Sequence Modifications Mass Mass Fractional Part Protein Groups Proteins Unique (Groups) Unique (Proteins) Acetyl (Protein N-term) Oxidation (M) Slice Average Slice Std. Dev. Slice 1 Slice 2 Slice 3 Slice 4 Slice 5 Slice 6 Slice 7 Slice 8 Slice 9 Slice 10 Unique Slice Average Unique Slice Std. Dev. Unique Slice 1 Unique Slice 2 Unique Slice 3 Unique Slice 4 Unique Slice 5 Unique Slice 6 Unique Slice 7 Unique Slice 8 Unique Slice 9 Unique Slice 10 Experiment R1 Experiment R2 Experiment R3 Experiment V1 Experiment V2 Experiment V3 Unique Experiment R1 Unique Experiment R2 Unique Experiment R3 Unique Experiment V1 Unique Experiment V2 Unique Experiment V3 Retention time B mixture Calibrated Retention Time Charges PEP MS/MS Count MS/MS Scan Number Raw file Score Delta score Intensity Intensity R1 Intensity R2 Intensity R3 Intensity V1 Intensity V2 Intensity V3 Reverse Contaminant id Protein group IDs Peptide ID Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs AAAAAGLTVAEVTGSNTVSVAEDELMR Unmodified 2632.3014 0.30140992 542 Solyc02g086880.2.1 yes yes 0 0 4.45 2.15 2 2 2 3 1 1 4.45 2.15 2 2 2 3 1 1 1 2 4 4 1 2 4 4 81.724 NaN 80.68 3 2.4875E-21 3 6075 121115_10 220.86 190.44 48773000 0 553780 2103400 18074000 28042000 0 0 542 0 0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10 0;1;2 2 AAAAAGLTVAEVTGSNTVSVAEDELMR Oxidation (M) 2648.2963 0.29632454 542 Solyc02g086880.2.1 yes yes 0 1 8.14 1.46 1 2 1 1 2 8.14 1.46 1 2 1 1 2 3 4 3 4 79.399 NaN 77.049 3 1.1674E-16 2 5674 121112_10 196.1 178.04 4257300 0 1391900 2865400 0 0 0 1 542 0 11;12;13;14;15;16;17 3;4 3 284 AAAATQFGSGWAWLAYKPEDK Unmodified 2267.1011 0.10111761 1105 Solyc06g048410.2.1 yes yes 0 0 3.18 0.833 2 6 2 1 3.18 0.833 2 6 2 1 1 1 3 2 4 1 1 3 2 4 77.662 NaN 76.132 2,3 5.9629E-40 7 5821 121115_17 297.36 277.54 185510000 10002000 0 2586200 90304000 64639000 17978000 2 1105 1 18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28 5;6;7;8;9;10;11 10 AAAATQFGSGWAWLAYKPEDKK Unmodified 2395.1961 0.19608063 1105 Solyc06g048410.2.1 yes yes 0 0 2.86 0.833 5 7 1 1 2.86 0.833 5 7 1 1 1 1 3 3 6 1 1 3 3 6 74.856 NaN 73.268 3,4 2.7965E-11 4 5670 121115_17 198.85 166.15 106030000 2177400 0 1313200 53062000 38644000 10836000 3 1105 2 29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42 12;13;14;15 14 AAAEVIDTMALNLSK Oxidation (M) 1561.8022 0.8021584 316 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267;268;269;270;271;272;273;274;275;276;277;278;279;280;281;282 276 AAPVSLPEIPGSTVVPFTTMQVAVSK Oxidation (M) 2641.4037 0.40369014 962 Solyc05g009530.2.1 yes yes 0 1 3.5 0.5 1 1 3.5 0.5 1 1 2 2 77.881 NaN 77.399 3 0.00080159 1 5595 121112_4 96.016 85.178 4732900 0 4732900 0 0 0 0 77 962 72 557;558 283 283 495 AAPVSLPEIPGSTVVPFTTMQVAVSK Unmodified 2625.4088 0.40877552 962 Solyc05g009530.2.1 yes yes 0 0 4 0 1 4 0 1 1 1 82.433 NaN 82.218 3 0.0004461 1 5960 121112_18 100.76 70.92 10261000 0 0 0 0 10261000 0 78 962 72 559 284 284 AAQDALLVR Unmodified 955.54508 0.5450795 524 Solyc02g084440.2.1 yes yes 0 0 4.75 1.53 2 1 5 3 1 4.75 1.53 2 1 5 3 1 1 1 4 2 4 1 1 4 2 4 56.751 NaN 53.779 2 9.1259E-22 7 4680 121115_19 195.79 74.695 5517300 388600 88124 1536700 2247600 0 1256200 79 524 73 560;561;562;563;564;565;566;567;568;569;570;571 285;286;287;288;289;290;291 289 AAQDIASAELAPTHPIR Unmodified 1759.9217 0.92169668 889 Solyc04g074510.2.1 yes yes 0 0 6.73 2.96 1 4 1 2 3 6.73 2.96 1 4 1 2 3 2 1 3 2 3 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384;385;386;387;388;389;390;391;392;393 385 AATNNFDEALLLGVGGFGK Unmodified 1892.9632 0.96322715 1586 Solyc09g015830.1.1 yes yes 0 0 8.13 1.2 1 4 5 2 3 8.13 1.2 1 4 5 2 3 2 2 4 2 4 1 2 2 4 2 4 1 84.087 NaN 81.674 2 9.9717E-40 7 5918 121112_22 298.16 276.35 14014000 1593800 620730 2518300 5028600 3878400 374320 95 1586 88 760;761;762;763;764;765;766;767;768;769;770;771;772;773;774 394;395;396;397;398;399;400 397 AATPLDMGAGHVDPNR Unmodified 1620.7678 0.76783858 200 Solyc01g087850.2.1 yes yes 0 0 9 1.41 1 2 9 1.41 1 2 2 1 2 1 58.905 NaN 58.539 2,3 0.00067902 3 4889 121109_15 126.77 102.84 1162500 1162500 0 0 0 0 0 96 200 89 775;776;777 401;402;403 402 AATPLDMGAGHVDPNR Oxidation (M) 1636.7628 0.7627532 200 Solyc01g087850.2.1 yes yes 0 1 10 0 1 10 0 1 1 1 57.557 NaN 57.167 2 0.045337 1 4638 121109_15 72.898 34.522 50194 50194 0 0 0 0 0 97 200 89 778 404 404 103 AATSGQAFPQCVFDHWEMMSSDPLEAGSQAHQLVLDIR Unmodified 4228.9405 0.94048293 1453 Solyc08g062920.2.1;Solyc08g062910.2.1 yes no 0 0 4.67 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Unmodified 2516.3672 0.36724506 1820 Solyc11g011470.1.1 yes yes 0 0 5 0 2 5 0 2 1 1 1 1 91.741 NaN 91.022 3 2.7458E-05 1 6533 121112_19 124.69 109.29 20781000 0 0 0 8808100 11973000 0 1207 1820 1107 10620;10621 5569 5569 DALESTLAETEAR Unmodified 1404.6733 0.67325272 39 CON__Q92764 yes yes 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 62.75 NaN 62.492 2 5.3547E-21 1 4793 121112_15 256.52 224.37 392040 0 0 0 0 392040 0 + 1208 39 1108 10622 5570 5570 DALHHGGVEHR Unmodified 1226.5905 0.59046656 845 Solyc04g049070.2.1 yes yes 0 0 7.11 0.737 2 4 3 7.11 0.737 2 4 3 4 5 4 5 38.189 NaN 36.479 3,4 0.0083127 5 3748 121112_22 110.84 78.423 7462500 0 0 0 6449300 1013300 0 1209 845 1109 10623;10624;10625;10626;10627;10628;10629;10630;10631 5571;5572;5573;5574;5575 5575 DALLSLGYAVSPSILELLVSK Unmodified 2187.2402 0.24023686 1750 Solyc10g079890.1.1 yes yes 0 0 3.67 0.943 2 1 3.67 0.943 2 1 1 2 1 2 97.433 NaN 96.874 2 1.9916E-07 3 6740 121112_17 167.99 155.01 3837000 427400 0 0 0 3409600 0 1210 1750 1110 10632;10633;10634 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Unmodified 2286.1162 0.11617533 96 Solyc01g006540.2.1 yes yes 0 0 9 0.894 2 1 2 9 0.894 2 1 2 1 1 3 1 1 3 69.237 NaN 67.221 3 3.7794E-41 3 5359 121115_10 319.55 287.79 10523000 308300 126630 10088000 0 0 0 2058 96 1914 17682;17683;17684;17685;17686 9268;9269;9270 9270 ELIFPPELLLR Unmodified 1338.7911 0.79112343 1868 Solyc11g065920.1.1;Solyc11g065930.1.1 yes no 0 0 6.04 2.37 3 1 2 3 3 4 4 1 2 6.04 2.37 3 1 2 3 3 4 4 1 2 3 3 7 3 5 2 3 3 7 3 5 2 88.931 NaN 86.969 2 1.269E-19 17 5838 121115_06 241.4 206.64 21722000 2030900 294400 5107300 10201000 3163800 924810 2059 1868 1915 17687;17688;17689;17690;17691;17692;17693;17694;17695;17696;17697;17698;17699;17700;17701;17702;17703;17704;17705;17706;17707;17708;17709 9271;9272;9273;9274;9275;9276;9277;9278;9279;9280;9281;9282;9283;9284;9285;9286;9287 9282 ELIGPAMYFGLMGDGQPIGR Unmodified 2121.0387 0.038717052 784,711 Solyc04g005340.2.1;Solyc03g114860.2.1 no no 0 0 4.9 1.08 1 2 6 12 8 1 NaN NaN 4 2 7 5 7 5 87.31 NaN 85.097 2,3 6.3701E-40 14 6291 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Unmodified 1904.8761 0.8760684 923 Solyc04g081490.2.1 yes yes 0 0 5.67 2.21 1 2 3 1 1 1 5.67 2.21 1 2 3 1 1 1 1 2 4 2 1 2 4 2 76.133 NaN 74.563 2 1.573E-14 2 5660 121115_23 223.76 170.46 22357000 0 0 262830 7117500 14261000 714740 6821 923 6357 59685;59686;59687;59688;59689;59690;59691;59692;59693 31302;31303 31303 MASTFVGNSTSIQEMFRR 2 Oxidation (M) 2092.967 0.96700867 923 Solyc04g081490.2.1 yes yes 0 2 10 0 1 10 0 1 1 1 62.025 NaN 61.689 3 0.11254 1 4876 121112_10 64.675 37.467 1049600 0 1049600 0 0 0 0 6822 923 6358 59694 31304 31304 MATAMGMMR Acetyl (Protein N-term),Oxidation (M) 1056.4225 0.42246322 1156 Solyc06g068500.2.1 yes yes 1 1 3 0 2 3 0 2 2 2 53.336 NaN 53.069 2,3 0.025226 2 4120 121109_22 63.419 37.797 2728300 0 0 0 2728300 0 0 6823 1156 6359 59695;59696 31305;31306 31306 585;586;587 MATASSSLSLNHHR Acetyl (Protein N-term),Oxidation (M) 1568.7365 0.73653845 1263 Solyc07g007310.2.1 yes yes 1 1 10 0 1 10 0 1 1 1 73.037 NaN 72.401 2 0.038579 1 5454 121112_10 47.915 29.712 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59708;59709;59710;59711;59712;59713;59714;59715;59716;59717;59718;59719;59720 31314;31315;31316;31317;31318;31319;31320;31321;31322;31323;31324;31325 31325 MCQLLDDFTQVLVAAADNVGSNQLQSIRK Unmodified 3233.6173 0.61728152 1041 Solyc05g054580.2.1 yes yes 0 0 2.5 0.5 1 1 2.5 0.5 1 1 2 2 98.085 NaN 97.05 3 3.4705E-26 2 6476 121109_22 234.73 208.31 4505100 0 0 0 4505100 0 0 6828 1041 6363 59721;59722 31326;31327 31327 MDAPQYQEMSYVEHVK Acetyl (Protein N-term),2 Oxidation (M) 2027.8605 0.86047792 751 Solyc03g120420.2.1 yes yes 1 2 10 0 1 10 0 1 1 1 59.938 NaN 59.549 2 0.0043867 1 4789 121109_15 101.39 101.39 136850 136850 0 0 0 0 0 6829 751 6364 59723 31328 31328 407;408 MDAPQYQEMSYVEHVK Acetyl (Protein N-term),Oxidation (M) 2011.8656 0.86556329 751 Solyc03g120420.2.1 yes yes 1 1 10 0 2 10 0 2 1 1 1 1 65.671 NaN 64.301 2 1.2866E-06 1 4758 121109_29 164.53 148.8 893070 0 0 0 380950 512110 0 6830 751 6364 59724;59725 31329 31329 407;408 MDAPQYQEMSYVEHVK Acetyl (Protein N-term) 1995.8706 0.87064867 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381 MLQCIFLLSDSGEVMLEK Acetyl (Protein N-term),Oxidation (M) 2170.036 0.03599944 292 Solyc01g100820.2.1 yes yes 1 1 2.59 1.47 9 6 3 5 4 2.59 1.47 9 6 3 5 4 6 6 4 5 4 2 6 6 4 5 4 2 70.604 NaN 69.698 2,3 0.00045726 11 4913 121109_20 111.78 55.03 175220000 36059000 72842000 9838700 23550000 32245000 689430 7020 292 6508 61124;61125;61126;61127;61128;61129;61130;61131;61132;61133;61134;61135;61136;61137;61138;61139;61140;61141;61142;61143;61144;61145;61146;61147;61148;61149;61150 32003;32004;32005;32006;32007;32008;32009;32010;32011;32012;32013 32006 153 MLSDIENR Unmodified 976.46478 0.46478027 274 Solyc01g099190.2.1 yes yes 0 0 5.79 2.33 2 2 2 2 4 2 2 2 1 5.79 2.33 2 2 2 2 4 2 2 2 1 7 1 9 1 1 7 1 9 1 1 54.186 NaN 52.105 2 2.159E-08 18 4278 121115_08 225.4 116.29 64923000 2435000 84899 57225000 4967000 0 210500 7021 274 6509 61151;61152;61153;61154;61155;61156;61157;61158;61159;61160;61161;61162;61163;61164;61165;61166;61167;61168;61169 32014;32015;32016;32017;32018;32019;32020;32021;32022;32023;32024;32025;32026;32027;32028;32029;32030;32031 32029 MLSDIENR Oxidation (M) 992.45969 0.45969489 274 Solyc01g099190.2.1 yes yes 0 1 5.83 2.37 2 3 3 2 3 4 3 1 2 5.83 2.37 2 3 3 2 3 4 3 1 2 7 5 11 7 5 11 50.843 NaN 49.496 2 3.0409E-05 22 5157 121109_13 154.49 66.849 8667700 872950 344750 7450000 0 0 0 7022 274 6509 61170;61171;61172;61173;61174;61175;61176;61177;61178;61179;61180;61181;61182;61183;61184;61185;61186;61187;61188;61189;61190;61191;61192 32032;32033;32034;32035;32036;32037;32038;32039;32040;32041;32042;32043;32044;32045;32046;32047;32048;32049;32050;32051;32052;32053 32037 139 MLSFYAPGWCGEVR Unmodified 1671.7538 0.75376842 1849 Solyc11g040110.1.1 yes yes 0 0 2 0 4 2 0 4 1 1 1 1 1 1 1 1 75.224 NaN 74.258 2 0.00068047 1 5411 121109_21 124.51 104.39 9826200 456640 0 2246200 3852600 3270700 0 7023 1849 6510 61193;61194;61195;61196 32054 32054 MLSGDTAVIAETGDSWFNCQK Unmodified 2329.0355 0.035482168 1733 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45273;45274;45275;45276;45277;45278;45279;45280;45281;45282;45283;45284;45285;45286;45287;45288;45289;45290;45291;45292;45293;45294;45295;45296;45297;45298;45299;45300;45301;45302;45303;45304;45305;45306;45307 45295 VALVAGYGDVGKGCAAAMK Oxidation (M) 1852.9175 0.91753928 1665,1666 Solyc09g092390.2.1;Solyc09g092380.2.1 no no 0 1 10 0 1 NaN NaN 1 56.731 NaN 56.394 3 0.027984 1 4605 121112_10 94.532 68.801 1107100 0 1107100 0 0 0 0 9881 1666;1665 9138 86376 45308 45308 889 VALVVVTGDR Unmodified 1027.6026 0.60259438 494 Solyc02g080540.1.1 yes yes 0 0 4 0.866 1 3 7 5 4 0.866 1 3 7 5 2 2 3 3 3 3 2 2 3 3 3 3 59.517 NaN 58.248 2 4.7192E-06 8 4919 121115_05 180.36 119.45 16619000 377200 259750 2451000 7451100 5304000 775890 9882 494 9139 86377;86378;86379;86380;86381;86382;86383;86384;86385;86386;86387;86388;86389;86390;86391;86392 45309;45310;45311;45312;45313;45314;45315;45316 45315 VALVYGQMNEPPGAR Oxidation (M) 1616.7981 0.79807608 103 Solyc01g007320.2.1;Solyc00g042140.1.1 yes no 0 1 9 0 1 9 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