At1g22930 2 6 6 6 4 3 4 2 5 3 4 4 3 3 2 4 4 3 4 2 5 3 4 4 3 3 2 4 4 3 4 2 5 3 4 4 3 3 2 4 7.7 7.7 7.7 114.81 1020 1020;1131 0 15.861 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.5 4 5.4 2.5 6.9 3.9 5.4 4.9 3.9 3.9 2.5 5.5 33420000 3036400 2607400 5382500 1836400 3133300 1908700 5416200 1486700 1770900 2293900 1442000 3105400 668400 60729 52149 107650 36729 62666 38175 108320 29733 35418 45877 28839 62107 2714300 2393400 3359700 1565900 1894800 2217500 1018600 1643500 1735300 2368500 1985900 2950400 1 2 3 2 4 2 1 3 2 2 2 5 29 84 8512;11291;11415;11462;12759;15369 True;True;True;True;True;True 8523;11306;11430;11477;12777;15390 70931;93991;93992;93993;93994;93995;93996;93997;93998;93999;94000;95013;95014;95015;95016;95017;95018;95019;95020;95021;95022;95023;95024;95366;95367;95368;95369;95370;95371;95372;105862;105863;105864;105865;105866;105867;128097;128098;128099;128100;128101 50026;66615;66616;66617;66618;66619;66620;66621;67262;67263;67264;67265;67266;67267;67268;67269;67270;67271;67538;67539;67540;67541;67542;67543;75340;91292;91293;91294;91295 50026;66616;67270;67542;75340;91294 B3H5M0;Q9SR59 B3H5M0;Q9SR59 2;2 2;2 2;2 Probable monodehydroascorbate reductase, cytoplasmic isoform 1 MDHAR Monodehydroascorbate reductase (NADH); Probable monodehydroascorbate reductase, cytoplasmic isoform 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 6 6 6 47.593 433 433;441 0 77.119 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6 6 6 6 4.4 4.4 4.4 6 6 4.4 4.4 4.4 16449000 973380 1376200 1129700 2167700 744070 412240 2391500 1367200 2590600 980000 1351900 964080 657940 38935 55049 45187 86706 29763 16490 95661 54688 103620 39200 54075 38563 1010100 981630 888810 1078400 0 0 0 1157500 1324100 0 0 0 1 1 1 2 1 1 1 1 3 1 1 1 15 85 3428;4770 True;True 3435;4780 28082;28083;28084;28085;28086;28087;39348;39349;39350;39351;39352;39353;39354;39355;39356;39357;39358;39359;39360;39361 20082;20083;28172;28173;28174;28175;28176;28177;28178;28179;28180;28181;28182;28183;28184 20082;28182 B3H5S2;P10798;P10797;F4KA76;P10796 B3H5S2;P10798;P10797;F4KA76;P10796 7;7;7;6;6 7;7;7;6;6 5;5;5;4;4 Ribulose bisphosphate carboxylase small chain;Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3B, chloroplastic;Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2B, chloroplastic;Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1B, chloroplastic At5g38410;RBCS-3B;RBCS-2B;RBCS-1B Ribulose bisphosphate carboxylase small chain; Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3B, chloroplastic; Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2B, chloroplastic; Ribulose bisphosphate carboxylase small chain; Ribulose bisphosphate carboxyla 5 7 7 5 5 4 4 5 4 4 7 5 6 5 4 5 5 4 4 5 4 4 7 5 6 5 4 5 4 3 3 5 4 3 5 4 5 4 3 4 35.5 35.5 28 20.84 186 186;181;181;174;181 0 45.462 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 25.8 19.4 19.4 28 18.3 19.4 35.5 25.8 35.5 25.8 22 25.8 206230000 7795100 8255100 8054600 12097000 8512800 7152000 71720000 23443000 24284000 9500600 12944000 12471000 15864000 599620 635010 619590 930550 654830 550150 5516900 1803300 1868000 730820 995660 959330 7633500 7347500 5892100 6776500 9710700 7662700 17363000 20950000 13708000 9398900 11199000 12345000 3 2 3 1 2 6 5 5 4 5 2 4 42 86 2752;3154;3157;3230;7740;7741;10209 True;True;True;True;True;True;True 2759;3161;3164;3237;7751;7752;10222 22816;22817;22818;22819;22820;22821;22822;22823;22824;22825;25954;25955;25956;25957;25958;25959;25960;25961;25962;25963;25964;25965;25979;25980;25981;25982;25983;25984;25985;25986;25987;25988;25989;26568;26569;26570;26571;26572;26573;26574;26575;26576;26577;26578;26579;64869;64870;64871;64872;64873;64874;64875;64876;64877;64878;64879;85103;85104;85105;85106;85107 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MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.8 10 6.8 6.8 10 10 10 4.6 6.8 4.6 4.6 4.6 56295000 3159100 6915900 3706700 6512200 4683000 4036100 12885000 2695900 4137000 2321700 3053500 2188800 2680700 150430 329330 176510 310100 223000 192190 613560 128380 197000 110560 145400 104230 3151200 4009900 2960000 3434100 3001000 4014600 2565800 0 3179800 3231100 3749400 3259600 1 2 2 2 1 2 1 0 0 1 1 1 14 88 4735;12838;13219;14850 True;True;True;True 4745;12856;13237;14871 39048;39049;39050;39051;39052;39053;39054;39055;39056;39057;39058;39059;106499;106500;106501;106502;106503;106504;106505;106506;106507;106508;106509;106510;109877;109878;109879;109880;109881;109882;109883;109884;109885;123753;123754;123755;123756 27961;75772;75773;75774;75775;75776;75777;78239;78240;78241;88166;88167;88168;88169 27961;75772;78240;88169 Q27GM7;B3H675;Q6NPT7 Q27GM7;B3H675;Q6NPT7 2;2;2 2;2;2 2;2;2 ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1B At1g65040;HRD1B HRD1-like protein; HRD1-like 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6 3.3 6 6.8 5.3 4.7 3.6 4.4 4.9 6.7 8.2 7.5 41336000 2135500 2805700 3017900 4151300 2792100 1169000 4583500 1987700 2439100 4748500 6445000 5060500 607880 31404 41260 44381 61049 41060 17191 67404 29230 35868 69830 94779 74419 2369600 1960600 2043300 2264700 3406100 1987600 1995300 2550700 1963000 4036800 3725900 4148100 3 2 5 5 4 1 1 2 2 6 7 7 45 98 2954;3170;6330;7973;8194;10052;12187;12582;13356;14385 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2961;3177;6340;7984;8205;10065;12204;12600;13375;14405 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 8581600 306660 546810 573860 886460 0 0 1981300 1242600 1108700 719580 548740 666840 1225900 43809 78115 81980 126640 0 0 283040 177520 158380 102800 78392 95262 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 722790 0 1 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 13 124 1313 True 1318 11042;11043;11044;11045;11046;11047;11048;11049;11050;11051;11052 8105;8106;8107;8108;8109;8110;8111;8112;8113;8114;8115;8116;8117;8118 8115 B9DGD6;B9DGD6-2 B9DGD6;B9DGD6-2 5;4 5;4 5;4 Acetyl-coenzyme A synthetase, chloroplastic/glyoxysomal ACS Acetate--CoA ligase ACS, chloroplastic/glyoxysomal; Isoform 2 of Acetate--CoA ligase ACS, chloroplastic/glyoxysomal 2 5 5 5 4 4 4 5 4 4 4 4 4 2 4 4 4 4 4 5 4 4 4 4 4 2 4 4 4 4 4 5 4 4 4 4 4 2 4 4 10.2 10.2 10.2 81.888 743 743;693 0 25.277 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.4 7.4 7.4 10.2 7.4 7.4 8.1 7.4 7.4 3.8 7.4 7.4 52135000 3148400 5255000 5203200 6341800 3809600 2562000 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serine/threonine-protein kinase At1g53440; Isoform 2 of Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430; Probable LRR receptor-like serine/threo 7 2 2 2 0 1 2 2 1 2 0 0 0 0 1 0 0 1 2 2 1 2 0 0 0 0 1 0 0 1 2 2 1 2 0 0 0 0 1 0 2.7 2.7 2.7 110.23 997 997;870;1005;1035;1038;1020;1014 0 5.9544 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 0 1.5 2.7 2.7 1.2 2.7 0 0 0 0 1.2 0 4056500 0 614760 441250 1503000 515970 676320 0 0 0 0 305130 0 73754 0 11177 8022.8 27328 9381.3 12297 0 0 0 0 5547.7 0 0 0 0 0 0 802830 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 4 132 4826;5114 True;True 4836;5124 39826;39827;39828;39829;39830;42135;42136;42137;42138 28506;28507;30005;30006;30007 28507;30006 104;105;106 651;797;803 F4I233;C0LGH8 F4I233;C0LGH8 1;1 1;1 1;1 Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430 At1g63430 Putative LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase; Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430 2 1 1 1 0 0 0 0 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matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.2 5.1 5.1 5.1 5.1 2 5.1 5.1 2 8.8 8.8 11.3 7958500 654870 755150 425100 537030 326870 0 1884100 915260 0 799650 891160 769300 468150 38522 44421 25006 31590 19228 0 110830 53839 0 47038 52421 45253 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 737190 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1 2 6 201 609;9874;13488;14104 True;False;True;True 612;9887;13507;14124 5179;5180;5181;5182;5183;5184;5185;5186;5187;5188;82375;82376;82377;82378;82379;82380;82381;82382;82383;82384;82385;112070;112071;117401 3866;3867;3868;3869;58548;58549;58550;58551;58552;79801;79802;83767 3868;58548;79801;83767 195 236 F4HRK0;Q9C8L4 F4HRK0;Q9C8L4 3;3 3;3 3;3 Persulfide dioxygenase ETHE1 homolog, mitochondrial GLY3 Hydroxyacylglutathione hydrolase 3; Persulfide dioxygenase ETHE1 homolog, mitochondrial 2 3 3 3 2 2 2 1 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 2 2 2 2 2 16 16 16 32.358 294 294;294 0 35.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 5 5 2.9 5 5 5 8.1 8.1 6 2.9 8.1 5 4861900 323060 655780 0 746680 451660 455780 827470 424780 0 0 567850 408830 173640 11538 23421 0 26667 16131 16278 29552 15171 0 0 20280 14601 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 443130 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 1 1 5 217 7585;12456;14366 False;False;True 7596;12473;14386 63686;63687;63688;63689;63690;63691;63692;63693;63694;63695;63696;63697;103353;103354;103355;103356;119682;119683;119684;119685;119686;119687;119688;119689;119690 44827;44828;44829;44830;44831;44832;44833;44834;44835;44836;44837;44838;44839;44840;44841;44842;44843;73491;73492;73493;73494;73495;73496;85309;85310;85311;85312;85313 44832;73495;85312 214 132 F4HU85;F4HU83;Q9LPC6;F4IC87;Q9FZ06 F4HU85;F4HU83;Q9LPC6 5;5;5;1;1 5;5;5;1;1 5;5;5;1;1 Kinesin-like protein;Armadillo repeat-containing kinesin-like protein 2 ARK2 Armadillo repeat-containing kinesin-like protein 2; Armadillo repeat-containing kinesin-like protein 2; Armadillo repeat-containing kinesin-like protein 2 5 5 5 5 3 4 4 4 4 3 3 3 4 5 4 3 3 4 4 4 4 3 3 3 4 5 4 3 3 4 4 4 4 3 3 3 4 5 4 3 7.9 7.9 7.9 96.478 877 877;915;894;920;919 0 18.053 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.8 5.9 5.9 6.7 6.7 4.8 4.1 4.8 6.7 7.9 6.7 4.7 15825000 1253900 2103000 908430 2380600 1473100 777670 1670300 538890 785430 1358900 1758900 815730 329680 26122 43812 18926 49596 30689 16201 34797 11227 16363 28311 36643 16994 1201200 1388600 928670 1031800 1051200 1174400 780790 500920 607510 864120 1118200 1082200 4 4 2 3 4 3 0 1 1 2 4 2 30 218 3894;4657;7388;10522;11229 True;True;True;True;True 3901;4667;7399;10535;11243 31780;31781;31782;31783;31784;31785;31786;31787;31788;31789;31790;38386;38387;38388;38389;38390;38391;38392;38393;38394;38395;38396;38397;38398;61953;61954;61955;61956;61957;87872;87873;87874;87875;87876;93427;93428;93429;93430;93431;93432;93433;93434;93435;93436;93437 22579;22580;22581;22582;22583;22584;22585;22586;22587;22588;22589;22590;22591;27471;27472;27473;27474;27475;27476;27477;27478;27479;27480;43687;62148;66199;66200;66201;66202;66203 22580;27475;43687;62148;66200 215 15 F4HV67;Q9SYG4 F4HV67;Q9SYG4 4;4 1;1 1;1 Oligouridylate-binding protein 1A UBP1A Oligouridylate-binding protein 1A; At1g54080/F15I1_16 2 4 1 1 4 4 3 3 4 3 4 3 3 3 3 4 1 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 9.1 1.9 1.9 47.803 430 430;426 1 -2 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching 9.1 9.1 7.2 7.2 9.1 7.2 9.1 7.2 7.2 7.2 7.2 9.1 1150400 222810 184130 0 0 133410 0 223430 0 0 163600 135270 87764 95868 18567 15344 0 0 11117 0 18619 0 0 13634 11273 7313.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95128 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 + 219 2236;4012;4993;9450 False;False;True;False 2243;4020;5003;9463 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25825 Q9C9V5;F4HVH9 Q9C9V5;F4HVH9 2;2 1;1 1;1 T23K23.26;At1g67890 PAS domain-containing protein tyrosine kinase; PAS domain-containing protein tyrosine kinase 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 3.3 2.2 2.2 82.219 738 738;765 0 17.845 By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 0 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3280100 222540 382660 362070 531980 293600 227920 0 263960 354300 208510 269470 163100 91114 6181.8 10629 10057 14777 8155.6 6331.1 0 7332.1 9841.6 5792 7485.3 4530.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 176790 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 5 221 7180;13677 True;False 7190;13697 60162;60163;60164;60165;60166;60167;60168;60169;60170;60171;60172;113714;113715;113716;113717;113718;113719;113720;113721;113722;113723;113724 42522;42523;42524;42525;42526;80968;80969;80970;80971;80972 42522;80969 F4HVJ2;Q8LAY5;F4HVJ1;F4HVJ0 F4HVJ2;Q8LAY5;F4HVJ1;F4HVJ0 1;1;1;1 1;1;1;1 1;1;1;1 At1g67950 RNA recognition motif-containing protein; Putative splicing regulatory protein; RNA recognition motif-containing protein; RNA recognition motif-containing protein 4 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 6.4 6.4 6.4 23.395 219 219;278;279;279 0.0037137 1.9818 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 6.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 222 10645 True 10658 88813 62761 62761 F4HVV7;F4HVV6 F4HVV7;F4HVV6 4;4 4;4 4;4 At1g02080 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 domain protein; CCR4-NOT transcription complex subunit 1 domain protein 2 4 4 4 4 4 3 3 3 3 2 2 1 2 2 2 4 4 3 3 3 3 2 2 1 2 2 2 4 4 3 3 3 3 2 2 1 2 2 2 2.1 2.1 2.1 263.76 2377 2377;2431 0 47.717 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.1 2.1 1.5 1.5 1.7 1.5 1.1 1.1 0.6 1.1 1.1 1.1 27947000 2811800 3714000 2882300 4469000 2346300 2133300 1485400 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protein AGD14; Isoform 3 of Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD14; Isoform 2 of Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD14; Probable ADP-ribosylation facto 4 4 4 4 2 3 3 3 2 2 3 2 4 2 2 2 2 3 3 3 2 2 3 2 4 2 2 2 2 3 3 3 2 2 3 2 4 2 2 2 8.6 8.6 8.6 71.559 651 651;607;648;649 0 53.844 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.8 6.8 6.8 6.8 3.8 3.8 6.8 3.8 8.6 3.8 3.8 3.8 31096000 1876900 2585800 2756600 3626300 676230 1313000 7357300 2462400 3239000 1694900 1646900 1861100 1413500 85313 117540 125300 164830 30738 59681 334420 111930 147230 77040 74861 84597 1937200 1608100 1961000 1724800 0 1684800 1631800 2182700 1952800 1895900 1627000 2184600 1 3 2 2 1 2 3 1 2 2 1 1 21 233 3167;11751;12279;12461 True;True;True;True 3174;11767;12296;12478 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membrane protein At1g63010 3 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 2.3 2.3 2.3 78.223 699 699;708;697 0.0061251 1.6581 By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 2.3 2.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 2 257 7870 True 7881 65890;65891 46421;46422 46421 F4I0L1;Q9LDI9 F4I0L1;Q9LDI9 7;7 7;7 7;7 At1g69250;F23O10.17 Nuclear transport factor 2 and RNA recognition motif-containing protein; At1g69250 2 7 7 7 5 6 5 4 6 5 6 7 3 5 5 5 5 6 5 4 6 5 6 7 3 5 5 5 5 6 5 4 6 5 6 7 3 5 5 5 25.2 25.2 25.2 42.913 389 389;427 0 17.594 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.2 18 15.2 11.1 18 15.2 22.1 25.2 7.7 15.2 14.7 15.2 63064000 4496400 8108600 5440900 6385300 5428400 3516100 10946000 3918800 2142400 4266200 3738900 4676200 2741900 195500 352550 236560 277620 236020 152870 475910 170380 93146 185490 162560 203310 4141100 4681200 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Gibberellin-regulated protein 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 1 1 1 2 2 2 2 1 2 2 2 1 1 1 1 2 2 2 2 1 2 2 2 1 1 1 1 2 2 2 11.3 11.3 11.3 10.645 97 97;98 0 5.2378 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11.3 11755000 956770 480540 1828700 1092300 1145500 622250 800570 621560 405030 1264000 1569700 967760 2351000 191350 96109 365750 218470 229100 124450 160110 124310 81006 252800 313940 193550 953380 0 1297300 600400 959560 0 0 0 0 1290200 1414700 1109900 2 0 2 2 1 1 2 2 2 2 3 1 20 259 5188;6400 True;True 5198;6410 42795;42796;42797;42798;42799;42800;42801;53567;53568;53569;53570;53571;53572;53573;53574;53575;53576;53577;53578 30487;30488;30489;30490;37988;37989;37990;37991;37992;37993;37994;37995;37996;37997;37998;37999;38000;38001;38002;38003 30488;37988 F4I0P8 F4I0P8 2 2 2 Vacuolar protein sorting-associated protein 35B VPS35B Vacuolar protein sorting-associated protein 35B 1 2 2 2 1 1 0 2 1 0 2 1 2 0 2 1 1 1 0 2 1 0 2 1 2 0 2 1 1 1 0 2 1 0 2 1 2 0 2 1 3.9 3.9 3.9 89.444 790 790 0 101.96 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6 1.6 0 3.9 1.6 0 3.9 1.6 3.9 0 3.9 1.6 2483400 0 160530 0 200990 0 0 1189300 0 523450 0 409130 0 63676 0 4116.2 0 5153.6 0 0 30494 0 13422 0 10491 0 0 0 0 0 0 0 328440 0 323150 0 339520 0 1 1 0 2 1 0 3 1 1 0 3 2 15 260 5135;9966 True;True 5145;9979 42320;42321;42322;42323;42324;42325;42326;42327;42328;42329;42330;42331;83137;83138;83139;83140 30124;30125;30126;30127;30128;30129;30130;30131;30132;30133;30134;59095;59096;59097;59098;59099 30125;59096 247 701 F4I0S0;Q8RWL2-2;Q8RWL2 F4I0S0;Q8RWL2-2;Q8RWL2 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Calcium-dependent protein kinase 29 CPK29 Calcium-dependent protein kinase 29; Isoform 2 of Calcium-dependent protein kinase 29; Calcium-dependent protein kinase 29 3 1 1 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 2.3 2.3 2.3 63.806 561 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1058;1059;1060;1061;1062;1063;1064;1065;1066;1067;4485;4486;4487;4488;4489;4490;4491;4492;4493;4494;4495;4496;13184;13185;13186;13187;13188;13189;13190;13191;13192;13193;31885;31886;31887;31888;31889;31890;31891;31892;31893;31894;31895;52942;52943;52944;52945;52946;52947;52948;52949;52950;52951;52952;52953;54690;54691;54692;54693;54694;54695;54696;54697;54698;54699;54700;54701;61193;61194;61195;61196;61197;61198;61199;61200;61201;61202;61203;61204;84215;84216;84217;84218;84219;84220;84221;84222;84223;84224;84225;84226;89000;89001;89002;89003;89004;89005;89006;89007;89008;89009;89010;89011;106014;106015;106016;106017;106018;106019;106020;107135;129051;129052;129053;129054;129055;129056;129057 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17212;17213;17214;17215;17216;17217;17218;37731;37732;37733;37734;41631;41632;41633;44734;44735;44736;44737;44738;44739;65729;65730;65731;65732;65733;65734;65735;65736;78766;78767;78768;78769;78770;78771;78772;78773;78774;78775;78776;78777;78778;78779;78780 17214;37731;37732;41633;44737;65730;78771 256;257 539;557 F4I1T6;F4I1T7 F4I1T6;F4I1T7 2;2 2;2 2;2 Nuclear pore complex protein NUP214 NUP214 Nuclear pore complex protein; Nuclear pore complex protein 2 2 2 2 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 1.8 1.8 1.8 192.57 1816 1816;1819 0 8.9521 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 1.8 0 1.1 0 0 0 0 0 1.8 1.8 0 1476000 0 476110 0 605050 0 0 0 0 0 394870 0 0 19422 0 6264.6 0 7961.2 0 0 0 0 0 5195.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 388700 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 1 2 0 7 267 12042;12774 True;True 12059;12792 99992;99993;99994;99995;105987;105988;105989 70994;70995;70996;70997;75404;75405;75406 70994;75406 258 1029 F4I1T9 F4I1T9 1 1 1 Kinesin-like protein At1g55550 Kinesin motor protein-related 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.6 1.6 1.6 96.714 859 859 1 -2 By MS/MS By MS/MS 0 1.6 0 0 0 0 0 1.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 + 268 8716 True 8727 72605;72606 51228;51229 51228 259 445 F4I1X9;F4I1X8 F4I1X9;F4I1X8 2;2 2;2 2;2 At1g55830 Uncharacterized protein; Uncharacterized protein 2 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 5.1 5.1 5.1 47.957 412 412;493 0.0037099 1.9656 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS 2.2 2.2 0 2.2 2.2 0 2.2 2.9 2.9 2.2 2.2 2.2 6354300 313940 432530 0 467600 283520 0 845930 1300400 1651300 471100 262980 324980 302580 14949 20597 0 22267 13501 0 40282 61925 78631 22434 12523 15475 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 352250 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 3 269 5907;7782 True;True 5917;7793 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True;True;True;True;True;True;True;True 1120;3946;7726;7727;10095;10607;10833;15041 9425;9426;9427;9428;9429;9430;9431;9432;9433;32151;32152;32153;32154;32155;32156;32157;32158;32159;32160;32161;64673;64674;64675;64676;64677;64678;64679;64680;64681;64682;64683;64684;64685;64686;64687;64688;64689;64690;64691;64692;64693;64694;64695;64696;64697;64698;64699;64700;64701;64702;64703;64704;64705;64706;84029;84030;84031;84032;84033;84034;84035;84036;84037;84038;84039;84040;88445;88446;90100;90101;90102;90103;90104;90105;90106;90107;90108;90109;90110;125223;125224;125225;125226;125227;125228;125229;125230;125231;125232;125233;125234 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1936;17247;21476;22317;28757;28825;37950;40864;61861 F4I3M3;F4JPT1;Q9SR39;Q9LFD0 F4I3M3 6;1;1;1 5;0;0;0 3;0;0;0 At1g63500 Protein kinase protein with tetratricopeptide repeat domain 4 6 5 3 5 5 5 4 5 5 6 5 6 5 6 5 4 4 4 3 4 4 5 4 5 4 5 4 3 3 3 2 3 3 3 2 3 3 3 3 13.6 11.9 6 54.798 487 487;153;477;499 0 19.873 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.5 10.5 10.5 8.8 10.5 10.5 13.6 11.5 13.6 10.5 13.6 10.5 62776000 4317200 6548900 3298500 6497300 5072000 3799800 12362000 2570000 3384500 4524200 5614400 4787400 2511000 172690 261960 131940 259890 202880 151990 494470 102800 135380 180970 224580 191500 4097800 4234600 3430500 4705800 4169300 3879600 2897800 2905900 2884400 4180500 4001900 4412600 3 3 4 4 5 3 6 4 7 4 6 3 52 279 2685;7585;7919;11550;12456;14365 True;True;False;True;True;True 2692;7596;7930;11565;12473;14385 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MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching 6.3 9.3 9 6.3 6.3 9.3 7.7 7 7 7.2 6.1 6.3 40544000 420420 6685500 5264500 0 385330 4201000 13917000 3899600 5194900 0 357000 218700 1930700 20020 318360 250690 0 18349 200050 662720 185700 247380 0 17000 10414 0 4728300 4029600 0 0 4722900 4093500 0 0 0 0 0 0 2 1 1 1 2 2 1 0 1 1 0 12 289 3774;7969;8303;8304;15017 False;True;False;False;True 3781;7980;8314;8315;15038 30819;30820;30821;30822;30823;30824;30825;30826;30827;30828;30829;66732;66733;66734;66735;66736;66737;66738;66739;66740;69438;69439;69440;69441;69442;69443;69444;69445;69446;69447;69448;69449;69450;69451;69452;69453;69454;69455;69456;125197;125198;125199;125200;125201;125202;125203 21950;46956;46957;46958;46959;46960;46961;48901;48902;89298;89299;89300;89301;89302;89303 21950;46958;48901;48902;89298 F4I5Y8;Q9C5Z2 F4I5Y8;Q9C5Z2 1;1 1;1 1;1 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H TIF3H1 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H; Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H 2 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 7.6 7.6 7.6 28.887 250 250;337 0.0043018 1.8417 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 7.6 0 0 7.6 0 7.6 7.6 0 1798100 0 0 0 0 294370 0 0 776010 0 379730 347950 0 149840 0 0 0 0 24531 0 0 64668 0 31644 28996 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 287830 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 3 290 6604 True 6614 55181;55182;55183;55184 38976;38977;38978 38976 F4I601;F4I600 F4I601;F4I600 1;1 1;1 1;1 At1g16820 V-ATPase-related protein; V-ATPase-related protein 2 1 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 22.7 22.7 22.7 7.3872 66 66;93 0.0034211 2.0713 By matching By MS/MS By matching 0 0 0 22.7 0 0 22.7 0 22.7 0 0 0 6018900 0 0 0 699850 0 0 4390300 0 928780 0 0 0 1504700 0 0 0 174960 0 0 1097600 0 232190 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 587240 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 291 9165 True 9178 76355;76356;76357 54165 54165 F4I642;Q9FPS9 F4I642;Q9FPS9 1;1 1;1 1;1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 UBP15 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15; Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 2 2 2 104.06 928 928;924 0.0067265 1.6227 By MS/MS By matching 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 3608000 0 0 0 0 0 0 2280700 0 1327300 0 0 0 94949 0 0 0 0 0 0 60019 0 34929 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 839220 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 292 7587 True 7598 63710;63711 44848 44848 F4I6G9 F4I6G9 1 1 1 CTP synthase At1g30820 CTP synthase 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 2 2 2 65.728 600 600 0.008872 1.552 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 5786800 428460 706870 459630 866750 452990 281210 1044700 446200 448490 334010 317480 0 214330 15869 26180 17023 32102 16777 10415 38693 16526 16611 12371 11758 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 262630 0 0 0 0 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Serine/threonine-protein kinase SRK2A; Serine/threonine-protein kinase SRK2B; Serine/threonine-protein kinase SRK2A; Calcium-independent ABA-activated protein kinase; Isoform 2 of Serine/threonine-protein kinase SRK2E; Serine/threonine-protein kinase SRK2 9 3 1 1 3 3 1 3 3 2 1 2 3 2 2 1 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 11.3 4.3 4.3 42.147 371 371;361;363;314;339;339;362;353;360 0 7.0679 By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching 11.3 11.3 2.7 11.3 11.3 7 4.3 7 11.3 7 7 4.3 1442700 112430 255910 0 356540 417020 0 0 0 300750 0 0 0 72133 5621.6 12796 0 17827 20851 0 0 0 15037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 190150 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 3 295 2277;7398;12242 False;False;True 2284;7409;12259 19073;19074;19075;19076;19077;19078;19079;19080;19081;19082;19083;19084;19085;62039;62040;62041;62042;62043;62044;62045;62046;62047;62048;101582;101583;101584;101585;101586 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synthase 1; Spermidine synthase 2 3 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.3 4.3 4.3 36.506 327 327;334;340 0 6.5162 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.3 4.3 4 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 20822000 1240100 1415800 581860 1889600 1167600 789010 5679500 1617300 1873700 1329500 1788100 1449900 1041100 62007 70788 29093 94481 58381 39451 283970 80867 93685 66475 89405 72496 1219000 982050 0 931450 1072500 942440 1533300 1324100 1183200 1319200 1491200 1588400 1 0 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 19 297 6697;14500 True;True 6707;14521 56043;56044;56045;56046;56047;56048;56049;56050;56051;56052;56053;120860;120861;120862;120863;120864;120865;120866;120867;120868;120869;120870;120871 39497;39498;39499;39500;39501;39502;39503;39504;39505;39506;86108;86109;86110;86111;86112;86113;86114;86115;86116 39504;86111 F4I891;F4I890;Q94AQ8 F4I891;F4I890;Q94AQ8 2;2;2 2;2;2 2;2;2 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Putative WEB family protein At1g65010, chloroplastic 1 7 7 6 3 5 4 6 6 5 6 4 5 5 6 4 3 5 4 6 6 5 6 4 5 5 6 4 3 4 4 5 5 5 5 3 4 5 5 4 8 8 7.1 152.7 1345 1345 0 16.422 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching 3.3 5.1 4.3 6.6 6.6 5.9 6.6 4.2 5.5 5.7 6.5 4.3 49886000 2684400 5712300 3560100 7883500 4055300 2365700 7653500 2465700 4059000 2762500 3958800 2725700 647880 34863 74185 46235 102380 52667 30723 99396 32023 52714 35877 51413 35398 3259200 3918000 2966500 3604700 3693200 3372000 2437700 2082000 2494800 2318200 2865500 2600200 2 3 0 4 4 5 2 2 1 1 0 0 24 301 972;6407;7846;10821;12827;14260;14908 True;True;True;True;True;True;True 976;6417;7857;10835;12845;14280;14929 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Jasmonic acid-amido synthetase JAR1; Isoform 2 of Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 4 11 11 11 5 9 10 9 9 8 8 7 9 10 11 10 5 9 10 9 9 8 8 7 9 10 11 10 5 9 10 9 9 8 8 7 9 10 11 10 21.3 21.3 21.3 65.676 586 586;575;496;520 0 73.799 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9 17.6 19.5 17.6 18.6 17.7 15.9 15 17.7 19.5 21.3 19.5 136310000 6319100 11150000 9969500 16286000 8123300 4815200 19583000 6392100 8821600 14471000 19149000 11224000 5048300 234040 412970 369240 603190 300860 178340 725310 236740 326720 535980 709240 415690 7610400 7671700 7110800 8471200 7442900 6562900 5777200 5850600 5224500 13501000 14666000 11927000 4 6 8 10 9 5 6 6 7 11 12 8 92 341 428;1010;2312;7580;9468;10233;10234;12837;14149;14175;15667 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 429;1014;2319;7591;9481;10246;10247;12855;14169;14195;15688 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391;5188;5189;5190;5191;5192;5193;5194;5195;5196;5197;5266;5267;8131;8132;8133;8134;13035;19920;19921;19922;19923;19924;19925;33224;33225;33226;33227;43334;44094;44095;45505;45506;45507;45508;45509;45510;45511;45512;45513;45514;45515;45516;46968;46969;46970;46971;46972;46973;46974;53834;53835;53836;53837;53838;53839;53840;53841;53842;53843;53844;53845;53846;53847;53848;53849;53850;56721;56722;56723;56724;56725;56726;56727;56728;56729;56730;68534;71113;72844;72845;72846;72847;72848;72849;72850;86596;87343;87344;87345;87346;91874;91875;91876;91877;91878;91879;91880;91881;91882;91883;91884 391;5196;5266;5267;8133;13035;19923;33224;43334;44094;44095;45509;46973;53846;56729;68534;71113;72849;86596;87343;91881 360;361;362;363;364 119;786;797;801;977 F4IWV6;Q8H186 F4IWV6;Q8H186 7;7 7;7 5;5 Probable receptor-like protein kinase At3g55450 PBL1 PBS1-like 1 kinase; Probable receptor-like protein kinase At3g55450 2 7 7 5 4 5 5 3 5 5 2 3 3 3 3 6 4 5 5 3 5 5 2 3 3 3 3 6 2 3 3 2 3 3 1 1 1 1 1 4 19.2 19.2 15 47.345 426 426;389 0 26.426 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.3 13.6 13.1 7.7 13.1 13.1 4.9 7 7.3 7.3 7.3 15.7 198040000 13731000 24489000 18828000 30076000 16805000 13841000 20547000 9051000 12335000 12919000 13484000 11934000 7072900 490410 874600 672420 1074100 600190 494330 733810 323250 440530 461390 481590 426210 8833300 9319600 8716900 8855000 9382600 9202600 4361900 5451800 5616400 8316800 7594000 7309900 6 6 4 4 6 5 3 3 2 5 3 6 53 400 1454;2162;7322;7694;7925;10828;11890 True;True;True;True;True;True;True 1459;2169;7332;7705;7936;10842;11907 12261;12262;12263;12264;12265;12266;12267;18101;18102;18103;18104;18105;18106;18107;18108;18109;61368;64481;64482;64483;64484;64485;64486;64487;66325;66326;66327;66328;66329;66330;66331;66332;66333;66334;66335;66336;66337;66338;66339;66340;66341;66342;66343;66344;66345;66346;66347;66348;90171;98780;98781;98782;98783;98784;98785;98786;98787;98788;98789 8906;8907;8908;8909;8910;8911;13247;13248;13249;13250;13251;13252;13253;13254;13255;43312;45410;45411;45412;46687;46688;46689;46690;46691;46692;46693;46694;46695;46696;46697;46698;46699;46700;46701;46702;46703;46704;46705;46706;46707;46708;46709;46710;46711;46712;46713;63821;70066;70067;70068;70069;70070;70071 8907;13250;43312;45410;46707;63821;70067 365;366 261;374 F4IX23;F4IX22 F4IX23;F4IX22 3;3 3;3 3;3 At3g62010 Uncharacterized protein; Uncharacterized protein 2 3 3 3 2 2 1 0 1 1 1 2 3 1 1 1 2 2 1 0 1 1 1 2 3 1 1 1 2 2 1 0 1 1 1 2 3 1 1 1 3 3 3 141.17 1251 1251;1254 0 7.8796 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS 2.1 2.1 0.8 0 1.3 0.8 1 2.1 3 0.8 0.8 0.8 9329600 857100 1085600 640950 0 242380 583770 1809000 802590 1899000 468400 492530 448230 118100 10849 13742 8113.3 0 3068.1 7389.5 22898 10159 24038 5929.1 6234.6 5673.8 0 0 0 0 0 0 0 0 1200700 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 5 401 8688;11006;12734 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.8 13.8 6.5 18.2 13.8 10.8 6.8 12.5 17.6 15.2 10.8 8.1 36493000 1561200 3522900 1551600 4365900 3518600 2217600 4142200 4176600 7807100 1597900 1459000 572320 2280800 97574 220180 96976 272870 219910 138600 258890 261040 487950 99870 91188 35770 1820300 2584300 2427600 2246000 3471300 3209800 0 2166000 2562700 1812800 1493400 1273800 2 4 2 3 6 2 3 1 5 3 1 1 33 417 2277;5307;7398;9292;12240;15404 True;True;True;True;True;True 2284;5317;7409;9305;12257;15425 19073;19074;19075;19076;19077;19078;19079;19080;19081;19082;19083;19084;19085;43785;43786;43787;62039;62040;62041;62042;62043;62044;62045;62046;62047;62048;77502;77503;77504;77505;101577;101578;101579;128443;128444;128445;128446;128447;128448;128449;128450;128451;128452 13938;13939;13940;13941;13942;13943;13944;13945;13946;13947;13948;13949;13950;13951;31206;31207;43713;43714;43715;43716;43717;43718;43719;43720;43721;55041;72219;72220;72221;72222;91527;91528;91529 13940;31207;43714;55041;72219;91527 390 295 F4J0P2 F4J0P2 12 12 12 At3g50590 Transducin/WD40 domain-containing protein 1 12 12 12 6 8 8 7 8 7 6 6 5 5 7 6 6 8 8 7 8 7 6 6 5 5 7 6 6 8 8 7 8 7 6 6 5 5 7 6 10.8 10.8 10.8 176.3 1614 1614 0 40.053 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5 6.4 6.4 5.5 6.2 5.7 5.6 5 4.3 4 5.6 4.5 60096000 3847000 6940100 5482800 7975600 4500700 3365100 9166000 3282400 5461300 3442400 3412700 3220300 760710 48696 87849 69403 100960 56971 42596 116020 41550 69130 43575 43199 40763 3540600 4319200 3233600 3910800 3502900 3885300 3224400 3783500 3703800 3588600 3201000 3632500 4 7 4 6 6 5 4 6 4 2 5 4 57 418 5153;5645;5853;6888;7119;8533;9329;9967;10018;10506;11188;14187 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 5163;5655;5863;6898;7129;8544;9342;9980;10031;10519;11202;14207 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kinase family protein; ATMRK1 2 5 4 4 2 2 3 3 2 3 4 3 2 2 2 3 1 1 2 2 1 2 3 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 2 3 2 1 1 1 2 26.5 24.1 24.1 37.331 344 344;391 0 44.698 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.4 8.4 11.9 17.4 8.4 11.9 17.4 11.9 8.4 8.4 8.4 11.9 39377000 1472100 1519200 3130300 4610100 2092700 1777800 9621600 3052600 3246800 2960800 3481200 2411600 2072500 77477 79960 164750 242640 110140 93567 506400 160670 170880 155830 183220 126930 1955500 0 2226600 2318700 2198600 2348900 2173900 2383100 2290800 2737200 2734400 2575100 1 1 2 2 1 2 4 1 1 1 1 3 20 419 1405;3459;5088;13888;14331 True;True;False;True;True 1410;3466;5098;13908;14351 11904;11905;11906;11907;11908;11909;11910;11911;11912;11913;11914;11915;11916;11917;11918;11919;11920;11921;11922;11923;11924;11925;11926;28316;28317;28318;28319;28320;28321;41887;41888;41889;41890;41891;41892;41893;41894;41895;41896;41897;41898;115571;119381 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410;439;617;924;940 F4J117 F4J117 2 2 2 Phosphoglucan phosphatase LSF1, chloroplastic LSF1 Phosphoglucan phosphatase LSF1, chloroplastic 1 2 2 2 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 2 1 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 2 1 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 2 1 5.2 5.2 5.2 65.74 591 591 0 48.984 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.9 5.2 5.2 5.2 2.9 5.2 2.4 5.2 2.4 2.9 5.2 2.9 6879300 0 298460 1176200 1374500 320560 271620 918140 511980 561240 324310 880010 242290 245690 0 10659 42006 49089 11449 9700.7 32791 18285 20044 11583 31429 8653.3 0 0 809140 741400 0 0 0 538340 0 0 709860 0 1 1 2 2 2 1 0 2 0 2 1 2 16 421 1492;11306 True;True 1497;11321 12542;12543;12544;12545;12546;12547;12548;12549;12550;12551;94123;94124;94125;94126;94127;94128;94129;94130 9113;9114;9115;9116;9117;9118;9119;9120;9121;9122;9123;9124;9125;9126;9127;66714 9117;66714 F4J153 F4J153 1 1 1 At3g03570 Uncharacterized protein 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 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topoisomerase-like protein 2 9 9 9 4 5 4 6 5 6 0 2 4 4 6 1 4 5 4 6 5 6 0 2 4 4 6 1 4 5 4 6 5 6 0 2 4 4 6 1 12.1 12.1 12.1 80.745 734 734;772 0 23.874 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 6 5.4 4.4 8.4 9.4 8.6 0 3.1 4.9 6 6.3 2.6 44660000 2591100 5659600 3456700 9060000 5949000 7721700 0 1074800 3078700 2120400 3872200 75326 930410 53981 117910 72014 188750 123940 160870 0 22392 64139 44174 80672 1569.3 2715200 3071700 2681900 4155400 3933300 10604000 0 1822300 2242300 2452100 2915400 0 3 2 1 1 4 5 0 0 1 1 3 0 21 424 794;825;1143;7522;9419;9986;13531;14669;15441 True;True;True;True;True;True;True;True;True 797;829;1147;7533;9432;9999;13550;14690;15462 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.7 6.8 3.7 5.8 5.8 4.6 9.1 6 5.6 4.1 7.5 7.5 73664000 3443200 9426500 3998300 9104400 4695400 2480600 15718000 5636400 4067500 3503400 6324100 5266600 1938500 90609 248070 105220 239590 123560 65279 413630 148330 107040 92195 166420 138590 3664100 5524800 3750300 4416900 4300000 3400900 3433800 4720200 3320800 4576100 4766200 4972200 2 5 3 6 4 1 5 4 4 4 4 4 46 427 1170;1997;4771;5208;9725;10595;10609;11710;13909 True;True;True;True;True;True;True;True;True 1174;2004;4781;5218;9738;10608;10622;11726;13929 9877;9878;9879;9880;9881;9882;9883;9884;9885;9886;9887;9888;16689;16690;16691;39362;39363;39364;39365;39366;39367;39368;39369;39370;39371;39372;42948;81176;81177;81178;81179;88447;88448;88449;88450;88451;88452;88453;88454;88455;88456;88457;88458;88555;88556;88557;88558;88559;88560;88561;88562;88563;97263;97264;97265;97266;97267;97268;115705;115706;115707;115708;115709;115710;115711;115712;115713;115714 7244;7245;7246;7247;7248;7249;7250;12279;12280;28185;28186;30587;57676;57677;57678;62501;62502;62503;62504;62505;62506;62507;62508;62509;62510;62511;62512;62513;62574;62575;62576;62577;62578;62579;62580;62581;68913;68914;82413;82414;82415;82416;82417;82418;82419;82420;82421;82422 7246;12279;28186;30587;57678;62508;62576;68914;82422 410 853 F4J244;P53780-2;P53780 F4J244;P53780-2;P53780 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Cystathionine beta-lyase, chloroplastic CBL Cystathionine beta-lyase; Isoform 2 of Cystathionine beta-lyase, chloroplastic; Cystathionine beta-lyase, chloroplastic 3 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 2.9 2.9 2.9 41.291 378 378;449;464 0.002809 2.2204 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 2.9 2.9 0 2.9 2.9 0 0 0 0 2.9 2.9 2.9 1854400 0 245960 0 397280 337350 0 0 0 0 185810 345100 342950 92722 0 12298 0 19864 16868 0 0 0 0 9290.4 17255 17148 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 371730 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 5 428 8310 True 8321 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3;3 3;3 Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component 1 of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial LTA3 Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component 1 of pyruvate dehydrogenase complex; Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component 1 of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial 2 3 3 3 1 0 0 2 2 1 3 2 2 0 1 0 1 0 0 2 2 1 3 2 2 0 1 0 1 0 0 2 2 1 3 2 2 0 1 0 8.1 8.1 8.1 77.893 713 713;637 0 7.3603 By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 1.4 0 0 4.5 5 3.1 8.1 4.5 4.5 0 3.6 0 5527800 69011 0 0 1122000 528700 142160 2317300 382420 538550 0 427600 0 141740 1769.5 0 0 28770 13556 3645.1 59418 9805.6 13809 0 10964 0 0 0 0 0 0 0 621010 0 346340 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 0 1 0 5 447 4467;8755;12065 True;True;True 4477;8766;12082 36727;36728;36729;36730;36731;72844;72845;72846;72847;72848;72849;100162;100163;100164 26204;51410;71133;71134;71135 26204;51410;71133 429 678 F4J661;Q94AF9-2;Q94AF9 F4J661;Q94AF9-2;Q94AF9 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Sugar transporter ERD6-like 11 At3g05165 Major facilitator superfamily protein; Isoform 2 of Sugar transporter ERD6-like 11; Sugar transporter ERD6-like 11 3 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 3.9 3.9 3.9 51.641 467 467;284;467 1 -2 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 + 448 4284 True 4294 35214 25182 25182 430 242 F4J6A8 F4J6A8 5 5 4 At3g11450 DnaJ and Myb-like DNA-binding domain-containing protein 1 5 5 4 3 1 2 2 3 2 2 2 1 3 2 1 3 1 2 2 3 2 2 2 1 3 2 1 2 1 2 2 3 2 2 2 1 3 2 1 8.3 8.3 6.6 73.989 647 647 0 5.9771 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.6 1.5 2.9 2.9 4.5 2.9 2.9 2.9 1.5 5.1 2.9 1.5 24894000 2355600 2050200 2221700 3452400 1500800 1558000 3236000 1424300 1388600 1638500 2051900 2015400 754350 71383 62128 67325 104620 45477 47213 98061 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MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.5 8.5 8.5 8.5 8.5 8.5 8.5 17 8.5 8.5 17 8.5 6952100 711410 355340 850820 920180 355070 292560 466010 792170 702000 382870 619890 503800 1738000 177850 88835 212700 230040 88767 73139 116500 198040 175500 95718 154970 125950 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 512780 0 1 1 0 1 0 1 1 0 2 1 1 1 10 455 5872;14668 True;True 5882;14689 48799;48800;48801;48802;48803;48804;48805;48806;48807;48808;48809;122253;122254;122255 34716;34717;34718;34719;34720;34721;34722;34723;34724;87120 34722;87120 F4J7G9;Q9ZSD4 F4J7G9;Q9ZSD4 5;5 5;5 5;5 Syntaxin-121 SYP121 Syntaxin-121; Syntaxin-121 2 5 5 5 3 3 3 3 3 3 5 3 4 2 2 2 3 3 3 3 3 3 5 3 4 2 2 2 3 3 3 3 3 3 5 3 4 2 2 2 14.9 14.9 14.9 34.658 315 315;346 0 8.3541 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.8 10.8 10.8 10.8 10.8 7.3 14.9 10.8 10.8 7.3 7.3 7.3 17616000 1445300 2067800 1117400 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22301;22302;22303;22304;22305;22306;22307;39424;39425;65766;65767;65768;65769;65770;65771;65772;65773;65774;65775;65776;65777;68256;69651;69652;69653;69654;69655;69656;69657;69658;100221;107688;107689;107690;107691;113952;113953;113954;113955;113956;113957;113958;113959;113960;113961;113962;129940;129941;129942 16221;28224;46335;46336;46337;46338;46339;46340;46341;48079;49025;49026;49027;49028;49029;49030;49031;49032;71171;76611;81083;81084;81085;92465 16221;28224;46341;48079;49025;71171;76611;81085;92465 440;441 515;817 F4J7T1;F4J7T2;F4J7T3 F4J7T1;F4J7T2;F4J7T3 2;2;2 2;2;2 2;2;2 Chromatin modification-related protein EAF1 B;Chromatin modification-related protein EAF1 A At3g24870;EAF1B;EAF1A Helicase/SANT-associated, DNA binding protein; Helicase/SANT-associated, DNA binding protein; Helicase/SANT-associated, DNA binding protein 3 2 2 2 2 2 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1.5 1.5 1.5 205.23 1899 1899;1907;1957 0 15.24 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.5 1.5 1.5 0.8 0.8 0.8 0 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 7733600 638690 1555500 847560 881760 668740 493480 0 485010 509930 622490 593990 436490 112080 9256.4 22543 12284 12779 9691.9 7151.8 0 7029.1 7390.3 9021.6 8608.5 6326 0 1065300 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 15 458 5098;10462 True;True 5108;10475 41999;42000;42001;87366;87367;87368;87369;87370;87371;87372;87373;87374;87375;87376 29924;29925;29926;61820;61821;61822;61823;61824;61825;61826;61827;61828;61829;61830;61831 29926;61831 F4J7X6;Q8GY65 F4J7X6;Q8GY65 2;2 2;2 2;2 At3g46110 Uncharacterized protein; At3g46110 2 2 2 2 2 2 1 1 2 1 0 1 0 2 2 2 2 2 1 1 2 1 0 1 0 2 2 2 2 2 1 1 2 1 0 1 0 2 2 2 7.1 7.1 7.1 35.431 311 311;343 0 15.968 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.1 7.1 3.9 3.9 7.1 3.9 0 3.2 0 7.1 7.1 7.1 4075600 577610 714440 321400 612820 430500 192710 0 108660 0 417780 366100 333580 239740 33977 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protein 1 3 3 3 1 2 0 2 2 1 1 3 2 2 2 2 1 2 0 2 2 1 1 3 2 2 2 2 1 2 0 2 2 1 1 3 2 2 2 2 7.5 7.5 7.5 70.098 638 638 0 35.016 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.2 4.9 0 5.3 4.9 2.7 2.7 7.5 4.9 4.9 4.9 4.9 4869200 321100 551170 0 389460 593560 0 0 409360 637390 633310 707670 626210 157070 10358 17780 0 12563 19147 0 0 13205 20561 20429 22828 20200 0 0 0 0 562540 0 0 310170 404040 633870 557540 700740 1 2 0 2 3 1 1 4 2 3 2 2 23 472 2406;8274;12392 True;True;True 2413;8285;12409 20086;20087;20088;69247;69248;69249;69250;69251;69252;69253;69254;102870;102871;102872;102873;102874;102875;102876;102877;102878 14624;14625;14626;48775;48776;48777;48778;48779;48780;48781;48782;48783;73138;73139;73140;73141;73142;73143;73144;73145;73146;73147;73148 14625;48782;73147 Q9LHN3;F4J9W8 Q9LHN3;F4J9W8 6;6 6;6 6;6 At3g18860 AT3g18860/MCB22_3; Transducin family protein / WD-40 repeat family protein 2 6 6 6 5 2 3 3 3 3 6 4 3 3 4 4 5 2 3 3 3 3 6 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20549;45788;45789;45790;45791;45792;45793;45794;45795;63365;63366;63367;63368;63369;63370;63371;63372;63373;63374;63375;73674;73675;78707;78708;83187;83188;83189;83190;83191 20549;45788;63366;73674;78708;83187 F4J9Z1;F4J9Y9;Q9LJ65 F4J9Z1;F4J9Y9;Q9LJ65 1;1;1 1;1;1 1;1;1 At3g19010 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein 3 1 1 1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 5.1 5.1 5.1 34.383 297 297;319;349 0.0014383 2.3936 By matching By matching By MS/MS 0 0 5.1 0 5.1 0 0 5.1 0 0 0 0 806520 0 0 284540 0 198090 0 0 323890 0 0 0 0 50407 0 0 17784 0 12381 0 0 20243 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 266400 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 474 8471 True 8482 70630;70631;70632 49814 49814 449 1 F4JAA5 F4JAA5 2 2 2 ATP-dependent RNA helicase SKI2 SKI2 DExD/H box RNA helicase 1 2 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 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ribonucleoprotein, chloroplastic CP29;CP29A Chloroplast RNA-binding protein 29; Isoform 2 of 29 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic; 29 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic 3 8 6 6 7 8 7 8 8 8 7 6 6 7 8 6 5 6 5 6 6 6 5 4 5 5 6 4 5 6 5 6 6 6 5 4 5 5 6 4 25.3 22.9 22.9 38.403 363 363;334;342 0 70.957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 18.7 25.3 21.8 25.3 25.3 25.3 18.7 20.7 18.7 25.3 25.3 18.7 240250000 17502000 32388000 19374000 40653000 23840000 19069000 26781000 10885000 14035000 11912000 11284000 12525000 10920000 795540 1472200 880630 1847900 1083700 866770 1217300 494780 637960 541460 512900 569330 17202000 18294000 17318000 19180000 20513000 21788000 6714100 10371000 8342500 11613000 14326000 14486000 5 6 4 3 3 4 5 3 3 3 4 3 46 477 728;4014;4116;11309;14242;14543;14544;14749 True;True;True;True;False;False;True;True 731;4022;4124;11324;14262;14564;14565;14770 6184;6185;6186;6187;6188;6189;6190;6191;6192;6193;6194;6195;32742;32743;32744;32745;32746;32747;32748;32749;32750;33593;33594;33595;33596;33597;33598;33599;33600;94149;94150;94151;94152;94153;94154;94155;94156;94157;94158;94159;94160;94161;94162;118614;118615;118616;118617;118618;118619;118620;118621;118622;118623;118624;118625;121201;121202;121203;121204;121205;121206;121207;121208;121209;121210;121211;121212;121213;121214;121215;121216;121217;121218;121219;121220;121221;121222;121223;121224;121225;121226;121227;121228;121229;121230;121231;121232;121233;121234;122937;122938;122939;122940;122941;122942;122943;122944;122945;122946;122947 4620;4621;4622;4623;4624;4625;4626;4627;4628;4629;4630;4631;23290;23291;23292;23293;23938;23939;23940;66726;66727;66728;66729;66730;66731;66732;66733;66734;66735;66736;66737;84603;86365;86366;86367;86368;86369;86370;86371;86372;86373;86374;86375;86376;86377;86378;87566;87567;87568;87569;87570 4629;23291;23940;66727;84603;86366;86371;87569 F4JAG3;Q8VZC0-2;Q8VZC0;B3H4I6 F4JAG3;Q8VZC0-2;Q8VZC0;B3H4I6 5;5;5;4 4;4;4;3 4;4;4;3 UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 UXS1 UDP-glucuronic acid decarboxylase 1; Isoform 2 of UDP-glucuronic acid decarboxylase 1; UDP-glucuronic acid decarboxylase 1; UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 4 5 4 4 4 4 3 5 4 4 4 2 3 4 4 4 3 3 2 4 3 3 3 2 2 3 3 3 3 3 2 4 3 3 3 2 2 3 3 3 11.8 10 10 51.391 458 458;433;435;354 0 18.01 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.4 9.4 6.8 11.8 9.4 9.4 9 4.8 6.6 9.4 9.4 9.4 52801000 4466900 5255600 1956400 8977100 3871300 3133000 7165800 1976700 3272900 4032900 4929000 3763400 1955600 165440 194650 72461 332480 143380 116040 265400 73210 121220 149370 182550 139390 4422600 3564100 3332100 3633000 3562300 2934400 1908400 1708900 2045200 3932100 3944600 4249000 4 4 2 5 3 2 0 0 0 4 2 4 30 478 5293;5612;7096;12371;12504 False;True;True;True;True 5303;5622;7106;12388;12522 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4.1 2572600 0 405340 0 389330 307370 189460 368090 176270 178910 0 296130 261740 135400 0 21334 0 20491 16178 9971.6 19373 9277.1 9416.5 0 15586 13776 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 283700 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 12 479 12145 True 12162 100705;100706;100707;100708;100709;100710;100711;100712;100713;100714;100715;100716 71551;71552;71553;71554;71555;71556;71557;71558;71559;71560;71561;71562 71554 F4JB05;F4JB06 F4JB05;F4JB06 15;11 1;1 1;1 At3g12915 Ribosomal protein S5/Elongation factor G/III/V family protein; Ribosomal protein S5/Elongation factor G/III/V family protein 2 15 1 1 14 15 14 15 13 14 14 14 15 13 14 13 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13.5 1.7 1.7 90.994 820 820;767 0 7.3974 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 13.3 13.5 13.2 13.5 12.7 13.5 13.4 13.4 13.5 13.3 13.3 13.3 7796900 0 567830 744020 449570 426830 278940 2558400 391700 594680 377950 800190 606820 177200 0 12905 16910 10217 9700.7 6339.6 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At3g13062; Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein; At3g13062 3 2 2 2 0 0 0 0 0 0 1 2 1 2 2 1 0 0 0 0 0 0 1 2 1 2 2 1 0 0 0 0 0 0 1 2 1 2 2 1 5.5 5.5 5.5 45.31 403 403;411;440 0.0031348 2.161 By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 3.2 5.5 3.2 5.5 5.5 3.2 2292600 0 0 0 0 0 0 694040 209070 521600 312280 555660 0 120670 0 0 0 0 0 0 36528 11004 27453 16436 29245 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 459650 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1 2 1 7 481 3899;13739 True;True 3906;13759 31842;31843;31844;31845;31846;31847;31848;114296;114297;114298 22627;22628;22629;22630;81328;81329;81330 22630;81329 F4JB65 F4JB65 2 2 2 At3g19370 Uncharacterized protein 1 2 2 2 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 3.4 3.4 3.4 81.547 704 704 0.0011009 2.5428 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 0 1.4 0 0 0 1.4 1.4 0 1.4 0 0 2 990400 0 341670 0 0 0 0 648730 0 0 0 0 0 26063 0 8991.3 0 0 0 0 17072 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 175480 0 0 0 0 0 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35508;35509;35510;35511;35512;35513;35514;35515;35516;35517;35518;35519;37909;37910;37911;37912;37913;37914;37915;37916;49428;49429;49430;49431;49432;49433;49434;49435;49436;49437;49438;54830;54831;54832;54833;54834;54835;54836;54837;54838;83361;83362;83363;83364;83365;83366;83367;83368;83369;83370;92283;92284;92285;92286;92287;92288;92289;92290;92375;96872;96873;96874;96875;96876;97220;119399;119400;119401;119402;119403;119404;119405;119406;119407 25325;25326;25327;25328;25329;25330;25331;25332;25333;25334;25335;25336;27070;27071;27072;35192;35193;35194;35195;35196;35197;35198;35199;35200;38752;59252;59253;59254;59255;59256;65398;65460;68590;68591;68592;68593;68594;68885;85119 25334;27070;35199;38752;59255;65398;65460;68591;68885;85119 Q9SU70;F4JCT1 Q9SU70;F4JCT1 1;1 1;1 1;1 T17F15.60;At3g48070 At3g48070; RING/U-box domain-containing protein 2 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.6 5.6 5.6 35.234 319 319;350 0 7.0132 By MS/MS 0 5.6 0 0 0 0 0 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11018;11019;11020;11021;11022;11023;11024;11025;11026;11027;11028;11029;11030;11031;11032;11033;52051;52052;52053;52054;52055;52056;52057;52058;58178;58179;58180;58181;58182;58183;58184;58185;58186;58187;58188;58189;58190;69209;69210;69211;69212;69213;69214;69215 11033;52056;58188;69214 467 35 F4JD57;Q84L31;F4JD59;Q84L31-2;A8MR76;Q84L30-2;Q84L30 F4JD57;Q84L31;F4JD59;Q84L31-2;A8MR76;Q84L30-2;Q84L30 4;4;3;3;2;2;2 4;4;3;3;2;2;2 4;4;3;3;2;2;2 Ubiquitin receptor RAD23c;Ubiquitin receptor RAD23d RAD23C;RAD23D UV excision repair protein RAD23C; Ubiquitin receptor RAD23c; UV excision repair protein RAD23C; Isoform 2 of Ubiquitin receptor RAD23c; Putative DNA repair protein RAD23-4; Isoform 2 of Ubiquitin receptor RAD23d; Ubiquitin receptor RAD23d 7 4 4 4 3 2 1 1 2 2 3 2 2 3 3 3 3 2 1 1 2 2 3 2 2 3 3 3 3 2 1 1 2 2 3 2 2 3 3 3 12.2 12.2 12.2 44.159 418 418;419;299;337;332;343;378 0 21.055 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.6 5.7 2.2 3.6 5.5 5.5 7.7 5.5 8.1 10 10.3 7.7 21569000 1567800 346890 630790 933860 847750 501360 6334800 1365300 3394900 855060 4070900 719520 1198300 87099 19272 35044 51881 47097 27854 351930 75849 188610 47503 226160 39974 0 0 0 0 1291500 1133100 1112700 1552600 0 1346800 1460700 1296900 2 1 2 0 1 0 3 1 0 2 1 2 15 497 76;9160;9536;11327 True;True;True;True 76;9173;9549;11342 720;721;722;723;724;725;726;76335;76336;76337;76338;76339;76340;76341;76342;76343;76344;79579;79580;79581;79582;79583;79584;94289;94290;94291;94292 573;54152;54153;54154;54155;54156;54157;54158;56507;56508;56509;56510;56511;56512;66789;66790 573;54153;56512;66789 F4JD96;Q9SFU1 F4JD96;Q9SFU1 6;6 6;6 4;4 60S ribosomal protein L13a-1 At3g07110;RPL13AA 60S ribosomal protein L13a-1; 60S ribosomal protein L13a-1 2 6 6 4 5 5 3 5 5 4 6 5 4 4 6 4 5 5 3 5 5 4 6 5 4 4 6 4 3 3 2 3 3 2 4 3 2 2 4 2 26.6 26.6 20.8 23.594 207 207;206 0 23.738 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 24.2 26.6 18.4 26.6 26.6 20.8 26.6 24.2 20.8 18.4 26.6 18.4 49126000 2623700 3582300 2313400 6408300 3432100 2249100 14807000 3397300 3997900 1867000 3060000 1387700 4466000 238520 325660 210310 582570 312010 204460 1346100 308840 363450 169730 278180 126150 2813500 2151700 1988200 2887800 3126100 3285500 3764800 2788400 2624000 2035700 2101800 1647600 3 1 2 3 2 3 3 1 1 3 3 2 27 498 1906;2292;7232;7418;13690;13953 True;True;True;True;True;True 1913;2299;7242;7429;13710;13973 16040;16041;16042;16043;16044;16045;16046;16047;16048;16049;16050;19216;19217;19218;19219;19220;19221;19222;19223;60623;60624;60625;60626;60627;60628;60629;60630;60631;60632;60633;60634;62233;62234;62235;62236;62237;62238;62239;62240;62241;62242;62243;62244;62245;62246;62247;62248;62249;113852;113853;113854;113855;113856;113857;113858;116086;116087;116088;116089;116090;116091 11823;11824;11825;11826;14013;14014;14015;42849;42850;42851;42852;42853;42854;42855;42856;42857;42858;42859;42860;43803;43804;43805;81031;81032;82757;82758;82759 11825;14015;42850;43803;81031;82759 F4JE02;Q6Q1P4 F4JE02;Q6Q1P4 1;1 1;1 1;1 Structural maintenance of chromosomes protein;Structural maintenance of chromosomes protein 1 TTN8;SMC1 Structural maintenance of chromosomes protein; Structural maintenance of chromosomes protein 1 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0.9 0.9 0.9 143.21 1238 1238;1218 0.003137 2.1662 By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9 0.9 0 335220 0 0 0 0 0 0 0 0 0 174770 160440 0 5237.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2730.8 2506.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 132720 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 2 499 11265 True 11280 93750;93751 66429;66430 66430 F4JE40;Q94KJ7 F4JE40;Q94KJ7 1;1 1;1 1;1 Vacuolar protein-sorting-associated protein 33 homolog ATVPS33;VPS33 Vacuolar protein sorting-associated protein 33-like protein; Vacuolar protein sorting-associated protein 33 homolog 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2.3 2.3 2.3 68.931 608 608;592 0.0061271 1.6587 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 2.3 0 0 0 0 0 374570 0 0 0 0 0 0 374570 0 0 0 0 0 10702 0 0 0 0 0 0 10702 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 101320 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 500 1291 True 1296 10863 7970 7970 F4JEB4 F4JEB4 1 1 1 At3g01410 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3.1 3.1 3.1 31.67 294 294 1 -2 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 3.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 + 501 8591 True 8602 71561 50545 50545 468;469 1;5 F4JED5;Q9SFV7 F4JED5;Q9SFV7 1;1 1;1 1;1 GTP cyclohydrolase 1 At3g07270;GCH1 GTP cyclohydrolase I; At3g07270 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 2.8 2.8 2.8 51.483 466 466;466 0.00038805 2.9647 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.8 0 2.8 2.8 2.8 2.8 0 0 0 2.8 2.8 2.8 3457500 438800 0 426290 799060 299200 353750 0 0 0 320610 486170 333590 157160 19946 0 19377 36321 13600 16080 0 0 0 14573 22098 15163 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 361580 1 0 1 1 2 1 0 0 0 1 1 1 9 502 3423 True 3430 28035;28036;28037;28038;28039;28040;28041;28042 20046;20047;20048;20049;20050;20051;20052;20053;20054 20046 F4JEJ0;Q43866;B6EUC8;F4HYP3;Q67XZ3 F4JEJ0;Q43866 11;11;1;1;1 11;11;1;1;1 10;10;1;1;1 Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV1 ATBFRUCT1;CWINV1 Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV1; Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV1 5 11 11 10 10 11 6 9 10 10 8 7 7 11 11 10 10 11 6 9 10 10 8 7 7 11 11 10 9 10 6 9 9 9 8 7 7 10 10 9 21.9 21.9 20.1 65.953 581 581;584;555;579;594 0 87.921 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 18.9 21.9 10 17.7 18.9 18.6 16.4 12.4 12.4 21.9 21.9 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8166;8167;8168;8169;8170;8171;8172;8173;8174;8175;8176;8177;18640;18641;18642;18643;18644;18645;28019;28020;28021;28022;28023;28024;28025;35588;35589;35590;35591;35592;35593;35594;35595;35596;68226;68227;68228;68229;68230;68231;68232;68233;68234;68235;68236;68237;78815;78816;78817;78818;78819;78820;78821;78822;78823;78824;78825;78826;83614;83615;83616;83617;83618;83619;83620;83621;83622;83623;83624;92227;92228;92229;92230;92231;92232;92233;92234;92235;92236;92237;97692;97693;97694;97695;97696;97697;97698;97699;97700;97701;97702;97703;127576;127577;127578;127579;127580;127581;127582;127583;127584;127585;127586;130514;130515;130516;130517;130518;130519;130520;130521;130522;130523;130524;130525 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14.959 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.4 6.9 12.8 9.8 12.8 4 6.9 12.8 7.3 11.3 11.3 16.8 33423000 729970 989080 4819100 4082700 3075500 435950 3393300 4180700 557070 3111200 2041800 6007000 1152500 25171 34106 166180 140780 106050 15033 117010 144160 19209 107280 70407 207140 1616700 2569900 2586700 1075200 2059200 2431000 1850200 2315200 1008000 3232200 1998300 3902300 0 2 2 3 2 1 1 0 2 6 4 5 28 504 2773;10064;10906;11938;12164;12912 True;True;True;True;True;True 2780;10077;10920;11955;12181;12930 23018;23019;23020;23021;23022;23023;23024;23025;23026;83851;83852;83853;90842;90843;90844;90845;90846;90847;90848;99139;99140;99141;99142;99143;100877;100878;100879;100880;100881;100882;100883;100884;100885;100886;100887;100888;107242;107243;107244;107245;107246;107247;107248;107249;107250;107251 16726;16727;16728;16729;16730;16731;16732;59585;59586;59587;64273;64274;64275;64276;64277;64278;70332;70333;70334;70335;70336;71693;76267;76268;76269;76270;76271;76272 16730;59587;64277;70333;71693;76270 473 457 F4JET6;Q9LT40;Q8RWR1 F4JET6;Q9LT40;Q8RWR1 2;2;2 2;2;2 2;2;2 Putative lysine-specific demethylase JMJD5 At3g20810;JMJD5 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein 3 2 2 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 7 7 7 44.659 398 398;418;429 0 12.409 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 505 11002;11382 True;True 11016;11397 91526;94762 64786;67062 64786;67062 F4JEX5 F4JEX5 1 1 1 At3g27120 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 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(S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO2; Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO2 2 5 2 2 2 2 1 2 2 3 3 4 3 3 3 3 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 15.5 6.4 6.4 40.934 373 373;367 0.00039262 3.0561 By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.4 6.4 2.7 6.4 7.5 10.2 9.1 11.8 9.1 10.2 10.2 10.2 8756500 253850 416490 268460 718140 217630 292810 2170100 984810 931000 800240 815440 887520 380720 11037 18108 11672 31224 9462 12731 94354 42818 40478 34793 35454 38588 0 0 0 0 0 0 0 0 0 786360 685740 952170 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 2 1 7 513 635;3758;5937;8490;14652 False;False;True;False;True 638;3765;5947;8501;14673 5386;5387;5388;30688;49324;49325;49326;49327;49328;70773;70774;70775;70776;70777;70778;70779;70780;70781;70782;70783;122079;122080;122081;122082;122083;122084;122085;122086;122087;122088;122089 4008;4009;4010;21851;35117;35118;35119;49903;49904;49905;49906;49907;49908;49909;49910;49911;49912;49913;49914;49915;49916;86954;86955;86956;86957;86958;86959 4008;21851;35119;49911;86957 488;489;490 1;71;74 F4JG57;Q9SYI0 F4JG57;Q9SYI0 9;9 9;9 9;9 Protein translocase subunit SecA;Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic AGY1;SECA1 Protein translocase subunit SecA; Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic 2 9 9 9 6 7 6 7 8 8 5 6 9 8 8 9 6 7 6 7 8 8 5 6 9 8 8 9 6 7 6 7 8 8 5 6 9 8 8 9 10.7 10.7 10.7 117.41 1042 1042;1022 0 67.974 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.2 8.3 7 8.4 9.5 9.5 6.5 7.3 10.7 9.5 9.5 10.7 68070000 3296300 6517400 4050300 6918300 4539700 3596300 9602400 4413800 6951800 5731200 6843400 5608600 1063600 51504 101830 63287 108100 70932 56192 150040 68966 108620 89550 106930 87634 3844300 4414800 3410700 4194500 3915500 4228800 3065700 4191600 4159600 5038800 5232400 5275800 5 3 6 5 5 4 3 4 6 5 8 9 63 514 812;2573;4820;6679;7112;12508;13161;14070;15032 True;True;True;True;True;True;True;True;True 816;2580;4830;6689;7122;12526;13179;14090;15053 6883;6884;6885;6886;6887;6888;6889;6890;6891;21477;21478;21479;21480;21481;21482;21483;21484;21485;21486;39783;39784;39785;55872;55873;55874;55875;55876;55877;55878;55879;55880;55881;59567;59568;59569;59570;59571;59572;59573;59574;59575;59576;59577;103775;103776;103777;103778;103779;103780;103781;103782;103783;103784;103785;109401;109402;109403;109404;109405;109406;109407;109408;109409;109410;109411;109412;117095;117096;117097;117098;117099;117100;117101;117102;117103;117104;125311;125312;125313;125314;125315;125316;125317;125318;125319;125320;125321;125322 5100;5101;5102;5103;5104;5105;15624;15625;28489;39400;39401;42064;42065;42066;42067;42068;42069;42070;42071;42072;42073;42074;73831;73832;73833;73834;73835;77872;77873;77874;77875;77876;77877;77878;77879;77880;77881;77882;77883;77884;77885;83524;83525;83526;83527;83528;83529;83530;83531;83532;83533;89352;89353;89354;89355;89356;89357;89358;89359;89360;89361;89362;89363;89364 5102;15624;28489;39401;42064;73831;77878;83526;89356 491;492 236;583 F4JGB9;Q7Y1Z8 F4JGB9;Q7Y1Z8 1;1 1;1 1;1 At4g04320 Malonyl-CoA decarboxylase; Malonyl-CoA decarboxylase 2 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 3.9 3.9 3.9 58.323 517 517;518 0 3.2648 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.9 3.9 0 3.9 0 0 0 3.9 0 3.9 3.9 3.9 2463200 0 579420 0 611850 0 0 0 0 0 399830 495160 376970 102630 0 24142 0 25494 0 0 0 0 0 16660 20632 15707 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 408610 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 2 6 515 3250 True 3257 26737;26738;26739;26740;26741;26742;26743 19141;19142;19143;19144;19145;19146 19144 F4JGE0;F4JNH7;Q9XEC7;Q3E9X6-2;Q9SYS3;Q9XEC6;Q9SYS7;Q3E9X6 F4JGE0;F4JNH7;Q9XEC7;Q3E9X6-2;Q9SYS3;Q9XEC6;Q9SYS7;Q3E9X6 1;1;1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1;1;1;1 Cysteine-rich receptor-like protein kinase 37;Cysteine-rich receptor-like protein kinase 21;Cysteine-rich receptor-like protein kinase 40;Cysteine-rich receptor-like protein kinase 36;Putative cysteine-rich receptor-like protein kinase 39 CRK40;CRK21;CRK37;CRK36;CRK39 Cysteine-rich receptor-like protein kinase 40; Cysteine-rich receptor-like protein kinase 21; Cysteine-rich receptor-like protein kinase 37; Isoform 2 of Cysteine-rich receptor-like protein kinase 21; Cysteine-rich receptor-like protein kinase 40; Cystein 8 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 2.3 2.3 2.3 64.011 571 571;600;646;647;654;658;659;690 0 3.2605 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 0 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 0 2.3 0 0 0 0 1618900 0 638550 0 527950 171080 281320 0 0 0 0 0 0 49057 0 19350 0 15998 5184.2 8524.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 333940 0 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 1 0 1 0 0 0 0 6 516 1451 True 1456 12243;12244;12245;12246;12247;12248 8890;8891;8892;8893;8894;8895 8891 493 485 F4JGF4;Q9M0V6 F4JGF4;Q9M0V6 8;8 8;8 6;6 Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 1, chloroplastic RFNR1 Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 1; Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 1, chloroplastic 2 8 8 6 3 4 4 5 5 4 6 4 8 4 6 5 3 4 4 5 5 4 6 4 8 4 6 5 2 3 2 3 4 3 4 3 6 3 4 4 29.1 29.1 23.1 39.323 350 350;378 0 14.065 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.1 15.7 13.7 18.3 18.6 15.7 21.7 15.7 29.1 15.7 21.1 18.6 80902000 2789000 6689800 3958400 9003600 4075100 2770300 15716000 4022200 12554000 5704600 8585300 5033300 3677400 126770 304080 179930 409260 185230 125920 714360 182830 570660 259300 390240 228780 2810400 4239700 3369600 4120600 3876700 2769100 4383000 4140500 7627900 6212200 6502200 5782500 1 3 2 2 1 2 2 2 5 2 2 2 26 517 1035;3005;4434;8541;9224;10253;13691;15344 True;True;True;True;True;True;True;True 1039;3012;4444;8552;9237;10266;13711;15365 8779;8780;24791;24792;24793;24794;24795;24796;24797;24798;24799;24800;24801;24802;36453;36454;36455;36456;36457;36458;36459;36460;36461;36462;36463;36464;71123;71124;71125;71126;76867;76868;76869;76870;76871;85462;85463;85464;85465;85466;85467;85468;85469;85470;85471;113859;113860;127920;127921;127922;127923;127924;127925;127926;127927;127928;127929;127930;127931 6427;6428;17852;17853;17854;17855;17856;17857;17858;17859;17860;17861;17862;17863;17864;25995;50195;54597;60741;81033;91151;91152;91153;91154;91155;91156;91157 6427;17864;25995;50195;54597;60741;81033;91154 494;495;496;497;498 10;221;223;313;314 F4JGL5;Q94BV7 F4JGL5;Q94BV7 5;5 5;5 5;5 External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B2, mitochondrial NDB2 NAD(P)H dehydrogenase B2; External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B2, mitochondrial 2 5 5 5 3 2 2 4 3 3 3 4 4 5 5 5 3 2 2 4 3 3 3 4 4 5 5 5 3 2 2 4 3 3 3 4 4 5 5 5 10.8 10.8 10.8 69.242 619 619;582 0 50.397 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.1 5.3 4.4 9 6.1 6.1 7.1 9 9 10.8 10.8 10.8 43661000 1308200 1103200 631850 4160200 1375200 944340 9186200 1337700 4711600 5745500 7713400 5443400 1455400 43605 36774 21062 138670 45841 31478 306210 44590 157050 191520 257110 181450 1892700 1562900 1434200 2326700 1860200 1763600 4295800 1897800 3516200 3190900 3958600 3873200 2 4 2 2 1 1 5 3 5 5 6 4 40 518 3539;6004;6698;9287;10660 True;True;True;True;True 3546;6014;6708;9300;10673 28926;28927;28928;28929;28930;28931;28932;28933;28934;28935;28936;28937;28938;28939;28940;28941;49910;49911;49912;56054;56055;56056;56057;56058;56059;56060;56061;56062;77454;77455;77456;77457;77458;77459;77460;77461;77462;77463;77464;77465;88917;88918;88919;88920;88921;88922;88923;88924;88925;88926 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.3 4.4 2.3 4.4 6.3 4.2 6.5 6.5 4.2 4.2 6.3 4.2 7991100 0 763410 0 841330 759950 551720 1564300 578770 686250 742780 774910 727770 275560 0 26325 0 29011 26205 19025 53940 19958 23664 25613 26721 25096 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 788840 0 1 0 1 1 1 1 1 1 2 1 1 11 520 1120;6246;9437;14920 False;False;False;True 1124;6256;9450;14941 9450;9451;9452;9453;9454;9455;9456;9457;9458;9459;9460;52131;52132;52133;52134;52135;52136;78685;78686;78687;78688;124327;124328;124329;124330;124331;124332;124333;124334;124335;124336 6923;6924;6925;6926;37111;37112;37113;55836;55837;55838;55839;55840;88606;88607;88608;88609;88610;88611;88612;88613;88614;88615;88616 6923;37112;55836;88607 501;502 166;517 F4JGZ1-2;F4JGZ1 F4JGZ1-2;F4JGZ1 2;2 2;2 2;2 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16 MED16 Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16; Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16 2 2 2 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DGK7 Diacylglycerol kinase 7 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 3 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 3 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 3 5.3 5.3 5.3 54.571 492 492 0 4.9917 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 3.7 5.3 5.3 5.3 5.3 101080000 6079300 9219600 9859700 13420000 7078300 5170200 10875000 4160000 5925600 9158900 10301000 9836000 4211800 253310 384150 410820 559150 294930 215430 453110 173330 246900 381620 429190 409830 6751200 6896600 7354000 6874700 6570700 5659900 2793000 0 4074400 9187200 0 9990800 1 1 2 2 1 2 2 0 0 1 1 2 15 579 6856;12308;12309 True;True;True 6866;12325;12326 57520;57521;57522;57523;57524;57525;57526;57527;57528;57529;57530;102128;102129;102130;102131;102132;102133;102134;102135;102136;102137;102138;102139;102140;102141 40551;40552;40553;40554;40555;40556;40557;40558;40559;40560;72603;72604;72605;72606;72607 40559;72603;72606 546 55 F4JQF1 F4JQF1 1 1 1 At4g36600 Late embryogenesis abundant (LEA) protein 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5.4 5.4 5.4 37.959 353 353 1 -2 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 5.4 0 0 0 0 251600 0 0 0 0 0 0 0 251600 0 0 0 0 12580 0 0 0 0 0 0 0 12580 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 206940 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 + 580 8409 True 8420 70192 49433 49433 547 236 F4JQH3 F4JQH3 4 4 4 APP1 Aminopeptidase P1 1 4 4 4 4 3 4 3 3 2 3 2 4 3 3 2 4 3 4 3 3 2 3 2 4 3 3 2 4 3 4 3 3 2 3 2 4 3 3 2 8.1 8.1 8.1 71.992 645 645 0 5.9938 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.1 6.8 8.1 6.8 6.8 3.7 6.8 3.7 8.1 6.8 6.2 3.1 28313000 1895200 2408300 2100700 3467400 1899100 1064500 4642100 1078800 2722300 2817600 2824400 1392600 976310 65352 83044 72436 119570 65487 36708 160070 37201 93872 97157 97392 48019 1594800 1528500 1302100 1872200 1557300 2036100 1616700 1741700 1153500 2254800 1887900 1942200 0 0 2 3 1 0 0 1 4 2 3 3 19 581 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.8 11.1 9 15.8 15.8 22.2 12.4 25.6 15.8 15.8 19.2 11.5 42470000 2823900 1077200 2273900 4306000 2790200 2253400 9253200 6199500 5649200 2879100 1199200 1764900 3266900 217220 82861 174920 331230 214630 173340 711790 476880 434550 221470 92246 135760 2592700 2226800 2647000 2196100 2428300 2524900 2082600 3550700 3098500 2501100 0 1886500 1 1 1 2 2 3 3 4 4 3 2 1 27 591 1372;1806;11120;13373;13529 True;True;True;True;True 1377;1813;11134;13392;13548 11580;11581;11582;11583;11584;11585;11586;11587;11588;11589;15201;15202;15203;92560;92561;111007;111008;111009;111010;111011;111012;111013;111014;111015;111016;111017;111018;111019;111020;111021;111022;111023;111024;111025;111026;111027;111028;112435;112436;112437;112438;112439;112440;112441;112442;112443;112444;112445 8441;8442;8443;11206;11207;65601;65602;78987;78988;78989;78990;78991;78992;78993;78994;78995;78996;80095;80096;80097;80098;80099;80100;80101;80102;80103;80104 8443;11206;65601;78991;80102 557 36 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ATPase subunit B2 2 15 3 3 9 10 9 8 9 9 12 10 8 9 9 10 1 2 1 1 3 3 2 3 2 1 1 3 1 2 1 1 3 3 2 3 2 1 1 3 38.5 7.3 7.3 55.177 494 494;487 0 10.422 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 20.9 22.9 20.9 16.8 18.6 18.6 34 20.6 15.8 20.9 20.9 20.9 22289000 909050 2565500 766230 1558500 1390000 1567100 6621100 2212700 1662300 814460 970290 1251500 928700 37877 106900 31926 64938 57916 65295 275880 92198 69264 33936 40429 52145 0 2123800 0 0 1449700 1472700 1879500 1401500 0 0 0 1526000 2 1 1 1 3 3 2 1 2 1 1 3 21 602 1832;2111;3201;3779;4938;5774;9928;10339;12948;12950;13202;13573;13646;14897;15540 False;False;False;True;False;False;False;False;False;True;False;True;False;False;False 1839;2118;3208;3786;4948;5784;9941;10352;12966;12968;13220;13592;13666;14918;15561 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F4JU98;Q94C48 F4JU98;Q94C48 1;1 1;1 1;1 At4g32330 TPX2 (Targeting protein for Xklp2) protein family; Putative uncharacterized protein At4g32330 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4.4 4.4 4.4 47.455 436 436;437 0.0088974 1.5766 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 606 13666 True 13686 113628 80910 80910 F4JUD2;Q9FUY2 F4JUD2;Q9FUY2 5;5 5;5 5;5 Transcriptional corepressor LEUNIG LUG Transcriptional corepressor LEUNIG; Transcriptional corepressor LEUNIG 2 5 5 5 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 8.3 8.3 8.3 106.52 969 969;931 0 16.425 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.6 3.6 3.6 3.6 2.4 2.5 4.2 2.4 2.5 5.3 2.4 2.5 21922000 1235200 2236900 2130800 3440900 1313100 967940 4723500 1308700 979880 1339800 1388500 857220 562110 31671 57357 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By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 13.8 13.8 7.8 13.8 13.8 13.8 7.8 13.8 7.8 7.8 13.8 13.8 16442000 949970 1207400 873250 1331200 1032700 934870 2462700 1977100 1490300 1040900 1900200 1241300 1826900 105550 134160 97028 147910 114740 103870 273640 219680 165580 115660 211140 137920 969590 728930 0 729660 999030 908380 0 1957900 0 0 1495400 1263000 2 0 1 1 1 0 1 2 1 1 2 1 13 609 14844;14990 True;True 14865;15011 123700;123701;123702;123703;123704;123705;123706;123707;124971;124972;124973;124974;124975;124976;124977;124978;124979;124980;124981;124982 88115;88116;88117;89112;89113;89114;89115;89116;89117;89118;89119;89120;89121 88116;89121 F4JUU4;Q8L603 F4JUU4;Q8L603 2;2 2;2 2;2 At4g20300 Uncharacterized protein; Putative uncharacterized protein At4g20300 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 2 1 1 11.8 11.8 11.8 38.133 339 339;352 0 33.86 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.9 5.9 5.9 5.9 5.9 5.9 5.9 0 5.9 11.8 5.9 5.9 2680100 0 445890 351180 356690 228720 261300 402210 0 0 203510 238160 192440 157650 0 26229 20658 20982 13454 15371 23659 0 0 11971 14009 11320 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 208590 1 1 2 2 1 2 2 0 1 3 2 1 18 610 1603;12236 True;True 1609;12253 13466;101527;101528;101529;101530;101531;101532;101533;101534;101535;101536;101537 9874;72172;72173;72174;72175;72176;72177;72178;72179;72180;72181;72182;72183;72184;72185;72186;72187;72188 9874;72173 F4JUW0;P94077-2;P94077 F4JUW0;P94077-2;P94077 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Protein LSD1 At4g20380;LSD1 Zinc finger protein LSD1; Isoform 2 of Protein LSD1; Protein LSD1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 6.2 6.2 6.2 22.364 210 210;184;189 0.0034002 2.0326 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 0 6.2 6.2 6.2 6.2 0 6.2 5975500 465050 723290 478490 728640 436540 0 1261500 635720 919970 0 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F4JXK3;F4JXK1;Q9FLH0 2;2;2 2;2;2 2;2;2 Protein CROWDED NUCLEI 4 ATBCAT-5;CRWN4 Branched-chain-amino-acid aminotransferase 5; Putative nuclear matrix constituent protein 1-like protein; Putative nuclear matrix constituent protein 1-like protein 3 2 2 2 2 1 2 1 2 1 1 0 0 0 1 1 2 1 2 1 2 1 1 0 0 0 1 1 2 1 2 1 2 1 1 0 0 0 1 1 2.5 2.5 2.5 118.19 1018 1018;1010;1042 0.0021513 2.3621 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 2.5 1.5 2.5 1.5 2.5 1.5 1.5 0 0 0 1.5 1.5 10728000 1060000 1540800 1350000 1308800 914090 987100 1667400 0 0 0 1161600 738610 181840 17967 26115 22881 22182 15493 16730 28261 0 0 0 19688 12519 1128700 0 1022700 0 830980 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 0 6 628 10897;13740 True;True 10911;13760 90755;90756;90757;90758;90759;90760;90761;90762;90763;114299;114300;114301 64200;64201;64202;64203;64204;81331 64204;81331 F4JXM9 F4JXM9 2 2 2 At5g65950 Uncharacterized protein 1 2 2 2 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 2 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 2 0 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translation initiation factor 3 subunit L Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L 1 3 3 3 2 2 1 2 1 2 3 2 3 1 2 2 2 2 1 2 1 2 3 2 3 1 2 2 2 2 1 2 1 2 3 2 3 1 2 2 6 6 6 60.182 514 514 0 4.3462 By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 3.5 3.5 1.4 3.5 2.1 3.5 6 3.5 6 2.1 3.5 3.5 10891000 579590 944090 377300 1217500 498120 576750 2490200 941190 1072600 440150 855930 897760 418890 22292 36311 14511 46827 19159 22183 95778 36200 41252 16929 32920 34529 607210 637570 0 659760 0 704880 672090 770090 707710 0 713110 866810 1 2 0 0 1 2 3 1 1 0 1 0 12 632 6875;8198;15341 True;True;True 6885;8209;15362 57680;57681;68591;68592;68593;68594;68595;68596;68597;68598;68599;68600;68601;127907;127908;127909;127910;127911;127912;127913;127914;127915;127916 40693;40694;48332;48333;48334;48335;48336;48337;48338;48339;91144;91145;91146 40693;48339;91146 593 437 F4JYB8;Q9FYQ8 F4JYB8;Q9FYQ8 3;3 2;2 2;2 Transmembrane 9 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chloroplastic At5g35170 Adenylate kinase family protein; Adenylate kinase family protein 2 5 5 5 2 3 2 3 2 1 3 3 1 0 2 0 2 3 2 3 2 1 3 3 1 0 2 0 2 3 2 3 2 1 3 3 1 0 2 0 11 11 11 64.913 580 580;588 0 9.8771 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 4.1 6.6 4.8 6.6 4.8 2.8 7.9 5.9 2.1 0 4.1 0 14367000 105430 1222100 750720 1107600 630080 534080 7955300 1341900 369080 0 350750 0 435370 3194.8 37033 22749 33565 19093 16184 241070 40665 11184 0 10629 0 0 919310 752110 654770 743240 0 868740 1299800 651630 0 472070 0 1 1 2 1 2 1 4 4 3 0 0 0 19 634 381;1432;7380;7960;10978 True;True;True;True;True 382;1437;7391;7971;10992 3184;3185;3186;3187;3188;3189;3190;3191;12108;61859;61860;61861;61862;61863;61864;61865;61866;61867;66648;66649;66650;91338;91339;91340 2477;2478;2479;2480;2481;2482;2483;8794;43628;43629;43630;43631;43632;43633;43634;43635;46904;64618;64619 2480;8794;43631;46904;64619 595;596 486;489 F4JYE0;O04983;F4JYE1 F4JYE0;O04983;F4JYE1 10;10;9 10;10;9 10;10;9 Biotin carboxylase, chloroplastic CAC2 Biotin carboxylase subunit CAC2; Biotin carboxylase, chloroplastic; Biotin carboxylase subunit CAC2 3 10 10 10 7 8 8 8 7 7 10 7 7 6 7 5 7 8 8 8 7 7 10 7 7 6 7 5 7 8 8 8 7 7 10 7 7 6 7 5 23.2 23.2 23.2 60.77 555 555;537;499 0 39.769 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.3 18.6 18.6 18.6 15.7 15.3 23.2 16.2 16.4 15.5 16.9 11.7 94065000 5290100 7834500 4714000 10473000 5275900 3515700 28480000 7219900 9849400 3506000 4779800 3126000 3034300 170650 252730 152070 337840 170190 113410 918710 232900 317720 113100 154190 100840 5468500 4455700 3192700 4607100 5077600 4018400 6824400 6547400 6520600 4341500 4191500 4206600 3 2 4 2 2 1 4 3 3 3 3 2 32 635 988;3109;6035;7373;7469;8995;10841;11267;13762;15438 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 992;3116;6045;7384;7480;9008;10855;11282;13782;15459 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By MS/MS 21.5 23.6 18.4 22.7 22.3 22.3 25.8 20.5 22.5 18.9 19.6 22.1 271870000 13257000 25997000 17670000 30386000 13314000 12520000 72045000 20287000 29841000 9439100 15701000 11418000 6322700 308310 604590 410930 706650 309630 291170 1675500 471780 693970 219510 365130 265520 12881000 15600000 14356000 14722000 14369000 15045000 16300000 17155000 19521000 12106000 12629000 11428000 12 10 8 6 11 9 12 13 9 6 7 7 110 643 1203;1460;1582;2221;2921;4205;4441;5091;5700;5841;7835;9582;9599;12689;12740;13551;13687;14797 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1207;1465;1588;2228;2928;4215;4451;5101;5710;5851;7846;9595;9612;12707;12758;13570;13707;14818 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Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12; Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12 3 7 2 2 3 3 2 3 3 4 3 3 4 5 4 3 0 0 0 1 0 1 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 1 2 0 0 1 1 0 10.5 4.1 4.1 115.15 985 985;1115;1116 0 4.8122 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching 3.6 3.6 2.5 4 3.6 5 5.2 3.6 5.3 6.1 5.1 3.7 4785900 0 0 0 921830 0 243860 3139300 0 0 259410 221460 0 90299 0 0 0 17393 0 4601.2 59232 0 0 4894.6 4178.5 0 0 0 0 0 0 0 849200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 1 0 4 662 900;2675;7858;8155;8331;13702;15593 True;False;False;False;True;False;False 904;2682;7869;8166;8342;13722;15614 7681;22301;22302;22303;22304;22305;22306;22307;65766;65767;65768;65769;65770;65771;65772;65773;65774;65775;65776;65777;68256;69646;69647;69648;69649;69650;113952;113953;113954;113955;113956;113957;113958;113959;113960;113961;113962;129940;129941;129942 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domain-containing protein; Protein BONZAI 1 2 3 3 2 3 1 2 2 2 1 3 3 3 1 0 0 3 1 2 2 2 1 3 3 3 1 0 0 2 1 1 1 1 0 2 2 2 1 0 0 2.2 2.2 1.3 147.17 1346 1346;578 0 5.0203 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 2.2 0.6 1.5 1.5 1.5 0.9 2.2 2.2 2.2 0.6 0 0 27093000 1803200 508790 1673500 2220100 1378400 406420 9835200 4061500 5058200 147420 0 0 444140 29560 8340.8 27435 36394 22597 6662.6 161230 66582 82922 2416.7 0 0 1553100 0 1504800 1426600 1511500 0 2240300 4040800 2465400 0 0 0 1 0 1 1 0 0 4 3 3 0 0 0 13 673 5970;6092;10801 True;True;True 5980;6102;10815 49596;49597;49598;49599;49600;49601;49602;49603;49604;50731;50732;50733;50734;50735;50736;50737;50738;50739;50740;89967;89968;89969;89970 35308;36102;36103;36104;36105;36106;36107;36108;36109;36110;63652;63653;63654 35308;36102;63653 F4K5B9 F4K5B9 8 8 8 At5g07030 Aspartyl protease family protein 1 8 8 8 7 7 7 5 7 6 8 6 6 7 6 6 7 7 7 5 7 6 8 6 6 7 6 6 7 7 7 5 7 6 8 6 6 7 6 6 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5;5;5;5;3 40S ribosomal protein S4;40S ribosomal protein S4-1;40S ribosomal protein S4-3;40S ribosomal protein S4-2 At5g07090;RPS4A;RPS4D;RPS4B;At2g17360 40S ribosomal protein S4-2; 40S ribosomal protein S4-1; 40S ribosomal protein S4-3; 40S ribosomal protein S4-2; 40S ribosomal protein S4-1 5 5 5 5 2 5 4 3 5 4 2 4 3 4 5 1 2 5 4 3 5 4 2 4 3 4 5 1 2 5 4 3 5 4 2 4 3 4 5 1 20.5 20.5 20.5 27.707 244 244;261;262;262;184 0 7.6294 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.6 20.5 17.6 12.7 20.5 15.6 9.4 17.2 11.5 17.6 20.5 3.7 177550000 14008000 24555000 23980000 24132000 17301000 14193000 1004400 3363000 3406200 10945000 31085000 9579200 11097000 875480 1534700 1498700 1508200 1081300 887080 62776 210180 212890 684080 1942800 598700 14358000 13189000 12967000 16184000 14323000 14718000 0 12458000 12356000 11963000 13999000 0 1 4 7 2 3 3 2 3 2 3 6 1 37 676 7207;8129;11238;11875;13644 True;True;True;True;True 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protein-like protein; COP1-interacting protein-like protein; COP1-interacting protein-like protein 3 2 2 2 0 2 2 1 2 1 1 1 1 0 1 2 0 2 2 1 2 1 1 1 1 0 1 2 0 2 2 1 2 1 1 1 1 0 1 2 2.2 2.2 2.2 128.83 1164 1164;1180;1237 0 90.138 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 0 2.2 2.2 0.9 2.2 1.4 0.9 0.9 0.9 0 1.4 2.2 5394100 0 988790 733980 751730 0 204780 1041000 432480 569630 0 131650 540090 99891 0 18311 13592 13921 0 3792.3 19278 8008.9 10549 0 2437.9 10002 0 661110 593800 0 0 0 0 0 0 0 0 599400 0 3 2 0 2 1 0 0 0 0 1 1 10 679 3822;11674 True;True 3829;11690 31125;31126;31127;31128;31129;31130;31131;31132;97005;97006;97007;97008;97009;97010 22157;22158;22159;68699;68700;68701;68702;68703;68704;68705 22158;68699 Q8VYG7;F4K6B8 Q8VYG7;F4K6B8 1;1 1;1 1;1 LRR-RLK;At5g56040 Leucine-rich receptor-like protein kinase; Leucine-rich receptor-like protein kinase 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching 1.3 1.3 2.5 1.8 2 2.5 2.5 2 1.3 0.7 1.3 0.7 17768000 721040 1172500 1670700 2619500 1002800 1343500 4799000 1416800 1660500 481040 421230 459070 185080 7510.9 12213 17403 27287 10446 13995 49989 14758 17297 5010.8 4387.9 4782 1112100 1170200 1039800 1099700 815410 933110 1092400 0 1315000 0 836350 0 1 1 2 2 2 2 2 1 1 0 0 0 14 705 5957;7857;8225;14988 True;True;True;True 5967;7868;8236;15009 49485;49486;49487;49488;49489;49490;49491;49492;49493;49494;49495;65760;65761;65762;65763;65764;65765;68811;68812;68813;68814;68815;68816;68817;68818;68819;68820;124959;124960;124961;124962 35239;46333;46334;48479;48480;48481;48482;48483;48484;48485;48486;89105;89106;89107 35239;46334;48484;89107 671 857 F4KC57;Q9FY89;Q8GXN6 F4KC57;Q9FY89;Q8GXN6 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Vacuolar protein sorting-associated protein 20 homolog 2;Vacuolar protein sorting-associated protein 20 homolog 1 VPS20.1;VPS20.2 Vacuolar protein sorting-associated protein 20-1; Vacuolar protein sorting-associated protein 20 homolog 2; Vacuolar protein sorting-associated protein 20 homolog 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.9 2.9 2.9 27.669 243 243;216;219 1 -2 By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 65004000 3903100 4645100 2457300 3737000 2613600 3172200 17871000 8815900 9983400 2700800 2993300 2111200 4333600 260200 309670 163820 249140 174240 211480 1191400 587730 665560 180050 199560 140740 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2288300 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 9 + 706 8581 True 8592 71473;71474;71475;71476;71477;71478;71479;71480;71481;71482;71483;71484 50486;50487;50488;50489;50490;50491;50492;50493;50494 50492 672 1 F4KC80;P49107-2;P49107 F4KC80;P49107-2;P49107 2;2;2 2;2;2 2;2;2 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic PSAN Photosystem I reaction center subunit N; Isoform 2 of Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic; Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic 3 2 2 2 1 2 0 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 2 0 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 2 0 1 2 1 2 2 1 1 1 1 12.7 12.7 12.7 19.347 181 181;155;171 0.0003775 2.7376 By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching 5.5 12.7 0 5.5 12.7 5.5 12.7 12.7 5.5 5.5 5.5 5.5 21054000 1141200 1869200 0 1187000 1230600 1211700 5178100 3081000 2018600 534660 2614400 986910 2339300 126800 207690 0 131890 136730 134630 575340 342340 224290 59406 290490 109660 0 0 0 0 0 0 0 2534200 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 3 707 6926;14078 True;True 6936;14098 58064;58065;58066;58067;58068;58069;58070;58071;58072;58073;58074;117168;117169;117170;117171 40958;83583;83584 40958;83584 F4KCC2 F4KCC2 4 4 4 E3 ubiquitin-protein ligase PRT6 PRT6 Proteolysis 6 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 2 3 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 2 3 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 2 3 4 3 2.1 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3;3;3;3 3;3;3;3 At5g16300 Vps51/Vps67 family (Components of vesicular transport) protein; Vps51/Vps67 family (Components of vesicular transport) protein; Vps51/Vps67 family (Components of vesicular transport) protein; Low density lipoprotein B-like protein 4 3 3 3 1 1 1 2 1 2 3 2 1 2 0 2 1 1 1 2 1 2 3 2 1 2 0 2 1 1 1 2 1 2 3 2 1 2 0 2 4.4 4.4 4.4 114.86 1029 1029;1034;1035;1068 0 86.85 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS 1.2 1.2 1.2 2.5 1.2 2.5 4.4 2.5 1.2 2.5 0 2.5 9439100 664980 889920 680890 1703200 521250 774210 2081300 382820 446290 656140 0 638080 159980 11271 15083 11540 28868 8834.8 13122 35276 6488.5 7564.3 11121 0 10815 0 0 0 791750 0 924440 0 0 0 725660 0 683950 1 0 1 2 1 1 3 2 0 0 0 2 13 710 3236;3722;11518 True;True;True 3243;3729;11533 26626;30352;30353;30354;30355;30356;30357;95798;95799;95800;95801;95802;95803;95804;95805;95806;95807;95808 19077;21579;21580;21581;21582;21583;67824;67825;67826;67827;67828;67829;67830;67831 19077;21581;67830 F4KD49 F4KD49 1 1 1 At5g45240 TIR-NBS-LRR class disease resistance protein 1 1 1 1 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1.5 1.5 1.5 93.05 812 812 0.00038256 2.8383 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 1.5 0 1.5 0 1.5 1.5 1.5 0 0 0 13268000 0 0 430280 0 517370 0 6348000 2602000 3370600 0 0 0 368560 0 0 11952 0 14371 0 176330 72277 93629 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1291700 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 0 0 0 6 711 8918 True 8929 74225;74226;74227;74228;74229;74230;74231;74232;74233 52486;52487;52488;52489;52490;52491 52490 673 200 F4KDZ4;Q9ZP05;A8MRP1;B3H560;O82399 F4KDZ4;Q9ZP05;A8MRP1;B3H560 5;5;3;3;1 5;5;3;3;1 5;5;3;3;1 Malate dehydrogenase;Malate dehydrogenase, glyoxysomal PMDH2 Malate dehydrogenase; Malate dehydrogenase, glyoxysomal; Malate dehydrogenase; Malate dehydrogenase 5 5 5 5 4 4 2 4 3 4 5 4 5 3 2 4 4 4 2 4 3 4 5 4 5 3 2 4 4 4 2 4 3 4 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protein SAR1B;GTP-binding protein SAR1A At3g62560;T12M4.12;SAR1B;SAR1A Putative Sar1 GTP binding protein; Putative GTP-binding protein, SAR1B; GTP-binding protein SAR1B; GTP-binding protein SAR1A 4 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 5.7 5.7 5.7 21.939 193 193;193;193;193 0.0091339 1.5204 By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 5.7 5.7 0 0 0 0 1498800 0 0 0 0 0 0 1193800 305080 0 0 0 0 115290 0 0 0 0 0 0 91828 23467 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 250930 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 3 758 5585 True 5595 46326;46327 32992;32993;32994 32994 Q9S9K7;O04848 Q9S9K7;O04848 1;1 1;1 1;1 Probable histone H2AXb;Probable histone H2AXa Probable histone H2AXb; Probable histone H2AXa 2 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 8.5 8.5 8.5 14.783 142 142;142 0.0003811 2.8135 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 0 8.5 0 8.5 8.5 8.5 0 0 0 8.5 8.5 8.5 2693100 0 321720 0 436310 346950 340860 0 0 0 332740 659870 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10;1;1 10;1;1 Polyadenylate-binding protein 4 PAB4 Polyadenylate-binding protein 4 3 11 10 10 5 6 5 6 6 5 10 6 8 9 8 7 4 5 4 6 5 4 10 5 7 8 7 6 4 5 4 6 5 4 10 5 7 8 7 6 23.4 22.4 22.4 71.652 662 662;660;682 0 71.66 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.2 12.2 8.2 12.4 13 8.2 22.4 11.3 15 19 16.5 12.8 145830000 7667100 12491000 7128000 17412000 5492900 5699600 34584000 7129900 8964500 13537000 14081000 11645000 4861100 255570 416350 237600 580410 183100 189990 1152800 237660 298820 451240 469380 388160 8860900 8577800 6244200 8984800 8519600 6659800 8158400 6134300 4977900 11193000 10680000 12126000 4 3 2 6 4 3 9 4 4 5 7 5 56 761 1916;2028;3305;3761;4629;4917;8916;10578;11160;14432;14750 True;True;True;False;True;True;True;True;True;True;True 1923;2035;3312;3768;4639;4927;8927;10591;11174;14453;14771 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS 6.5 8.2 4.3 5.9 4.3 6.5 7.8 6.2 7.8 8.4 1.6 4.3 29529000 1472500 3072700 1742800 4634500 1746300 1384900 8732200 1798400 3266700 732670 385430 559730 628270 31331 65376 37080 98605 37155 29467 185790 38264 69504 15589 8200.7 11909 1582100 2107800 1376500 2444000 1681500 1733600 1701300 1925200 1740000 853220 0 674170 1 5 2 1 2 6 3 2 3 1 0 2 28 828 166;4911;5743;6191;7875;8457 True;True;True;True;True;False 166;4921;5753;6201;7886;8468 1512;1513;1514;1515;40554;40555;40556;40557;40558;40559;40560;40561;40562;40563;40564;47610;47611;47612;47613;47614;47615;47616;47617;47618;47619;47620;51600;51601;51602;51603;51604;51605;51606;51607;51608;51609;51610;51611;51612;65920;65921;65922;65923;70541;70542;70543;70544 1156;28991;28992;28993;28994;28995;28996;28997;28998;28999;29000;29001;33878;33879;33880;33881;33882;36736;36737;36738;36739;36740;36741;46434;46435;46436;46437;46438;49734 1156;28998;33879;36739;46435;49734 793 335 O23654 O23654 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 31.5 28.5 31.3 30.8 32.2 27.1 34.8 38.6 36 32 32.5 28.5 518390000 30444000 39871000 40391000 60659000 39836000 23735000 100130000 36544000 41001000 30925000 42142000 32714000 21599000 1268500 1661300 1683000 2527500 1659800 988960 4171900 1522700 1708400 1288500 1755900 1363100 28621000 29687000 32308000 31078000 32195000 27629000 29268000 25643000 25337000 32866000 35072000 36188000 9 9 11 13 11 12 15 10 12 9 11 9 131 840 1356;1630;1783;1905;2367;2574;3977;4018;4195;4196;6373;10318;10518;10829;10934;11818;15552 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1361;1636;1790;1912;2374;2581;3985;4026;4204;4205;6383;10331;10531;10843;10948;11835;15573 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mitochondrial GLX2-1 Hydroxyacylglutathione hydrolase 1, mitochondrial; Glyoxalase 2-1 2 4 4 4 1 4 1 3 2 1 2 3 3 3 3 3 1 4 1 3 2 1 2 3 3 3 3 3 1 4 1 3 2 1 2 3 3 3 3 3 16.9 16.9 16.9 36.499 331 331;313 0 4.9231 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3 16.9 4.5 12.4 7.6 4.5 9.4 12.1 12.4 12.4 13.9 12.4 14856000 297350 1692200 542610 1084100 920820 603070 3599300 1051800 2096200 991970 1108100 868060 928480 18585 105760 33913 67759 57551 37692 224960 65736 131020 61998 69255 54253 0 930020 0 904870 1000400 0 0 855860 1124200 913570 966520 881600 0 2 1 3 0 0 0 2 1 1 2 2 14 841 1499;9088;11510;11803 True;True;True;True 1505;9101;11525;11820 12595;12596;12597;12598;75746;75747;75748;75749;75750;75751;75752;75753;95737;95738;95739;95740;95741;95742;95743;98078;98079;98080;98081;98082;98083;98084;98085;98086;98087 9177;9178;9179;9180;53751;67765;67766;67767;69542;69543;69544;69545;69546;69547 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MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS 5.1 5.1 5.1 2 5.1 2 5.7 0 2 3.1 5.1 5.1 9914300 906070 1152800 561500 1354600 1030600 594720 1830400 0 752200 0 964970 766370 354080 32360 41173 20053 48379 36807 21240 65372 0 26864 0 34463 27370 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 830670 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 8 860 607;5080;14072 True;True;True 610;5090;14092 5168;41826;41827;41828;41829;41830;41831;41832;117112;117113;117114;117115;117116;117117;117118;117119;117120;117121 3864;29800;29801;29802;29803;29804;29805;83537 3864;29803;83537 O49289 O49289 4 4 4 Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29 RH29 Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29 1 4 4 4 2 2 2 1 1 2 1 0 0 1 2 0 2 2 2 1 1 2 1 0 0 1 2 0 2 2 2 1 1 2 1 0 0 1 2 0 5.4 5.4 5.4 93.502 845 845 0 5.3017 By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 2.4 2.4 2.4 0.9 0.9 2.4 0.9 0 0 1.7 2.4 0 3992500 555090 748950 404500 479160 169080 464780 300000 0 0 238590 632300 0 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RABA1f; Ras-related protein RABA2d; Ras-related protein RABA2c; Ras 11 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 9.7 9.7 9.7 24.33 217 217;214;214;216;216;217;217;217;217;217;218 0 7.7548 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.7 9.7 5.1 5.1 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 9.7 5.1 21720000 1249000 1758400 1092300 0 1764100 1294300 5645400 2232000 2662000 1453200 1557300 1012000 1357500 78060 109900 68267 0 110260 80892 352840 139500 166370 90827 97329 63248 1227100 1156000 0 0 1673100 1629400 1353000 1938400 1778000 1364200 1245000 0 1 2 1 1 3 2 1 2 2 1 1 1 18 872 1304;12178 True;True 1309;12195 10980;10981;10982;10983;10984;10985;10986;10987;10988;10989;10990;10991;100987;100988;100989;100990;100991;100992;100993;100994;100995 8060;8061;8062;8063;8064;8065;8066;8067;8068;8069;8070;8071;8072;8073;71768;71769;71770;71771 8073;71768 O49543;A8MSF1 O49543 4;1 4;1 4;1 Cysteine desulfurase, mitochondrial NIFS1 Cysteine desulfurase 1, mitochondrial 2 4 4 4 2 3 3 4 2 3 4 4 4 1 3 4 2 3 3 4 2 3 4 4 4 1 3 4 2 3 3 4 2 3 4 4 4 1 3 4 15.5 15.5 15.5 50.295 453 453;325 0 93.287 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.9 11.3 11.3 15.5 7.9 11.3 15.5 15.5 15.5 3.8 11.3 15.5 46940000 1573600 3038400 1853200 5687100 1703200 1833100 13473000 4684900 6056500 752320 3072200 3212700 1738500 58282 112530 68637 210630 63082 67892 498990 173510 224320 27864 113790 118990 2264100 2251100 1677600 2685100 2281800 2299700 3620100 3561900 3195400 0 2544800 2750500 2 2 2 2 1 1 3 2 2 2 3 1 23 873 2811;2829;5916;13945 True;True;True;True 2818;2836;5926;13965 23288;23289;23290;23291;23292;23293;23294;23295;23296;23297;23298;23299;23418;23419;23420;23421;23422;23423;23424;23425;23426;49144;49145;49146;49147;49148;49149;49150;49151;49152;49153;49154;116013;116014;116015;116016;116017 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22325;22326;22327;39119;39120;39121;39122;39123;39124;39125;39126;49341;49342;49343;49344;49345;49346;49347;49348;49349;54672;80043;80044;80045;80046;80047;80048;80049;80050;80051;80052;80053;80329;80330;80331;80332;80333;80334;80335;80336;80337;80338;80339;112730;112731;112732;112733;112734;112735;112736;112737;112738;112739;112740;112741;130052;130053;130054;130055;130056;130057;130058;130059;130060;130061;130062;130063 16227;28004;28005;28006;28007;28008;28009;28010;28011;28012;35133;35134;35135;35136;38641;38642;56856;56857;56858;56859;56860;56861;56862;56863;56864;57081;57082;57083;57084;57085;57086;80305;80306;92561;92562;92563;92564;92565;92566;92567 16227;28007;35136;38642;56863;57081;80305;92567 867 1147 O64782;F4HVB3;F4I7F8;O64781-2;O81832;Q9SY95;O64778;Q9SXB3-3;O64783;Q9SXB5;Q9SXB4;Q9SXB3;Q9SXB3-2;O64781 O64782;F4HVB3;F4I7F8;O64781-2;O81832;Q9SY95;O64778;Q9SXB3-3;O64783;Q9SXB5;Q9SXB4;Q9SXB3;Q9SXB3-2;O64781 2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.6 10.3 9.8 15 7.6 7.6 15.3 12.8 13.1 12.8 7.2 9.4 44807000 2632400 3482100 2454300 5282900 2581900 2133200 12167000 2412700 2953400 2837700 3235800 2632800 1244600 73123 96724 68175 146750 71720 59256 337980 67020 82040 78825 89883 73133 2567900 2620300 1911100 2887200 2293700 2647000 2991800 2099000 1702900 2816100 2822800 2687600 1 3 2 4 1 2 5 3 2 4 2 4 33 928 1865;2240;4030;5474;6507;7833;10824;11629;12057;12398 False;False;True;True;False;False;True;False;True;True 1872;2247;4038;5484;6517;7844;10838;11644;12074;12415 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By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching 1.6 1.6 2.6 2.6 1.6 1.6 0 0 1 1.6 0 1 2026700 168280 281380 216910 667760 206110 217940 0 0 0 268280 0 0 45037 3739.5 6252.8 4820.3 14839 4580.2 4843.2 0 0 0 5961.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 264090 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 3 + 931 10668;13676 True;False 10681;13696 88993;88994;88995;88996;88997;88998;88999;113710;113711;113712;113713 62937;62938;62939;80967 62938;80967 913 625 O80632 O80632 1 1 1 Metal tolerance protein 11 MTP11 Metal tolerance protein 11 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 3.3 3.3 3.3 44.631 394 394 1 -2 By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching 3.3 3.3 3.3 3.3 0 0 0 0 3.3 0 3.3 0 10711000 963930 1061600 4549600 2344000 0 0 0 0 1172600 0 619360 0 714060 64262 70772 303300 156270 0 0 0 0 78170 0 41291 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 512350 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 + 932 13055 True 13073 108501;108502;108503;108504;108505;108506 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efflux family protein;Protein TRANSPARENT TESTA 12 F8K4.9;F25C20.18;TT12 MATE efflux family protein; MATE efflux family protein; Protein TRANSPARENT TESTA 12 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2 2.2 2.2 55.133 501 501;503;507 0 3.7831 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 5657700 317630 380770 393280 596920 271120 207250 1558600 488760 629220 270660 327960 215580 404120 22688 27198 28092 42637 19366 14803 111330 34911 44944 19333 23426 15399 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 233670 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 13 935 14805 True 14826 123384;123385;123386;123387;123388;123389;123390;123391;123392;123393;123394;123395 87888;87889;87890;87891;87892;87893;87894;87895;87896;87897;87898;87899;87900 87895 O80719;O80719-3;O80719-2;F4IK66;Q9M1Q2 O80719;O80719-3;O80719-2;F4IK66 5;5;4;3;2 5;5;4;3;2 3;3;2;2;1 Probable receptor-like protein kinase At2g47060 At2g47060 Probable receptor-like protein kinase At2g47060; Isoform 3 of Probable receptor-like protein kinase At2g47060; Isoform 2 of Probable receptor-like protein kinase At2g47060; Pto-interacting 1-4 5 5 5 3 3 3 2 1 3 1 5 3 5 2 3 2 3 3 2 1 3 1 5 3 5 2 3 2 1 1 1 1 1 0 3 1 3 0 1 1 18.1 18.1 10.1 39.931 365 365;397;266;322;361 0 8.8782 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.4 10.4 6.8 2.5 10.4 3.6 18.1 10.4 18.1 7.9 10.4 6.8 20301000 1251000 2161900 1006400 892820 1442200 250860 6458700 1752400 2670300 267690 1298200 848670 845880 52124 90081 41932 37201 60091 10452 269110 73015 111260 11154 54092 35361 1227500 1365500 1113200 0 1473200 0 1022200 1516700 1511700 0 1246900 1252600 1 1 1 0 0 0 2 0 2 1 0 1 9 936 1016;5085;7941;12045;15183 True;True;True;True;True 1020;5095;7952;12062;15204 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(decarboxylating) 2, mitochondrial 1 19 8 8 14 13 12 16 14 12 15 17 14 17 17 15 5 5 5 7 6 4 5 8 6 8 7 6 5 5 5 7 6 4 5 8 6 8 7 6 19.1 8 8 113.77 1044 1044 0 36.517 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 16.3 13 13.6 16.2 13.6 13.8 16.3 17.4 15.8 17.3 16.9 14.7 148380000 7216300 10059000 7933900 15807000 11162000 6479400 21873000 11040000 8288800 17338000 18305000 12881000 3450800 167820 233930 184510 367600 259580 150680 508680 256750 192760 403210 425710 299560 10048000 8372200 7803000 9255800 9855500 9234400 6392600 7092800 4390700 14117000 13905000 12388000 3 3 2 4 4 2 2 3 3 6 8 5 45 960 2322;2520;3219;3895;4028;4029;4449;4464;5117;5456;6063;6651;7238;9559;12698;12724;13864;14865;14866 False;True;False;False;False;False;True;True;False;True;True;False;True;False;False;False;False;True;True 2329;2527;3226;3902;4036;4037;4459;4474;5127;5466;6073;6661;7248;9572;12716;12742;13884;14886;14887 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homolog; Probable cytosolic iron-sulfur protein assembly protein CIAO1 homolog 2 2 2 2 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 6 6 6 39.131 352 352;337 0.0028369 2.2749 By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS 3.4 0 2.6 2.6 2.6 0 2.6 0 2.6 0 3.4 0 1811800 0 0 240240 323170 259820 0 398820 0 589750 0 0 0 95357 0 0 12644 17009 13674 0 20991 0 31039 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 372880 0 0 0 1 0 2 0 0 0 1 0 0 0 1 0 5 961 7437;13539 True;True 7448;13558 62441;62442;112510;112511;112512;112513;112514 43977;43978;80132;80133;80134 43978;80133 948 342 O81015 O81015 4 4 4 At2g26920 At2g26920 1 4 4 4 1 2 1 2 0 2 3 1 0 2 2 2 1 2 1 2 0 2 3 1 0 2 2 2 1 2 1 2 0 2 3 1 0 2 2 2 6.5 6.5 6.5 71.057 646 646 0 38.528 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.3 3.3 1.9 3.3 0 4.6 5.1 1.9 0 4.6 3.3 3.3 6997900 0 380390 0 730730 0 1146900 1602800 0 0 1420400 1391000 325680 218680 0 11887 0 22835 0 35841 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17.7 kDa class II heat shock protein 1 4 4 4 0 0 0 0 0 0 4 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 3 0 0 0 22.4 22.4 22.4 17.685 156 156 0 14.543 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 22.4 22.4 22.4 0 0 0 54938000 0 0 0 0 0 0 28697000 9204400 17037000 0 0 0 6867300 0 0 0 0 0 0 3587200 1150600 2129600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6590900 8687800 10455000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 4 4 0 0 0 15 984 5867;6333;6334;14893 True;True;True;True 5877;6343;6344;14914 48764;48765;48766;52847;52848;52849;52850;52851;52852;52853;52854;124095;124096;124097;124098 34695;34696;37555;37556;37557;37558;37559;37560;37561;37562;37563;37564;37565;88429;88430 34695;37561;37563;88430 O81829;O82333 O81829 14;1 14;1 8;0 Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.5 GH3.5 Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.5 2 14 14 8 10 10 9 10 9 9 13 9 8 9 10 10 10 10 9 10 9 9 13 9 8 9 10 10 5 6 5 6 5 5 8 5 4 5 5 5 26.6 26.6 15.7 69.283 612 612;590 0 35.791 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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sorting-associated protein 32 homolog 1; Vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 2 3 3 3 3 2 2 1 2 2 1 1 2 3 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 2 3 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 2 3 1 2 2 22.9 22.9 22.9 21.217 192 192;213;219 0 5.1495 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.5 11.5 5.2 11.5 11.5 5.2 5.2 11.5 22.9 5.2 11.5 11.5 73095000 6457500 10250000 6986600 11122000 10799000 7608500 3847200 426920 5020900 2861400 4428600 3286400 8121700 717490 1138900 776290 1235800 1199900 845390 427460 47436 557870 317940 492060 365160 5181700 5239400 0 5033800 12536000 0 0 0 3707700 0 3988700 3720800 1 1 1 1 2 1 0 1 2 1 1 1 13 994 1604;1646;5421 True;True;True 1610;1652;5431 13467;13836;13837;13838;13839;13840;13841;13842;13843;13844;13845;13846;13847;44770;44771;44772;44773;44774;44775;44776;44777 9875;10215;10216;10217;10218;10219;10220;10221;10222;10223;10224;10225;31896 9875;10218;31896 969;970;971;972 60;62;99;109 O82204 O82204 2 2 2 60S ribosomal protein L28-1 RPL28A 60S ribosomal protein L28-1 1 2 2 2 1 1 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 25.2 25.2 25.2 15.895 143 143 0 3.2324 By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 13.3 13.3 0 13.3 13.3 13.3 13.3 25.2 25.2 13.3 13.3 13.3 13374000 494430 909480 0 1607300 484200 423460 4043300 1575000 2626000 418780 494160 297690 1910500 70633 129930 0 229610 69172 60494 577610 225000 375150 59826 70594 42527 0 0 0 0 0 0 0 1293900 1661900 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 2 2 1 1 0 9 995 1680;13584 True;True 1686;13603 14140;14141;112926;112927;112928;112929;112930;112931;112932;112933;112934;112935;112936 10429;10430;80438;80439;80440;80441;80442;80443;80444 10430;80439 O82226;F4JQC2;Q9M0A4;Q9FXH6;Q9SL29;Q9SU64;Q8RWS9-2;Q8RWS9;Q9S9N5 O82226;F4JQC2;Q9M0A4;Q9FXH6 4;3;3;2;1;1;1;1;1 4;3;3;2;1;1;1;1;1 4;3;3;2;1;1;1;1;1 Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 6;Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 9;Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 8 CNGC6;CNGC9;CNGC8 Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 6; Cyclic nucleotide gated channel 9; Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 9; Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 8 9 4 4 4 4 4 3 3 3 2 1 2 1 2 3 2 4 4 3 3 3 2 1 2 1 2 3 2 4 4 3 3 3 2 1 2 1 2 3 2 6.6 6.6 6.6 85.44 747 747;707;733;753;678;705;710;717;738 0 14.173 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS 6.6 6.6 5.1 5.1 5.1 3.3 1.6 3.2 1.7 3.3 5.1 3.2 7383100 632840 1037100 642290 1566600 801130 579200 257980 65902 467370 477480 459320 395950 153820 13184 21606 13381 32637 16690 12067 5374.6 1373 9737 9947.6 9569.2 8249 600220 651120 650740 671990 539670 0 0 0 0 0 511700 575150 3 3 2 3 1 0 0 1 0 0 2 1 16 996 2695;4587;4796;15599 True;True;True;True 2702;4597;4806;15620 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202 O82662 O82662 2 2 2 Succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial Succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial 1 2 2 2 0 1 0 2 0 0 2 1 2 2 1 0 0 1 0 2 0 0 2 1 2 2 1 0 0 1 0 2 0 0 2 1 2 2 1 0 5.9 5.9 5.9 45.345 421 421 0 3.9322 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 2.4 0 5.9 0 0 5.9 2.4 5.9 5.9 3.6 0 7723000 0 443150 0 1068000 0 0 4662300 676750 348500 325710 198560 0 275820 0 15827 0 38142 0 0 166510 24170 12447 11633 7091.3 0 0 0 0 544560 0 0 1261700 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 1 3 2 2 0 13 1009 732;7661 True;True 735;7672 6227;6228;6229;6230;6231;64225;64226;64227;64228;64229;64230 4656;4657;4658;4659;4660;4661;4662;4663;45233;45234;45235;45236;45237 4657;45234 O82663;Q9ZPX5 O82663 11;2 11;2 11;2 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit 1, mitochondrial SDH1-1 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit 1, mitochondrial 2 11 11 11 7 10 7 9 9 9 8 8 8 7 9 8 7 10 7 9 9 9 8 8 8 7 9 8 7 10 7 9 9 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 41.1 32.1 35.7 46 41.1 41.1 50.6 37.6 45.6 41.1 38.6 30.8 1406600000 66964000 89119000 68993000 75403000 70191000 67664000 434780000 170940000 204950000 48073000 57757000 51723000 66979000 3188800 4243800 3285400 3590600 3342400 3222100 20704000 8140000 9759600 2289200 2750300 2463000 63675000 53482000 50346000 49994000 59578000 63841000 139410000 129810000 126170000 46976000 49197000 54997000 17 15 11 16 18 18 21 22 24 14 19 17 212 1031 40;1227;1358;1359;2732;3791;3854;3901;4308;4339;4340;6341;7615;8414;8572;9096;10762;10967;14624;14674;15132;15554 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 40;1231;1363;1364;2739;3798;3861;3908;4318;4349;4350;6351;7626;8425;8583;9109;10775;10981;14645;14695;15153;15575 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1, chloroplastic 3 24 5 5 14 13 13 15 14 14 21 19 22 12 12 12 4 3 4 4 3 4 4 4 5 3 2 3 4 3 4 4 3 4 4 4 5 3 2 3 45.2 8.5 8.5 63.808 600 600;559;611 0 40.067 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 25.3 22.5 23.5 27.3 22.7 23.3 39 34 41 21.8 18.8 22.8 65300000 3857600 4262900 4944500 7523100 3085600 3839000 14854000 5100900 7933500 2966900 3252800 3679600 1813900 107160 118420 137350 208970 85711 106640 412600 141690 220380 82413 90357 102210 3605400 3345800 3252800 3105100 3064500 4887500 3135900 4210300 4144600 3306100 4274900 4471900 3 1 1 1 2 2 1 3 3 2 1 2 22 1060 204;1036;1592;1897;3121;3122;3163;3439;4926;5070;6120;6121;6394;6509;6786;7897;7967;8993;10621;13074;13890;14944;15040;15308 False;False;True;False;True;True;False;False;False;True;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;True;False 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RABE1c;Ras-related protein RABE1d;Ras-related protein RABE1a;Ras-related protein RABE1e At5g59840;RABE1C;RABE1D;RABE1A;RABE1E Putative GTP-binding protein ara-3; Ras-related protein RABE1c; Ras-related protein RABE1d; Ras-related protein RABE1a; Ras-related protein RABE1e 6 3 2 2 1 1 1 2 2 1 3 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 0 2 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 0 2 1 1 1 1 1 19 13.9 13.9 23.834 216 216;216;216;216;218;206 0 5.8059 By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS 5.1 5.1 5.1 11.6 12.5 5.1 19 11.6 11.6 11.6 12.5 12.5 1024500 0 0 0 236690 0 0 381200 141820 172040 92791 0 0 64034 0 0 0 14793 0 0 23825 8863.6 10752 5799.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91340 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 1 1 5 1083 5665;5952;7529 True;True;False 5675;5962;7540 46986;46987;46988;46989;46990;49450;49451;49452;49453;63156;63157;63158;63159;63160;63161;63162;63163;63164;63165;63166;63167 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homolog 1 3 3 3 2 1 3 2 2 1 1 1 1 3 3 3 2 1 3 2 2 1 1 1 1 3 3 3 2 1 3 2 2 1 1 1 1 3 3 3 17.9 17.9 17.9 18.91 168 168 0 5.4537 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.9 6.5 17.9 11.9 12.5 6 6.5 6.5 6.5 17.9 17.9 17.9 39828000 2825600 2108900 2915300 3041700 1955500 112380 3990700 2120700 1872100 5714100 7479100 5691700 4425300 313960 234320 323930 337960 217280 12486 443410 235640 208010 634900 831010 632420 2816700 0 2138600 1611600 1919700 0 0 2218200 0 4993500 6500900 6038700 0 0 2 1 0 0 2 1 0 2 3 2 13 1097 7799;7943;14966 True;True;True 7810;7954;14987 65303;65304;65305;65306;65307;65308;66470;66471;66472;66473;66474;66475;66476;66477;66478;66479;66480;66481;66482;66483;66484;124754;124755;124756;124757;124758;124759 46018;46792;46793;46794;46795;46796;46797;46798;46799;46800;88952;88953;88954;88955 46018;46796;88955 P31414;A8MQH1 P31414;A8MQH1 15;10 15;10 15;10 Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump 1 AVP1 Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump 1; Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump 1 2 15 15 15 12 14 11 13 13 13 13 13 11 14 14 14 12 14 11 13 13 13 13 13 11 14 14 14 12 14 11 13 13 13 13 13 11 14 14 14 20.1 20.1 20.1 80.819 770 770;642 0 250.08 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.6 17.3 13.6 16.2 14.4 17.3 17.5 17.3 13.6 17.3 17.3 17.3 419400000 29377000 36823000 21711000 50169000 28193000 14798000 81279000 28005000 30312000 31411000 38946000 28373000 15533000 1088000 1363800 804100 1858100 1044200 548070 3010300 1037200 1122700 1163400 1442400 1050900 28756000 23198000 22250000 25640000 26446000 18251000 21934000 24021000 18386000 29721000 31599000 28870000 10 13 10 11 10 8 9 10 9 10 13 13 126 1098 53;54;208;431;537;3040;5161;5968;6740;8154;9144;9825;12599;14268;15401 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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Ran-2;GTP-binding nuclear protein Ran-1 RAN3;RAN2;RAN1 GTP-binding nuclear protein Ran-3; GTP-binding nuclear protein Ran-2; GTP-binding nuclear protein Ran-1 3 5 5 5 3 4 3 3 4 2 4 4 4 3 3 4 3 4 3 3 4 2 4 4 4 3 3 4 3 4 3 3 4 2 4 4 4 3 3 4 27.1 27.1 27.1 25.079 221 221;221;221 0 9.4326 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.8 23.5 19 15.8 23.5 11.3 20.8 23.5 23.5 15.8 15.8 23.5 46962000 2569500 2676800 1268500 2897800 2689000 1449600 14555000 5309500 6171700 2132900 2880900 2360100 4269200 233590 243350 115320 263430 244460 131780 1323200 482680 561070 193900 261900 214550 2279400 1596800 1016300 1735800 2376600 2125600 4303000 4598600 3552700 1984700 2496900 2259700 3 3 1 3 4 1 4 4 2 2 3 3 33 1121 1003;5015;8233;9301;13829 True;True;True;True;True 1007;5025;8244;9314;13849 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dehydrogenase 9 CAD9 Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 9; Isoform 2 of Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 9 2 11 11 11 9 11 11 9 11 8 9 7 7 11 11 11 9 11 11 9 11 8 9 7 7 11 11 11 9 11 11 9 11 8 9 7 7 11 11 11 35 35 35 38.933 360 360;311 0 79.109 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 29.4 35 35 32.2 35 23.9 29.4 23.9 22.2 35 35 35 276500000 15133000 18885000 24955000 34469000 22179000 9988900 41296000 8018200 10936000 23019000 45769000 21857000 13825000 756630 944250 1247800 1723400 1108900 499440 2064800 400910 546800 1151000 2288500 1092800 15175000 14927000 21591000 17475000 21135000 12497000 10635000 7464100 8186600 20289000 34238000 23152000 8 8 7 9 9 5 8 2 2 10 13 9 90 1131 336;2247;2350;6531;8425;8917;9687;11164;11712;14931;15676 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 337;2254;2357;6541;8436;8928;9700;11178;11728;14952;15697 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synthase isozyme 1 1 20 20 7 14 17 17 15 13 12 15 17 12 18 18 17 14 17 17 15 13 12 15 17 12 18 18 17 5 6 7 5 5 5 5 5 4 6 6 6 43.4 43.4 17 56.514 511 511 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 29.5 33.9 37.6 30.3 25.8 25.8 35.8 31.9 26.8 33.9 33.9 33.5 903170000 43547000 78866000 56731000 67550000 57495000 34148000 96470000 51687000 56125000 107750000 146690000 106120000 37632000 1814400 3286100 2363800 2814600 2395600 1422800 4019600 2153600 2338500 4489400 6112000 4421600 44532000 59567000 49493000 55896000 53604000 40974000 40486000 29434000 31650000 98989000 116450000 96217000 12 14 18 17 13 11 16 14 13 18 18 18 182 1140 238;1072;1096;1228;2253;3027;5813;6315;8540;9226;9390;9391;10257;11690;14099;14312;14682;15103;15613;15655 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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P43287 3 2 2 Aquaporin PIP2-2;Aquaporin PIP2-2, N-terminally processed PIP2-2 Aquaporin PIP2-2 1 3 2 2 1 1 3 2 2 3 3 3 3 3 3 3 0 0 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 0 0 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 8.1 4.6 4.6 30.453 285 285 0 6.1418 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.5 3.5 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 15909000 0 0 632120 947840 451430 291370 5248700 1824700 1727000 1562200 1951500 1272400 2272700 0 0 90303 135410 64489 41624 749810 260670 246720 223170 278790 181770 0 0 0 0 0 0 1426600 1519600 1086700 1559400 1629400 1322000 0 0 1 1 1 2 2 2 1 2 2 1 15 1145 798;2497;10943 True;True;False 802;2504;10957 6740;6741;6742;6743;6744;6745;6746;6747;6748;6749;20916;20917;20918;20919;20920;20921;20922;20923;91075;91076;91077;91078;91079;91080;91081;91082;91083;91084;91085;91086 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ligase, chloroplastic GSH1 Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic; Glutamate-cysteine ligase 2 4 4 4 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 9.6 9.6 9.6 58.562 522 522;477 0 29.902 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 8 3.6 4.6 3.6 3.6 3.6 25660000 1379100 2014300 1439000 2548000 1384400 1051000 6520000 2197100 2110800 1515000 1760800 1740800 1069200 57463 83928 59958 106170 57685 43793 271670 91544 87948 63125 73367 72534 1462200 1508600 1334900 1400700 1398300 1223200 0 1607900 0 1441800 1390600 1603600 1 2 1 2 1 1 4 1 2 1 1 1 18 1155 1669;2581;5054;14113 True;True;True;True 1675;2588;5064;14133 14039;21542;21543;41645;41646;41647;41648;41649;41650;41651;41652;41653;41654;117484;117485;117486;117487;117488;117489;117490;117491;117492;117493;117494;117495 10367;10368;15675;15676;29674;83830;83831;83832;83833;83834;83835;83836;83837;83838;83839;83840;83841;83842 10368;15675;29674;83831 1255;1256;1257 203;246;247 P46416 P46416 5 5 5 Glutathione synthetase, chloroplastic GSH2 Glutathione synthetase, chloroplastic 1 5 5 5 4 3 3 2 3 3 4 3 4 2 3 4 4 3 3 2 3 3 4 3 4 2 3 4 4 3 3 2 3 3 4 3 4 2 3 4 10 10 10 60.27 539 539 0 7.0799 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10 6.9 6.9 3.9 6.9 6.9 6.9 6.9 10 5.4 6.9 10 52347000 2854400 4218000 2865700 3871900 3482200 2782000 15744000 3102300 4341900 2658800 3106400 3319700 1688600 92076 136070 92442 124900 112330 89743 507870 100080 140060 85767 100210 107090 2460400 2845500 2380800 3204000 3341900 3390500 2925000 2670900 2469000 3408600 2626900 3126900 0 2 1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 17 1156 5832;5833;7813;11288;14806 True;True;True;True;True 5842;5843;7824;11303;14827 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Homeobox-leucine zipper protein HAT22 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6.8 6.8 6.8 30.729 278 278 0 3.1067 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1158 7159 True 7169 60035 42436 42436 P46643 P46643 1 1 1 Aspartate aminotransferase, mitochondrial ASP1 Aspartate aminotransferase, mitochondrial 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 3.3 3.3 3.3 47.757 430 430 0 11.419 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 3.3 0 0 0 0 0 3.3 3.3 0 3.3 3.3 2399100 0 0 0 0 0 0 0 701420 689350 0 1008300 0 85681 0 0 0 0 0 0 0 25051 24620 0 36011 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 834100 0 0 1 0 0 0 0 0 2 1 0 1 1 6 1159 5075 True 5085 41779;41780;41781;41782;41783 29768;29769;29770;29771;29772;29773 29773 P46644 P46644 8 6 5 Aspartate aminotransferase 3, chloroplastic ASP3 Aspartate aminotransferase 3, chloroplastic 1 8 6 5 7 7 7 7 6 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Aspartate aminotransferase, cytoplasmic isozyme 1 3 9 9 7 6 7 6 9 7 6 9 7 7 7 7 7 6 7 6 9 7 6 9 7 7 7 7 7 4 5 4 7 5 5 7 5 5 5 5 5 27.7 27.7 23.2 44.266 405 405;405;403 0 101.05 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.3 19.8 16.5 27.7 19.8 17.5 27.7 19.8 19.8 19.8 19.8 19.8 144270000 7664400 11713000 7033700 14212000 7069200 5493200 35507000 10560000 11779000 11315000 10953000 10969000 5343300 283870 433810 260510 526360 261820 203450 1315100 391110 436250 419080 405650 406260 8805800 7607000 7279300 7396800 6214700 7174900 8013300 8719600 7242800 11329000 9534000 10090000 6 8 4 7 9 6 8 6 7 10 7 9 87 1161 5936;6233;7329;8455;10613;12656;12722;14015;14261 True;True;True;True;True;True;True;True;True 5946;6243;7339;8466;10626;12674;12740;14035;14281 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1 2 1 1 1 2 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 1 2 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 6.8 6.8 6.8 35.017 311 311;294;294;312 0 4.9938 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.2 6.8 6.8 3.2 6.8 6.8 3.2 3.2 3.2 6.8 3.2 3.2 18580000 1182600 2793100 2420300 2769700 2470400 1655700 0 659970 1190400 1605700 1213200 618890 1429200 90969 214850 186180 213050 190030 127360 0 50767 91573 123520 93325 47607 0 1915200 1926900 0 2394600 1870300 0 0 0 1557300 0 0 1 1 2 1 2 1 1 1 1 2 1 1 15 1162 2347;6883 True;True 2354;6893 19612;19613;19614;19615;19616;57735;57736;57737;57738;57739;57740;57741;57742;57743;57744;57745;57746 14307;14308;40724;40725;40726;40727;40728;40729;40730;40731;40732;40733;40734;40735;40736 14308;40736 P46864 P46864 1 1 1 Kinesin-2 ATK2 Kinesin-2 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1.5 1.5 1.5 84.358 745 745 0.0070288 1.6073 By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching 1.5 1.5 1.5 0 1.5 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adenylyltransferase small subunit, chloroplastic 1 6 6 6 4 4 4 4 4 4 6 6 6 4 5 2 4 4 4 4 4 4 6 6 6 4 5 2 4 4 4 4 4 4 6 6 6 4 5 2 13.8 13.8 13.8 56.65 520 520 0 44.666 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.2 9.2 9.2 9 9.2 9.2 13.8 13.8 13.8 8.7 11 4.6 79557000 2958100 3858800 3406100 5863300 4039200 2620400 28383000 9693800 9246500 2902200 4318500 2266800 2743300 102010 133060 117450 202180 139280 90358 978720 334270 318840 100080 148910 78165 4525000 3071000 3334300 3519600 4081800 3667700 5784400 5977600 5018800 2793400 2956700 3788500 4 5 3 4 5 3 7 4 5 2 5 2 49 1204 829;2508;2966;5482;7274;10673 True;True;True;True;True;True 833;2515;2973;5492;7284;10686 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.4 8.4 8.4 6.1 6.1 6.1 10 8.4 8.4 4.2 8.4 6.1 46527000 2878500 5286700 2966800 4226700 2303700 1823200 12509000 3210900 4303600 1434000 3867900 1715800 1454000 89954 165210 92713 132080 71990 56975 390920 100340 134490 44814 120870 53618 2187800 3050900 1906000 2733000 2739400 3028500 2636800 2299100 2292900 2507400 2633500 2516200 3 3 2 2 2 1 3 2 1 2 2 2 25 1205 828;2791;11067;13496;15197 True;True;True;True;True 832;2798;11081;13515;15218 7035;7036;7037;7038;7039;7040;7041;23157;92109;92110;92111;92112;92113;92114;92115;92116;92117;92118;92119;92120;112131;112132;112133;112134;112135;112136;112137;112138;112139;112140;112141;112142;126734;126735;126736;126737;126738;126739;126740;126741;126742;126743;126744 5206;5207;5208;5209;16843;65273;65274;65275;65276;65277;65278;65279;65280;65281;65282;79844;79845;79846;79847;79848;79849;79850;90356;90357;90358;90359 5208;16843;65277;79846;90358 P55231;P55230;Q9SIK1 P55231;P55230;Q9SIK1 2;1;1 1;0;0 1;0;0 Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 3, chloroplastic;Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 2, chloroplastic;Probable glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit, chloroplastic APL3;APL2 Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 3, chloroplastic; Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 2, chloroplastic; Probable glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit, chloroplastic 3 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 4.6 2.7 2.7 58.029 521 521;518;523 0.00037965 2.7914 By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching 1.9 1.9 1.9 4.6 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 2.7 4.6 4.6 1773100 0 0 0 740000 0 0 0 0 0 237780 531720 263640 63326 0 0 0 26429 0 0 0 0 0 8492.1 18990 9415.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 285760 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1206 9612;15197 True;False 9625;15218 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chloroplastic 1 8 8 8 5 5 6 4 4 5 8 5 5 4 4 4 5 5 6 4 4 5 8 5 5 4 4 4 5 5 6 4 4 5 8 5 5 4 4 4 19.1 19.1 19.1 55.328 507 507 0 96.234 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 12.8 12.8 14.6 10.1 10.1 12.8 19.1 12.8 12.8 10.1 10.1 9.3 196830000 7758500 12402000 13349000 17313000 8165700 10350000 56517000 17379000 20911000 8544300 13656000 10490000 9841700 387920 620080 667470 865640 408290 517490 2825800 868930 1045500 427210 682810 524520 7588300 8376500 9267200 9447300 7825200 11893000 12633000 14705000 13417000 9038700 11779000 13499000 5 4 5 2 4 5 10 5 4 4 5 5 58 1210 258;1500;3207;5143;7296;13086;14201;14894 True;True;True;True;True;True;True;True 259;1506;3214;5153;7306;13104;14221;14915 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.1 9.1 9.1 9.1 9.1 6.2 15.3 9.1 9.1 9.1 9.1 9.1 340170000 11187000 17593000 16014000 27543000 15429000 11766000 96206000 27036000 38074000 25165000 26095000 28060000 34017000 1118700 1759300 1601400 2754300 1542900 1176600 9620600 2703600 3807400 2516500 2609500 2806000 12651000 11178000 12607000 13372000 13896000 16487000 25609000 22070000 23970000 24543000 21241000 29730000 3 3 2 4 4 2 6 5 5 3 3 3 43 1211 58;1844;1849;9173 True;True;True;True 58;1851;1856;9186 571;572;573;574;575;576;577;578;579;580;581;582;15530;15570;15571;15572;15573;15574;15575;15576;15577;15578;15579;15580;76399;76400;76401;76402;76403;76404;76405;76406;76407;76408;76409;76410 451;452;453;454;455;456;457;458;459;460;461;462;463;464;465;11423;11424;11425;11461;11462;11463;11464;11465;11466;11467;11468;11469;11470;11471;11472;11473;11474;54205;54206;54207;54208;54209;54210;54211;54212;54213;54214;54215;54216 465;11425;11461;54208 1330 330 P56763 P56763 1 1 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta rpoC1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2.1 2.1 2.1 78.582 680 680 0.0033898 2.0081 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 2.1 0 0 0 0 0 278970 0 0 0 0 0 0 278970 0 0 0 0 0 7539.8 0 0 0 0 0 0 7539.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75463 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 1212 7176 True 7186 60137 42506;42507 42507 P56765 P56765 3 3 3 Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta, chloroplastic accD Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta, chloroplastic 1 3 3 3 2 2 2 3 2 1 1 2 3 3 2 2 2 2 2 3 2 1 1 2 3 3 2 2 2 2 2 3 2 1 1 2 3 3 2 2 7.4 7.4 7.4 55.635 488 488 0 7.906 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.3 5.3 5.3 7.4 5.3 2.7 2.7 4.7 7.4 7.4 5.3 5.3 5103600 333940 339410 0 258160 671430 244220 779520 655900 964110 98163 444940 313770 204140 13357 13576 0 10327 26857 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1;Ubiquitin-related 2;Ubiquitin-related 3;Polyubiquitin 10;Ubiquitin;Polyubiquitin 3;Ubiquitin;Polyubiquitin 9;Ubiquitin-related 1;Ubiquitin-related 2;Ubiquitin-related 3;Ubiquitin-related 4;Polyubiquitin 4;Ubiquitin RPS27AC;RPS27AA;UBQ11;UBQ13;UBQ10;RPL40B;RPL40A;RUB2;RUB1;UBQ14;UBQ12;UBQ3;UBQ9;UBQ4 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-3; Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-1; Polyubiquitin; Ubiquitin 13; AT4g05320/C17L7_240; Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-2; Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-1; Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2; Ubiquitin-NE 19 11 11 1 7 8 7 9 8 8 11 11 10 9 8 8 7 8 7 9 8 8 11 11 10 9 8 8 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 49 49 8.9 17.797 157 157;156;153;319;381;128;128;154;156;229;229;230;305;305;306;322;382;457;631 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 35 43.9 43.9 49 40.1 49 49 49 49 49 40.1 40.1 4669300000 208790000 316120000 211620000 376620000 209610000 115080000 1538600000 591590000 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protein 2, chloroplastic AATP2 ADP,ATP carrier protein 2, chloroplastic 1 3 3 2 2 3 2 3 3 2 1 1 1 3 3 3 2 3 2 3 3 2 1 1 1 3 3 3 1 2 1 2 2 1 0 0 0 2 2 2 6.1 6.1 4.2 67.529 618 618 0 187.71 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.3 6.1 6.1 6.1 6.1 6.1 1.9 1.9 1.9 6.1 6.1 6.1 26147000 1236400 2680600 1437200 3956100 2028600 1179000 1895200 0 1052500 3705200 3376400 3600100 901630 42634 92434 49558 136420 69953 40656 65350 0 36293 127770 116430 124140 0 1702800 1315400 2472100 2174400 1741000 0 0 0 3352200 2577400 3271400 3 3 2 3 5 2 0 1 0 4 3 4 30 1246 94;1502;5796 True;True;True 94;1508;5806 878;879;880;881;882;883;884;885;886;887;888;889;12612;12613;12614;12615;12616;12617;12618;12619;48077;48078;48079;48080;48081;48082;48083;48084;48085 675;676;677;678;679;680;681;682;683;684;685;686;9193;9194;9195;9196;9197;9198;9199;9200;9201;9202;9203;9204;34187;34188;34189;34190;34191;34192;34193;34194 678;9202;34193 P92939 P92939 10 1 1 Calcium-transporting ATPase 1, endoplasmic reticulum-type ECA1 Calcium-transporting ATPase 1, endoplasmic reticulum-type 1 10 1 1 5 5 6 9 7 9 7 8 7 9 10 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 13.2 1.7 1.7 116.36 1061 1061 0.0052493 1.7881 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching 6.6 7.3 7.5 11.5 7.7 11.5 9.1 10.7 9.7 11.5 13.2 9.7 129340 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 129340 0 2811.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2811.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 106990 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1247 2947;3922;6783;7520;8322;8419;8563;10963;13917;14539 False;False;False;False;False;False;True;False;False;False 2954;3930;6793;7531;8333;8430;8574;10977;13937;14560 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.8 4.8 4.8 4.8 4.8 4.8 3.6 4.8 4.8 4.8 4.8 4.8 37912000 2232100 3516200 3297600 4626200 2136600 1913700 4835200 3970100 4519700 2206000 2685200 1973200 1263700 74405 117210 109920 154210 71219 63791 161170 132340 150660 73534 89505 65773 1970100 2266300 2317800 2254200 1847000 2221600 2458700 3082800 2848900 2265700 2166100 2144500 2 3 4 2 3 2 1 3 2 2 2 2 28 1248 5803;13021;13767 True;True;True 5813;13039;13787 48133;48134;48135;48136;48137;48138;48139;48140;48141;48142;48143;48144;108218;108219;108220;108221;108222;108223;108224;108225;108226;108227;108228;108229;114561;114562;114563;114564;114565;114566;114567;114568;114569;114570;114571 34206;34207;34208;34209;34210;34211;34212;34213;34214;34215;34216;34217;34218;34219;34220;76942;76943;81547;81548;81549;81550;81551;81552;81553;81554;81555;81556;81557 34206;76943;81549 1373 742 P92948 P92948 12 12 12 Cell division cycle 5-like protein CDC5 Cell division cycle 5-like protein 1 12 12 12 8 9 8 8 8 8 7 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SYNTHASE-LIKE 12 SSL12 Strictosidine synthase 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 5.7 5.7 5.7 35.293 335 335 0.0034072 2.0462 By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By matching 5.7 0 5.7 0 5.7 5.7 5.7 5.7 0 5.7 0 0 6465600 611810 0 803270 0 874930 707770 1975200 913150 0 579560 0 0 461830 43700 0 57376 0 62495 50555 141080 65225 0 41397 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 570500 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1275 590 True 593 5045;5046;5047;5048;5049;5050;5051 3802 3802 P98204 P98204 4 4 4 Phospholipid-transporting ATPase 1 ALA1 Phospholipid-transporting ATPase 1 1 4 4 4 3 3 3 4 4 2 4 3 3 2 4 3 3 3 3 4 4 2 4 3 3 2 4 3 3 3 3 4 4 2 4 3 3 2 4 3 3.9 3.9 3.9 130.33 1158 1158 0 12.015 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.9 2.9 2.9 3.9 3.9 2.1 3.9 3 2.8 2 3.9 3 25199000 1582400 2773700 1907200 4092200 1931900 669730 5601700 1181200 2231600 701660 1871700 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.3 10.1 6.2 10.9 6.2 6.2 3.6 6.2 6.2 13.7 10.9 8.4 43312000 2181600 5269900 2828700 4851400 2288500 2530100 3727400 1831300 3661500 6769700 4574500 2797700 2406200 121200 292770 157150 269520 127140 140560 207080 101740 203420 376090 254140 155430 2360500 3640400 1997900 2079700 2074600 2548400 1894000 1376900 2232900 5388600 3196900 5158000 1 3 1 1 2 1 1 0 2 3 2 2 19 1281 3584;3801;7099;7100;14932 True;True;True;True;True 3591;3808;7109;7110;14953 29235;29236;29237;29238;29239;31014;59440;59441;59442;59443;59444;59445;59446;59447;59448;59449;59450;59451;59452;59453;59454;59455;59456;59457;59458;59459;59460;124430;124431;124432;124433;124434;124435;124436;124437;124438;124439 20847;22077;41964;41965;41966;41967;41968;41969;41970;41971;41972;41973;41974;41975;41976;41977;41978;41979;88687;88688;88689;88690 20847;22077;41964;41979;88687 1413;1414 95;353 Q03250;F4IHK9;Q03250-2 Q03250;F4IHK9 9;7;2 9;7;2 7;5;2 Glycine-rich RNA-binding protein 7 RBG7;CCR2 Glycine-rich RNA-binding protein 7; Glycine-rich RNA-binding protein 7 3 9 9 7 9 9 8 9 9 8 9 6 8 8 8 8 9 9 8 9 9 8 9 6 8 8 8 8 7 7 6 7 7 6 7 5 6 6 6 6 47.7 47.7 40.3 16.89 176 176;159;48 0 81.801 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 47.7 47.7 38.6 47.7 47.7 38.6 47.7 33 43.2 43.2 43.2 43.2 907200000 69598000 125750000 106410000 179080000 105710000 64428000 71286000 17868000 27184000 53152000 45303000 41433000 75600000 5799800 10479000 8867300 14924000 8809200 5369000 5940500 1489000 2265300 4429300 3775200 3452700 63913000 86931000 83275000 80033000 89795000 72759000 13773000 16419000 17273000 47786000 55473000 64281000 8 7 7 7 11 8 7 7 9 10 7 8 96 1282 918;1399;2702;4013;10292;11046;11047;11268;11878 True;True;True;True;True;True;True;True;True 922;1404;2709;4021;10305;11060;11061;11283;11895 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.3 16.5 11.3 11.3 16.5 6.8 8.4 16.5 16.5 16.5 11.3 16.5 32927000 2135200 3504100 2768600 3251900 2730500 1540100 3377300 2761200 2168300 2940700 2722000 3027400 1936900 125600 206120 162860 191290 160620 90593 198670 162420 127550 172980 160120 178080 2100900 1901100 1881100 1619200 2307300 2164200 2372700 2437400 1751600 2604500 2159300 2430500 3 4 2 2 3 2 0 2 2 4 2 3 29 1286 488;3117;9471;11250 True;True;True;True 489;3124;9484;11265 4148;4149;4150;4151;4152;4153;4154;4155;4156;4157;4158;4159;25643;25644;25645;25646;25647;25648;25649;25650;25651;25652;25653;79002;79003;79004;79005;79006;79007;93609;93610;93611;93612;93613;93614;93615;93616;93617;93618;93619 3112;3113;3114;3115;3116;3117;3118;3119;3120;3121;18442;56099;66314;66315;66316;66317;66318;66319;66320;66321;66322;66323;66324;66325;66326;66327;66328;66329;66330 3121;18442;56099;66320 1415;1416 203;208 Q05431;F4HU93 Q05431;F4HU93 11;10 11;10 11;10 L-ascorbate peroxidase 1, cytosolic APX1 L-ascorbate peroxidase 1, cytosolic; L-ascorbate peroxidase 1 2 11 11 11 7 6 6 7 6 3 11 8 10 7 6 8 7 6 6 7 6 3 11 8 10 7 6 8 7 6 6 7 6 3 11 8 10 7 6 8 51.6 51.6 51.6 27.561 250 250;249 0 21.715 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 31.6 26.4 29.2 38.8 31.6 14.4 51.6 31.6 44.4 28 29.2 31.6 149530000 4878300 5323200 3530600 7391800 3493200 1107600 59534000 18458000 31748000 4695400 4825300 4549500 10681000 348450 380230 252190 527980 249520 79118 4252500 1318400 2267700 335380 344660 324960 5271300 3925700 4189300 5206700 4805600 3156000 13546000 12254000 16493000 4936700 5149600 5614300 4 2 1 5 4 0 10 8 8 3 3 5 53 1287 968;3300;4367;6940;7949;9041;9695;10015;12758;12909;15236 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 972;3307;4377;6950;7960;9054;9708;10028;12776;12927;15257 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subunit alpha-1; Isoform 2 of Casein kinase II subunit alpha-1; Casein kinase II subunit alpha-1; Isoform 2 of Probable casein kinase II subunit alpha; Probable casein kinase II subunit alpha; Casein kinase II subunit alpha, 6 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 7.2 7.2 3.3 39.258 333 333;376;409;307;333;432 0 7.2009 By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS 3.9 3.9 3.9 3.9 7.2 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 12777000 505630 860130 746780 981360 864170 499270 3502700 1589000 1071800 567760 962130 626730 798590 31602 53758 46674 61335 54011 31205 218920 99310 66989 35485 60133 39171 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 679320 1 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 6 1296 5629;15169 True;True 5639;15190 46694;46695;46696;46697;46698;46699;46700;46701;46702;46703;46704;46705;126470 33287;33288;33289;33290;33291;33292;90192 33287;90192 Q08770 Q08770 8 1 0 60S ribosomal protein L10-2 RPL10B 60S ribosomal protein L10-2 1 8 1 0 6 8 8 6 7 6 6 8 8 7 8 7 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31.2 5 0 24.909 221 221 1 -2 By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching 24.4 31.2 31.2 26.2 26.7 21.3 31.2 31.2 31.2 26.7 31.2 26.7 13461000 917890 1050200 1295900 947560 725850 443520 3214800 1460600 1452100 348690 645180 959070 1223700 83445 95469 117810 86142 65986 40320 292250 132780 132000 31699 58653 87188 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1039500 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 + 1297 3001;3552;6128;8700;8701;10378;10632;13733 False;True;False;False;False;False;False;False 3008;3559;6138;8711;8712;10391;10645;13753 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Isoform 2 of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase 2 3 3 3 0 2 2 3 0 1 1 1 1 2 1 1 0 2 2 3 0 1 1 1 1 2 1 1 0 2 2 3 0 1 1 1 1 2 1 1 2.5 2.5 2.5 181.8 1613 1613;1614 0 14.817 By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 0 1.2 1.2 2.5 0 0.7 0.7 0.7 0.7 2 0.5 0.5 8112200 0 1148600 1254900 1921300 0 308770 1276900 436340 544950 845830 0 374560 96574 0 13674 14940 22872 0 3675.9 15201 5194.6 6487.5 10069 0 4459.1 0 0 0 980570 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 3 1298 11932;14172;14173 True;True;True 11949;14192;14193 99112;99113;118013;118014;118015;118016;118017;118018;118019;118020;118021;118022;118023;118024;118025 70300;84177;84178;84179;84180 70300;84178;84179 Q0WL81 Q0WL81 1 1 1 RNL Translation elongation factor EF-1 alpha 1 1 1 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1.4 1.4 1.4 123.2 1104 1104 0 5.0885 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 1.4 0 1.4 0 0 0 0 0 0 1.4 1.4 887550 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Probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic 1 2 2 2 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 2.2 2.2 2.2 117.75 1040 1040 0.0028359 2.2688 By matching By MS/MS 0 0 0 1 0 0 2.2 0 0 0 0 0 1782800 0 0 0 675240 0 0 1107600 0 0 0 0 0 36384 0 0 0 13780 0 0 22604 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 299610 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 1334 9972;14051 True;True 9985;14071 83164;83165;116965 59121;83451 59121;83451 Q8LCY8;Q0WVZ7 Q8LCY8;Q0WVZ7 1;1 1;1 1;1 At5g20660 Zn-dependent exopeptidases superfamily protein; 24 kDa vacuolar protein-like 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.3 4.3 4.3 33.542 301 301;910 0 12.141 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 6176200 362500 691470 703540 699550 423340 398550 804570 280270 248200 536780 648460 378910 617620 36250 69147 70354 69955 42334 39855 80457 28027 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Q2V4J0;Q9C8N5 1;1 1;1 1;1 Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1 STOP1 Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1; Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1 2 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 5.1 5.1 5.1 38.828 350 350;499 0 75.896 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 5.1 0 0 5.1 0 5.1 0 0 5.1 5.1 5.1 810200 0 0 0 0 542940 0 267260 0 0 0 0 0 47659 0 0 0 0 31938 0 15721 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72295 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 6 1356 2607 True 2614 21748;21749;21750;21751;21752;21753 15806;15807;15808;15809;15810;15811 15807 Q2V4Q1;Q8L9V6-2;Q8L9V6 Q2V4Q1;Q8L9V6-2;Q8L9V6 1;1;1 1;1;1 1;1;1 Dof zinc finger protein DOF1.1 OBP2;DOF1.1 Dof zinc finger protein DOF1.1; Isoform 2 of Dof zinc finger protein DOF1.1; Dof zinc finger protein DOF1.1 3 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 4.7 4.7 4.7 36.507 339 339;275;331 0 7.2954 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 4.7 0 0 0 4.7 0 0 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component subunit beta-1, mitochondrial 1 9 9 9 6 5 4 6 5 6 9 6 8 6 8 5 6 5 4 6 5 6 9 6 8 6 8 5 6 5 4 6 5 6 9 6 8 6 8 5 31.1 31.1 31.1 39.175 363 363 0 93.219 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 21.2 17.4 12.9 21.2 17.4 21.2 31.1 21.2 30 21.2 30 17.4 186250000 9997700 13701000 9604500 21359000 10343000 8887300 42353000 14149000 18759000 10321000 14121000 12652000 11640000 624850 856320 600280 1335000 646420 555450 2647000 884330 1172500 645090 882530 790740 9562500 9553300 7543600 10536000 8957500 10040000 10246000 10929000 10834000 10786000 10650000 11430000 4 5 3 5 4 4 11 6 9 7 9 5 72 1359 63;1586;2068;2714;5106;6795;11693;14003;14296 True;True;True;True;True;True;True;True;True 63;1592;2075;2721;5116;6805;11709;14023;14316 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synthase, chloroplastic; Isoform mitochondrial of Thiamine thiazole synthase, chloroplastic 2 8 8 8 7 8 5 8 7 8 8 8 8 7 5 5 7 8 5 8 7 8 8 8 8 7 5 5 7 8 5 8 7 8 8 8 8 7 5 5 31.8 31.8 31.8 36.664 349 349;280 0 120.1 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 30.9 31.8 21.2 31.8 31.8 31.8 31.8 31.8 31.8 30.9 21.2 21.2 607020000 35141000 44796000 25766000 62730000 39846000 33933000 181360000 55195000 66442000 19104000 22817000 19889000 46694000 2703200 3445800 1982000 4825400 3065100 2610300 13951000 4245800 5110900 1469500 1755100 1530000 27535000 20336000 16370000 21395000 26379000 26058000 33808000 29850000 31932000 14535000 14055000 14503000 10 8 6 15 9 8 11 12 10 8 5 6 108 1361 93;882;3214;4950;6156;7074;7075;8583 True;True;True;True;True;True;True;True 93;886;3221;4960;6166;7084;7085;8594 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Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I; TGF-beta receptor interacting protein 1; Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I 3 3 3 3 3 3 2 2 3 2 3 2 3 3 3 3 3 3 2 2 3 2 3 2 3 3 3 3 3 3 2 2 3 2 3 2 3 3 3 3 9.8 9.8 9.8 36.388 328 328;254;355 0 7.0973 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.8 9.8 7 7 9.8 7 9.8 7 9.8 9.8 9.8 9.8 23066000 1642500 2049700 1203000 1951000 1560200 838610 4882200 1182500 1819900 1942000 1950300 2044300 1356800 96617 120570 70766 114760 91779 49330 287190 69560 107050 114230 114720 120250 1541700 1306600 1234600 1266000 1455200 1263200 1200900 1173000 973470 1745000 1447900 2008300 3 2 2 2 2 2 2 2 1 3 3 3 27 1373 7360;10975;12270 True;True;True 7371;10989;12287 61702;61703;61704;61705;61706;61707;61708;61709;61710;61711;61712;61713;91303;91304;91305;91306;91307;91308;91309;91310;91311;91312;91313;91314;101804;101805;101806;101807;101808;101809;101810;101811 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Potassium channel AKT1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2 2.2 2.2 96.989 857 857 0.0031337 2.1602 By MS/MS 0 2.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 482160 0 482160 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10715 0 10715 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 330220 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1391 15563 True 15584 129689 92282 92282 Q39002 Q39002 2 1 1 ADP,ATP carrier protein 1, chloroplastic AATP1 ADP,ATP carrier protein 1, chloroplastic 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 6.6 4.6 4.6 68.134 624 624 0 10.683 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 6.6 1.9 1.9 440370 0 0 0 0 0 0 0 0 0 440370 0 0 14205 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14205 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 433480 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 1392 94;1501 False;True 94;1507 878;879;880;881;882;883;884;885;886;887;888;889;12611 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.4 10.4 10.4 18.4 9.8 9.8 18.4 10.4 10.4 10.4 9.8 10.4 33116000 675970 2208000 1011400 4003500 625720 412180 17003000 2655900 2908400 691730 559320 361290 8279000 168990 552000 252850 1000900 156430 103040 4250600 663980 727110 172930 139830 90322 0 1900800 1007100 1691300 0 0 4206400 2094900 1814900 824170 0 526430 0 3 3 3 2 2 4 1 1 1 1 2 23 1407 8973;10524;12196 True;True;True 8986;10537;12213 74657;74658;87880;87881;87882;87883;87884;87885;87886;87887;87888;101180;101181;101182;101183;101184;101185;101186;101187;101188;101189;101190 52881;52882;62150;62151;62152;62153;62154;71918;71919;71920;71921;71922;71923;71924;71925;71926;71927;71928;71929;71930;71931;71932;71933 52882;62153;71931 1570 105 Q39099;Q9XIW1 Q39099 9;1 9;1 9;1 Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 4 XTH4 Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 4 2 9 9 9 6 8 8 8 7 6 8 7 7 7 7 7 6 8 8 8 7 6 8 7 7 7 7 7 6 8 8 8 7 6 8 7 7 7 7 7 34.8 34.8 34.8 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13890;20986;23343;37081;49216;57559;75448;77614;78414 1571 191 Q39101 Q39101 1 1 1 Ferritin-1, chloroplastic FER1 Ferritin-1, chloroplastic 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 28.178 255 255 0.0055034 1.6949 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching 3.5 3.5 3.5 0 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 8595600 468990 527850 568040 0 544960 396790 2493700 984030 1437800 387360 505010 281130 781420 42636 47986 51640 0 49542 36071 226700 89458 130710 35214 45910 25557 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 304710 1 0 0 0 1 1 0 1 0 1 1 0 6 1409 5889 True 5899 48935;48936;48937;48938;48939;48940;48941;48942;48943;48944;48945 34822;34823;34824;34825;34826;34827 34826 Q39102 Q39102 13 5 5 ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 1, chloroplastic FTSH1 ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 1, chloroplastic 1 13 5 5 12 12 12 11 10 11 13 11 12 12 12 12 5 5 5 4 4 4 5 4 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 5 4 5 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gamma-isozyme Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 3.2 3.2 3.2 54.335 494 494 0.0010917 2.4775 By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 0 0 3.2 3.2 3.2 0 3.2 3.2 3.2 3.2 0 3.2 5890000 0 0 311800 521930 390030 0 2681800 685560 919530 379360 0 0 267730 0 0 14173 23724 17729 0 121900 31162 41797 17244 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 373430 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 3 1411 3367 True 3374 27631;27632;27633;27634;27635;27636;27637;27638 19778;19779;19780 19779 Q39141 Q39141 7 7 2 Lhb1B2 At2g34420/T31E10.24 1 7 7 2 6 6 6 4 7 6 6 7 7 4 5 5 6 6 6 4 7 6 6 7 7 4 5 5 1 1 1 0 2 1 1 2 2 0 0 0 23 23 10.9 28.054 265 265 0 29.466 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.7 17.7 17.7 12.1 23 17.7 17.7 23 23 12.1 12.1 12.1 701710000 33696000 43809000 36656000 37900000 46255000 23605000 175920000 107610000 128960000 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Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform 1 5 1 1 3 4 3 4 2 2 3 1 2 3 4 3 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 13 3 3 56.274 501 501 0.00037133 2.6358 By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching 6 11.4 6 9 5.6 3.8 6 2.2 4.4 6 9 6 1147800 0 289070 0 590510 0 0 0 0 0 0 268260 0 42512 0 10706 0 21871 0 0 0 0 0 0 9935.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 221910 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1430 3717;7055;7776;10341;13808 False;False;True;False;False 3724;7065;7787;10354;13828 30326;30327;30328;30329;30330;30331;30332;30333;30334;59125;59126;59127;59128;59129;59130;59131;59132;59133;59134;65122;65123;65124;86354;86355;114933;114934;114935;114936;114937;114938;114939;114940;114941;114942 21568;41759;41760;41761;41762;41763;41764;45881;45882;61268;61269;81834;81835;81836;81837;81838;81839;81840;81841 21568;41764;45881;61269;81836 Q39247-2 Q39247-2 5 4 1 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.4 11.4 7.9 11.4 11.4 8.8 7.9 5.3 7.9 11.4 11.4 11.4 26676000 2244300 3326700 3028200 3233900 1655000 250790 1457900 222050 1014900 3301700 4550100 2391000 1404000 118120 175090 159380 170210 87106 13199 76730 11687 53414 173770 239480 125840 2339400 1928700 2204300 1746700 1581400 0 459490 0 621550 3452700 3693700 2738200 2 1 2 2 2 1 1 1 2 2 1 1 18 1436 152;3825;4930 True;True;False 152;3832;4940 1379;1380;1381;1382;1383;1384;1385;1386;1387;1388;31156;31157;31158;31159;31160;31161;31162;31163;31164;31165;31166;31167;40703;40704;40705;40706;40707;40708;40709;40710 1059;1060;1061;1062;1063;1064;1065;1066;22176;22177;22178;22179;22180;22181;22182;22183;22184;22185;29100;29101 1061;22179;29101 Q3EAF9-2;Q3EAF9 Q3EAF9-2;Q3EAF9 3;3 3;3 3;3 Probable protein phosphatase 2C 49 Isoform 2 of Probable protein phosphatase 2C 49; Probable protein phosphatase 2C 49 2 3 3 3 1 0 0 0 0 0 3 2 1 0 0 0 1 0 0 0 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39317;39318;39319;39320;39321;39322;39323;39324;39325;39326;39327;39328;39329;39330;39331;39332;39333;39334;68484 39324;68484 Q3EDH0-2;Q3EDH0 Q3EDH0-2;Q3EDH0 1;1 1;1 1;1 Scarecrow-like protein 31 SCL31 Isoform 2 of Scarecrow-like protein 31; Scarecrow-like protein 31 2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2.3 2.3 2.3 75.698 662 662;695 0.0028159 2.2374 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.3 0 0 2.3 0 0 0 0 0 0 0 2.3 1162100 209030 0 0 658000 0 0 0 0 0 0 0 295030 37486 6743 0 0 21226 0 0 0 0 0 0 0 9517.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 319790 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 3 1440 4083 True 4091 33356;33357;33358 23747;23748;23749 23748 Q3EDL4;F4HSC9 Q3EDL4;F4HSC9 4;3 4;3 3;2 Probable serine/threonine-protein kinase At1g01540 At1g01540 Probable serine/threonine-protein kinase At1g01540; Putative serine/threonine-protein kinase 2 4 4 3 2 3 3 2 2 2 2 2 2 3 3 3 2 3 3 2 2 2 2 2 2 3 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 2 11.7 11.7 10 52.324 472 472;386 0 7.0318 By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS 4.9 7.4 7.4 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 7.4 7.4 9.1 63256000 4012900 7057400 6322600 8501900 5519100 4113700 7861100 2812600 3310800 4816600 5861700 3065200 2432900 154340 271440 243180 327000 212270 158220 302350 108180 127340 185250 225450 117890 4126700 3896600 4447400 0 5898200 4723100 2504800 0 0 5015900 4599300 3689700 2 0 0 0 1 1 1 0 0 2 0 2 9 1441 267;3037;7507;14732 True;True;True;True 268;3044;7518;14753 2295;2296;2297;2298;2299;2300;25049;62968;62969;62970;62971;62972;62973;62974;62975;62976;62977;122813;122814;122815;122816;122817;122818;122819;122820;122821;122822;122823;122824 1803;1804;1805;18013;44329;44330;87500;87501;87502 1803;18013;44330;87501 Q41188;Q41188-2 Q41188;Q41188-2 4;3 4;3 4;3 Cold shock protein 2 CSP2 Cold shock protein 2; Isoform 2 of Cold shock protein 2 2 4 4 4 2 2 2 3 2 3 2 1 0 3 2 2 2 2 2 3 2 3 2 1 0 3 2 2 2 2 2 3 2 3 2 1 0 3 2 2 31.5 31.5 31.5 19.153 203 203;204 0 63.09 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 21.7 21.7 21.7 29.6 21.7 29.6 21.7 11.8 0 31.5 21.7 21.7 27628000 1236600 2789200 2148000 3367100 2422800 2038600 2626700 572360 0 3276700 3708500 3441000 2762800 123660 278920 214800 336710 242280 203860 262670 57236 0 327670 370850 344100 1779600 1841500 2430000 1466500 2181400 2065200 946320 0 0 3051100 2821100 3378200 3 4 4 4 4 3 2 1 0 5 3 1 34 1442 660;4100;4113;4634 True;True;True;True 663;4108;4121;4644 5537;5538;5539;5540;5541;5542;5543;5544;5545;5546;5547;5548;5549;5550;5551;5552;5553;5554;5555;5556;33474;33475;33476;33477;33478;33479;33480;33481;33482;33483;33574;38177;38178 4129;4130;4131;4132;4133;4134;4135;4136;4137;4138;4139;4140;4141;4142;4143;4144;4145;4146;4147;4148;4149;4150;4151;23835;23836;23837;23838;23839;23840;23841;23842;23924;27306;27307 4137;23836;23924;27307 Q41931 Q41931 7 7 7 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2 ACO2 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2 1 7 7 7 6 7 7 7 6 5 7 7 7 5 7 5 6 7 7 7 6 5 7 7 7 5 7 5 6 7 7 7 6 5 7 7 7 5 7 5 27.5 27.5 27.5 36.183 320 320 0 120.85 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 22.2 27.5 27.5 27.5 26.6 17.8 27.5 27.5 27.5 17.8 27.5 17.8 296960000 18778000 24560000 24833000 24637000 17710000 7571700 93979000 29943000 27356000 7321500 12107000 8165900 22843000 1444500 1889200 1910200 1895100 1362300 582440 7229200 2303300 2104300 563190 931310 628150 19910000 16153000 19228000 13529000 17649000 9125600 23533000 21694000 18051000 7671100 10262000 9953800 4 5 6 4 4 2 5 7 4 3 3 4 51 1443 5014;8491;9016;9335;12593;13971;14811 True;True;True;True;True;True;True 5024;8502;9029;9348;12611;13991;14832 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ABC transporter C family member 2 1 8 4 4 2 4 5 4 5 2 5 4 6 6 5 6 1 1 2 1 2 0 3 2 2 2 1 3 1 1 2 1 2 0 3 2 2 2 1 3 6 3.4 3.4 182.13 1623 1623 0 20.342 By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.8 3 3.8 3 3.8 1.5 4.3 3.2 4.4 4.4 3.5 4.4 13583000 216630 628720 686590 929920 741070 0 3975700 930660 1960900 1062700 853440 1596200 183550 2927.4 8496.3 9278.2 12566 10015 0 53726 12577 26499 14360 11533 21571 0 0 665930 0 781460 0 1160200 943820 1557400 1051600 0 926270 0 2 1 1 2 0 5 2 3 1 1 2 20 1448 994;5374;5606;6906;8907;8941;12015;13072 False;False;True;True;False;True;False;True 998;5384;5616;6916;8918;8953;12032;13090 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7489;9978;15968;20288;46358;74386 Q42290;Q42290-2 Q42290;Q42290-2 15;15 15;15 15;15 Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta; Isoform 2 of Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta 2 15 15 15 13 14 13 14 15 12 11 13 13 13 14 13 13 14 13 14 15 12 11 13 13 13 14 13 13 14 13 14 15 12 11 13 13 13 14 13 29.6 29.6 29.6 59.159 531 531;535 0 62.809 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 23.4 29.6 24.9 28.1 29.6 29.6 25.2 28.1 28.1 28.4 29.6 28.1 362800000 21248000 33506000 27933000 48996000 22418000 17738000 65043000 24526000 32917000 21297000 26729000 20447000 13437000 786940 1241000 1034600 1814700 830310 656960 2409000 908360 1219100 788770 989960 757300 20869000 22303000 23956000 24129000 18950000 21460000 20924000 19699000 20783000 20561000 22920000 20481000 5 14 10 11 10 6 10 8 10 8 7 9 108 1451 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MS/MS 22.1 24 22.2 25.3 21.7 16.6 26.3 23 26 25.2 26.3 19.9 502780000 33471000 37455000 40559000 54785000 47532000 23330000 48720000 36801000 42982000 47639000 50622000 38881000 12892000 858230 960390 1040000 1404700 1218800 598210 1249200 943610 1102100 1221500 1298000 996950 29158000 21221000 35101000 30897000 38594000 33340000 17412000 27784000 28187000 46991000 38795000 44049000 9 11 13 13 11 9 9 11 11 14 12 9 132 1465 579;1156;1250;1251;2546;5438;5439;6135;6172;8083;8842;13357;13765;13933;14060;15426 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 580;1160;1254;1255;2553;5448;5449;6145;6182;8094;8853;13376;13785;13953;14080;15447 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4-coumarate--CoA ligase 1; 4-coumarate--CoA ligase 1; Isoform 2 of 4-coumarate--CoA ligase 1 3 11 11 11 8 9 8 11 10 9 7 9 9 10 9 9 8 9 8 11 10 9 7 9 9 10 9 9 8 9 8 11 10 9 7 9 9 10 9 9 23.9 23.9 23.9 61.053 561 561;539;490 0 64.798 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 16 19.1 17.3 23.9 20 19.1 18 18.2 17.6 20 20 17.6 139400000 5244900 10823000 8719400 17197000 8012100 6924000 21977000 7915900 11871000 12624000 15860000 12231000 5361500 201730 416260 335360 661420 308160 266310 845270 304460 456570 485530 609990 470410 5964100 8076000 7259100 8159200 6750000 8494800 6918500 6820400 7113700 12147000 12130000 12924000 8 7 9 10 10 10 7 11 9 8 10 7 106 1466 1240;3912;5720;6081;8984;10110;10995;11290;11940;13962;14008 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1244;3920;5730;6091;8997;10123;11009;11305;11957;13982;14028 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[ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial 1 5 5 5 2 3 3 3 3 3 4 4 3 3 5 4 2 3 3 3 3 3 4 4 3 3 5 4 2 3 3 3 3 3 4 4 3 3 5 4 19.3 19.3 19.3 24.044 218 218 0 47.683 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.6 11 11 11 11 11 15.1 15.1 14.7 15.1 19.3 15.1 33501000 1282600 2576000 2091400 1983100 2062600 1182300 8196000 2851500 3084500 1813100 3623700 2754200 3045600 116600 234180 190130 180290 187510 107480 745090 259230 280410 164830 329430 250380 1623500 1601200 1525800 1468500 1613800 1478800 1490500 1902500 1736300 1549300 1948000 2101200 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 3 3 24 1470 6719;7743;10088;13846;15134 True;True;True;True;True 6729;7754;10101;13866;15155 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Isoform 2 of Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic; Isoform 3 of Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic; Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic 3 2 2 2 1 1 1 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 0 1 1 1 1 4.3 4.3 4.3 74.36 671 671;645;673 0.0040296 1.9377 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By matching By matching 2.1 2.1 2.1 4.3 2.1 2.1 2.1 0 2.1 2.1 2.1 2.1 3593400 306470 388840 318030 428170 273180 193230 413080 0 252560 382470 387870 249520 92139 7858.3 9970.2 8154.7 10979 7004.7 4954.7 10592 0 6475.8 9807 9945.4 6398 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 270460 0 0 1 2 0 1 0 0 0 1 0 0 5 1496 8804;11299 True;True 8815;11314 73249;94071;94072;94073;94074;94075;94076;94077;94078;94079;94080;94081 51760;66680;66681;66682;66683 51760;66683 1680 1 Q56X76 Q56X76 2 2 2 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 39 RH39 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 39 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 0 1 0 1 1 0 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28;3521;4487;9210;11551 259;260;261;262;263;264;265;266;267;268;269;270;28718;28719;28720;28721;28722;28723;28724;28725;28726;28727;36788;36789;36790;36791;36792;36793;36794;36795;36796;36797;76607;76608;76609;76610;76611;76612;76613;95951;95952;95953;95954;95955;95956;95957;95958;95959;95960;95961 218;219;220;221;222;223;224;225;226;227;228;229;230;231;232;20468;20469;20470;20471;26259;26260;26261;26262;26263;26264;26265;26266;26267;54383;54384;54385;54386;54387;67943;67944;67945;67946;67947;67948;67949 226;20469;26261;54383;67944 Q8H100-2;Q8H100 Q8H100-2;Q8H100 2;2 1;1 1;1 Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD8 AGD8 Isoform 2 of Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD8; Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD8 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 7.6 4.2 4.2 41.413 384 384;413 0 60.389 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 3.4 5984600 319190 465410 263770 736810 459450 246710 1897800 463150 519310 348580 264400 0 299230 15959 23271 13188 36840 22973 12336 94891 23158 25965 17429 13220 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 218720 0 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 0 14 1650 1493;12205 True;False 1498;12222 12552;12553;12554;12555;12556;12557;12558;12559;12560;12561;12562;101264;101265;101266;101267;101268;101269;101270;101271;101272;101273;101274;101275 9128;9129;9130;9131;9132;9133;9134;9135;9136;9137;9138;9139;9140;9141;71976;71977;71978;71979;71980;71981 9132;71978 Q8H102 Q8H102 1 1 1 Transcription factor bHLH128 BHLH128 Transcription factor bHLH128 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 4.7 4.7 4.7 38.951 362 362 0 3.5234 By MS/MS By MS/MS 0 0 4.7 0 0 0 0 0 0 4.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1651 11611 True 11626 96539;96540 68349;68350 68349 Q8H103-2;Q8H103 Q8H103-2;Q8H103 3;3 3;3 3;3 Glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic PGI1 Isoform 2 of Glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic; Glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic 2 3 3 3 1 2 1 1 2 3 2 2 2 2 2 3 1 2 1 1 2 3 2 2 2 2 2 3 1 2 1 1 2 3 2 2 2 2 2 3 7.9 7.9 7.9 62.307 570 570;613 0 32.282 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.5 4.9 3 3 5.4 7.9 4.9 5.4 5.4 5.4 5.4 7.9 10163000 0 515210 0 1067000 704710 554820 3242800 976560 1278000 724570 677120 422160 274680 0 13925 0 28839 19046 14995 87643 26393 34542 19583 18301 11410 0 0 0 0 593250 674730 0 823460 0 0 573560 0 1 1 1 1 3 4 3 2 2 2 3 3 26 1652 2963;9880;14042 True;True;True 2970;9893;14062 24499;24500;24501;24502;24503;24504;82423;82424;82425;82426;82427;82428;82429;82430;82431;116897;116898;116899;116900;116901;116902;116903;116904 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2-oxoglutarate dehydrogenase complex 2, mitochondrial Isoform 2 of Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex 2, mitochondrial; Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex 2, mitochondrial; Isoform 3 3 6 6 3 5 5 5 4 6 4 6 5 5 4 4 5 5 5 5 4 6 4 6 5 5 4 4 5 2 2 2 1 3 1 3 2 2 1 1 2 13 13 7.8 49.988 463 463;464;365 0 17.196 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.6 10.6 10.2 7.8 13 7.8 13 10.2 10.2 7.8 7.8 10.6 70064000 4061100 6197200 4542000 7633100 4177900 2138800 14229000 5223900 7831700 4871600 4810700 4346600 3046300 176570 269440 197480 331870 181650 92989 618670 227130 340510 211810 209160 188980 4399300 4628100 3754800 4274700 3693100 2689900 3333000 3513300 3907500 5336100 4133600 5134500 3 4 2 3 3 2 2 1 2 3 1 4 30 1654 2645;3867;4417;7183;10687;10848 True;True;True;True;True;True 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.5 12.1 12.1 12.1 12.1 12.1 14 12.5 17.1 7.5 17.1 12.1 73133000 4171100 7591600 4232600 8525600 5627000 5798600 6359000 10994000 6801600 3219100 5585000 4228100 4875500 278070 506110 282170 568380 375130 386570 423930 732920 453440 214610 372340 281870 3995300 5043000 3629800 3747100 3751100 5957100 5837200 7655400 5896600 3476200 3641800 3955900 1 4 2 2 2 4 4 4 3 1 3 2 32 1655 2006;5202;6567;7363;7399 True;True;True;True;True 2013;5212;6577;7374;7410 16734;16735;16736;16737;16738;16739;16740;16741;16742;42898;42899;42900;42901;42902;42903;42904;42905;42906;42907;54889;54890;54891;54892;61735;61736;61737;61738;61739;61740;61741;61742;61743;61744;61745;62049;62050;62051;62052;62053;62054;62055;62056;62057;62058;62059;62060;62061;62062;62063;62064;62065;62066;62067 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subunit alpha-2, mitochondrial IAR4 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha-2, mitochondrial 1 10 10 6 7 7 5 8 8 8 6 6 5 8 9 8 7 7 5 8 8 8 6 6 5 8 9 8 3 3 2 4 4 4 2 3 1 5 5 4 24.7 24.7 16 43.358 393 393 0 39.691 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17 14.5 10.9 20.1 17.3 17.3 15.8 12 11.2 18.1 20.4 17.3 107940000 6795400 7771500 6145900 20092000 8582300 6360300 13713000 5745900 6653000 9517400 9044600 7516700 5396900 339770 388570 307300 1004600 429110 318020 685660 287290 332650 475870 452230 375830 7062600 6676300 6795200 9266000 7522600 6467800 4770300 5012400 5028100 7573300 6905200 7236800 3 6 3 8 8 6 4 3 3 5 6 5 60 1664 2094;3082;3145;6318;8193;8488;9130;10439;13260;15393 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2101;3089;3152;6328;8204;8499;9143;10452;13279;15414 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Q8LB17;F4J5V3 4;3 4;3 4;3 Uncharacterized protein At3g58460 RBL15 Uncharacterized protein At3g58460; Rhomboid-like protein 15 2 4 4 4 2 3 2 2 3 3 3 3 4 3 3 3 2 3 2 2 3 3 3 3 4 3 3 3 2 3 2 2 3 3 3 3 4 3 3 3 16.9 16.9 16.9 44.144 403 403;426 0 15.482 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.4 13.2 7.4 7.4 13.2 13.2 13.2 13.2 16.9 11.2 11.2 11.2 34183000 1023000 1971400 1762200 2700600 1108900 1528600 7165600 2464400 5293300 3018900 3391800 2754600 2848600 85252 164290 146850 225050 92411 127380 597130 205370 441100 251570 282650 229550 1455000 1485600 1861200 1813200 1461000 1973900 2076400 2161100 2672000 2484800 2500800 2128700 2 3 1 1 2 1 3 2 5 4 3 1 28 1716 2626;7468;8806;9752 True;True;True;True 2633;7479;8817;9765 21907;21908;21909;21910;62688;62689;62690;62691;62692;62693;73268;73269;73270;73271;73272;73273;73274;73275;73276;73277;73278;73279;81401;81402;81403;81404;81405;81406;81407;81408;81409;81410;81411;81412 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Q8LGG8 2 2 2 Universal stress protein A-like protein Universal stress protein A-like protein 1 2 2 2 1 0 1 1 2 1 2 2 1 2 1 2 1 0 1 1 2 1 2 2 1 2 1 2 1 0 1 1 2 1 2 2 1 2 1 2 12.6 12.6 12.6 19.568 175 175 0.0030885 2.0773 By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8 0 4.6 8 12.6 8 12.6 12.6 4.6 12.6 4.6 12.6 10001000 356490 0 278810 331640 598810 243020 4387500 1238200 546510 629710 519540 870330 769270 27422 0 21447 25511 46062 18694 337500 95249 42039 48439 39965 66949 0 0 0 0 574120 0 1195600 1100200 0 626430 0 818630 0 0 0 0 1 0 1 2 1 1 1 1 8 1738 417;12741 True;True 418;12759 3520;3521;3522;3523;3524;3525;3526;3527;105692;105693;105694;105695;105696;105697;105698;105699 2716;2717;2718;2719;75219;75220;75221;75222 2718;75221 Q8LGH4 Q8LGH4 4 4 4 Cullin-4 CUL4 Cullin-4 1 4 4 4 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 3 2 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 3 2 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 3 2 5.4 5.4 5.4 91.47 792 792 0 7.0497 By MS/MS By matching By MS/MS By 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26281;33934;63508;72379;81068;83292;88121 1916;1917 388;574 Q8RWY6 Q8RWY6 6 6 6 CLIP-associated protein CLASP CLIP-associated protein 1 6 6 6 2 3 2 2 2 1 3 5 4 0 2 1 2 3 2 2 2 1 3 5 4 0 2 1 2 3 2 2 2 1 3 5 4 0 2 1 5.1 5.1 5.1 158.95 1439 1439 0 11.937 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.5 2.3 1.5 1.5 1.5 0.7 2.3 4.2 3.5 0 1.5 0.7 21790000 1263700 1898400 1760200 2543800 1609900 932670 5380100 2111500 2089000 0 1272400 928110 298490 17311 26006 24112 34846 22054 12776 73700 28924 28616 0 17430 12714 0 1332700 1461600 1544400 1603300 0 1388000 1285700 1335900 0 1100300 0 2 1 3 3 2 1 1 5 2 0 0 1 21 1771 5265;7085;10038;11402;12761;15255 True;True;True;True;True;True 5275;7095;10051;11417;12779;15276 43409;43410;43411;59333;59334;59335;59336;59337;59338;59339;83641;83642;83643;94908;94909;94910;94911;94912;94913;94914;94915;94916;94917;94918;105880;127195;127196 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MS/MS By MS/MS 8.5 8.5 8.5 5 8.5 8.5 5 8.5 8.5 5 5 8.5 40279000 3563100 4540000 4035700 4938100 3073800 2594600 5423900 3066700 3211000 1862900 1477600 2491400 2517400 222690 283750 252230 308630 192110 162160 339000 191670 200690 116430 92351 155710 3251900 2769400 2716800 2789300 2681700 2371900 2401200 2399100 1941700 2415200 2045300 2323700 3 2 1 1 1 1 0 3 2 1 1 1 17 1791 1369;10422;13102 True;True;True 1374;10435;13120 11549;11550;11551;11552;11553;11554;11555;11556;86969;86970;86971;86972;86973;86974;86975;86976;86977;86978;86979;86980;108875;108876;108877;108878;108879;108880;108881;108882;108883;108884;108885;108886 8423;8424;8425;8426;61585;77493;77494;77495;77496;77497;77498;77499;77500;77501;77502;77503;77504 8423;61585;77504 Q8RY06 Q8RY06 1 1 1 At2g04305 At2g04305/T23O15.7 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 3.2 3.2 3.2 49.281 434 434 0.0055249 1.7294 By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 3.2 3.2 0 0 3.2 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Q8S9L5 4 4 4 Trigger factor-like protein TIG, Chloroplastic TIG Trigger factor-like protein TIG 1 4 4 4 2 2 2 4 1 1 3 1 3 1 2 2 2 2 2 4 1 1 3 1 3 1 2 2 2 2 2 4 1 1 3 1 3 1 2 2 8.6 8.6 8.6 61.733 547 547 0 5.7768 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 4.2 4.2 4.2 8.6 2 2 6.8 2.2 6.8 2 4.2 4.2 9376500 492180 740130 661210 1604200 425730 287710 3223300 144510 751260 328830 422500 294960 260460 13672 20559 18367 44561 11826 7992 89535 4014.1 20868 9134 11736 8193.2 0 604690 616860 653660 0 0 755260 0 429940 0 494680 0 1 2 1 2 0 0 2 1 3 0 1 2 15 1814 1784;10028;13278;14876 True;True;True;True 1791;10041;13297;14897 15050;83553;83554;83555;83556;83557;83558;83559;83560;83561;83562;83563;110313;110314;110315;123958;123959;123960;123961;123962;123963;123964;123965;123966 11091;59407;59408;59409;59410;78474;88316;88317;88318;88319;88320;88321;88322;88323;88324 11091;59410;78474;88323 Q8S9L6;O65405 Q8S9L6;O65405 2;1 2;1 2;1 Cysteine-rich receptor-like protein kinase 29;Cysteine-rich receptor-like protein kinase 28 CRK29;CRK28 Cysteine-rich receptor-like protein kinase 29; Cysteine-rich receptor-like protein kinase 28 2 2 2 2 0 1 1 1 2 2 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 2 2 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 2 2 0 0 0 1 0 0 4 4 4 75.719 679 679;683 0 17.89 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 0 2.1 1.9 2.1 4 4 0 0 0 1.9 0 0 2885600 0 556960 285690 887070 290920 675270 0 0 0 189690 0 0 87443 0 16878 8657.4 26881 8815.8 20463 0 0 0 5748.2 0 0 0 0 0 0 0 801590 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 3 0 0 0 0 0 0 6 1815 1453;12562 True;True 1458;12580 12257;12258;12259;12260;104203;104204;104205;104206 8904;8905;74157;74158;74159;74160;74161 8905;74157 1947 494 Q8SAB7 Q8SAB7 4 4 4 Guanine nucleotide exchange factor SPIKE 1 SPK1 DOCK family guanine nucleotide exchange factor SPIKE1 1 4 4 4 2 3 3 3 3 3 0 2 3 3 2 2 2 3 3 3 3 3 0 2 3 3 2 2 2 3 3 3 3 3 0 2 3 3 2 2 2.6 2.6 2.6 206.83 1830 1830 0 45.214 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.4 2.2 2.2 2.2 1.8 2.1 0 1.6 2.1 2.2 1.3 1.4 8327000 293770 1267800 982650 1513500 622120 875740 0 510980 988150 335520 548850 387850 88585 3125.2 13488 10454 16101 6618.3 9316.4 0 5435.9 10512 3569.4 5838.9 4126.1 0 765100 659850 764100 0 929220 0 538070 533840 564780 0 513270 1 3 4 3 2 3 0 1 2 3 2 2 26 1816 2597;7977;12563;13547 True;True;True;True 2604;7988;12581;13566 21667;21668;21669;21670;21671;21672;21673;66809;66810;66811;66812;104207;104208;104209;104210;104211;104212;104213;104214;112578;112579;112580;112581;112582;112583;112584;112585;112586;112587 15754;15755;15756;15757;47009;74162;74163;74164;74165;74166;74167;74168;74169;74170;74171;74172;80187;80188;80189;80190;80191;80192;80193;80194;80195;80196 15755;47009;74170;80187 Q8VWF5;F4JBE2;Q9SVV9 Q8VWF5 7;1;1 7;1;1 7;1;1 Protein MEI2-like 5 ML5 Protein MEI2-like 5 3 7 7 7 3 5 6 5 4 6 4 4 4 6 3 3 3 5 6 5 4 6 4 4 4 6 3 3 3 5 6 5 4 6 4 4 4 6 3 3 11.4 11.4 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UGT73B1 UDP-glycosyltransferase 73B1 1 3 3 3 3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 6.1 6.1 6.1 54.836 488 488 0 4.9999 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.1 2.3 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 2.3 4.1 15314000 874660 895110 787420 2011900 1103600 1130500 2514000 1037900 1164600 1201700 1125200 1467300 765690 43733 44755 39371 100600 55180 56523 125700 51894 58229 60083 56258 73364 876110 0 826560 950030 956300 1094500 737950 941750 751630 1259200 0 1534500 2 0 0 1 1 1 1 0 1 2 2 1 12 1859 1416;8728;12806 True;True;True 1421;8739;12824 11996;72688;72689;72690;72691;72692;72693;72694;72695;72696;72697;72698;72699;106267;106268;106269;106270;106271;106272;106273;106274;106275;106276 8736;51283;51284;51285;51286;51287;51288;51289;51290;51291;75632;75633 8736;51291;75633 1988;1989 420;421 Q8VZF1 Q8VZF1 2 2 2 Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal AAE7 Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal 1 2 2 2 2 1 0 2 1 2 2 2 1 0 1 1 2 1 0 2 1 2 2 2 1 0 1 1 2 1 0 2 1 2 2 2 1 0 1 1 5.8 5.8 5.8 62.956 569 569 0 5.3399 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 5.8 1.8 0 5.8 1.8 5.8 5.8 5.8 1.8 0 4 4 10907000 318780 447090 0 1272500 446150 524850 4817000 1144200 691380 0 797660 446970 519360 15180 21290 0 60596 21245 24993 229380 54485 32923 0 37984 21284 0 0 0 630460 0 639340 1459600 787210 0 0 0 0 2 1 0 1 1 1 3 1 0 0 2 2 14 1860 2833;15618 True;True 2840;15639 23458;23459;23460;23461;23462;23463;23464;23465;130118;130119;130120;130121;130122;130123;130124;130125;130126 17031;17032;17033;92614;92615;92616;92617;92618;92619;92620;92621;92622;92623;92624 17031;92620 1990 383 Q8VZF3;Q8VZF3-2 Q8VZF3;Q8VZF3-2 8;8 8;8 8;8 Probable glutamyl endopeptidase, chloroplastic GEP Probable glutamyl endopeptidase, chloroplastic; Isoform 2 of Probable glutamyl endopeptidase, chloroplastic 2 8 8 8 3 6 5 8 6 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MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 1.6 2.5 1.6 1.6 2.5 0 2.5 6.8 4.1 1.6 2.5 2.5 6016900 203680 374160 303710 417280 482080 0 1234600 754000 1154500 256830 510020 325980 250700 8486.8 15590 12655 17387 20087 0 51443 31417 48104 10701 21251 13583 0 0 0 0 0 0 0 0 729950 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0 1 0 5 1862 6704;7625;14549 True;True;True 6714;7636;14570 56109;56110;56111;56112;56113;56114;56115;63939;63940;63941;63942;63943;63944;121264 39537;39538;39539;45024;86397 39538;45024;86397 1993 484 Q8VZG2 Q8VZG2 3 3 2 BCS1 AT3g50930/F18B3_210 1 3 3 2 2 3 1 2 3 2 2 1 1 2 2 2 2 3 1 2 3 2 2 1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 5.2 5.2 3.1 66.136 576 576 0 4.1318 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching 3.5 5.2 1.4 3.5 5.2 3.5 3.1 1.4 1.4 3.5 3.5 3.5 39597000 4375000 5025000 1755200 7121400 3852400 2289900 4615200 1645900 1923000 1952100 3398000 1643600 1199900 132570 152270 53187 215800 116740 69392 139850 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8753;8754;8755;8756;8757;8758;8759;11419;19752;19753;19754;19755;19756;19757;19758;19759;19760;48849;48850;48851;48852;71806;71807;71808;71809;71810;71811;71812;71813;83943;83944;83945;83946;83947 8753;11419;19755;48852;71812;83944 Q8W493-2;Q8W493-3;Q8W493 Q8W493-2;Q8W493-3;Q8W493 14;14;14 14;14;14 12;12;12 Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme 2, chloroplastic LFNR2 Isoform 2 of Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme 2, chloroplastic; Isoform 3 of Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme 2, chloroplastic; Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme 2, chloroplastic 3 14 14 12 10 12 10 12 11 11 12 11 11 9 9 9 10 12 10 12 11 11 12 11 11 9 9 9 8 10 8 10 9 9 11 10 11 8 7 9 39.4 39.4 35.1 39.233 350 350;369;369 0 89.05 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 26.3 29.1 26.3 29.1 29.1 29.1 35.4 28 29.7 25.1 25.1 20.9 264460000 14503000 25765000 10563000 29670000 18591000 15550000 76167000 25990000 25559000 6872400 8554900 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protein phosphatase 2C 58 1 4 2 2 3 3 1 3 2 3 3 3 3 2 2 3 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 16.6 8.5 8.5 31.018 283 283 0 4.8859 By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching 12.4 12.4 3.2 12.4 8.1 12.4 12.4 12.4 12.4 8.1 8.1 12.4 6555300 668810 0 0 1328900 0 457480 1675000 911270 1162800 0 0 351090 364180 37156 0 0 73830 0 25415 93054 50626 64598 0 0 19505 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 380550 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1955 4167;12150;13854;14479 False;True;False;True 4176;12167;13874;14500 34205;34206;34207;34208;34209;34210;34211;34212;34213;34214;34215;100742;115295;115296;115297;115298;115299;115300;115301;115302;115303;115304;115305;115306;120630;120631;120632;120633;120634;120635;120636 24484;24485;24486;24487;24488;24489;24490;24491;24492;24493;24494;71576;82103;82104;82105;85961 24494;71576;82105;85961 Q93YZ7;Q93YZ7-2;Q93YZ7-3 Q93YZ7;Q93YZ7-2;Q93YZ7-3 5;4;4 5;4;4 5;4;4 Acetolactate synthase small subunit 2, chloroplastic Acetolactate synthase small subunit 2, chloroplastic; Isoform 2 of Acetolactate synthase small subunit 2, chloroplastic; Isoform 3 of Acetolactate synthase small subunit 2, chloroplastic 3 5 5 5 3 4 4 4 5 4 4 5 4 5 4 3 3 4 4 4 5 4 4 5 4 5 4 3 3 4 4 4 5 4 4 5 4 5 4 3 14.5 14.5 14.5 53.872 491 491;421;469 0 39.173 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.4 12.2 12.2 12.2 14.5 12.2 12.2 14.5 12.2 14.5 12.2 8.4 61001000 2068300 4516400 3585700 7691200 4542600 3333000 14213000 4846800 6237300 3485300 3697700 2782900 2033400 68944 150550 119520 256370 151420 111100 473780 161560 207910 116180 123260 92763 2847900 3364200 2848100 3711300 3923800 3763500 3739900 3822100 3853400 3140900 2749300 3595800 3 2 5 2 5 4 3 3 4 4 3 2 40 1956 3666;5879;6039;7490;14460 True;True;True;True;True 3673;5889;6049;7501;14481 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4923;4924;4925;4926;4927;4928;4929;6309;6310;6311;7296;7297;7298;9906;9907;15587;24847;24848;24849;24850;24851;24852;24853;24854;41424;41425;41426;41427;41428;41429;41430;41431;41432;41433;41434;41435;41436;61492;61493;61494;61495;61496;61497;61498;61499;61500;61501;61502;61503;61504;61505;61506;61507;61508;61509;61510;61511;73688;73689;73690;73691;73692;73693;73694;73695;73696;73697;80577;80578;80579;80580;80581;80582;80583;80584;80585;80586;80587;80627;80628;80629;80630;80631;80632;80633;80634;80635;80636;80637;80638;80639;80640;92599 4928;6309;7298;9906;15587;24847;41431;61501;73693;80583;80629;92599 2123 72 Q944K2 Q944K2 4 4 4 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit OST48 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit 1 4 4 4 3 4 4 3 3 3 3 3 2 4 3 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 4 3 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 4 3 3 11.2 11.2 11.2 48.744 437 437 0 63.87 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.9 11.2 11.2 8.9 8.9 8.9 8.9 8.9 6.2 11.2 8.9 8.9 33814000 1814000 3064000 2384400 3937600 1853800 1788500 6840300 2566200 1827800 2575100 2582300 2580100 1408900 75581 127670 99352 164070 77241 74520 285010 106930 76158 107290 107600 107510 1720700 1814200 1843900 2021900 1681800 2123300 1938400 2154300 1792900 2243600 2119700 2788600 2 4 3 2 2 3 3 2 2 3 4 2 32 2009 7251;11095;14037;14469 True;True;True;True 7261;11109;14057;14490 60790;60791;60792;92364;92365;92366;92367;92368;92369;92370;92371;92372;92373;92374;116835;116836;116837;116838;116839;116840;116841;116842;116843;116844;116845;116846;120516;120517;120518;120519;120520;120521;120522;120523;120524;120525;120526;120527 42968;65454;65455;65456;65457;65458;65459;83329;83330;83331;83332;83333;83334;83335;83336;83337;83338;83339;83340;85883;85884;85885;85886;85887;85888;85889;85890;85891;85892;85893;85894;85895 42968;65458;83336;85888 Q944P7 Q944P7 9 9 3 Leucine aminopeptidase 3, chloroplastic Leucine aminopeptidase 3, chloroplastic 1 9 9 3 5 5 5 7 6 5 8 5 6 6 7 5 5 5 5 7 6 5 8 5 6 6 7 5 1 1 1 2 2 1 2 1 1 1 2 1 18.7 18.7 4.6 61.306 583 583 0 138.75 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.3 11.3 11.3 14.8 11.3 11.3 16.8 11.3 14.8 14.8 16.6 11.3 105720000 5579600 6716000 6369100 13677000 7035500 3846400 28900000 6232500 8664400 6125900 6540400 6037200 3303900 174360 209880 199040 427420 219860 120200 903130 194770 270760 191440 204390 188660 6080400 5290200 5881800 6170300 5391000 5264100 6139900 4731700 4357400 6384800 5937800 8057000 3 4 5 6 4 5 7 4 7 6 8 6 65 2010 3317;4403;8761;10698;11154;12271;12272;12777;12834 True;True;True;True;True;True;True;True;True 3324;4413;8772;10711;11168;12288;12289;12795;12852 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matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.7 6.7 2.7 6.7 4 6.7 6.7 4 6.7 4 4 6.7 10099000 573180 818240 253420 1460200 383560 599050 1622300 393110 1587800 611770 1020900 775950 561080 31843 45458 14079 81125 21309 33281 90128 21839 88209 33987 56714 43108 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 841060 1 1 0 1 0 0 2 1 2 1 1 2 12 2012 12491;13709 True;True 12509;13729 103626;103627;103628;103629;103630;103631;103632;103633;103634;103635;103636;114039;114040;114041;114042;114043;114044;114045;114046 73715;73716;73717;73718;73719;73720;73721;73722;73723;73724;73725;81147 73725;81147 Q949M4 Q949M4 2 2 2 At4g28760 Putative uncharacterized protein At4g28760 1 2 2 2 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 1 0 3.1 3.1 3.1 102.9 924 924 0 3.3497 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 1.3 0 1.3 0 0 0 0 3.1 1.3 0 1228900 0 0 555420 0 257750 0 0 0 0 0 415730 0 28579 0 0 12917 0 5994.1 0 0 0 0 0 9668.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 343900 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 1 0 5 2013 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35974;35975;35976;35977;35978;35979;35980;35981;49171;49172;49173;49174;49175;49176;49177;49178;49179;49180;49181;49182;49183 35980;49175 2126 289 Q949P2 Q949P2 8 5 5 Probable cytosolic oligopeptidase A CYOP Probable cytosolic oligopeptidase A 1 8 5 5 4 4 5 7 4 4 6 5 2 2 2 5 2 2 3 4 2 3 3 5 1 2 1 3 2 2 3 4 2 3 3 5 1 2 1 3 11.4 6.7 6.7 79.043 701 701 0 10.379 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.1 6.1 8.1 11.4 6.4 4.7 9.3 6.7 3.1 2.9 2.9 6.3 16389000 778190 1375700 1469800 3087100 810600 648040 2985200 2033300 790910 686100 715270 1009000 399740 18980 33555 35849 75296 19771 15806 72811 49592 19291 16734 17446 24610 1106600 1048000 1141300 1168400 906930 962610 790520 1048200 0 1007500 0 1058600 1 2 2 3 0 3 3 3 1 1 1 3 23 2015 97;98;3680;4582;5062;7223;9680;14518 True;True;False;False;True;False;True;True 97;98;3687;4592;5072;7233;9693;14539 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4759;5010;5075;5636;6709;7520;9644;10360;11682;14575 39160;39161;39162;39163;39164;39165;39166;39167;39168;39169;39170;41242;41243;41244;41245;41246;41706;41707;41708;41709;41710;41711;41712;41713;41714;41715;41716;41717;46658;46659;46660;46661;46662;46663;46664;46665;46666;46667;46668;56063;56064;56065;56066;56067;56068;56069;56070;56071;56072;56073;56074;62979;62980;62981;62982;62983;62984;62985;62986;62987;62988;62989;80373;80374;80375;80376;80377;80378;86399;86400;86401;86402;86403;86404;86405;86406;86407;86408;86409;86410;96929;96930;96931;96932;96933;96934;96935;96936;96937;96938;96939;96940;96941;96942;96943;96944;96945;96946;96947;96948;96949;96950;96951;96952;121294;121295;121296;121297;121298;121299;121300;121301;121302;121303;121304 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Syntaxin-52 1 2 2 2 1 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 11.2 11.2 11.2 26.108 233 233 0 48.666 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6 11.2 11.2 11.2 11.2 0 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 11.2 5131700 0 317870 302260 178020 198220 0 2166000 228730 0 654490 578150 507940 301860 0 18698 17780 10472 11660 0 127410 13455 0 38499 34009 29879 0 0 0 0 0 0 603760 0 0 651240 483720 520270 1 2 3 2 2 0 2 1 2 4 2 2 23 2091 9017;14773 True;True 9030;14794 75046;75047;75048;75049;75050;75051;75052;75053;75054;75055;123114;123115;123116;123117;123118;123119;123120;123121;123122;123123;123124 53169;53170;53171;53172;53173;53174;53175;53176;53177;87679;87680;87681;87682;87683;87684;87685;87686;87687;87688;87689;87690;87691;87692 53170;87683 2201 127 Q96242 Q96242 9 9 9 Allene oxide synthase, chloroplastic CYP74A Allene oxide synthase, chloroplastic 1 9 9 9 2 5 3 4 5 3 7 3 7 4 3 4 2 5 3 4 5 3 7 3 7 4 3 4 2 5 3 4 5 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chloroplastic APUM6 Isoform 2 of Pumilio homolog 6, chloroplastic; Isoform 4 of Pumilio homolog 6, chloroplastic; Pumilio homolog 6, chloroplastic; Isoform 3 of Pumilio homolog 6, chloroplastic 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 2 2 2 95.508 855 855;858;861;864 0.0031067 2.1023 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 15409000 926100 1583100 1518800 2266500 1076200 1072200 2258000 962340 1181900 1193800 1370300 0 366880 22050 37693 36163 53963 25623 25528 53761 22913 28140 28424 32626 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1133500 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 10 2137 1418 True 1423 11998;11999;12000;12001;12002;12003;12004;12005;12006;12007;12008 8738;8739;8740;8741;8742;8743;8744;8745;8746;8747 8739 Q9C5F6 Q9C5F6 9 9 9 At4g38550 Phospholipase like protein (PEARLI 4) family 1 9 9 9 6 8 7 7 8 6 4 6 6 5 3 3 6 8 7 7 8 6 4 6 6 5 3 3 6 8 7 7 8 6 4 6 6 5 3 3 13.6 13.6 13.6 69.681 612 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Q9C5X3 Q9C5X3 5 5 5 SNARE-interacting protein KEULE KEU SNARE-interacting protein KEULE 1 5 5 5 3 4 2 2 3 1 4 2 3 2 1 0 3 4 2 2 3 1 4 2 3 2 1 0 3 4 2 2 3 1 4 2 3 2 1 0 12 12 12 75.082 666 666 0 47.49 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.6 9.3 3.2 4.2 5.9 1.7 9.3 5.1 6.6 5 1.7 0 11862000 838590 1915300 466030 1179500 598180 155120 3433100 947200 1395300 672940 260910 0 312160 22068 50402 12264 31040 15742 4082 90345 24926 36718 17709 6866 0 752170 979680 0 969440 650030 0 738740 0 872880 808510 0 0 2 3 1 2 2 1 4 2 2 3 0 0 22 2153 467;3174;8044;12450;15484 True;True;True;True;True 468;3181;8055;12467;15505 3968;3969;3970;3971;3972;3973;3974;3975;3976;26087;67382;67383;67384;67385;67386;67387;103302;103303;103304;129092;129093;129094;129095;129096;129097;129098;129099 2988;2989;2990;18737;47471;47472;47473;47474;47475;47476;47477;47478;47479;73447;73448;73449;91906;91907;91908;91909;91910;91911;91912;91913 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dehydrogenase complex, chloroplastic EMB3003 At1g34430/F7P12_2 1 15 15 13 13 11 13 13 13 13 14 13 11 14 12 12 13 11 13 13 13 13 14 13 11 14 12 12 11 9 11 11 11 11 12 11 9 12 10 10 36.1 36.1 30.8 48.306 465 465 0 115.42 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 27.3 24.3 27.3 31.6 27.3 27.3 36.1 27.3 23.2 32.7 24.3 24.3 363760000 22820000 33202000 17814000 42068000 24227000 19040000 72281000 28168000 26993000 27586000 28054000 21509000 15816000 992190 1443600 774530 1829000 1053300 827810 3142700 1224700 1173600 1199400 1219800 935190 21080000 23301000 21006000 21418000 21975000 22247000 18418000 21699000 19101000 23491000 23357000 22469000 12 10 6 13 11 12 15 7 7 7 11 13 124 2192 1236;1237;1407;1408;1667;1668;2783;3212;4878;9342;9445;10377;13659;13906;14125 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1240;1241;1412;1413;1673;1674;2790;3219;4888;9355;9458;10390;13679;13926;14145 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UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(Pentapeptide)-pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 3 3 46.628 431 431 0.0028149 2.2329 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2206 7359 True 7370 61701 43529 43529 Q9C9U4;F4J7I7;Q9C9U4-2;Q9LV37;Q9LM33;Q9C5C0 Q9C9U4;F4J7I7;Q9C9U4-2;Q9LV37;Q9LM33 3;2;2;2;2;1 1;0;0;0;0;0 1;0;0;0;0;0 Mitogen-activated protein kinase 15;Mitogen-activated protein kinase 9;Mitogen-activated protein kinase 8 MPK15;MPK9;MPK8 Mitogen-activated protein kinase 15; Mitogen-activated protein kinase 9; Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase 15; Mitogen-activated protein kinase 9; Mitogen-activated protein kinase 8 6 3 1 1 2 3 2 2 2 3 2 3 2 3 3 3 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 5.6 2.3 2.3 65.25 576 576;422;431;510;589;615 0.0014399 2.3983 By matching By 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chloroplastic/mitochondrial GYRA Probable DNA gyrase subunit A, chloroplastic/mitochondrial 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1.5 1.5 1.5 104.54 950 950 0.00037313 2.6803 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 0 1.5 1.5 1.5 3173200 0 404250 264890 517800 240920 161630 831670 191290 0 172940 212610 175220 70516 0 8983.3 5886.5 11507 5353.8 3591.8 18482 4250.8 0 3843 4724.7 3893.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 189930 1 1 1 2 2 1 1 1 0 2 1 1 14 2224 9033 True 9046 75166;75167;75168;75169;75170;75171;75172;75173;75174;75175;75176 53279;53280;53281;53282;53283;53284;53285;53286;53287;53288;53289;53290;53291;53292 53283 Q9CAI1;Q9LQK0;Q9CAI1-2 Q9CAI1;Q9LQK0 9;6;4 9;6;4 9;6;4 Developmentally-regulated G-protein 2;Developmentally-regulated G-protein 1 DRG2;DRG1 Developmentally-regulated G-protein 2; Developmentally-regulated G-protein 1 3 9 9 9 4 4 4 2 4 3 9 9 9 4 3 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matching By MS/MS By MS/MS 3.1 0 0 3.1 3.1 3.1 0 3.1 0 3.1 3.1 3.1 4792300 314990 0 0 893450 447640 390120 0 432150 0 713860 913900 686140 217830 14318 0 0 40611 20347 17733 0 19643 0 32448 41541 31188 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 743710 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 3 + 2226 5943 True 5953 49373;49374;49375;49376;49377;49378;49379;49380 35151;35152;35153 35152 2351 292 Q9CAI5 Q9CAI5 9 8 6 F28P22.10 At1g72710 1 9 8 6 5 5 5 6 6 6 3 6 5 7 5 5 4 4 4 5 5 5 2 5 4 6 4 4 3 3 3 3 3 4 1 3 3 5 3 3 21.7 19.8 14.8 51.878 465 465 0 17.847 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.9 9.9 16.3 12.5 12.5 15.5 6.9 19.1 16.6 16.8 16.1 15.5 38104000 3059800 2310800 3118400 5000000 3294500 2465600 4825400 2999700 3697400 2908500 1959200 2464600 1270100 101990 77027 103950 166670 109820 82188 160850 99991 123250 96949 65306 82153 2566400 1992900 2300600 2354300 2610600 2409500 2503300 2307100 2862200 2430700 1916500 2652700 2 3 1 1 1 1 0 2 1 3 3 1 19 2227 2559;2560;4655;9505;10453;12895;13543;14457;15546 True;True;False;True;True;True;True;True;True 2566;2567;4665;9518;10466;12913;13562;14478;15567 21402;21403;21404;21405;21406;21407;21408;21409;38364;38365;38366;38367;38368;38369;38370;38371;38372;38373;38374;38375;79258;79259;79260;79261;79262;79263;79264;87265;87266;87267;87268;87269;87270;87271;87272;87273;107067;107068;107069;107070;107071;107072;107073;107074;107075;107076;107077;112541;112542;112543;112544;120443;120444;120445;120446;120447;120448;120449;120450;120451;120452;120453;120454;129546 15578;15579;15580;15581;15582;15583;15584;27452;27453;27454;27455;27456;27457;27458;27459;27460;27461;27462;56269;56270;61750;76146;76147;80158;80159;80160;85842;85843;85844;92186 15580;15583;27453;56270;61750;76146;80159;85844;92186 Q9CAJ0-2;Q9CAJ0;Q9LNP9 Q9CAJ0-2;Q9CAJ0;Q9LNP9 2;2;1 1;1;1 1;1;1 Protein phosphatase 2C 16;Protein phosphatase 2C 7 HAB1;HAB2 Isoform 2 of Protein phosphatase 2C 16; Protein phosphatase 2C 16; Protein phosphatase 2C 7 3 2 1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 4.2 2 2 43.866 406 406;511;511 1 -2 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 2.2 4.2 4.2 4.2 4.2 2 4.2 8132600 597400 767260 541230 657160 576790 0 1164300 327660 282640 728460 1328600 1161200 813260 59740 76726 54123 65716 57679 0 116430 32766 28264 72846 132860 116120 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1258600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 + 2228 13970;14217 False;True 13990;14237 116238;116239;116240;116241;116242;116243;116244;116245;116246;116247;116248;118382;118383;118384;118385;118386;118387;118388;118389;118390;118391;118392 82889;82890;82891;82892;82893;82894;82895;82896;82897;82898;82899;84425;84426 82890;84426 722 396 Q9CAJ7 Q9CAJ7 2 2 2 T12P18.15 PLAC8 family protein 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 4.7 4.7 4.7 25.667 232 232 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6.1 6.1 49.033 440 440 0 4.3486 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 4.1 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 131270 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 131270 0 4375.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4375.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 108590 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 3 2250 8919;11128 True;True 8930;11142 74234;74235;92629 52492;52493;65655 52493;65655 2359 173 Q9FF90 Q9FF90 3 1 1 60S ribosomal protein L13-3 RPL13D 60S ribosomal protein L13-3 1 3 1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13.1 5.3 5.3 23.485 206 206 0 4.9361 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 13.1 23580000 1384500 2689600 2159100 3362700 2420900 2315700 0 2139700 2143800 1494200 1949800 1520100 2358000 138450 268960 215910 336270 242090 231570 0 213970 214380 149420 194980 152010 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1647700 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 12 2251 4049;11389;13617 False;True;False 4057;11404;13636 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching 24.1 24.1 14.5 14.5 24.1 24.1 34.5 17.9 34.5 24.1 9.7 24.1 352170000 21570000 34769000 21126000 51792000 28247000 25475000 81412000 799010 37912000 23952000 267800 24852000 44022000 2696300 4346100 2640700 6474000 3530900 3184300 10177000 99876 4739100 2994000 33475 3106500 23724000 20559000 19716000 22127000 20625000 24733000 24291000 23985000 20020000 19909000 0 22336000 1 0 3 1 2 2 3 1 2 1 0 0 16 2252 1087;8239;13120;14408 True;True;True;True 1091;8250;13138;14428 9197;9198;68942;68943;68944;68945;68946;68947;68948;68949;68950;68951;109036;109037;109038;109039;109040;109041;109042;109043;109044;109045;109046;120053;120054;120055;120056;120057;120058;120059;120060;120061;120062 6717;6718;48557;77633;77634;77635;77636;77637;77638;77639;77640;77641;77642;77643;85546;85547 6717;48557;77642;85546 2360;2361 80;83 Q9FFC7 Q9FFC7 8 8 8 Probable alanine--tRNA ligase, chloroplastic EMB86 Probable alanine--tRNA ligase, chloroplastic 1 8 8 8 3 2 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True;True;True;True;True;True;True;True;True 3309;4690;6332;8520;9130;11102;13545;13587;13816 27147;27148;27149;27150;27151;27152;27153;38594;38595;38596;38597;38598;38599;38600;38601;38602;38603;38604;38605;52750;52751;52752;70919;70920;75964;75965;75966;75967;75968;75969;75970;92303;92304;92305;92306;92307;92308;92309;92310;92311;92312;112413;112414;112415;112416;112417;112418;112419;112420;112421;112761;112762;112763;112764;112765;112766;112767;112768;112769;112770;112771;112772;114817;114818;114819;114820;114821;114822;114823;114824;114825;114826;114827;114828 19497;19498;27638;37499;50010;50011;50012;50013;53888;53889;53890;53891;65409;65410;65411;65412;65413;65414;65415;65416;65417;65418;65419;80065;80066;80067;80068;80069;80070;80071;80072;80073;80074;80075;80076;80077;80078;80079;80080;80081;80329;80330;80331;80332;80333;80334;80335;80336;81755;81756;81757;81758;81759;81760;81761;81762;81763 19497;27638;37499;50012;53890;65415;80077;80335;81757 2362;2363;2364;2365 1;4;394;501 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protein D RBOHD Respiratory burst oxidase homolog protein D 2 10 10 10 7 8 7 8 7 5 5 6 7 5 6 4 7 8 7 8 7 5 5 6 7 5 6 4 7 8 7 8 7 5 5 6 7 5 6 4 10.1 10.1 10.1 103.91 921 921;905 0 24.291 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.4 8.7 6.5 7.6 6.6 5 5.1 6.1 7.4 5 5 4.5 88155000 6289600 12290000 8901900 12248000 4841100 4452800 15313000 4882200 8788100 3405100 3747200 2995400 1763100 125790 245810 178040 244970 96822 89057 306260 97644 175760 68101 74945 59908 5203800 6467100 7416600 5948700 4536000 5719600 4738200 4413300 5689300 3655400 3537600 3924700 4 6 4 5 7 5 4 5 5 5 1 1 52 2303 276;5411;5643;7260;9393;10449;10450;11082;11109;14388 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 277;5421;5653;7270;9406;10462;10463;11096;11123;14408 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 19.2 23.6 19.2 23.6 23.6 23.6 30.8 22.5 24.2 21.7 19.4 15.3 122090000 6808400 9979200 6114700 16193000 6518000 5355200 32779000 8483700 12685000 5275700 6772600 5127200 5813900 324210 475200 291180 771100 310380 255010 1560900 403990 604040 251220 322500 244150 7220000 7367900 5773600 8038700 6562800 6436000 6846300 7061300 6419500 6085600 5397600 6149900 4 4 3 5 6 5 8 6 7 6 4 2 60 2348 2147;2362;2363;2368;3025;4789;6580;6972;8314;8359 True;False;False;True;True;True;True;True;True;True 2154;2369;2370;2375;3032;4799;6590;6982;8325;8370 17978;17979;17980;17981;17982;17983;17984;17985;17986;17987;17988;17989;19716;19717;19718;19719;19720;19721;19722;19723;19724;19725;19726;19727;19728;19729;19730;19731;19732;19733;19769;24927;24928;24929;24930;24931;24932;24933;24934;24935;24936;39522;39523;39524;54982;54983;54984;54985;54986;54987;54988;54989;54990;54991;54992;58415;58416;58417;58418;58419;58420;58421;58422;58423;58424;58425;69513;69514;69515;69516;69517;69518;69519;69520;69521;69522;69523;69524;69898;69899;69900;69901;69902;69903;69904;69905;69906;69907 13181;13182;14385;14386;14387;14388;14389;14390;14391;14392;14393;14407;14408;17957;17958;17959;17960;17961;17962;17963;17964;17965;17966;17967;28309;28310;28311;38853;38854;38855;38856;38857;38858;38859;38860;38861;38862;38863;41195;41196;41197;41198;41199;48935;48936;48937;48938;48939;48940;48941;48942;48943;48944;48945;49200;49201;49202;49203;49204;49205;49206;49207;49208;49209;49210;49211;49212;49213;49214 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.2 21.8 16.8 21.7 20.6 19.1 19.8 17.6 17.4 20.7 20.7 18.9 145270000 6886700 17345000 9479800 21071000 7293200 7037900 27734000 8139900 9573200 9369000 12718000 8619500 2690100 127530 321210 175550 390210 135060 130330 513590 150740 177280 173500 235510 159620 7041700 10231000 7754900 10380000 7831000 7984800 10199000 7324700 6276100 7950000 9644800 8890300 6 8 5 8 7 8 5 3 4 8 9 7 78 2361 699;1563;1564;1824;2076;2118;2243;2674;3054;3853;4312;4513;7376;9932;10324;10545;12796;12865;13068;14616;15109;15216 False;True;True;True;False;False;True;True;True;True;False;False;True;True;True;False;True;True;True;False;False;False 702;1569;1570;1831;2083;2125;2250;2681;3061;3860;4322;4523;7387;9945;10337;10558;12814;12883;13086;14637;15130;15237 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.6 4.6 1.8 4.6 4.6 4.6 0 4.6 2.8 4.6 2.8 4.6 8218600 985230 1501500 0 1458100 272170 705530 0 868370 484990 626850 499900 815850 357330 42836 65285 0 63397 11833 30675 0 37755 21087 27254 21735 35472 995370 1003100 0 747080 0 840110 0 720400 0 0 0 887770 3 3 1 2 3 3 0 1 1 2 1 3 23 2386 11733;14225 True;True 11749;14245 97428;97429;97430;97431;97432;97433;97434;97435;97436;118450;118451;118452;118453;118454;118455;118456;118457;118458;118459 69022;69023;69024;69025;69026;69027;69028;69029;84474;84475;84476;84477;84478;84479;84480;84481;84482;84483;84484;84485;84486;84487;84488 69023;84484 Q9FMY1 Q9FMY1 1 1 1 Cytochrome P450 86B1 CYP86B1 Cytochrome P450 86B1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2.1 2.1 2.1 64.324 559 559 0.0070332 1.6124 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 2.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2387 410 True 411 3470 2670 2670 Q9FN03 Q9FN03 8 8 8 Ultraviolet-B receptor UVR8 UVR8 Ultraviolet-B receptor UVR8 1 8 8 8 3 4 4 5 4 4 4 4 5 4 5 4 3 4 4 5 4 4 4 4 5 4 5 4 3 4 4 5 4 4 4 4 5 4 5 4 27.5 27.5 27.5 47.118 440 440 0 42.469 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.3 13 13 13 13 9.3 17.3 8.9 19.1 9.3 13 13 27017000 1413800 2303000 2113100 2912600 2020400 1780500 4302800 2009100 2161800 1660400 2626500 1713000 1080700 56550 92120 84524 116500 80817 71218 172110 80364 86470 66417 105060 68521 1548200 1412400 1825000 1254800 1868300 1736800 1318000 1777100 1748400 1882700 1655600 1958100 2 1 4 2 2 1 2 2 4 2 4 2 28 2388 333;334;3417;4750;5436;7168;9389;9447 True;True;True;True;True;True;True;True 334;335;3424;4760;5446;7178;9402;9460 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15997;15998;15999;16000;16001;16002;16003;16004;21193;28597;28598;39185;39186;39187;39188;39189;39190;39191;39192;47531;47532;47533;47534;47535;50352;50353;50354;50355;50356;50357;50358;50359;50360;50361;50362;50363;50364;62881;62882;62883;62884;62885;62886;62887;62888;62889;62890;62891;62892;62893;62894;62895;62896;63259;63260;75662;75663 15998;21193;28598;39186;47531;50354;62891;62893;63259;63260;75662 2521;2522;2523;2524 456;762;886;891 Q9FN08 Q9FN08 9 9 9 Beta-galactosidase 10 BGAL10 Beta-galactosidase 10 1 9 9 9 4 6 6 4 8 5 6 7 5 5 7 4 4 6 6 4 8 5 6 7 5 5 7 4 4 6 6 4 8 5 6 7 5 5 7 4 16.5 16.5 16.5 83.101 741 741 0 21.41 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 7 10.5 10.5 6.6 13.6 8.5 10.5 13.4 8.6 8.5 12.1 6.1 58246000 2699700 4316100 4933500 6169700 4854200 2542700 13822000 4563300 5147400 2792600 4533600 1870400 1664200 77133 123320 140960 176280 138690 72648 394930 130380 147070 79790 129530 53440 2976300 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At1g32220, chloroplastic 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 4.7 4.7 4.7 31.978 296 296 0.0061211 1.6578 By MS/MS By matching By matching 0 0 0 0 0 0 4.7 4.7 4.7 0 0 0 2164500 0 0 0 0 0 0 1476600 289570 398290 0 0 0 166500 0 0 0 0 0 0 113580 22274 30638 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 251830 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2431 102 True 102 961;962;963 731 731 Q9FVT2 Q9FVT2 11 8 8 Probable elongation factor 1-gamma 2 Probable elongation factor 1-gamma 2 1 11 8 8 9 9 8 10 9 9 10 10 11 9 10 9 7 6 5 8 7 6 8 7 8 6 7 6 7 6 5 8 7 6 8 7 8 6 7 6 30.3 22.3 22.3 46.4 413 413 0 96.472 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 24 26.2 22.3 30.3 24 26.2 30.3 28.8 30.3 26.2 28.8 24.2 108170000 6341200 9207800 6095800 14293000 7583000 4993500 22196000 6789700 9173200 6268200 7988400 7240800 6009500 352290 511540 338660 794040 421280 277420 1233100 377210 509620 348230 443800 402260 6334700 6745600 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MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 5 5 2.2 2.2 5 34143000 1461200 2186500 2457200 3196300 1634500 1075000 4571400 3006900 4703100 2843700 3099600 3907200 1034600 44278 66257 74461 96858 49531 32576 138530 91119 142520 86172 93929 118400 0 0 0 0 0 0 0 2468300 2752200 0 0 4461500 1 2 0 1 1 1 1 0 0 1 1 2 11 2452 5778;11571 True;True 5788;11586 47894;47895;47896;47897;47898;47899;47900;47901;47902;47903;47904;47905;96234;96235;96236 34074;34075;34076;34077;34078;34079;34080;34081;34082;34083;34084;68132 34081;68132 Q9FYF7 Q9FYF7 5 5 5 REF/SRPP-like protein At1g67360 REF/SRPP-like protein At1g67360 1 5 5 5 0 0 0 0 0 0 5 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 4 4 0 0 0 23.3 23.3 23.3 26.425 240 240 0 33.386 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 0 23.3 21.2 17.9 0 0 0 21063000 0 0 0 0 0 0 14185000 2468800 4409300 0 0 0 1504500 0 0 0 0 0 0 1013200 176340 314950 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3145000 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MS/MS By MS/MS 4.8 4.8 6.8 5.2 6.8 6.8 7.9 6.8 6.8 6.8 6.8 5.2 63753000 3433300 5856900 5538400 7405300 4003700 2964700 11529000 3423900 6258000 4882500 4936200 3520700 1416700 76296 130150 123070 164560 88971 65882 256210 76087 139070 108500 109690 78239 2863700 3483400 3118200 2912500 2230300 2599100 1571800 1984500 2396000 2923400 2529900 2321200 4 5 7 4 3 5 10 4 3 5 5 6 61 2490 2449;6124;7196;8947;11845;12430 True;True;True;True;True;True 2456;6134;7206;8959;11862;12447 20451;20452;51024;51025;51026;51027;51028;51029;51030;51031;51032;51033;60305;60306;60307;60308;60309;60310;60311;60312;60313;60314;60315;60316;60317;60318;60319;60320;60321;60322;60323;60324;60325;60326;60327;60328;74459;74460;74461;74462;74463;74464;74465;74466;74467;74468;74469;74470;74471;74472;74473;74474;74475;74476;74477;74478;74479;74480;74481;74482;74483;74484;98404;98405;98406;98407;98408;98409;98410;98411;98412;98413;98414;98415;103156;103157;103158;103159;103160;103161;103162;103163;103164;103165 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Vesicle-associated membrane protein 713 1 4 4 4 3 3 1 3 1 2 4 2 4 2 2 1 3 3 1 3 1 2 4 2 4 2 2 1 3 3 1 3 1 2 4 2 4 2 2 1 32.6 32.6 32.6 25.32 221 221 0 103.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 23.5 23.5 7.2 23.5 7.2 16.3 32.6 16.3 32.6 16.3 16.3 7.2 21893000 919200 1707900 1116300 2566300 858340 1379000 6492000 1628800 2522000 691410 1415200 596230 1990200 83564 155260 101480 233300 78031 125370 590180 148080 229270 62856 128650 54203 1099500 1222100 0 1657500 0 1448300 1471100 1310900 1447400 687490 1233000 0 1 3 1 3 2 0 4 1 3 2 1 1 22 2506 701;4778;12609;14481 True;True;True;True 704;4788;12627;14502 5953;5954;5955;5956;5957;5958;5959;5960;5961;5962;5963;5964;39426;39427;39428;39429;39430;104589;104590;104591;104592;104593;120649;120650;120651;120652;120653;120654 4424;4425;4426;4427;4428;4429;4430;4431;4432;4433;4434;28225;28226;28227;28228;28229;74433;74434;74435;74436;74437;85972 4426;28226;74433;85972 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2, chloroplastic 1 26 26 7 11 12 11 15 12 12 23 19 23 10 11 10 11 12 11 15 12 12 23 19 23 10 11 10 1 2 2 4 1 2 6 4 6 1 1 1 45.6 45.6 10.7 63.341 596 596 0 234.95 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 20.8 22.8 21 26.2 21 22.8 39.4 34.9 41.4 19.3 19.1 20.3 1123600000 23495000 37715000 25866000 48633000 29120000 25981000 423580000 186340000 257190000 20172000 29310000 16211000 33048000 691040 1109300 760770 1430400 856470 764140 12458000 5480500 7564600 593300 862050 476790 28396000 28755000 23101000 28944000 27525000 33790000 124000000 132780000 146980000 20559000 25460000 23946000 8 8 9 12 6 9 28 23 23 8 5 4 143 2543 204;1036;1897;2970;2971;3163;3439;4926;5069;6120;6121;6394;6509;6786;7897;7967;8860;8993;8994;10621;13074;13890;14295;14944;15039;15308 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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11310;11311;11312;11313;11314;11315;11316;11317;11318;11319;11320;11321;11322;11323;11324;11325;11326;11327;11328;11329;11330;11331;11332;17046;17047;17048;17049;17050;17051;17052;17053;17054;17055;17056;17057;17454;17455;17456;17457;17458;27451;27452;27453;27454;27455;27456;27457;45154;45155;45156;45157;45158;45159;45160;45161;45162;45163;45164;45165;45166;45167;45168;45169;45170;45171;45172;45173;45174;45175;45176;45177;45178;45179;45180;45181;45182;45183;45184;45185;45186;45187;45188;45189;45190;45191;45192;45193;45194;45195;45196;45197;45198;45199;45200;45201;45202;45203;45204;45205;45206;45207;45208;45209;45210;45211;45212;45213;45214;45215;45216;45217;45218;45219;45220;45221;45222;45223;45224;45225;45653;45654;45655;45656;45657;45658;45659;45660;45661;45662;45663;45664;45665;45666;45667;50066;50067;50068;50069;50070;50071;50132;50133;50134;50135;50136;50137;50138;50139;50140;50141;50142;50143;54488;54489;54490;54491;54492;54493;54494;54495;54496;54497;54498;54499;61281;61282;61283;61284;67254;67255;67256;67257;67258;67259;72018;72019;72020;72021;72022;72023;72024;72025;72026;72027;72028;72029;72030;72031;72032;72033;72034;72035;72036;72037;72038;72039;72040;72041;72042;72043;72044;72045;72046;72047;72048;72049;72050;74951;74952;74953;74954;74955;74956;74957;74958;74959;74960;74961;74962;76013;76014;76015;76016;76017;76018;76019;76020;76021;76022;76023;76024;76025;78615;78616;78617;81529;81530;81531;81532;81533;81534;81535;81536;81537;81538;81539;81540;81541;81542;81543;90561;90562;90563;90564;91801;91802;98100;98101;98102;98103;98104;98105;98106;98107;98108;98109;98110;98111 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12497;12501;23031;24713;27784;33613;33714;35994;45395;85230;87854 2730 251 Q9LPG6;Q9LH76 Q9LPG6;Q9LH76 10;6 4;1 4;1 Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM2;UDP-glucose 4,6-dehydratase;UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose 4-keto-reductase;Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM3;UDP-glucose 4,6-dehydratase;UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose 4-keto-reductase RHM2;RHM3 Probable rhamnose biosynthetic enzyme 2; Probable rhamnose biosynthetic enzyme 3 2 10 4 4 9 8 6 8 5 6 6 6 5 8 10 6 3 2 1 3 1 1 2 2 2 2 4 2 3 2 1 3 1 1 2 2 2 2 4 2 15 6.6 6.6 75.225 667 667;664 0 4.5276 By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 13.5 12.3 8.5 12.3 7 8.5 10 10 8.1 12.3 15 11.1 11918000 685660 1131100 326370 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matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.8 2.3 2.5 2.8 5.1 5.1 2.8 5.1 4.8 5.1 5.1 5.1 6950400 141590 427200 234100 720840 627060 405500 1048300 663460 652130 634900 806330 589000 257420 5244.2 15822 8670.5 26698 23225 15018 38825 24573 24153 23515 29864 21815 0 0 0 0 577780 518940 0 563900 0 650670 610670 607690 1 1 0 0 1 1 0 1 2 2 2 1 12 2597 767;11905;12413 True;True;True 770;11922;12430 6478;6479;6480;98901;98902;98903;98904;98905;98906;98907;98908;98909;103015;103016;103017;103018;103019;103020;103021;103022 4819;70128;70129;70130;70131;70132;70133;70134;70135;70136;70137;73235 4819;70128;73235 Q9LPL5 Q9LPL5 5 5 5 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha 1, mitochondrial 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha 1, mitochondrial 1 5 5 5 4 3 4 4 5 4 4 4 3 5 5 4 4 3 4 4 5 4 4 4 3 5 5 4 4 3 4 4 5 4 4 4 3 5 5 4 15.9 15.9 15.9 53.488 472 472 0 7.316 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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By MS/MS 11.5 11.5 7.1 11.5 11.5 9.9 2.3 7.8 9.9 9.9 9.4 9.9 12489000 813820 1670900 0 1954900 1173900 838980 1064000 604240 862730 1334400 1441800 729700 543020 35384 72650 0 84998 51038 36477 46260 26271 37510 58018 62685 31726 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 790930 0 2 0 1 2 0 0 0 1 2 0 1 9 2604 3378;3773;4017;10138;11796 False;False;True;False;False 3385;3780;4025;10151;11813 27716;27717;27718;27719;27720;27721;27722;27723;27724;27725;27726;30813;30814;30815;30816;30817;30818;32767;32768;32769;32770;32771;32772;32773;32774;32775;32776;32777;84521;84522;84523;84524;84525;84526;84527;84528;84529;84530;84531;84532;84533;84534;84535;84536;84537;84538;84539;84540;98032;98033;98034;98035;98036;98037;98038;98039 19817;19818;19819;19820;19821;19822;19823;19824;19825;19826;21947;21948;21949;23309;23310;23311;23312;23313;23314;23315;23316;23317;23318;60113;60114;60115;60116;60117;60118;60119;60120;60121;60122;69506;69507;69508 19818;21947;23311;60114;69506 2747 411 Q9LPW0-2;Q9LPW0;F4HNZ6 Q9LPW0-2;Q9LPW0;F4HNZ6 16;16;12 3;3;0 3;3;0 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA2, chloroplastic GAPA2;GAPA-2 Isoform 2 of Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase GAPA2, chloroplastic; Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase GAPA2, chloroplastic; Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (Phosphorylating) 3 16 3 3 12 12 9 10 12 14 13 13 13 11 10 8 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 1 45.4 12 12 37.667 350 350;399;317 0 21.322 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 29.4 29.4 25.1 26.9 29.4 34.3 38.6 33.7 33.7 25.1 25.1 24.9 25292000 1217200 1608300 460760 2923600 1238200 1054800 9700100 2057300 2456800 1150600 1167900 256700 1331200 64066 84646 24251 153880 65167 55513 510530 108280 129300 60556 61471 13511 1238000 1130400 0 1479200 1111900 1236500 2322200 1817700 1630000 1175100 1019800 0 3 2 1 2 2 2 2 2 2 3 2 2 25 2605 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By matching By MS/MS By matching By MS/MS 17.4 17.4 17.4 5.8 17.4 11.6 5.8 0 5.8 11.6 0 11.6 7594400 861330 1416600 1075200 854730 918910 278390 1072600 0 620920 270640 0 225110 632860 71778 118050 89598 71227 76576 23199 89384 0 51743 22553 0 18760 0 0 0 0 838490 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 5 2609 1653;14874 True;True 1659;14895 13906;13907;13908;13909;13910;13911;13912;123949;123950;123951;123952;123953;123954;123955 10272;10273;10274;10275;10276;88313 10272;88313 Q9LQ98 Q9LQ98 3 3 3 Ninja-family protein AFP1 AFP1 Ninja-family protein AFP1 1 3 3 3 3 3 3 3 2 2 1 2 0 3 3 3 3 3 3 3 2 2 1 2 0 3 3 3 3 3 3 3 2 2 1 2 0 3 3 3 13.3 13.3 13.3 37.53 345 345 0 151.43 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 13.3 13.3 13.3 13.3 10.1 7.2 3.2 7.2 0 13.3 13.3 13.3 19435000 1224000 2607400 2895400 2281300 294740 846370 1020200 705160 0 2362500 2622800 2575400 925490 58288 124160 137880 108630 14035 40303 48581 33579 0 112500 124900 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phosphatase 2C 1 1 4 4 4 4 4 3 3 4 4 1 2 2 4 4 4 4 4 3 3 4 4 1 2 2 4 4 4 4 4 3 3 4 4 1 2 2 4 4 4 10.2 10.2 10.2 50.975 462 462 0 23.877 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 10.2 10.2 8.4 8.4 10.2 10.2 2.8 5.4 5.4 10.2 10.2 10.2 20379000 2108800 2500400 1772500 2428400 2172700 1420000 0 379580 361230 2116700 2963300 2155100 727810 75314 89299 63302 86730 77598 50714 0 13557 12901 75595 105830 76969 1754300 1393600 1925600 1712200 1994500 1781200 0 0 0 1956600 2272800 2237700 4 3 3 3 5 3 1 1 1 2 3 3 32 2621 8298;9875;11519;13942 True;True;True;True 8309;9888;11534;13962 69414;69415;69416;69417;69418;69419;69420;82386;82387;82388;82389;82390;82391;82392;82393;82394;95809;95810;95811;95812;95813;95814;95815;95816;95817;95818;95819;95820;116000;116001;116002;116003;116004;116005;116006;116007;116008;116009;116010 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At1g23950;UPF0725 protein At1g23970 At1g23970 Isoform 3 of UPF0725 protein At1g23950; Isoform 2 of UPF0725 protein At1g23950; UPF0725 protein At1g23950; Uncharacterized protein; Isoform 5 of UPF0725 protein At1g23950; Isoform 4 of UPF0725 protein At1g23950; Isoform 2 of UPF0725 protein At1g23970; UPF 8 2 2 2 0 1 1 0 1 1 1 0 1 2 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 1 2 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 1 2 0 0 9.3 9.3 9.3 38.64 343 343;368;373;373;252;272;373;378 0 7.465 By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS 0 4.7 4.7 0 4.7 4.7 4.7 0 4.7 9.3 0 0 4160000 0 593090 377460 0 460330 288360 1192000 0 597360 651410 0 0 277330 0 39539 25164 0 30688 19224 79467 0 39824 43427 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 641220 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 3 2623 13410;13732 True;True 13429;13752 111298;114219;114220;114221;114222;114223;114224;114225 79197;81263;81264 79197;81263 Q9LRA7 Q9LRA7 8 5 5 Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 9 TPS9 Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate 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hydrolase TTL Uric acid degradation bifunctional protein TTL 1 2 1 1 0 1 0 2 1 0 2 1 2 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 10.2 5.9 5.9 35.564 324 324 0.00036914 2.6064 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 0 5.9 0 10.2 5.9 0 10.2 5.9 10.2 5.9 5.9 4.3 1171200 0 0 0 0 216920 0 0 252040 0 236030 466240 0 83659 0 0 0 0 15494 0 0 18003 0 16859 33303 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 385690 0 0 1 0 1 0 0 1 2 1 1 1 0 8 2707 11888;14222 False;True 11905;14242 98764;98765;98766;98767;118434;118435;118436;118437;118438;118439;118440;118441 70059;84464;84465;84466;84467;84468;84469;84470;84471 70059;84470 Q9LVM5-2 Q9LVM5-2 2 2 1 Uric acid degradation bifunctional protein TTL;2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase;5-hydroxyisourate hydrolase TTL Isoform 2 of Uric acid degradation bifunctional protein TTL 1 2 2 1 1 1 0 2 0 0 2 1 2 1 1 2 1 1 0 2 0 0 2 1 2 1 1 2 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 11.3 11.3 6.8 34.148 311 311 0 6.8315 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Q9LVQ5 1 1 1 Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55840 Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55840 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0.8 0.8 0.8 122.5 1096 1096 0.0028419 2.2809 By MS/MS 0 0 0 0 0.8 0 0 0 0 0 0 0 4120200 0 0 0 0 4120200 0 0 0 0 0 0 0 69834 0 0 0 0 69834 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3759600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2710 257 True 258 2230 1754 1754 Q9LVQ7;Q9SCQ6;F4JYZ8;Q9FFH3;Q9ZWA6-2;Q9ZWA6 Q9LVQ7;Q9SCQ6 3;2;1;1;1;1 1;0;0;0;0;0 1;0;0;0;0;0 Protein indeterminate-domain 1;Protein indeterminate-domain 2 IDD1;IDD2 C2H2-like zinc finger protein; At3g50700 6 3 1 1 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 6.4 3 3 52.626 500 500;452;450;466;504;506 0 11.922 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.6 6.4 4.6 3 4.8 3 1.6 1.6 3 3 4.8 3 3617300 313610 813650 0 647600 343330 346650 0 0 0 393130 417070 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Q9LW57 3 3 3 Probable plastid-lipid-associated protein 6, chloroplastic PAP6 Probable plastid-lipid-associated protein 6, chloroplastic 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 12.3 12.3 12.3 30.454 284 284 0 6.5771 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7 7 7 7 7 7 8.8 7 3.5 7 7 7 23479000 1713900 2553900 1348300 2620200 1411800 551500 4344000 2843500 1036900 1778200 1956500 1320800 1677100 122420 182420 96305 187160 100840 39393 310290 203110 74063 127010 139750 94343 1604700 1729700 1103800 1305400 1330300 0 0 2392500 0 1746900 1643900 1457400 1 2 1 2 2 2 2 1 0 2 2 2 19 2717 7575;7601;13310 True;True;True 7586;7612;13329 63595;63596;63597;63598;63599;63600;63601;63602;63603;63604;63605;63606;63792;63793;63794;63795;63796;63797;63798;63799;63800;63801;110554 44766;44767;44768;44769;44770;44771;44772;44773;44897;44898;44899;44900;44901;44902;44903;44904;44905;44906;78629 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6 3 7 4 5 3 4 3 2 4 5 6 4 3 7 4 5 3 4 3 2 4 5 6 4 2 6 3 4 2 3 2 1 3 4 5 3 9.6 9.6 8.5 101.39 924 924 0 60.813 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.8 9.6 4.8 6.2 3.2 5 4 2.1 5 6.9 7.9 5 41058000 1016400 9385800 4371400 3744800 1641800 1760200 2478000 890700 2768900 3261600 6177700 3561100 760340 18821 173810 80951 69348 30404 32595 45889 16495 51275 60399 114400 65946 1541900 5603800 3264900 1762400 1442400 1693200 1197700 1390200 1861700 2635400 5031900 4376200 1 8 3 4 0 1 0 0 2 3 5 4 31 2790 2624;2950;7142;7838;10151;10641;12022 True;True;True;True;True;True;True 2631;2957;7152;7849;10164;10654;12039 21883;21884;21885;21886;21887;21888;21889;21890;21891;21892;21893;21894;24437;24438;24439;24440;24441;59874;59875;59876;59877;59878;59879;59880;65632;65633;84632;84633;84634;84635;84636;84637;88775;88776;88777;88778;88779;88780;99855;99856;99857;99858;99859;99860;99861;99862;99863;99864;99865;99866 15914;15915;15916;15917;15918;17626;17627;17628;17629;42300;42301;42302;46258;46259;60183;60184;60185;60186;60187;60188;60189;60190;62745;62746;62747;62748;62749;62750;70885;70886;70887;70888 15917;17629;42300;46258;60183;62745;70885 2898;2899;2900 228;232;233 Q9M0D1 Q9M0D1 5 1 0 Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 19 XTH19 Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 19 1 5 1 0 3 3 3 3 4 3 5 3 4 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20.6 2.9 0 31.562 277 277 1 -2 By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS 14.4 14.4 14.4 14.4 16.6 14.4 20.6 14.4 16.6 8.7 8.7 8.7 16800000 0 1230200 1146600 2979100 1911400 847930 3071400 904510 1080300 1031600 1773900 823040 988240 0 72363 67447 175240 112440 49878 180670 53206 63549 60679 104350 48414 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 892100 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 4 + 2791 1212;5447;8252;11986;11987 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching 14.2 19.9 19.9 19.9 26.6 19.9 24.8 19.9 22 11.3 5.7 5.7 40011000 2243800 4591200 3317800 5259300 4193200 3109100 12509000 1905600 2675700 205950 0 0 2857900 160270 327940 236990 375660 299510 222080 893500 136120 191120 14711 0 0 3020600 2523600 2160500 2131600 2803000 3261900 3805100 2781900 2418800 0 0 0 2 4 2 2 4 2 5 3 4 0 0 0 28 2792 1210;2394;5447;8252;9496;11986;11987 True;True;True;False;True;True;True 1214;2401;5457;8263;9509;12003;12004 10190;10191;10192;10193;10194;10195;10196;10197;10198;19991;19992;44971;69052;69053;69054;69055;69056;69057;69058;69059;69060;69061;69062;69063;79180;79181;79182;79183;79184;79185;79186;79187;99542;99543;99544;99545;99546;99547;99548;99549;99550;99551;99552;99553 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Uncharacterized protein At3g61260 1 2 2 2 0 1 1 1 2 1 0 0 1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 0 0 1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 0 0 1 1 2 1 13.7 13.7 13.7 23.144 212 212 0.0037112 1.969 By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 0 6.6 6.6 6.6 13.7 6.6 0 0 6.6 6.6 13.7 6.6 4987700 0 345350 478050 557300 538220 485500 0 0 1116200 276120 824140 366850 453430 0 31396 43459 50663 48929 44136 0 0 101470 25102 74922 33350 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 681750 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 1 4 2813 341;10317 True;True 342;10330 2883;2884;86079;86080;86081;86082;86083;86084;86085;86086;86087 2296;2297;61074;61075 2297;61075 Q9M2E0 Q9M2E0 3 3 1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 12 RH12 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 12 1 3 3 1 0 1 0 1 0 0 2 1 1 1 1 0 0 1 0 1 0 0 2 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 9.6 9.6 2.6 56.774 498 498 0 12.649 By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS 0 2 0 2 0 0 7 2 2.6 2 2 0 3349600 0 329090 0 351930 0 0 1893800 357660 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34;Pectinesterase inhibitor 34;Pectinesterase 34 PME34 Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 34 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 2.5 2.5 2.5 65.306 598 598 0.0037025 1.9557 By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS 2.5 2.5 2.5 0 0 0 0 0 0 2.5 2.5 0 1725400 384400 295750 375610 0 0 0 0 0 0 264580 405090 0 63905 14237 10954 13912 0 0 0 0 0 0 9799.2 15003 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 335100 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2841 6290 True 6300 52506;52507;52508;52509;52510 37318;37319 37318 Q9M439;Q2V4P2 Q9M439;Q2V4P2 10;9 10;9 10;9 Branched-chain-amino-acid aminotransferase 2, chloroplastic;Branched-chain-amino-acid aminotransferase BCAT2;BCAT-2 Branched-chain-amino-acid aminotransferase 2, chloroplastic; Branched-chain-amino-acid aminotransferase 2 10 10 10 8 7 8 6 10 5 5 8 5 8 10 8 8 7 8 6 10 5 5 8 5 8 10 8 8 7 8 6 10 5 5 8 5 8 10 8 29.1 29.1 29.1 42.59 388 388;318 0 159.46 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 24.7 22.4 25.5 18 29.1 18 17.5 25.8 18.8 21.1 29.1 25.3 201880000 12929000 12850000 6717700 17730000 20459000 3866600 11217000 10910000 11559000 29775000 34950000 28920000 11876000 760550 755850 395160 1042900 1203500 227450 659840 641790 679950 1751500 2055900 1701200 12990000 7849700 9924800 9581300 16403000 8487400 3567100 9439500 7593800 25671000 23936000 27391000 5 6 4 8 9 4 1 6 5 8 9 8 73 2842 4040;6637;8690;10553;11261;12338;12860;13938;15462;15512 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 4048;6647;8701;10566;11276;12355;12878;13958;15483;15533 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.6 13.4 8.8 14.2 8.8 13.4 19.3 17.4 14.4 7.6 7.6 7.6 112990000 6035500 10310000 5004200 10046000 6132800 6113300 31311000 14557000 11433000 3346900 4581900 4115000 5135700 274340 468630 227460 456620 278760 277880 1423200 661660 519680 152130 208270 187050 5712300 6892000 3234000 5529300 5123400 7113700 9821700 10841000 8857200 3602400 3970300 3630100 4 5 2 2 3 5 5 6 3 2 1 1 39 2843 67;2802;5295;7430;8813;8950;13081 True;True;True;True;True;True;True 67;2809;5305;7441;8824;8962;13099 627;628;629;630;631;632;633;634;635;23215;23216;23217;23218;23219;23220;23221;23222;23223;23224;23225;23226;43693;43694;62374;62375;62376;62377;62378;62379;62380;62381;62382;62383;62384;62385;73353;73354;73355;73356;74490;74491;74492;74493;74494;74495;74496;74497;108702;108703;108704;108705;108706 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By MS/MS By MS/MS 8.2 10 5.3 10 10 10 14.7 14.7 10 14.7 14.7 14.7 52404000 463400 3030500 1630100 5914500 1854100 1665300 18745000 3789800 4620000 4313700 3816200 2561300 3275300 28962 189410 101880 369660 115880 104080 1171600 236860 288750 269610 238510 160080 1524500 2167900 1699700 3303100 1823400 1218600 5660700 3410400 3015200 3480500 3002400 1522000 3 2 1 3 4 4 2 6 4 5 5 5 44 2846 9874;10647;10989;12807 True;True;True;True 9887;10660;11003;12825 82375;82376;82377;82378;82379;82380;82381;82382;82383;82384;82385;88815;88816;88817;88818;88819;88820;88821;88822;88823;88824;88825;88826;91434;91435;91436;91437;91438;91439;91440;91441;91442;91443;91444;91445;91446;91447;91448;91449;91450;106277;106278;106279;106280;106281 58548;58549;58550;58551;58552;62763;62764;62765;62766;62767;62768;62769;62770;62771;62772;62773;62774;62775;62776;62777;62778;62779;64692;64693;64694;64695;64696;64697;64698;64699;64700;64701;64702;64703;64704;64705;64706;64707;64708;75634;75635;75636;75637;75638;75639 58548;62776;64702;75638 2934;2935 337;357 Q9M7Z1 Q9M7Z1 3 3 3 Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial BCE2 Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial 1 3 3 3 2 2 1 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 3 2 2 2 2 2 2 2 2 8.7 8.7 8.7 52.706 483 483 0 5.5932 By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.8 5.2 3.3 8.7 5.2 5.2 5.2 5.2 6.8 5.2 5.2 5.2 9937000 336010 775330 134320 1752800 764270 318760 1837700 822750 725280 822370 952290 695090 397480 13440 31013 5372.9 70112 30571 12750 73508 32910 29011 32895 38092 27804 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21788;21789;21790;21791;21792;21793;21794;21795;21796 15842;15843;15844;15845;15846;15847;15848;15849;15850;15851 15848 2936 188 Q9M885 Q9M885 3 2 2 40S ribosomal protein S7-2 RPS7B 40S ribosomal protein S7-2 1 3 2 2 0 0 2 1 2 2 2 2 3 1 2 1 0 0 1 1 1 1 2 1 2 0 1 0 0 0 1 1 1 1 2 1 2 0 1 0 18.8 14.1 14.1 22.196 191 191 0 3.3979 By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By matching By matching 0 0 11 6.3 11 11 14.1 11 18.8 4.7 11 4.7 6167800 0 0 277160 286340 412390 336220 3206600 447320 939860 0 261880 0 770970 0 0 34645 35793 51548 42028 400830 55915 117480 0 32736 0 0 0 0 0 0 0 875110 0 586540 0 0 0 0 0 0 0 1 1 3 0 3 0 0 0 8 2849 1829;3688;8119 False;True;True 1836;3695;8130 15394;15395;15396;15397;15398;15399;15400;15401;30063;30064;30065;30066;30067;30068;30069;30070;67963;67964 11333;11334;11335;11336;11337;11338;11339;21399;21400;21401;21402;47858;47859;47860;47861 11338;21401;47858 Q9M892 Q9M892 2 2 2 F16B3.11 AT3g02480/F16B3_11 1 2 2 2 0 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aminotransferase, chloroplastic/mitochondrial 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4.4 4.4 4.4 48.826 457 457 0 7.092 By MS/MS 0 0 0 0 0 0 4.4 0 0 0 0 0 386670 0 0 0 0 0 0 386670 0 0 0 0 0 14321 0 0 0 0 0 0 14321 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 104600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2854 5073 True 5083 41773 29765 29765 Q9M8R7;Q9M8R7-2 Q9M8R7;Q9M8R7-2 4;4 4;4 4;4 Probable protein phosphatase 2C 33 PPC6-1 Probable protein phosphatase 2C 33; Isoform 2 of Probable protein phosphatase 2C 33 2 4 4 4 3 4 3 3 3 3 2 4 4 4 4 3 3 4 3 3 3 3 2 4 4 4 4 3 3 4 3 3 3 3 2 4 4 4 4 3 8.3 8.3 8.3 53.715 492 492;527 0 10.267 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.3 8.3 6.3 6.3 6.3 6.3 4.7 8.3 8.3 8.3 8.3 6.3 31638000 2157800 4251200 2844500 4498500 2562900 1663500 2038800 1700500 2132900 2461400 3279200 2047200 1216900 82994 163510 109410 173020 98575 63981 78415 65403 82035 94670 126120 78738 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3399;9739;9740;9741;9742;31596;31597;31598;31599;31600;33980;33981;33982;33983;33984;33985;33986;33987;33988;33989;33990;43134;43135;43136;43137;43138;43139;43140;43141;43142;43143;43144;43145;43146;43147;48830;48831;48832;48833;48834;48835;48836;48837;48838;48839;48840;48841;57060;57061;57062;57063;57064;57065;57066;57067;57068;57069;57070;57071;57072;70924;70925;70926;70927;70928;70929;70930;70931;70932;92185 3399;9741;31599;33988;43136;48838;57063;70926;92185 2941;2942 592;605 Q9M8Y0 Q9M8Y0 1 1 1 Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC SEC Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1.2 1.2 1.2 110.11 977 977 0.00038865 2.9759 By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 0 1.2 1.2 1.2 5659600 430250 398670 259080 578230 368260 152800 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Digalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic; Digalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic 2 3 3 3 0 0 0 0 0 0 3 3 3 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 3 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 3 0 1 1 5.3 5.3 5.3 72.726 639 639;808 0 4.0431 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching 0 0 0 0 0 0 5.3 5.3 5.3 0 1.6 1.6 8089800 0 0 0 0 0 0 3168100 1593900 2269000 0 688820 369900 245140 0 0 0 0 0 0 96002 48301 68759 0 20873 11209 0 0 0 0 0 0 851390 1316600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 0 0 0 6 2897 7900;11202;15165 True;True;True 7911;11216;15186 66135;66136;66137;66138;66139;93192;93193;93194;126438;126439;126440 46589;66055;66056;66057;66058;90168 46589;66056;90168 Q9S7D8;Q9LIK9;O23324 Q9S7D8;Q9LIK9;O23324 2;1;1 2;1;1 2;1;1 ATP sulfurylase 4, chloroplastic;ATP sulfurylase 1, chloroplastic;ATP-sulfurylase 3, chloroplastic APS4;APS1;APS3 ATP sulfurylase 4, chloroplastic; ATP sulfurylase 1, chloroplastic; ATP-sulfurylase 3, chloroplastic 3 2 2 2 1 1 0 2 1 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0 2 1 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0 2 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.1 10.2 14.5 16.9 12.8 12.8 11.6 11.1 10 12.8 11.1 12.8 124150000 8042800 10321000 9244500 17381000 8608600 6939900 25148000 8002200 7052800 7259500 8539200 7613100 2104300 136320 174930 156690 294600 145910 117620 426240 135630 119540 123040 144730 129040 7707300 7730000 7320300 8438900 7236700 8193600 5947500 6471800 4932800 6787000 7256800 7695400 11 9 12 12 9 11 6 9 5 8 9 11 112 2917 139;2825;4288;6468;8013;8017;8786;10040;11505;11664;11827;12467;12795;13144;14120 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 139;2832;4298;6478;8024;8028;8797;10053;11520;11680;11844;12485;12813;13162;14140 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS 19.9 22.4 19.9 26.3 22.4 25.1 42.3 33.8 36.3 26.3 28.7 22.4 116880000 7159600 10585000 6400100 11139000 5929800 5849400 22639000 13923000 12339000 5751700 6975100 8194000 5313000 325440 481150 290910 506320 269540 265880 1029000 632860 560880 261440 317050 372450 0 7539500 5343000 0 6001500 6858000 6980300 10464000 7962700 0 0 7873600 0 1 2 0 1 2 4 1 1 0 0 2 14 2921 3292;4170;4677;4730;6321;8179;8180;9009;9557;9956;10436;11328;14612 False;False;False;False;False;False;True;True;False;True;False;False;False 3299;4179;4687;4740;6331;8190;8191;9022;9570;9969;10449;11343;14633 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Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 2, chloroplastic; Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 2, chloroplastic 3 3 1 1 1 2 2 3 2 1 2 1 2 1 3 1 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 9.5 2.8 2.8 35.671 317 317;381;382 0.0052459 1.7865 By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By matching By matching 3.8 6.6 6.6 9.5 6.6 3.8 6.6 3.8 6.6 3.8 9.5 3.8 1288400 0 306330 0 479000 252050 0 0 0 0 0 251040 0 67812 0 16123 0 25210 13266 0 0 0 0 0 13213 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 207670 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 3 2925 4434;8542;9224 False;True;False 4444;8553;9237 36453;36454;36455;36456;36457;36458;36459;36460;36461;36462;36463;36464;71127;71128;71129;71130;76867;76868;76869;76870;76871 25995;50196;50197;50198;54597 25995;50196;54597 495;496;3011;3012 188;190;280;281 Q9S9Q9 Q9S9Q9 1 1 1 BTB/POZ domain-containing protein At1g30440 BTB/POZ domain-containing protein At1g30440 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 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receptor kinase-like 9 WAKL8;WAK2;WAK5;WAK1;WAK4;WAK3;WAKL11;WAKL9 Wall-associated receptor kinase-like 8; Wall-associated receptor kinase 2; Wall-associated receptor kinase 5; Wall-associated receptor kinase 1; Wall-associated receptor kinase 4; Wall-associated receptor kinase 3; Putative wall-associated receptor kinase 8 2 2 2 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 0 1 3.5 3.5 3.5 81.159 720 720;732;733;735;738;741;788;792 0 3.0803 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching 0 1.7 0 0 3.5 1.7 0 1.8 0 0 0 1.8 1705700 0 419010 0 0 696230 255900 0 276120 0 0 0 58437 51688 0 12697 0 0 21098 7754.6 0 8367.4 0 0 0 1770.8 0 0 0 0 635300 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 0 0 5 2930 5593;12071 True;True 5603;12088 46358;46359;46360;100198;100199;100200 33025;33026;33027;71158;71159 33027;71159 Q9SA52 Q9SA52 5 5 5 Chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa b, chloroplastic CSP41B Chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa b, chloroplastic 1 5 5 5 3 2 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Q9SAC6;Q9STV0 Q9SAC6 21;2 21;2 21;2 Alpha-glucan water dikinase 1, chloroplastic GWD1 Alpha-glucan water dikinase 1, chloroplastic 2 21 21 21 17 21 17 17 16 16 14 14 15 12 15 13 17 21 17 17 16 16 14 14 15 12 15 13 17 21 17 17 16 16 14 14 15 12 15 13 17.1 17.1 17.1 156.58 1399 1399;1278 0 109.26 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 13.8 17.1 13.7 14.7 13.4 12.4 11.2 11.9 12.8 9.7 12.7 10.6 276940000 17408000 43640000 33562000 40555000 21986000 14207000 39668000 13722000 18126000 6598400 17418000 10048000 4013600 252290 632460 486400 587760 318640 205900 574900 198870 262700 95629 252430 145630 18887000 26284000 26445000 18196000 19483000 15458000 10763000 11698000 12236000 10588000 14184000 12447000 12 20 15 16 13 9 8 8 10 4 8 6 129 2941 581;702;801;802;1171;1761;3589;3909;4362;4436;4913;5053;5849;8367;8619;8620;11530;11551;12940;13630;15262 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 12.4 14.9 14.1 18.3 13.4 16.6 12.2 9.1 16.6 18.1 16.8 13.2 246370000 14168000 30461000 22078000 46990000 26575000 21786000 13233000 5752400 12319000 19672000 24413000 8918200 5474800 314840 676900 490620 1044200 590550 484140 294060 127830 273760 437160 542510 198180 18158000 19512000 20603000 19508000 22035000 22224000 6071300 7530900 9390800 17150000 19557000 10506000 13 15 11 17 11 11 2 6 9 13 11 10 129 2964 3556;4309;4431;4624;7706;9057;11718;11719;11918;11972;13110;13232;13339;13442;13443;14735;15164 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3563;4319;4441;4634;7717;9070;11734;11735;11935;11989;13128;13250;13358;13461;13462;14756;15185 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By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS 1.5 3.2 0 3.2 3.2 1.5 3.2 4.1 3.2 4.1 3.2 5.8 680020 0 0 0 0 0 0 0 225040 0 454980 0 0 24286 0 0 0 0 0 0 0 8037.2 0 16249 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 447860 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 3 3017 1530;9504;15522 False;False;True 1536;9517;15543 12825;12826;12827;12828;12829;12830;12831;12832;12833;12834;12835;79251;79252;79253;79254;79255;79256;79257;129383;129384;129385 9377;56268;92092;92093;92094 9377;56268;92092 3124 517 Q9SI20 Q9SI20 2 2 1 Elongation factor 1-delta 2 Elongation factor 1-delta 2 1 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 2 1 0 1 1 2 1 2 1 2 1 2 2 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 11.3 11.3 5.6 25.266 231 231 0 4.9918 By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 11.3 5.6 11.3 5.6 11.3 5.6 11.3 11.3 5.6 0 5.6 5.6 11565000 446780 766250 1116300 1170800 1181400 327900 3147100 1576400 618840 0 777380 436160 1051400 40617 69659 101480 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4892;4893;9332;9333;9334;9335;9336;9337;9338;9339;9340;9341;9342;9343;19615;19616;30432;30433;30434;33647;33648;33649;33650;33651;33652;33653;33654;33655;33656;33657;33658;33659;33660;33661;33662;33663;33664;34703;34704;34705;34706;34707;34708;34709;34710;34711;34712;34713;34714;38654;38655;38656;38657;38658;38659;38660;38661;38662;38663;42024;42025;42026;42027;42028;42029;49556;49557;49558;49559;49560;49561;49562;49563;49564;49565;49566;59858;59859;59860;59861;59862;59863;59864;59865;61236;61237;61238;61239;61240;61241;76013;76014;76015;76016;76017;76018;76019;76020;76021 4893;9334;19616;30432;33664;34703;38659;42024;49566;59865;61241;76020 3125;3126;3127;3128;3129 223;404;488;510;758 Q9SIB5 Q9SIB5 1 1 1 At2g28600 DEAD/DEAH box helicase-like protein 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 2.6 2.6 2.6 55.454 502 502 0 3.5417 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 2.6 0 0 2.6 0 0 0 0 2.6 2.6 2.6 1165300 0 230530 0 0 146550 0 0 0 0 248120 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L14-2;60S ribosomal protein L14-1 RPL14B;RPL14A 60S ribosomal protein L14-2; 60S ribosomal protein L14-1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.5 7.5 7.5 15.505 134 134;134 0.00281 2.2206 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By matching 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 7.5 10951000 625280 874730 807980 1066400 838910 637760 2001800 971070 1087600 680420 788200 570430 1825100 104210 145790 134660 177730 139820 106290 333640 161840 181270 113400 131370 95072 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 618300 1 1 2 1 1 1 1 1 0 2 1 0 12 3026 1046 True 1050 8856;8857;8858;8859;8860;8861;8862;8863;8864;8865;8866;8867 6473;6474;6475;6476;6477;6478;6479;6480;6481;6482;6483;6484 6474 3137 43 Q9SIN1 Q9SIN1 4 2 2 Inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3 TTL3 Inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3 1 4 2 2 2 1 3 4 3 3 1 2 2 2 3 4 1 1 2 2 2 2 0 2 1 1 2 2 1 1 2 2 2 2 0 2 1 1 2 2 9.4 6.8 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subunit 2 homolog A 2 17 17 11 14 12 12 14 12 10 13 9 11 11 12 13 14 12 12 14 12 10 13 9 11 11 12 13 8 8 7 8 7 6 8 6 5 5 7 8 23.3 23.3 15.4 98.143 891 891;84 0 132.87 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.6 15.9 15 18 14.5 11.6 19 12.2 15.6 13.4 15.4 16.3 445670000 29703000 41521000 34547000 52020000 30499000 27773000 79688000 28640000 38171000 23092000 32004000 28008000 8253100 550050 768910 639770 963340 564800 514310 1475700 530370 706870 427630 592670 518660 27057000 30007000 26192000 25836000 24767000 28520000 20906000 29868000 24429000 22999000 25751000 26755000 9 8 12 10 10 8 10 5 11 7 11 7 108 3033 108;427;1260;2193;5315;7320;7947;8699;8724;9234;9806;10193;10194;12589;14092;14664;14934 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 108;428;1264;2200;5325;7330;7958;8710;8735;9247;9819;10206;10207;12607;14112;14685;14955 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS 4.3 4.3 4.3 4.3 7.4 7.4 2.1 4.3 4.3 4.3 7.4 5.3 14763000 1361200 1800400 1049200 2468200 1312400 1700800 0 850940 1127900 971870 2119900 0 546770 50413 66682 38859 91414 48609 62992 0 31516 41773 35995 78514 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1753600 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 8 3034 2296;8466;14053 False;True;True 2303;8477;14073 19260;19261;19262;19263;19264;19265;19266;19267;19268;19269;19270;19271;19272;19273;19274;19275;19276;19277;19278;19279;19280;19281;70597;70598;70599;70600;116975;116976;116977;116978;116979;116980;116981;116982;116983;116984 14049;14050;14051;14052;14053;14054;14055;14056;14057;14058;14059;14060;49791;49792;49793;49794;83455;83456;83457;83458 14051;49793;83455 3148;3149 1;353 Q9SJ13 Q9SJ13 1 1 1 At2g21860 At2g21860/F7D8.18 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 2.7 2.7 2.7 59.287 522 522 0 17.029 By MS/MS By matching By MS/MS 0 2.7 0 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homeodomain protein 1 BLH1 BEL1-like homeodomain protein 1 1 2 2 1 0 1 1 2 1 0 2 2 1 2 2 2 0 1 1 2 1 0 2 2 1 2 2 2 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 1.9 74.463 680 680 0 10.774 By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 1.6 1.6 3.5 1.6 0 3.5 3.5 1.9 3.5 3.5 3.5 4862400 0 329220 301700 446450 166270 0 984460 494780 0 588560 832270 718660 194490 0 13169 12068 17858 6650.7 0 39378 19791 0 23542 33291 28747 0 0 0 0 0 0 0 455260 0 604690 712190 681620 0 0 0 1 0 0 1 1 1 2 2 1 9 3039 11414;11859 True;True 11429;11876 95006;95007;95008;95009;95010;95011;95012;98545;98546;98547;98548;98549;98550;98551;98552;98553 67255;67256;67257;67258;67259;67260;67261;69935;69936;69937 67259;69936 Q9SJ60 Q9SJ60 2 2 2 At2g35900 Putative uncharacterized protein At2g35900 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 21.9 21.9 21.9 21.238 192 192 0 12.08 By matching By matching By matching By matching By matching By 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2942;2943;2944;2945;2946;2947;2948;2949;2950;2951;2952;2953;2954;2955;2956;14885;15099;15100;15101;15102;15103;15104;24777;24778;24779;24780;24781;24782;24783;24784;24785;26545;26546;27908;27909;28929;28930;28931;28932;28933;28934;28935;28936;28937;36072;36073;36074;36075;40450;40451;40452;40453;40454;40455;48535;48536;48537;48538;48539;48540;48541;48542;48543;54892;61882;61883;61884;63030;63031;63032;63033;63034;63931;63932;63933;63934;63935;63936;63937;63938;63939;63940;63941;63942;67470;67471;67472;67473;67474;67475;70807;70808;70809;70810;70811;70812;70813;70814;70815;70816;70817;70818;70819;70820;70821;70822;70823;71339;71340;76570;76571;76572;76573;76574;76575;76576;76577;76578;76579;76580;90805;90806;90807 2949;14885;15100;24778;26546;27908;28930;36072;40451;48539;54892;61883;63033;63937;67473;70820;71339;76579;90807 2139;3159;3160 179;909;935 Q9SJU4;F4IGL5;F4IGL7 Q9SJU4;F4IGL5 8;7;3 1;1;0 1;1;0 Probable fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic;Fructose-bisphosphate aldolase FBA1 Probable fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic; Fructose-bisphosphate aldolase 3 8 1 1 6 6 7 8 7 7 6 8 6 7 6 7 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 19.5 2.3 2.3 42.93 399 399;389;311 0.0036962 1.9453 By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS 16.8 13.3 19.5 19.5 15.3 15.3 16.8 19.5 15.5 17.5 13.3 15.3 19095000 809010 1277900 787850 1488100 1105400 896190 4530500 1830300 2644400 1170400 1277600 1277400 909290 38524 60850 37517 70861 52640 42676 215740 87157 125920 55733 60837 60830 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1384600 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 4 3057 144;790;1013;1178;2563;12484;13608;15616 True;False;False;False;False;False;False;False 144;793;1017;1182;2570;12502;13627;15637 1310;1311;1312;1313;1314;1315;1316;1317;1318;1319;1320;1321;6657;6658;6659;6660;6661;6662;6663;6664;6665;6666;8616;8617;8618;8619;8620;8621;8622;8623;8624;8625;9954;9955;9956;9957;9958;9959;9960;9961;9962;21415;21416;21417;21418;21419;21420;21421;21422;21423;103581;103582;103583;103584;103585;103586;103587;103588;103589;103590;103591;103592;113151;113152;113153;113154;113155;113156;113157;113158;113159;113160;113161;113162;130100;130101;130102;130103;130104;130105;130106 1001;1002;1003;1004;4923;4924;4925;4926;4927;4928;4929;6309;6310;6311;7296;7297;7298;15587;73688;73689;73690;73691;73692;73693;73694;73695;73696;73697;80577;80578;80579;80580;80581;80582;80583;80584;80585;80586;80587;92599 1004;4928;6309;7298;15587;73693;80583;92599 Q9SJY5;Q9SB52 Q9SJY5 4;1 4;1 4;1 Mitochondrial uncoupling protein 5 PUMP5 Mitochondrial uncoupling protein 5 2 4 4 4 3 4 4 3 3 4 3 4 4 4 3 3 3 4 4 3 3 4 3 4 4 4 3 3 3 4 4 3 3 4 3 4 4 4 3 3 12.5 12.5 12.5 33.357 313 313;313 0 16.294 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.6 12.5 12.5 9.6 9.6 12.5 9.6 12.5 12.5 12.5 9.6 9.6 99727000 6581100 9032200 6182600 12370000 6721300 5033500 21692000 6157600 7281100 7228800 5435200 6010800 5248800 346370 475380 325400 651060 353750 264920 1141700 324090 383220 380460 286060 316360 6339800 5587200 4537500 5084000 7235700 4310100 8042600 4379000 4354700 5395500 5393200 7277900 2 1 1 1 2 3 3 2 2 2 2 2 23 3058 350;931;3979;14118 True;True;True;True 351;935;3987;14138 2952;2953;2954;2955;2956;2957;2958;2959;2960;7942;7943;7944;7945;7946;7947;7948;7949;7950;7951;7952;7953;32464;32465;32466;32467;32468;32469;32470;32471;32472;32473;32474;32475;117535;117536;117537;117538;117539;117540;117541;117542;117543;117544;117545;117546 2339;2340;5848;23115;23116;23117;23118;23119;23120;23121;23122;23123;83875;83876;83877;83878;83879;83880;83881;83882;83883;83884;83885 2340;5848;23118;83879 3161 277 Q9SJZ7 Q9SJZ7 2 2 1 At2g22360 Molecular chaperone DnaJ 1 2 2 1 2 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2 2 1 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 1 6.6 6.6 3.4 47.761 442 442 0 48.437 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.6 3.2 3.2 3.2 3.2 6.6 6.6 3.2 6.6 6.6 6.6 6.6 38392000 1724300 2807900 2000600 3443300 1966600 1766000 8733400 2428800 5164000 2348400 3531200 2477200 1599700 71846 117000 83357 143470 81943 73582 363890 101200 215160 97850 147130 103220 0 0 0 0 0 0 2280400 0 3666700 0 2534000 2752500 3 2 1 1 1 2 2 1 2 2 3 3 23 3059 2010;5935 True;True 2017;5945 16757;16758;16759;16760;16761;16762;16763;49301;49302;49303;49304;49305;49306;49307;49308;49309;49310;49311;49312 12326;12327;12328;12329;12330;12331;12332;35086;35087;35088;35089;35090;35091;35092;35093;35094;35095;35096;35097;35098;35099;35100;35101 12330;35089 Q9SK50 Q9SK50 5 5 5 Protein TIC 55, chloroplastic TIC55 Protein TIC 55, chloroplastic 1 5 5 5 4 3 4 4 5 3 5 3 5 5 4 5 4 3 4 4 5 3 5 3 5 5 4 5 4 3 4 4 5 3 5 3 5 5 4 5 11.5 11.5 11.5 60.607 539 539 0 12.405 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 8.7 7.1 9.1 8.7 11.5 7.1 11.5 7.1 11.5 11.5 8.7 11.5 60673000 2379800 3262000 2980000 7658800 4051600 2442000 8985500 2424000 4540600 7170200 8250500 6527500 2166900 84993 116500 106430 273530 144700 87215 320910 86570 162160 256080 294660 233130 2243000 2861600 3107300 3973800 3374700 3544200 2471400 2687700 3022600 6026300 6877000 5584900 2 4 4 4 1 1 1 1 3 3 3 5 32 3060 727;5779;9654;9926;10286 True;True;True;True;True 730;5789;9667;9939;10299 6172;6173;6174;6175;6176;6177;6178;6179;6180;6181;6182;6183;47906;47907;47908;47909;47910;47911;47912;47913;47914;80609;80610;80611;80612;80613;80614;82805;82806;82807;82808;82809;82810;82811;82812;82813;82814;82815;85805;85806;85807;85808;85809;85810;85811;85812;85813;85814;85815;85816 4615;4616;4617;4618;4619;34085;57280;57281;57282;57283;58867;58868;58869;58870;58871;60892;60893;60894;60895;60896;60897;60898;60899;60900;60901;60902;60903;60904;60905;60906;60907;60908 4615;34085;57281;58867;60907 Q9SK66 Q9SK66 5 5 5 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial 1 5 5 5 2 2 1 3 3 2 5 4 4 3 3 2 2 2 1 3 3 2 5 4 4 3 3 2 2 2 1 3 3 2 5 4 4 3 3 2 12.7 12.7 12.7 43.935 402 402 0 13.277 By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.7 4.2 4.2 6.7 6.2 4.2 12.7 8.7 8.7 6.7 8.2 6.7 23979000 1069800 1488900 664140 2410800 1247100 1151400 7621400 1816600 2160000 1472200 1789800 1086600 959150 42793 59555 26566 96431 49883 46055 304860 72664 86401 58889 71593 43462 1320300 0 0 1165200 0 0 1517100 1430500 1317300 1636700 1431100 1511000 1 0 0 2 1 0 2 2 1 2 2 1 14 3061 1191;8589;8590;15421;15491 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Q9SK84 8 7 6 F12K8.24 Class-II DAHP synthetase family protein 1 8 7 6 8 8 7 8 6 7 7 6 6 7 8 7 7 7 7 7 6 6 6 5 6 6 7 6 6 6 6 6 5 5 5 4 5 5 6 5 19.9 18.2 15.9 58.326 527 527 0 85.712 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 19.9 19.9 18.2 19.9 15.9 17.6 17.6 15.9 15.9 17.6 19.9 17.6 247010000 14845000 25818000 17624000 33994000 13969000 12934000 53918000 11880000 18041000 13937000 17319000 12727000 9500300 570970 993010 677840 1307500 537250 497480 2073800 456940 693900 536050 666120 489500 13809000 16800000 13890000 17694000 13436000 15150000 15381000 11311000 11613000 12700000 13967000 14039000 6 6 6 7 5 6 5 5 7 7 7 6 73 3063 393;1848;4786;7287;8385;13121;13583;14740 True;True;True;True;False;True;True;True 394;1855;4796;7297;8396;13139;13602;14761 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2554;2555;2556;2557;2558;2559;2560;2561;2562;2563;2564;2565;11444;11445;11446;11447;11448;11449;11450;11451;11452;11453;11454;11455;11456;11457;11458;11459;11460;28294;28295;28296;28297;28298;28299;28300;28301;28302;28303;28304;43150;43151;43152;43153;43154;43155;43156;43157;43158;43159;49309;49310;49311;49312;49313;49314;49315;49316;49317;77644;77645;77646;77647;77648;77649;77650;77651;77652;77653;77654;77655;80428;80429;80430;80431;80432;80433;80434;80435;80436;80437;87532;87533 2557;11456;28300;43154;49311;77645;80437;87533 1154;1408;3164 179;249;365 Q9SKA3 Q9SKA3 7 7 7 F12K8.4 C2 calcium/lipid-binding plant phosphoribosyltransferase family protein 1 7 7 7 6 7 5 7 5 4 2 3 3 6 6 7 6 7 5 7 5 4 2 3 3 6 6 7 6 7 5 7 5 4 2 3 3 6 6 7 7.2 7.2 7.2 118.36 1029 1029 0 24.956 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.2 7.2 5 7.2 5.2 4.4 2.2 3 3.1 6.2 6.2 7.2 30851000 2434400 4080100 2708500 5075500 2551200 1764400 1581600 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MS/MS 27.6 27.6 27.6 27.6 27.6 27.6 27.6 27.6 27.6 14.9 27.6 14.9 106270000 3150700 5489200 3409000 3976600 3536900 2129700 44602000 16669000 18886000 1008000 2271300 1138200 9660600 286430 499020 309910 361510 321540 193610 4054800 1515300 1716900 91636 206480 103480 2392200 3419400 2398600 1884300 3502900 2191500 12822000 7794100 12123000 1821300 1780800 2198300 2 3 2 0 2 3 4 2 3 2 1 3 27 3070 5401;6116;13960 True;True;True 5411;6126;13980 44599;44600;44601;44602;44603;44604;44605;44606;44607;44608;50938;50939;50940;50941;50942;50943;50944;50945;50946;50947;50948;50949;50950;50951;50952;116148;116149;116150;116151;116152;116153;116154;116155;116156;116157;116158;116159;116160;116161;116162;116163;116164;116165;116166;116167;116168;116169;116170 31780;31781;31782;31783;36239;36240;36241;82798;82799;82800;82801;82802;82803;82804;82805;82806;82807;82808;82809;82810;82811;82812;82813;82814;82815;82816;82817;82818;82819 31782;36241;82813 3170;3171 11;23 Q9SKR5 Q9SKR5 7 7 7 pEARLI4 PEARLI 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MS/MS By MS/MS 6.5 8.9 6.8 5.2 7 5.2 5.2 5.2 8.9 3.3 7 5.2 53221000 2401600 5614900 3424400 6799000 3345200 2413900 13120000 3553000 5300100 1794600 3408300 2045500 1157000 52209 122060 74444 147800 72721 52477 285220 77238 115220 39013 74093 44468 2758500 3474900 2665100 3707900 3031300 3146000 3252600 3165800 3023000 2115200 2377400 2004400 2 5 5 2 5 3 4 3 5 2 5 3 44 3087 2440;5195;7147;11004;11103;11317;11549 True;True;True;True;True;True;True 2447;5205;7157;11018;11117;11332;11564 20364;20365;20366;20367;20368;20369;20370;20371;20372;20373;20374;20375;42856;42857;42858;42859;42860;42861;42862;42863;42864;42865;42866;42867;59916;59917;59918;59919;59920;59921;59922;59923;59924;59925;59926;91539;91540;92428;92429;92430;92431;92432;92433;94211;94212;94213;94214;94215;94216;94217;94218;94219;96058 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.7 4 4 4 3 4 6.9 4 6.9 4 4 4 8290100 1075800 514750 419680 658040 0 423040 1539400 921770 1011100 430500 630860 665170 394770 51228 24512 19985 31335 0 20145 73304 43894 48149 20500 30041 31675 1075800 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1 7 3090 477;6484;8408 True;False;True 478;6494;8419 4054;4055;4056;4057;4058;4059;4060;4061;4062;4063;4064;54221;54222;54223;54224;70191 3054;3055;3056;3057;3058;3059;3060;3061;38401;38402;49432 3057;38401;49432 3189;3190 1;309 Q9SN95;F4KHU8;Q9FIE8;Q9ZV36 Q9SN95;F4KHU8;Q9FIE8;Q9ZV36 4;3;3;3 3;2;2;2 3;2;2;2 UDP-glucuronic acid decarboxylase 5;UDP-glucuronic acid decarboxylase 3;UDP-glucuronic acid decarboxylase 6 UXS5;UXS3;UXS6 UDP-glucuronic acid decarboxylase 5; UDP-glucuronic acid decarboxylase 3; UDP-glucuronic acid decarboxylase 3; UDP-glucuronic acid decarboxylase 6 4 4 3 3 1 2 1 3 2 1 2 1 1 1 1 1 0 1 0 2 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0 1 1 0 0 0 0 13.2 10.9 10.9 38.389 341 341;357;342;343 0.0034258 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 7.4 5.1 9.1 5.1 6.9 5.1 9.1 5.1 2.6 9.1 9.1 9.1 44243000 3242500 5360500 4326100 5451700 3763400 2746300 8166900 1758400 1336700 2603800 3019600 2467600 1525600 111810 184840 149180 187990 129770 94700 281620 60633 46092 89787 104120 85089 3166700 4194300 3034400 3186500 3502300 3731800 1924800 1656700 0 2291400 2222000 2357900 3 2 3 2 3 2 4 2 1 3 3 5 33 3093 2070;6015;7860;13837 True;True;True;True 2077;6025;7871;13857 17284;17285;17286;17287;17288;17289;49998;49999;50000;50001;50002;50003;50004;50005;50006;50007;50008;50009;65783;65784;65785;65786;65787;65788;65789;65790;65791;65792;65793;115171;115172;115173;115174;115175;115176 12729;12730;12731;12732;12733;12734;12735;35586;35587;35588;35589;35590;35591;35592;35593;35594;35595;35596;35597;35598;46346;46347;46348;46349;46350;46351;46352;46353;46354;46355;46356;82023;82024 12732;35594;46347;82024 3191;3192 265;500 Q9SNC4 Q9SNC4 1 1 1 F12A12.60 ENTH/VHS family protein 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 12.3 14.7 12.3 14.7 14.7 16.4 12.8 12.3 10.3 18.9 18.9 14.7 129040000 7533500 11451000 11812000 16198000 8332700 6433100 12922000 4992800 4847600 12353000 18845000 13319000 4608500 269050 408960 421860 578480 297600 229750 461500 178320 173130 441180 673040 475670 8905600 8883600 9799700 8748900 7751300 7225100 4062900 4771500 3762700 11405000 13021000 12920000 6 5 6 7 10 5 3 5 1 12 13 12 85 3098 236;3897;3921;6344;6431;6432;12424;13257;13258;13342;15078;15582 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 237;3904;3929;6354;6441;6442;12441;13276;13277;13361;15099;15603 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dehydratase;Shikimate dehydrogenase EMB3004 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic 1 7 7 7 5 7 7 7 7 7 7 6 6 7 7 6 5 7 7 7 7 7 7 6 6 7 7 6 5 7 7 7 7 7 7 6 6 7 7 6 14.4 14.4 14.4 65.795 603 603 0 43.002 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.3 14.4 14.4 14.4 14.4 14.4 14.4 12.3 12.3 14.4 14.4 12.4 81119000 3417800 8431500 5227100 11952000 5979800 5485300 12118000 4234800 5286000 6499300 7518900 4968700 2385800 100520 247980 153740 351520 175880 161330 356410 124550 155470 191160 221140 146140 4253300 5123100 3670600 5407800 4801400 5837300 2852900 3672600 3769700 6021400 5769700 6269800 4 5 6 6 7 7 4 4 5 6 6 6 66 3103 911;1325;5160;5837;11205;11956;13611 True;True;True;True;True;True;True 915;1330;5170;5847;11219;11973;13630 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MS/MS By MS/MS 31.4 40.3 34.8 31.9 38.2 17.6 61.8 56.6 61.8 29.9 29.7 30.1 2619600000 15223000 29920000 13827000 22032000 17421000 5054300 1325400000 435820000 727890000 8393100 9058400 9574500 79382000 461310 906650 419010 667640 527910 153160 40163000 13207000 22057000 254340 274500 290140 18511000 22979000 14270000 13683000 16445000 9970900 353180000 355810000 444800000 11742000 9000500 12762000 5 11 3 9 7 2 41 39 41 2 1 5 166 3139 214;948;961;1037;1038;1078;1108;1481;1934;1935;1994;2013;2112;2879;3309;3396;3953;4355;5063;7097;7104;8085;8260;9414;9431;9432;10204;10702;10703;11660;11661;12831;13052;15151;15152 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 215;952;965;1041;1042;1082;1112;1486;1941;1942;2001;2020;2119;2886;3316;3403;3961;4365;5073;7107;7114;8096;8271;9427;9444;9445;10217;10715;10716;11676;11677;12849;13070;15172;15173 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3;1 3;1 Probable cysteine proteinase At4g11320 Probable cysteine proteinase At4g11320 2 3 3 3 3 3 2 3 1 1 2 1 3 2 2 1 3 3 2 3 1 1 2 1 3 2 2 1 3 3 2 3 1 1 2 1 3 2 2 1 9.4 9.4 9.4 40.71 371 371;364 0 3.1959 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching 9.4 9.4 6.5 9.4 4.3 2.2 6.5 2.2 9.4 7.3 7.3 4.3 20938000 2368400 3242600 2589100 2351800 986310 177740 2540200 217390 3080600 1168300 1397000 818820 1163200 131580 180140 143840 130650 54795 9874.7 141120 12077 171140 64903 77608 45490 2483400 1876000 2131000 1256000 0 0 0 0 1509900 1430700 1442900 0 2 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 5 3168 1673;8985;9501 True;True;True 1679;8998;9514 14069;14070;14071;14072;14073;14074;14075;14076;14077;14078;74740;74741;74742;74743;74744;74745;74746;74747;79233;79234;79235;79236;79237;79238 10396;10397;52937;56262;56263 10397;52937;56262 Q9SV09 Q9SV09 4 4 4 Zinc finger CCCH domain-containing protein 46 Zinc finger CCCH domain-containing protein 46 1 4 4 4 3 4 3 4 3 4 2 2 3 4 4 4 3 4 3 4 3 4 2 2 3 4 4 4 3 4 3 4 3 4 2 2 3 4 4 4 8.3 8.3 8.3 59.788 540 540 0 46.048 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.3 8.3 6.3 8.3 6.3 8.3 3.9 4.4 6.3 8.3 8.3 8.3 22999000 1623300 2527300 1243600 3115100 1733900 1659400 2384800 737900 1479700 2132800 2174700 2186500 766630 54111 84242 41454 103840 57798 55315 79493 24597 49322 71093 72489 72882 1831200 1599900 1155800 1520600 1618000 1735600 981050 896100 1046600 1920100 1584000 2065600 4 3 2 3 2 3 1 2 1 4 4 3 32 3169 7;4849;5839;7723 True;True;True;True 7;4859;5849;7734 59;60;61;62;63;64;65;66;67;68;69;40026;40027;40028;40029;40030;40031;40032;40033;40034;40035;40036;40037;48455;48456;48457;48458;48459;48460;64750;64751;64752;64753;64754;64755;64756;64757;64758;64759;64760 39;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49;28643;28644;28645;28646;28647;28648;28649;28650;28651;28652;28653;34500;34501;34502;34503;45606;45607;45608;45609;45610;45611 49;28647;34503;45606 3258;3259 231;527 Q9SV12;Q9SV12-2;O22230;Q9M1V5;Q96320;Q9FK72;Q9C635;Q9T0D3;O49403;Q9LUH8;Q8GYY1;Q94BZ5;Q9SCW5;O81821;P41151 Q9SV12 3;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 Heat stress transcription factor A-7a HSFA7A Heat stress transcription factor A-7a 15 3 1 1 1 1 1 1 0 1 3 2 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 11 4.8 4.8 31.776 272 272;190;244;282;284;345;348;377;401;406;412;466;468;481;495 1 -2 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By matching By matching By matching By matching 2.9 2.9 2.9 2.9 0 2.9 11 7.7 7.7 2.9 2.9 2.9 2886100 0 0 0 0 0 0 1677700 552500 655830 0 0 0 206150 0 0 0 0 0 0 119840 39464 46845 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 414670 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 + 3170 2839;5041;9988 True;False;False 2846;5051;10001 23492;23493;23494;41557;83269;83270;83271;83272;83273;83274;83275;83276;83277;83278;83279 17046;29629;59198;59199;59200;59201;59202;59203;59204;59205;59206;59207 17046;29629;59199 3260;3261 144;145 Q9SV15-2;Q9SV15 Q9SV15-2;Q9SV15 3;3 3;3 3;3 Probable WRKY transcription factor 11 WRKY11 Isoform 2 of Probable WRKY transcription factor 11; Probable WRKY transcription factor 11 2 3 3 3 3 1 3 3 3 3 3 3 2 2 2 3 3 1 3 3 3 3 3 3 2 2 2 3 3 1 3 3 3 3 3 3 2 2 2 3 8.3 8.3 8.3 35.717 324 324;325 0 3.941 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS 8.3 3.1 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 8.3 5.2 5.6 5.6 8.3 47516000 3750200 2748500 4265000 5494900 4164500 3642500 10771000 4146000 2417600 2043600 1563800 2508900 2500900 197380 144660 224480 289200 219180 191710 566890 218210 127240 107560 82306 132050 3285600 0 3203900 2529500 3343100 3852200 2737500 3177300 2759000 2637400 2043700 2424700 1 1 3 1 1 2 1 1 2 2 0 1 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 7 7 4.5 4 7 4.5 7.7 7 7 4 7 5.5 57412000 3428300 5050600 3765700 7217200 3150200 2343200 13067000 5751500 7592800 2082100 2791400 1172200 1979700 118220 174160 129850 248870 108630 80801 450580 198330 261820 71796 96257 40421 2449300 3247000 2913200 3998600 2258200 3004600 3975300 4280400 4303200 2114400 2180000 3233500 1 3 3 2 2 2 2 4 3 1 4 2 29 3238 1876;2107;13025;14578 False;True;True;True 1883;2114;13043;14599 15791;17592;17593;17594;17595;17596;17597;17598;17599;17600;17601;108260;108261;108262;108263;108264;108265;108266;108267;108268;108269;108270;121528;121529;121530;121531;121532;121533;121534;121535;121536 11639;12936;12937;12938;12939;12940;12941;12942;12943;12944;76973;76974;76975;76976;76977;76978;76979;76980;76981;76982;76983;76984;86580;86581;86582;86583;86584;86585;86586;86587 11639;12942;76982;86581 3330;3331 20;326 Q9XES1 Q9XES1 11 11 2 Calcium-transporting ATPase 4, endoplasmic reticulum-type ECA4 Calcium-transporting ATPase 4, endoplasmic 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By MS/MS By MS/MS 14.1 14.1 12.5 21.1 14.1 14.1 24.5 12.5 19.3 14.1 11.1 14.1 681570000 63408000 93991000 51513000 65291000 56604000 28964000 72244000 23263000 51297000 66627000 35979000 72390000 27263000 2536300 3759600 2060500 2611600 2264200 1158600 2889800 930530 2051900 2665100 1439200 2895600 40795000 52405000 45290000 39851000 35392000 21968000 36206000 26068000 32368000 40189000 56932000 51734000 6 4 4 5 7 4 8 3 6 6 4 6 63 3240 1747;1970;2296;9297;9715;10845;11078;12289;12872;14609 True;False;True;True;True;True;True;True;True;True 1753;1977;2303;9310;9728;10859;11092;12306;12890;14630 14746;14747;14748;14749;14750;14751;14752;16480;16481;16482;16483;16484;16485;16486;16487;16488;16489;16490;16491;19260;19261;19262;19263;19264;19265;19266;19267;19268;19269;19270;19271;19272;19273;19274;19275;19276;19277;19278;19279;19280;19281;77538;77539;77540;77541;77542;77543;77544;77545;77546;77547;77548;77549;77550;77551;77552;77553;77554;77555;77556;77557;77558;77559;77560;81107;81108;81109;81110;81111;81112;81113;81114;81115;81116;81117;81118;90312;90313;92224;92225;92226;101940;101941;101942;101943;101944;101945;101946;101947;101948;101949;101950;101951;101952;101953;101954;101955;101956;101957;101958;101959;106828;121748;121749;121750;121751;121752;121753;121754;121755;121756;121757;121758;121759;121760;121761;121762;121763;121764;121765;121766;121767 10882;10883;12126;12127;12128;12129;12130;12131;14049;14050;14051;14052;14053;14054;14055;14056;14057;14058;14059;14060;55064;55065;55066;55067;55068;55069;55070;55071;55072;55073;55074;55075;55076;55077;57631;57632;57633;57634;57635;57636;57637;57638;57639;57640;57641;57642;57643;63918;65356;65357;65358;65359;72475;72476;72477;72478;72479;76007;86725;86726;86727;86728;86729;86730;86731;86732;86733;86734;86735;86736;86737 10883;12131;14051;55066;57640;63918;65356;72475;76007;86729 3148;3332;3333;3334;3335;3336 6;111;156;165;171;334 Q9XF57 Q9XF57 2 2 2 Peroxisome biogenesis protein 7 PEX7 Peroxisome biogenesis protein 7 1 2 2 2 0 1 2 1 1 1 2 2 2 1 0 1 0 1 2 1 1 1 2 2 2 1 0 1 0 1 2 1 1 1 2 2 2 1 0 1 6.9 6.9 6.9 35.473 317 317 0.0033967 2.027 By matching By matching By matching By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By matching By matching 0 2.5 6.9 2.5 2.5 2.5 6.9 6.9 6.9 2.5 0 2.5 12341000 0 610510 864930 739460 659160 439470 4360900 1645000 2187400 430460 0 403450 949290 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7 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 5.8 5.8 5.8 48.265 429 429 0 6.3108 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By MS/MS 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 2.6 5.8 5.8 5.8 5.8 2.6 5.8 16200000 524750 1244800 1110700 1607400 675270 384460 4322600 1593200 2270500 638230 1216300 612000 736380 23852 56583 50487 73063 30694 17475 196480 72420 103200 29010 55288 27818 0 0 904790 725640 0 0 1217500 1179500 1524300 707600 0 0 1 1 1 2 1 0 1 1 2 0 0 1 11 3261 11195;11218 True;True 11209;11232 93138;93139;93140;93141;93142;93143;93144;93145;93146;93147;93148;93149;93335;93336;93337;93338;93339;93340;93341;93342;93343;93344 66018;66019;66138;66139;66140;66141;66142;66143;66144;66145;66146 66018;66141 3361 260 Q9XJ35 Q9XJ35 2 2 2 ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 1, chloroplastic CLPR1 ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 1, chloroplastic 1 2 2 2 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching 7 18.5 9.9 8 5.4 7.3 43.9 34.7 43 0 2.9 2.9 312370000 1071600 1703100 1329300 921380 960670 714850 171290000 56116000 77919000 0 187390 160230 20825000 71437 113540 88620 61425 64045 47656 11419000 3741100 5194600 0 12493 10682 509210 519880 487510 146100 233070 227460 43352000 49952000 51835000 0 0 0 1 1 1 0 1 1 13 10 14 0 0 0 42 3263 298;1811;3956;4060;5804;5814;5873;6424;6810;11716;14068;14438;14439 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 299;1818;3964;4068;5814;5824;5883;6434;6820;11732;14088;14459;14460 2549;2550;15245;15246;15247;15248;15249;15250;15251;15252;15253;15254;32308;33175;33176;33177;33178;33179;33180;48145;48146;48147;48243;48244;48245;48810;48811;48812;53768;53769;53770;53771;53772;53773;57168;57169;57170;57171;97297;97298;97299;97300;117085;117086;117087;117088;117089;117090;117091;120291;120292;120293;120294;120295;120296;120297;120298 1983;1984;1985;1986;11250;11251;11252;22979;23600;23601;23602;23603;23604;34221;34222;34361;34362;34363;34364;34725;38131;38132;38133;38134;38135;40305;40306;40307;68939;68940;83514;83515;83516;83517;83518;83519;85723;85724;85725;85726;85727;85728 1983;11250;22979;23604;34221;34364;34725;38133;40306;68940;83519;85725;85726 3363;3364;3365 6;99;198 Q9ZNT0 Q9ZNT0 2 2 2 Protein SUPPRESSOR OF K(+) TRANSPORT GROWTH DEFECT 1 SKD1 F10A12.27/F10A12.27 1 2 2 2 2 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 0 2 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 0 2 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 0 4.8 4.8 4.8 48.592 435 435 0.0031283 2.1445 By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.8 4.8 2.8 4.8 2.1 0 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 0 5649900 536730 677980 155060 1032700 204360 0 1362200 461440 674050 296440 248960 0 201780 19169 24214 5537.8 36881 7298.5 0 48648 16480 24073 10587 8891.4 0 0 0 0 527050 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 7 3264 440;6198 True;True 441;6208 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23.2 21.8 27 22.1 22.1 20.7 21 20.7 1470900000 80610000 147140000 104620000 159170000 89443000 94647000 269270000 111820000 117550000 76815000 123790000 95992000 17938000 983050 1794400 1275900 1941100 1090800 1154200 3283800 1363600 1433600 936770 1509700 1170600 79796000 88199000 84974000 80069000 78763000 100490000 79562000 91641000 79665000 71985000 100880000 99752000 24 24 23 29 27 24 35 22 24 22 30 24 308 3266 213;1064;1222;2065;2290;2842;2978;3104;3110;3193;3275;3299;3435;3915;4390;4420;4448;4614;4805;5122;5792;5912;5954;7310;7311;8186;9014;10812;11136;11428;11429;11677;12116;13130;13287;13372;13780;13781;13914;14487;14859;15212 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 214;1068;1226;2072;2297;2849;2985;3111;3117;3200;3282;3306;3442;3923;4400;4430;4458;4624;4815;5132;5802;5922;5964;7320;7321;8197;9027;10826;11150;11443;11444;11693;12133;13148;13306;13391;13800;13801;13934;14508;14880;15233 1888;1889;1890;1891;1892;9005;9006;9007;9008;9009;9010;9011;9012;10295;10296;10297;10298;10299;10300;10301;10302;10303;10304;10305;10306;10307;10308;10309;17257;17258;17259;17260;17261;17262;19193;19194;19195;19196;19197;19198;19199;19200;19201;19202;19203;19204;23511;23512;23513;24622;24623;24624;24625;24626;24627;24628;24629;24630;24631;24632;25527;25528;25529;25530;25531;25532;25533;25534;25535;25536;25537;25538;25539;25540;25541;25542;25543;25544;25570;25571;25572;25573;25574;25575;25576;25577;25578;25579;25580;25581;25582;25583;25584;25585;25586;25587;25588;25589;25590;25591;25592;26265;26266;26267;26268;26269;26270;26271;26272;26273;26274;26275;26276;26935;26936;26937;26938;26939;26940;26941;26942;26943;27133;27134;27135;27136;27137;27138;27139;27140;27141;27142;27143;27144;28135;31980;31981;31982;31983;31984;31985;31986;31987;36101;36102;36103;36104;36105;36106;36107;36108;36109;36110;36111;36112;36367;36368;36369;36370;36371;36372;36373;36374;36375;36376;36377;36378;36542;36543;36544;36545;36546;36547;36548;36549;36550;36551;36552;36553;38026;39640;39641;39642;39643;39644;39645;39646;39647;39648;39649;39650;39651;42207;42208;42209;42210;42211;42212;42213;42214;42215;42216;42217;42218;48031;48032;48033;48034;48035;48036;48037;48038;48039;48040;48041;48042;49104;49105;49106;49107;49108;49109;49110;49111;49112;49113;49114;49115;49461;49462;49463;49464;49465;49466;49467;49468;49469;49470;61296;61297;61298;61299;61300;61301;61302;61303;61304;68500;68501;68502;68503;68504;68505;68506;68507;68508;68509;68510;68511;75023;75024;75025;75026;75027;90055;90056;90057;90058;92683;92684;92685;92686;92687;92688;92689;92690;92691;92692;92693;92694;95121;95122;95123;95124;95125;95126;95127;95128;95129;95130;95131;95132;95133;95134;95135;95136;95137;95138;95139;95140;95141;95142;97025;97026;97027;97028;97029;97030;97031;97032;97033;97034;97035;100465;100466;100467;100468;100469;100470;100471;100472;100473;100474;100475;100476;109152;109153;110386;110995;110996;110997;110998;110999;111000;111001;111002;111003;111004;111005;111006;114690;114691;114692;114693;114694;114695;114696;114697;114698;114699;114700;114701;114702;114703;114704;114705;114706;115758;115759;115760;115761;115762;115763;115764;115765;115766;115767;115768;115769;120718;120719;120720;120721;120722;120723;120724;120725;120726;120727;120728;123820;123821;123822;123823;123824;123825;123826;123827;123828;123829;123830;123831;126835;126836;126837;126838;126839;126840;126841;126842;126843;126844;126845;126846 1507;1508;6575;6576;6577;6578;6579;6580;6581;6582;6583;6584;7520;7521;7522;7523;7524;7525;7526;7527;7528;7529;7530;7531;12714;12715;12716;12717;14004;14005;14006;14007;14008;14009;17055;17756;17757;17758;17759;17760;17761;17762;18354;18355;18356;18357;18358;18359;18360;18361;18362;18363;18364;18365;18366;18367;18368;18383;18384;18385;18386;18387;18388;18389;18390;18391;18392;18393;18394;18395;18396;18397;18398;18399;18400;18401;18402;18403;18856;18857;18858;18859;18860;18861;18862;18863;18864;18865;18866;19317;19318;19477;19478;19479;19480;19481;19482;19483;19484;19485;19486;19487;19488;19489;19490;19491;19492;19493;20126;20127;22740;22741;22742;25738;25739;25740;25741;25742;25743;25744;25745;25746;25747;25748;25749;25750;25751;25919;25920;25921;25922;25923;25924;25925;25926;25927;25928;25929;25930;26039;26040;26041;26042;26043;26044;27160;28404;28405;30059;30060;30061;30062;30063;34162;34163;34954;34955;34956;34957;34958;34959;34960;34961;34962;34963;34964;34965;34966;35217;35218;35219;35220;35221;35222;35223;35224;35225;43273;43274;43275;43276;43277;43278;43279;48268;48269;48270;48271;48272;48273;48274;48275;48276;48277;48278;48279;53146;63723;65682;65683;65684;65685;65686;65687;65688;65689;65690;65691;65692;65693;67359;67360;67361;67362;67363;67364;67365;67366;67367;67368;67369;67370;67371;68720;68721;68722;68723;68724;68725;68726;68727;68728;68729;68730;68731;71369;71370;71371;71372;71373;71374;71375;71376;71377;71378;71379;77705;77706;78523;78524;78980;78981;78982;78983;78984;78985;78986;81645;81646;81647;81648;81649;81650;81651;81652;81653;81654;81655;81656;81657;81658;81659;81660;81661;81662;82469;82470;82471;82472;82473;82474;82475;86016;86017;86018;86019;86020;86021;86022;88214;88215;88216;88217;88218;88219;88220;88221;88222;88223;88224;88225;90414;90415;90416;90417;90418;90419;90420;90421;90422;90423;90424;90425 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 11.2 11.2 11.2 9.1 11.2 11.2 7.8 7.8 7.8 11.2 11.2 9.9 46761000 3994900 7095200 5371700 6240500 4262500 3048800 3283500 1240500 2377100 3976100 3780700 2089800 1375300 117500 208680 157990 183540 125370 89669 96573 36486 69913 116940 111200 61463 3700100 4625000 4469400 3204700 3036200 3881900 1025600 1226800 1713300 4152800 3104400 2456000 7 4 3 3 1 3 1 1 1 5 4 4 37 3268 1449;7135;8265;9225;9696;10085;10086;11730 False;True;True;True;True;True;True;True 1454;7145;8276;9238;9709;10098;10099;11746 12219;12220;12221;12222;12223;12224;12225;12226;12227;12228;12229;12230;59787;59788;59789;59790;59791;59792;59793;59794;59795;59796;59797;59798;69178;69179;69180;69181;69182;69183;69184;69185;69186;69187;69188;69189;76872;76873;76874;76875;76876;76877;76878;76879;76880;76881;76882;76883;80939;80940;80941;80942;80943;80944;80945;80946;84063;84064;84065;84066;84067;84068;84069;84070;84071;84072;97420;97421;97422 8869;8870;8871;8872;8873;8874;8875;8876;8877;8878;8879;8880;42219;42220;42221;42222;42223;42224;42225;48703;48704;48705;48706;48707;48708;48709;48710;48711;48712;48713;48714;54598;54599;54600;54601;54602;54603;54604;57522;57523;57524;57525;57526;57527;57528;59762;59763;59764;59765;69016 8869;42224;48714;54602;57527;59762;59763;69016 1811 487 Q9ZPE7 Q9ZPE7 4 4 4 Protein EXORDIUM EXO Cell cycle-related protein 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 4 4 4 3 3 4 4 4 4 4 4 3 4 4 4 3 3 4 4 4 4 4 4 3 4 4 4 3 3 12.4 12.4 12.4 33.599 314 314 0 13.176 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 12.4 12.4 12.4 12.4 12.4 12.4 10.5 12.4 12.4 12.4 10.5 10.5 117630000 7336900 10388000 8787900 18398000 14950000 10755000 18290000 6408000 9939300 4203100 4402500 3769800 8402000 524070 741980 627710 1314200 1067900 768200 1306400 457720 709950 300220 314470 269270 5918500 6301400 7585100 9405900 13657000 12741000 6749000 5582600 6258100 3691700 3811400 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10335;10337;19392;55647;59170;61064;65342 3379;3380 85;117 Q9ZPI5 Q9ZPI5 12 12 12 Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP2;Enoyl-CoA hydratase/3-2-trans-enoyl-CoA isomerase/3-hydroxybutyryl-CoA epimerase;3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase MFP2 Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP2 1 12 12 12 8 10 10 9 9 9 10 10 9 9 11 10 8 10 10 9 9 9 10 10 9 9 11 10 8 10 10 9 9 9 10 10 9 9 11 10 13.8 13.8 13.8 78.839 725 725 0 71.768 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.7 13.8 12.7 11.6 10.6 12 13.8 13.8 12 12 13.8 12 250820000 10424000 20501000 16341000 25366000 11867000 11179000 49424000 19788000 22623000 18992000 24395000 19917000 6431200 267290 525660 418990 650410 304280 286640 1267300 507380 580070 486970 625520 510690 12408000 13882000 13050000 13185000 13042000 13774000 12464000 16363000 13961000 18039000 18626000 20299000 7 7 10 8 8 7 10 9 7 10 10 11 104 3271 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1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 39.888 363 363 0 4.8634 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 17426000 765880 1151300 818810 876880 493550 435460 5069300 2855100 2883100 772620 820330 484230 1340500 58914 88561 62985 67452 37965 33497 389940 219620 221780 59432 63103 37248 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 524860 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 9 3297 7424 True 7435 62312;62313;62314;62315;62316;62317;62318;62319;62320;62321;62322;62323 43872;43873;43874;43875;43876;43877;43878;43879;43880;43881;43882 43879 Q9ZU93 Q9ZU93 3 3 3 Plant UBX domain-containing protein 2 PUX2 CDC48-interacting UBX-domain protein 1 3 3 3 1 2 1 2 0 2 0 0 0 1 3 2 1 2 1 2 0 2 0 0 0 1 3 2 1 2 1 2 0 2 0 0 0 1 3 2 10.7 10.7 10.7 51.063 458 458 0 14.033 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.1 6.8 3.9 8.1 0 8.1 0 0 0 4.1 10.7 6.8 4904600 0 739370 542600 1246800 0 364000 0 0 0 535000 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12268;12269;12270;12271;12272;12273;12274;12275;12276;12277;12278;47075;47076;47077;47078;47079;47080;47081;47082;47083;47084;58883;58884;58885;58886;58887;58888;58889;58890;58891;58892;58893;58894;66304;66305;66306;66307;66308;66309;66310;66311;66312;66313;66314;66315;66316;66317;66318;66319;66320;66321;66322;66323;66324 8912;8913;8914;8915;8916;8917;8918;8919;8920;8921;8922;33519;33520;33521;33522;33523;33524;41609;41610;41611;41612;41613;41614;41615;41616;41617;41618;46673;46674;46675;46676;46677;46678;46679;46680;46681;46682;46683;46684;46685;46686 8919;33519;41609;46681 3401 323 Q9ZUF6 Q9ZUF6 9 9 9 At2g05920 Putative subtilisin serine protease 1 9 9 9 8 7 9 9 8 8 8 8 7 7 9 8 8 7 9 9 8 8 8 8 7 7 9 8 8 7 9 9 8 8 8 8 7 7 9 8 16.7 16.7 16.7 80.014 754 754 0 101.3 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.4 13.3 16.7 16.7 15.4 15.4 15 15.4 13.7 13.7 16.7 15 155590000 10840000 14836000 14104000 21833000 13269000 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6.6 6.6 46.101 424 424;413;424;425 0 5.0721 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 6.6 28706000 1562100 2682900 1640800 3661200 1490100 1217600 3939300 1503200 2488100 2839800 3327700 2353200 1304800 71005 121950 74582 166420 67732 55346 179060 68327 113090 129080 151260 106960 1548200 1872300 1562900 1835700 1538200 1279200 1259400 1434000 1669000 2466100 2532700 2371900 2 1 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 16 3310 8195;13826 True;True 8206;13846 68571;68572;68573;68574;68575;68576;68577;68578;68579;68580;68581;68582;115100;115101;115102;115103;115104;115105;115106;115107;115108;115109;115110;115111 48325;48326;81962;81963;81964;81965;81966;81967;81968;81969;81970;81971;81972;81973;81974;81975 48326;81975 Q9ZUY6;Q9SGE0 Q9ZUY6;Q9SGE0 6;5 6;5 6;5 UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1;UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2 AXS1;AXS2 UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1; UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2 2 6 6 6 5 3 5 5 4 2 6 6 6 4 6 4 5 3 5 5 4 2 6 6 6 4 6 4 5 3 5 5 4 2 6 6 6 4 6 4 21.1 21.1 21.1 43.637 389 389;389 0 20.834 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 16.7 10.8 16.7 16.7 13.1 7.2 21.1 21.1 21.1 13.9 21.1 14.7 51800000 2875800 2468900 2328100 5508900 1751100 497380 14688000 5771800 6532000 3248200 4646900 1482600 1918500 106510 91441 86224 204030 64857 18422 544010 213770 241930 120300 172110 54912 2754800 2292300 1965600 2620200 2476500 0 3674800 3748800 3687400 3130000 3106100 2895400 3 3 3 3 4 2 5 6 3 4 3 5 44 3311 8427;9942;10295;14281;14293;14769 True;True;True;True;True;True 8438;9955;10308;14301;14313;14790 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.1 0 3.1 7.3 4.2 3.1 3.1 3.1 0 7.3 7.3 7.3 11537000 568780 0 636850 2833300 579310 269460 2213200 814160 0 1419900 1729000 472660 1442100 71097 0 79607 354160 72414 33683 276650 101770 0 177480 216120 59083 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1430300 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 2 1 7 3312 10945;13987 True;True 10959;14007 91096;91097;91098;91099;91100;116414;116415;116416;116417;116418;116419;116420;116421;116422 64451;64452;64453;64454;64455;83022;83023 64454;83022 Q9ZV24 Q9ZV24 1 1 1 Outer envelope pore protein 16-1, chloroplastic OEP161 Outer envelope pore protein 16-1, chloroplastic 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 0 8.8 8.8 8.8 15.482 148 148 0.010044 1.5054 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching 0 0 0 8.8 8.8 8.8 8.8 8.8 0 0 8.8 0 2524600 0 0 0 647670 0 257940 900940 326200 0 0 391900 0 315580 0 0 0 80958 0 32243 112620 40775 0 0 48988 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 324190 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 4 3313 9720 True 9733 81152;81153;81154;81155;81156;81157 57666;57667;57668;57669 57669 Q9ZV25;F4IZX8;Q9SR24;Q9LZ86;O82302;Q8RWN7 Q9ZV25 8;2;2;2;2;1 8;2;2;2;2;1 5;0;0;0;0;0 Probable protein phosphatase 2C 23 PLL4 Probable protein phosphatase 2C 23 6 8 8 5 6 6 3 5 5 5 1 3 2 7 6 5 6 6 3 5 5 5 1 3 2 7 6 5 3 3 2 3 3 3 0 1 1 4 4 3 13 13 9.8 72.481 654 654;640;650;674;783;856 0 22 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.2 9.3 6.1 9.3 8.9 8.9 1.5 4.9 3.7 10.4 11.3 8.9 30239000 2271000 3080900 2462200 4226200 2551700 2055000 892290 1371200 1243800 3513000 3811300 2760400 1163000 87348 118500 94702 162550 98143 79037 34319 52737 47839 135120 146590 106170 2270400 1835100 2346400 2204300 2519600 2314800 0 0 0 3060400 2872600 3171000 3 3 2 1 2 1 0 0 0 6 3 5 26 3314 372;419;420;4568;5858;11630;11982;12789 True;True;True;True;True;True;True;True 373;420;421;4578;5868;11645;11999;12807 3113;3114;3115;3116;3117;3118;3119;3540;3541;3542;3543;3544;3545;3546;3547;3548;3549;3550;3551;3552;37601;37602;37603;37604;37605;37606;37607;37608;37609;37610;37611;48665;48666;48667;48668;48669;48670;48671;96688;96689;96690;96691;96692;96693;99510;99511;99512;99513;99514;99515;99516;99517;99518;99519;99520;106100 2441;2442;2443;2444;2445;2446;2734;2735;2736;2737;2738;26856;26857;26858;26859;34629;34630;34631;34632;34633;68462;68463;68464;68465;68466;70659;75497 2445;2734;2736;26858;34629;68466;70659;75497 Q9ZV48;Q9ZV48-2 Q9ZV48;Q9ZV48-2 10;10 10;10 7;7 Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 11 TPS11 Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 11; Isoform 2 of Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 11 2 10 10 7 6 6 6 7 8 6 7 6 5 8 10 8 6 6 6 7 8 6 7 6 5 8 10 8 3 4 5 5 5 3 5 4 4 5 7 5 12.6 12.6 10.4 98.274 862 862;891 0 12.196 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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matching By matching By MS/MS By matching By matching 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 4.9 1.9 1.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 3337 4655;8291 False;True 4665;8302 38364;38365;38366;38367;38368;38369;38370;38371;38372;38373;38374;38375;69374 27452;27453;27454;27455;27456;27457;27458;27459;27460;27461;27462;48857 27453;48857 Q9ZWJ9 Q9ZWJ9 1 1 1 Two-component response regulator ARR2 ARR2 Two-component response regulator ARR2 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1.4 1.4 1.4 72.577 664 664 0.0097392 1.5093 By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.4 1.4 1.4 0 1.4 0 0 0 0 1.4 1.4 1.4 1346400 122840 238840 203850 0 185280 0 0 0 0 202540 174200 218880 43433 3962.5 7704.4 6575.8 0 5976.7 0 0 0 0 6533.7 5619.5 7060.6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 237240 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 3 3338 11201 True 11215 93185;93186;93187;93188;93189;93190;93191 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