Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Number of proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Peptides gel1 Peptides gel3 Peptides gel4 Razor + unique peptides gel1 Razor + unique peptides gel3 Razor + unique peptides gel4 Unique peptides gel1 Unique peptides gel3 Unique peptides gel4 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Q-value Score Identification type gel1 Identification type gel3 Identification type gel4 Ratio H/L Ratio H/L normalized Ratio H/L variability [%] Ratio H/L count Ratio H/L iso-count Ratio H/L type Ratio H/L gel1 Ratio H/L gel3 Ratio H/L gel4 Ratio H/L normalized gel1 Ratio H/L normalized gel3 Ratio H/L normalized gel4 Ratio H/L variability [%] gel1 Ratio H/L variability [%] gel3 Ratio H/L variability [%] gel4 Ratio H/L count gel1 Ratio H/L count gel3 Ratio H/L count gel4 Ratio H/L iso-count gel1 Ratio H/L iso-count gel3 Ratio H/L iso-count gel4 Ratio H/L type gel1 Ratio H/L type gel3 Ratio H/L type gel4 Sequence coverage gel1 [%] Sequence coverage gel3 [%] Sequence coverage gel4 [%] Intensity Intensity L Intensity H Intensity gel1 Intensity L gel1 Intensity H gel1 Intensity gel3 Intensity L gel3 Intensity H gel3 Intensity gel4 Intensity L gel4 Intensity H gel4 Only identified by site Reverse Potential contaminant id Peptide IDs Peptide is razor Mod. peptide IDs Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs Oxidation (M) site positions A0A1B0GUS4;P68036 A0A1B0GUS4;P68036 2;2 2;2 2;2 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 UBE2L3 sp|A0A1B0GUS4|UB2L5_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2L5 PE=2 SV=1;sp|P68036|UB2L3_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2L3 PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 20.1 20.1 20.1 17.875 154 154;154 0 5.5742 By MS/MS By MS/MS 0.080134 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2172;2173;2174;10576;10577;29460;34861;38440;53221;53222;53223 2848;2849;13707;13708;13709;37751;44485;49034;68123;68124;68125;68126;68127 2849;13707;37751;44485;49034;68125 A0MZ66 A0MZ66 4 4 4 Shootin-1 KIAA1598 sp|A0MZ66|SHOT1_HUMAN Shootin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SHTN1 PE=1 SV=4 1 4 4 4 3 3 2 3 3 2 3 3 2 8.7 8.7 8.7 71.639 631 631 0 5.9164 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91158 1.0983 1.6944 7 3 Leave out requantified 0.74904 0.91166 NaN 0.80637 1.1584 NaN 22.072 9.2302 NaN 4 2 1 3 0 0 Median Median Median 7.4 5.4 4.1 123640000 72170000 51465000 65318000 37115000 28204000 45451000 26854000 18596000 12866000 8200900 4665100 2 1334;5636;8248;14450 True;True;True;True 1355;5694;8326;14603 4556;4557;4558;18901;28008;48648;48649;48650;48651 6024;24427;35897;62167;62168;62169;62170;62171 6024;24427;35897;62168 A1X283;Q5TCZ1 A1X283 14;1 14;1 14;1 SH3 and PX domain-containing protein 2B SH3PXD2B sp|A1X283|SPD2B_HUMAN SH3 and PX domain-containing protein 2B OS=Homo sapiens OX=9606 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19826;19827;19828;22719;22720;25635;25636;25637;25638;26035;30598;30599;30600;30601;30602;30603;39102;39103;46542;53444;53445;54958;54959;54960;55378;55379;55380;55381;55382;57709;58624;58625;58626;58627;58628;58629;58955;58956;61589;61590 19826;22719;25636;26035;30599;39102;46542;53445;54960;55379;57709;58624;58956;61589 A3KN83 A3KN83 1 1 1 Protein strawberry notch homolog 1 SBNO1 sp|A3KN83|SBNO1_HUMAN Protein strawberry notch homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SBNO1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1.1 1.1 1.1 154.31 1393 1393 0 4.6194 By MS/MS By MS/MS 0.63407 0.78806 43.505 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 0 Median Median Median 0 1.1 1.1 18822000 10507000 8315200 0 0 0 6104200 3051100 3053100 12718000 7455500 5262100 4 12473 True 12607 42027;42028 53523;53524;53525 53523 A5YKK6 A5YKK6 6 6 6 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CNOT1 sp|A5YKK6|CNOT1_HUMAN CCR4-NOT transcription complex subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNOT1 PE=1 SV=2 1 6 6 6 3 4 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proteins 1A/1B light chain 3 beta 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP1LC3B2 PE=2 SV=1 2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 11.2 11.2 11.2 14.688 125 125;125 0 3.5139 By MS/MS By MS/MS 0.70485 0.83686 1.1508 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 0 Median Median Median 11.2 0 11.2 48269000 32905000 15364000 26555000 16872000 9683400 0 0 0 21714000 16034000 5680400 6 4809 True 4864 16202;16203 20890;20891;20892 20892 A6NDU8 A6NDU8 1 1 1 UPF0600 protein C5orf51 C5orf51 sp|A6NDU8|CE051_HUMAN UPF0600 protein C5orf51 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C5orf51 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.8 4.8 4.8 33.62 294 294 0 11.072 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.984 1.1569 26.078 6 1 Median 1.2166 0.99902 0.81579 1.4065 1.2873 0.96062 2.5343 42.423 1.2101 2 2 2 0 1 0 Median Median Median 4.8 4.8 4.8 67486000 35695000 31792000 22198000 10616000 11582000 28784000 15559000 13225000 16504000 9519300 6985200 7 3734 True 3780 12751;12752;12753;12754;12755;12756 16563;16564;16565;16566;16567 16567 A6NHR9 A6NHR9 9 9 9 Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 SMCHD1 sp|A6NHR9|SMHD1_HUMAN Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMCHD1 PE=1 SV=2 1 9 9 9 7 8 6 7 8 6 7 8 6 5.3 5.3 5.3 226.37 2005 2005 0 32.472 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69485 0.82257 9.1988 20 4 Leave out requantified 0.72699 0.66006 0.78297 0.82847 0.82257 0.95667 5.9109 14.762 16.137 5 9 6 0 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 4.3 4.6 3.6 247110000 140250000 106860000 66462000 35992000 30470000 99802000 56998000 42804000 80849000 47260000 33589000 8 197;2389;6081;6778;9228;9580;10002;12705;14351 True;True;True;True;True;True;True;True;True 198;2422;6140;6841;9315;9673;10098;12842;14502 666;8191;20230;20231;20232;20233;20234;20235;22846;22847;22848;31316;31317;31318;32514;33897;33898;33899;42828;42829;42830;42831;48302;48303;48304 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nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas GNAT1;GNAI1;GNAT2;GNAO1;GNAI3;GNAT3;GNAI2;GNAL;GNAS sp|P11488|GNAT1_HUMAN Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNAT1 PE=1 SV=5;sp|P63096|GNAI1_HUMAN Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNAI1 PE=1 SV=2;sp|P19087|GNAT 10 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.1 3.1 3.1 40.04 350 350;354;354;354;354;354;355;381;394;1037 0 3.2446 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7046 0.86248 13.16 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.1 3.1 3.1 61478000 34986000 26492000 21184000 12961000 8223300 20449000 10042000 10407000 19846000 11983000 7862200 12 9233 True 9320 31336;31337;31338 40054;40055;40056;40057;40058 40055 CON__P00761;Q9BYE2 CON__P00761;Q9BYE2 2;1 1;0 1;0 Transmembrane protease serine 13 TMPRSS13 ;sp|Q9BYE2|TMPSD_HUMAN Transmembrane protease serine 13 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TMPRSS13 PE=2 SV=4 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 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Kinesin-like protein KIF2A KIF2A sp|O00139|KIF2A_HUMAN Kinesin-like protein KIF2A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF2A PE=1 SV=3 1 7 7 7 3 4 7 3 4 7 3 4 7 12.2 12.2 12.2 79.954 706 706 0 20.614 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73901 0.89844 28.285 13 6 Leave out requantified 0.77931 0.67466 0.8021 0.8974 0.89844 0.93405 17.538 28.285 17.317 3 4 6 1 1 4 Median Leave out requantified Median 4.7 5.8 12.2 319670000 181470000 138210000 69903000 37890000 32012000 96326000 56464000 39862000 153450000 87114000 66332000 29 97;4516;4952;6069;8586;11861;13877 True;True;True;True;True;True;True 98;4570;5007;6128;8669;11989;14026 332;333;334;15260;16692;20204;29189;29190;40022;40023;40024;46758;46759;46760 470;471;472;19745;21528;26024;37431;37432;51055;51056;51057;59696 472;19745;21528;26024;37432;51056;59696 O00148 O00148 14 14 5 ATP-dependent RNA helicase DDX39A DDX39A sp|O00148|DX39A_HUMAN ATP-dependent RNA helicase DDX39A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX39A PE=1 SV=2 1 14 14 5 13 11 12 13 11 12 5 5 3 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MS/MS By MS/MS 0.87457 1.0373 21.745 9 2 Leave out requantified 0.88082 1.0662 0.84192 0.96908 1.3602 0.98999 20.369 35.819 6.6009 3 4 2 0 2 0 Leave out requantified Linear Median 13.6 22.1 10.7 317140000 174300000 142840000 122250000 70057000 52193000 117360000 64543000 52814000 77534000 39697000 37837000 58 1073;2640;7866;9533;10153 True;True;True;True;True 1090;2676;7943;9626;10252 3652;3653;3654;3655;9008;26583;32367;34374;34375;34376 4818;4819;4820;4821;4822;11720;34125;41364;43884;43885;43886;43887 4821;11720;34125;41364;43886 P47813;O14602 P47813;O14602 4;4 4;4 4;4 Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal;Eukaryotic translation initiation factor 1A, Y-chromosomal EIF1AX;EIF1AY sp|P47813|IF1AX_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF1AX PE=1 SV=2;sp|O14602|IF1AY_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 1A, Y-chromosomal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF1AY PE=1 SV=4 2 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 27.8 27.8 27.8 16.46 144 144;144 0 37.161 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86007 1.0227 10.223 19 1 Leave out requantified 1.0006 0.76126 0.87079 1.1399 0.97293 1.021 28.7 32.238 20.99 6 7 6 0 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 27.8 27.8 27.8 2321300000 1233000000 1088300000 732070000 373700000 358360000 817640000 463130000 354510000 771640000 396170000 375470000 59 1515;3106;3845;15817 True;True;True;True 1537;3146;3891;15981 5155;5156;5157;5158;5159;5160;10600;10601;10602;13088;13089;13090;13091;13092;53344;53345;53346;53347;53348 6765;6766;6767;6768;6769;6770;6771;6772;6773;6774;13747;13748;16985;16986;16987;16988;16989;16990;16991;16992;16993;68272;68273;68274;68275;68276;68277 6774;13747;16991;68275 O14617 O14617 13 13 13 AP-3 complex subunit delta-1 AP3D1 sp|O14617|AP3D1_HUMAN AP-3 complex subunit delta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP3D1 PE=1 SV=1 1 13 13 13 7 9 12 7 9 12 7 9 12 14.1 14.1 14.1 130.16 1153 1153 0 79.566 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61284 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O14641 3;1 3;1 3;1 Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 DVL2 sp|O14641|DVL2_HUMAN Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DVL2 PE=1 SV=1 2 3 3 3 2 1 2 2 1 2 2 1 2 4.8 4.8 4.8 78.947 736 736;716 0 4.2974 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70188 0.7646 23.674 4 0 Leave out requantified 0.70188 NaN NaN 0.76114 NaN NaN 23.033 NaN NaN 2 1 1 0 0 0 Median Median Median 3 1.6 3.4 76347000 43878000 32468000 38180000 22592000 15588000 15760000 9427900 6332600 22407000 11859000 10548000 61 4980;5815;6107 True;True;True 5035;5873;6166 16764;16765;16766;19466;20310 21638;21639;25148;26153 21639;25148;26153 O14732 O14732 4 4 4 Inositol monophosphatase 2 IMPA2 sp|O14732|IMPA2_HUMAN Inositol monophosphatase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IMPA2 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 4 16 16 16 31.321 288 288 0 9.2316 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70674 0.88543 18.059 11 5 Leave out requantified 0.67292 0.77433 0.64418 0.80347 0.99793 0.78509 38.589 22.694 50.037 4 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sapiens OX=9606 GN=PRMT5 PE=1 SV=4 1 8 8 8 6 7 7 6 7 7 6 7 7 14 14 14 72.683 637 637 0 42.116 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95779 1.161 23.072 23 8 Leave out requantified 1.0688 0.92307 0.90857 1.2079 1.143 1.0676 23.51 21.403 23.349 7 9 7 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 11.3 12.7 12.6 1072600000 628230000 444380000 367920000 215100000 152820000 428500000 250610000 177890000 276190000 162510000 113670000 64 1910;2385;3285;3405;5456;5934;15448;16381 True;True;True;True;True;True;True;True 1940;2418;3326;3447;5512;5993;15609;16550 6526;6527;6528;6529;8179;8180;8181;8182;8183;11232;11233;11234;11616;18292;18293;18294;19816;52151;52152;52153;55187;55188;55189 8568;8569;8570;8571;8572;8573;8574;10656;10657;10658;10659;10660;14586;14587;14588;15115;23602;23603;23604;25554;66757;66758;66759;66760;70579;70580 8568;10660;14586;15115;23604;25554;66757;70579 O14773 O14773 3 3 3 Tripeptidyl-peptidase 1 TPP1 sp|O14773|TPP1_HUMAN Tripeptidyl-peptidase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPP1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 7.5 7.5 7.5 61.247 563 563 0 4.1769 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76248 0.91094 18.601 8 0 Leave out requantified 0.86778 0.66577 0.76248 0.96016 0.83474 0.87045 25.452 12.355 23.436 3 2 3 0 0 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 7.5 5 7.5 177330000 97438000 79891000 75305000 40869000 34436000 42507000 23348000 19160000 59517000 33222000 26295000 65 7270;8706;10031 True;True;True 7339;8789;10127 24490;24491;24492;29548;29549;33988;33989;33990 31407;37851;43429 31407;37851;43429 O14776 O14776 24 24 24 Transcription elongation regulator 1 TCERG1 sp|O14776|TCRG1_HUMAN Transcription elongation regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TCERG1 PE=1 SV=2 1 24 24 24 18 18 21 18 18 21 18 18 21 20.9 20.9 20.9 123.9 1098 1098 0 51.256 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73763 0.88141 24.006 62 18 Leave out requantified 0.73191 0.67728 0.8471 0.85714 0.83666 1.0045 20.32 19.45 18.626 20 20 22 5 6 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17 16.4 17.8 2789000000 1509300000 1279700000 855630000 457570000 398050000 872040000 494960000 377080000 1061300000 556790000 504530000 66 686;862;1302;1389;1917;2917;2994;3169;3230;3516;4064;4852;5936;5937;7096;8734;9001;9024;12360;13210;14013;15871;16245;16275 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 695;873;1323;1410;1947;2956;3033;3210;3271;3558;4113;4907;5995;5996;7163;8817;9087;9110;12494;13352;14162;16035;16412;16443 2337;2338;2339;2934;2935;2936;4452;4744;4745;4746;6549;9986;10243;10826;10827;10828;11037;11038;11039;11040;11987;13776;13777;16362;19820;19821;19822;19823;19824;19825;23886;23887;23888;29636;29637;29638;29639;29640;30571;30572;30573;30574;30575;30646;30647;41666;41667;41668;44516;44517;44518;44519;47211;47212;47213;47214;53502;53503;53504;54744;54745;54746;54830;54831;54832 3062;3063;3064;3065;3066;3828;3829;3830;5891;6252;6253;8592;12951;13269;14053;14054;14055;14056;14057;14318;14319;14320;14321;14322;15579;17884;17885;21099;25556;25557;25558;25559;25560;30652;30653;30654;37965;37966;37967;37968;37969;39124;39125;39126;39127;39128;39129;39130;39227;39228;53069;56728;56729;56730;56731;56732;60303;60304;60305;60306;68468;68469;70023;70024;70118;70119;70120 3065;3830;5891;6252;8592;12951;13269;14057;14321;15579;17884;21099;25556;25559;30652;37969;39130;39228;53069;56732;60304;68469;70024;70120 O14777 O14777 3 3 3 Kinetochore protein NDC80 homolog NDC80 sp|O14777|NDC80_HUMAN Kinetochore protein NDC80 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NDC80 PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 0 2 1 0 2 1 0 2 4.7 4.7 4.7 73.912 642 642 0 4.1421 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 2 0 2.6 8492900 5125500 3367400 0 0 0 0 0 0 8492900 5125500 3367400 67 2292;4405;10594 True;True;True 2325;4456;10706 7858;14872;35817 10265;19240;45716 10265;19240;45716 O14818;Q8TAA3 O14818 6;2 6;2 6;2 Proteasome subunit alpha type-7 PSMA7 sp|O14818|PSA7_HUMAN Proteasome subunit alpha type-7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMA7 PE=1 SV=1 2 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 33.9 33.9 33.9 27.887 248 248;256 0 62.872 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60568 0.77117 20.066 28 18 Leave out requantified 0.66981 0.60568 0.69613 0.82176 0.77117 0.78009 38.457 19.281 21.754 10 9 9 7 5 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 33.9 33.9 33.9 1111900000 648360000 463590000 429400000 236570000 192830000 371360000 230880000 140480000 311190000 180900000 130290000 68 678;2211;7239;9840;11209;16418 True;True;True;True;True;True 687;2244;7308;9936;11335;16587 2305;2306;2307;7573;7574;7575;7576;7577;7578;24394;24395;24396;33336;33337;33338;33339;33340;33341;33342;37955;37956;37957;37958;37959;37960;55295;55296;55297;55298;55299;55300;55301 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N-terminally processed KIF3B sp|O15066|KIF3B_HUMAN Kinesin-like protein KIF3B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF3B PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 2.5 2.5 2.5 85.124 747 747 0.0026596 2.4916 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81923 0.99559 10.006 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 0.9 2.5 1.6 154260000 83104000 71158000 83150000 42840000 40311000 71112000 40264000 30847000 0 0 0 83 8862;11391 True;True 8948;11517 30125;30126;38540;38541;38542 38589;38590;49165;49166;49167 38589;49167 O15067 O15067 20 20 20 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase PFAS sp|O15067|PUR4_HUMAN Phosphoribosylformylglycinamidine synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PFAS PE=1 SV=4 1 20 20 20 19 15 14 19 15 14 19 15 14 22.6 22.6 22.6 144.73 1338 1338 0 152.66 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8528 1.0128 22.721 48 14 Leave out requantified 0.89873 0.79507 0.86601 1.0392 1.0023 1.0117 15.236 23.448 20.432 17 16 15 6 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out 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sp|O43913|ORC5_HUMAN Origin recognition complex subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ORC5 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 4 8.7 8.7 8.7 50.282 435 435 0 9.2465 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70899 0.79995 32.837 9 2 Leave out requantified 0.69359 0.5469 0.87758 0.78292 0.67011 1.0616 3.0435 13.253 16.725 2 3 4 0 1 1 Median Median Leave out requantified 6 6.7 8.7 73476000 44317000 29159000 12015000 6860400 5154500 27477000 18268000 9208200 33984000 19188000 14796000 145 2460;9226;12010;14460 True;True;True;True 2495;9313;12140;14613 8466;8467;31306;31307;31308;40472;40473;48672;48673;48674 11041;11042;40012;40013;40014;51640;51641;62197;62198 11042;40014;51641;62197 O43929;CON__Q2YDI2 O43929;CON__Q2YDI2 3;2 3;2 3;2 Origin recognition complex subunit 4 ORC4 sp|O43929|ORC4_HUMAN Origin recognition complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ORC4 PE=1 SV=2; 2 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.1 4.1 4.1 50.377 436 436;436 0 3.0443 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61441 0.75241 2.4138 5 0 Leave out 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5 Protein arginine N-methyltransferase 3 PRMT3 sp|O60678|ANM3_HUMAN Protein arginine N-methyltransferase 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRMT3 PE=1 SV=4 1 5 5 5 3 3 4 3 3 4 3 3 4 11.5 11.5 11.5 59.902 531 531 0 11.183 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78129 0.95256 11.143 13 7 Leave out requantified 0.74196 0.65062 0.80163 0.86899 0.95546 0.9312 53.169 17.649 26.131 4 3 6 2 1 4 Median Plateau Median 7.2 7 9.6 198340000 108920000 89417000 71397000 33876000 37522000 58897000 35867000 23029000 68043000 39176000 28866000 164 910;1419;8751;11430;15725 True;True;True;True;True 924;1440;8834;11556;15887 3109;4838;4839;4840;4841;4842;4843;29692;29693;29694;29695;38642;53050;53051 4070;6375;6376;6377;6378;6379;6380;6381;38032;38033;38034;38035;38036;49304;67910;67911 4070;6375;38032;49304;67911 O60684 O60684 5 5 3 Importin subunit alpha-7 KPNA6 sp|O60684|IMA7_HUMAN Importin subunit alpha-7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA6 PE=1 SV=1 1 5 5 3 4 3 4 4 3 4 2 2 2 13.1 13.1 8.4 60.029 536 536 0 12.61 By MS/MS 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Rho-associated protein kinase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ROCK2 PE=1 SV=4 1 31 31 27 21 28 17 21 28 17 18 25 16 26.9 26.9 23.6 160.9 1388 1388 0 151.05 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81506 0.96866 36.198 70 36 Leave out requantified 0.88062 0.75004 0.80815 0.98925 0.92538 0.94878 19.824 32.339 31.765 23 29 18 11 17 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.2 25.6 16.5 2226600000 1163700000 1062900000 836270000 417070000 419190000 917900000 493740000 424160000 472450000 252900000 219550000 184 308;1875;2827;3200;3284;3740;3782;3808;3978;4141;6744;7424;7702;8301;10044;10324;10353;10534;10780;10805;10994;11036;11565;11599;12404;12674;12675;13139;14118;15095;15850 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 6.5 6.5 6.5 27163000 0 27163000 9305000 0 9305000 9243400 0 9243400 8614300 0 8614300 198 10801 True 10915 36553;36554;36555;36556 46606;46607;46608;46609 46609 O75400 O75400 5 5 5 Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A PRPF40A sp|O75400|PR40A_HUMAN Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF40A PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 3 5 3 3 5 3 3 5 6.7 6.7 6.7 108.8 957 957 0 16.23 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70546 0.90268 13.734 17 8 Leave out requantified 0.58343 0.63914 0.77741 0.70005 0.8288 0.93278 38.573 16.33 6.9165 4 5 8 2 1 5 Median Leave out requantified Leave out requantified 4 4.7 6.7 342080000 198220000 143870000 84499000 47756000 36743000 104000000 65133000 38872000 153580000 85329000 68251000 199 785;5015;11222;13365;14551 True;True;True;True;True 795;5070;11348;13508;14704 2657;2658;2659;2660;2661;2662;16880;16881;16882;37998;37999;38000;38001;38002;44991;48962;48963;48964 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O75439 O75439 3 3 3 Mitochondrial-processing peptidase subunit beta PMPCB sp|O75439|MPPB_HUMAN Mitochondrial-processing peptidase subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMPCB PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 3 1 3 3 1 3 3 1 8 8 8 54.366 489 489 0 11 By MS/MS By MS/MS By matching 0.97949 1.2182 21.142 7 2 Leave out requantified 1.1409 0.88762 NaN 1.3316 1.1642 NaN 35.622 9.7301 NaN 3 3 1 2 0 0 Median Leave out requantified Median 8 8 2 119560000 63424000 56135000 50421000 24157000 26264000 53239000 29256000 23983000 15899000 10011000 5887400 201 6760;7648;13930 True;True;True 6823;7722;14079 22799;22800;25767;25768;46950;46951;46952 29226;29227;33043;33044;59982;59983 29227;33043;59982 O75475;Q9Y3E1 O75475 11;1 10;0 10;0 PC4 and SFRS1-interacting protein PSIP1 sp|O75475|PSIP1_HUMAN PC4 and SFRS1-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSIP1 PE=1 SV=1 2 11 10 10 8 6 9 7 6 9 7 6 9 24.9 23.4 23.4 60.103 530 530;203 0 25.718 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76901 0.93255 13.978 28 8 Leave out 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Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A PRKRA sp|O75569|PRKRA_HUMAN Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKRA PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 9.3 9.3 9.3 34.404 313 313 0 4.0087 By MS/MS By matching By MS/MS 0.70098 0.85535 10.339 5 0 Leave out requantified 0.74559 NaN 0.69347 0.86952 NaN 0.81109 11.6 NaN 3.8887 2 1 2 0 0 0 Median Median Median 9.3 3.2 9.3 51968000 28125000 23843000 22342000 11555000 10787000 15144000 9247300 5897100 14482000 7322800 7158900 207 36;12906 True;True 37;13044 133;134;135;43522;43523 196;197;55422 196;55422 O75592 O75592 15 15 15 E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 MYCBP2 sp|O75592|MYCB2_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYCBP2 PE=1 SV=4 1 15 15 15 10 3 13 10 3 13 10 3 13 4.4 4.4 4.4 513.63 4678 4678 0 74.174 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72251 0.86747 21.519 23 15 Leave out requantified 0.79495 0.78729 0.71374 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26367;29387;31975;68106 O75676 O75676 2 2 2 Ribosomal protein S6 kinase alpha-4 RPS6KA4 sp|O75676|KS6A4_HUMAN Ribosomal protein S6 kinase alpha-4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS6KA4 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 3.8 3.8 3.8 85.605 772 772 0.0026344 2.4385 By MS/MS By MS/MS 0.94269 1.1123 27.606 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 1.8 1.9 10934000 5766800 5167400 0 0 0 8088800 3927500 4161200 2845500 1839300 1006200 212 12472;15835 True;True 12606;15999 42026;53402 53522;68348 53522;68348 O75683 O75683 2 2 2 Surfeit locus protein 6 SURF6 sp|O75683|SURF6_HUMAN Surfeit locus protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SURF6 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 9.7 9.7 9.7 41.45 361 361 0 8.9547 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62686 0.75247 8.0797 4 3 Median NaN NaN 0.61182 NaN NaN 0.72836 NaN NaN 13.22 1 1 2 1 1 1 Median Median Median 6.6 6.6 9.7 41581000 28032000 13549000 12727000 8597900 4128600 10809000 7291400 3517900 18045000 12143000 5902300 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motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMNDC1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 33.6 33.6 33.6 26.711 238 238 0 25.311 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65633 0.81528 18.561 13 7 Leave out requantified 0.77919 0.55284 0.73495 0.9012 0.73754 0.88758 22.632 50.305 55.45 4 5 4 1 3 3 Leave out requantified Median Median 33.6 33.6 28.6 327580000 213890000 113690000 133360000 89148000 44216000 111070000 71768000 39305000 83146000 52972000 30174000 224 2379;2408;3694;12691;14999 True;True;True;True;True 2412;2441;3740;12828;15153 8163;8164;8165;8245;8246;8247;12629;12630;12631;12632;42790;42791;50539;50540;50541;50542 10637;10638;10639;10741;10742;10743;16403;16404;16405;16406;16407;54557;64680;64681;64682;64683;64684 10638;10741;16405;54557;64680 O75962 O75962 14 14 13 Triple functional domain protein TRIO sp|O75962|TRIO_HUMAN Triple functional domain protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRIO PE=1 SV=2 1 14 14 13 8 12 9 8 12 9 8 11 9 7.6 7.6 7.2 346.9 3097 3097 0 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sp|O76021|RL1D1_HUMAN Ribosomal L1 domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RSL1D1 PE=1 SV=3 1 20 20 20 19 19 17 19 19 17 19 19 17 35.5 35.5 35.5 54.972 490 490 0 105.85 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73822 0.90351 22.253 74 23 Leave out requantified 0.78017 0.66576 0.7753 0.9263 0.84201 0.92423 29.115 22.927 19.737 26 25 23 9 9 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 35.3 33.3 33.1 3126500000 1798400000 1328100000 1127300000 642640000 484610000 1037200000 621350000 415870000 961990000 534370000 427620000 227 52;876;1325;1376;1928;1954;1955;3533;4574;7757;7775;8181;8242;9267;9313;12145;12247;12248;13580;14484 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 53;890;1346;1397;1959;1985;1986;3575;4628;7832;7851;8259;8320;9354;9401;12278;12381;12382;13724;14637 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requantified Leave out requantified Leave out requantified 12 14.1 12.3 758530000 471680000 286850000 205550000 114920000 90635000 305510000 198190000 107320000 247480000 158580000 88901000 242 8354;9870;12384;13370;16264;16265 True;True;True;True;True;True 8433;9966;12518;13513;16432;16433 28397;28398;28399;33436;33437;33438;41739;45007;45008;45009;45010;45011;45012;45013;54800;54801;54802;54803;54804;54805;54806 36396;36397;36398;36399;36400;36401;42692;42693;42694;53151;57341;57342;57343;57344;57345;57346;57347;57348;70089;70090;70091;70092;70093;70094;70095 36398;42693;53151;57342;70092;70095 O95239;Q2VIQ3 O95239 5;1 5;1 5;1 Chromosome-associated kinesin KIF4A KIF4A sp|O95239|KIF4A_HUMAN Chromosome-associated kinesin KIF4A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF4A PE=1 SV=3 2 5 5 5 2 2 5 2 2 5 2 2 5 4.4 4.4 4.4 139.88 1232 1232;1234 0 9.2266 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65812 0.82885 12.312 9 2 Leave out requantified 0.71541 0.69591 0.7207 0.80865 0.8504 0.8893 12.215 3.6313 22.309 2 2 5 0 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synthase 2;Sulfate adenylyltransferase;Adenylyl-sulfate kinase PAPSS2 sp|O95340|PAPS2_HUMAN Bifunctional 3-phosphoadenosine 5-phosphosulfate synthase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAPSS2 PE=1 SV=2 1 7 7 7 5 7 6 5 7 6 5 7 6 15 15 15 69.5 614 614 0 25.963 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82283 0.98975 22.978 18 6 Leave out requantified 0.846 0.86074 0.81811 0.95747 1.1299 0.99456 28.987 24.559 14.859 6 6 6 1 2 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.6 15 12.7 476580000 220430000 256150000 173550000 79302000 94248000 167150000 81045000 86109000 135870000 60083000 75791000 245 289;2129;3344;5468;9806;10796;15303 True;True;True;True;True;True;True 290;2162;3385;5524;9901;10910;15463 922;923;924;7298;7299;7300;11408;11409;18328;18329;18330;33223;33224;33225;36542;51658;51659;51660;51661;51662 1219;1220;1221;1222;9561;9562;9563;9564;9565;14819;14820;23651;23652;23653;42446;46593;66177;66178;66179;66180 1222;9565;14820;23651;42446;46593;66178 O95347 O95347 42 42 42 Structural maintenance of chromosomes protein 2 SMC2 sp|O95347|SMC2_HUMAN Structural maintenance of chromosomes protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMC2 PE=1 SV=2 1 42 42 42 35 35 37 35 35 37 35 35 37 38 38 38 135.65 1197 1197 0 200.77 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76574 0.91468 15.604 135 43 Leave out requantified 0.77941 0.69289 0.75242 0.9108 0.87855 0.89296 17.408 13.486 17.254 48 44 43 16 14 13 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 31.8 33.1 35.5 6843200000 4034500000 2808700000 2637100000 1519400000 1117700000 2321500000 1406400000 915110000 1884600000 1108800000 775890000 246 776;871;1001;1266;1625;2560;2723;2822;2861;3382;3929;5031;5821;6474;7283;7284;7982;8054;8095;9057;9460;9549;10025;10751;10899;11812;11820;11832;11903;12015;12706;12835;13115;13290;13496;13685;13741;13928;14492;14608;16074;16235 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Phosphoacetylglucosamine mutase PGM3 sp|O95394|AGM1_HUMAN Phosphoacetylglucosamine mutase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PGM3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 8.9 8.9 8.9 59.851 542 542 0 8.4791 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8807 1.0246 17.416 13 0 Leave out requantified 0.8807 0.80431 0.71274 1.0246 1.0356 0.87364 17.623 15.723 16.359 5 4 4 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.9 7.2 7.2 381560000 199840000 181730000 147280000 76862000 70413000 127160000 67296000 59862000 107130000 55677000 51452000 249 465;469;1309;11281;11875 True;True;True;True;True 469;473;1330;11407;12004 1543;1544;1545;1554;1555;1556;4478;4479;4480;38209;38210;38211;40066 2023;2024;2025;2026;2027;2028;2037;2038;2039;2040;5923;5924;5925;5926;5927;48735;51110;51111 2028;2040;5925;48735;51110 O95425 O95425 1 1 1 Supervillin SVIL sp|O95425|SVIL_HUMAN Supervillin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SVIL PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0.6 0.6 0.6 247.74 2214 2214 0 3.4362 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0.6 0.6 0 9655300 4568200 5087000 0 0 0 9655300 4568200 5087000 0 0 0 250 1041 True 1058 3549;3550 4681;4682 4682 O95433 O95433 4 4 4 Activator of 90 kDa heat shock protein ATPase homolog 1 AHSA1 sp|O95433|AHSA1_HUMAN Activator of 90 kDa heat shock protein ATPase homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AHSA1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 13.6 13.6 13.6 38.274 338 338 0 9.3458 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96816 1.1531 0.58146 10 5 Leave out requantified 0.99159 0.95715 0.93434 1.1384 1.228 1.1151 38.323 26.752 36.806 3 3 4 2 1 2 Median Median Median 13.6 11.2 11.2 286640000 140080000 146560000 83597000 41988000 41609000 91262000 48429000 42832000 111780000 49663000 62122000 251 1585;4161;4640;16456 True;True;True;True 1612;4211;4695;16625 5420;14095;14096;14097;15672;15673;15674;15675;15676;55425;55426;55427 7141;18273;18274;18275;18276;20264;20265;20266;20267;20268;20269;70899;70900 7141;18276;20268;70900 O95456 O95456 1 1 1 Proteasome assembly chaperone 1 PSMG1 sp|O95456|PSMG1_HUMAN Proteasome assembly chaperone 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMG1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.9 4.9 4.9 32.854 288 288 0 3.0357 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84672 1.0441 11.194 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 4.9 4.9 4.9 62306000 34303000 28004000 17847000 8480800 9366000 23331000 12931000 10400000 21129000 12891000 8237700 252 555 True 560 1856;1857;1858 2423;2424;2425;2426;2427 2426 O95486 O95486 4 4 4 Protein transport protein Sec24A SEC24A sp|O95486|SC24A_HUMAN Protein transport protein Sec24A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SEC24A PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 2 0 4 2 0 4 2 0 4.3 4.3 4.3 119.75 1093 1093 0 11.766 By MS/MS By MS/MS 0.65951 0.78884 33.048 4 3 Median 0.83401 0.65525 NaN 0.8812 0.78884 NaN 53.131 18.195 NaN 2 2 0 2 1 0 Median Median Median 4.3 2.2 0 33987000 19905000 14082000 18668000 9645200 9023300 15318000 10259000 5059000 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sp|O95747|OXSR1_HUMAN Serine/threonine-protein kinase OSR1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OXSR1 PE=1 SV=1 1 11 11 10 11 10 10 11 10 10 10 9 9 27.1 27.1 25.8 58.022 527 527 0 95.311 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77579 0.91676 14.593 40 8 Leave out requantified 0.76533 0.71168 0.84974 0.88646 0.88277 0.99802 15.744 10.761 12.627 14 13 13 3 2 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 27.1 25.2 25.2 1811200000 1016000000 795140000 577720000 321990000 255740000 622720000 354970000 267750000 610740000 339080000 271650000 257 2441;2684;4283;4533;7628;8399;8958;9304;12641;13570;15270 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2475;2721;4334;4587;7702;8478;9044;9391;12778;13714;15429 8375;8376;8377;8378;8379;8380;9180;9181;9182;9183;9184;9185;14507;14508;14509;15312;15313;15314;25695;25696;25697;28550;28551;28552;28553;28554;28555;30436;31577;31578;31579;42615;42616;42617;42618;42619;42620;45693;45694;45695;51530;51531;51532 10923;10924;10925;10926;10927;10928;11934;11935;11936;11937;11938;11939;11940;11941;11942;18810;18811;18812;19816;19817;19818;32949;32950;32951;32952;32953;32954;36609;36610;36611;36612;36613;36614;36615;36616;36617;36618;36619;36620;38961;40368;40369;40370;40371;54324;54325;54326;54327;54328;54329;54330;54331;54332;54333;54334;58259;58260;58261;58262;58263;58264;65966;65967;65968;65969 10923;11941;18810;19816;32950;36617;38961;40369;54333;58260;65967 O95757 O95757 20 17 17 Heat shock 70 kDa protein 4L HSPA4L sp|O95757|HS74L_HUMAN Heat shock 70 kDa protein 4L OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSPA4L PE=1 SV=3 1 20 17 17 18 17 13 15 14 11 15 14 11 33 29.4 29.4 94.511 839 839 0 85.352 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95344 1.1801 26.951 44 9 Leave out requantified 0.91523 0.93802 1.0729 1.0856 1.1801 1.3048 14.226 9.9705 25.071 16 15 13 3 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.7 27.1 20.4 1151300000 606590000 544680000 421140000 212870000 208270000 419360000 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2652;2653;30671;30672;30673;30674;30675;43145;43146;43147;58408;58409;58410 2653;30674;43147;58409 O96019;O94805 O96019 4;1 4;1 4;1 Actin-like protein 6A ACTL6A sp|O96019|ACL6A_HUMAN Actin-like protein 6A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACTL6A PE=1 SV=1 2 4 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 11.2 11.2 11.2 47.46 429 429;426 0 11.443 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65008 0.86063 16.32 10 1 Leave out requantified 0.77004 0.64982 0.65008 0.91404 0.86063 0.80112 16.511 11.1 17.903 4 3 3 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 11.2 7.9 7.9 233380000 125260000 108120000 90478000 44517000 45962000 66872000 37947000 28925000 76028000 42795000 33233000 265 570;3931;9065;11475 True;True;True;True 575;3980;9151;11602 1916;1917;1918;13368;13369;13370;30770;30771;30772;38784 2506;2507;2508;2509;17370;17371;39380;39381;39382;39383;49473 2509;17371;39381;49473 P00338;Q6ZMR3;P07864 P00338 12;1;1 11;0;0 11;0;0 L-lactate dehydrogenase A chain LDHA sp|P00338|LDHA_HUMAN L-lactate dehydrogenase A chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LDHA PE=1 SV=2 3 12 11 11 11 11 11 10 10 10 10 10 10 34 30.4 30.4 36.688 332 332;332;332 0 114.93 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0169 1.2651 35.127 45 3 Leave out requantified 1.1807 0.89968 1.0244 1.3645 1.1546 1.1992 22.529 15.615 37.764 15 15 15 1 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34 34 34 4829200000 2396500000 2432700000 1807500000 813410000 994110000 1669600000 870160000 799400000 1352100000 712930000 639180000 266 1929;2256;2257;2880;4666;9893;12013;14038;14039;14040;15064;15652 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;False;True 1960;2289;2290;2919;4721;9989;12143;14187;14188;14189;15218;15813 6589;6590;6591;7718;7719;7720;7721;7722;7723;7724;7725;7726;9864;9865;9866;15767;15768;15769;15770;15771;15772;33504;33505;33506;40481;40482;40483;47295;47296;47297;47298;47299;47300;47301;47302;47303;47304;47305;47306;47307;47308;47309;50759;50760;50761;52790;52791;52792 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24519;26178;39745;56707;57320;59677;67118 P04181 P04181 5 5 5 Ornithine aminotransferase, mitochondrial;Ornithine aminotransferase, hepatic form;Ornithine aminotransferase, renal form OAT sp|P04181|OAT_HUMAN Ornithine aminotransferase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OAT PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 1 4 5 1 4 5 1 16.4 16.4 16.4 48.534 439 439 0 45.159 By MS/MS By MS/MS By matching 0.70205 0.83815 22.237 11 5 Leave out requantified 0.8665 0.7261 NaN 1.0328 0.93213 NaN 24.866 27.015 NaN 4 6 1 1 4 0 Leave out requantified Median Median 11.8 16.4 2.1 126780000 72489000 54287000 49499000 27901000 21597000 69429000 40224000 29205000 7848700 4364300 3484400 278 471;4448;5776;14466;14596 True;True;True;True;True 475;4499;5834;14619;14749 1564;1565;1566;15022;15023;19357;19358;19359;48688;48689;49123 2051;2052;2053;2054;19423;19424;25027;62215;62216;62818 2054;19423;25027;62215;62818 P04183 P04183 1 1 1 Thymidine kinase, cytosolic TK1 sp|P04183|KITH_HUMAN Thymidine kinase, cytosolic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TK1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.8 6.8 6.8 25.468 234 234 0.0065557 2.0237 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.34429 0.43956 10.495 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.8 6.8 6.8 36820000 26036000 10784000 0 0 0 19856000 14829000 5026700 16964000 11207000 5757000 279 3906 True 3955 13296;13297;13298;13299 17283;17284;17285;17286 17286 P04264;CON__P04264 P04264;CON__P04264 24;23 24;23 13;12 Keratin, type II cytoskeletal 1 KRT1 sp|P04264|K2C1_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT1 PE=1 SV=6; 2 24 24 13 22 9 22 22 9 22 12 4 12 41.3 41.3 28.6 66.038 644 644;644 0 175.03 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.8216 2.1537 31.739 71 21 Leave out requantified 2.4485 1.0256 1.5445 2.8297 1.327 1.8158 37.996 42.022 25.485 31 10 30 6 5 10 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38.2 15.4 38.8 4397300000 1564300000 2833000000 2738900000 859390000 1879500000 243140000 144790000 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Histone H2A type 1-H OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIST1H2AH PE=1 SV=3;sp|Q9BTM1|H2AJ_HUMAN Histone H2A.J OS=Homo sapiens OX=9606 GN=H2AFJ PE=1 SV= 10 3 1 1 2 2 3 0 0 1 0 0 1 27.3 14.8 14.8 13.936 128 128;128;129;129;130;130;130;130;130;130 0 57.224 By matching By matching By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 12.5 12.5 27.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 286 532;6491;15637 False;False;True 537;6552;15798 1778;1779;1780;21770;21771;21772;21773;21774;52747;52748 2322;2323;2324;2325;2326;2327;27930;27931;27932;27933;27934;67529;67530 2326;27932;67529 P05091 P05091 2 2 2 Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial ALDH2 sp|P05091|ALDH2_HUMAN Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALDH2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 4.8 4.8 4.8 56.381 517 517 0 7.7977 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70695 0.8677 112.85 3 2 Median 0.34904 NaN NaN 0.40359 NaN NaN 146.84 NaN NaN 2 1 0 1 1 0 Median Median Median 4.8 2.5 2.5 59389000 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KRT18 sp|P05783|K1C18_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 18 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT18 PE=1 SV=2 1 6 5 4 6 4 5 5 3 4 4 2 3 17 15.3 13.3 48.057 430 430 0 9.2435 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0502 1.2326 4.9091 12 2 Leave out requantified 1.0761 1.111 1.0704 1.2249 1.3648 1.2286 2.0937 16.758 9.3368 5 3 4 2 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17 9.1 10.9 534300000 312940000 221360000 284970000 195690000 89281000 100880000 48470000 52414000 148450000 68780000 79669000 295 1123;1169;4187;5530;8285;11916 True;True;True;True;False;True 1140;1188;4237;5588;8364;12045 3830;3831;3832;3967;3968;14179;14180;14181;18524;28149;28150;28151;40181;40182;40183 5075;5076;5077;5255;18381;18382;18383;18384;23921;36070;36071;36072;36073;51272;51273;51274 5077;5255;18384;23921;36070;51273 P05976;P08590 P05976;P08590 1;1 1;1 1;1 Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform;Myosin light chain 3 MYL1;MYL3 sp|P05976|MYL1_HUMAN Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL1 PE=2 SV=3;sp|P08590|MYL3_HUMAN Myosin light chain 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL3 PE=1 SV=3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.2 6.2 6.2 21.145 194 194;195 0.0041907 2.3805 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.4244 2.7821 10.965 3 3 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 6.2 6.2 6.2 40858000 12260000 28598000 11378000 3096000 8282200 12394000 3401600 8992100 17086000 5762900 11324000 296 3388 True 3430 11569;11570;11571 15051;15052;15053 15053 P06280 P06280 3 3 3 Alpha-galactosidase A GLA sp|P06280|AGAL_HUMAN Alpha-galactosidase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GLA PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 8.2 8.2 8.2 48.766 429 429 0 6.4222 By MS/MS By matching By MS/MS 0.63178 0.77225 57.793 4 1 Median 0.40901 NaN NaN 0.47076 NaN NaN 86.748 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 8.2 2.6 2.6 72442000 52634000 19808000 52131000 39405000 12726000 12006000 8269000 3736600 8305900 4959900 3346000 297 4493;11385;13516 True;True;True 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mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP5F1B PE=1 SV=3 1 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 12.3 12.3 12.3 56.559 529 529 0 6.8014 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1302 1.3295 42.806 9 4 Leave out requantified 1.0508 0.75834 0.9556 1.2518 0.97604 1.0662 31.203 3.2406 45.58 3 3 3 1 2 1 Median Median Median 8.7 8.9 8.9 173780000 93685000 80096000 54137000 25499000 28638000 64846000 37244000 27602000 54798000 30942000 23856000 301 3386;7301;7317;15186 True;True;True;True 3428;7370;7389;15345 11565;24581;24582;24583;24657;24658;24659;51247;51248 15046;31500;31501;31605;31606;31607;65606;65607 15046;31501;31606;65606 P06703 P06703 3 3 3 Protein S100-A6 S100A6 sp|P06703|S10A6_HUMAN Protein S100-A6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=S100A6 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 24.4 24.4 24.4 10.18 90 90 0 4.2494 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0568 1.1688 23.17 9 1 Leave out requantified 1.0568 0.79344 1.1508 1.1688 0.98896 1.3382 23.022 58.284 6.825 3 3 3 0 1 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 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4;4;4;1;1 sp|P0DP25|CALM3_HUMAN Calmodulin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CALM3 PE=1 SV=1;sp|P0DP24|CALM2_HUMAN Calmodulin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CALM2 PE=1 SV=1;sp|P0DP23|CALM1_HUMAN Calmodulin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CALM1 PE=1 SV=1 5 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 4 32.9 32.9 32.9 16.837 149 149;149;149;149;160 0 16.763 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76508 0.9303 3.1458 11 6 Leave out requantified 0.8096 0.7621 0.7573 0.95122 1.052 0.87673 16.174 6.0371 15.62 5 3 3 4 1 1 Median Plateau Median 28.2 28.2 32.9 657220000 364990000 292240000 231180000 123140000 108040000 223460000 125680000 97782000 202580000 116170000 86414000 359 2688;2960;3720;14872 True;True;True;True 2725;2999;3766;15026 9195;9196;9197;9198;10121;10122;10123;10124;12718;50107;50108;50109 11951;11952;11953;13107;13108;13109;13110;13111;13112;13113;16525;64131;64132;64133 11951;13108;16525;64132 P10155 P10155 4 4 4 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein TROVE2 sp|P10155|RO60_HUMAN 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TROVE2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 2 3 3 2 3 3 2 7.4 7.4 7.4 60.67 538 538 0 8.9297 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85817 1.0114 37.27 8 5 Median 1.0164 0.97557 0.80608 1.1174 1.2001 0.94213 23.582 48.082 10.476 3 3 2 2 2 1 Plateau Median Median 6.1 5 3.7 236070000 95986000 140080000 52710000 30159000 22551000 141790000 44723000 97068000 41567000 21104000 20463000 360 857;1470;5233;8825 True;True;True;True 868;1492;5288;8910 2921;5015;17620;17621;17622;30008;30009;30010 3813;6584;22746;22747;22748;38452;38453;38454 3813;6584;22747;38453 P10243 P10243 1 1 1 Myb-related protein A MYBL1 sp|P10243|MYBA_HUMAN Myb-related protein A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYBL1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1 1.1 1.1 85.886 752 752 0.0084284 1.9068 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.021 1.1551 7.8846 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.1 1.1 1.1 2175200000 1085600000 1089600000 796890000 391940000 404950000 808140000 411910000 396230000 570180000 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beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDHB PE=1 SV=3 1 8 8 8 6 7 6 6 7 6 6 7 6 29.2 29.2 29.2 39.233 359 359 0 54.902 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78918 0.95309 36.035 25 11 Leave out requantified 0.78918 0.8094 0.66867 0.95309 1.0276 0.77911 35.985 42.182 31.289 8 9 8 3 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.1 26.2 21.7 676040000 390810000 285220000 208940000 121070000 87872000 254660000 143110000 111550000 212440000 126630000 85804000 373 1836;1986;3420;7183;7303;13946;14905;15783 True;True;True;True;True;True;True;True 1866;2017;3462;7250;7372;14095;15059;15947 6287;6288;6289;6767;6768;6769;6770;6771;6772;11668;24229;24590;24591;24592;47009;47010;50206;50207;50208;50209;50210;50211;53237;53238;53239 8232;8233;8234;8235;8236;8237;8886;8887;8888;8889;8890;8891;15187;31106;31511;31512;31513;31514;60063;64250;64251;64252;64253;64254;64255;68146;68147 8237;8887;15187;31106;31513;60063;64251;68147 P11310 P11310 4 4 4 Medium-chain specific 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mitochondrial PC sp|P11498|PYC_HUMAN Pyruvate carboxylase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PC PE=1 SV=2 1 12 12 12 8 11 8 8 11 8 8 11 8 13.4 13.4 13.4 129.63 1178 1178 0 55.449 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85138 0.98651 22.528 28 11 Leave out requantified 0.85164 0.79249 0.80101 0.93521 1.0077 0.8911 30.672 8.1898 38.001 8 11 9 3 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 9 12.1 9.1 487510000 255050000 232470000 127240000 64372000 62867000 178580000 95850000 82731000 181690000 94825000 86869000 378 224;287;1535;1539;3932;5985;12553;12921;14321;14397;15715;15735 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 225;288;1560;1565;3981;6044;12688;13059;14472;14550;15877;15897 739;740;741;742;743;916;917;918;919;5254;5255;5256;5275;5276;13371;13372;13373;19965;42280;42281;42282;43573;43574;43575;48211;48467;48468;53023;53077;53078;53079;53080 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cross-complementing protein 6 XRCC6 sp|P12956|XRCC6_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=XRCC6 PE=1 SV=2 1 38 38 38 36 37 35 36 37 35 36 37 35 54.4 54.4 54.4 69.842 609 609 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76969 0.9607 20.039 209 44 Leave out requantified 0.84833 0.71279 0.79298 1.0018 0.93069 0.93523 31.236 16.079 15.282 67 76 66 9 20 15 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 54.2 53.2 53 42445000000 23149000000 19296000000 15286000000 8209600000 7076600000 15105000000 8473200000 6631600000 12054000000 6466100000 5587500000 391 840;2138;2353;2646;2697;3238;3239;3856;4220;5023;7105;7189;7299;7313;7431;7432;8082;8138;8865;10716;10734;10774;11396;11543;11544;12117;12119;12141;12166;12405;13149;13698;13776;13777;14856;14857;15011;15012 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Translationally-controlled tumor protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPT1 PE=1 SV=1 3 7 7 7 7 7 6 7 7 6 7 7 6 37.8 37.8 37.8 19.595 172 172;140;139 0 52.191 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87293 1.1459 30.678 27 7 Leave out requantified 1.0041 0.91012 0.92046 1.1735 1.1808 1.1069 30.75 24.585 18.233 10 9 8 2 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 37.8 37.8 33.1 1462600000 706850000 755720000 543780000 246740000 297040000 494680000 260000000 234690000 424110000 200110000 223990000 396 2045;2341;3462;5698;6449;8580;15143 True;True;True;True;True;True;True 2078;2374;3504;5756;6509;8663;15301 6970;6971;6972;8029;8030;8031;8032;8033;8034;11812;11813;11814;19119;19120;19121;21600;21601;21602;21603;21604;21605;29170;29171;29172;29173;29174;29175;51093;51094;51095;51096;51097 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR1A1 PE=1 SV=3 1 11 11 11 11 10 7 11 10 7 11 10 7 38.5 38.5 38.5 36.573 325 325 0 54.114 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8818 1.0447 16.31 34 16 Leave out requantified 0.89166 0.77892 0.82307 1.0302 0.97451 0.97756 10.039 22.803 11.217 13 12 9 6 5 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38.5 35.1 28.6 1592700000 921060000 671610000 660040000 366240000 293800000 594690000 353470000 241220000 337930000 201350000 136590000 403 1824;5284;5830;6432;6437;6438;10326;10465;11690;14869;16188 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1854;5340;5888;6492;6497;6498;10431;10574;11818;15023;16355 6249;6250;6251;17785;17786;19511;19512;19513;21501;21532;21533;21534;21535;21536;21537;34937;34938;34939;35385;35386;35387;35388;35389;35390;39484;39485;50096;50097;50098;50099;50100;54550;54551;54552;54553;54554 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7344;23259;29889 P14735 P14735 4 4 4 Insulin-degrading enzyme IDE sp|P14735|IDE_HUMAN Insulin-degrading enzyme OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDE PE=1 SV=4 1 4 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 5.2 5.2 5.2 117.97 1019 1019 0 7.0355 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.098 1.2927 15.462 9 1 Leave out requantified 1.0637 0.84324 1.1334 1.2282 1.1079 1.3606 13.326 0.83517 16.997 4 2 3 1 0 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 5.2 2.6 4.3 226400000 113390000 113010000 97602000 44969000 52633000 62269000 32169000 30100000 66530000 36257000 30274000 408 3880;4299;4668;11167 True;True;True;True 3928;4350;4723;11292 13208;14562;14563;14564;15776;15777;15778;37820;37821 17167;18868;18869;18870;20395;20396;20397;20398;48243 17167;18870;20395;48243 P14866 P14866 14 14 13 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L HNRNPL sp|P14866|HNRPL_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPL PE=1 SV=2 1 14 14 13 13 11 11 13 11 11 12 10 10 33.8 33.8 32.6 64.132 589 589 0 86.691 By 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5562;5563;5564;5565;5566;21647;21648;21649;32454;32455;32456;32457;32458;32459;32460;32461;32462;36861;36862;36863;36864;41059;41060;41061;45626;45627;45628;45629;50742;53030;54944;54945;54946;54947;54948;54949;54950;56933;56934;56935;56936;58658;58659;58660;58661;58662;58663;58664;58665;58666;58667;58668;58669;61046;70901;70902;70903;70904;70905 5562;21649;32456;36862;41061;45626;50742;53030;54947;56934;58659;58663;61046;70901 P14868 P14868 27 27 27 Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic DARS sp|P14868|SYDC_HUMAN Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DARS PE=1 SV=2 1 27 27 27 25 26 26 25 26 26 25 26 26 60.1 60.1 60.1 57.136 501 501 0 193.48 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79552 0.92729 17.341 106 23 Leave out requantified 0.78288 0.6877 0.8852 0.90798 0.86781 1.023 14.539 19.195 15.559 34 35 37 8 8 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 56.7 58.1 58.1 10536000000 5848700000 4687500000 3634100000 1998900000 1635200000 3292600000 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Median 6.8 6.8 13 99642000 50685000 48957000 28893000 15459000 13434000 33928000 15934000 17995000 36821000 19293000 17528000 423 5164;8621 True;True 5219;8704 17373;17374;29296;29297;29298 22409;22410;37555;37556;37557;37558;37559 22410;37556 P16989;Q9Y2T7 P16989 11;3 7;0 7;0 Y-box-binding protein 3 YBX3 sp|P16989|YBOX3_HUMAN Y-box-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YBX3 PE=1 SV=4 2 11 7 7 11 11 9 7 7 5 7 7 5 47.3 38.4 38.4 40.089 372 372;364 0 85.999 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98866 1.1771 8.7143 25 2 Leave out requantified 1.0093 0.87588 1.0462 1.1474 1.1247 1.1907 13.011 16.756 11.499 10 9 6 1 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 47.3 47.3 40.6 898240000 463360000 434880000 416010000 215730000 200280000 283790000 151720000 132080000 198440000 95916000 102520000 424 490;2082;3159;3160;5149;10571;11197;12189;12205;13110;13404 True;True;False;False;True;False;True;True;True;True;False 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Hexokinase-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HK1 PE=1 SV=3 1 11 11 9 7 8 6 7 8 6 5 7 5 14.1 14.1 12 102.48 917 917 0 21.848 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70229 0.87226 18.438 20 9 Leave out requantified 0.85167 0.70211 0.67206 0.97766 0.89975 0.80593 32.967 17.288 11.92 7 7 6 4 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.5 10.4 7.2 355150000 198480000 156670000 101260000 51638000 49625000 155920000 91962000 63954000 97975000 54881000 43094000 446 130;1217;1283;1697;4856;5139;6441;9667;9856;10705;14388 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 131;1236;1304;1724;4911;5194;6501;9761;9952;10817;14541 431;4149;4150;4151;4395;4396;4397;5807;16375;16376;16377;17287;21557;32794;33401;33402;36196;36197;36198;36199;48437;48438 592;5511;5824;5825;5826;7602;21112;21113;21114;21115;21116;22293;27700;41899;42652;46170;46171;46172;46173;61883;61884 592;5511;5826;7602;21116;22293;27700;41899;42652;46170;61884 P19387 P19387 2 2 2 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 POLR2C sp|P19387|RPB3_HUMAN DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2C PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 8.7 8.7 8.7 31.441 275 275 0 4.8199 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78091 0.95492 33.992 4 1 Median NaN 0.61533 NaN NaN 0.78937 NaN NaN 30.927 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 5.1 8.7 5.1 75795000 49508000 26287000 9329900 3972900 5357100 57532000 40144000 17388000 8933400 5390900 3542500 447 7558;8832 True;True 7631;8917 25451;30032;30033;30034 32605;38473;38474;38475;38476 32605;38474 P19388 P19388 4 4 4 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 POLR2E sp|P19388|RPAB1_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2E PE=1 SV=4 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 20.5 20.5 20.5 24.551 210 210 0 127.01 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83906 0.98079 13.156 9 6 Median 0.95808 0.73855 0.81493 1.1342 0.91542 0.97069 15.857 1.6055 7.9535 3 2 4 2 1 3 Median Median Median 16.2 20.5 16.2 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EIF2AK2 sp|P19525|E2AK2_HUMAN Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2AK2 PE=1 SV=2 1 8 8 8 6 7 5 6 7 5 6 7 5 17.2 17.2 17.2 62.094 551 551 0 28.058 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79758 0.94355 17.894 21 10 Leave out requantified 0.81695 0.70821 0.85207 0.97546 0.92392 1.0259 15.89 22.888 21.064 8 7 6 4 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.1 15.4 10.7 295180000 153590000 141590000 115320000 53565000 61757000 90751000 54304000 36447000 89106000 45722000 43384000 450 2043;2347;4407;8427;8436;15160;16292;16333 True;True;True;True;True;True;True;True 2076;2380;4458;8507;8516;15318;16460;16502 6967;8052;8053;8054;8055;8056;14876;14877;28671;28672;28673;28706;28707;28708;28709;51151;54874;54875;54876;54877;54878;55025;55026 9149;10501;10502;10503;10504;10505;10506;19245;19246;36795;36837;36838;36839;36840;36841;65476;70164;70165;70166;70167;70373;70374 9149;10501;19246;36795;36838;65476;70166;70374 P19623 P19623 8 8 8 Spermidine synthase SRM sp|P19623|SPEE_HUMAN Spermidine synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRM PE=1 SV=1 1 8 8 8 8 8 7 8 8 7 8 8 7 40.1 40.1 40.1 33.824 302 302 0 43.194 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77295 0.89761 25.28 27 5 Leave out requantified 0.89721 0.69993 0.78776 1.0143 0.86528 0.88968 31.531 20.556 5.1985 9 9 9 0 2 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 40.1 40.1 32.1 1504900000 828840000 676110000 524470000 278810000 245660000 529530000 297230000 232300000 450940000 252800000 198140000 451 59;6538;9792;10958;13558;15241;16327;16462 True;True;True;True;True;True;True;True 60;6599;9887;11078;13701;15400;16496;16631 215;216;217;21937;21938;21939;21940;33184;33185;33186;37116;37117;37118;45657;45658;51432;51433;51434;55008;55009;55010;55447;55448;55449;55450;55451;55452 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29.178 37.382 101.49 6 5 5 4 1 3 Median Leave out requantified Median 11.8 14.4 14.4 224450000 105900000 118550000 68276000 32361000 35915000 89813000 43970000 45843000 66360000 29569000 36792000 466 6255;10720;10916;12028;14994 True;True;True;True;True 6315;10832;11035;12158;15148 20802;20803;36262;36263;36264;36974;36975;36976;40528;40529;40530;50521;50522;50523;50524;50525 26805;26806;26807;46246;46247;46248;47111;47112;51706;51707;51708;64659;64660;64661;64662;64663 26806;46246;47112;51707;64662 P21291 P21291 3 3 3 Cysteine and glycine-rich protein 1 CSRP1 sp|P21291|CSRP1_HUMAN Cysteine and glycine-rich protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSRP1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 25.4 25.4 25.4 20.567 193 193 0 13.54 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2758 1.5595 18.472 7 3 Leave out requantified 1.2647 0.79733 1.0459 1.5304 1.0461 1.2807 31.438 34.786 9.3809 2 3 2 1 1 1 Median Median Median 17.6 25.4 17.6 130400000 63181000 67216000 47032000 20500000 26531000 55483000 29085000 26398000 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biosynthetic protein adenosine-3;Phosphoribosylamine--glycine ligase;Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase;Phosphoribosylglycinamide formyltransferase GART sp|P22102|PUR2_HUMAN Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GART PE=1 SV=1 1 26 26 26 25 22 22 25 22 22 25 22 22 33.9 33.9 33.9 107.77 1010 1010 0 167.27 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76365 0.91854 28.924 81 24 Leave out requantified 0.78818 0.74198 0.74193 0.89523 0.97076 0.85534 37.071 38.606 32.006 29 27 25 10 6 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 32.8 28.1 27.6 3797100000 2107300000 1689800000 1457300000 751940000 705360000 1363400000 812020000 551410000 976320000 543290000 433030000 474 64;154;401;596;1460;3925;3926;4083;4588;6207;6317;6414;7269;7520;7722;8508;10278;11994;12273;13246;13771;14754;14922;15171;15195;15242 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HNRNPA2B1 sp|P22626|ROA2_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPA2B1 PE=1 SV=2 1 15 15 15 15 14 15 15 14 15 15 14 15 47.9 47.9 47.9 37.429 353 353 0 127.18 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0078 1.1721 16.179 61 3 Leave out requantified 1.0186 0.86986 1.0245 1.1992 1.085 1.1832 25.685 9.5878 17.54 20 21 20 2 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 47.9 47.6 47.9 5925700000 3017100000 2908600000 2051400000 1004800000 1046700000 2044000000 1097100000 946910000 1830300000 915260000 915070000 478 2864;3235;3236;5428;5510;5532;6815;8037;8717;8756;10885;11211;11399;14016;16149 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2903;3276;3277;5484;5567;5590;6879;8114;8800;8839;11000;11337;11525;14165;16315 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P22694 P22694 9 2 2 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta PRKACB sp|P22694|KAPCB_HUMAN cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKACB PE=1 SV=2 1 9 2 2 9 8 7 2 1 2 2 1 2 21.9 8.3 8.3 40.622 351 351 0 59.375 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92176 1.0246 24.232 4 2 Median NaN NaN 0.92176 NaN NaN 1.0246 NaN NaN 0.84307 1 1 2 0 1 1 Median Median Median 21.9 18.5 21.4 80285000 41901000 38384000 25216000 12978000 12239000 13576000 7263100 6312500 41493000 21660000 19833000 479 4870;6056;7253;8214;10824;10825;11534;11535;14032 False;True;True;False;False;False;False;False;False 4925;6115;7322;8292;10938;10939;11662;11663;14181 16419;16420;16421;20161;20162;20163;24439;24440;27886;27887;27888;27889;27890;27891;36645;36646;36647;36648;36649;38969;38970;38971;38972;38973;38974;38975;38976;47272;47273;47274 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cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TARS PE=1 SV=3 2 37 37 37 36 37 34 36 37 34 36 37 34 53.8 53.8 53.8 83.434 723 723;802 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84361 1.0211 22.131 153 33 Leave out requantified 0.88985 0.81528 0.85209 1.0632 1.0283 1.0147 32.14 21.323 18.071 51 52 50 9 11 13 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 50.8 53.8 47.4 21305000000 11327000000 9977300000 8202700000 4324200000 3878500000 8493500000 4571100000 3922400000 4608500000 2432000000 2176500000 512 259;331;356;638;1609;4180;4743;4816;4817;4845;4846;4897;5229;5241;5457;7474;7707;7849;8303;8624;9430;10180;10210;10595;11062;11640;11641;11959;11995;13947;14376;15403;15414;15651;15867;15928;16146 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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lyase, mitochondrial APEX1 sp|P27695|APEX1_HUMAN DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=APEX1 PE=1 SV=2 1 18 18 18 18 16 17 18 16 17 18 16 17 53.1 53.1 53.1 35.554 318 318 0 290.72 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79503 0.95112 22.676 85 13 Leave out requantified 0.79503 0.72476 0.83278 0.90011 0.93383 0.97197 33.026 17.81 13.81 29 28 28 4 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 53.1 52.8 52.8 10737000000 6082200000 4655200000 3866700000 2218200000 1648500000 3378000000 1967000000 1411000000 3492700000 1896900000 1595800000 518 2909;3170;3432;5215;5216;5733;6756;7887;7888;8084;8085;8115;8543;10482;10558;11466;14308;15602 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2948;3211;3474;5270;5271;5791;6819;7964;7965;8161;8162;8193;8625;10591;10669;11592;14459;15763 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sapiens OX=9606 GN=DCK PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 0 3 2 0 3 2 0 13.8 13.8 13.8 30.518 260 260 0 19.361 By MS/MS By MS/MS 1.006 1.1619 33.744 4 4 Median 1.0899 0.69946 NaN 1.179 0.86568 NaN 9.2043 48.757 NaN 2 2 0 2 2 0 Median Median Median 13.8 10.8 0 34214000 22201000 12013000 19584000 13004000 6580300 14629000 9196800 5432400 0 0 0 519 11617;12339;13316 True;True;True 11745;12473;13459 39230;39231;41596;41597;41598;44852 50039;50040;52991;52992;52993;57147 50040;52992;57147 P27708 P27708 19 18 18 CAD protein;Glutamine-dependent carbamoyl-phosphate synthase;Aspartate carbamoyltransferase;Dihydroorotase CAD sp|P27708|PYR1_HUMAN CAD protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAD PE=1 SV=3 1 19 18 18 16 13 11 15 12 10 15 12 10 11.9 11.6 11.6 242.98 2225 2225 0 88.339 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90279 1.0556 27.275 36 9 Leave out requantified 0.98714 0.8941 0.91163 1.1121 1.1119 1.047 20.438 30.944 29.1 13 12 11 3 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.1 7.7 6.3 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transcription activator SNF2L1 SMARCA1 sp|P28370|SMCA1_HUMAN Probable global transcription activator SNF2L1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCA1 PE=1 SV=2 1 3 1 1 2 2 3 1 0 1 1 0 1 3.1 1.4 1.4 122.6 1054 1054 0.0065657 2.0266 By MS/MS By matching By MS/MS 0.85664 0.93837 7.4705 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 2.3 1.7 3.1 7538100 5415600 2122500 3884500 2907900 976630 0 0 0 3653500 2507700 1145900 525 1691;4072;16274 False;True;False 1718;4121;16442 5791;5792;5793;13806;13807;13808;54828;54829 7584;7585;7586;7587;17921;17922;17923;70116;70117 7584;17921;70116 P28482;P27361 P28482 4;1 4;1 4;1 Mitogen-activated protein kinase 1 MAPK1 sp|P28482|MK01_HUMAN Mitogen-activated protein kinase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAPK1 PE=1 SV=3 2 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 13.1 13.1 13.1 41.389 360 360;379 0 21.875 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.30827 0.35454 118.07 7 7 Median 0.24231 NaN 0.4017 0.29469 NaN 0.49926 43.058 NaN 177.25 3 1 3 3 1 3 Median Median 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4077;4115;12841;23000;49486;52994 P29144 P29144 13 13 13 Tripeptidyl-peptidase 2 TPP2 sp|P29144|TPP2_HUMAN Tripeptidyl-peptidase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPP2 PE=1 SV=4 1 13 13 13 10 12 8 10 12 8 10 12 8 12.8 12.8 12.8 138.35 1249 1249 0 44.077 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82894 1.0015 36.01 32 10 Leave out requantified 0.84405 0.84925 0.96162 0.97099 1.0835 1.1655 31.644 28.123 36.448 11 12 9 4 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 9.2 11.8 8.6 601580000 330860000 270720000 237010000 129640000 107370000 212970000 124280000 88682000 151610000 76941000 74671000 530 187;991;2343;2552;3376;4475;5054;6371;6741;8529;13345;15952;16049 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 188;1007;2376;2587;3417;4526;5109;6431;6804;8611;13488;16116;16215 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30195;36848;54449 P30048 P30048 4 4 4 Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial PRDX3 sp|P30048|PRDX3_HUMAN Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX3 PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 24.2 24.2 24.2 27.692 256 256 0 19.721 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.19701 0.23946 49.082 5 4 Median NaN NaN 0.51804 NaN NaN 0.64415 NaN NaN 60.759 1 1 3 1 1 2 Median Median Plateau 15.2 19.5 19.9 110730000 97964000 12769000 26317000 23292000 3025400 38843000 36716000 2127100 45573000 37956000 7616900 540 451;2421;5748;6493 True;True;True;True 455;2454;5806;6554 1500;1501;1502;8298;8299;8300;19272;21776 1965;1966;1967;10806;10807;10808;24900;27936 1966;10808;24900;27936 P30050 P30050 9 9 9 60S ribosomal protein L12 RPL12 sp|P30050|RL12_HUMAN 60S ribosomal protein L12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL12 PE=1 SV=1 1 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 67.9 67.9 67.9 17.818 165 165 0 119.54 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79016 0.95099 7.8224 48 0 Leave out 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synthetase isozyme 2 ADSS sp|P30520|PURA2_HUMAN Adenylosuccinate synthetase isozyme 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ADSS PE=1 SV=3 1 8 8 7 7 7 8 7 7 8 6 6 7 22.4 22.4 20.8 50.097 456 456 0 21.239 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76726 0.86517 65.18 23 9 Leave out requantified 0.7269 0.65461 0.83268 0.77469 0.81853 0.97142 17.871 74.858 77.581 8 8 7 3 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.5 20 22.4 389840000 218790000 171050000 133160000 79298000 53866000 144020000 82178000 61841000 112660000 57313000 55343000 549 3801;4093;4658;8494;10086;14079;14960;15703 True;True;True;True;True;True;True;True 3847;4142;4713;8576;10182;14229;15114;15864 12951;12952;12953;13875;13876;13877;15743;15744;28896;28897;28898;28899;28900;34145;34146;34147;47442;47443;50406;50407;50408;52968;52969;52970 16828;16829;16830;18003;18004;20354;37078;37079;37080;37081;37082;43610;60591;64487;64488;67821;67822;67823;67824 16829;18004;20354;37079;43610;60591;64488;67823 P30533 P30533 5 5 5 Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein LRPAP1 sp|P30533|AMRP_HUMAN Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRPAP1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 4 4 5 4 4 5 4 16.2 16.2 16.2 41.465 357 357 0 30.266 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79606 0.9965 33.434 9 1 Leave out requantified 0.54078 0.78331 0.80065 0.63666 1.0161 0.94733 34.551 24.699 76.828 3 4 2 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Median 14 16.2 13.2 302470000 171370000 131090000 120270000 72458000 47810000 144730000 73555000 71178000 37464000 25360000 12104000 550 4941;8317;10833;12009;12728 True;True;True;True;True 4996;8396;10947;12139;12866 16655;16656;28259;28260;28261;36684;36685;36686;36687;40469;40470;40471;42895;42896 21488;21489;36222;36223;36224;46746;46747;46748;46749;51635;51636;51637;51638;51639;54677 21488;36222;46746;51638;54677 P30626 P30626 3 3 3 Sorcin SRI sp|P30626|SORCN_HUMAN Sorcin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRI PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 17.2 17.2 17.2 21.676 198 198 0 19.745 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2938 1.6345 12.675 12 10 Median 1.4381 1.1649 1.3339 1.7242 1.5649 1.6085 13.594 11.791 15.94 4 5 3 3 4 3 Median Median Median 17.2 17.2 11.6 425960000 190420000 235540000 139490000 57607000 81883000 176790000 85239000 91555000 109680000 47579000 62100000 551 2479;9725;12636 True;True;True 2514;9819;12773 8522;8523;8524;8525;32977;32978;42598;42599;42600;42601;42602;42603 11108;11109;11110;11111;42144;42145;54302;54303;54304;54305;54306;54307 11109;42145;54306 P30740 P30740 7 7 7 Leukocyte elastase inhibitor SERPINB1 sp|P30740|ILEU_HUMAN Leukocyte elastase inhibitor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SERPINB1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 23 23 23 42.741 379 379 0 39.683 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91576 1.087 16.63 25 4 Leave out requantified 0.93375 0.81377 0.9211 1.0697 1.0606 1.1178 14.946 14.177 23.508 8 8 9 1 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23 23 23 1135600000 594800000 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Q96E39;P38159 1;1 1;1 1;1 RNA binding motif protein, X-linked-like-1;RNA-binding motif protein, X chromosome;RNA-binding motif protein, X chromosome, N-terminally processed RBMXL1;RBMX sp|Q96E39|RMXL1_HUMAN RNA binding motif protein, X-linked-like-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBMXL1 PE=1 SV=1;sp|P38159|RBMX_HUMAN RNA-binding motif protein, X chromosome OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBMX PE=1 SV=3 2 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 3.3 3.3 3.3 42.141 390 390;391 0 6.0294 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 3.3 0 31930000 12661000 19269000 0 0 0 31930000 12661000 19269000 0 0 0 615 8712 True 8795 29562 37863 37863 P38606 P38606 13 13 13 V-type proton ATPase catalytic subunit A ATP6V1A sp|P38606|VATA_HUMAN V-type proton ATPase catalytic subunit A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP6V1A PE=1 SV=2 1 13 13 13 12 12 11 12 12 11 12 12 11 27.9 27.9 27.9 68.303 617 617 0 72.061 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77856 0.91209 24.044 40 13 Leave out 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3972;4535;4783;5444;7209;8080;10294;10836;10946;12334;13471;13657 13347;13348;13349;15138;15139;15951;15952;15953;18081;18082;24068;24069;24070;27100;27101;27102;34505;34506;36285;36679;36680;36681;36682;36683;41183;41184;41185;44886;44887;44888;45506;45507 17344;17345;17346;19566;20607;20608;20609;23310;23311;30903;30904;34772;34773;34774;44041;44042;44043;44044;46271;46740;46741;46742;46743;46744;46745;52504;57190;57191;57192;58026;58027 17345;19566;20608;23311;30904;34772;44044;46271;46743;52504;57192;58027 P40925 P40925 8 8 8 Malate dehydrogenase, cytoplasmic MDH1 sp|P40925|MDHC_HUMAN Malate dehydrogenase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH1 PE=1 SV=4 1 8 8 8 8 8 7 8 8 7 8 8 7 31.1 31.1 31.1 36.426 334 334 0 45.085 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2124 1.4413 37.208 22 3 Leave out requantified 1.2378 1.1176 1.0939 1.4056 1.4051 1.2908 14.313 83.919 23.398 8 7 7 1 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 31.1 31.1 25.1 901850000 411050000 490800000 343370000 156150000 187220000 295440000 132030000 163420000 263040000 122870000 140170000 633 2785;4063;4271;5035;5340;11150;12297;15116 True;True;True;True;True;True;True;True 2823;4112;4322;5090;5396;11273;12431;15274 9533;9534;9535;13773;13774;13775;14467;14468;14469;16948;16949;16950;17949;17950;17951;37751;37752;41484;41485;41486;50994;50995;50996 12380;12381;12382;12383;17881;17882;17883;18755;18756;18757;21877;21878;21879;21880;21881;23160;23161;23162;23163;23164;48155;48156;48157;52854;52855;52856;52857;65288;65289;65290;65291;65292;65293 12383;17881;18755;21880;23160;48155;52856;65289 P40926 P40926 10 10 10 Malate dehydrogenase, mitochondrial MDH2 sp|P40926|MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH2 PE=1 SV=3 1 10 10 10 10 9 8 10 9 8 10 9 8 37.3 37.3 37.3 35.503 338 338 0 28.349 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87037 1.0359 8.4984 26 9 Leave out requantified 0.91102 0.82546 0.83682 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Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3;Putative eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3-like protein EIF2S3;EIF2S3L sp|P41091|IF2G_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2S3 PE=1 SV=3;sp|Q2VIR3|IF2GL_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2S3B PE=2 SV=2 2 21 21 21 17 20 18 17 20 18 17 20 18 56.8 56.8 56.8 51.109 472 472;472 0 146.42 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76823 0.92563 70.444 79 12 Leave out requantified 0.75797 0.69337 0.80549 0.87818 0.90513 0.9542 73.427 20.508 14.261 24 29 26 1 8 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 46 56.8 49.4 9471500000 5431100000 4040400000 3032800000 1701500000 1331300000 3273900000 1950300000 1323600000 3164800000 1779200000 1385500000 638 509;2017;4036;5561;6251;6451;6805;7653;7663;8470;8964;9355;9808;10607;11290;11343;12332;12524;12525;14981;16301 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translation initiation factor 2D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2D PE=1 SV=3 1 10 10 10 8 7 8 8 7 8 8 7 8 30.1 30.1 30.1 64.706 584 584 0 62.989 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.67674 0.83082 11.139 28 11 Leave out requantified 0.897 0.56447 0.67623 0.97538 0.72845 0.84086 23.509 9.0233 6.5549 10 8 10 5 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 24.8 19 23.1 421590000 255410000 166170000 152480000 96022000 56461000 103840000 62907000 40938000 165260000 96482000 68776000 639 282;1086;1712;6512;8086;8517;9602;9880;12938;13255 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 283;1103;1740;6573;8163;8599;9696;9976;13076;13397 901;902;903;3690;3691;3692;5868;5869;21845;27418;27419;27420;27421;27422;27423;28974;28975;32594;32595;32596;33461;43620;43621;43622;44658;44659;44660;44661;44662 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inhibitor 2A CDKN2A sp|P42771|CDN2A_HUMAN Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDKN2A PE=1 SV=2 2 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 3 26.3 26.3 26.3 16.532 156 156;138 0 16.333 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83732 0.97036 31.577 9 2 Leave out requantified 0.95106 0.74028 0.89547 1.0598 0.91036 1.0154 3.4365 40.458 22.945 2 3 4 0 0 2 Median Leave out requantified Median 15.4 26.3 26.3 231200000 125430000 105760000 71712000 37463000 34248000 77790000 44997000 32793000 81695000 42971000 38723000 657 845;3348;9513 True;True;True 856;3389;9606 2887;2888;11421;11422;11423;11424;32298;32299;32300 3771;14836;14837;14838;14839;14840;14841;41268;41269;41270 3771;14841;41270 P43034 P43034 8 8 8 Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha PAFAH1B1 sp|P43034|LIS1_HUMAN Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAFAH1B1 PE=1 SV=2 1 8 8 8 8 7 2 8 7 2 8 7 2 25.9 25.9 25.9 46.637 410 410 0 42.859 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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P46734 6 6 3 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 MAP2K3 sp|P46734|MP2K3_HUMAN Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP2K3 PE=1 SV=2 1 6 6 3 5 3 4 5 3 4 2 3 2 19 19 9.8 39.318 347 347 0 19.475 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61552 0.76149 15.065 15 8 Leave out requantified 0.64899 0.56192 0.6077 0.77263 0.72104 0.6888 15.89 36.488 33.038 6 4 5 2 3 3 Leave out requantified Median Median 15.9 9.8 11.8 293060000 182850000 110210000 123480000 74275000 49205000 46172000 29776000 16396000 123410000 78804000 44606000 672 2793;5228;7348;8185;10085;12012 True;True;True;True;True;True 2831;5283;7421;8263;10181;12142 9566;9567;17601;17602;24767;24768;27768;27769;34144;40475;40476;40477;40478;40479;40480 12417;12418;22724;22725;31752;31753;35612;43609;51643;51644;51645;51646;51647;51648;51649;51650 12418;22725;31753;35612;43609;51649 P46776 P46776 7 7 7 60S ribosomal protein L27a RPL27A sp|P46776|RL27A_HUMAN 60S ribosomal protein 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Casein kinase I isoform delta;Casein kinase I isoform epsilon CSNK1D;CSNK1E sp|P48730|KC1D_HUMAN Casein kinase I isoform delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK1D PE=1 SV=2;sp|P49674|KC1E_HUMAN Casein kinase I isoform epsilon OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK1E PE=1 SV=1 2 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 9.4 9.4 9.4 47.33 415 415;416 0 6.0576 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.50852 0.55073 61.424 5 5 Median 0.7588 0.25347 NaN 0.82643 0.3194 NaN 57.397 0.41902 NaN 2 2 1 2 2 1 Median Median Median 6.3 6 2.9 44248000 30176000 14072000 21190000 13574000 7616300 15947000 11645000 4301800 7110000 4956600 2153500 699 2790;5206;14448 True;True;True 2828;5261;14601 9554;17516;48640;48641;48642 12405;22628;62155;62156;62157 12405;22628;62155 P48735 P48735 9 8 8 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial IDH2 sp|P48735|IDHP_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH2 PE=1 SV=2 1 9 8 8 7 9 7 6 8 7 6 8 7 23.9 21.9 21.9 50.909 452 452 0 25.663 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PITPNB PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 9.2 9.2 9.2 31.54 271 271 0.0021413 2.5683 By MS/MS By MS/MS 1.0495 1.2921 8.5186 3 2 Median NaN NaN 1.1498 NaN NaN 1.3654 NaN NaN 7.8053 1 0 2 1 0 1 Median Median Median 4.8 0 9.2 33477000 10436000 23041000 11838000 2361400 9476300 0 0 0 21640000 8074900 13565000 701 10604;14412 True;True 10716;14565 35845;35846;48526 45751;45752;45753;61995 45753;61995 REV__O15399;P48995 REV__O15399;P48995 1;1 1;1 1;1 Short transient receptor potential channel 1 TRPC1 sp|O15399|NMDE4_HUMAN Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GRIN2D PE=1 SV=2;sp|P48995|TRPC1_HUMAN Short transient receptor potential channel 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRPC1 PE=1 SV=1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.9 0.9 0.9 143.75 1336 1336;793 0.0079761 1.9368 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72141 0.87968 17.339 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 0.9 0.9 0.9 222630000 132770000 89854000 76610000 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thioesterase 1;Acyl-coenzyme A thioesterase 2, mitochondrial ACOT1;ACOT2 sp|Q86TX2|ACOT1_HUMAN Acyl-coenzyme A thioesterase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACOT1 PE=1 SV=1;sp|P49753|ACOT2_HUMAN Acyl-coenzyme A thioesterase 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACOT2 PE=1 SV=6 2 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2.6 2.6 2.6 46.277 421 421;483 0.0016349 2.8075 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 2.6 0 19175000 7553100 11622000 0 0 0 19175000 7553100 11622000 0 0 0 723 5716 True 5774 19179 24779 24779 P49756 P49756 5 5 5 RNA-binding protein 25 RBM25 sp|P49756|RBM25_HUMAN RNA-binding protein 25 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM25 PE=1 SV=3 1 5 5 5 3 2 5 3 2 5 3 2 5 8.3 8.3 8.3 100.18 843 843 0 14.821 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81157 0.9152 6.9773 11 4 Leave out requantified 0.88413 0.7125 0.79516 0.95411 0.87942 0.92054 13.418 18.169 19.132 3 3 5 0 2 2 Leave out requantified Median Leave out requantified 5.5 3.3 8.3 329660000 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[asymmetrical] NUDT2 sp|P50583|AP4A_HUMAN Bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical] OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUDT2 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 19.7 19.7 19.7 16.829 147 147 0 6.7468 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96941 1.0738 12.397 5 2 Median 0.83687 NaN 0.99589 0.95086 NaN 1.1332 17.194 NaN 0.5559 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 19.7 10.2 10.2 132420000 74925000 57497000 48570000 26709000 21861000 44564000 26511000 18053000 39289000 21704000 17584000 740 5590;15906 True;True 5648;16070 18723;18724;18725;18726;18727;53609 24174;24175;24176;24177;24178;24179;24180;24181;68600 24181;68600 P50748 P50748 1 1 1 Kinetochore-associated protein 1 KNTC1 sp|P50748|KNTC1_HUMAN Kinetochore-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KNTC1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0.5 0.5 0.5 250.75 2209 2209 0 3.5236 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 0.5 0 0 5202500 3175000 2027500 5202500 3175000 2027500 0 0 0 0 0 0 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16100;16101;16102;16103;16104;16105;16106;22075;22076;22077;24466;24467;24468;24469;24470;24471;24472;24473;24474;29460;39861;39862;39863;39864;39865;39866;39867;39868;39869;39870;39871;39872;42036;42037;46365;46366;46367;47140;47141;47142;47143;47144;47185;47186;47187;47188;47189;48284;48285;48286;48287;48288;48289;48290;52143;59548;59549;59550;59551;59552;59553 16102;22075;24467;29460;39872;42036;46367;47140;47185;48288;52143;59548 P52298;A6PVI3 P52298;A6PVI3 2;1 2;1 2;1 Nuclear cap-binding protein subunit 2;Nuclear cap-binding protein subunit 2-like NCBP2;NCBP2L sp|P52298|NCBP2_HUMAN Nuclear cap-binding protein subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NCBP2 PE=1 SV=1;sp|A6PVI3|NCB2L_HUMAN Nuclear cap-binding protein subunit 2-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NCBP2L PE=3 SV=1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 12.2 12.2 12.2 18.001 156 156;153 0 4.425 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9184 1.1 1.5647 4 0 Leave out requantified NaN NaN 1.0082 NaN NaN 1.1458 NaN NaN 4.2074 1 1 2 0 0 0 Median Median Median 7.1 7.1 12.2 144560000 75962000 68601000 48374000 24685000 23689000 36374000 20429000 15945000 59814000 30848000 28966000 766 203;12408 True;True 204;12542 685;41818;41819;41820 915;53240;53241;53242;53243;53244 915;53243 P52306 P52306 3 3 3 Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 RAP1GDS1 sp|P52306|GDS1_HUMAN Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAP1GDS1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 6.9 6.9 6.9 66.316 607 607 0 6.277 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.7084 1.9718 32.416 6 5 Median 1.7383 NaN 1.5476 2.0849 NaN 1.7978 45.17 NaN 5.1774 3 1 2 3 1 1 Median Median Median 6.9 4.8 4.1 85741000 33011000 52730000 41581000 17219000 24362000 18090000 5790800 12299000 26070000 10001000 16069000 767 12313;13382;14771 True;True;True 12447;13525;14924 41518;41519;45053;45054;45055;49700;49701 52890;52891;57397;57398;57399;63602;63603 52890;57398;63602 P52564 P52564 5 2 2 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 MAP2K6 sp|P52564|MP2K6_HUMAN Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP2K6 PE=1 SV=1 1 5 2 2 5 1 4 2 1 2 2 1 2 17.7 8.1 8.1 37.492 334 334 0 6.7426 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.56053 0.66773 14.074 5 3 Median 0.56779 NaN 0.58303 0.66273 NaN 0.70894 25.642 NaN 8.4677 2 1 2 1 1 1 Median Median Median 17.7 4.8 12.9 74216000 48969000 25247000 26724000 17219000 9504600 19119000 13355000 5763900 28374000 18395000 9978500 768 2792;5228;6012;7348;10085 True;False;True;False;False 2830;5283;6071;7421;10181 9561;9562;9563;9564;9565;17601;17602;20038;20039;24767;24768;34144 12412;12413;12414;12415;12416;22724;22725;25817;25818;31752;31753;43609 12415;22725;25817;31753;43609 P52565 P52565 5 5 5 Rho GDP-dissociation inhibitor 1 ARHGDIA sp|P52565|GDIR1_HUMAN Rho GDP-dissociation inhibitor 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARHGDIA PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 26 26 26 23.207 204 204 0 105.18 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93891 1.1099 7.2644 24 1 Leave out requantified 0.9481 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Aldo-keto reductase family 1 member C2 AKR1C2 sp|P52895|AK1C2_HUMAN Aldo-keto reductase family 1 member C2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR1C2 PE=1 SV=3 1 13 8 4 13 13 12 8 8 7 4 4 4 46.1 38.4 17.3 36.735 323 323 0 104.34 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60749 0.74981 28.576 50 18 Leave out requantified 0.67433 0.55331 0.58092 0.78786 0.69097 0.67183 47.324 27.157 16.619 19 18 13 6 7 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 46.1 46.1 41.2 6365300000 4147000000 2218300000 2697500000 1707700000 989830000 2141600000 1484700000 656870000 1526200000 954640000 571580000 775 603;3111;3231;6269;7196;9160;9393;9980;11777;12068;12220;12703;14177 True;False;True;False;True;True;True;True;True;False;False;True;False 610;3151;3272;6329;7263;9247;9485;9486;10076;11905;12198;12354;12840;14328 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49154;49155;49156;49157;49158;49159;60622;60623;60624 49154;60622 P54819 P54819 3 3 3 Adenylate kinase 2, mitochondrial;Adenylate kinase 2, mitochondrial, N-terminally processed AK2 sp|P54819|KAD2_HUMAN Adenylate kinase 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AK2 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 3 3 1 3 3 1 3 3 13.8 13.8 13.8 26.477 239 239 0 6.1098 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87004 1.0853 7.7253 6 2 Leave out requantified NaN 0.667 0.89753 NaN 0.88702 1.0655 NaN 36.262 12.548 1 2 3 0 1 1 Median Median Median 4.6 13.8 13.8 138860000 74149000 64714000 22123000 10870000 11253000 46917000 28495000 18421000 69823000 34783000 35040000 796 1008;1435;11239 True;True;True 1025;1456;11365 3435;3436;4887;4888;4889;38057;38058 4520;4521;4522;6427;48529;48530 4522;6427;48529 P54886 P54886 4 4 4 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase;Glutamate 5-kinase;Gamma-glutamyl phosphate reductase ALDH18A1 sp|P54886|P5CS_HUMAN Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALDH18A1 PE=1 SV=2 1 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sapiens OX=9606 GN=NAP1L1 PE=1 SV=1 1 8 8 6 7 8 7 7 8 7 6 6 6 25.8 25.8 23 45.374 391 391 0 84.918 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9224 1.1265 71.383 30 10 Leave out requantified 1.1072 1.0317 0.89262 1.2619 1.2901 1.0456 29.501 29.545 69.285 10 10 10 3 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25.6 25.8 25.6 2314100000 1216400000 1097700000 782350000 404790000 377560000 877990000 456730000 421260000 653760000 354840000 298930000 805 4538;5104;5105;5643;8486;11129;16006;16007 True;True;True;True;True;True;True;True 4592;5159;5160;5701;8568;11252;16171;16172 15325;15326;15327;17181;17182;17183;17184;17185;17186;17187;18938;18939;18940;28868;28869;28870;28871;28872;28873;37662;37663;37664;37665;37666;37667;37668;37669;37670;37671;37672;37673;37674;53941;53942;53943;53944;53945;53946 19832;19833;19834;22180;22181;22182;22183;22184;24475;24476;24477;24478;24479;24480;37041;37042;37043;37044;37045;37046;37047;37048;37049;37050;37051;48038;48039;48040;48041;48042;48043;48044;48045;48046;48047;48048;48049;48050;69011;69012;69013;69014;69015;69016;69017;69018;69019;69020 19833;22183;22184;24475;37047;48043;69013;69020 P55263 P55263 9 9 9 Adenosine kinase ADK sp|P55263|ADK_HUMAN Adenosine kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ADK PE=1 SV=2 1 9 9 9 7 8 8 7 8 8 7 8 8 27.6 27.6 27.6 40.545 362 362 0 45.868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7861 0.91183 12.148 24 6 Leave out requantified 0.81163 0.68413 0.8645 0.94468 0.87886 1.0482 16.992 16.539 17.938 7 9 8 2 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.5 27.6 21.5 648240000 367650000 280590000 206980000 119300000 87680000 249970000 146760000 103210000 191280000 101590000 89697000 806 39;517;1927;3702;3703;3986;7640;7732;13801 True;True;True;True;True;True;True;True;True 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23309;46083;54389 P55735 P55735 5 5 5 Protein SEC13 homolog SEC13 sp|P55735|SEC13_HUMAN Protein SEC13 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SEC13 PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 25.8 25.8 25.8 35.54 322 322 0 67.977 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95283 1.14 23.834 17 9 Leave out requantified 1.0157 0.94769 0.96394 1.1864 1.1901 1.112 34.082 20.755 40.333 7 6 4 5 2 2 Median Leave out requantified Median 25.8 25.8 22.4 386460000 205320000 181140000 164510000 82518000 81989000 158950000 90361000 68594000 62995000 32437000 30558000 808 2745;4129;4457;5984;14899 True;True;True;True;True 2783;4179;4508;6043;15053 9405;9406;9407;9408;9409;9410;13989;13990;13991;13992;15050;15051;19962;19963;19964;50186;50187;50188 12228;12229;12230;12231;12232;12233;12234;12235;18146;18147;18148;18149;18150;19450;19451;25731;25732;25733;25734;25735;25736;64226;64227;64228 12229;18146;19450;25735;64226 P55769 P55769 2 2 2 NHP2-like protein 1;NHP2-like protein 1, N-terminally processed NHP2L1 sp|P55769|NH2L1_HUMAN NHP2-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNU13 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 18.8 18.8 18.8 14.173 128 128 0 13.874 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68711 0.86017 31.137 7 2 Leave out requantified 0.69856 0.70172 0.69939 0.8169 0.91507 0.80981 38.436 25.288 5.6375 2 2 3 0 0 2 Median Median Median 18.8 18.8 18.8 249020000 145640000 103390000 75487000 43771000 31717000 77886000 46110000 31776000 95651000 55756000 39895000 809 9135;11829 True;True 9222;11957 31017;31018;31019;39916;39917;39918;39919;39920 39683;39684;39685;50912;50913;50914;50915;50916;50917;50918 39684;50913 P55786 P55786 1 1 1 Puromycin-sensitive aminopeptidase NPEPPS sp|P55786|PSA_HUMAN Puromycin-sensitive aminopeptidase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NPEPPS PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.4 1.4 1.4 103.28 919 919 0.0098135 1.84 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 810 15220 True 15379 51357 65751 65751 P55795 P55795 7 2 2 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 HNRNPH2 sp|P55795|HNRH2_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPH2 PE=1 SV=1 1 7 2 2 7 7 6 2 2 2 2 2 2 23.2 8.9 8.9 49.263 449 449 0 9.4498 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88187 1.0411 18.006 6 3 Median 0.93916 0.76484 0.80331 1.0893 1.016 0.97567 7.5214 36.529 10.296 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 23.2 23.2 20.3 146460000 83847000 62609000 44242000 23330000 20912000 51867000 28780000 23087000 50347000 31737000 18611000 811 2391;3409;5790;6593;13317;15014;15628 False;True;False;False;False;False;True 2424;3451;5848;6656;13460;15168;15789 8195;8196;11623;11624;11625;19390;19391;19392;22204;22205;22206;22207;22208;22209;44853;44854;44855;44856;44857;44858;50599;50600;50601;50602;50603;50604;52724;52725;52726 10676;15127;15128;15129;15130;15131;25059;25060;28484;28485;28486;28487;28488;28489;28490;28491;28492;28493;28494;57148;57149;57150;57151;57152;57153;57154;57155;57156;57157;57158;64755;64756;64757;64758;64759;64760;64761;64762;64763;67499;67500;67501 10676;15131;25059;28490;57151;64756;67500 P55809 P55809 8 8 8 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial OXCT1 sp|P55809|SCOT1_HUMAN Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OXCT1 PE=1 SV=1 1 8 8 8 7 8 6 7 8 6 7 8 6 22.5 22.5 22.5 56.157 520 520 0 97.639 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82331 0.97592 7.3098 27 11 Leave out requantified 0.87664 0.85519 0.84132 1.0167 1.0941 1.0063 11.313 9.6725 5.0427 10 10 7 4 6 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.3 22.5 13.3 1308700000 644080000 664570000 544050000 263560000 280480000 452960000 229920000 223040000 311650000 150600000 161050000 812 506;2068;5131;5816;5845;10444;10632;11507 True;True;True;True;True;True;True;True 510;2101;5186;5874;5903;10553;10744;11634 1688;7072;7073;7074;7075;7076;7077;17269;17270;17271;19467;19468;19469;19555;19556;19557;35323;35324;35325;35941;35942;35943;38868;38869;38870;38871;38872;38873;38874;38875 2218;9288;9289;9290;22276;22277;25149;25150;25246;25247;25248;45058;45059;45060;45061;45062;45063;45870;45871;45872;49569;49570;49571;49572;49573;49574;49575;49576;49577 2218;9289;22277;25150;25246;45063;45871;49573 P55884 P55884 21 21 21 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B EIF3B sp|P55884|EIF3B_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3B PE=1 SV=3 1 21 21 21 21 20 20 21 20 20 21 20 20 35.1 35.1 35.1 92.48 814 814 0 174.53 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86566 1.0524 19.709 75 14 Leave out requantified 0.90751 0.87385 0.89284 1.0368 1.085 1.0244 23.049 22.946 19.049 28 24 23 8 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 35.1 33.2 33.8 4605200000 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MS/MS By MS/MS 0.96396 1.1472 9.8301 4 2 Median 1.0638 NaN 0.86447 1.251 NaN 1.073 6.4254 NaN 3.637 2 0 2 1 0 1 Median Median Median 5.9 0 5.9 46283000 26005000 20278000 22589000 13373000 9215700 0 0 0 23694000 12632000 11062000 819 3959;5981 True;True 4008;6040 13442;13443;19956;19957 17455;17456;25726;25727 17456;25727 P57081 P57081 2 2 2 tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4 WDR4 sp|P57081|WDR4_HUMAN tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR4 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 7.5 7.5 7.5 45.489 412 412 0 10.2 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95911 1.1035 14.299 7 1 Leave out requantified 1.1659 0.97179 NaN 1.2209 1.1674 NaN 28.731 25.809 NaN 3 3 1 1 0 0 Median Median Median 7.5 7.5 5.1 74383000 36697000 37687000 31253000 15591000 15662000 31740000 15405000 16334000 11391000 5700400 5690300 820 7543;10363 True;True 7616;10469 25394;25395;25396;25397;25398;35054;35055 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4116;20242;25277;36257;43197;48348;64772 P59998 P59998 3 3 3 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 ARPC4 sp|P59998|ARPC4_HUMAN Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARPC4 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 16.7 16.7 16.7 19.667 168 168 0 5.3969 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88846 1.0785 17.688 7 0 Leave out requantified 1.1031 0.85058 0.88846 1.2614 1.0717 1.0785 4.738 0.54822 17.688 2 2 3 0 0 0 Median Median Leave out requantified 11.3 11.3 16.7 342760000 180800000 161960000 103300000 52440000 50859000 110280000 58143000 52135000 129180000 70214000 58970000 824 3760;6517;7609 True;True;True 3806;6578;7683 12828;12829;12830;21854;25642;25643;25644 16658;16659;16660;28019;32884;32885;32886;32887;32888;32889 16658;28019;32884 P60174 P60174 13 13 13 Triosephosphate isomerase TPI1 sp|P60174|TPIS_HUMAN Triosephosphate isomerase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPI1 PE=1 SV=3 1 13 13 13 13 12 12 13 12 12 13 12 12 63.3 63.3 63.3 30.791 286 286 0 167.82 By 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protein Rab-10 RAB10 sp|P61026|RAB10_HUMAN Ras-related protein Rab-10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAB10 PE=1 SV=1 1 4 3 3 3 3 4 2 2 3 2 2 3 20.5 15 15 22.541 200 200 0 8.432 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82336 0.92462 3.6657 10 4 Leave out requantified 0.82083 0.82589 0.89119 0.87058 1.0165 1.0001 7.819 26.891 45.864 3 3 4 0 1 3 Median Median Median 17 17 20.5 170330000 90898000 79436000 50060000 27035000 23025000 48570000 25006000 23564000 71704000 38857000 32847000 839 442;9229;10671;14413 True;False;True;True 445;9316;10783;14566 1465;1466;1467;31319;31320;31321;31322;31323;31324;36065;36066;36067;36068;36069;36070;36071;48527 1916;1917;1918;1919;1920;1921;40028;40029;40030;40031;40032;40033;46008;46009;46010;46011;46012;46013;46014;61996 1921;40028;46008;61996 P62837;P61077;Q9Y2X8;P51668 P62837;P61077;Q9Y2X8;P51668 2;2;1;1 2;2;1;1 2;2;1;1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D4;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 UBE2D2;UBE2D3;UBE2D4;UBE2D1 sp|P62837|UB2D2_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2D2 PE=1 SV=1;sp|P61077|UB2D3_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2D3 PE=1 SV=1;sp|Q9Y2X8|UB2D4_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 19.7 19.7 19.7 16.735 147 147;147;147;147 0 4.2286 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76855 0.88402 8.0165 4 0 Leave out requantified 0.76855 NaN NaN 0.88402 NaN NaN 8.0165 NaN NaN 2 1 1 0 0 0 Median Median Median 19.7 7.5 7.5 175650000 104970000 70674000 65004000 36314000 28689000 62526000 41494000 21031000 48116000 27163000 20953000 840 7708;13186 True;True 7782;13328 25966;44446;44447;44448 33311;56645;56646;56647;56648;56649;56650 33311;56649 P61081 P61081 5 5 5 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 UBE2M sp|P61081|UBC12_HUMAN NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2M PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 3 5 3 3 5 3 3 5 29.5 29.5 29.5 20.9 183 183 0 32.134 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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75;215;1579;2194;2458;2522;2523;6496;10502;13301;13344;14987;16036;16238 267;713;714;715;5317;5318;5319;7412;8307;8308;8309;8548;8549;8550;8551;8552;8553;8554;8555;21527;21528;21529;21530;21531;35151;44368;44369;44370;44494;44495;44496;49918;49919;49920;53505;53506;53507;54145;54146;54147 391;949;950;951;952;7007;7008;9706;10815;10816;10817;11139;11140;11141;11142;11143;11144;11145;11146;11147;11148;27668;27669;27670;27671;27672;44837;44838;56542;56543;56544;56703;56704;56705;63889;63890;63891;63892;63893;63894;68470;68471;68472;69268;69269 391;952;7008;9706;10815;11144;11146;27669;44838;56544;56705;63889;68471;69269 P61923 P61923 2 2 2 Coatomer subunit zeta-1 COPZ1 sp|P61923|COPZ1_HUMAN Coatomer subunit zeta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPZ1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 16.9 16.9 16.9 20.198 177 177 0 9.7605 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87836 1.1163 9.7295 7 6 Median NaN 0.86155 1.0186 NaN 1.1163 1.2144 NaN 11.338 9.3212 1 3 3 1 2 3 Median Median Median 10.7 16.9 10.7 95670000 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P63220 P63220 2 2 2 40S ribosomal protein S21 RPS21 sp|P63220|RS21_HUMAN 40S ribosomal protein S21 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS21 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 33.7 33.7 33.7 9.1113 83 83 0.0084535 1.9206 By matching By matching By MS/MS 1.7586 2.1021 71.832 4 1 Median NaN NaN 0.95418 NaN NaN 1.1436 NaN NaN 104.76 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 12 12 33.7 71851000 28073000 43778000 19108000 5649400 13458000 15604000 5829400 9774300 37139000 16594000 20545000 922 2091;10176 True;True 2124;10277 7152;34457;34458;34459 9389;43989 9389;43989 P63241;Q9GZV4;Q6IS14 P63241;Q9GZV4;Q6IS14 12;7;7 12;7;7 12;7;7 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1;Eukaryotic translation initiation factor 5A-2;Eukaryotic translation initiation factor 5A-1-like EIF5A;EIF5A2;EIF5AL1 sp|P63241|IF5A1_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF5A PE=1 SV=2;sp|Q9GZV4|IF5A2_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 5A-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF5A2 PE=1 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10681;10682;10683;10684;10685;10686;10687;10688;10689;10690;10691;25706;25707;25708;28083;28084;28085;28086;28087;28088;28089;28090;28091;28092;28093;28094;28095;28096;32177;32178;32179;35693;35694;35695;35998;35999;36000;41047;41048;41049;50618;50619;50620;50621;50622;50623;50624;50625;50626;50627;54070;54071;54072;54073;54074;54075;54076;54077;54078;54079 13848;13849;13850;13851;13852;13853;13854;13855;13856;13857;13858;13859;13860;32966;35982;35983;35984;35985;35986;35987;35988;35989;35990;35991;35992;35993;35994;35995;35996;35997;35998;35999;36000;36001;41122;41123;41124;41125;41126;41127;41128;45562;45563;45564;45937;45938;45939;52327;52328;64774;64775;64776;64777;64778;64779;64780;64781;64782;64783;64784;64785;64786;64787;64788;64789;64790;64791;69175;69176;69177;69178;69179;69180;69181;69182;69183 13855;13856;32966;35990;35998;41127;45563;45938;52328;64783;64791;69180 90 79 P63244 P63244 16 16 16 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1;Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1, N-terminally processed GNB2L1 sp|P63244|RACK1_HUMAN Receptor of activated protein C kinase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RACK1 PE=1 SV=3 1 16 16 16 15 16 14 15 16 14 15 16 14 56.2 56.2 56.2 35.076 317 317 0 173.51 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77556 0.88214 47.879 60 6 Leave out requantified 0.70233 0.68424 0.74171 0.81099 0.86659 0.84771 46.878 49.975 33.866 19 23 18 2 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 55.2 56.2 55.2 9097600000 5361800000 3735800000 3278100000 1925500000 1352600000 3256400000 1951000000 1305500000 2563000000 1485300000 1077800000 924 1963;2057;2247;4971;5581;7114;7115;7682;9819;9975;9978;11419;14157;15820;15822;16416 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1994;2090;2280;5026;5639;7181;7182;7756;9914;10071;10074;11545;14308;15984;15986;16585 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sapiens OX=9606 GN=RPP38 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 6.4 6.4 6.4 31.834 283 283 0 5.5102 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 6.4 5904000 2226000 3678000 0 0 0 0 0 0 5904000 2226000 3678000 939 6835 True 6899 23033 29509 29509 P78346 P78346 2 2 2 Ribonuclease P protein subunit p30 RPP30 sp|P78346|RPP30_HUMAN Ribonuclease P protein subunit p30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPP30 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 9.3 9.3 9.3 29.321 268 268 0 4.3573 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80394 0.88593 14.887 7 0 Leave out requantified 0.85799 0.70127 0.8492 0.97547 0.85798 0.97862 12.189 14.134 4.9308 3 2 2 0 0 0 Median Median Median 9.3 9.3 9.3 232220000 130400000 101820000 86635000 46293000 40342000 79409000 47301000 32108000 66174000 36802000 29372000 940 11149;12186 True;True 11272;12319 37745;37746;37747;37748;37749;37750;41133;41134;41135 48146;48147;48148;48149;48150;48151;48152;48153;48154;52441;52442 48150;52442 P78347;Q86UP8;Q6EKJ0 P78347 16;1;1 16;1;1 16;1;1 General transcription factor II-I GTF2I sp|P78347|GTF2I_HUMAN General transcription factor II-I OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF2I PE=1 SV=2 3 16 16 16 10 13 15 10 13 15 10 13 15 19.8 19.8 19.8 112.42 998 998;949;949 0 87.063 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80812 0.98131 21.102 50 28 Leave out requantified 0.85889 0.67883 0.80812 0.98995 0.85299 0.98131 24.903 15.193 24.625 14 16 20 8 9 11 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.1 15.4 18.9 1752500000 982500000 769970000 469000000 262890000 206120000 574940000 326610000 248330000 708530000 393010000 315520000 941 1599;2579;3132;4033;4428;4449;4518;7174;8105;10388;11964;11965;12177;12719;15463;16018 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1626;2615;3172;4082;4479;4500;4572;7241;8183;10496;12093;12094;12310;12856;15624;16183 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omega-1 GSTO1 sp|P78417|GSTO1_HUMAN Glutathione S-transferase omega-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GSTO1 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 20.7 20.7 20.7 27.566 241 241 0 11.493 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.40023 0.48792 8.7978 12 5 Leave out requantified 0.33293 0.31667 0.4079 0.3894 0.42099 0.49236 29.136 15.603 6.8966 4 4 4 2 2 1 Median Median Leave out requantified 20.7 20.7 17 278830000 209110000 69717000 100250000 76705000 23544000 101660000 80399000 21256000 76922000 52005000 24917000 946 6033;6373;9258;9400;10742 True;True;True;True;True 6092;6433;9345;9493;10855 20088;20089;20090;21231;21232;31422;31423;31424;31953;31954;31955;36356;36357;36358;36359 25871;25872;25873;27328;27329;40171;40172;40850;40851;40852;46370;46371;46372;46373 25873;27328;40171;40852;46373 P78527 P78527 155 155 155 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit PRKDC sp|P78527|PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKDC PE=1 SV=3 1 155 155 155 144 144 145 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(cytosine(34)-C(5))-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSUN2 PE=1 SV=2 1 29 29 29 28 28 24 28 28 24 28 28 24 49.4 49.4 49.4 86.47 767 767 0 216.63 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88971 1.0761 21.326 105 32 Leave out requantified 0.86802 0.78172 1.0178 1.0217 1.0276 1.178 22.973 22.708 21.01 37 37 31 11 13 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 45.9 45.5 40 5147400000 2613700000 2533700000 1956400000 991780000 964630000 1953800000 1029700000 924060000 1237200000 592220000 644970000 1027 493;1784;2061;2078;3141;3424;3520;4125;4641;5096;5157;7113;7160;7171;7230;7654;7655;8655;8694;8704;9578;9617;9618;9736;10307;10924;11160;12151;12450 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 497;1813;2094;2111;3182;3466;3562;4175;4696;5151;5212;7180;7227;7238;7298;7728;7729;8738;8777;8787;9671;9711;9712;9830;10412;11043;11285;12284;12584 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80.657 675 675 0 3.7992 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 0 0 0 Median Median Median 1.6 2.1 0 31731000 16945000 14786000 31731000 16945000 14786000 0 0 0 0 0 0 1032 11111;11751 True;True 11234;11879 37611;39681 47974;50620 47974;50620 Q10567 Q10567 14 3 3 AP-1 complex subunit beta-1 AP1B1 sp|Q10567|AP1B1_HUMAN AP-1 complex subunit beta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP1B1 PE=1 SV=2 1 14 3 3 12 13 14 1 2 3 1 2 3 15.6 4.3 4.3 104.64 949 949 0 6.0697 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90791 1.1078 24.449 5 1 Leave out requantified NaN NaN 0.78685 NaN NaN 0.93192 NaN NaN 21.504 1 1 3 0 0 1 Median Median Median 12.5 13.4 15.6 75672000 40212000 35460000 23079000 11715000 11364000 22737000 13262000 9474800 29855000 15235000 14620000 1033 1491;1662;1776;1891;3036;4374;7898;8179;8372;8403;10144;10712;11134;13526 True;False;False;True;False;False;False;False;True;False;False;False;False;False 1513;1689;1805;1921;3076;4425;7975;8257;8451;8482;10243;10824;11257;13669 5090;5091;5687;5688;5689;6082;6083;6084;6085;6086;6087;6088;6089;6471;6472;6473;10370;10371;10372;14786;14787;14788;26702;26703;26704;26705;26706;27749;27750;27751;28464;28566;28567;28568;28569;28570;28571;28572;34346;34347;34348;36220;36221;36222;36223;36224;37687;37688;37689;37690;37691;45540;45541;45542 6681;6682;7465;7466;7467;7468;7974;7975;7976;7977;7978;7979;7980;7981;8494;8495;8496;13445;13446;13447;19147;19148;19149;34272;34273;34274;34275;34276;35586;35587;35588;35589;35590;35591;36505;36638;36639;36640;36641;36642;36643;36644;36645;36646;36647;43853;43854;43855;46196;46197;46198;46199;46200;48067;48068;48069;48070;48071;48072;58062;58063 6682;7468;7979;8494;13446;19148;34273;35589;36505;36643;43855;46196;48069;58063 Q10713 Q10713 2 2 2 Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha PMPCA sp|Q10713|MPPA_HUMAN Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMPCA PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 5.5 5.5 5.5 58.252 525 525 0 5.1812 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90993 1.0214 13.527 4 2 Median NaN NaN 0.96835 NaN NaN 1.0944 NaN NaN 11.397 1 1 2 1 0 1 Median Median Median 3.4 3.4 5.5 82218000 45424000 36794000 26320000 13431000 12889000 26468000 14981000 11486000 29430000 17012000 12418000 1034 6411;10424 True;True 6471;10533 21421;35254;35255;35256 27536;44980;44981;44982 27536;44980 Q12756;O60333 Q12756;O60333 4;3 2;1 2;1 Kinesin-like protein KIF1A;Kinesin-like protein KIF1B KIF1A;KIF1B sp|Q12756|KIF1A_HUMAN Kinesin-like protein KIF1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF1A PE=1 SV=2;sp|O60333|KIF1B_HUMAN Kinesin-like protein KIF1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF1B PE=1 SV=5 2 4 2 2 3 3 4 1 1 2 1 1 2 3.4 1.9 1.9 191.06 1690 1690;1816 0 3.1976 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96965 1.1709 3.9797 3 3 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.1 2.1 3.4 106060000 59652000 46404000 32922000 19085000 13837000 32714000 17356000 15358000 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3764;16472;30596;36579;41979;49768;52568;53055;56688;61789;62680;64700;66570 Q12769 Q12769 1 1 1 Nuclear pore complex protein Nup160 NUP160 sp|Q12769|NU160_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup160 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP160 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0.7 0.7 0.7 162.12 1436 1436 0.0056497 2.1621 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 0.7 0 16601000 7819100 8781800 0 0 0 16601000 7819100 8781800 0 0 0 1038 12560 True 12695 42298 53860 53860 Q12788 Q12788 4 4 4 Transducin beta-like protein 3 TBL3 sp|Q12788|TBL3_HUMAN Transducin beta-like protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBL3 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 8 8 8 89.034 808 808 0 46.043 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83279 0.96633 10.589 7 3 Leave out requantified NaN 0.69378 0.89709 NaN 0.87918 1.0342 NaN 2.7782 26.774 1 2 4 0 1 2 Median Median Median 3.2 6.3 5 371390000 201520000 169870000 26785000 13496000 13290000 33561000 20470000 13091000 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MS/MS By MS/MS 0.69608 0.83681 30.163 20 3 Leave out requantified 0.99103 0.65445 0.89644 1.1701 0.82419 1.0511 31.704 35.877 32.104 8 7 5 2 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 27.7 28 19.4 516320000 282830000 233490000 199070000 104570000 94497000 174650000 99954000 74691000 142600000 78304000 64299000 1041 3279;6555;7335;7950;10587;11701;16138;16248 True;True;True;True;True;True;True;True 3320;6618;7408;8027;10699;11829;16304;16415 11215;22052;22053;22054;24726;24727;24728;26901;26902;35800;35801;39515;39516;39517;54370;54371;54749;54750;54751;54752;54753 14564;28304;28305;28306;31706;31707;31708;31709;31710;31711;34517;34518;45693;45694;50417;69555;69556;70028;70029;70030;70031;70032;70033;70034;70035 14564;28305;31709;34517;45693;50417;69555;70033 Q12802 Q12802 3 3 3 A-kinase anchor protein 13 AKAP13 sp|Q12802|AKP13_HUMAN A-kinase anchor protein 13 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKAP13 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 0 3 1 0 3 1 0 3 1.8 1.8 1.8 307.55 2813 2813 0 8.3369 By MS/MS By MS/MS 1.0751 1.3008 73.051 4 2 Median NaN NaN 1.1116 NaN NaN 1.3794 NaN NaN 77.776 1 0 3 1 0 1 Median Median Plateau 0.6 0 1.8 69320000 37554000 31765000 13131000 4542700 8588700 0 0 0 56188000 33012000 23177000 1042 3799;5495;9347 True;True;True 3845;5552;9436 12947;18414;31726;31727 16820;16821;23762;40529;40530;40531 16820;23762;40530 Q12824 Q12824 1 1 1 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 SMARCB1 sp|Q12824|SNF5_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCB1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4 3.4 3.4 44.141 385 385 0 10.8 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79857 0.88603 5.2241 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.4 3.4 3.4 95325000 48542000 46784000 32740000 16313000 16427000 31030000 16890000 14140000 31555000 15339000 16216000 1043 1473 True 1495 5025;5026;5027 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Splicing factor 3A subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SF3A3 PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 5 3 6 5 3 6 5 3 18.8 18.8 18.8 58.848 501 501 0 36.05 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77599 0.99616 8.2737 16 5 Leave out requantified 0.7579 0.7378 0.81885 0.86871 0.97776 0.99939 17.425 6.9076 9.2524 6 7 3 3 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.4 13 8.4 552330000 300230000 252100000 207310000 106620000 100690000 214510000 121560000 92957000 130510000 72051000 58455000 1045 1178;2450;3940;7939;15146;15939;16285 True;True;True;True;True;True;True 1197;2485;3989;8016;15304;16103;16453 3997;8435;13389;13390;13391;26879;51106;51107;51108;51109;53705;53706;53707;54854;54855;54856 5291;11002;17390;17391;17392;17393;34498;65411;65412;65413;65414;68715;70144;70145 5291;11002;17393;34498;65414;68715;70144 Q12888 Q12888 4 4 4 Tumor suppressor p53-binding protein 1 TP53BP1 sp|Q12888|TP53B_HUMAN TP53-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TP53BP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 0 3 3 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tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1;Endothelial monocyte-activating polypeptide 2 AIMP1 sp|Q12904|AIMP1_HUMAN Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AIMP1 PE=1 SV=2 1 14 14 14 14 13 14 14 13 14 14 13 14 64.1 64.1 64.1 34.352 312 312 0 167.64 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79022 0.91399 13.099 69 4 Leave out requantified 0.79022 0.67687 0.87614 0.91266 0.85599 1.0396 11.905 9.2904 16.454 24 23 22 2 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 64.1 59.9 64.1 7032600000 3936300000 3096400000 2421000000 1353100000 1067900000 2495000000 1449100000 1045900000 2116600000 1134000000 982530000 1048 1163;5151;6238;6866;6949;7560;7686;7934;8152;11395;11558;11855;11862;14499 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1182;5206;6298;6930;7013;7633;7760;8011;8230;11521;11686;11983;11990;14652 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CTBP1 sp|Q13363|CTBP1_HUMAN C-terminal-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CTBP1 PE=1 SV=2 1 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 8.4 8.4 6.8 47.535 440 440 0 14.696 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84468 1.0377 18.36 5 0 Leave out requantified 0.89705 0.9051 NaN 0.99722 1.142 NaN 3.1065 31.907 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 6.8 6.8 5.9 99037000 56328000 42709000 33628000 16401000 17227000 38656000 22872000 15784000 26753000 17055000 9698000 1084 2744;5385;5529 True;True;True 2782;5441;5587 9402;9403;9404;18075;18076;18523 12223;12224;12225;12226;12227;23302;23920 12225;23302;23920 Q13409 Q13409 10 10 10 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 DYNC1I2 sp|Q13409|DC1I2_HUMAN Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNC1I2 PE=1 SV=3 1 10 10 10 8 7 7 8 7 7 8 7 7 19.7 19.7 19.7 71.456 638 638 0 102.89 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97402 1.1949 20.792 27 9 Leave out requantified 1.0343 0.86865 0.9107 1.2017 1.136 1.0326 25.819 11.734 20.28 10 9 8 3 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.6 18.2 16.8 996620000 530560000 466060000 390650000 204670000 185980000 411900000 222020000 189870000 194070000 103870000 90210000 1085 2299;3060;3061;3096;3472;4198;4199;13459;13986;13987 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2332;3100;3101;3136;3514;4248;4249;13602;14135;14136 7883;7884;7885;10442;10443;10444;10445;10446;10447;10448;10449;10563;11840;11841;11842;14208;14209;14210;14211;14212;45320;45321;45322;45323;45324;45325;47139;47140 10297;10298;10299;13523;13524;13525;13526;13527;13528;13529;13530;13531;13532;13533;13534;13535;13696;15398;18414;18415;18416;18417;18418;18419;18420;57753;57754;57755;57756;57757;57758;57759;57760;57761;57762;60225;60226 10297;13526;13530;13696;15398;18414;18419;57761;60225;60226 Q13418 Q13418 13 13 13 Integrin-linked protein kinase ILK sp|Q13418|ILK_HUMAN Integrin-linked protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ILK PE=1 SV=2 1 13 13 13 6 6 13 6 6 13 6 6 13 31 31 31 51.419 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acid-stable phosphoprotein PDAP1 sp|Q13442|HAP28_HUMAN 28 kDa heat- and acid-stable phosphoprotein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDAP1 PE=1 SV=1 1 10 10 10 7 9 9 7 9 9 7 9 9 51.9 51.9 51.9 20.63 181 181 0 82.206 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86425 1.058 14.919 42 7 Leave out requantified 0.88457 0.79081 0.85602 1.0294 1.0619 1.046 18.085 15.372 12.107 14 13 15 2 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 37.6 51.9 47.5 3057000000 1536700000 1520300000 1268500000 617230000 651240000 1090200000 569520000 520700000 698280000 349910000 348370000 1089 1177;1898;3182;6206;7923;8253;10352;12038;12827;12828 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1196;1928;3223;6266;8000;8331;10458;12168;12965;12966 3991;3992;3993;3994;3995;3996;6493;6494;6495;6496;10873;10874;10875;20639;20640;20641;20642;20643;26798;26799;26800;26801;26802;26803;26804;26805;28023;28024;28025;28026;28027;28028;35009;40552;40553;40554;40555;40556;40557;40558;43242;43243;43244;43245 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PICALM PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3.8 3.8 3.8 70.754 652 652 0 5.1053 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0259 1.2921 21.369 4 2 Median NaN 1.0259 1.0996 NaN 1.2921 1.3154 NaN 3.9093 36.763 0 2 2 0 1 1 Median Median Median 1.5 3.8 3.8 69028000 32193000 36835000 0 0 0 33079000 15374000 17704000 35949000 16818000 19131000 1092 7548;11218 True;True 7621;11344 25413;25414;37986;37987;37988 32555;32556;48445;48446 32556;48446 Q13501 Q13501 2 2 2 Sequestosome-1 SQSTM1 sp|Q13501|SQSTM_HUMAN Sequestosome-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SQSTM1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3 3 3 47.687 440 440 0 3.7821 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93246 1.014 11.262 5 1 Leave out requantified NaN 0.65654 1.1218 NaN 0.82166 1.2657 NaN 5.3308 20.097 1 2 2 0 1 0 Median Median Median 3 3 3 29057000 16988000 12069000 4199500 2332600 1866900 14423000 9048600 5374500 10434000 5606400 4827600 1093 2100;12060 True;True 2133;12190 7187;7188;40669;40670;40671 9430;9431;51864;51865;51866 9430;51866 Q13509 Q13509 15 5 3 Tubulin beta-3 chain TUBB3 sp|Q13509|TBB3_HUMAN Tubulin beta-3 chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBB3 PE=1 SV=2 1 15 5 3 14 14 14 4 4 4 2 2 2 38 15.1 10.4 50.432 450 450 0 20.926 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9337 1.0869 20.166 13 6 Leave out requantified 0.87743 0.97705 0.75459 0.9996 1.3029 0.85275 123.82 18.007 30.396 4 4 5 1 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Median 35.3 32 35.3 381920000 224440000 157470000 123680000 78339000 45338000 143060000 80973000 62088000 115180000 65132000 50046000 1094 645;940;4240;4868;5092;5595;5596;7464;7544;8009;8429;10891;11064;15526;16273 False;False;True;False;True;False;False;False;True;False;False;False;False;True;True 652;653;954;4290;4923;5147;5653;5654;7537;7617;8086;8509;11007;11008;11009;11185;15687;16441 2178;2179;2180;2181;2182;2183;2184;2185;2186;2187;2188;2189;2190;2191;2192;2193;2194;3204;3205;3206;3207;3208;3209;14344;14345;14346;16413;16414;16415;17135;17136;17137;18745;18746;18747;18748;18749;18750;18751;18752;18753;18754;18755;18756;18757;18758;18759;18760;18761;18762;18763;25137;25138;25139;25140;25399;27128;27129;27130;27131;28677;28678;28679;28680;28681;28682;36896;36897;36898;36899;36900;36901;36902;36903;36904;36905;36906;36907;36908;37454;37455;37456;52412;52413;52414;52415;54824;54825;54826;54827 2853;2854;2855;2856;2857;2858;2859;2860;2861;2862;2863;2864;2865;2866;2867;2868;2869;2870;2871;2872;2873;2874;2875;2876;4198;4199;4200;4201;4202;4203;4204;4205;4206;4207;4208;4209;4210;4211;4212;18599;18600;18601;21169;21170;21171;21172;22125;22126;22127;24206;24207;24208;24209;24210;24211;24212;24213;24214;24215;24216;24217;24218;24219;24220;24221;24222;24223;24224;24225;24226;24227;24228;24229;24230;24231;24232;24233;24234;24235;32193;32194;32195;32196;32197;32198;32199;32536;34798;34799;34800;34801;34802;34803;36800;36801;36802;36803;36804;36805;36806;36807;36808;47019;47020;47021;47022;47023;47024;47025;47026;47027;47028;47029;47030;47031;47738;47739;47740;47741;47742;47743;47744;47745;47746;67085;67086;67087;67088;70112;70113;70114;70115 2864;4208;18599;21171;22125;24215;24223;32194;32536;34803;36805;47029;47740;67087;70114 22 73 Q13523 Q13523 1 1 1 Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog PRPF4B sp|Q13523|PRP4B_HUMAN Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF4B PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 116.99 1007 1007 0.0097561 1.8169 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81516 0.99546 18.235 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 0 Median Median Median 1 1 1 26224000 14410000 11814000 7169800 4284100 2885700 8424400 4783000 3641400 10630000 5343300 5286900 1095 15388 True 15549 51934;51935;51936 66497;66498;66499;66500;66501 66501 Q13526 Q13526 1 1 1 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 PIN1 sp|Q13526|PIN1_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PIN1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 12.3 12.3 12.3 18.243 163 163 0 17.474 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85299 1.04 11.604 6 0 Median 0.8583 0.73015 0.98383 1.0224 0.94718 1.1742 10.094 5.5533 8.1223 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 12.3 12.3 12.3 102410000 55221000 47191000 38987000 21988000 16999000 38704000 20907000 17796000 24721000 12326000 12395000 1096 12573 True 12709 42397;42398;42399;42400;42401;42402 54046;54047;54048;54049;54050;54051;54052;54053;54054;54055;54056;54057 54049 Q13547 Q13547 5 5 3 Histone deacetylase 1 HDAC1 sp|Q13547|HDAC1_HUMAN Histone deacetylase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HDAC1 PE=1 SV=1 1 5 5 3 4 4 4 4 4 4 3 3 2 14.3 14.3 9.3 55.102 482 482 0 29.782 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73926 0.94611 13.198 15 6 Leave out requantified 0.80978 0.67953 0.8443 0.96109 0.9108 1.0227 19.266 16.612 9.4111 5 5 5 2 2 2 Median Median Median 11.8 11.8 10.6 503920000 269750000 234170000 176160000 91084000 85080000 155780000 88315000 67466000 171980000 90351000 81626000 1097 2039;8898;12745;16107;16147 True;True;True;True;True 2072;8984;12883;16273;16313 6960;6961;30243;30244;30245;42956;42957;42958;42959;42960;42961;54264;54400;54401;54402 9140;9141;38713;38714;38715;38716;38717;38718;38719;54771;54772;54773;54774;54775;54776;54777;69415;69585;69586;69587 9141;38713;54772;69415;69585 Q13557;Q9UQM7;Q13555;Q13554 Q13557;Q9UQM7;Q13555;Q13554 2;1;1;1 2;1;1;1 2;1;1;1 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit delta;Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha;Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit gamma;Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta CAMK2D;CAMK2A;CAMK2G;CAMK2B sp|Q13557|KCC2D_HUMAN Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAMK2D PE=1 SV=3;sp|Q9UQM7|KCC2A_HUMAN Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAMK2A PE 4 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5 5 5 56.369 499 499;478;558;666 0 8.0028 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91066 1.0838 51.039 5 3 Median 0.7743 0.65694 NaN 0.91771 0.83753 NaN 23.523 61.021 NaN 2 2 1 0 2 1 Median Median Median 5 5 2.4 51066000 31730000 19336000 19437000 9378100 10059000 23219000 15811000 7407800 8410400 6541200 1869200 1098 2345;4999 True;True 2378;5054 8046;8047;8048;16828;16829 10495;10496;10497;21736;21737 10495;21737 Q13561 Q13561 3 3 3 Dynactin subunit 2 DCTN2 sp|Q13561|DCTN2_HUMAN Dynactin subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCTN2 PE=1 SV=4 1 3 3 3 1 3 1 1 3 1 1 3 1 10 10 10 44.23 401 401 0 10.329 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89506 1.0613 26.921 5 2 Median NaN 0.77105 NaN NaN 0.96757 NaN NaN 37.671 NaN 1 3 1 0 2 0 Median Median Median 2.7 10 2.7 65203000 35283000 29920000 14592000 7874100 6717500 33777000 18742000 15036000 16834000 8666600 8167200 1099 1259;9194;11840 True;True;True 1278;9281;11968 4288;4289;4290;31209;39951 5683;5684;5685;5686;5687;5688;39904;50958 5685;39904;50958 Q13564 Q13564 4 4 4 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit NAE1 sp|Q13564|ULA1_HUMAN NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAE1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 9.9 9.9 9.9 60.246 534 534 0 17.748 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93658 1.1612 15.357 12 5 Leave out requantified 0.81129 1.1036 0.71684 0.92234 1.4643 0.86226 26.22 5.0753 20.658 4 3 5 2 0 3 Median 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11781 15338 15338 Q13907;Q9BXS1 Q13907;Q9BXS1 2;1 2;1 2;1 Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 1;Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 2 IDI1;IDI2 sp|Q13907|IDI1_HUMAN Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDI1 PE=1 SV=2;sp|Q9BXS1|IDI2_HUMAN Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDI2 PE=1 SV=1 2 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 9.7 9.7 9.7 26.319 227 227;227 0 5.3491 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75206 0.88952 63.048 4 3 Median NaN 1.1055 NaN NaN 1.3899 NaN NaN 96.525 NaN 1 2 1 1 1 1 Median Median Median 4.4 9.7 4.4 79850000 42772000 37078000 23659000 14872000 8787300 34089000 16481000 17608000 22102000 11419000 10683000 1118 10530;11184 True;True 10640;11310 35620;35621;35622;37883 45467;45468;45469;48317 45467;48317 Q13946 Q13946 1 1 1 High affinity cAMP-specific 3,5-cyclic phosphodiesterase 7A PDE7A sp|Q13946|PDE7A_HUMAN High affinity cAMP-specific 3,5-cyclic phosphodiesterase 7A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDE7A PE=1 SV=2 1 1 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sp|Q14554|PDIA5_HUMAN Protein disulfide-isomerase A5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDIA5 PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 2 1 1 2 1 1 2 1 5.8 5.8 5.8 59.594 519 519 0 4.9988 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90004 1.0928 18.55 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 1.9 3.9 1.9 30095000 22135000 7960600 5891200 3485500 2405800 17717000 15018000 2698800 6487400 3631400 2856000 1146 4633;5454;9316 True;True;True 4688;5510;9404 15646;15647;18287;18288;31624 20238;20239;23591;23592;40416 20238;23592;40416 Q14558 Q14558 7 7 5 Phosphoribosyl pyrophosphate synthase-associated protein 1 PRPSAP1 sp|Q14558|KPRA_HUMAN Phosphoribosyl pyrophosphate synthase-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPSAP1 PE=1 SV=2 1 7 7 5 7 6 6 7 6 6 5 5 5 28.7 28.7 22.8 39.393 356 356 0 51.023 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87011 1.0126 10.626 20 7 Leave out requantified 0.94915 0.76348 0.83009 1.1007 0.95091 0.96816 8.6124 3.9219 12.934 8 6 6 3 2 2 Leave out requantified Leave out 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By MS/MS By MS/MS 0.89421 1.0879 16.786 12 2 Leave out requantified 0.94207 0.88697 0.75708 1.1282 1.0779 0.89375 41.093 14.544 16.592 5 3 4 2 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.7 8.5 10.2 213390000 113750000 99641000 85706000 47393000 38313000 56044000 28340000 27704000 71638000 38014000 33624000 1150 1326;3844;5338;6448;6992;12844 True;True;True;True;True;True 1347;3890;5394;6508;7056;12982 4531;13085;13086;13087;17945;17946;17947;21595;21596;21597;21598;21599;23543;43293;43294;43295 5991;16982;16983;16984;23157;23158;27738;27739;27740;27741;27742;27743;27744;30190;55158 5991;16983;23157;27739;30190;55158 Q14683 Q14683 36 36 36 Structural maintenance of chromosomes protein 1A SMC1A sp|Q14683|SMC1A_HUMAN Structural maintenance of chromosomes protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMC1A PE=1 SV=2 1 36 36 36 32 31 34 32 31 34 32 31 34 34.4 34.4 34.4 143.23 1233 1233 0 163.32 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76734 0.88963 21.655 110 33 Leave out 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Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRP1B PE=1 SV=3 1 9 9 9 6 6 6 6 6 6 6 6 6 15.6 15.6 15.6 84.427 758 758 0 31.597 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83874 1.0019 11.863 13 8 Leave out requantified 0.86366 0.62948 0.83874 1.0049 0.82135 1.0019 21.467 23.062 15.231 4 4 5 2 4 2 Median Median Leave out requantified 12.1 10.9 11.6 260460000 160600000 99856000 84890000 50358000 34532000 75045000 49943000 25102000 100520000 60303000 40221000 1152 3742;4165;6430;12721;13273;14211;14864;14865;14940 True;True;True;True;True;True;True;True;True 3788;4215;6490;12858;13415;14362;15018;15019;15094 12780;12781;12782;14110;14111;14112;14113;21492;21493;21494;42871;44718;44719;44720;47868;47869;50085;50086;50325 16601;16602;16603;18291;18292;18293;18294;18295;27621;27622;27623;54653;56976;56977;56978;56979;56980;61141;61142;64101;64102;64389 16603;18295;27621;54653;56976;61142;64101;64102;64389 Q14690 Q14690 2 2 2 Protein RRP5 homolog PDCD11 sp|Q14690|RRP5_HUMAN Protein RRP5 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDCD11 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1.3 1.3 1.3 208.7 1871 1871 0.00055006 2.9333 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73373 0.88143 4.8581 6 0 Leave out requantified 0.62351 0.66612 1.0654 0.71129 0.8423 1.2765 40.151 1.5632 47.519 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 1.3 1.3 1.3 54418000 29188000 25231000 16473000 9410100 7063100 18006000 10775000 7231000 19939000 9002300 10936000 1153 439;5084 True;True 442;5139 1458;1459;1460;17114;17115;17116 1910;1911;1912;22098;22099 1912;22099 Q14691 Q14691 3 3 3 DNA replication complex GINS protein PSF1 GINS1 sp|Q14691|PSF1_HUMAN DNA replication complex GINS protein PSF1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GINS1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 18.9 18.9 18.9 22.988 196 196 0 6.8073 By MS/MS By matching By MS/MS 0.79359 0.93469 21.155 4 1 Median 0.6773 NaN NaN 0.75554 NaN NaN 23.565 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 18.9 4.1 4.1 49860000 28758000 21102000 27233000 16552000 10681000 12867000 7207900 5658700 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23846;25108;29133;48316;54819;57295;58429 Q15031 Q15031 2 2 2 Probable leucine--tRNA ligase, mitochondrial LARS2 sp|Q15031|SYLM_HUMAN Probable leucine--tRNA ligase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LARS2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 2.7 2.7 2.7 101.97 903 903 0 5.6302 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87859 1.0083 13.619 4 1 Median NaN NaN 0.89733 NaN NaN 1.0584 NaN NaN 0.85885 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 1.1 1.6 2.7 53959000 32110000 21849000 5153000 2890100 2262900 20699000 10517000 10182000 28107000 18703000 9404500 1179 3245;13556 True;True 3286;13699 11102;11103;45652;45653 14416;14417;58207 14416;58207 Q15041 Q15041 1 1 1 ADP-ribosylation factor-like protein 6-interacting protein 1 ARL6IP1 sp|Q15041|AR6P1_HUMAN ADP-ribosylation factor-like protein 6-interacting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARL6IP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 4.9 4.9 4.9 23.362 203 203 0.0016322 2.7889 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 0 0 0 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1412;3516;3996;4339;4340;4699;5316;6765;7231;7416;8045;9043;9566;9567;9972;10404;10551;11778;11841;12225;12252;12573;13260;14771;15543;15849;16381;16536 4748;4749;4750;11849;11850;11851;11852;11853;11854;11855;11856;13407;14525;14526;14527;14528;14529;14530;14531;14532;15693;15694;17709;17710;17711;22627;22628;22629;22630;24152;24153;24154;24754;24755;24756;26965;26966;26967;26968;26969;26970;30433;30434;30435;32183;32184;32185;32186;32187;32188;32189;33452;34856;34857;34858;35319;35320;35321;39336;39337;39338;39339;39556;39557;39558;39559;39560;39561;40816;40817;40818;40890;40891;40892;41917;41918;41919;41920;41921;44228;44229;44230;49185;49186;49187;49188;49189;49190;51915;51916;51917;52906;52907;52908;54650;54651;54652;54653;55133;55134;55135;55136;55137;55138;55139;55140;55141;55142 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 1.2 1.2 0 28928000 11248000 17680000 13365000 6281800 7083300 15563000 4966200 10596000 0 0 0 1202 14442 True 14595 48624;48625 62135;62136 62136 Q15404 Q15404 5 5 5 Ras suppressor protein 1 RSU1 sp|Q15404|RSU1_HUMAN Ras suppressor protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RSU1 PE=1 SV=3 1 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 24.2 24.2 24.2 31.54 277 277 0 14.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1563 1.3949 22.997 12 3 Leave out requantified 1.1469 0.95285 1.3557 1.3262 1.2313 1.6362 30.255 19.704 11.802 4 4 4 0 2 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 20.2 17.7 17.7 310640000 157690000 152960000 152130000 75034000 77098000 90229000 50457000 39772000 68282000 32195000 36088000 1203 970;3497;6507;9798;9842 True;True;True;True;True 984;3539;6568;9893;9938 3306;11920;11921;11922;21838;21839;33200;33201;33202;33349;33350;33351;33352 4353;15495;15496;15497;15498;15499;15500;28002;28003;42414;42415;42416;42590;42591;42592 4353;15498;28003;42415;42590 Q15417;P51911 Q15417 5;1 4;1 4;1 Calponin-3 CNN3 sp|Q15417|CNN3_HUMAN Calponin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNN3 PE=1 SV=1 2 5 4 4 4 3 4 3 2 3 3 2 3 16.1 12.8 12.8 36.413 329 329;297 0 11.99 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73447 0.89448 26.157 8 1 Leave out requantified 0.88856 0.62633 0.8189 1.05 0.80113 0.93781 15.108 38.049 15.571 3 2 3 1 0 0 Median Median Leave out requantified 12.8 9.7 12.8 125700000 66309000 59388000 41095000 21043000 20052000 34796000 19871000 14925000 49807000 25396000 24411000 1204 550;2042;5952;9604;16034 True;True;False;True;True 555;2075;6011;9698;16199 1843;1844;6966;19870;19871;19872;32603;32604;54027;54028;54029 2411;2412;9148;25622;25623;25624;41676;69118;69119;69120;69121;69122;69123 2411;9148;25624;41676;69123 Q15418;Q15349;Q9UK32;Q96GX5;O60307;Q9Y2H9;Q6P0Q8;O15021 Q15418 13;3;2;1;1;1;1;1 13;3;2;1;1;1;1;1 9;0;0;0;0;0;0;0 Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 RPS6KA1 sp|Q15418|KS6A1_HUMAN Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 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4828;4829;4830;9635;9636;9637;10014;10488;10489;10490;10491;10492;10493;10494;10507;18858;18859;21770;21771;21772;21773;23629;23630;23631;38510;38591;42269;46903;46904;46905;46906;46907;69516 4830;9637;10014;10491;10507;18859;21773;23630;38510;38591;42269;46905;69516 Q15427 Q15427 2 2 2 Splicing factor 3B subunit 4 SF3B4 sp|Q15427|SF3B4_HUMAN Splicing factor 3B subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SF3B4 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 9 9 9 44.385 424 424 0 6.3032 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 5.7 3.3 7635500 5523300 2112100 0 0 0 7635500 5523300 2112100 0 0 0 1206 10971;15632 True;True 11091;15793 37158;52734 47346;67515 47346;67515 Q15428 Q15428 6 6 6 Splicing factor 3A subunit 2 SF3A2 sp|Q15428|SF3A2_HUMAN Splicing factor 3A subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SF3A2 PE=1 SV=2 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 17.5 17.5 17.5 49.255 464 464 0 29.298 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81663 0.98259 8.9613 22 3 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Q15459 Q15459 26 26 26 Splicing factor 3A subunit 1 SF3A1 sp|Q15459|SF3A1_HUMAN Splicing factor 3A subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SF3A1 PE=1 SV=1 1 26 26 26 22 21 21 22 21 21 22 21 21 36.3 36.3 36.3 88.885 793 793 0 147.77 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77965 0.99983 17.399 78 25 Leave out requantified 0.83496 0.73921 0.94255 0.99478 0.93922 1.1212 21.651 14.314 13.48 26 27 25 6 8 11 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 32.8 30.6 30.4 3606200000 2001500000 1604700000 1348900000 727160000 621740000 1292100000 741370000 550710000 965200000 533000000 432210000 1211 1110;1222;3147;3619;3964;4280;4841;5828;5829;6955;7003;7445;9089;9644;11447;11755;11801;11876;12215;13576;13644;13645;14253;15363;15468;15516 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1127;1241;3188;3663;4013;4331;4896;5886;5887;7019;7068;7518;9175;9738;11573;11883;11929;12005;12349;13720;13788;13789;14404;15524;15629;15677 3785;4165;4166;4167;4168;4169;10748;10749;10750;12394;12395;13454;13455;14499;14500;14501;16319;16320;16321;19507;19508;19509;19510;23423;23424;23425;23426;23427;23428;23573;25091;30868;32740;38691;38692;38693;39689;39690;39691;39835;39836;39837;40067;40068;40069;40070;40071;41225;41226;41227;45710;45711;45712;45922;45923;45924;45925;45926;45927;45928;45929;48008;48009;48010;51850;51851;51852;51853;51854;51855;52213;52214;52215;52216;52217;52218;52219;52220;52378;52379;52380;52381 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7973;20655;22801;57240;65848 Q16539 Q16539 4 4 4 Mitogen-activated protein kinase 14 MAPK14 sp|Q16539|MK14_HUMAN Mitogen-activated protein kinase 14 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAPK14 PE=1 SV=3 1 4 4 4 3 4 2 3 4 2 3 4 2 14.4 14.4 14.4 41.293 360 360 0 11.031 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83483 1.033 11.021 10 3 Leave out requantified 0.79938 0.74816 0.73799 0.87046 0.9795 0.87136 12.417 33.389 48.274 3 5 2 0 3 0 Leave out requantified Median Median 12.2 14.4 8.6 199230000 119730000 79504000 65960000 41677000 24283000 99216000 58322000 40894000 34056000 19729000 14327000 1239 2349;2366;6369;14022 True;True;True;True 2382;2399;6429;14171 8059;8060;8061;8062;8134;21214;21215;21216;47241;47242;47243 10508;10509;10510;10511;10512;10513;10609;27310;27311;27312;60338;60339 10511;10609;27311;60338 Q16543 Q16543 2 2 2 Hsp90 co-chaperone Cdc37;Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed CDC37 sp|Q16543|CDC37_HUMAN Hsp90 co-chaperone Cdc37 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC37 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 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Q16763 Q16763 5 5 5 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S UBE2S sp|Q16763|UBE2S_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2S PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 39.2 39.2 39.2 23.845 222 222 0 52.59 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76609 0.88479 22.135 16 5 Leave out requantified 0.72106 0.77 0.79262 0.80002 1.0121 0.93014 23.966 29.32 29.713 5 5 6 1 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 39.2 39.2 39.2 373300000 210120000 163180000 116960000 60258000 56699000 118430000 68169000 50265000 137910000 81697000 56213000 1250 734;1665;4332;9225;9320 True;True;True;True;True 743;1692;4383;9312;9408 2508;2509;2510;5693;5694;5695;14660;14661;14662;14663;31303;31304;31305;31637;31638;31639 3293;3294;3295;3296;3297;3298;7472;7473;7474;18996;18997;18998;18999;40009;40010;40011;40428 3294;7474;18996;40010;40428 Q16799 Q16799 1 1 1 Reticulon-1 RTN1 sp|Q16799|RTN1_HUMAN Reticulon-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTN1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 83.617 776 776 0.0070529 2.0115 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83025 0.95229 5.5781 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1 1 1 59436000 34807000 24629000 19086000 11332000 7754400 19006000 10955000 8050600 21344000 12520000 8824300 1251 13425 True 13568 45205;45206;45207 57594;57595;57596;57597;57598;57599 57595 Q16836 Q16836 7 7 7 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial HADH sp|Q16836|HCDH_HUMAN Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADH PE=1 SV=3 1 7 7 7 6 7 5 6 7 5 6 7 5 38.9 38.9 38.9 34.293 314 314 0 51.915 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9471 1.0906 23.439 20 8 Leave out requantified 0.82741 0.7941 1.0841 0.95466 0.99649 1.2459 20.837 28.329 29.042 6 8 6 1 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.3 38.9 22.3 881560000 469220000 412340000 266180000 142330000 123850000 339460000 186190000 153270000 275920000 140700000 135220000 1252 2718;4434;4698;5250;8775;13757;14104 True;True;True;True;True;True;True 2756;4485;4753;5306;8858;13904;14254 9302;9303;9304;9305;14976;14977;14978;14979;14980;15860;15861;15862;15863;17681;17682;17683;17684;17685;29796;29797;46306;46307;46308;47519 12085;12086;12087;12088;12089;12090;19369;19370;19371;19372;19373;19374;20492;20493;20494;20495;20496;20497;22829;22830;22831;22832;22833;38155;38156;38157;59093;59094;59095;59096;59097;59098;60689 12085;19372;20497;22830;38155;59096;60689 Q16851 Q16851 3 3 3 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase UGP2 sp|Q16851|UGPA_HUMAN UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UGP2 PE=1 SV=5 1 3 3 3 2 3 1 2 3 1 2 3 1 8.1 8.1 8.1 56.94 508 508 0 17.17 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80659 0.97488 5.3608 6 2 Leave out requantified 0.94707 0.69022 NaN 1.0992 0.92064 NaN 7.281 12.453 NaN 2 3 1 0 2 0 Median Median Median 6.3 8.1 3.5 131420000 80483000 50934000 43834000 22784000 21050000 74956000 50702000 24254000 12627000 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865;1600;2414;5795;8337;9639;10038;12707;15825;16482 2915;5373;5374;5375;8168;8169;8170;19241;19242;28048;32397;32398;32399;33708;33709;33710;42389;42390;42391;52825;54948;54949 3809;7076;7077;7078;7079;10642;10643;10644;24861;24862;24863;35942;41403;41404;41405;43069;54034;54035;54036;54037;54038;54039;67622;70256;70257;70258;70259 3809;7076;10642;24863;35942;41403;43069;54035;67622;70256 Q27J81 Q27J81 5 5 5 Inverted formin-2 INF2 sp|Q27J81|INF2_HUMAN Inverted formin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=INF2 PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 1 4 3 1 4 3 1 4 6.9 6.9 6.9 135.62 1249 1249 0 10.053 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0696 1.1996 43.855 6 3 Median 0.83627 NaN 1.0978 0.94278 NaN 1.3181 38.511 NaN 51.271 2 0 4 1 0 2 Median Median Median 5.4 3 5.4 76252000 45187000 31065000 23662000 11860000 11802000 11406000 11406000 0 41184000 21921000 19263000 1258 1299;3553;6103;12664;13447 True;True;True;True;True 1320;3596;6162;12801;13590 4441;12145;20298;20299;20300;42702;45285;45286 5873;15805;26139;26140;26141;54440;57710;57711 5873;15805;26141;54440;57711 Q29RF7 Q29RF7 21 21 19 Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A PDS5A sp|Q29RF7|PDS5A_HUMAN Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDS5A PE=1 SV=1 1 21 21 19 17 15 19 17 15 19 16 15 17 21.1 21.1 19.9 150.83 1337 1337 0 168.8 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72859 0.85584 19.51 55 21 Leave out requantified 0.73786 0.66771 0.74345 0.84514 0.84496 0.90623 15.824 16.745 19.297 16 19 20 6 8 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.6 15.5 19.2 1178500000 727120000 451370000 332480000 217840000 114640000 423610000 244040000 179570000 422390000 265230000 157160000 1259 164;2266;2430;3534;4027;4311;4837;6706;7106;9981;10123;12281;12604;12653;12688;13156;13194;13322;13334;13635;14487 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 165;2299;2464;3576;4076;4362;4892;6769;7173;10077;10221;12415;12740;12790;12825;13298;13336;13465;13477;13779;14640 537;538;539;540;7767;7768;7769;8343;8344;12053;12054;12055;12056;12057;12058;13659;13660;13661;14601;14602;14603;16301;16302;22643;22644;22645;23926;23927;23928;33840;33841;33842;34279;34280;34281;34282;41437;41438;41439;42507;42508;42509;42661;42771;42772;42773;42774;42775;42776;44361;44468;44875;44876;44877;44909;44910;44911;45896;45897;45898;45899;48755;48756;48757 712;713;714;715;716;10154;10155;10156;10885;10886;15675;15676;17745;17746;17747;18922;18923;18924;21016;29027;29028;29029;29030;29031;29032;30708;30709;43242;43243;43244;43763;43764;43765;43766;52805;52806;54190;54191;54192;54386;54533;54534;54535;54536;54537;54538;54539;56535;56670;57181;57182;57183;57219;57220;57221;58528;58529;58530;58531;62304;62305;62306;62307;62308;62309 714;10155;10886;15675;17747;18922;21016;29031;30708;43244;43765;52806;54192;54386;54538;56535;56670;57183;57219;58531;62309 Q2M389 Q2M389 6 6 6 WASH complex subunit 7 KIAA1033 sp|Q2M389|WASC4_HUMAN WASH complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WASHC4 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 4 5 5 4 5 5 4 5 6.6 6.6 6.6 136.4 1173 1173 0 26.965 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73588 0.84684 5.2469 13 6 Leave out requantified 0.72526 0.65336 0.69218 0.80562 0.81979 0.84035 8.0881 34.301 3.5979 4 4 5 1 3 2 Leave out requantified Median Leave out requantified 5.8 4.1 5.6 193590000 109200000 84388000 64698000 37156000 27542000 52504000 31671000 20833000 76388000 40375000 36013000 1260 8536;8794;9269;11019;11844;12593 True;True;True;True;True;True 8618;8878;9356;11140;11972;12729 29028;29029;29882;29883;29884;31454;31455;31456;37321;39959;39960;39961;42473;42474 37233;37234;37235;37236;38269;38270;38271;40207;40208;40209;40210;40211;47570;50968;50969;50970;50971;50972;54147;54148 37233;38270;40209;47570;50969;54148 Q2NL82 Q2NL82 12 12 12 Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog TSR1 sp|Q2NL82|TSR1_HUMAN Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSR1 PE=1 SV=1 1 12 12 12 9 9 11 9 9 11 9 9 11 21.5 21.5 21.5 91.809 804 804 0 82.542 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8894 0.98384 39.7 37 16 Leave out requantified 0.87602 0.79513 0.96967 0.97682 1.0056 1.1151 13.575 59.013 48.866 12 10 15 5 3 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.7 14.6 20.5 1297800000 701310000 596500000 490460000 270840000 219620000 329600000 188290000 141310000 477750000 242180000 235560000 1261 1237;1529;3928;6013;7491;8576;9204;9232;11413;11526;12062;12468 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1256;1554;3977;6072;7564;8659;9291;9319;11539;11654;12192;12602 4213;4214;4215;4216;4217;5229;5230;5231;5232;13359;13360;13361;20040;20041;25225;25226;29158;31237;31238;31330;31331;31332;31333;31334;31335;38596;38597;38947;38948;40678;40679;40680;40681;40682;42016;42017;42018;42019 5591;5592;5593;5594;5595;6889;6890;6891;6892;17360;17361;17362;25819;25820;32309;37402;39936;40042;40043;40044;40045;40046;40047;40048;40049;40050;40051;40052;40053;49239;49240;49669;49670;51877;51878;51879;51880;51881;51882;51883;51884;53511;53512;53513;53514;53515;53516 5591;6889;17361;25819;32309;37402;39936;40042;49239;49669;51882;53516 Q2TAY7 Q2TAY7 8 8 8 WD40 repeat-containing protein SMU1;WD40 repeat-containing protein SMU1, N-terminally processed SMU1 sp|Q2TAY7|SMU1_HUMAN WD40 repeat-containing protein SMU1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMU1 PE=1 SV=2 1 8 8 8 8 6 6 8 6 6 8 6 6 18.9 18.9 18.9 57.543 513 513 0 26.354 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64379 0.78712 1.7993 15 9 Leave out requantified 0.765 0.64593 0.71945 0.91747 0.7972 0.80763 119.19 111.02 80.6 5 5 5 3 3 3 Median Median Median 18.9 12.5 12.5 586460000 226480000 359980000 214220000 72997000 141220000 203970000 86007000 117960000 168280000 67472000 100800000 1262 75;2670;2692;2769;3074;9353;14347;16171 True;True;True;True;True;True;True;True 76;2706;2729;2807;3114;9442;14498;16338 268;9100;9210;9211;9212;9213;9489;9490;9491;10485;10486;10487;31743;31744;31745;48293;48294;48295;54487;54488;54489 392;11833;11969;11970;11971;11972;12326;12327;12328;13578;13579;13580;40556;40557;40558;61696;61697;69688;69689;69690;69691;69692;69693 392;11833;11969;12327;13579;40558;61696;69693 Q32MZ4 Q32MZ4 4 4 4 Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1 LRRFIP1 sp|Q32MZ4|LRRF1_HUMAN Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRRFIP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 0 3 3 0 3 3 0 10 10 10 89.252 808 808 0 16.954 By MS/MS By MS/MS 0.79781 1.0399 20.078 2 2 Median NaN 0.79781 NaN NaN 1.0399 NaN NaN 20.078 NaN 0 2 0 0 2 0 Median Median Median 7.7 6.7 0 32602000 19053000 13549000 9296000 3552500 5743500 23306000 15501000 7805300 0 0 0 1263 765;1683;3841;6653 True;True;True;True 774;1710;3887;6716 2590;5757;5758;13080;22462;22463 3379;7549;7550;16976;28774;28775 3379;7550;16976;28774 Q32P28 Q32P28 1 1 1 Prolyl 3-hydroxylase 1 LEPRE1 sp|Q32P28|P3H1_HUMAN Prolyl 3-hydroxylase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=P3H1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.6 1.6 1.6 83.393 736 736 0.0098087 1.8384 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 1.6 4561500 2861700 1699900 0 0 0 0 0 0 4561500 2861700 1699900 1264 14488 True 14641 48758 62310 62310 Q32P41 Q32P41 1 1 1 tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase TRMT5 sp|Q32P41|TRM5_HUMAN tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT5 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.8 1.8 1.8 58.246 509 509 0 3.0127 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69222 0.82115 17.072 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 1 Median Median Median 1.8 1.8 1.8 29237000 17375000 11861000 9642400 6036400 3606000 11585000 6787300 4798100 8008800 4551700 3457100 1265 612 True 619 2068;2069;2070 2715;2716;2717;2718 2717 Q32P44 Q32P44 5 5 5 Echinoderm microtubule-associated protein-like 3 EML3 sp|Q32P44|EMAL3_HUMAN Echinoderm microtubule-associated protein-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EML3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 4 3 4 4 3 4 4 3 7.8 7.8 7.8 95.196 896 896 0 26.849 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.36126 0.45559 59.212 9 7 Median 0.39019 0.66672 0.42569 0.41767 0.80764 0.50727 73.944 58.834 66.866 4 3 2 4 2 1 Median Plateau Median 6.7 6 4.9 205760000 160350000 45411000 85525000 64776000 20749000 60624000 46433000 14191000 59607000 49136000 10471000 1266 595;1647;3569;6165;15218 True;True;True;True;True 602;1674;3612;6224;15377 2014;2015;2016;2017;5628;12210;12211;12212;20502;20503;20504;51352 2646;2647;2648;2649;7399;15891;15892;15893;26413;26414;26415;65746 2649;7399;15891;26413;65746 Q3B726 Q3B726 1 1 1 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 TWISTNB sp|Q3B726|RPA43_HUMAN DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TWISTNB PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 4.7 4.7 4.7 37.432 338 338 0 8.5558 By MS/MS By MS/MS 0.68895 0.82384 8.0881 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 4.7 4.7 13660000 10175000 3485100 0 0 0 7222500 5833800 1388700 6437500 4341100 2096400 1267 16361 True 16530 55114;55115 70487;70488 70487 Q3KQU3 Q3KQU3 6 6 6 MAP7 domain-containing protein 1 MAP7D1 sp|Q3KQU3|MA7D1_HUMAN MAP7 domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP7D1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 5 3 5 5 3 5 5 3 13.3 13.3 13.3 92.819 841 841 0 12.338 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76495 0.91901 43.277 11 8 Leave out requantified 0.67139 0.87578 0.58183 0.74151 1.0981 0.67443 5.9966 66.135 31.942 3 5 3 2 4 2 Median Median Median 10.6 11.8 8.9 148850000 81146000 67706000 34453000 22521000 11932000 76751000 33835000 42916000 37648000 24790000 12858000 1268 3014;4020;4062;4102;10361;14191 True;True;True;True;True;True 3053;4069;4111;4151;10467;14342 10298;13632;13633;13634;13771;13772;13901;13902;13903;35045;35046;35047;47811;47812 13345;17708;17709;17710;17879;17880;18036;18037;18038;44724;44725;44726;44727;61074;61075 13345;17709;17879;18037;44724;61075 Q3LXA3 Q3LXA3 5 5 5 Bifunctional ATP-dependent dihydroxyacetone kinase/FAD-AMP lyase (cyclizing);ATP-dependent dihydroxyacetone kinase;FAD-AMP lyase (cyclizing) DAK sp|Q3LXA3|TKFC_HUMAN Triokinase/FMN cyclase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TKFC PE=1 SV=2 1 5 5 5 2 3 4 2 3 4 2 3 4 12.9 12.9 12.9 58.946 575 575 0 16.143 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80214 0.98445 30.947 9 2 Leave out requantified 0.55163 0.67458 1.1546 0.65075 0.84443 1.4038 60.482 16.579 35.181 2 3 4 0 0 2 Median Leave out requantified Linear 7.1 10.1 9.6 104810000 61670000 43140000 23015000 14399000 8615800 30017000 18908000 11109000 51779000 28364000 23415000 1269 8642;14302;14622;14623;14694 True;True;True;True;True 8725;14453;14775;14776;14847 29357;48145;48146;49197;49198;49199;49200;49434;49435 37634;61499;62908;62909;62910;62911;62912;62913;63237;63238 37634;61499;62908;62911;63237 Q3V6T2 Q3V6T2 2 2 2 Girdin CCDC88A sp|Q3V6T2|GRDN_HUMAN Girdin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCDC88A PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 1.2 1.2 1.2 216.04 1871 1871 0.0056584 2.1752 By MS/MS By MS/MS 0.57815 1.2199 34.831 3 2 Plateau NaN 0.71912 NaN NaN 0.91141 NaN NaN 41.23 NaN 1 2 0 1 1 0 Median Median Median 0.6 1.2 0 46663000 26606000 20057000 4584000 3175100 1408900 42079000 23431000 18648000 0 0 0 1270 2245;14386 True;True 2278;14539 7688;48431;48432 10061;61875;61876 10061;61875 Q3YEC7 Q3YEC7 4 4 4 Rab-like protein 6 RABL6 sp|Q3YEC7|RABL6_HUMAN Rab-like protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RABL6 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 4 12.8 12.8 12.8 79.548 729 729 0 40.626 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81353 0.95446 16.18 8 5 Median 0.80596 0.74206 0.89671 0.95818 0.9387 0.99536 17.336 1.8042 21.702 3 2 3 2 1 2 Median Median Median 7.1 4.7 12.8 112590000 63259000 49328000 36163000 19433000 16730000 35684000 21292000 14392000 40740000 22534000 18206000 1271 1981;8707;9072;13521 True;True;True;True 2012;8790;9158;13664 6751;6752;6753;29550;30791;30792;30793;45526;45527;45528;45529 8865;8866;37852;39412;39413;39414;58044;58045;58046;58047 8866;37852;39413;58046 Q3ZCM7 Q3ZCM7 9 2 2 Tubulin beta-8 chain TUBB8 sp|Q3ZCM7|TBB8_HUMAN Tubulin beta-8 chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBB8 PE=1 SV=2 1 9 2 2 9 9 9 2 2 2 2 2 2 21.4 7.4 7.4 49.775 444 444 0 63.172 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.35636 0.45648 0.82765 8 1 Leave out requantified 0.2994 0.34927 0.44983 0.36382 0.46171 0.5744 25.111 14.065 15.228 2 3 3 0 1 0 Median Plateau Median 21.4 21.4 21.4 806030000 600880000 205160000 266400000 213550000 52855000 351130000 256780000 94345000 188510000 130550000 57958000 1272 1443;2946;4868;7437;7810;8009;8429;10891;13592 False;True;False;False;True;False;False;False;False 1464;1465;2985;4923;7510;7887;8086;8509;11007;11008;11009;13736 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GLYR1 GLYR1 sp|Q49A26|GLYR1_HUMAN Putative oxidoreductase GLYR1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GLYR1 PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 4.9 4.9 4.9 60.547 553 553 0 9.1175 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.33873 0.39275 92.69 4 3 Median NaN NaN 0.33432 NaN NaN 0.37757 NaN NaN 66.511 1 1 2 0 1 2 Median Median Median 2.5 2.5 4.9 36057000 22824000 13233000 13689000 4474100 9215300 5711100 4999400 711670 16657000 13350000 3306100 1273 764;4896 True;True 773;4951 2587;2588;2589;16502 3376;3377;3378;21280 3377;21280 Q4G0J3 Q4G0J3 9 9 9 La-related protein 7 LARP7 sp|Q4G0J3|LARP7_HUMAN La-related protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LARP7 PE=1 SV=1 1 9 9 9 6 5 6 6 5 6 6 5 6 20.8 20.8 20.8 66.898 582 582 0 23.926 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75285 0.91146 19.173 17 9 Leave out requantified 0.72144 0.57136 0.75285 0.8642 0.74204 0.91146 21.684 32.712 18.822 6 6 5 4 5 0 Median Median Leave out requantified 13.6 11 13.6 291650000 170410000 121240000 85766000 47225000 38541000 131200000 83115000 48087000 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Median Leave out requantified 0 1.8 2.6 51571000 28602000 22969000 0 0 0 19308000 12393000 6914500 32263000 16209000 16054000 1290 13012;13229;14056 True;True;True 13153;13371;14205 43869;43870;44574;44575;47358 55875;55876;56798;60472 55876;56798;60472 Q5SY16 Q5SY16 1 1 1 Polynucleotide 5-hydroxyl-kinase NOL9 NOL9 sp|Q5SY16|NOL9_HUMAN Polynucleotide 5-hydroxyl-kinase NOL9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NOL9 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.6 1.6 1.6 79.322 702 702 0.0056818 2.2033 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 1.6 6717100 4164600 2552500 0 0 0 0 0 0 6717100 4164600 2552500 1291 10929 True 11049 37029 47182 47182 Q5T0F9 Q5T0F9 4 4 4 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1B CC2D1B sp|Q5T0F9|C2D1B_HUMAN Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CC2D1B PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 1 3 2 1 3 2 1 3 6.3 6.3 6.3 94.223 858 858 0 4.1761 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.9372 2.3379 57.326 5 2 Median 1.2947 NaN 1.4514 1.4882 NaN 1.6964 73.312 NaN 45.36 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 4.1 1.4 3.6 83737000 36754000 46983000 25520000 13092000 12428000 15363000 5090200 10273000 42854000 18572000 24282000 1292 3564;4586;11106;11638 True;True;True;True 3607;4640;11229;11766 12178;15486;37597;37598;37599;39299 15844;20022;47961;50128 15844;20022;47961;50128 Q9Y6H1;Q5T1J5 Q9Y6H1;Q5T1J5 2;2 2;2 2;2 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 2;Putative coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein CHCHD2P9, mitochondrial CHCHD2;CHCHD2P9 sp|Q9Y6H1|CHCH2_HUMAN Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHCHD2 PE=1 SV=1;sp|Q5T1J5|CHCH9_HUMAN Putative coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein CHCHD2P9, mitochondrial OS=Homo s 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 27.2 27.2 27.2 15.512 151 151;151 0 27.678 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68097 0.82438 2.5719 9 2 Leave out requantified 0.74914 0.70847 0.65478 0.81908 0.86044 0.80952 11.687 5.6539 8.0412 3 3 3 0 1 1 Median Median Plateau 27.2 27.2 27.2 239480000 150380000 89107000 103840000 61908000 41930000 81055000 53657000 27398000 54590000 34811000 19779000 1293 119;11444 True;True 120;11570 402;403;404;405;406;407;38682;38683;38684 555;556;557;558;559;560;561;49348;49349;49350 555;49350 Q5T280 Q5T280 2 2 2 Putative methyltransferase C9orf114 C9orf114 sp|Q5T280|CI114_HUMAN Putative methyltransferase C9orf114 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPOUT1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 6.6 6.6 6.6 42.008 376 376 0 5.6521 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 3.2 0 6.6 13669000 9557300 4111800 0 0 0 0 0 0 13669000 9557300 4111800 1294 6041;7263 True;True 6100;7332 20114;24472;24473 25901;31391;31392 25901;31392 Q5T3I0 Q5T3I0 2 2 2 G patch domain-containing protein 4 GPATCH4 sp|Q5T3I0|GPTC4_HUMAN G patch domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GPATCH4 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 6.3 6.3 6.3 50.381 446 446 0 4.0456 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84216 1.0202 10.24 6 2 Leave out requantified 0.84111 0.84442 0.83991 0.97317 1.0395 1.0013 30.122 9.3676 11.113 2 2 2 2 0 0 Median Median Median 6.3 6.3 6.3 47283000 23797000 23486000 15163000 7683600 7479000 15405000 7825300 7579900 16716000 8288600 8427100 1295 10546;11589 True;True 10657;11717 35677;35678;35679;39135;39136;39137 45549;45550;49918;49919;49920;49921 45549;49918 Q5T4S7 Q5T4S7 2 2 2 E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 UBR4 sp|Q5T4S7|UBR4_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBR4 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 0 0 2 0 0 2 0 0.4 0.4 0.4 573.83 5183 5183 0 3.0707 By MS/MS 0.42058 0.53226 3.6491 2 2 Median NaN 0.42058 NaN NaN 0.53226 NaN NaN 3.6491 NaN 0 2 0 0 2 0 Median Median Median 0 0.4 0 11195000 7101300 4094000 0 0 0 11195000 7101300 4094000 0 0 0 1296 1459;16415 True;True 1481;16584 4970;55286 6535;70711 6535;70711 Q5T5C0 Q5T5C0 1 1 1 Syntaxin-binding protein 5 STXBP5 sp|Q5T5C0|STXB5_HUMAN Syntaxin-binding protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STXBP5 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1.3 1.3 1.3 127.57 1151 1151 0 3.9837 By MS/MS By MS/MS 0.76062 0.83018 18.373 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 0 Median Median Median 1.3 0 1.3 7668000 4753900 2914200 3267600 2109600 1158000 0 0 0 4400400 2644300 1756100 1297 9283 True 9370 31497;31498 40264;40265 40265 Q5T5Y3 Q5T5Y3 1 1 1 Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 1 CAMSAP1 sp|Q5T5Y3|CAMP1_HUMAN Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAMSAP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.7 0.7 0.7 177.97 1602 1602 0.0016207 2.6957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0199 1.2785 47.882 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 0.7 0.7 0.7 40171000 15452000 24719000 15506000 4766800 10739000 11830000 4855800 6974700 12835000 5829100 7005500 1298 4270 True 4321 14464;14465;14466 18752;18753;18754 18754 Q5T6V5 Q5T6V5 2 2 2 UPF0553 protein C9orf64 C9orf64 sp|Q5T6V5|QSPP_HUMAN Queuosine salvage protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C9orf64 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5.9 5.9 5.9 39.028 341 341 0 5.5343 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64097 0.79319 94.12 5 2 Median 1.2992 0.88717 NaN 1.4355 1.135 NaN 114.93 140.94 NaN 2 2 1 1 1 0 Median Median Median 5.9 5.9 2.9 109020000 63151000 45870000 43089000 21152000 21937000 46671000 28438000 18233000 19261000 13561000 5699900 1299 1888;2777 True;True 1918;2815 6462;6463;6464;9509;9510 8479;8480;8481;8482;12353;12354 8479;12353 Q5T8I3 Q5T8I3 1 1 1 Protein FAM102B FAM102B sp|Q5T8I3|F102B_HUMAN Protein FAM102B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM102B PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 5 5 5 39.308 360 360 0.0084242 1.9011 By MS/MS By MS/MS 0.79253 1.0013 22.65 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 0 Median Median Median 0 5 5 25813000 14874000 10939000 0 0 0 13991000 8606100 5384500 11823000 6268200 5554400 1300 6675 True 6738 22534;22535 28873;28874 28873 Q5T8P6 Q5T8P6 14 14 13 RNA-binding protein 26 RBM26 sp|Q5T8P6|RBM26_HUMAN RNA-binding protein 26 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM26 PE=1 SV=3 1 14 14 13 10 8 11 10 8 11 9 8 11 15.1 15.1 13.9 113.6 1007 1007 0 34.251 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65564 0.79666 47.696 27 9 Leave out requantified 0.69301 0.58291 0.75146 0.77147 0.73636 0.91042 60.945 11.74 9.8953 6 10 11 1 3 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.2 9.6 11.1 647460000 393270000 254190000 130550000 89556000 40995000 226180000 130560000 95624000 290730000 173160000 117570000 1301 286;669;744;3412;4196;6239;7674;13501;14009;14017;14063;14064;14510;14514 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 287;677;753;3454;4246;6299;7748;13644;14158;14166;14212;14213;14663;14667 911;912;913;914;915;2272;2530;2531;11633;11634;11635;11636;14204;20752;25844;25845;25846;45463;47200;47201;47202;47203;47204;47205;47226;47374;47375;47376;47377;48828;48829;48830;48831;48837;48838;48839 1207;1208;1209;1210;1211;2970;3318;15139;15140;15141;15142;15143;15144;18411;26741;33151;57971;60288;60289;60290;60291;60292;60293;60294;60295;60316;60494;60495;60496;60497;62404;62405;62406;62407;62417;62418;62419 1207;2970;3318;15144;18411;26741;33151;57971;60289;60316;60495;60497;62406;62418 Q5TBB1 Q5TBB1 5 5 5 Ribonuclease H2 subunit B RNASEH2B sp|Q5TBB1|RNH2B_HUMAN Ribonuclease H2 subunit B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNASEH2B PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 19.6 19.6 19.6 35.138 312 312 0 17.336 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68624 0.87341 5.8965 19 9 Leave out requantified 0.81381 0.6155 0.76272 0.90227 0.74642 0.92421 74.571 9.9788 91.802 7 7 5 4 3 2 Median Leave out requantified Median 19.6 19.6 16.7 720500000 253780000 466720000 349790000 101210000 248580000 176820000 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19392;22060 Q6L8Q7 Q6L8Q7 3 3 3 2,5-phosphodiesterase 12 PDE12 sp|Q6L8Q7|PDE12_HUMAN 2,5-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDE12 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 7.1 7.1 7.1 67.351 609 609 0 12.226 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84034 0.92611 14.561 6 5 Median 0.84034 0.80395 0.80342 0.92611 1.0112 0.9084 5.114 20.203 22.251 2 2 2 1 2 2 Median Median Median 4.3 7.1 4.3 140300000 76806000 63494000 57365000 31323000 26042000 42262000 24873000 17390000 40672000 20610000 20063000 1331 3835;9709;15845 True;True;True 3881;9803;16009 13060;32929;32930;32931;53430;53431;53432 16955;42069;42070;42071;68389;68390;68391 16955;42071;68389 Q6NVY1 Q6NVY1 4 4 4 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial HIBCH sp|Q6NVY1|HIBCH_HUMAN 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIBCH PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 11.9 11.9 11.9 43.482 386 386 0 9.1523 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84614 0.96399 3.6447 10 3 Leave out requantified 0.81035 0.83707 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arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 JMJD6 sp|Q6NYC1|JMJD6_HUMAN Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=JMJD6 PE=1 SV=1 1 7 7 7 7 7 6 7 7 6 7 7 6 18.4 18.4 18.4 46.461 403 403 0 22.107 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71676 0.85484 20.44 19 3 Leave out requantified 0.71133 0.71597 0.81341 0.82965 0.89507 0.90438 33.459 10.612 21.075 7 6 6 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.4 18.4 18.4 344990000 200030000 144970000 127940000 73527000 54415000 125350000 71749000 53601000 91703000 54749000 36953000 1334 207;1601;1926;4572;4573;15859;15880 True;True;True;True;True;True;True 208;1628;1957;4626;4627;16023;16044 696;697;698;699;5458;5459;5460;6582;6583;6584;15436;15437;15438;15439;15440;15441;53472;53473;53474;53529;53530;53531 925;926;927;928;7192;8634;8635;8636;8637;8638;8639;19962;19963;19964;19965;19966;19967;19968;19969;68437;68438;68500;68501;68502 925;7192;8638;19964;19968;68437;68500 Q6P582;Q6NZ67 Q6P582;Q6NZ67 1;1 1;1 1;1 Mitotic-spindle organizing protein 2A;Mitotic-spindle organizing protein 2B MZT2A;MZT2B sp|Q6P582|MZT2A_HUMAN Mitotic-spindle organizing protein 2A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MZT2A PE=1 SV=2;sp|Q6NZ67|MZT2B_HUMAN Mitotic-spindle organizing protein 2B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MZT2B PE=1 SV=1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13.9 13.9 13.9 16.22 158 158;158 0.0056848 2.2257 By MS/MS By matching By MS/MS 1.0426 1.2108 35.425 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 13.9 13.9 13.9 40027000 20691000 19336000 15020000 6437900 8582400 13836000 7338800 6497300 11171000 6914800 4256000 1335 8396 True 8475 28543;28544;28545 36602;36603 36603 Q6NZI2 Q6NZI2 7 7 7 Polymerase I and transcript release factor PTRF sp|Q6NZI2|CAVN1_HUMAN Caveolae-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAVIN1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 4 2 4 4 2 4 4 2 4 23.6 23.6 23.6 43.476 390 390 0 30.202 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81156 0.98662 36.487 7 1 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Pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein 1 PDXDC1 sp|Q6P996|PDXD1_HUMAN Pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDXDC1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 1 4 1 1 4 1 1 4 1 6.6 6.6 6.6 86.706 788 788 0 6.3429 By MS/MS By MS/MS By matching 0.77947 0.93029 42.358 6 2 Leave out requantified NaN 0.96273 NaN NaN 1.1908 NaN NaN 42.372 NaN 1 4 1 0 2 0 Median Median Median 1 6.6 1 98509000 52461000 46047000 15237000 8469200 6767600 63780000 34419000 29361000 19491000 9573200 9918200 1342 5650;9152;12393;13772 True;True;True;True 5708;9239;12527;13919 18961;31067;31068;31069;41766;46345;46346 24507;39744;53173;59141;59142 24507;39744;53173;59141 Q6PD62 Q6PD62 11 11 11 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog CTR9 sp|Q6PD62|CTR9_HUMAN RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CTR9 PE=1 SV=1 1 11 11 11 7 7 10 7 7 10 7 7 10 11.3 11.3 11.3 133.5 1173 1173 0 22.461 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73289 0.89559 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Monofunctional C1-tetrahydrofolate synthase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTHFD1L PE=1 SV=1 1 7 6 6 5 5 7 4 5 6 4 5 6 7.7 7 7 105.79 978 978 0 12.541 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70313 0.86009 20.372 17 4 Leave out requantified 0.92192 0.83867 0.77137 1.0214 1.0666 0.90606 22.131 59.134 20.519 4 7 6 1 3 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 5.2 6.1 7.7 257340000 147270000 110070000 65330000 33190000 32140000 101040000 62867000 38177000 90967000 51211000 39756000 1349 1415;1984;4293;7210;9608;15187;16440 True;True;True;True;True;False;True 1436;2015;4344;7277;9702;15346;16609 4831;6760;6761;6762;14544;14545;14546;24305;24306;24307;32617;32618;32619;32620;32621;51249;51250;55370;55371 6368;8876;8877;8878;8879;8880;18847;18848;31201;41689;41690;41691;41692;41693;41694;65608;70824 6368;8876;18848;31201;41692;65608;70824 Q6UW63 Q6UW63 2 2 2 KDEL motif-containing protein 1 KDELC1 sp|Q6UW63|PLGT2_HUMAN Protein O-glucosyltransferase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KDELC1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 4.4 4.4 4.4 58.042 502 502 0 4.206 By MS/MS By MS/MS 0.89032 1.0415 3.1379 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 4.4 2.6 0 25697000 11481000 14217000 11624000 4465500 7158700 14073000 7015200 7057800 0 0 0 1350 3885;12470 True;True 3933;12604 13221;13222;42022 17185;17186;53519 17185;53519 Q6UX04 Q6UX04 5 5 5 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CWC27 homolog CWC27 sp|Q6UX04|CWC27_HUMAN Spliceosome-associated protein CWC27 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CWC27 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 14.4 14.4 14.4 53.846 472 472 0 36.693 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69222 0.82727 109.08 13 1 Leave out requantified 0.68664 0.61514 0.92194 0.77012 0.74986 1.1026 26.432 55.708 113.96 5 4 4 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.4 14.4 10.8 203420000 101160000 102260000 79399000 44699000 34700000 50204000 31164000 19040000 73817000 25296000 48522000 1351 3146;3610;9689;12328;12438 True;True;True;True;True 3187;3654;9783;12462;12572 10745;10746;10747;12368;12369;12370;32861;32862;41561;41562;41563;41564;41914;41915;41916 13944;13945;13946;16074;41988;41989;52945;52946;52947;52948;53379;53380;53381;53382 13945;16074;41988;52947;53379 Q6UXB0 Q6UXB0 1 1 1 Protein FAM131A FAM131A sp|Q6UXB0|F131A_HUMAN Protein FAM131A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM131A PE=2 SV=2 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 3.8 3.8 3.8 39.502 366 366 0 3.8309 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 0 0 0 Median Median Median 3.8 0 0 44056000 21712000 22343000 44056000 21712000 22343000 0 0 0 0 0 0 1352 8404 True 8483 28573 36648;36649 36649 Q6VY07 Q6VY07 3 3 3 Phosphofurin acidic cluster sorting protein 1 PACS1 sp|Q6VY07|PACS1_HUMAN Phosphofurin acidic cluster sorting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PACS1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 3 2 1 3 2 1 3 2 3.7 3.7 3.7 104.9 963 963 0 5.714 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.53439 0.65675 40.313 5 2 Median NaN 0.56463 0.45937 NaN 0.6748 0.55311 NaN 23.842 24.29 1 2 2 0 1 1 Median Median Median 1.3 3.7 2.3 56808000 36632000 20175000 9885400 4971000 4914400 26937000 18609000 8327900 19986000 13053000 6933100 1353 4682;4751;12487 True;True;True 4737;4806;12622 15811;15812;16029;16030;16031;42082 20436;20437;20699;20700;20701;20702;20703;53593 20436;20702;53593 Q6WCQ1 Q6WCQ1 8 8 8 Myosin phosphatase Rho-interacting protein MPRIP sp|Q6WCQ1|MPRIP_HUMAN Myosin phosphatase Rho-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MPRIP PE=1 SV=3 1 8 8 8 5 4 7 5 4 7 5 4 7 13.2 13.2 13.2 116.53 1025 1025 0 15.648 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77988 0.94736 25.901 15 4 Leave out requantified 0.83705 0.76815 0.79599 0.96263 0.96233 0.96517 21.82 4.2494 36.728 5 3 7 1 0 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 9 7.3 11.7 243540000 105390000 138150000 76378000 30737000 45641000 49502000 25440000 24062000 117660000 49212000 68452000 1354 332;3040;3945;6614;9098;11356;11997;14669 True;True;True;True;True;True;True;True 335;3080;3994;6677;9184;11482;12127;14822 1103;10381;13404;22280;22281;30901;30902;30903;38447;38448;40435;40436;40437;49348;49349;49350 1451;13454;17413;28568;28569;39542;49040;51594;51595;63128;63129;63130;63131;63132;63133 1451;13454;17413;28569;39542;49040;51595;63132 Q6XZF7 Q6XZF7 5 5 5 Dynamin-binding protein DNMBP sp|Q6XZF7|DNMBP_HUMAN Dynamin-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNMBP PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4.4 4.4 4.4 177.35 1577 1577 0 6.9553 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7109 0.84071 5.8267 7 1 Leave out requantified 0.72973 0.70765 0.71422 0.82138 0.87607 0.836 12.583 3.843 5.0325 2 3 2 0 1 0 Median Median Median 2.8 2.8 3 101930000 58994000 42931000 36952000 20450000 16503000 41044000 24975000 16069000 23928000 13569000 10359000 1355 3536;11080;12667;12804;16182 True;True;True;True;True 3578;11202;12804;12942;16349 12061;12062;12063;37513;42710;42711;42712;43159;54517 15680;47831;54450;54994;69725 15680;47831;54450;54994;69725 Q6Y7W6 Q6Y7W6 2 2 2 PERQ amino acid-rich with GYF domain-containing protein 2 GIGYF2 sp|Q6Y7W6|GGYF2_HUMAN GRB10-interacting GYF protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GIGYF2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 1.8 1.8 1.8 150.07 1299 1299 0 6.5464 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66015 0.80027 22.765 6 1 Leave out requantified 0.47604 NaN 0.59941 0.53159 NaN 0.7499 33.407 NaN 32.697 2 1 3 1 0 0 Median Median Median 1.8 0.9 1.8 37736000 22960000 14776000 12262000 8280900 3981300 7410400 4095700 3314800 18064000 10583000 7480100 1356 901;13733 True;True 915;13880 3077;3078;3079;46222;46223;46224 4022;4023;4024;4025;58979;58980;58981;58982;58983 4025;58981 Q6YN16 Q6YN16 1 1 1 Hydroxysteroid dehydrogenase-like protein 2 HSDL2 sp|Q6YN16|HSDL2_HUMAN Hydroxysteroid dehydrogenase-like protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSDL2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 4.3 4.3 4.3 45.394 418 418 0 3.8262 By MS/MS By matching 0.77949 0.92884 28.202 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 4.3 0 4.3 31514000 18779000 12735000 13811000 9236300 4574700 0 0 0 17703000 9543100 8160000 1357 9198 True 9285 31219;31220 39914 39914 Q70E73 Q70E73 2 2 2 Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1 RAPH1 sp|Q70E73|RAPH1_HUMAN Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAPH1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 3.4 3.4 3.4 135.25 1250 1250 0.0098571 1.8699 By MS/MS By MS/MS 0.69555 0.82448 7.3982 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 1 0 Median Median Median 0.8 2.6 0 16310000 11470000 4839600 4441400 2515000 1926400 11869000 8955500 2913200 0 0 0 1358 12192;12630 True;True 12326;12767 41152;42585 52467;54287;54288 52467;54287 Q70J99 Q70J99 1 1 1 Protein unc-13 homolog D UNC13D sp|Q70J99|UN13D_HUMAN Protein unc-13 homolog D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UNC13D PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0.9 0.9 0.9 123.28 1090 1090 0 8.8912 By MS/MS By MS/MS 0.36699 0.43863 56.777 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 1 Median Median Median 0 0.9 0.9 23658000 16047000 7610600 0 0 0 12048000 7927000 4120800 11610000 8120000 3489800 1359 6596 True 6659 22218;22219 28503;28504;28505 28505 Q71RC2 Q71RC2 3 3 3 La-related protein 4 LARP4 sp|Q71RC2|LARP4_HUMAN La-related protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LARP4 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 6.5 6.5 6.5 80.595 724 724 0 7.8954 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62175 0.72025 8.5946 7 3 Leave out requantified 0.92203 0.6017 0.65592 1.0269 0.74178 0.76537 6.5635 12.761 12.931 2 2 3 1 1 1 Median Median Median 3.5 4.7 6.5 51916000 32008000 19908000 16238000 8030700 8207100 13336000 9551000 3785200 22342000 14426000 7915700 1360 7530;9830;13225 True;True;True 7603;9925;13367 25341;25342;25343;33303;33304;44565;44566 32463;32464;42528;42529;56788;56789 32464;42528;56789 Q71U36;P0DPH8;P0DPH7;Q6PEY2;A6NHL2 Q71U36;P0DPH8;P0DPH7;Q6PEY2 24;19;19;14;3 3;3;3;3;0 1;1;1;1;0 Tubulin alpha-1A chain;Tubulin alpha-3E chain TUBA1A;TUBA3E sp|Q71U36|TBA1A_HUMAN Tubulin alpha-1A chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBA1A PE=1 SV=1;sp|P0DPH8|TBA3D_HUMAN Tubulin alpha-3D chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBA3D PE=1 SV=1;sp|P0DPH7|TBA3C_HUMAN Tubulin alpha-3C chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBA3C 5 24 3 1 23 24 22 2 3 2 0 1 0 63.9 6.2 3.1 50.135 451 451;450;450;450;446 0 8.8777 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61449 0.74532 38.963 10 0 Leave out requantified 0.66878 0.57101 0.60379 0.78056 0.72464 0.73031 66.965 39.117 24.148 3 4 3 0 0 0 Median Leave out requantified Median 60.8 63.9 59.2 953960000 579560000 374400000 322860000 187780000 135080000 409950000 253580000 156370000 221150000 138200000 82954000 1361 467;1373;1408;1522;2807;2863;3085;3138;3139;3508;4492;4498;5597;7007;8489;8963;9750;10765;11651;11652;12218;13914;13943;14962 False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;False;True;False;False;False;False;True;False;True;False 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307;3436;4025;6378;6828;8407 992;993;11584;11585;11586;13490;13491;21013;22811;28299;28300;28301;28302;28303;28304 1297;1298;15074;15075;17509;17510;27073;29237;36278;36279;36280;36281;36282;36283;36284 1297;15075;17510;27073;29237;36278 Q7Z5L9;Q9H1B7 Q7Z5L9 3;1 3;1 3;1 Interferon regulatory factor 2-binding protein 2 IRF2BP2 sp|Q7Z5L9|I2BP2_HUMAN Interferon regulatory factor 2-binding protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IRF2BP2 PE=1 SV=2 2 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 10.9 10.9 10.9 61.024 587 587;796 0 13.783 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.3208 1.5215 41.237 8 8 Median 1.4288 0.75969 1.7563 1.6448 0.97782 2.0906 43.488 29.636 28.007 3 2 3 3 2 3 Median Median Median 8.2 6.1 8.2 145050000 62837000 82215000 60553000 19724000 40829000 35229000 22859000 12370000 49270000 20253000 29016000 1390 16;2153;8566 True;True;True 17;2186;8649 66;67;7381;7382;7383;7384;7385;29132 106;107;9670;9671;9672;9673;9674;37372 106;9674;37372 Q7Z6Z7 Q7Z6Z7 9 9 9 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 HUWE1 sp|Q7Z6Z7|HUWE1_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HUWE1 PE=1 SV=3 1 9 9 9 4 7 5 4 7 5 4 7 5 2.5 2.5 2.5 481.89 4374 4374 0 10.543 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87406 1.0249 10.539 13 4 Leave out requantified 0.84329 0.73051 0.8828 0.96571 0.89915 1.0021 10.195 11.611 15.05 4 5 4 1 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 1.1 2 1.2 1477000000 849490000 627470000 535170000 302850000 232320000 481250000 289940000 191310000 460540000 256700000 203830000 1391 96;5867;8277;9195;9306;9815;12657;12999;14119 True;True;True;True;True;True;True;True;True 97;5926;8356;9282;9393;9910;12794;13139;14269 331;19621;28123;28124;28125;31210;31586;31587;33254;33255;33256;42672;42673;43826;47572;47573 469;25319;36039;39905;40379;42474;54399;54400;55818;60759;60760 469;25319;36039;39905;40379;42474;54400;55818;60759 Q7Z739;Q9BYJ9 Q7Z739;Q9BYJ9 6;4 6;4 3;2 YTH domain-containing family protein 3;YTH domain-containing family protein 1 YTHDF3;YTHDF1 sp|Q7Z739|YTHD3_HUMAN YTH domain-containing family protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YTHDF3 PE=1 SV=1;sp|Q9BYJ9|YTHD1_HUMAN YTH domain-containing family protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YTHDF1 PE=1 SV=1 2 6 6 3 5 4 5 5 4 5 2 1 2 11.6 11.6 7.4 63.86 585 585;559 0 13.273 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76528 0.91633 10.774 18 3 Leave out requantified 0.8126 0.76457 0.7643 0.90536 0.97414 0.89172 59.908 18.949 39.762 7 6 5 2 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.9 6.5 9.2 330360000 197300000 133050000 104630000 58144000 46485000 126040000 75938000 50104000 99685000 63221000 36463000 1392 671;1971;2721;6602;8628;13508 True;True;True;True;True;True 679;2002;2759;6665;8711;13651 2276;6723;6724;6725;9313;9314;9315;22233;29313;29314;29315;29316;29317;29318;45484;45485;45486;45487;45488 2977;8833;8834;8835;8836;12099;12100;12101;12102;12103;28520;37579;37580;37581;37582;37583;37584;57994;57995 2977;8834;12099;28520;37581;57995 Q7Z7A4 Q7Z7A4 1 1 1 PX domain-containing protein kinase-like protein PXK sp|Q7Z7A4|PXK_HUMAN PX domain-containing protein kinase-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PXK PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.1 2.1 2.1 64.949 578 578 0.00055036 2.9394 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2264 1.4952 11.672 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.1 2.1 2.1 27927000 12889000 15038000 8772700 4009300 4763400 8427500 3943500 4484000 10727000 4935900 5791000 1393 12283 True 12417 41442;41443;41444 52810;52811;52812;52813 52811 Q86TG7 Q86TG7 4 4 4 Retrotransposon-derived protein PEG10 PEG10 sp|Q86TG7|PEG10_HUMAN Retrotransposon-derived protein PEG10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PEG10 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 5.6 5.6 5.6 80.172 708 708 0 25.201 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89875 0.99969 69.046 13 3 Leave out requantified 0.81572 0.85668 0.8244 0.91865 1.0657 0.95791 29.019 64.355 20.308 4 5 4 1 1 1 Median Leave out requantified Median 5.5 5.6 5.5 201090000 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12016;12017;12018;36480;36481;42064;42065;42066;42589;42590;54094;54095 15626;15627;15628;46530;46531;53568;53569;53570;54295;54296;54297;69200;69201 15628;46530;53569;54297;69201 Q86U44 Q86U44 2 2 2 N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit METTL3 sp|Q86U44|MTA70_HUMAN N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=METTL3 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 9.7 9.7 9.7 64.473 580 580 0 6.7686 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.5969 0.7777 29.299 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 9.7 9.7 5.9 50447000 36168000 14279000 23989000 17953000 6036000 15058000 9006700 6051700 11400000 9209100 2191000 1396 2103;12407 True;True 2136;12541 7198;7199;41815;41816;41817 9444;9445;53237;53238;53239 9445;53237 Q86U86 Q86U86 1 1 1 Protein polybromo-1 PBRM1 sp|Q86U86|PB1_HUMAN Protein polybromo-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PBRM1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1.1 1.1 1.1 192.95 1689 1689 0.0056526 2.1627 By MS/MS NaN NaN NaN 0 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kinase tousled-like 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TLK2 PE=1 SV=2 2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1.2 1.2 1.2 86.699 766 766;772 0.0065789 2.0366 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 1.2 0 0 2785600 1992800 792770 2785600 1992800 792770 0 0 0 0 0 0 1399 16242 True 16409 54740 70019 70019 Q86UK7 Q86UK7 4 4 4 Zinc finger protein 598 ZNF598 sp|Q86UK7|ZN598_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase ZNF598 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF598 PE=1 SV=1 1 4 4 4 1 1 4 1 1 4 1 1 4 5.5 5.5 5.5 98.636 904 904 0 14.707 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.63476 0.76608 13.344 3 0 Median NaN NaN 0.59651 NaN NaN 0.69071 NaN NaN 16.87 0 1 2 0 0 0 Median Median Median 1.3 1.3 5.5 44369000 28167000 16202000 0 0 0 12450000 7586000 4863800 31919000 20581000 11338000 1400 83;1258;10849;12163 True;True;True;True 84;1277;10964;12296 295;4285;4286;4287;36745;41050 423;5679;5680;5681;5682;46817;52329 423;5682;46817;52329 Q86UV5 Q86UV5 11 11 11 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48 USP48 sp|Q86UV5|UBP48_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP48 PE=1 SV=1 1 11 11 11 7 10 10 7 10 10 7 10 10 15.4 15.4 15.4 119.03 1035 1035 0 53.047 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74962 0.91855 17.717 33 11 Leave out requantified 0.83897 0.70374 0.74925 0.97629 0.91894 0.9015 12.652 19.092 29.583 9 12 12 5 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 9.5 14.6 13.6 847630000 488870000 358760000 233970000 135080000 98884000 318420000 189040000 129380000 295250000 164750000 130500000 1401 818;3339;6892;7266;8732;8767;9631;10988;14303;15854;16161 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 829;3380;6956;7335;8815;8850;9725;11108;14454;16018;16328 2787;2788;2789;2790;2791;2792;11393;11394;11395;11396;11397;11398;23223;23224;24480;24481;24482;29632;29633;29768;29769;29770;32697;32698;37207;48147;48148;48149;53456;53457;53458;54452;54453;54454 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Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS36 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4 3.4 3.4 43.816 386 386 0.0026385 2.4402 By matching By MS/MS By matching 0.8695 0.96531 9.7857 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.4 3.4 3.4 18616000 9463600 9152100 5705000 2632600 3072400 7176000 3783000 3393000 5734700 3048000 2686700 1403 11606 True 11734 39194;39195;39196 49994 49994 Q86VP6 Q86VP6 2 2 2 Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1 CAND1 sp|Q86VP6|CAND1_HUMAN Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAND1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 0 1 2 0 1 2 0 1 1.7 1.7 1.7 136.37 1230 1230 0.0065723 2.0325 By MS/MS By MS/MS 0.50263 0.59058 35.849 3 1 Median 0.71009 NaN NaN 0.79857 NaN NaN 44.31 NaN NaN 2 0 1 1 0 0 Median Median Median 1.7 0 0.7 63926000 36351000 27575000 38345000 20977000 17368000 0 0 0 25580000 15374000 10207000 1404 28;9793 True;True 29;9888 108;109;33187 161;42400 161;42400 Q86VV8 Q86VV8 1 1 1 Rotatin RTTN sp|Q86VV8|RTTN_HUMAN Rotatin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTTN PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.3 0.3 0.3 248.63 2226 2226 0.0070211 1.9887 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95552 1.194 18.831 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 0.3 0.3 0.3 526980000 284590000 242390000 182530000 96479000 86049000 193240000 105660000 87585000 151210000 82451000 68755000 1405 15159 True 15317 51148;51149;51150 65470;65471;65472;65473;65474;65475 65471 Q86W50 Q86W50 4 4 4 Methyltransferase-like protein 16 METTL16 sp|Q86W50|MET16_HUMAN RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=METTL16 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 6.9 6.9 6.9 63.62 562 562 0 5.4535 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88481 1.0437 33.839 8 0 Leave out requantified 0.82062 0.97039 0.8788 0.92006 1.2713 1.0574 15.861 39.698 2.4274 2 3 3 0 0 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 3 4.8 5.2 134710000 70372000 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9655;9656;9657;9658;9777;9778;9779;9780;9781;11789;11790;11791;16397;16398;16399;16608;17851;17852;17853;17854;24520;24521;24522;24523;24524;24813;25373;25374;30419;30420;30421;30422;30423;30424;30425;40912;40913;45910;45911;46540;46541;54387;54388;62118;62119;62120;62121;68108;68109;68110;68111 9658;9777;11791;16398;16608;17851;24522;24813;25374;30424;40912;45910;46541;54388;62121;68111 Q86XZ4 Q86XZ4 2 2 2 Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 SPATS2 sp|Q86XZ4|SPAS2_HUMAN Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPATS2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 5.5 5.5 5.5 59.544 545 545 0 22.808 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 2.8 2.8 5.5 3610200 3610200 0 3610200 3610200 0 0 0 0 0 0 0 1412 3681;13456 True;True 3727;13599 12591;45311;45312;45313 16354;57742;57743;57744 16354;57743 Q86Y56 Q86Y56 9 9 9 Dynein assembly factor 5, axonemal DNAAF5 sp|Q86Y56|DAAF5_HUMAN Dynein assembly factor 5, axonemal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAAF5 PE=1 SV=4 1 9 9 9 8 7 7 8 7 7 8 7 7 11.1 11.1 11.1 93.52 855 855 0 17.444 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84699 0.98112 28.397 21 6 Leave out requantified 0.78901 0.81894 0.84476 0.91821 1.0424 1.001 22.496 31.819 18.588 8 6 7 3 0 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.1 8.5 8.2 317950000 190530000 127410000 118120000 75882000 42240000 89268000 52805000 36462000 110560000 61847000 48711000 1413 191;660;737;2146;3411;3775;7715;8680;9256 True;True;True;True;True;True;True;True;True 192;668;746;2179;3453;3821;7789;8763;9343 643;644;645;2239;2240;2241;2516;2517;7355;11630;11631;11632;12875;12876;12877;25984;25985;25986;29471;31415;31416;31417 866;867;868;2927;2928;2929;3306;9640;15136;15137;15138;16722;33332;37763;40162;40163;40164;40165 866;2928;3306;9640;15137;16722;33332;37763;40165 Q8IUD2 Q8IUD2 3 3 3 ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1 ERC1 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318;1631;1780;2253;5763;5862;9445;10776;13505;14604;14687 1025;1026;1027;5479;5480;5481;5482;5483;5484;5485;5486;5487;5998;7604;7605;7606;7607;7608;7609;19140;19141;19142;19143;19427;19428;19429;31756;31757;36044;36045;36046;36047;36048;36049;44982;44983;44984;44985;44986;44987;48652;48653;48654;48898;48899;48900;48901;48902 1336;1337;1338;7214;7215;7216;7217;7218;7219;7220;7221;7222;7223;7224;7225;7864;9949;9950;9951;9952;9953;9954;24727;24728;24729;24730;24731;24732;25101;40570;40571;45992;45993;45994;57307;57308;57309;57310;57311;57312;57313;57314;57315;57316;57317;62172;62173;62174;62175;62176;62177;62494;62495;62496;62497 1338;7225;7864;9949;24730;25101;40570;45994;57317;62174;62497 Q8IWX8 Q8IWX8 3 3 3 Calcium homeostasis endoplasmic reticulum protein CHERP sp|Q8IWX8|CHERP_HUMAN Calcium homeostasis endoplasmic reticulum protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHERP PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 5 5 5 103.7 916 916 0 11.225 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.59933 0.7411 16.509 7 1 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 533;1932;2967;3274;5006;7739;7886;8140;12459;15078;16341 1767;1768;6501;6502;10025;10026;10027;11050;11051;11052;16689;16690;16691;25817;25818;26354;26355;26356;27330;41555;41556;50274;50275;50276;54493;54494;54495 2310;2311;8530;12993;12994;12995;12996;14340;14341;14342;14343;14344;21524;21525;21526;21527;33117;33118;33119;33834;33835;35035;52939;52940;64337;69698 2310;8530;12994;14343;21527;33119;33834;35035;52940;64337;69698 Q8IX18 Q8IX18 1 1 1 Probable ATP-dependent RNA helicase DHX40 DHX40 sp|Q8IX18|DHX40_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DHX40 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DHX40 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7 1.7 1.7 88.559 779 779 0 3.3845 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76467 0.87516 17.65 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 0 Median Median Median 1.7 1.7 1.7 28242000 16712000 11530000 13158000 8735600 4422700 3749900 2337100 1412700 11334000 5639300 5694200 1420 8823 True 8908 30003;30004;30005 38447;38448;38449 38447 Q8IXB1 Q8IXB1 3 3 3 DnaJ homolog subfamily C member 10 DNAJC10 sp|Q8IXB1|DJC10_HUMAN DnaJ homolog subfamily C member 10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAJC10 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3.7 3.7 3.7 91.079 793 793 0 6.885 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71893 0.88356 20.521 7 4 Median 0.87244 0.75717 0.66384 0.94923 0.9714 0.7836 24.813 16.445 16.98 3 2 2 2 1 1 Median Median Median 3.7 2.4 2.4 80559000 46161000 34399000 32308000 18980000 13327000 24856000 13902000 10954000 23395000 13278000 10118000 1421 591;10598;10634 True;True;True 598;10710;10746 2006;2007;2008;35828;35948;35949;35950 2635;2636;2637;45729;45879;45880;45881 2635;45729;45880 Q8IXH7 Q8IXH7 2 2 2 Negative elongation factor C/D NELFCD sp|Q8IXH7|NELFD_HUMAN Negative elongation factor C/D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NELFCD PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 4.6 4.6 4.6 66.246 590 590 0 3.479 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80808 0.92962 21.736 4 0 Leave out requantified NaN NaN 0.80808 NaN NaN 0.92962 NaN NaN 21.736 1 1 2 0 0 0 Median Median Median 2.4 2.4 4.6 27597000 16770000 10827000 7001300 4205300 2796000 6789000 4248500 2540500 13807000 8316000 5490500 1422 5185;10170 True;True 5240;10270 17449;34436;34437;34438 22525;43965;43966;43967 22525;43965 Q8IY67 Q8IY67 2 2 2 Ribonucleoprotein PTB-binding 1 RAVER1 sp|Q8IY67|RAVR1_HUMAN Ribonucleoprotein PTB-binding 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAVER1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 5.6 5.6 5.6 63.876 606 606 0 5.5548 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73083 0.82779 25.746 5 1 Leave out requantified 0.74913 NaN 0.68942 0.82542 NaN 0.81967 26.152 NaN 24.352 2 1 2 1 0 0 Median Median Median 5.6 2.1 5.6 39384000 20604000 18780000 13461000 6690200 6770400 8819400 4185300 4634100 17104000 9728300 7375500 1423 5791;12565 True;True 5849;12700 19393;19394;42317;42318;42319 25061;25062;53886;53887;53888;53889 25062;53888 Q8IY81 Q8IY81 9 9 9 pre-rRNA processing protein FTSJ3 FTSJ3 sp|Q8IY81|SPB1_HUMAN pre-rRNA processing protein FTSJ3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FTSJ3 PE=1 SV=2 1 9 9 9 9 7 6 9 7 6 9 7 6 17.5 17.5 17.5 96.557 847 847 0 56.014 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83828 1.0397 19.12 24 0 Leave out requantified 0.80932 0.76951 0.90144 0.93652 0.99141 1.0651 22.436 29.672 13.719 9 8 7 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.5 12.5 11.3 462240000 248570000 213670000 173150000 92189000 80964000 149800000 86075000 63729000 139280000 70310000 68974000 1424 110;1200;4260;7172;9773;11799;12354;15469;16397 True;True;True;True;True;True;True;True;True 111;1219;4311;7239;9868;11927;12488;15630;16566 377;378;4091;4092;4093;14420;14421;14422;24178;24179;24180;24181;24182;24183;33128;33129;33130;39831;41646;41647;41648;52221;52222;52223;55231 527;5424;5425;5426;5427;5428;18699;31032;31033;31034;31035;31036;31037;31038;31039;42325;42326;42327;42328;42329;50804;53048;53049;53050;53051;53052;53053;66846;66847;66848;66849;66850;66851;70639 527;5427;18699;31033;42327;50804;53048;66847;70639 Q8IYB3 Q8IYB3 6 6 6 Serine/arginine repetitive matrix protein 1 SRRM1 sp|Q8IYB3|SRRM1_HUMAN Serine/arginine repetitive matrix protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRRM1 PE=1 SV=2 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 10.8 10.8 10.8 102.33 904 904 0 40.126 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72951 0.92786 14.924 19 3 Leave out requantified 0.78082 0.69569 0.80811 0.93366 0.92138 0.91182 16.867 16.48 13.521 6 7 6 1 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.8 10.8 10.8 886990000 517600000 369380000 280210000 160320000 119890000 298050000 185900000 112150000 308730000 171390000 137340000 1425 1356;4103;7848;10050;15128;15441 True;True;True;True;True;True 1377;4152;7925;10146;15286;15602 4620;4621;4622;13904;13905;13906;26520;26521;26522;34048;34049;34050;51036;51037;51038;51039;51040;51041;52134;52135;52136 6088;6089;6090;18039;18040;34047;34048;34049;34050;34051;43496;43497;65334;65335;65336;65337;65338;65339;66742 6090;18039;34049;43497;65338;66742 Q8IYB5 Q8IYB5 1 1 1 Stromal membrane-associated protein 1 SMAP1 sp|Q8IYB5|SMAP1_HUMAN Stromal membrane-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 2.6 2.6 2.6 50.386 467 467 0.0097656 1.8207 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 2.6 2.6 17318000 11572000 5745800 0 0 0 0 0 0 17318000 11572000 5745800 1426 9352 True 9441 31741;31742 40554;40555 40554 Q8IYX8 Q8IYX8 1 1 1 Centrosomal protein CEP57L1 CEP57L1 sp|Q8IYX8|CE57L_HUMAN Centrosomal protein CEP57L1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CEP57L1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 53.648 460 460 0.007988 1.9447 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76897 0.95359 19.757 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 2 2 2 342210000 174650000 167550000 126770000 64918000 61853000 132170000 71653000 60520000 83261000 38083000 45178000 1427 796 True 806 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38;272;1965;2957;10379;11605;15421;15673;15954 136;875;6601;6602;9987;9988;34762;34763;38791;38792;51509;51510;52362;52363;53262 198;1166;8666;8667;8668;12952;44359;49483;65937;65938;65939;65940;67017;68175 198;1166;8667;12952;44359;49483;65937;67017;68175 Q8N1F7 Q8N1F7 4 4 4 Nuclear pore complex protein Nup93 NUP93 sp|Q8N1F7|NUP93_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup93 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP93 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 6.6 6.6 6.6 93.487 819 819 0 10.495 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73733 0.90925 18.273 8 2 Leave out requantified 0.81339 0.64888 0.89701 0.91904 0.79904 1.0832 12.517 66.009 186.03 2 3 3 0 1 1 Median Median Median 4.8 6.6 4.8 123840000 74153000 49688000 34305000 18144000 16161000 53013000 37050000 15963000 36522000 18960000 17563000 1432 9310;9930;10847;11747 True;True;True;True 9398;10026;10962;11875 31603;31604;31605;33662;33663;33664;36735;36736;36737;36738;36739;39670 40395;43008;43009;43010;43011;46807;46808;46809;46810;46811;50607 40395;43008;46809;50607 Q8N1G2 Q8N1G2 7 7 7 Cap-specific mRNA (nucleoside-2-O-)-methyltransferase 1 CMTR1 sp|Q8N1G2|CMTR1_HUMAN Cap-specific mRNA (nucleoside-2-O-)-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CMTR1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 3 5 6 3 5 6 3 5 6 8.9 8.9 8.9 95.32 835 835 0 13.413 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78086 0.96007 13.167 16 9 Leave out requantified 1.0053 0.97986 0.78086 1.0936 1.298 0.96007 72.208 80.725 12.121 3 6 7 1 4 4 Median Median Leave out requantified 3.4 5.9 7.7 244000000 124760000 119240000 40236000 18223000 22013000 84916000 44955000 39961000 118850000 61582000 57269000 1433 270;2875;7444;8769;11090;13021;14632 True;True;True;True;True;True;True 271;2914;7517;8852;11213;13162;14785 872;873;874;9846;9847;9848;25088;25089;25090;29772;37549;43899;43900;43901;43902;49229 1163;1164;1165;12762;12763;12764;32140;32141;32142;38120;47890;55913;55914;55915;55916;62972 1164;12763;32142;38120;47890;55914;62972 Q8N1G4 Q8N1G4 16 16 16 Leucine-rich repeat-containing protein 47 LRRC47 sp|Q8N1G4|LRC47_HUMAN Leucine-rich repeat-containing protein 47 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRRC47 PE=1 SV=1 1 16 16 16 16 14 15 16 14 15 16 14 15 28.6 28.6 28.6 63.472 583 583 0 175.74 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78067 0.89931 15.442 57 8 Leave out requantified 0.81214 0.68898 0.84861 0.92384 0.90331 0.97757 15.643 11.374 13.156 19 18 20 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 28.6 27.4 27.4 3198200000 1801800000 1396400000 999850000 544530000 455320000 951500000 562970000 388530000 1246900000 694310000 552560000 1434 246;2803;3351;3762;3828;4804;5841;8889;10492;11699;11700;12075;12715;13525;13998;15702 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 247;2841;3392;3808;3874;4859;5899;8975;10601;11827;11828;12205;12852;13668;14147;15863 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1084;12453;14850;16669;16918;20880;25241;38679;45332;50410;50416;51949;54639;58059;60262;67816 Q8N335 Q8N335 2 2 2 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein GPD1L sp|Q8N335|GPD1L_HUMAN Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GPD1L PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 6.3 6.3 6.3 38.418 351 351 0 5.6111 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96551 1.1258 19.347 6 0 Leave out requantified 0.98602 0.83387 1.0191 1.093 1.0737 1.2014 23.53 12.648 13.949 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 6.3 6.3 6.3 140520000 74427000 66097000 48033000 23447000 24585000 55947000 32767000 23181000 36544000 18213000 18331000 1435 5605;9574 True;True 5663;9667 18793;18794;18795;32492;32493;32494 24269;24270;24271;24272;41520;41521;41522;41523;41524 24270;41523 Q8N3C0 Q8N3C0 11 11 11 Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3 ASCC3 sp|Q8N3C0|ASCC3_HUMAN Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ASCC3 PE=1 SV=3 1 11 11 11 4 6 9 4 6 9 4 6 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21119;21120;21121;21122;21123;22969;39055;39056 27206;27207;27208;27209;27210;29425;49813 27206;29425;49813 Q8N6R0 Q8N6R0 6 6 6 Methyltransferase-like protein 13 METTL13 sp|Q8N6R0|EFNMT_HUMAN eEF1A lysine and N-terminal methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EEF1AKNMT PE=1 SV=1 1 6 6 6 2 2 5 2 2 5 2 2 5 15.3 15.3 15.3 78.767 699 699 0 23.132 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62171 0.75059 15.464 9 5 Leave out requantified 0.74023 0.70109 0.69849 0.78273 0.89508 0.84657 14.786 9.4344 19.707 2 2 5 1 1 3 Median Median Median 5 4.9 12.4 139120000 78372000 60748000 17053000 10102000 6951100 29437000 16190000 13247000 92631000 52081000 40550000 1443 4921;6275;8421;11869;14467;16401 True;True;True;True;True;True 4976;6335;8500;11998;14620;16570 16595;20868;28632;28633;28634;28635;40049;40050;48690;55244 21410;21411;26891;36736;36737;36738;36739;51086;51087;62217;70654 21410;26891;36737;51087;62217;70654 Q8N726 Q8N726 2 2 2 Tumor suppressor ARF CDKN2A sp|Q8N726|ARF_HUMAN Tumor suppressor ARF OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDKN2A PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 20.5 20.5 20.5 13.903 132 132 0 3.6893 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88638 1.0469 17.328 5 2 Median NaN NaN 1.2138 NaN NaN 1.2619 NaN NaN 20.257 1 1 3 0 0 2 Median Median Plateau 14.4 14.4 20.5 93014000 43308000 49707000 14252000 7851700 6400600 15808000 8293300 7514800 62954000 27162000 35791000 1444 8860;12178 True;True 8945;12311 30115;41096;41097;41098;41099 38572;52391;52392;52393;52394 38572;52393 Q8N7H5 Q8N7H5 9 9 9 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog PAF1 sp|Q8N7H5|PAF1_HUMAN RNA polymerase II-associated factor 1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAF1 PE=1 SV=2 1 9 9 9 8 6 7 8 6 7 8 6 7 20.3 20.3 20.3 59.975 531 531 0 27.151 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72699 0.86915 16.474 22 4 Leave out requantified 0.80477 0.60801 0.85599 0.88789 0.78735 0.97652 19.417 18.069 13.598 8 7 7 3 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.1 13.4 15.6 678610000 388200000 290410000 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731;732;5657;5658;17833;17834;26158;26159;26160;26161;26162;26163;26164;26165;26166;26167;26168;26169;26170;39339;43797 732;5658;17834;26163;39339;43797 Q8N999 Q8N999 1 1 1 Uncharacterized protein C12orf29 C12orf29 sp|Q8N999|CL029_HUMAN Uncharacterized protein C12orf29 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C12orf29 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.1 3.1 3.1 37.49 325 325 0.0070565 2.021 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95922 1.1331 2.0303 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.1 3.1 3.1 454890000 244020000 210870000 163760000 87023000 76736000 172910000 91206000 81708000 118220000 65793000 52424000 1448 15168 True 15326 51180;51181;51182 65512;65513;65514 65513 Q8N9B5 Q8N9B5 1 1 1 Junction-mediating and -regulatory protein JMY sp|Q8N9B5|JMY_HUMAN Junction-mediating and -regulatory protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=JMY PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.4 1.4 1.4 111.44 988 988 0 3.6988 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 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FAM98A sp|Q8NCA5|FA98A_HUMAN Protein FAM98A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM98A PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 9.2 9.2 9.2 55.4 519 519 0 17.209 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9087 1.0504 14.982 4 4 Median NaN NaN 0.98888 NaN NaN 1.1415 NaN NaN 19.528 1 1 2 1 1 2 Median Median Median 2.7 3.7 5.6 68975000 34634000 34340000 12652000 6350600 6301900 22824000 12224000 10600000 33498000 16060000 17439000 1457 1107;5545;6822 True;True;True 1124;5603;6886 3770;3771;18572;22994;22995 4981;4982;24002;29458;29459 4982;24002;29459 Q8NCF5 Q8NCF5 2 2 2 NFATC2-interacting protein NFATC2IP sp|Q8NCF5|NF2IP_HUMAN NFATC2-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NFATC2IP PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 6.4 6.4 6.4 45.816 419 419 0.0016164 2.6604 By MS/MS 0.78579 0.93238 41.122 2 2 Median NaN NaN 0.78579 NaN NaN 0.93238 NaN NaN 41.122 0 0 2 0 0 2 Median Median Median 0 0 6.4 14333000 7717700 6615000 0 0 0 0 0 0 14333000 7717700 6615000 1458 8989;9902 True;True 9075;9998 30533;33548 39080;42838 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2;1 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 2;SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3 SMARCD2;SMARCD3 sp|Q92925|SMRD2_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCD2 PE=1 SV=3;sp|Q6STE5|SMRD3_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin 2 2 2 2 2 0 1 2 0 1 2 0 1 4.9 4.9 4.9 58.92 531 531;483 0.0042017 2.4026 By MS/MS By matching 0.96239 1.1126 28.895 3 1 Median 1.2072 NaN NaN 1.3626 NaN NaN 28.659 NaN NaN 2 0 1 1 0 0 Median Median Median 4.9 0 2.3 81775000 37994000 43781000 53587000 23047000 30540000 0 0 0 28188000 14947000 13241000 1531 7006;7107 True;True 7071;7174 23582;23583;23929 30236;30710 30236;30710 Q92945 Q92945 7 7 6 Far upstream element-binding protein 2 KHSRP sp|Q92945|FUBP2_HUMAN Far upstream element-binding protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 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34961;34962;34963 44604;44605;44606 44604 Q92979 Q92979 3 3 3 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 EMG1 sp|Q92979|NEP1_HUMAN Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EMG1 PE=1 SV=4 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 12.7 12.7 12.7 26.72 244 244 0 8.0245 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92511 1.1066 19.043 5 5 Median 0.80261 NaN 0.84307 0.91738 NaN 1.019 26.526 NaN 13.107 2 1 2 2 1 2 Median Median Median 9.4 9.4 7 124460000 65821000 58642000 28941000 14582000 14359000 29324000 17315000 12009000 66198000 33925000 32274000 1535 9031;14527;15593 True;True;True 9117;14680;15754 30663;30664;48876;48877;48878;52620 39250;39251;62469;62470;62471;67357 39251;62470;67357 Q93008 Q93008 2 2 2 Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X USP9X sp|Q93008|USP9X_HUMAN Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP9X PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 0 1 2 0 1 2 0 1 1 1 1 292.28 2570 2570 0 3.3055 By MS/MS By matching 0.79681 0.87234 6.1783 3 0 Median 0.78425 NaN NaN 0.85328 NaN NaN 3.1242 NaN NaN 2 0 1 0 0 0 Median Median Median 1 0 0.5 30222000 18667000 11555000 24267000 15428000 8839300 0 0 0 5955400 3239600 2715800 1536 4392;15742 True;True 4443;15905 14838;14839;53112 19202;67981 19202;67981 Q93009 Q93009 13 13 13 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 USP7 sp|Q93009|UBP7_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP7 PE=1 SV=2 1 13 13 13 7 11 10 7 11 10 7 11 10 15.5 15.5 15.5 128.3 1102 1102 0 44.769 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85159 1.0006 37.487 25 7 Leave out requantified 0.75918 0.76751 0.96575 0.85629 0.96918 1.08 15.382 9.723 40.741 7 8 10 3 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.8 13.5 12 872640000 453250000 419390000 131130000 71132000 59998000 182660000 102470000 80188000 558850000 279640000 279200000 1537 500;1919;2376;3168;3186;4481;4532;4831;9155;9688;9690;15255;16020 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 504;1950;2409;3209;3227;4533;4586;4886;9242;9782;9784;15414;16185 1666;1667;1668;6558;6559;6560;8154;10823;10824;10825;10884;15131;15132;15133;15309;15310;15311;16273;16274;16275;31073;31074;31075;32859;32860;32863;51484;53983 2189;2190;2191;8601;8602;8603;8604;10629;14048;14049;14050;14051;14052;14126;19560;19815;20979;20980;20981;39747;39748;39749;41986;41987;41990;41991;65902;69068 2189;8603;10629;14051;14126;19560;19815;20980;39748;41987;41991;65902;69068 Q93096;Q12974 Q93096;Q12974 2;1 2;1 2;1 Protein tyrosine phosphatase type IVA 1;Protein tyrosine phosphatase type IVA 2 PTP4A1;PTP4A2 sp|Q93096|TP4A1_HUMAN Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTP4A1 PE=1 SV=2;sp|Q12974|TP4A2_HUMAN Protein tyrosine phosphatase type IVA 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTP4A2 PE=1 SV=1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 15.6 15.6 15.6 19.815 173 173;167 0 3.5283 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1194 1.364 53.541 3 3 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38347;39156;56615;56616;56617;56618;56619;56620;56621;56622 38347;39156;56616 Q969M3 Q969M3 1 1 1 Protein YIPF5 YIPF5 sp|Q969M3|YIPF5_HUMAN Protein YIPF5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YIPF5 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 27.989 257 257 0.0010941 2.8384 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92098 1.0791 10.089 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 43491000 25834000 17657000 15021000 8177200 6843600 17209000 11551000 5658000 11261000 6105500 5155300 1540 14123 True 14273 47579;47580;47581 60766;60767;60768;60769;60770;60771 60768 Q969S3 Q969S3 11 11 11 Zinc finger protein 622 ZNF622 sp|Q969S3|ZN622_HUMAN Zinc finger protein 622 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF622 PE=1 SV=1 1 11 11 11 7 9 8 7 9 8 7 9 8 30.6 30.6 30.6 54.271 477 477 0 71.593 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93749 1.1767 23.113 27 8 Leave out requantified 0.9768 0.84462 0.99128 1.2227 1.1167 1.205 32.139 22.009 19.356 8 10 9 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.4 27.5 23.9 799870000 453180000 346690000 223090000 132280000 90806000 282050000 157660000 124390000 294730000 163240000 131490000 1541 825;2101;3336;4456;5762;8207;9643;10787;11189;12562;14647 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 836;2134;3377;4507;5820;8285;9737;10901;11315;12697;14800 2818;7189;7190;7191;11385;11386;11387;15047;15048;15049;19320;27862;32737;32738;32739;36515;36516;37896;42305;42306;42307;49276;49277;49278;49279;49280;49281 3669;9432;9433;9434;14789;14790;14791;14792;14793;14794;19447;19448;19449;24973;35730;41844;46567;46568;48331;53871;53872;53873;63041;63042;63043;63044;63045;63046;63047 3669;9434;14794;19448;24973;35730;41844;46568;48331;53872;63042 Q969Z0 Q969Z0 1 1 1 Protein TBRG4 TBRG4 sp|Q969Z0|FAKD4_HUMAN FAST kinase domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBRG4 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 3.5 3.5 3.5 70.737 631 631 0 3.1381 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 3.5 0 0 12718000 9138800 3579300 12718000 9138800 3579300 0 0 0 0 0 0 1542 8414 True 8493 28606 36700 36700 Q96A65 Q96A65 10 10 10 Exocyst complex component 4 EXOC4 sp|Q96A65|EXOC4_HUMAN Exocyst complex component 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOC4 PE=1 SV=1 1 10 10 10 9 8 9 9 8 9 9 8 9 14.1 14.1 14.1 110.5 974 974 0 57.023 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78335 0.93748 6.4473 23 12 Leave out requantified 0.78335 0.66393 0.82649 0.90065 0.83515 0.96499 6.2214 11.474 3.7706 8 7 8 4 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.2 11.5 12.3 375250000 205300000 169950000 121530000 71033000 50497000 109590000 62410000 47180000 144130000 71860000 72271000 1543 2186;4687;5683;6618;10728;12579;12768;13179;13366;14105 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2219;4742;5741;6681;10840;12715;12906;13321;13509;14255 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Q96RE7;Q96BF6 1;1 1;1 1;1 Nucleus accumbens-associated protein 1;Nucleus accumbens-associated protein 2 NACC1;NACC2 sp|Q96RE7|NACC1_HUMAN Nucleus accumbens-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACC1 PE=1 SV=1;sp|Q96BF6|NACC2_HUMAN Nucleus accumbens-associated protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACC2 PE=1 SV=1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3 2.3 2.3 57.258 527 527;587 0 4.8701 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 2.3 2.3 2.3 5330600 4077700 1252800 0 0 0 5330600 4077700 1252800 0 0 0 1550 11098 True 11221 37571;37572;37573 47923;47924;47925 47924 Q96BJ3 Q96BJ3 3 3 3 Axin interactor, dorsalization-associated protein AIDA sp|Q96BJ3|AIDA_HUMAN Axin interactor, dorsalization-associated protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AIDA PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 15.7 15.7 15.7 35.023 306 306 0 5.5261 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87639 1.0148 51.329 4 1 Median NaN NaN 0.93052 NaN NaN 1.0954 NaN NaN 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2681;5614 Q96CT7 Q96CT7 6 6 6 Coiled-coil domain-containing protein 124 CCDC124 sp|Q96CT7|CC124_HUMAN Coiled-coil domain-containing protein 124 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCDC124 PE=1 SV=1 1 6 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 24.2 24.2 24.2 25.835 223 223 0 31.663 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80171 0.91081 26.739 25 3 Leave out requantified 0.79538 0.61987 0.88198 0.89737 0.76348 0.98225 48.363 19.897 15.2 9 9 7 1 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 24.2 24.2 23.8 965090000 548730000 416360000 306570000 178340000 128230000 352490000 205420000 147070000 306040000 164970000 141060000 1555 9084;9149;12659;12660;13900;13901 True;True;True;True;True;True 9170;9236;12796;12797;14049;14050 30844;30845;30846;30847;30848;30849;31060;31061;31062;42675;42676;42677;42678;42679;42680;42681;42682;42683;42684;46853;46854;46855;46856;46857;46858;46859;46860 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2620;2835;3093;3545;8160;8671;10808;12067 True;True;True;True;True;True;True;True 2656;2874;3133;3587;8238;8754;10922;12197 8949;8950;8951;9715;9716;9717;10548;10549;10550;10551;10552;10553;12092;12093;27690;27691;27692;27693;27694;29445;29446;29447;36587;36588;36589;36590;36591;36592;40695 11661;11662;11663;12602;12603;12604;13674;13675;13676;13677;13678;13679;13680;13681;13682;13683;13684;13685;15714;15715;35516;35517;35518;35519;35520;37735;37736;46641;46642;46643;46644;46645;46646;51897 11662;12604;13684;15715;35516;37735;46644;51897 Q96DH6 Q96DH6 2 2 2 RNA-binding protein Musashi homolog 2 MSI2 sp|Q96DH6|MSI2H_HUMAN RNA-binding protein Musashi homolog 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MSI2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 9.1 9.1 9.1 35.196 328 328 0 11.645 By MS/MS By MS/MS 0.78957 0.96656 20.674 3 1 Plateau NaN 0.75098 NaN NaN 0.93874 NaN NaN 27.132 NaN 1 2 0 0 1 0 Median Median Median 4.6 9.1 0 25934000 16555000 9378300 9148400 5823300 3325100 16785000 10732000 6053200 0 0 0 1562 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1 39S ribosomal protein L53, mitochondrial MRPL53 sp|Q96EL3|RM53_HUMAN 39S ribosomal protein L53, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRPL53 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13.4 13.4 13.4 12.107 112 112 0.0026695 2.5316 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68189 0.7888 30.278 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 0 Median Median Median 13.4 13.4 13.4 21058000 12731000 8326800 8177800 4911100 3266700 6507000 4302100 2204900 6372800 3517600 2855200 1568 1791 True 1820 6134;6135;6136 8035;8036;8037;8038 8036 Q96EM0 Q96EM0 1 1 1 Trans-3-hydroxy-L-proline dehydratase L3HYPDH sp|Q96EM0|T3HPD_HUMAN Trans-3-hydroxy-L-proline dehydratase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=L3HYPDH PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 4 4 4 38.137 354 354 0 4.4872 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 4 0 6930600 6930600 0 0 0 0 6930600 6930600 0 0 0 0 1569 2438 True 2472 8371 10918;10919 10918 Q96EY1 Q96EY1 1 1 1 DnaJ homolog subfamily A 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helicase DDX27 DDX27 sp|Q96GQ7|DDX27_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX27 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4.9 4.9 4.9 89.834 796 796 0 5.2694 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0212 1.2369 4.0143 8 4 Leave out requantified 1.0871 0.90653 1.0299 1.2426 1.1627 1.2336 1.9412 24.971 4.3859 2 4 2 1 2 1 Median Median Median 3.3 3.3 4 107050000 61308000 45737000 23410000 12776000 10634000 55558000 32472000 23086000 28077000 16059000 12017000 1578 188;3893;7247;13135 True;True;True;True 189;3942;7316;13276 629;630;631;13246;24417;24418;24419;24420;44291;44292 850;17220;31331;31332;31333;31334;56444;56445 850;17220;31331;56445 Q96GY0 Q96GY0 2 2 2 Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A ZC2HC1A sp|Q96GY0|ZC21A_HUMAN Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZC2HC1A PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 5.2 5.2 5.2 35.092 325 325 0.0010917 2.8308 By MS/MS By MS/MS 2.5938 3.1514 143 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 2.5 2.8 72775000 9513400 63262000 0 0 0 7301300 3927000 3374300 65474000 5586400 59887000 1579 13761;14497 True;True 13908;14650 46316;48786 59106;62349 59106;62349 Q96H20 Q96H20 1 1 1 Vacuolar-sorting protein SNF8 SNF8 sp|Q96H20|SNF8_HUMAN Vacuolar-sorting protein SNF8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNF8 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 5.4 5.4 5.4 28.864 258 258 0 3.8609 By MS/MS By MS/MS 0.86096 1.0719 4.7243 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 5.4 5.4 0 30206000 17304000 12902000 14581000 8032200 6549000 15625000 9272200 6353200 0 0 0 1580 6176 True 6235 20532;20533 26448;26449 26449 Q96H79 Q96H79 1 1 1 Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1-like ZC3HAV1L sp|Q96H79|ZCCHL_HUMAN Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZC3HAV1L PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.7 6.7 6.7 32.962 300 300 0 7.9016 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94756 1.0992 12.313 3 3 Median NaN NaN 0.83524 NaN NaN 0.99394 NaN NaN 15.353 1 0 2 1 0 2 Median Median Median 6.7 6.7 6.7 29796000 19282000 10514000 7436800 2515700 4921100 6532700 6532700 0 15827000 10233000 5593100 1581 10259 True 10363 34711;34712;34713;34714 44288;44289;44290;44291;44292 44292 Q96HC4 Q96HC4 10 10 10 PDZ and LIM domain protein 5 PDLIM5 sp|Q96HC4|PDLI5_HUMAN PDZ and LIM domain protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDLIM5 PE=1 SV=5 1 10 10 10 9 10 6 9 10 6 9 10 6 22.7 22.7 22.7 63.944 596 596 0 36.706 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2182 1.4819 15.702 29 9 Leave out requantified 1.3122 1.0372 1.2167 1.5238 1.379 1.462 11.845 20.976 12.813 12 10 7 4 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.3 22.7 12.9 699370000 340880000 358490000 273620000 126400000 147220000 253420000 131850000 121560000 172340000 82627000 89713000 1582 1186;4349;4547;5195;5924;7157;7761;8940;11803;16395 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1205;4400;4601;5250;5983;7224;7837;9026;11931;16564 4038;4039;4040;4041;4042;14704;14705;14706;14707;14708;14709;14710;14711;14712;14713;14714;14715;15359;15360;15361;17486;17487;19784;19785;19786;24118;24119;26160;30378;30379;30380;39841;39842;39843;39844;55226;55227 5352;5353;5354;5355;5356;5357;5358;19046;19047;19048;19049;19050;19051;19052;19053;19054;19055;19056;19057;19872;22584;22585;22586;22587;25513;25514;25515;25516;30964;30965;33570;38888;50821;50822;50823;50824;50825;70635;70636 5356;19054;19872;22584;25513;30964;33570;38888;50824;70636 Q96HE7 Q96HE7 2 2 2 ERO1-like protein alpha ERO1L sp|Q96HE7|ERO1A_HUMAN ERO1-like protein alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ERO1A PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 5.1 5.1 5.1 54.392 468 468 0.0046851 2.3012 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 1.5 3.6 0 10311000 8678900 1632300 0 0 0 10311000 8678900 1632300 0 0 0 1583 7689;10823 True;True 7763;10937 25896;36644 33221;46698 33221;46698 Q96I25 Q96I25 5 5 5 Splicing factor 45 RBM17 sp|Q96I25|SPF45_HUMAN Splicing factor 45 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM17 PE=1 SV=1 1 5 5 5 2 2 5 2 2 5 2 2 5 18.7 18.7 18.7 44.961 401 401 0 21.571 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74491 0.88326 18.195 10 2 Leave out requantified 0.7022 0.69229 0.79508 0.81379 0.87207 0.97243 10.718 44.893 18.474 2 3 5 0 1 1 Median Median Leave out requantified 5.2 5.2 18.7 152590000 85927000 66662000 35045000 19915000 15131000 44412000 25573000 18839000 73132000 40440000 32693000 1584 1767;9291;10900;11911;12990 True;True;True;True;True 1796;9378;11019;12040;13129 6045;6046;31522;31523;31524;36932;40169;40170;40171;40172;43802 7924;7925;40292;40293;47062;51255;51256;51257;51258;51259;51260;55791;55792 7925;40293;47062;51260;55791 Q96I99 Q96I99 5 5 5 Succinyl-CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial SUCLG2 sp|Q96I99|SUCB2_HUMAN Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUCLG2 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 5 4 4 5 4 4 5 4 12.5 12.5 12.5 46.51 432 432 0 10.606 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73006 0.91448 11.632 12 3 Leave out requantified 0.85523 0.71271 0.75127 1.0108 0.88032 0.91137 38.797 6.0036 14.372 4 4 4 2 1 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 12.3 12.5 12.3 208950000 114480000 94468000 69437000 36902000 32535000 80692000 45072000 35621000 58821000 32509000 26312000 1585 3992;7237;7238;8598;12481 True;True;True;True;True 4041;7306;7307;8681;12616 13542;13543;13544;24390;24391;24392;24393;29234;29235;29236;42061;42062;42063 17584;17585;17586;17587;31298;31299;31300;31301;31302;37488;37489;37490;53565;53566;53567 17584;31301;31302;37488;53567 Q96IJ6 Q96IJ6 2 2 2 Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha GMPPA sp|Q96IJ6|GMPPA_HUMAN Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GMPPA PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 6.9 6.9 6.9 46.291 420 420 0.0046705 2.2652 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91804 1.0079 9.3048 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.9 3.3 3.3 32169000 14435000 17734000 10147000 4721600 5425400 11165000 4308500 6856900 10857000 5404900 5451700 1586 14631;14812 True;True 14784;14965 49228;49839;49840;49841 62971;63776;63777 62971;63776 Q96IZ0 Q96IZ0 5 5 5 PRKC apoptosis WT1 regulator protein PAWR sp|Q96IZ0|PAWR_HUMAN PRKC apoptosis WT1 regulator protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAWR PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 1 4 5 1 4 5 1 25.3 25.3 25.3 36.567 340 340 0 39.081 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88806 1.1124 37.862 11 6 Leave out requantified 0.98989 0.69487 NaN 1.1799 0.88409 NaN 60.307 24.167 NaN 5 5 1 3 2 1 Median Leave out requantified Median 17.6 25.3 5 140610000 87894000 52717000 70420000 41882000 28538000 63302000 40050000 23252000 6889000 5962400 926610 1587 1857;2281;9047;13324;14317 True;True;True;True;True 1887;2314;9133;13467;14468 6351;6352;6353;7816;7817;7818;30722;30723;44879;48203;48204 8311;8312;8313;8314;10214;10215;10216;39332;57185;61585;61586 8311;10215;39332;57185;61586 Q96J01 Q96J01 2 2 2 THO complex subunit 3 THOC3 sp|Q96J01|THOC3_HUMAN THO complex subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=THOC3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 5.4 5.4 5.4 38.771 351 351 0 4.7228 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89071 1.0696 31.249 6 4 Median 0.9803 0.85231 1.0258 1.0696 1.0696 1.2087 25.75 20.943 59.844 2 2 2 2 0 2 Median Median Median 2.8 5.4 5.4 101480000 50775000 50708000 35562000 17172000 18390000 37143000 19428000 17715000 28778000 14175000 14603000 1588 14097;16438 True;True 14247;16607 47494;47495;55360;55361;55362;55363 60658;60659;70807;70808;70809;70810;70811 60658;70808 Q96JB1 Q96JB1 2 2 2 Dynein heavy chain 8, axonemal DNAH8 sp|Q96JB1|DYH8_HUMAN Dynein heavy chain 8, axonemal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAH8 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 0.4 0.4 0.4 514.66 4490 4490 0.0098522 1.8688 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70827 0.82393 15.973 4 0 Leave out requantified 0.70827 NaN NaN 0.82393 NaN NaN 15.973 NaN NaN 2 1 1 0 0 0 Median Median Median 0.4 0.2 0.2 1087400000 607320000 480050000 410500000 218850000 191660000 379180000 229890000 149290000 297680000 158580000 139100000 1589 3658;4477 True;True 3703;4528 12501;15115;15116;15117 16231;19536;19537;19538;19539;19540 16231;19540 Q96JG6 Q96JG6 2 2 2 Coiled-coil domain-containing protein 132 CCDC132 sp|Q96JG6|VPS50_HUMAN Syndetin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS50 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 0 1 1 0 1 1 0 1 2.6 2.6 2.6 111.17 964 964 0 3.6641 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 1.2 0 1.3 7378500 4197500 3181000 7378500 4197500 3181000 0 0 0 0 0 0 1590 2895;9384 True;True 2934;9476 9918;9919;31870 12868;12869;40740 12869;40740 Q96JJ3 Q96JJ3 4 4 4 Engulfment and cell motility protein 2 ELMO2 sp|Q96JJ3|ELMO2_HUMAN Engulfment and cell motility protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELMO2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 9.4 9.4 9.4 82.614 720 720 0 21.188 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82878 0.9657 46.862 7 5 Median NaN 0.71543 0.856 NaN 0.92055 1.0041 NaN 79.278 8.4733 1 3 3 1 2 2 Median Median Median 5.7 6.9 6.9 113520000 54913000 58610000 14542000 8490100 6051800 59619000 26434000 33185000 39362000 19989000 19373000 1591 9134;12947;14599;15236 True;True;True;True 9221;13085;14752;15395 31015;31016;43656;43657;49130;51415;51416;51417;51418 39681;39682;55588;55589;62824;65823;65824;65825;65826 39682;55589;62824;65823 Q96JM3 Q96JM3 3 3 3 Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 CHAMP1 sp|Q96JM3|CHAP1_HUMAN Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHAMP1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 5.2 5.2 5.2 89.098 812 812 0 4.7655 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.50747 0.61886 6.8233 7 1 Leave out requantified 0.5004 0.46648 0.75109 0.59073 0.57211 0.89138 13.403 4.2851 29.13 2 2 3 0 0 1 Median Median Median 3.2 3.2 5.2 70019000 38868000 31151000 22349000 14399000 7950000 17725000 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requantified 0.78949 0.69355 0.64967 0.97127 0.92973 0.80957 36.671 44.813 53.877 7 4 3 6 0 0 Median Leave out requantified Median 41.8 36.7 19 382700000 218240000 164460000 209420000 117370000 92044000 116410000 68951000 47461000 56869000 31918000 24951000 1594 1063;1064;8006;8430 True;True;True;True 1080;1081;8083;8510 3604;3605;3606;3607;3608;3609;3610;3611;3612;3613;3614;27118;28683;28684;28685 4742;4743;4744;4745;4746;4747;4748;4749;4750;4751;4752;4753;4754;4755;4756;4757;4758;4759;4760;34793;36809;36810;36811 4742;4750;34793;36809 Q96K80 Q96K80 1 1 1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 10 ZC3H10 sp|Q96K80|ZC3HA_HUMAN Zinc finger CCCH domain-containing protein 10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZC3H10 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 2.5 2.5 2.5 46.051 434 434 0.0098765 1.8753 By MS/MS By matching 0.77918 0.92428 4.7553 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 2.5 2.5 0 241280000 135860000 105430000 111960000 63091000 48870000 129320000 72764000 56558000 0 0 0 1595 9151 True 9238 31065;31066 39743 39743 Q96KB5 Q96KB5 2 2 2 Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase PBK sp|Q96KB5|TOPK_HUMAN Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PBK PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 6.8 6.8 6.8 36.085 322 322 0 5.7868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9592 1.177 14.381 4 2 Median NaN 0.84188 NaN NaN 1.0477 NaN NaN 10.663 NaN 1 2 1 1 0 1 Median Median Median 4 6.8 4 91611000 47929000 43683000 19163000 10996000 8167000 54401000 27971000 26431000 18048000 8962300 9085200 1596 1241;12916 True;True 1260;13054 4229;4230;4231;4232;43560 5610;5611;5612;5613;55465;55466 5611;55466 Q96KG9 Q96KG9 4 4 4 N-terminal kinase-like protein SCYL1 sp|Q96KG9|SCYL1_HUMAN N-terminal kinase-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCYL1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 6.6 6.6 6.6 89.63 808 808 0 25.23 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73133 0.90216 46.504 6 3 Median NaN 0.62673 0.78945 NaN 0.80045 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23917;23918;23919;45586;48637;48638;48639 23919;45586;48638 Q96L92 Q96L92 1 1 1 Sorting nexin-27 SNX27 sp|Q96L92|SNX27_HUMAN Sorting nexin-27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNX27 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.8 1.8 1.8 61.264 541 541 0.0010911 2.8248 By matching By MS/MS By MS/MS 1.5038 1.784 11.293 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 1.8 1.8 1.8 55340000 25580000 29760000 18337000 8814300 9522700 21683000 10070000 11613000 15321000 6696400 8624200 1599 6017 True 6076 20048;20049;20050;20051 25827;25828;25829;25830 25828 Q96LR5;P51965;Q969T4 Q96LR5;P51965;Q969T4 4;2;2 4;2;2 4;2;2 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E2;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E3 UBE2E2;UBE2E1;UBE2E3 sp|Q96LR5|UB2E2_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2E2 PE=1 SV=1;sp|P51965|UB2E1_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2E1 PE=1 SV=1;sp|Q969T4|UB2E3_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 3 4 4 4 1 2 3 1 2 3 1 2 3 22.4 22.4 22.4 22.255 201 201;193;207 0 7.0831 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0158 1.1747 28.741 5 2 Median NaN 1.1289 1.0556 NaN 1.3528 1.2512 NaN 23.224 51.191 1 2 2 1 0 1 Median Median Median 5.5 12.9 13.9 61668000 30514000 31153000 16954000 9636200 7318300 14339000 5809300 8529700 30374000 15069000 15305000 1600 2525;4134;5282;14710 True;True;True;True 2560;4184;5338;14863 8652;8653;8654;14005;14006;17783;49486 11265;11266;11267;18170;22952;63319;63320 11266;18170;22952;63319 Q96NC0 Q96NC0 2 2 2 Zinc finger matrin-type protein 2 ZMAT2 sp|Q96NC0|ZMAT2_HUMAN Zinc finger matrin-type protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZMAT2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 10.6 10.6 10.6 23.612 199 199 0.0097609 1.8201 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.56468 0.69876 20.563 5 0 Leave out requantified 0.53521 0.54036 NaN 0.6489 0.68595 NaN 10.093 44.119 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 10.6 10.6 6 40303000 24829000 15474000 17935000 11204000 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RPRD1A sp|Q96P16|RPR1A_HUMAN Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1A PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 13.8 13.8 13.8 35.719 312 312 0 11.334 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74158 0.85474 13.25 5 3 Median 0.66678 0.73563 NaN 0.78217 0.95566 NaN 7.1316 15.784 NaN 2 2 1 1 1 1 Median Median Median 13.8 13.8 5.8 115940000 68919000 47020000 39354000 26342000 13012000 40317000 23847000 16470000 36269000 18730000 17538000 1603 889;6720 True;True 903;6783 3041;3042;3043;22700;22701 3977;3978;29102;29103 3978;29103 Q9UPQ3;Q96P47 Q9UPQ3;Q96P47 1;1 1;1 1;1 Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1;Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 AGAP1;AGAP3 sp|Q9UPQ3|AGAP1_HUMAN Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGAP1 PE=1 SV=4;sp|Q96P47|AGAP3_HUMAN Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGAP3 PE 2 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1.9 1.9 1.9 94.469 857 857;875 0.00842 1.8972 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.9 1.9 4122400 0 4122400 0 0 0 0 0 0 4122400 0 4122400 1604 16269 True 16437 54812;54813 70100;70101 70101 Q96PU8 Q96PU8 3 3 3 Protein quaking QKI sp|Q96PU8|QKI_HUMAN Protein quaking OS=Homo sapiens OX=9606 GN=QKI PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 9.7 9.7 9.7 37.67 341 341 0 4.9722 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93099 1.1431 78.769 6 1 Median NaN 1.2106 0.90937 NaN 1.5765 1.0147 NaN 35.61 116.27 1 2 3 0 0 1 Median Median Median 4.1 6.7 9.7 108990000 53583000 55412000 24534000 14299000 10235000 36264000 16108000 20156000 48197000 23176000 25021000 1605 4401;9337;11626 True;True;True 4452;9425;11754 14863;31697;31698;31699;39263;39264 19232;40491;40492;40493;40494;50082;50083;50084 19232;40493;50082 Q96PZ0 Q96PZ0 12 12 12 Pseudouridylate synthase 7 homolog PUS7 sp|Q96PZ0|PUS7_HUMAN Pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUS7 PE=1 SV=2 1 12 12 12 11 8 5 11 8 5 11 8 5 23.1 23.1 23.1 75.035 661 661 0 64.1 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0197 1.2126 30.485 21 4 Leave out requantified 1.0704 0.86152 1.2688 1.2305 1.1147 1.5358 29.119 22.992 10.261 10 6 5 2 0 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.6 15.7 11.5 466360000 237150000 229210000 256310000 136690000 119620000 146010000 72135000 73877000 64035000 28329000 35706000 1606 679;2711;3883;4618;5081;5193;5194;5971;6418;8575;9679;10726 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 688;2749;3931;4673;5136;5248;5249;6030;6478;8658;9773;10838 2308;2309;9281;13215;13216;13217;15601;17109;17481;17482;17483;17484;17485;19928;19929;19930;21440;29155;29156;29157;32837;32838;32839;36287 3028;3029;3030;3031;12061;17179;17180;17181;20183;22091;22578;22579;22580;22581;22582;22583;25696;25697;25698;25699;27555;37401;41968;46273 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VPS35 sp|Q96QK1|VPS35_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 35 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS35 PE=1 SV=2 1 13 13 13 11 12 9 11 12 9 11 12 9 21.6 21.6 21.6 91.706 796 796 0 79.054 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88996 1.0313 19.19 33 16 Leave out requantified 0.9226 0.8198 0.82476 1.0775 1.0527 0.97405 4.1887 18.909 13.966 12 12 9 7 6 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.1 19.7 14.9 869900000 470440000 399450000 322280000 166660000 155630000 319410000 181390000 138020000 228210000 122400000 105810000 1608 178;347;1591;4097;6382;7379;7435;8683;9424;10694;11580;12433;14225 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 179;350;1618;4146;6442;7452;7508;8766;9517;10806;11708;12567;14376 600;601;602;603;1153;1154;1155;5434;5435;5436;5437;5438;13887;13888;13889;21268;24864;24865;25065;25066;25067;29482;29483;29484;32025;32026;32027;36164;36165;39114;41902;41903;47917;47918;47919 815;816;817;818;819;820;1518;7160;7161;7162;7163;7164;18017;18018;18019;18020;18021;18022;27365;31876;31877;32111;32112;32113;32114;32115;32116;32117;37780;37781;40948;40949;40950;46127;46128;49893;53361;53362;61211;61212;61213;61214;61215 816;1518;7164;18020;27365;31877;32111;37781;40948;46128;49893;53361;61215 Q96QR8 Q96QR8 1 1 1 Transcriptional activator protein Pur-beta PURB sp|Q96QR8|PURB_HUMAN Transcriptional activator protein Pur-beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PURB PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 4.2 4.2 4.2 33.24 312 312 0.0026483 2.4569 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 4.2 4.2 3262900 3262900 0 0 0 0 3262900 3262900 0 0 0 0 1609 5503 True 5560 18440;18441 23797;23798 23797 Q96RP9 Q96RP9 6 6 6 Elongation factor G, mitochondrial GFM1 sp|Q96RP9|EFGM_HUMAN Elongation factor G, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GFM1 PE=1 SV=2 1 6 6 6 3 5 4 3 5 4 3 5 4 9.2 9.2 9.2 83.471 751 751 0 12.449 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75327 0.87685 44.057 12 6 Leave out requantified 0.7989 0.71025 0.89173 0.87859 0.8751 1.039 22.851 47.574 24.958 3 5 4 1 2 3 Median Leave out requantified Median 4.9 7.5 6.9 236520000 127790000 108730000 54834000 29154000 25680000 122970000 68362000 54605000 58721000 30278000 28443000 1610 689;7378;12557;16104;16219;16340 True;True;True;True;True;True 698;7451;12692;16270;16386;16509 2348;2349;24863;42292;42293;54259;54260;54669;54670;55040;55041;55042 3077;3078;31875;53854;53855;69411;69927;69928;70387;70388;70389;70390 3077;31875;53854;69411;69928;70388 Q96RS6 Q96RS6 2 2 2 NudC domain-containing protein 1 NUDCD1 sp|Q96RS6|NUDC1_HUMAN NudC domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUDCD1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 5.7 5.7 5.7 66.755 583 583 0 6.8254 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.05 1.1948 0.039675 2 1 Median 1.05 NaN NaN 1.1948 NaN NaN 0.039675 NaN NaN 2 0 0 1 0 0 Median Median Median 5.7 1.9 1.9 23068000 10099000 12969000 23068000 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2071;7328;10415 6957;6958;6959;24458;24459;24460;24461;24462;34882;34883;34884 9138;9139;31381;31382;44509;44510;44511 9138;31382;44510 Q96ST3 Q96ST3 3 3 3 Paired amphipathic helix protein Sin3a SIN3A sp|Q96ST3|SIN3A_HUMAN Paired amphipathic helix protein Sin3a OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIN3A PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3.7 3.7 3.7 145.17 1273 1273 0 10.005 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70335 0.87297 22.036 5 1 Leave out requantified NaN 0.72214 0.67021 NaN 0.90147 0.80226 NaN 21.801 10.091 1 2 2 0 1 0 Median Median Median 1.1 1.8 3 36441000 20652000 15789000 6048800 2884100 3164700 14353000 8079900 6273200 16039000 9688000 6351400 1616 29;9091;11405 True;True;True 30;9177;11531 110;30871;30872;30873;38579 162;39506;39507;49220 162;39507;49220 Q96SU4 Q96SU4 3 3 3 Oxysterol-binding protein-related protein 9 OSBPL9 sp|Q96SU4|OSBL9_HUMAN Oxysterol-binding protein-related protein 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OSBPL9 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 2 2 1 2 2 1 2 2 5.7 5.7 5.7 83.184 736 736 0 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domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP7D2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.9 4.9 4.9 81.964 732 732 0 4.8614 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81986 0.99715 32.552 6 0 Leave out requantified 0.74371 0.88827 0.80399 0.90293 1.1429 0.97431 18.516 27.296 35.828 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 4.9 4.9 4.9 55203000 32304000 22899000 17861000 10291000 7569800 19911000 11466000 8445900 17430000 10547000 6883000 1619 361;1342 True;True 364;1363 1198;1199;1200;1201;4580;4581;4582 1565;1566;1567;1568;1569;1570;1571;1572;6049 1565;6049 Q96T37 Q96T37 2 2 2 Putative RNA-binding protein 15 RBM15 sp|Q96T37|RBM15_HUMAN RNA-binding protein 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM15 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 2.7 2.7 2.7 107.19 977 977 0 5.3374 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76249 0.90602 19.552 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 1.4 1.4 2.7 16737000 9875200 6862200 4651400 2973600 1677800 4526000 2447800 2078200 7560000 4453800 3106200 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Q99570 Q99570 2 2 2 Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 PIK3R4 sp|Q99570|PI3R4_HUMAN Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PIK3R4 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 1.5 1.5 1.5 153.1 1358 1358 0 3.1779 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73751 0.89359 12.543 6 2 Leave out requantified 0.79323 0.71819 0.75735 0.89408 0.8943 0.89288 11.596 16.479 8.6067 2 2 2 2 0 0 Median Median Median 1 1.5 1.5 41013000 22102000 18912000 15646000 8173800 7472500 13468000 7156000 6312200 11899000 6771800 5126900 1632 2201;6040 True;True 2234;6099 7545;7546;20110;20111;20112;20113 9881;9882;25896;25897;25898;25899;25900 9881;25898 Q99575 Q99575 10 10 10 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 POP1 sp|Q99575|POP1_HUMAN Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POP1 PE=1 SV=2 1 10 10 10 9 8 8 9 8 8 9 8 8 16.3 16.3 16.3 114.71 1024 1024 0 32.931 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78655 0.98216 27.652 26 7 Leave out requantified 0.71953 0.76524 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15;1 15;1 15;1 Protein arginine N-methyltransferase 1 PRMT1 sp|Q99873|ANM1_HUMAN Protein arginine N-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRMT1 PE=1 SV=3 2 15 15 15 14 15 13 14 15 13 14 15 13 39.6 39.6 39.6 42.461 371 371;394 0 119.87 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65377 0.7832 24.57 53 12 Leave out requantified 0.75784 0.70831 0.83242 0.89202 0.87209 1.011 31.159 25.038 17.022 18 18 17 3 2 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 39.1 39.6 36.1 2586100000 1438300000 1147800000 934360000 518490000 415880000 980380000 545760000 434610000 671360000 374000000 297350000 1649 1023;1320;2251;2741;3962;5704;5990;8231;8490;11728;11949;13805;13811;15059;15904 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1040;1341;2284;2779;4011;5762;6049;8309;8572;11856;12078;13952;13958;15213;16068 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209;819;1695;1800;1906;3439;3684;3920;5932;12435;13333;13748;14098;15150;15606;15973;16393 700;2746;2747;2748;5706;5707;5708;6065;6066;6067;6416;6417;11591;11592;11593;11594;12447;12448;12449;13192;13193;19636;19637;19638;41492;41493;41494;44461;44462;44463;45810;47017;47018;47019;50529;50530;50531;52146;53321;54695;54696 929;3574;3575;3576;3577;3578;7489;7490;7491;7950;7951;7952;7953;8403;8404;15080;15081;15082;15083;15084;16166;16167;16168;17143;17144;25334;25335;25336;25337;52862;52863;52864;56664;58423;60073;60074;60075;60076;64667;64668;64669;66751;68246;69960;69961;69962;69963 929;3574;7489;7951;8403;15080;16167;17144;25334;52864;56664;58423;60075;64667;66751;68246;69963 Q9BQ61 Q9BQ61 2 2 2 Uncharacterized protein C19orf43 C19orf43 sp|Q9BQ61|TRIR_HUMAN Telomerase RNA component interacting RNase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRIR PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 0 1 1 0 1 1 0 1 21.6 21.6 21.6 18.419 176 176 0.0056381 2.1393 By MS/MS By MS/MS 0.89779 1.0085 12.295 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN 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nucleoside-triphosphatase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NTPCR PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 15.3 15.3 15.3 20.713 190 190 0 16.028 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64302 0.80859 16.13 8 5 Median 0.59897 0.62446 0.75935 0.70995 0.83208 0.92061 19.483 7.3358 22.4 3 3 2 2 2 1 Median Median Median 15.3 15.3 15.3 138650000 82755000 55893000 57617000 35906000 21711000 49780000 30254000 19526000 31251000 16594000 14656000 1677 5701;11939 True;True 5759;12068 19126;19127;19128;40244;40245;40246;40247;40248 24713;51344;51345;51346;51347;51348 24713;51347 Q9BSH4 Q9BSH4 4 4 4 Translational activator of cytochrome c oxidase 1 TACO1 sp|Q9BSH4|TACO1_HUMAN Translational activator of cytochrome c oxidase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TACO1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 16.5 16.5 16.5 32.477 297 297 0 8.1619 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75817 0.87347 11.214 9 1 Leave out requantified 0.7931 0.66398 0.82671 0.90228 0.86885 0.94241 15.691 0.48854 11.198 4 2 3 1 0 0 Leave out requantified Median Leave 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4138;4139;4140;4141;4142;4143;7176;7177;7178;7179;7180;7181;7182;7183;14730;14731;14732;16912;16913;16914;16915;25058;26338;26339;47103;47689;47690;47691;47692;52304;52305;52306;52307;52781;52782;52783;52784;52785;52786;62737;68056;68057 4138;7177;7182;14730;16912;25058;26339;47103;47691;52304;52786;62737;68057 Q9BTE7;Q92564 Q9BTE7 4;1 4;1 4;1 DCN1-like protein 5 DCUN1D5 sp|Q9BTE7|DCNL5_HUMAN DCN1-like protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCUN1D5 PE=1 SV=1 2 4 4 4 1 3 4 1 3 4 1 3 4 16 16 16 27.508 237 237;292 0 20.164 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.642 0.77034 1.7588 6 2 Leave out requantified NaN 0.41298 0.5613 NaN 0.52188 0.67888 NaN 4.2501 32.12 1 2 3 0 1 1 Median Median Median 5.1 11.8 16 64163000 40642000 23522000 8365200 4835000 3530200 13095000 9277700 3817500 42703000 26529000 16174000 1685 5859;12996;13161;15979 True;True;True;True 5918;13136;13303;16143 19596;19597;19598;43816;43817;44372;53839;53840 25289;25290;25291;25292;25293;55808;56546;68872;68873 25291;55808;56546;68873 Q9BTW9 Q9BTW9 7 7 7 Tubulin-specific chaperone D TBCD sp|Q9BTW9|TBCD_HUMAN Tubulin-specific chaperone D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBCD PE=1 SV=2 1 7 7 7 5 6 4 5 6 4 5 6 4 7.6 7.6 7.6 132.6 1192 1192 0 18.323 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98812 1.2226 22.598 13 3 Leave out requantified 0.89048 0.9598 0.94883 1.0351 1.1708 1.102 27.754 12.937 27.965 4 6 3 1 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 5.6 6.7 5 260060000 130800000 129260000 102370000 52171000 50199000 109000000 53210000 55791000 48692000 25421000 23271000 1686 135;1479;5775;8487;8739;9860;15050 True;True;True;True;True;True;True 136;1501;5833;8569;8822;9956;15204 440;441;442;443;444;5056;5057;5058;19355;19356;28874;29656;29657;29658;33408;50720;50721 604;605;606;607;608;6637;6638;6639;25025;25026;37052;37992;42658;64907 604;6638;25026;37052;37992;42658;64907 Q9BUF5 Q9BUF5 14 5 5 Tubulin beta-6 chain TUBB6 sp|Q9BUF5|TBB6_HUMAN Tubulin beta-6 chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBB6 PE=1 SV=1 1 14 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362;363;364;12179;12180;12181;12182;12183;12184;12185;12186;12187;14344;14345;14346;16413;16414;16415;17132;17133;17134;18744;24805;24806;24807;25068;25069;25070;27128;27129;27130;27131;28677;28678;28679;28680;28681;28682;34113;34114;34115;36896;36897;36898;36899;36900;36901;36902;36903;36904;36905;36906;36907;36908;37454;37455;37456;54824;54825;54826;54827 508;509;510;15845;15846;15847;15848;15849;15850;15851;15852;15853;15854;15855;15856;18599;18600;18601;21169;21170;21171;21172;22119;22120;22121;22122;22123;22124;24205;31802;31803;31804;31805;31806;32118;32119;32120;32121;32122;32123;34798;34799;34800;34801;34802;34803;36800;36801;36802;36803;36804;36805;36806;36807;36808;43569;47019;47020;47021;47022;47023;47024;47025;47026;47027;47028;47029;47030;47031;47738;47739;47740;47741;47742;47743;47744;47745;47746;70112;70113;70114;70115 508;15850;18599;21171;22124;24205;31805;32120;34803;36805;43569;47029;47740;70114 Q9BUJ2 Q9BUJ2 7 7 7 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U-like protein 1 HNRNPUL1 sp|Q9BUJ2|HNRL1_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPUL1 PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 5 2 6 5 2 6 5 2 9.3 9.3 9.3 95.737 856 856 0 15.583 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97854 1.1722 14.842 11 3 Leave out requantified 0.89899 0.92227 NaN 0.96804 1.1865 NaN 20.973 12.332 NaN 5 5 1 2 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 7.1 6.8 2.5 184260000 95433000 88827000 93105000 44687000 48418000 81675000 46157000 35519000 9479800 4589200 4890600 1688 2996;9002;11400;11460;11771;15921;16302 True;True;True;True;True;True;True 3035;9088;11526;11586;11899;16085;16470 10247;30576;38563;38564;38565;38737;39731;39732;53650;53651;54910;54911;54912;54913;54914 13275;39131;49195;49196;49197;49413;50682;50683;68649;68650;70213;70214;70215;70216;70217 13275;39131;49195;49413;50682;68650;70213 Q9BUL8 Q9BUL8 3 3 3 Programmed cell death protein 10 PDCD10 sp|Q9BUL8|PDC10_HUMAN Programmed cell death protein 10 OS=Homo sapiens 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out requantified 12.9 14.5 11.3 772740000 473130000 299600000 231850000 157580000 74272000 274600000 169300000 105300000 266290000 146250000 120030000 1690 1145;1759;2159;3650;5439;7187;8936;10214;10676;11261;14005 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1164;1788;2192;3695;5495;7254;9022;10316;10788;11387;14154 3908;3909;3910;6022;6023;6024;7407;7408;12476;18243;24237;24238;24239;24240;30371;34573;34574;36092;36093;36094;38133;38134;38135;47192;47193 5176;5177;5178;5179;5180;7897;7898;7899;7900;9701;9702;16198;23531;31113;31114;31115;31116;31117;31118;31119;38881;44119;44120;46040;46041;46042;46043;46044;48634;48635;48636;60283 5177;7899;9702;16198;23531;31117;38881;44120;46044;48635;60283 Q9BUT1 Q9BUT1 4 4 4 3-hydroxybutyrate dehydrogenase type 2 BDH2 sp|Q9BUT1|BDH2_HUMAN 3-hydroxybutyrate dehydrogenase type 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BDH2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 1 3 3 1 3 3 1 21.6 21.6 21.6 26.724 245 245 0 18.638 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74301 0.80962 45.806 6 5 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E3 ubiquitin-protein ligase RNF126 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNF126 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 7.7 7.7 7.7 33.861 311 311 0 8.6496 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 7.7 7.7 0 8401100 2383000 6018100 8401100 2383000 6018100 0 0 0 0 0 0 1693 7387 True 7460 24887;24888 31899;31900 31900 Q9BV86 Q9BV86 4 4 4 N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1;N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1, N-terminally processed NTMT1 sp|Q9BV86|NTM1A_HUMAN N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NTMT1 PE=1 SV=3 1 4 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 25.6 25.6 25.6 25.387 223 223 0 51.489 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73095 0.83079 24.808 12 2 Leave out requantified 0.77811 0.67468 0.70742 0.86237 0.83511 0.79431 24.655 8.0305 18.03 4 4 4 0 0 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 25.6 18.4 18.4 556030000 327260000 228770000 208900000 119580000 89320000 189430000 113180000 76248000 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NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 5.5 0 0 16393000 11329000 5063900 16393000 11329000 5063900 0 0 0 0 0 0 1696 14468 True 14621 48691 62218 62218 Q9BVM2 Q9BVM2 2 2 2 Protein DPCD DPCD sp|Q9BVM2|DPCD_HUMAN Protein DPCD OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DPCD PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 9.9 9.9 9.9 23.239 203 203 0 5.1033 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0044 1.2137 23.76 5 1 Leave out requantified NaN 1.0236 0.8801 NaN 1.3048 1.069 NaN 24.491 30.73 1 2 2 0 1 0 Median Median Median 5.4 9.9 9.9 81048000 44612000 36436000 21748000 10020000 11728000 31808000 19484000 12324000 27492000 15109000 12383000 1697 3859;4354 True;True 3905;4405 13142;13143;14723;14724;14725 17082;19065;19066;19067;19068 17082;19066 Q9BVP2 Q9BVP2 11 11 11 Guanine nucleotide-binding protein-like 3 GNL3 sp|Q9BVP2|GNL3_HUMAN Guanine nucleotide-binding protein-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNL3 PE=1 SV=2 1 11 11 11 10 9 10 10 9 10 10 9 10 25.3 25.3 25.3 61.992 549 549 0 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7667;7668;7669;16822;16823;16824;16825;16826;16827;30457;30458;30459;30460;30461;30462;33820;33821;33822;33823;34927;34928;34929;34930;42863;42864;42865;42866;53672;54122;55862;55863;55864;55865;55866;55867;56107;56108;56109;56110;56111;64888;64889;64890;64891;64892;64893;64894 7669;16825;30458;33822;34927;42866;53672;54122;55863;56107;64894 Q9BVQ7 Q9BVQ7 3 3 3 Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1 SPATA5L1 sp|Q9BVQ7|SPA5L_HUMAN Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPATA5L1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 4.2 4.2 4.2 80.709 753 753 0 5.1957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70645 0.85197 5.0238 6 1 Leave out requantified NaN 0.67788 0.70626 NaN 0.82224 0.8406 NaN 150.53 9.174 1 3 2 0 1 0 Median Median Median 2.9 4.2 2.9 46567000 28065000 18502000 9443100 5170400 4272700 20963000 13991000 6972400 16161000 8904300 7256500 1699 2267;4347;6221 True;True;True 2300;4398;6281 7770;7771;14701;14702;20694;20695;20696 10157;10158;19044;26656 10158;19044;26656 Q9BVS4 Q9BVS4 3 3 3 Serine/threonine-protein kinase RIO2 RIOK2 sp|Q9BVS4|RIOK2_HUMAN Serine/threonine-protein kinase RIO2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RIOK2 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 3 7.6 7.6 7.6 63.282 552 552 0 13.769 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1747 1.4003 15.872 3 2 Median NaN NaN 1.1747 NaN NaN 1.4003 NaN NaN 15.872 0 0 3 0 0 2 Median Median Median 2.5 2.9 7.6 32357000 16459000 15898000 0 0 0 2652200 2652200 0 29705000 13807000 15898000 1700 4993;6019;12014 True;True;True 5048;6078;12144 16804;20055;20056;40484;40485 21688;25834;25835;25836;51655;51656 21688;25836;51655 Q9BW27 Q9BW27 1 1 1 Nuclear pore complex protein Nup85 NUP85 sp|Q9BW27|NUP85_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup85 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP85 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 2 2 2 75.019 656 656 0.0026399 2.4411 By MS/MS By MS/MS 1.075 1.2515 14.936 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 1 Median Median Median 0 2 2 13540000 5876700 7663600 0 0 0 7694100 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77459 0.92396 41.018 17 7 Leave out requantified 0.60757 0.73291 0.85958 0.63556 0.92396 0.9899 49.712 43.13 58.466 6 5 6 2 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Median 17.4 22.2 19.8 258960000 151370000 107590000 86346000 50085000 36261000 75848000 47644000 28204000 96767000 53645000 43121000 1717 2852;3204;5609;6288;13180 True;True;True;True;True 2891;3245;5667;6348;13322 9774;9775;10946;10947;10948;10949;10950;18805;18806;18807;20905;20906;44432;44433;44434;44435;44436 12664;12665;12666;14218;14219;14220;24284;24285;24286;26933;26934;56628;56629;56630;56631;56632 12666;14219;24286;26934;56632 Q9BYT8 Q9BYT8 1 1 1 Neurolysin, mitochondrial NLN sp|Q9BYT8|NEUL_HUMAN Neurolysin, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NLN PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2.7 2.7 2.7 80.651 704 704 0.00055096 2.9453 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 2.7 0 0 8992200 5218500 3773700 8992200 5218500 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2 Egl nine homolog 1 EGLN1 sp|Q9GZT9|EGLN1_HUMAN Egl nine homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EGLN1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 8.2 8.2 8.2 46.02 426 426 0 5.3958 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86522 1.0332 5.8747 6 0 Leave out requantified 0.90557 0.8006 0.86522 1.0449 0.97666 1.0065 7.4727 5.4787 9.575 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 8.2 8.2 8.2 67301000 33725000 33576000 23548000 12890000 10658000 20305000 9264100 11041000 23448000 11571000 11877000 1737 9;4167 True;True 9;4217 36;37;38;14116;14117;14118 60;61;62;63;64;65;66;67;18299 62;18299 Q9GZZ1 Q9GZZ1 8 8 8 N-alpha-acetyltransferase 50 NAA50 sp|Q9GZZ1|NAA50_HUMAN N-alpha-acetyltransferase 50 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAA50 PE=1 SV=1 1 8 8 8 8 7 6 8 7 6 8 7 6 44.4 44.4 44.4 19.398 169 169 0 23.598 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77405 0.93888 27.066 25 8 Leave out requantified 0.80349 0.77855 0.75274 0.96345 1.0095 0.92153 39.706 29.385 15.465 9 9 7 3 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1739 8701 True 8784 29538 37842 37842 Q9H078 Q9H078 3 3 3 Caseinolytic peptidase B protein homolog CLPB sp|Q9H078|CLPB_HUMAN Caseinolytic peptidase B protein homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CLPB PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 7.4 7.4 7.4 78.728 707 707 0 8.994 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77416 0.87533 8.4112 6 2 Leave out requantified 0.98276 0.90577 0.80957 1.0859 1.1254 0.9452 22.076 34.633 19.272 2 2 2 1 1 0 Median Median Median 5.7 4.4 5.7 120350000 63880000 56469000 45347000 22806000 22541000 34290000 18832000 15459000 40712000 22243000 18469000 1740 3744;4663;15763 True;True;True 3790;4718;15927 12786;15759;15760;15761;53174;53175 16607;20370;20371;20372;20373;20374;68070;68071 16607;20374;68070 Q9H0A0 Q9H0A0 16 16 16 N-acetyltransferase 10 NAT10 sp|Q9H0A0|NAT10_HUMAN RNA cytidine acetyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAT10 PE=1 SV=2 1 16 16 16 11 11 10 11 11 10 11 11 10 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True;True;True;True;False;True;False;True;True 853;2950;3249;8628;8936;9821;11389;12624;13538 2880;9964;9965;9966;10962;10963;29072;29073;29074;29075;30092;30093;32980;32981;32982;38139;38140;38141;42086;45094;45095;45096 3765;12930;14234;37293;37294;37295;37296;37297;37298;37299;38545;38546;42147;42148;42149;42150;42151;48640;48641;48642;48643;48644;48645;53599;53600;57445;57446;57447;57448;57449;57450 3765;12930;14234;37299;38545;42149;48642;53600;57448 Q9H0C8 Q9H0C8 6 6 6 Integrin-linked kinase-associated serine/threonine phosphatase 2C ILKAP sp|Q9H0C8|ILKAP_HUMAN Integrin-linked kinase-associated serine/threonine phosphatase 2C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ILKAP PE=1 SV=1 1 6 6 6 3 5 3 3 5 3 3 5 3 14.3 14.3 14.3 42.906 392 392 0 13.492 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65826 0.76674 26.369 9 4 Leave out requantified 0.71716 0.59172 0.68715 0.84457 0.77547 0.80194 45.599 29.26 32.717 3 4 2 1 3 0 Median Median Median 6.9 12.5 6.9 214050000 135940000 78109000 64273000 40289000 23984000 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1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSRP1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 7.9 7.9 7.9 66.389 558 558 0 4.4915 By MS/MS By matching By MS/MS 0.76771 0.99623 11.018 6 2 Leave out requantified 0.69374 NaN 0.83291 0.85191 NaN 0.98828 25.45 NaN 8.4455 2 1 3 1 0 1 Median Median Median 5 2.3 7.9 97402000 50479000 46923000 32491000 17748000 14743000 8358900 4842600 3516200 56553000 27889000 28664000 1745 1635;5691;10976;12029 True;True;True;True 1662;5749;11096;12159 5588;19098;19099;19100;37171;37172;40531 7345;24688;47361;47362;51709 7345;24688;47362;51709 Q9H0P0 Q9H0P0 2 2 2 Cytosolic 5-nucleotidase 3A NT5C3A sp|Q9H0P0|5NT3A_HUMAN Cytosolic 5-nucleotidase 3A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NT5C3A PE=1 SV=3 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 6 6 6 37.948 336 336 0 3.1301 By MS/MS By MS/MS 1.0816 1.3327 63.799 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 2.7 3.3 19086000 9402300 9683200 0 0 0 10289000 6290700 3998000 8796800 3111600 5685200 1746 3558;5365 True;True 3601;5421 12161;18024 15826;23246 15826;23246 Q9H0S4 Q9H0S4 4 4 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX47 DDX47 sp|Q9H0S4|DDX47_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX47 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX47 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 2 4 4 2 4 4 2 4 13 13 13 50.646 455 455 0 9.9959 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77384 0.87785 35.734 10 0 Leave out requantified 0.80453 0.92483 0.77895 0.9066 1.1885 0.92197 34.747 51.507 18.256 4 2 4 0 0 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 13 6.6 13 161840000 88333000 73511000 55756000 29002000 26754000 38831000 20557000 18274000 67258000 38775000 28483000 1747 2131;8109;13193;13798 True;True;True;True 2164;8187;13335;13945 7302;7303;7304;27517;27518;44465;44466;44467;46439;46440 9567;35297;56666;56667;56668;56669;59267;59268 9567;35297;56669;59267 Q9H0U4;Q92928 Q9H0U4;Q92928 8;4 1;1 1;1 Ras-related protein Rab-1B;Putative Ras-related protein Rab-1C RAB1B;RAB1C sp|Q9H0U4|RAB1B_HUMAN Ras-related protein Rab-1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAB1B PE=1 SV=1;sp|Q92928|RAB1C_HUMAN Putative Ras-related protein Rab-1C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAB1C PE=5 SV=2 2 8 1 1 5 7 6 0 1 0 0 1 0 46.8 8.5 8.5 22.171 201 201;201 0 3.6149 By matching By MS/MS By matching NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 30.8 42.8 34.8 15547000 8427100 7119700 0 0 0 15547000 8427100 7119700 0 0 0 1748 3261;4426;9229;10509;12023;13906;13952;16002 False;False;False;True;False;False;False;False 3302;4477;9316;10618;12153;14055;14101;16167 11157;11158;11159;11160;11161;11162;14948;14949;14950;31319;31320;31321;31322;31323;31324;35565;40514;40515;46872;47032;47033;53929;53930;53931 14486;14487;14488;14489;14490;14491;14492;14493;14494;19338;19339;19340;40028;40029;40030;40031;40032;40033;45403;51688;51689;59852;60095;60096;68995;68996;68997;68998;68999;69000 14493;19338;40028;45403;51689;59852;60095;68995 Q9H0U9 Q9H0U9 1 1 1 Testis-specific Y-encoded-like protein 1 TSPYL1 sp|Q9H0U9|TSYL1_HUMAN Testis-specific Y-encoded-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSPYL1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3.9 3.9 3.9 49.192 437 437 0.0021402 2.5677 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 3.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1749 12305 True 12439 41500 52871 52871 Q9H1E3 Q9H1E3 2 2 2 Nuclear ubiquitous casein and cyclin-dependent kinase substrate 1 NUCKS1 sp|Q9H1E3|NUCKS_HUMAN Nuclear ubiquitous casein and cyclin-dependent kinase substrate 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUCKS1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 9.9 9.9 9.9 27.296 243 243 0 4.2495 By MS/MS By MS/MS By matching 1.0533 1.3243 11.558 5 1 Leave out requantified 1.1252 1.0378 NaN 1.3668 1.3768 NaN 7.0897 17.053 NaN 2 2 1 0 1 0 Median Median Median 9.9 9.9 6.2 225940000 112110000 113830000 110630000 51686000 58942000 103690000 53974000 49716000 11622000 6445200 5176700 1750 1354;11058 True;True 1375;11179 4615;4616;37429;37430;37431 6081;6082;47709;47710;47711;47712 6081;47712 Q9H211 Q9H211 1 1 1 DNA replication factor Cdt1 CDT1 sp|Q9H211|CDT1_HUMAN DNA replication factor Cdt1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDT1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 60.39 546 546 0.0061069 2.0788 By MS/MS By matching By matching 0.74575 0.904 7.2772 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 165200000 99893000 65305000 67959000 42275000 25684000 53452000 31986000 21466000 43787000 25632000 18155000 1751 427 True 430 1411;1412;1413 1845 1845 107 321 Q9H223 Q9H223 9 7 7 EH domain-containing protein 4 EHD4 sp|Q9H223|EHD4_HUMAN EH domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EHD4 PE=1 SV=1 1 9 7 7 8 9 7 7 7 6 7 7 6 18.9 15.7 15.7 61.174 541 541 0 46.793 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76407 0.86336 9.876 19 6 Leave out requantified 0.76407 0.69795 0.77237 0.84164 0.87599 0.88488 9.4882 4.3859 14.375 6 7 6 2 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out 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Median Leave out requantified 27.3 20.5 27.3 443360000 246640000 196710000 162230000 86692000 75536000 134940000 79151000 55790000 146190000 80800000 65387000 1755 5449;14545;15037 True;True;True 5505;14698;15191 18271;18272;18273;48940;48941;50687;50688;50689 23566;23567;23568;23569;23570;62566;64865;64866;64867;64868;64869;64870 23570;62566;64867 Q9H2U1 Q9H2U1 5 5 5 ATP-dependent RNA helicase DHX36 DHX36 sp|Q9H2U1|DHX36_HUMAN ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DHX36 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 2 3 4 2 3 4 2 3 8.7 8.7 8.7 114.76 1008 1008 0 30.595 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92278 1.0655 10.962 9 0 Leave out requantified 0.9176 0.75042 0.91304 1.0272 0.93059 1.1098 10.875 45.207 4.7152 4 2 3 0 0 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 6.9 3 4.8 128210000 66381000 61831000 61149000 31537000 29613000 37325000 20251000 17074000 29738000 14594000 15144000 1756 3847;12372;13224;13498;16165 True;True;True;True;True 3893;12506;13366;13641;16332 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0 7.8552 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 6.6 10506000 6441700 4064600 0 0 0 0 0 0 10506000 6441700 4064600 1786 6247 True 6307 20775 26772 26772 Q9H993 Q9H993 3 3 3 Protein-glutamate O-methyltransferase ARMT1 sp|Q9H993|ARMT1_HUMAN Protein-glutamate O-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARMT1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7.9 7.9 7.9 51.172 441 441 0 7.0252 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86046 1.0818 4.0592 6 0 Leave out requantified 0.91765 0.79151 0.89511 1.1097 0.99241 1.0718 2.4297 12.195 10.756 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 7.9 7.9 7.9 92362000 53972000 38390000 42050000 24642000 17408000 22317000 11963000 10353000 27996000 17367000 10628000 1787 2600;13903;16114 True;True;True 2636;14052;16280 8890;8891;8892;46863;46864;46865;54295;54296;54297 11597;11598;11599;59842;59843;69457;69458;69459 11597;59842;69457 Q9H9A6 Q9H9A6 9 9 9 Leucine-rich repeat-containing protein 40 LRRC40 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16537;16538;16539;16540;16541;20559;20560;20561;20562;26194;26195;26196;26197;30800;30801;30802;30803;30804;30805;39001;42335;42336;48783;48784;48785;48786;48787;48788;57655;57656;57657;57658;57659;57660;60479;60480 16540;20562;26194;30803;39001;42335;48787;57658;60479 Q9H9C1 Q9H9C1 3 3 3 Spermatogenesis-defective protein 39 homolog VIPAS39 sp|Q9H9C1|SPE39_HUMAN Spermatogenesis-defective protein 39 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VIPAS39 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 8.3 8.3 8.3 57.005 493 493 0 19.921 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79721 0.91483 48.229 5 3 Median 1.0395 0.7809 NaN 1.1925 0.9974 NaN 90.697 22.623 NaN 2 2 1 1 1 1 Median Median Median 5.3 4.5 3 44563000 26510000 18053000 23829000 13273000 10556000 17051000 10559000 6491900 3683600 2678200 1005400 1789 458;9218;14270 True;True;True 462;9305;14421 1519;1520;31280;31281;48048 1991;1992;39981;61382 1992;39981;61382 Q9H9J2 Q9H9J2 2 2 2 39S ribosomal protein L44, mitochondrial MRPL44 sp|Q9H9J2|RM44_HUMAN 39S ribosomal protein L44, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRPL44 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9 6.9 6.9 37.535 332 332 0 4.9463 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69409 0.80584 42.546 4 4 Median 0.69409 NaN NaN 0.80584 NaN NaN 3.1294 NaN NaN 2 1 1 2 1 1 Median Median Median 3.9 3 3.9 50826000 31511000 19315000 28115000 16179000 11936000 14525000 10766000 3758400 8186600 4565600 3621000 1790 1987;7086 True;True 2018;7152 6773;23841;23842;23843 8892;30593;30594;30595 8892;30593 Q9H9T3 Q9H9T3 7 7 7 Elongator complex protein 3 ELP3 sp|Q9H9T3|ELP3_HUMAN Elongator complex protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELP3 PE=1 SV=2 1 7 7 7 5 6 5 5 6 5 5 6 5 17.7 17.7 17.7 62.258 547 547 0 25.823 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68538 0.81776 18.603 16 3 Leave out requantified 0.68291 0.69294 0.72038 0.78268 0.92254 0.83085 25.97 37.829 18.313 5 6 5 1 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.5 15.4 11.7 269970000 156000000 113970000 96267000 58666000 37601000 109760000 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62716;62717;62718;62719;62720;62721 62721 Q9HB71 Q9HB71 15 15 15 Calcyclin-binding protein CACYBP sp|Q9HB71|CYBP_HUMAN Calcyclin-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CACYBP PE=1 SV=2 1 15 15 15 14 14 11 14 14 11 14 14 11 58.3 58.3 58.3 26.21 228 228 0 43.448 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75804 0.94707 27.631 43 9 Leave out requantified 0.79624 0.75692 0.81488 0.94374 0.99457 1.0071 29.886 26.91 35.658 17 15 11 5 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 58.3 58.3 56.1 2377200000 1285600000 1091600000 814280000 433910000 380370000 927900000 513690000 414210000 635020000 337990000 297030000 1797 1850;3587;3588;3615;7521;7522;7696;7711;7986;12522;12783;13509;13672;15521;15865 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1880;3631;3632;3659;7594;7595;7770;7785;8063;12657;12921;13652;13817;15682;16029 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29559;55172 29559;55172 Q9HCK8 Q9HCK8 1 1 1 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 CHD8 sp|Q9HCK8|CHD8_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD8 PE=1 SV=5 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.9 0.9 0.9 290.52 2581 2581 0.0084619 1.9264 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 0.9 8383200 6450300 1932800 0 0 0 0 0 0 8383200 6450300 1932800 1804 15296 True 15456 51640 66152 66152 Q9HCS7 Q9HCS7 1 1 1 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 XAB2 sp|Q9HCS7|SYF1_HUMAN Pre-mRNA-splicing factor SYF1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=XAB2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1.9 1.9 1.9 100.01 855 855 0.0056266 2.1219 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.9 1.9 3118800 3118800 0 0 0 0 0 0 0 3118800 3118800 0 1805 1777 True 1806 6090;6091 7982;7983;7984 7983 Q9HD26 Q9HD26 1 1 1 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein GOPC sp|Q9HD26|GOPC_HUMAN Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GOPC PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 2.2 2.2 2.2 50.519 462 462 0.0098377 1.8555 By MS/MS By MS/MS 0.62608 0.72684 22.433 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 1 Median Median Median 2.2 0 2.2 15396000 9636300 5759900 8071700 4999400 3072300 0 0 0 7324500 4636900 2687600 1806 12476 True 12610 42034;42035 53534;53535 53535 Q9NNW5 Q9NNW5 2 2 2 WD repeat-containing protein 6 WDR6 sp|Q9NNW5|WDR6_HUMAN WD repeat-containing protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR6 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4 3.4 3.4 121.72 1121 1121 0.0056122 2.1032 By MS/MS By MS/MS By matching 0.64747 0.78975 14.67 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.7 1.7 1.7 36578000 19478000 17100000 12982000 6891200 6090500 12986000 6258700 6727100 10610000 6327900 4282500 1807 1337;15771 True;True 1358;15935 4567;53199;53200 6034;68098 6034;68098 Q9NP77 Q9NP77 5 5 5 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 SSU72 sp|Q9NP77|SSU72_HUMAN RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SSU72 PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 3 1 3 3 1 3 3 1 27.8 27.8 27.8 22.574 194 194 0 11.3 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.5557 0.63779 80.731 7 5 Median 0.71513 0.56297 NaN 0.77166 0.71097 NaN 104.74 24.164 NaN 4 3 0 3 2 0 Median Plateau Median 18 18 3.6 117310000 46144000 71166000 86188000 26053000 60135000 28190000 20091000 8098600 2932000 0 2932000 1808 2314;10330;14391;14671;15828 True;True;True;True;True 2347;10435;14544;14824;15992 7937;7938;7939;34949;48444;49356;49357;53383 10366;10367;10368;44589;61894;63140;68327 10367;44589;61894;63140;68327 Q9NP79 Q9NP79 3 3 3 Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog VTA1 sp|Q9NP79|VTA1_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VTA1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 12.4 12.4 12.4 33.879 307 307 0 29.167 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0848 1.3323 13.345 8 3 Leave out requantified 0.76626 0.87959 1.0608 0.92521 1.1552 1.2781 18.62 33.937 7.4794 2 4 2 1 2 0 Median Median Median 9.8 12.4 9.8 329550000 178400000 151150000 79698000 41041000 38656000 182190000 106230000 75963000 67667000 31138000 36529000 1809 9364;9802;15982 True;True;True 9453;9897;16146 31781;31782;31783;33210;53846;53847;53848;53849;53850;53851;53852 40598;40599;40600;40601;40602;42423;68878;68879;68880;68881;68882;68883 40600;42423;68880 Q9NP92 Q9NP92 2 2 2 28S ribosomal protein S30, mitochondrial MRPS30 sp|Q9NP92|RT30_HUMAN 39S ribosomal protein S30, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRPS30 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 2 7.3 7.3 7.3 50.364 439 439 0 3.2677 By MS/MS By MS/MS 1.0403 1.2098 63.827 3 1 Median 0.64493 NaN NaN 0.73849 NaN NaN 69.805 NaN NaN 2 0 1 1 0 0 Median Median Median 7.3 0 7.3 46571000 27216000 19355000 23027000 12962000 10065000 0 0 0 23545000 14254000 9290700 1810 11603;16337 True;True 11731;16506 39188;39189;55035;55036 49990;49991;70383 49991;70383 Q9NPD3 Q9NPD3 3 3 3 Exosome complex component RRP41 EXOSC4 sp|Q9NPD3|EXOS4_HUMAN Exosome complex component RRP41 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC4 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 2 1 3 2 1 3 2 1 11.4 11.4 11.4 26.383 245 245 0 5.3548 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74764 0.90016 15.405 7 2 Leave out requantified 0.84176 0.72026 NaN 0.94153 0.90668 NaN 13.471 16.425 NaN 4 2 1 2 0 0 Median Median Median 11.4 8.2 4.9 205260000 113780000 91479000 108060000 58240000 49817000 77972000 46109000 31863000 19226000 9427600 9798200 1811 739;2783;8888 True;True;True 748;2821;8974 2521;2522;2523;9528;30203;30204;30205 3308;3309;3310;12375;38675;38676 3308;12375;38676 Q9NPD8 Q9NPD8 5 5 5 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T UBE2T sp|Q9NPD8|UBE2T_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2T PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 3 3 4 3 3 4 3 3 37.1 37.1 37.1 22.521 197 197 0 28.93 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85899 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True;True 7591;14703 25310;48961 32422;62597 32422;62597 Q9NQ29 Q9NQ29 7 2 2 Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 LUC7L sp|Q9NQ29|LUC7L_HUMAN Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LUC7L PE=1 SV=1 1 7 2 2 7 7 6 2 2 2 2 2 2 19.1 6.5 6.5 43.727 371 371 0 20.094 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73929 0.84169 34.923 5 3 Median 1.0217 0.5667 NaN 1.1645 0.70766 NaN 45.907 10.395 NaN 2 2 1 1 2 0 Median Median Median 19.1 19.1 19.1 59089000 35673000 23415000 25748000 15921000 9827100 18210000 12264000 5945600 15131000 7488700 7642600 1814 284;369;8902;11046;14687;14688;15008 False;True;True;False;False;False;False 285;372;8988;11167;14840;14841;15162 907;908;909;1228;1229;1230;1231;1232;1233;30261;30262;30263;37392;37393;37394;49414;49415;49416;49417;49418;49419;50564;50565;50566;50567;50568;50569 1203;1204;1205;1608;1609;1610;1611;1612;1613;1614;38738;38739;38740;47666;47667;47668;47669;47670;47671;63214;63215;63216;63217;63218;63219;64703;64704;64705;64706;64707 1205;1609;38739;47669;63214;63217;64705 Q9NQ55 Q9NQ55 2 2 2 Suppressor of SWI4 1 homolog PPAN sp|Q9NQ55|SSF1_HUMAN Suppressor of SWI4 1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPAN PE=2 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.4 4.4 4.4 53.193 473 473 0 10.346 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.49483 0.63312 33.251 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.5 1.9 2.5 21480000 14729000 6751100 8389700 5240000 3149800 6395300 4601200 1794100 6695300 4888100 1807200 1815 13690;15353 True;True 13835;15514 46075;46076;51825 58776;58777;66382 58777;66382 Q9NQ88 Q9NQ88 4 4 4 Fructose-2,6-bisphosphatase TIGAR TIGAR sp|Q9NQ88|TIGAR_HUMAN Fructose-2,6-bisphosphatase TIGAR OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TIGAR PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 4 21.9 21.9 21.9 30.062 270 270 0 45.838 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95304 1.1126 5.8894 15 6 Leave out requantified 0.92983 1.0421 0.83886 1.108 1.3362 1.0256 12.296 14.194 37.341 5 3 7 0 1 5 Leave out requantified Plateau Median 17 17 21.9 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5.8 5.8 5.8 47.989 447 447;463;465;465;477 0.0056151 2.1124 By MS/MS By MS/MS 0.72853 0.83621 14.157 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.8 2 0 12765000 7132200 5633200 6373100 3275500 3097600 6392300 3856700 2535600 0 0 0 1817 11319;13182 True;True 11445;13324 38341;44438 48899;56634 48899;56634 Q9NQC3 Q9NQC3 5 5 5 Reticulon-4 RTN4 sp|Q9NQC3|RTN4_HUMAN Reticulon-4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTN4 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 7.2 7.2 7.2 129.93 1192 1192 0 40.181 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92921 1.1667 32.322 16 5 Leave out requantified 1.0214 0.78761 0.88788 1.1625 1.0212 1.0722 43.536 29.407 24.325 6 5 5 1 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 7.2 6.5 6.5 578970000 369660000 209300000 202980000 121860000 81120000 201750000 135420000 66328000 174230000 112380000 61854000 1818 1528;6541;8099;12356;16373 True;True;True;True;True 1553;6602;8176;12490;16542 5226;5227;5228;21949;21950;21951;21952;21953;27471;27472;27473;41651;55158;55159;55160;55161;55162;55163 6885;6886;6887;6888;28144;28145;28146;28147;28148;35217;35218;35219;35220;35221;35222;53056;70543;70544;70545;70546;70547;70548 6888;28145;35219;53056;70546 Q9NQG5 Q9NQG5 2 2 2 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B RPRD1B sp|Q9NQG5|RPR1B_HUMAN Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1B PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 9.5 9.5 9.5 36.899 326 326 0 6.0776 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92683 1.1164 12.862 4 2 Median NaN 0.84307 NaN NaN 1.0222 NaN NaN 14.636 NaN 1 2 1 1 1 0 Median Median Median 4.9 9.5 4.9 45766000 23154000 22612000 10587000 3686700 6900800 27221000 14660000 12561000 7957300 4807500 3149800 1819 3274;6719 True;True 3315;6782 11206;22697;22698;22699 14553;14554;29099;29100;29101 14553;29101 Q9NQR4 Q9NQR4 4 4 4 Omega-amidase NIT2 NIT2 sp|Q9NQR4|NIT2_HUMAN Omega-amidase NIT2 OS=Homo sapiens OX=9606 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2029;53807;53808 2029;53807 Q9NRX1 Q9NRX1 2 2 2 RNA-binding protein PNO1 PNO1 sp|Q9NRX1|PNO1_HUMAN RNA-binding protein PNO1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PNO1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 10.3 10.3 10.3 27.924 252 252 0 8.2573 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84811 1.0567 6.1777 8 1 Leave out requantified 0.82304 0.86152 0.86905 0.94667 1.1039 0.98297 41.811 4.159 5.4514 2 3 3 0 1 0 Median Median Median 10.3 10.3 10.3 145180000 77215000 67966000 35035000 17880000 17155000 45238000 22501000 22737000 64908000 36835000 28073000 1833 10120;11240 True;True 10218;11366 34270;34271;34272;38059;38060;38061;38062;38063 43755;43756;48531;48532;48533;48534;48535;48536;48537 43755;48532 Q9NRY4 Q9NRY4 8 8 8 Rho GTPase-activating protein 35 ARHGAP35 sp|Q9NRY4|RHG35_HUMAN Rho GTPase-activating protein 35 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARHGAP35 PE=1 SV=3 1 8 8 8 5 4 6 5 4 6 5 4 6 7.1 7.1 7.1 170.51 1499 1499 0 11.928 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.67633 0.85749 35.552 12 1 Leave out requantified 0.61158 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8447;8448;8449;8450;8451;8452;16629;16630;16631;16632;16633;16634;16635;16636;17504;17505;17506;17507;41129;41130;41131;41132;41133;41134;45445;45446;45447;48680;48681;48682;48683;64196;64197;64198;64199;64200;65317;65318;65319;65320;65321;65322;65323 8450;16633;17505;41129;45446;48680;64196;65318;65322 Q9NXH9 Q9NXH9 3 3 3 tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase TRMT1 sp|Q9NXH9|TRM1_HUMAN tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 1 3 3 1 3 3 1 5.3 5.3 5.3 72.233 659 659 0 10.748 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2201 1.4479 9.8188 7 2 Leave out requantified 0.89613 1.1716 NaN 1.0148 1.4479 NaN 20.576 34.181 NaN 4 3 0 2 0 0 Median Leave out requantified Median 5.3 5.3 2 74626000 34711000 39915000 44058000 21889000 22169000 30568000 12822000 17746000 0 0 0 1870 4073;4310;13463 True;True;True 4122;4361;13606 13809;13810;14597;14598;14599;14600;45338;45339 17924;18917;18918;18919;18920;18921;57777;57778 17924;18917;57777 Q9NXV6 Q9NXV6 7 7 7 CDKN2A-interacting protein CDKN2AIP sp|Q9NXV6|CARF_HUMAN CDKN2A-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDKN2AIP PE=1 SV=3 1 7 7 7 5 5 6 5 5 6 5 5 6 18.6 18.6 18.6 61.124 580 580 0 31.394 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79332 0.86606 62.179 15 13 Median 0.83777 0.69033 0.80101 0.92227 0.83995 0.894 71.95 58.367 70.43 4 5 6 4 4 5 Median Median Median 11.6 12.1 16.4 180660000 89758000 90905000 49885000 25593000 24292000 56188000 28697000 27490000 74590000 35467000 39123000 1871 5664;10481;13227;13257;13268;13269;13287 True;True;True;True;True;True;True 5722;10590;13369;13399;13410;13411;13430 19009;19010;19011;35460;44569;44570;44571;44666;44667;44668;44700;44701;44702;44703;44704;44757;44758 24578;24579;24580;45255;56792;56793;56794;56920;56921;56922;56923;56954;56955;56956;56957;56958;57021;57022 24579;45255;56794;56922;56954;56958;57022 Q9NY33 Q9NY33 7 7 7 Dipeptidyl peptidase 3 DPP3 sp|Q9NY33|DPP3_HUMAN Dipeptidyl peptidase 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DPP3 PE=1 SV=2 1 7 7 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protein 1 THYN1 sp|Q9P016|THYN1_HUMAN Thymocyte nuclear protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=THYN1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 8.4 8.4 8.4 25.697 225 225 0 5.8917 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74885 0.9083 10.704 5 2 Median 0.87688 0.66379 NaN 1.0282 0.84491 NaN 7.6493 3.0168 NaN 2 2 1 1 1 0 Median Median Median 7.6 8.4 7.6 74379000 44111000 30269000 29870000 17358000 12512000 28491000 16471000 12020000 16018000 10282000 5736600 1886 4947;13721;13979 True;True;True 5002;13868;14128 16672;16673;16674;16675;16676;46185;46186;46187;47123 21506;21507;21508;21509;21510;58937;58938;60206 21510;58937;60206 Q9P0K7 Q9P0K7 9 9 9 Ankycorbin RAI14 sp|Q9P0K7|RAI14_HUMAN Ankycorbin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAI14 PE=1 SV=2 1 9 9 9 3 4 8 3 4 8 3 4 8 10.4 10.4 10.4 110.04 980 980 0 24.275 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95399 1.1818 22.225 14 3 Leave out requantified 0.91514 0.56563 1.0257 1.08 0.70715 1.2208 30.195 37.125 18.003 3 3 8 1 1 1 Plateau Median Leave out requantified 2.8 5 8.5 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24;25;26;27;28;29;2202;2203;2204;2205;2206;2207;2208;2209;2210;2211;2212;2213;9232;9233;9234;9235;9236;9237;9238;9239;9240;9241;9242;9243;12166;12167;12168;12169;12170;12171;12172;12173;12174;12175;12176;12177;12178;12179;12180;12181;12182;12183;12184;12185;12186;12187;12188;12189;12190;12191;12192;12193;12194;12195;29795;29796;29797;29798;35014;35015;35016;35017;35018;35019;35020;37764;37765;37766;37767;37768;37769;38398;38909;38910;38911;38912;38913;38914;38915;38916;38917;38918;38919;38920;43507;44045;44046;46596;46597;46598;46599;46600;46601;46602;46603;52571;52572;52573;56824;56825;56826;56827;56828;56829;56830;56831;56832;62371;62372;62373;62374;62375;62376;62377;62378;62379;62380;62381;62382;62825;69386;69387 29;2209;9243;12167;12182;29798;35018;37765;38398;38916;43507;44046;46600;52571;56831;62373;62825;69386 Q9P265;Q9Y2E4 Q9P265 4;1 4;1 3;1 Disco-interacting protein 2 homolog B DIP2B sp|Q9P265|DIP2B_HUMAN Disco-interacting protein 2 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DIP2B 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Homologous-pairing protein 2 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMC3IP PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 0 1 1 0 1 1 0 1 9.7 9.7 9.7 24.906 217 217 0 5.0822 By MS/MS By MS/MS 0.523 0.62574 32.977 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 0 Median Median Median 4.6 0 5.1 17067000 10589000 6478600 9101500 4618000 4483500 0 0 0 7965700 5970600 1995000 1897 153;14011 True;True 154;14160 496;47209 661;60301 661;60301 Q9UBB4 Q9UBB4 16 16 16 Ataxin-10 ATXN10 sp|Q9UBB4|ATX10_HUMAN Ataxin-10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATXN10 PE=1 SV=1 1 16 16 16 14 15 14 14 15 14 14 15 14 42.3 42.3 42.3 53.488 475 475 0 129.73 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82623 0.94906 19.132 45 17 Leave out requantified 0.83915 0.87992 0.82461 0.95435 1.1252 0.95874 17.067 20.727 16.519 13 17 15 2 8 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 37.1 38.7 37.9 2204000000 1248700000 955200000 575400000 322960000 252440000 860620000 496570000 364050000 767930000 429220000 338710000 1898 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(guanine-N(7)-)-methyltransferase METTL1 sp|Q9UBP6|TRMB_HUMAN tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=METTL1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 17.4 17.4 17.4 31.471 276 276 0 5.6312 By MS/MS By MS/MS By matching 0.88768 1.0821 37.193 9 0 Leave out requantified 0.88768 0.89198 0.95672 1.0108 1.137 1.1383 38.874 27.061 48.033 3 3 3 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.4 17.4 17.4 258180000 111890000 146300000 95843000 43587000 52256000 78740000 38254000 40486000 83601000 30048000 53553000 1902 10160;11122;15443 True;True;True 10259;11245;15604 34397;34398;34399;37642;37643;37644;52140;52141;52142 43909;43910;48018;66744 43909;48018;66744 Q9UBQ0 Q9UBQ0 4 4 4 Vacuolar protein sorting-associated protein 29 VPS29 sp|Q9UBQ0|VPS29_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 29 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS29 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 24.2 24.2 24.2 20.505 182 182 0 28.221 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1551 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Ribosome biogenesis protein TSR3 homolog TSR3 sp|Q9UJK0|TSR3_HUMAN Ribosome biogenesis protein TSR3 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSR3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.4 7.4 7.4 33.596 312 312 0.006569 2.0306 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81313 0.89569 9.8001 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 5.1 2.2 2.2 7458500 4278100 3180400 2109800 1517400 592440 0 0 0 5348700 2760700 2588000 1938 5443;5485 True;True 5499;5542 18252;18253;18392 23545;23546;23738 23546;23738 Q9UJU6 Q9UJU6 1 1 1 Drebrin-like protein DBNL sp|Q9UJU6|DBNL_HUMAN Drebrin-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DBNL PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 4.7 4.7 4.7 48.207 430 430 0.0056468 2.1583 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 4.7 7479700 2646600 4833100 0 0 0 0 0 0 7479700 2646600 4833100 1939 14589 True 14742 49100 62788 62788 Q9UJX3 Q9UJX3 4 4 4 Anaphase-promoting complex subunit 7 ANAPC7 sp|Q9UJX3|APC7_HUMAN Anaphase-promoting complex subunit 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANAPC7 PE=1 SV=4 1 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 10.4 10.4 10.4 66.855 599 599 0 18.702 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62185 0.80307 4.6291 9 4 Leave out requantified 0.66295 0.50959 0.77354 0.74026 0.66582 0.91269 17.18 13.005 28.568 2 3 4 1 1 2 Median Median Median 6.2 7.8 10.4 188190000 111580000 76610000 39620000 23764000 15855000 65032000 39141000 25891000 83538000 48674000 34864000 1940 935;2524;10491;15529 True;True;True;True 949;2559;10600;15690 3185;3186;8651;35498;35499;35500;52422;52423;52424 4168;4169;11264;45319;45320;45321;67094;67095;67096;67097;67098 4168;11264;45320;67098 Q9UKD2 Q9UKD2 8 8 8 mRNA turnover protein 4 homolog MRTO4 sp|Q9UKD2|MRT4_HUMAN mRNA turnover protein 4 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRTO4 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 8 8 7 8 8 7 8 8 32.2 32.2 32.2 27.56 239 239 0 32.384 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78373 0.94379 8.0694 28 2 Leave out requantified 0.7941 0.72109 0.82597 0.94462 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protein 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GPATCH8 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2.1 2.1 2.1 164.2 1502 1502 0.0047071 2.3524 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93029 1.1616 45.131 5 2 Median NaN 1.2127 1.1902 NaN 1.55 1.4333 NaN 58.064 64.941 1 2 2 0 1 1 Median Median Median 1.1 2.1 2.1 34978000 14295000 20683000 4313500 2172900 2140700 15698000 6319400 9378200 14967000 5802400 9164400 1942 1202;2090 True;True 1221;2123 4096;4097;7149;7150;7151 5430;5431;9386;9387;9388 5431;9388 Q9UKN8 Q9UKN8 3 3 3 General transcription factor 3C polypeptide 4 GTF3C4 sp|Q9UKN8|TF3C4_HUMAN General transcription factor 3C polypeptide 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF3C4 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 1 2 3 1 2 3 1 2 5.5 5.5 5.5 91.981 822 822 0 3.8587 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7964 0.94515 9.037 3 0 Median NaN NaN 0.83224 NaN NaN 0.95844 NaN NaN 1.975 1 0 2 0 0 0 Median Median Median 5.5 1.1 2.6 38813000 22298000 16515000 16288000 9379300 6908500 0 0 0 22526000 12919000 9606600 1943 7231;11666;11962 True;True;True 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1158;1159;1160;1161;1162;4331;4332;4333;5268;5269;5270;5271;6741;10426;10427;10428;10429;10430;10431;10432;10433;41883;41884;70139;70140 1162;4333;5269;6741;10427;41884;70139 Q9UKT5 Q9UKT5 2 2 2 F-box only protein 4 FBXO4 sp|Q9UKT5|FBX4_HUMAN F-box only protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FBXO4 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 5.2 5.2 5.2 44.136 387 387 0.0016225 2.7147 By MS/MS By MS/MS By matching 0.68263 0.82479 13.257 4 1 Median 0.6806 NaN NaN 0.76103 NaN NaN 18.303 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 5.2 2.3 2.3 33526000 19020000 14506000 12688000 7609500 5078300 11011000 6256800 4754400 9827300 5154200 4673200 1945 2403;12920 True;True 2436;13058 8231;43570;43571;43572 10721;55480;55481 10721;55480 Q9UKV3 Q9UKV3 6 6 6 Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus ACIN1 sp|Q9UKV3|ACINU_HUMAN Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACIN1 PE=1 SV=2 1 6 6 6 3 1 6 3 1 6 3 1 6 6 6 6 151.86 1341 1341 0 18.686 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73273 0.82633 19.959 11 7 Leave out requantified 0.77153 NaN 0.85613 0.85065 NaN 1.0227 22.828 NaN 30.821 3 1 7 1 1 5 Median Median Median 2.3 1.2 6 180120000 101650000 78478000 38475000 18548000 19927000 15664000 10240000 5424200 125980000 72857000 53127000 1946 2310;4721;5667;5783;7780;9121 True;True;True;True;True;True 2343;4776;5725;5841;7856;9207 7931;7932;15923;15924;15925;15926;19021;19374;26224;30968;30969 10359;10360;10361;20564;20565;20566;20567;20568;24591;25042;33667;39623 10361;20568;24591;25042;33667;39623 Q9UKX7 Q9UKX7 3 3 3 Nuclear pore complex protein Nup50 NUP50 sp|Q9UKX7|NUP50_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup50 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP50 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 8.3 8.3 8.3 50.144 468 468 0 7.2958 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9572 1.0478 50.592 7 5 Median 1.0779 0.46711 0.69784 1.2328 0.56776 0.80583 22.992 65.809 51.341 2 3 2 1 3 1 Median Median Median 5.1 8.3 6.2 121830000 70515000 51312000 40332000 21109000 19223000 54254000 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Nucleolar protein 58 NOP58 sp|Q9Y2X3|NOP58_HUMAN Nucleolar protein 58 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NOP58 PE=1 SV=1 1 6 6 6 3 2 3 3 2 3 3 2 3 17.8 17.8 17.8 59.578 529 529 0 19.035 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65232 0.78944 48.609 5 5 Median 0.57566 0.62339 NaN 0.68273 0.754 NaN 61.534 6.496 NaN 2 2 1 2 2 1 Median Median Median 7.9 6.4 8.7 52124000 29723000 22400000 19905000 13262000 6643600 13760000 9655400 4104500 18458000 6806400 11652000 1994 6332;9687;10303;13162;14523;15150 True;True;True;True;True;True 6392;9781;10408;13304;14676;15308 21054;32858;34864;44373;44374;48867;48868;51118 27127;41985;44490;56547;56548;62457;62458;65430 27127;41985;44490;56548;62458;65430 Q9Y2X7 Q9Y2X7 2 2 2 ARF GTPase-activating protein GIT1 GIT1 sp|Q9Y2X7|GIT1_HUMAN ARF GTPase-activating protein GIT1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GIT1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 3 3 3 84.34 761 761 0 5.5203 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.51053 0.5702 19.645 4 1 Median 0.58994 NaN NaN 0.6676 NaN NaN 29.87 NaN NaN 2 1 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NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 2.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2030 10414 True 10523 35224 44942 44942 Q9Y5S2;Q5VT25 Q9Y5S2 8;2 8;2 8;2 Serine/threonine-protein kinase MRCK beta CDC42BPB sp|Q9Y5S2|MRCKB_HUMAN Serine/threonine-protein kinase MRCK beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC42BPB PE=1 SV=2 2 8 8 8 5 4 8 5 4 8 5 4 8 5.8 5.8 5.8 194.31 1711 1711;1732 0 19.701 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.67202 0.81529 26.736 18 5 Leave out requantified 0.63169 0.7076 0.74758 0.75133 0.92839 0.91195 23.922 30.138 24.146 5 4 9 1 1 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 3.8 3.2 5.8 262510000 132780000 129730000 81032000 39718000 41314000 58758000 30473000 28285000 122720000 62587000 60129000 2031 644;2172;5161;5163;8730;11005;13009;15022 True;True;True;True;True;True;True;True 651;2205;5216;5218;8813;11126;13150;15176 2175;2176;2177;7448;17364;17365;17369;17370;17371;17372;29626;29627;37280;37281;37282;43863;43864;50634;50635 2850;2851;2852;9751;22398;22399;22400;22407;22408;37956;47516;55868;55869;64795 2852;9751;22399;22407;37956;47516;55869;64795 Q9Y5S9 Q9Y5S9 4 4 4 RNA-binding protein 8A RBM8A sp|Q9Y5S9|RBM8A_HUMAN RNA-binding protein 8A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM8A PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 22.4 22.4 22.4 19.889 174 174 0 67.831 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84738 1.0043 14.271 18 3 Leave out requantified 0.86539 0.80113 0.89001 0.99845 1.0288 1.0098 7.8564 14.149 17.639 6 5 7 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 22.4 22.4 22.4 1302300000 695560000 606730000 481990000 250250000 231740000 431420000 241040000 190380000 388890000 204270000 184610000 2032 3162;5434;6327;10360 True;True;True;True 3203;5490;6387;10466 10805;10806;10807;10808;10809;18224;18225;18226;21041;21042;21043;21044;35037;35038;35039;35040;35041;35042;35043;35044 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 15.8 15.8 15.8 88920000 39887000 49032000 30755000 12582000 18173000 35679000 17246000 18433000 22485000 10059000 12426000 2034 14201 True 14352 47837;47838;47839 61100;61101;61102;61103;61104;61105 61102 Q9Y5X1 Q9Y5X1 3 3 3 Sorting nexin-9 SNX9 sp|Q9Y5X1|SNX9_HUMAN Sorting nexin-9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNX9 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 1 2 2 1 2 2 1 2 6.6 6.6 6.6 66.591 595 595 0 7.055 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61436 0.73418 8.9493 5 1 Leave out requantified 0.62267 NaN 0.90596 0.73418 NaN 1.0868 8.9493 NaN 45.056 2 1 2 0 0 1 Median Median Median 4.2 2.4 4.7 109730000 67252000 42473000 49224000 30306000 18917000 26699000 17110000 9589600 33802000 19836000 13966000 2035 3774;5444;14526 True;True;True 3820;5500;14679 12874;18254;18255;18256;48875 16721;23547;23548;23549;23550;62468 16721;23548;62468 Q9Y5X2 Q9Y5X2 1 1 1 Sorting nexin-8 SNX8 sp|Q9Y5X2|SNX8_HUMAN Sorting nexin-8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNX8 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 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3694;17138;36189;61782 Q9Y5Y7 Q9Y5Y7 1 1 1 Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 LYVE1 sp|Q9Y5Y7|LYVE1_HUMAN Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LYVE1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 35.213 322 322 0.0070458 2.0031 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88447 1.0473 5.5517 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 247970000 137060000 110910000 89178000 48383000 40794000 89083000 50379000 38704000 69711000 38294000 31417000 2038 9342 True 9430 31711;31712;31713 40506;40507;40508;40509;40510 40507 Q9Y606 Q9Y606 4 4 4 tRNA pseudouridine synthase A, mitochondrial PUS1 sp|Q9Y606|TRUA_HUMAN tRNA pseudouridine synthase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUS1 PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 3 2 2 3 2 2 3 2 10.5 10.5 10.5 47.47 427 427 0 9.0675 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75638 0.8922 26.471 7 5 Median 0.70132 0.80389 0.64436 0.80551 1.0122 0.73706 21.972 35.486 27.014 2 3 2 2 2 1 Median 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requantified Leave out requantified 24.9 28.9 28.9 516080000 256630000 259460000 191030000 94072000 96955000 171690000 88692000 83002000 153360000 73864000 79499000 2044 1942;4254;4727;6262;8478;11061 True;True;True;True;True;True 1973;4305;4782;6322;8560;11182 6627;6628;6629;6630;14404;14405;15946;15947;15948;15949;15950;20828;28850;28851;37440;37441;37442;37443;37444;37445 8696;8697;8698;8699;18675;18676;20599;20600;20601;20602;20603;20604;20605;20606;26840;37016;37017;37018;37019;47722;47723;47724;47725;47726;47727;47728 8697;18675;20605;26840;37017;47723 Q9Y6A4 Q9Y6A4 3 3 3 Cilia- and flagella-associated protein 20 CFAP20 sp|Q9Y6A4|CFA20_HUMAN Cilia- and flagella-associated protein 20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CFAP20 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 16.1 16.1 16.1 22.774 193 193 0 10.289 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80329 0.9622 14.319 7 5 Median 0.81121 0.7574 0.80329 0.94727 0.97204 0.9622 25.222 10.077 15.584 2 2 3 2 1 2 Median Median Median 16.1 11.9 16.1 296930000 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Serine/threonine-protein kinase 24;Serine/threonine-protein kinase 24 36 kDa subunit;Serine/threonine-protein kinase 24 12 kDa subunit STK24 sp|Q9Y6E0|STK24_HUMAN Serine/threonine-protein kinase 24 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STK24 PE=1 SV=1 1 9 9 5 6 7 7 6 7 7 4 4 3 25.3 25.3 15.3 49.307 443 443 0 25.163 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86371 1.0052 14.445 21 6 Leave out requantified 0.88915 0.83032 0.86119 1.0092 1.0708 1.0081 16.85 15.137 14.558 6 7 8 1 2 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.8 19.4 18.7 567650000 338460000 229200000 146780000 82447000 64335000 212870000 127620000 85244000 208010000 128390000 79618000 2047 112;5734;6052;8199;8302;10781;10918;13117;16371 True;True;True;True;True;True;True;True;True 113;5792;6111;8277;8381;10895;11037;13258;16540 384;385;386;19234;19235;19236;20148;20149;27829;28213;28214;28215;28216;28217;28218;36495;36980;36981;36982;36983;44225;55153;55154;55155 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