Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Number of proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Peptides RAL4 Peptides RAL5 Peptides RAL6 Razor + unique peptides RAL4 Razor + unique peptides RAL5 Razor + unique peptides RAL6 Unique peptides RAL4 Unique peptides RAL5 Unique peptides RAL6 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Q-value Score Identification type RAL4 Identification type RAL5 Identification type RAL6 Ratio H/L Ratio H/L normalized Ratio H/L variability [%] Ratio H/L count Ratio H/L iso-count Ratio H/L type Ratio H/L RAL4 Ratio H/L RAL5 Ratio H/L RAL6 Ratio H/L normalized RAL4 Ratio H/L normalized RAL5 Ratio H/L normalized RAL6 Ratio H/L variability [%] RAL4 Ratio H/L variability [%] RAL5 Ratio H/L variability [%] RAL6 Ratio H/L count RAL4 Ratio H/L count RAL5 Ratio H/L count RAL6 Ratio H/L iso-count RAL4 Ratio H/L iso-count RAL5 Ratio H/L iso-count RAL6 Ratio H/L type RAL4 Ratio H/L type RAL5 Ratio H/L type RAL6 Sequence coverage RAL4 [%] Sequence coverage RAL5 [%] Sequence coverage RAL6 [%] Intensity Intensity L Intensity H Intensity RAL4 Intensity L RAL4 Intensity H RAL4 Intensity RAL5 Intensity L RAL5 Intensity H RAL5 Intensity RAL6 Intensity L RAL6 Intensity H RAL6 Only identified by site Reverse Potential contaminant id Peptide IDs Peptide is razor Mod. peptide IDs Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs Oxidation (M) site positions A0AVT1 A0AVT1 4 4 4 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 UBA6 sp|A0AVT1|UBA6_HUMAN Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBA6 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 1 1 3 1 1 3 1 1 4 4 4 117.97 1052 1052 0 4.8979 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1479 1.2757 21.444 4 3 Median 0.92483 NaN NaN 1.1463 NaN NaN 5.2762 NaN NaN 2 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.8 1.2 0.8 37139000 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28;2333;2876;17911;20558;24216;30443;37973;41453;42283;42633;44348;45015;45303 A3KN83 A3KN83 5 5 5 Protein strawberry notch homolog 1 SBNO1 sp|A3KN83|SBNO1_HUMAN Protein strawberry notch homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SBNO1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 2 2 4 2 2 4 2 2 4 6.5 6.5 6.5 154.31 1393 1393 0 10.963 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7302 0.76656 44.068 6 4 Median NaN 0.71671 0.84157 NaN 0.81883 0.81571 NaN 42.83 58.202 1 2 3 0 1 3 Median Median Median 3.7 1.8 5.5 107050000 42610000 64442000 24689000 6080500 18609000 20682000 10111000 10570000 61681000 26418000 35262000 5 2788;4118;9410;10000;12168 True;True;True;True;True 2855;4219;9654;10256;12471 8662;8663;12810;29712;29713;31435;31436;38118 11349;11350;11351;16705;38188;38189;40374;40375;49128;49129 11351;16705;38188;40374;49128 A5YKK6 A5YKK6 9 9 9 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CNOT1 sp|A5YKK6|CNOT1_HUMAN CCR4-NOT transcription complex subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNOT1 PE=1 SV=2 1 9 9 9 7 6 6 7 6 6 7 6 6 4.6 4.6 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light chain 3B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP1LC3B PE=1 SV=3;sp|A6NCE7|MP3B2_HUMAN Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3 beta 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP1LC3B2 PE=2 SV=1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11.2 11.2 11.2 14.688 125 125;125 0 3.6897 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78017 0.9533 51.073 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 11.2 11.2 11.2 84164000 44418000 39745000 19631000 13368000 6263700 35061000 19913000 15148000 29471000 11137000 18334000 7 4042 True 4142 12575;12576;12577 16420;16421;16422 16420 A6NCN2 A6NCN2 10 3 3 Putative keratin-87 protein KRT87P sp|A6NCN2|KR87P_HUMAN Putative keratin-87 protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT87P PE=5 SV=4 1 10 3 3 0 0 10 0 0 3 0 0 3 28.6 7.8 7.8 29.117 255 255 0 44.756 By MS/MS 0.13054 0.12995 103.16 3 3 Median NaN NaN 0.13054 NaN NaN 0.12995 NaN NaN 103.16 0 0 3 0 0 3 Median Median Median 0 0 28.6 192040000 182070000 9969000 0 0 0 0 0 0 192040000 182070000 9969000 8 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Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMCHD1 PE=1 SV=2 1 10 10 10 7 9 9 7 9 9 7 9 9 6.3 6.3 6.3 226.37 2005 2005 0 29.612 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94452 1.0196 27.965 21 3 Leave out requantified 0.96788 0.85744 0.95264 1.196 1.0196 0.95767 41.449 26.266 21.17 5 8 8 0 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 4.2 5.4 5.6 332170000 173280000 158890000 74728000 37584000 37145000 121670000 64355000 57311000 135770000 71340000 64433000 10 169;2004;5143;5683;7512;8165;8354;8494;11783;12883 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 172;2050;5261;5811;7681;8353;8547;8698;12077;13201 514;6194;6195;6196;15988;15989;15990;17822;17823;17824;17825;23651;23652;23653;25716;25717;26301;26302;26303;26793;36862;36863;36864;40408;40409;40410 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G-like protein 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNRPGP15 PE=5 SV=2 2 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 17.1 17.1 17.1 8.496 76 76;76 0 7.5349 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 17.1 13448000 8065500 5382200 0 0 0 0 0 0 13448000 8065500 5382200 12 4991 True 5108 15560 20323 20323 Q99613;B5ME19 Q99613;B5ME19 19;19 19;19 19;19 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C;Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C-like protein EIF3C;EIF3CL sp|Q99613|EIF3C_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3C PE=1 SV=1;sp|B5ME19|EIFCL_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3CL PE=3 SV=1 2 19 19 19 17 16 17 17 16 17 17 16 17 22.2 22.2 22.2 105.34 913 913;914 0 118.87 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82264 0.95236 26.326 63 17 Leave out requantified 0.75277 0.82982 1.013 0.92126 0.98679 1.0115 21.192 17.773 29.104 21 21 21 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KRT17 ;sp|Q04695|K1C17_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 17 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT17 PE=1 SV=2; 3 9 8 4 6 6 6 5 5 5 4 3 2 20.8 19.2 9.7 48.105 432 432;432;433 0 41.206 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0141 1.1544 48.26 16 8 Leave out requantified 0.7874 1.1977 0.89316 0.87718 1.4365 0.89013 45.591 48.234 22.331 6 4 6 3 0 5 Leave out requantified Leave out requantified Median 14.4 14.4 14.8 367600000 177420000 190190000 124620000 65253000 59368000 103630000 41060000 62571000 139350000 71105000 68248000 + 29 631;989;1465;3526;6833;7169;11404;11454;12474 True;True;True;True;False;True;True;True;True 646;1011;1502;3610;6991;7332;11687;11738;12783 1927;1928;1929;3042;3043;3044;4547;10946;10947;10948;10949;21550;21551;21552;22584;35713;35714;35715;35872;39151 2540;2541;2542;2543;4014;4015;4016;4017;5988;14349;14350;14351;14352;14353;14354;27850;27851;27852;27853;29223;46039;46040;46041;46244;50466 2542;4014;5988;14349;27850;29223;46041;46244;50466 CON__Q14525;Q14525;Q14532;CON__Q14532 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11045;14214;27850;28418;32085;33801;39142;39973;40921;46042 CON__Q7RTS7;CON__Q32MB2;Q7RTS7;Q86Y46;CON__Q14CN4-1;CON__Q6IME9;CON__Q3SY84;Q14CN4;Q3SY84 CON__Q7RTS7;CON__Q32MB2;Q7RTS7;Q86Y46;CON__Q14CN4-1;CON__Q6IME9;CON__Q3SY84;Q14CN4;Q3SY84 3;3;3;3;2;2;2;2;2 1;1;1;1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1;1;1;1;1 Keratin, type II cytoskeletal 74;Keratin, type II cytoskeletal 73;Keratin, type II cytoskeletal 72;Keratin, type II cytoskeletal 71 KRT74;KRT73;KRT72;KRT71 ;;sp|Q7RTS7|K2C74_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 74 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT74 PE=1 SV=2;sp|Q86Y46|K2C73_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 73 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT73 PE=1 SV=1;;;;sp|Q14CN4|K2C72_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 72 9 3 1 1 1 3 1 1 1 0 1 1 0 5.7 2.3 2.3 57.865 529 529;540;529;540;511;520;523;511;523 0 10.874 By MS/MS By MS/MS By matching 6.5399 7.9304 110.58 6 6 Median NaN 8.8109 NaN NaN 10.731 NaN NaN 92.361 NaN 1 5 0 1 5 0 Median Median Median 2.3 5.7 1.7 148720000 28630000 120090000 3390800 1175600 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590;3804;3894;4076;8131;10369;10944;12363 1777;1778;11532;11533;11816;11817;12367;25020;25021;25022;31754;31755;31756;33467;33468;33469;37729;37730;37731 2335;2336;2337;15119;15120;15493;15494;15495;16172;32322;32323;32324;40751;40752;40753;43040;43041;43042;48630;48631 2337;15119;15495;16172;32323;40752;43040;48631 CON__Q5XKE5;Q5XKE5 CON__Q5XKE5;Q5XKE5 7;7 1;1 0;0 Keratin, type II cytoskeletal 79 KRT79 ;sp|Q5XKE5|K2C79_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 79 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT79 PE=1 SV=2 2 7 1 0 2 6 3 0 0 1 0 0 0 10.5 1.9 0 57.809 535 535;535 0.0017094 2.4923 By matching By matching By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 3.9 8.6 5.8 51248000 27663000 23585000 0 0 0 0 0 0 51248000 27663000 23585000 + 34 2444;3714;3978;8857;8872;13183;13191 False;False;False;False;False;False;True 2504;2505;3804;4076;9081;9096;13510;13519 7615;7616;11532;11533;12367;27984;27985;28030;28031;28032;28033;28034;41343;41373 9951;9952;15119;15120;16172;35983;35984;36055;36056;36057;36058;36059;53225;53260 9951;15119;16172;35983;36058;53225;53260 14 433 CON__Q61726 CON__Q61726 12 3 1 1 12 3 1 1 2 10 0 0 3 0 0 1 16.7 5.6 1.9 52.809 479 479 0 7.8694 By matching By matching By MS/MS 0.081965 0.081042 222.29 2 2 Median NaN NaN 0.081965 NaN NaN 0.081042 NaN NaN 222.29 0 0 2 0 0 2 Median Median Median 1.7 3.1 15.2 37209000 36544000 664860 0 0 0 0 0 0 37209000 36544000 664860 + 35 943;1027;1028;2312;2697;3681;3682;3978;7611;8143;9972;10037 True;False;False;False;False;False;False;False;False;True;False;True 965;1049;1050;2370;2762;3771;3772;4076;7782;8330;10227;10293 2908;3143;3144;3145;7178;8397;11439;11440;11441;12367;23953;23954;25636;31371;31520;31521 3837;4142;4143;4144;4145;9404;11017;15003;15004;15005;15006;16172;30980;30981;33041;40293;40459;40460 3837;4143;4145;9404;11017;15005;15006;16172;30980;33041;40293;40459 CON__Q8BGZ7 CON__Q8BGZ7 7 1 1 1 7 1 1 2 6 2 0 1 0 0 1 0 11.4 1.8 1.8 59.74 551 551 0.0047847 1.9541 By matching By MS/MS By matching NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 3.8 9.8 3.8 26708000 4024400 22683000 0 0 0 26708000 4024400 22683000 0 0 0 + 36 945;3714;3978;6668;8963;10519;13183 False;False;False;False;True;False;False 967;3804;4076;6821;9193;10784;13510 2910;11532;11533;12367;21033;28366;32973;32974;32975;32976;32977;32978;32979;41343 3839;15119;15120;16172;27198;36473;42393;42394;42395;42396;42397;42398;42399;42400;42401;53225 3839;15119;16172;27198;36473;42397;53225 CON__Q9NSB4;Q9NSB4 CON__Q9NSB4;Q9NSB4 2;2 1;1 1;1 Keratin, type II cuticular Hb2 KRT82 ;sp|Q9NSB4|KRT82_HUMAN Keratin, type II cuticular Hb2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT82 PE=3 SV=3 2 2 1 1 0 0 2 0 0 1 0 0 1 3.7 1.9 1.9 56.682 513 513;513 0 5.1772 By MS/MS 0.12124 0.12122 242.61 2 2 Median NaN NaN 0.12124 NaN NaN 0.12122 NaN NaN 242.61 0 0 2 0 0 2 Median Median Median 0 0 3.7 626310000 612960000 13352000 0 0 0 0 0 0 626310000 612960000 13352000 + 37 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polypeptide-associated complex subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACA PE=1 SV=1;sp|E9PAV3|NACAM_HUMAN Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha, muscle-specific form OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACA PE=1 SV=1 2 5 5 5 3 4 4 3 4 4 3 4 4 27.4 27.4 27.4 23.384 215 215;2078 0 96.807 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7695 0.85221 13.25 25 15 Leave out requantified 0.5055 0.7989 0.85639 0.62766 0.9319 0.85221 116.45 130.69 13.25 9 8 8 6 5 4 Median Median Leave out requantified 19.5 20.5 26.5 5221000000 2939700000 2281200000 1470400000 910780000 559590000 1891700000 1042300000 849400000 1858900000 986710000 872230000 39 1745;5729;5730;8987;10716 True;True;True;True;True 1788;1789;5858;5859;9218;10986 5378;5379;5380;5381;5382;5383;5384;5385;5386;5387;5388;5389;5390;5391;5392;5393;5394;17953;17954;17955;17956;17957;17958;17959;17960;28437;33588;33589;33590;33591;33592;33593;33594 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Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 IGF2BP3 sp|O00425|IF2B3_HUMAN Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IGF2BP3 PE=1 SV=2 2 13 13 12 6 10 10 6 10 10 5 9 9 28.2 28.2 25.9 63.704 579 579;599 0 110.37 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86009 0.98826 19.064 30 9 Leave out requantified 0.75852 0.8258 1.064 0.90717 0.94926 1.1169 23.245 12.796 12.542 8 11 11 1 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.7 23 23.3 765950000 404800000 361150000 211870000 118060000 93817000 295470000 166350000 129120000 258610000 120390000 138220000 55 492;2170;4212;5627;5997;6348;6624;7790;8365;8606;10437;10470;11880 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 502;2223;4314;5755;6133;6493;6776;7965;8558;8822;10701;10735;12176 1489;6734;6735;6736;13090;17655;17656;18811;18812;19954;19955;19956;20885;24495;26349;26350;27173;27174;27175;27176;27177;32714;32807;32808;32809;32810;37167;37168;37169;37170;37171 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273;1574;2335;3810;4842;5419;9056;10357;11156;13608 786;787;788;4759;7049;7050;7051;11547;11548;11549;14726;14727;14728;16441;27908;31716;31717;31718;31719;34067;34068;41630;41631;41632;41633 1044;1045;1046;1047;6260;9250;9251;15134;15135;15136;15137;15138;15139;19255;19256;19257;19258;19259;21460;35890;40700;40701;40702;40703;40704;43796;43797;53576;53577;53578;53579 1047;6260;9250;15139;19255;21460;35890;40702;43796;53576 O00442 O00442 2 2 2 RNA 3-terminal phosphate cyclase RTCA sp|O00442|RTCA_HUMAN RNA 3-terminal phosphate cyclase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTCA PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 5.5 5.5 5.5 39.336 366 366 0 6.9567 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89729 0.95489 13.31 5 2 Median 0.83148 NaN 1.0009 0.99689 NaN 1.005 6.088 NaN 15.673 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 5.5 2.7 5.5 120410000 63164000 57248000 34865000 17602000 17263000 31793000 18142000 13652000 53754000 27420000 26334000 57 379;9588 True;True 385;9834 1119;1120;1121;1122;30257;30258 1490;1491;1492;38874;38875 1490;38875 O00458 O00458 3 3 3 Interferon-related developmental regulator 1 IFRD1 sp|O00458|IFRD1_HUMAN Interferon-related developmental regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IFRD1 PE=1 SV=4 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 8.9 8.9 8.9 50.268 451 451 0 6.9065 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88846 1.0113 17.644 6 1 Leave out requantified 0.67819 0.93821 1.1014 0.79656 1.0917 1.1322 54.646 10.819 45.412 2 2 2 1 0 0 Median Median Median 3.5 7.3 3.5 58133000 28807000 29327000 20866000 11082000 9783800 15979000 8659800 7318900 21289000 9065000 12224000 58 240;4893;5154 True;True;True 245;5007;5273 723;724;15284;15285;15286;16021 966;19985;19986;20898;20899 966;19986;20899 O00469 O00469 6 6 6 Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 PLOD2 sp|O00469|PLOD2_HUMAN Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PLOD2 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 4 3 5 4 3 5 4 3 10.6 10.6 10.6 84.685 737 737 0 14.466 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94102 1.0571 5.8102 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3919;4582;5704;5705;5706;5707;7857;7858;7859;12378;22514;28997;29415;29416;31066;33835;33836;34846;34847;34848;34849;34850;34851;53662;53663;53664;53665;53666;53667;53668;53826;54091;54092;54093;54094;54095 3919;4582;5704;7859;12378;22514;28997;29416;31066;33836;34851;53665;53668;53826;54091 O14732 O14732 1 1 1 Inositol monophosphatase 2 IMPA2 sp|O14732|IMPA2_HUMAN Inositol monophosphatase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IMPA2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2 4.2 4.2 31.321 288 288 0 5.0893 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6395 0.72877 78.783 6 5 Median 0.63074 0.36059 0.81063 0.78143 0.42817 0.8183 61.865 127.21 76.152 2 2 2 2 1 2 Median Median Median 4.2 4.2 4.2 193680000 119540000 74141000 69990000 40801000 29189000 59119000 43978000 15142000 64569000 34759000 29810000 73 3907 True 4005 12158;12159;12160;12161;12162;12163 15901;15902;15903;15904;15905;15906 15903 O14737 O14737 1 1 1 Programmed cell death protein 5 PDCD5 sp|O14737|PDCD5_HUMAN Programmed cell death protein 5 OS=Homo 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 73905000 43235000 30671000 20164000 12354000 7809900 25241000 15384000 9857900 28500000 15497000 13003000 77 8380 True 8573 26388;26389;26390 33983;33984 33984 O14776 O14776 17 17 17 Transcription elongation regulator 1 TCERG1 sp|O14776|TCRG1_HUMAN Transcription elongation regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TCERG1 PE=1 SV=2 1 17 17 17 15 16 11 15 16 11 15 16 11 16.3 16.3 16.3 123.9 1098 1098 0 44.018 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80217 0.89566 13.734 44 9 Leave out requantified 0.73968 0.76211 0.86371 0.89089 0.89566 0.88823 17.491 15.315 14.802 16 16 12 5 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15.2 14.6 10.8 2157400000 1142500000 1014900000 741320000 389190000 352130000 729960000 403910000 326050000 686130000 349450000 336680000 78 706;1564;2664;3398;4079;5037;5038;6751;7249;7483;7503;8109;10140;11499;13056;13361;13387 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 722;1602;2729;3479;4180;5155;5156;6907;7414;7652;7672;8296;10397;11784;13378;13691;13717 2174;2175;2176;4833;8318;8319;10561;10562;12698;12699;12700;15684;15685;15686;21296;21297;22817;22818;22819;22820;22821;22822;23554;23555;23627;23628;23629;25530;25531;25532;31830;31831;31832;35987;35988;35989;35990;35991;40949;40950;40951;41876;41877;41878;41954;41955;41956;41957 2868;2869;2870;2871;2872;6371;10911;10912;13857;13858;16560;20474;20475;20476;27547;29512;29513;29514;29515;29516;29517;29518;29519;30458;30459;30460;30559;30560;30561;30562;30563;32921;32922;32923;40851;40852;40853;46370;46371;46372;46373;46374;46375;46376;52732;52733;52734;52735;52736;52737;53874;53875;53876;53981;53982;53983;53984;53985 2869;6371;10911;13858;16560;20474;20476;27547;29517;30460;30561;32921;40853;46372;52733;53875;53985 O14777 O14777 5 5 5 Kinetochore protein NDC80 homolog NDC80 sp|O14777|NDC80_HUMAN Kinetochore protein NDC80 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NDC80 PE=1 SV=1 1 5 5 5 2 4 3 2 4 3 2 4 3 8.1 8.1 8.1 73.912 642 642 0 6.6726 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71276 0.85272 40.588 9 7 Median 0.69402 0.56297 0.98463 0.83494 0.70113 1.0153 3.795 51.245 29.595 2 3 4 1 3 3 Median Median Median 2.6 6.7 4.7 91125000 53138000 37987000 13693000 7780000 5913300 24946000 17979000 6966500 52486000 27379000 25107000 79 1927;4076;7239;7621;8015 True;True;True;True;True 1972;4177;7404;7793;8200 5968;12687;12688;12689;22789;22790;23992;25235;25236;25237 7788;16550;16551;16552;29474;29475;31025;32570;32571;32572 7788;16552;29475;31025;32570 O14795 O14795 1 1 1 Protein unc-13 homolog B UNC13B sp|O14795|UN13B_HUMAN Protein unc-13 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UNC13B PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.3 1.3 1.3 180.68 1591 1591 0.0017251 2.5964 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 1.3 8403700 6050200 2353500 0 0 0 0 0 0 8403700 6050200 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12A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL12A PE=1 SV=2;sp|O14950|ML12B_HUMAN Myosin regulatory light chain 12B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL12B PE=1 SV=2 2 10 10 4 8 10 9 8 10 9 4 4 4 62.6 62.6 29.2 19.794 171 171;172 0 152.28 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88989 1.0158 31.93 51 4 Leave out requantified 0.78615 0.89116 1.0874 0.91986 1.0296 1.0963 20.991 23.206 41.287 16 19 16 1 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 52 62.6 62.6 7412200000 3833200000 3579000000 2156000000 1169500000 986460000 2712200000 1434000000 1278100000 2544100000 1229700000 1314400000 85 1075;1671;2499;2634;3170;3171;4205;4979;7845;8645 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1098;1714;2561;2562;2698;3244;3245;4307;5096;8026;8865 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1338 0 89.361 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82763 0.91391 13.349 31 7 Leave out requantified 0.72716 0.8268 0.9335 0.83709 0.93718 0.92878 15.213 15.886 13.768 10 11 10 2 4 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.6 13.2 11.7 1146800000 611900000 534880000 334940000 187120000 147820000 439700000 235270000 204440000 372140000 189510000 182630000 97 1632;3451;3845;4027;4121;4988;5242;7844;8090;8260;9011 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1672;3533;3943;4126;4222;5105;5362;8025;8277;8451;9242 5035;5036;5037;10729;10730;10731;11958;11959;11960;12517;12518;12815;15549;15550;15551;16265;16266;16267;16268;16269;24702;24703;24704;24705;25469;25470;25471;26009;26010;26011;28505;28506;28507 6636;6637;6638;6639;14078;14079;14080;15672;16357;16358;16710;16711;20309;20310;20311;20312;20313;21226;21227;21228;21229;21230;31944;31945;31946;31947;32837;32838;32839;33507;33508;33509;33510;36661;36662;36663 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UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OGT PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3.6 3.6 3.6 116.92 1046 1046 0 14.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94187 1.0478 14.066 7 6 Median 0.93418 0.95143 1.0283 1.1062 1.112 1.0694 17.109 8.6134 2.885 3 2 2 3 2 1 Plateau Median Median 3.6 2.6 2.2 56475000 31682000 24793000 27315000 15963000 11353000 13030000 7523100 5507300 16129000 8195900 7933000 104 3667;5166;8313 True;True;True 3757;5286;8506 11395;11396;11397;11398;16057;16058;26188;26189 14952;14953;14954;14955;20948;20949;33743;33744 14954;20949;33744 O15305;Q92871 O15305 7;1 7;1 7;1 Phosphomannomutase 2 PMM2 sp|O15305|PMM2_HUMAN Phosphomannomutase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMM2 PE=1 SV=1 2 7 7 7 6 6 5 6 6 5 6 6 5 30.9 30.9 30.9 28.082 246 246;262 0 16.432 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79107 0.92455 21.877 16 1 Leave out requantified 0.71628 0.75315 0.89041 0.89659 0.94295 0.88578 22.447 12.808 17.67 6 5 5 1 0 0 Leave out 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465;759;760;799;1224;1321;2058;4791;5323;6237;6772;6954;8870;9465;9900;11797;11997;12858;12859;13165 1376;1377;1378;1379;1380;2295;2296;2297;2298;2299;2418;2419;2420;2421;2422;2423;2424;2425;2426;2427;3679;3970;3971;3972;3973;6222;14564;14565;14566;16159;16160;16161;16162;16163;16164;19130;19131;19132;20873;20874;20875;21426;21427;21428;21429;21430;21431;21432;27334;27335;27336;27337;27338;27339;29182;29183;29184;30440;30441;30442;36027;36028;36029;36643;39380;39381;39382;39383;40316;40317;40318 1822;1823;1824;1825;1826;1827;3016;3017;3018;3019;3020;3177;3178;3179;3180;3181;3182;3183;3184;3185;3186;3187;3188;3189;3190;3191;3192;3193;3194;4856;5278;5279;5280;5281;8108;19039;19040;19041;19042;19043;19044;21094;21095;21096;21097;21098;21099;21100;21101;21102;24791;24792;24793;24794;24795;24796;27022;27023;27024;27698;27699;27700;27701;27702;27703;27704;35173;35174;35175;35176;35177;35178;35179;35180;35181;35182;35183;37543;37544;37545;37546;39133;39134;46424;46425;46426;47222;50743;50744;50745;50746;51941;51942;51943;51944;51945;51946 1822;3016;3018;3179;4856;5278;8108;19040;21094;24794;27023;27701;35179;37543;39133;46426;47222;50743;50746;51941 O43237 O43237 5 5 5 Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 DYNC1LI2 sp|O43237|DC1L2_HUMAN Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNC1LI2 PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 5 3 3 5 3 3 5 3 14.6 14.6 14.6 54.099 492 492 0 15.162 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83108 0.83666 35.082 12 5 Leave out requantified 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293;294;295;3440;3441;6930;9597;12200;12201;12202;12203;12204;12205;15613;15614;16369;24469;24470;24471;25398;25399;25400;26532;26533;26534;26927;26928;26929;26930;26931;26932;26933;30341;30342 406;407;408;4544;4545;9094;12574;15948;15949;15950;15951;15952;20393;21358;31635;31636;31637;31638;31639;31640;32756;32757;32758;34170;34171;34172;34173;34174;34175;34676;34677;34678;34679;34680;34681;34682;34683;34684;34685;38992;38993 406;4545;9094;12574;15951;20393;21358;31635;32758;34173;34685;38993 Q8NHP1;O43488 Q8NHP1;O43488 2;2 2;2 1;1 Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 4;Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 2 AKR7L;AKR7A2 sp|Q8NHP1|ARK74_HUMAN Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR7L PE=2 SV=7;sp|O43488|ARK72_HUMAN Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR7A2 PE=1 SV=3 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 0 1 0 7.9 7.9 4.5 36.97 331 331;359 0 5.6864 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88591 0.92792 14.119 5 4 Median NaN 0.75319 0.98254 NaN 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True;True;True 7285;8099;13659 22461;22462;22463;24918;41780;41781;41782;41783 29056;29057;32192;53764;53765;53766;53767 29056;32192;53765 O43684 O43684 9 9 9 Mitotic checkpoint protein BUB3 BUB3 sp|O43684|BUB3_HUMAN Mitotic checkpoint protein BUB3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BUB3 PE=1 SV=1 1 9 9 9 9 9 7 9 9 7 9 9 7 36.9 36.9 36.9 37.154 328 328 0 68.599 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94472 0.9776 23.307 34 10 Leave out requantified 0.5849 0.80385 0.96362 0.70848 0.9359 0.9776 29.045 26.908 20.695 11 13 10 4 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 36.9 36.9 31.4 1997400000 1041600000 955860000 543530000 314460000 229070000 740450000 384840000 355610000 713460000 342270000 371190000 138 7507;7870;8474;9427;9871;12032;12646;13035;13435 True;True;True;True;True;True;True;True;True 7676;8051;8676;8677;9671;10125;12332;12961;13357;13770 23640;23641;24777;24778;24779;26718;26719;26720;26721;26722;26723;26724;26725;29766;29767;29768;31059;31060;31061;37633;37634;37635;37636;37637;37638;39719;39720;39721;40891;40892;40893;42100;42101;42102 30579;30580;32033;32034;32035;32036;32037;32038;34430;34431;34432;34433;34434;34435;34436;34437;34438;34439;34440;34441;38263;38264;38265;39912;39913;39914;39915;39916;48509;48510;48511;48512;48513;48514;48515;48516;48517;48518;48519;51175;51176;51177;52671;52672;54182;54183 30579;32033;34436;38264;39914;48510;51176;52672;54182 31 81 O43707;P12814;Q08043;P35609 O43707 12;4;3;2 12;4;3;2 12;4;3;2 Alpha-actinin-4 ACTN4 sp|O43707|ACTN4_HUMAN Alpha-actinin-4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACTN4 PE=1 SV=2 4 12 12 12 8 9 8 8 9 8 8 9 8 19.6 19.6 19.6 104.85 911 911;892;901;894 0 85.017 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.843 0.99367 13.703 24 11 Leave out requantified 0.57852 0.843 1.1437 0.71366 0.99367 1.1871 8.7011 15.738 13.426 8 9 7 4 5 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.4 14.3 13.6 913100000 387990000 525110000 277420000 150410000 127010000 316280000 130520000 185760000 319390000 107060000 212330000 139 162;613;976;1989;3504;3703;8407;8504;10929;11434;12188;12467 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 165;627;998;2034;3588;3793;8600;8709;11202;11718;12491;12776 491;1870;1871;1872;2993;2994;2995;6148;6149;10880;10881;10882;10883;11499;26451;26834;26835;26836;34222;35816;35817;35818;35819;38180;39128;39129;39130 667;2468;2469;3942;3943;3944;3945;3946;8012;8013;14261;14262;14263;14264;14265;14266;15079;34055;34563;34564;34565;43998;46168;46169;46170;46171;46172;49207;50436;50437;50438 667;2468;3942;8013;14261;15079;34055;34565;43998;46168;49207;50437 O43709 O43709 4 4 4 Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase WBSCR22 sp|O43709|BUD23_HUMAN Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BUD23 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 2 3 4 2 3 4 2 22.8 22.8 22.8 31.88 281 281 0 29.16 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79026 0.91137 35.468 9 1 Leave out requantified 0.81731 0.80001 0.81955 1.0295 0.95645 0.80866 45.236 29.162 33.025 3 4 2 1 0 0 Plateau Leave out requantified Median 16.4 22.8 13.5 347970000 182570000 165400000 82892000 43784000 39108000 170300000 89704000 80600000 94771000 49081000 45690000 140 412;1158;3448;9988 True;True;True;True 419;1183;3530;10243 1232;1233;1234;3554;3555;3556;10722;10723;31407 1639;1640;1641;1642;1643;1644;4688;4689;4690;14071;40339;40340 1640;4690;14071;40340 O43747 O43747 2 2 2 AP-1 complex subunit gamma-1 AP1G1 sp|O43747|AP1G1_HUMAN AP-1 complex subunit gamma-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP1G1 PE=1 SV=5 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2.2 2.2 2.2 91.35 822 822 0 3.2442 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1025 1.2841 23.482 4 0 Leave out requantified 1.1025 NaN NaN 1.2841 NaN NaN 23.482 NaN NaN 2 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.2 1.1 1.1 49902000 22181000 27721000 19848000 9469000 10379000 11876000 6055000 5820500 18178000 6656400 11522000 141 10721;13502 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sp|O43795|MYO1B_HUMAN Unconventional myosin-Ib OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYO1B PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 3 2 2 3 2 2 3 2 3.7 3.7 3.7 131.98 1136 1136 0 7.0898 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72613 0.82497 13.086 4 1 Median NaN 0.71825 NaN NaN 0.8958 NaN NaN 20.314 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 2.1 2.4 2.1 50899000 29156000 21744000 15316000 9333200 5982900 18528000 10804000 7724100 17055000 9018700 8036600 143 2148;2928;5940;10550 True;True;True;True 2201;2996;6075;10816 6678;9076;9077;18627;18628;18629;33074 8755;11871;11872;24164;42522 8755;11872;24164;42522 O43809 O43809 6 6 6 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 NUDT21 sp|O43809|CPSF5_HUMAN Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUDT21 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 6 5 5 6 5 5 6 5 24.2 24.2 24.2 26.227 227 227 0 11.599 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73107 0.86966 18.787 17 1 Leave out requantified 0.72667 0.70906 0.90321 0.87896 0.86045 0.94244 21.147 5.6311 25.022 5 7 5 0 1 0 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2394;9410 O43837 O43837 2 2 2 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial IDH3B sp|O43837|IDH3B_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH3B PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 1 2 0 1 2 0 1 2 5.7 5.7 5.7 42.183 385 385 0.0017055 2.4849 By MS/MS By MS/MS 1.1029 1.1042 24.598 3 1 Plateau NaN NaN 0.82219 NaN NaN 0.86583 NaN NaN 34.396 0 1 2 0 0 1 Median Median Median 0 2.6 5.7 21638000 12400000 9237600 0 0 0 6002900 3197500 2805300 15635000 9202700 6432300 146 5501;6649 True;True 5627;6801 17179;17180;20965 22342;27121 22342;27121 O43847 O43847 2 2 2 Nardilysin NRD1 sp|O43847|NRDC_HUMAN Nardilysin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NRDC PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 1.9 1.9 1.9 131.7 1151 1151 0.0027655 2.2547 By matching By matching By MS/MS 0.96159 1.0806 10.735 4 1 Median NaN NaN 0.95409 NaN NaN 1.013 NaN NaN 2.4387 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 0.8 0.8 1.9 17999000 11091000 6907300 3226100 1680700 1545400 3942000 2135500 1806600 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11911;19672;28606;36850;38484;39728;39978;43542;52353 O43896 O43896 3 3 3 Kinesin-like protein KIF1C KIF1C sp|O43896|KIF1C_HUMAN Kinesin-like protein KIF1C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF1C PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 2 0 3 2 0 3 2 0 3.8 3.8 3.8 122.95 1103 1103 0 5.129 By MS/MS By MS/MS 0.73157 0.85203 38.547 5 2 Median 0.87265 0.64774 NaN 0.99062 0.74206 NaN 41.16 19.544 NaN 3 2 0 1 1 0 Median Median Median 3.8 3.1 0 42186000 21395000 20791000 23482000 11409000 12073000 18704000 9985500 8718300 0 0 0 150 1359;4351;11123 True;True;True 1394;4458;11400 4207;4208;13525;34804;34805 5552;5553;17651;44752 5553;17651;44752 O43913 O43913 3 3 3 Origin recognition complex subunit 5 ORC5 sp|O43913|ORC5_HUMAN Origin recognition complex subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ORC5 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 6 6 6 50.282 435 435 0 6.2742 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76927 0.91999 16.236 9 3 Leave out requantified 0.76725 0.67088 1.0033 0.94063 0.82525 1.0325 14.737 13.937 16.317 4 3 2 2 1 0 Median 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homolog RAD21 sp|O60216|RAD21_HUMAN Double-strand-break repair protein rad21 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAD21 PE=1 SV=2 2 8 8 8 7 4 6 7 4 6 7 4 6 15.1 15.1 15.1 71.689 631 631;556 0 41.162 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8982 1.0555 27.83 17 7 Leave out requantified 0.86892 0.87235 1.0124 1.0456 1.031 1.0045 35.992 18.786 24.573 6 4 7 2 2 3 Leave out requantified Median Leave out requantified 13.2 7.6 13 490720000 263220000 227500000 154890000 88940000 65953000 109700000 56415000 53290000 226120000 117860000 108260000 153 2344;2758;4650;6744;8400;9685;11731;13351 True;True;True;True;True;True;True;True 2402;2825;4761;6900;8592;9936;12024;13681 7272;7273;7274;8572;8573;14473;21282;26433;26434;30551;30552;36716;36717;36718;41846;41847;41848;41849 9505;9506;9507;9508;9509;9510;11239;11240;18925;27533;34035;39287;39288;47305;47306;47307;53847;53848;53849;53850 9506;11239;18925;27533;34035;39288;47306;53850 O60229 O60229 3 2 2 Kalirin KALRN sp|O60229|KALRN_HUMAN Kalirin OS=Homo sapiens 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ribonucleoprotein Q SYNCRIP sp|O60506|HNRPQ_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SYNCRIP PE=1 SV=2 1 12 7 7 10 9 10 5 4 5 5 4 5 23 15.2 15.2 69.602 623 623 0 21.128 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2018 1.2397 25.395 16 6 Leave out requantified 1.224 0.76404 1.432 1.4132 0.92549 1.3908 48.872 43.133 26.124 6 5 5 4 2 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 18.5 15.9 19.6 397230000 192110000 205120000 146120000 74054000 72063000 105530000 54604000 50924000 145590000 63457000 82132000 163 444;1916;2202;2418;2781;4575;7022;7279;7815;8861;10059;11364 False;True;True;True;True;False;True;False;True;True;False;False 453;1961;2255;2477;2848;4683;7184;7444;7995;9085;10316;11646 1343;1344;1345;5943;6816;6817;7528;7529;7530;8635;8636;8637;14215;14216;14217;22189;22190;22191;22906;22907;22908;24590;27991;27992;27993;27994;27995;31590;31591;31592;31593;35573;35574;35575 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15 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B RNF40 sp|O75150|BRE1B_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNF40 PE=1 SV=5 1 16 16 15 10 12 9 10 12 9 9 11 8 19.7 19.7 18.3 113.68 1001 1001 0 43.59 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77037 0.89588 21.087 32 11 Leave out requantified 0.7679 0.75851 0.88398 0.90906 0.89588 0.90484 22.242 21.789 11.829 11 12 9 4 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.1 15.6 12 677230000 366430000 310800000 229800000 129770000 100030000 250500000 132360000 118140000 196920000 104300000 92624000 191 736;2702;3238;3603;3794;4474;4906;6277;6539;7321;7676;7959;9227;10611;11262;12761 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 754;2767;3313;3693;3889;4582;5020;6420;6690;7488;7848;8142;9466;10878;11544;13079 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OX=9606 GN=SEC22B PE=1 SV=4 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 19.5 19.5 19.5 24.593 215 215 0 11.157 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91082 0.99689 83.289 9 7 Median 1.1266 0.79949 1.2489 1.2903 0.92038 1.2333 56.14 75.358 127.17 2 4 3 1 3 3 Median Median Median 19.5 19.5 15.3 111370000 52950000 58421000 22603000 9177800 13425000 50157000 25940000 24217000 38611000 17831000 20779000 202 826;8895;11959 True;True;True 848;9120;12256 2575;2576;28104;28105;28106;28107;28108;37412;37413;37414;37415 3388;36140;36141;36142;36143;36144;48224;48225;48226;48227 3388;36141;48226 O75400 O75400 6 6 6 Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A PRPF40A sp|O75400|PR40A_HUMAN Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF40A PE=1 SV=2 1 6 6 6 4 5 4 4 5 4 4 5 4 7.5 7.5 7.5 108.8 957 957 0 13.332 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82007 0.9386 35.931 12 5 Leave out requantified 0.82007 1.0608 0.90195 1.0109 1.205 0.91817 37.431 18.48 21.26 5 3 4 1 2 2 Leave out requantified Median Median 4.5 6.8 4.5 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6913;16661 6913;16661 O75439 O75439 5 5 5 Mitochondrial-processing peptidase subunit beta PMPCB sp|O75439|MPPB_HUMAN Mitochondrial-processing peptidase subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMPCB PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 14.7 14.7 14.7 54.366 489 489 0 11.529 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82916 0.96923 24.402 12 1 Leave out requantified 0.72937 0.75239 0.94057 0.89432 0.88194 0.96998 21.876 11.922 31.761 4 4 4 0 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.4 10.4 12.5 214150000 122420000 91722000 69202000 40765000 28437000 73857000 44666000 29191000 71086000 36992000 34094000 205 1122;2052;6410;10714;11428 True;True;True;True;True 1147;2099;6559;10984;11712 3447;6362;6363;20161;20162;20163;33582;33583;33584;35796;35797;35798 4552;8332;8333;26081;26082;26083;43210;43211;46146;46147 4552;8332;26082;43211;46146 O75448 O75448 2 2 2 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24 MED24 sp|O75448|MED24_HUMAN Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MED24 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2 2.2 2.2 110.3 989 989 0 3.9322 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.57929 0.70743 47.62 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 1.3 0.9 0.9 7684900 5566300 2118600 3067900 1896300 1171600 4617000 3670000 947000 0 0 0 206 2841;3587 True;True 2908;3676 8813;11181;11182 11543;14693;14694 11543;14693 O75475 O75475 9 9 9 PC4 and SFRS1-interacting protein PSIP1 sp|O75475|PSIP1_HUMAN PC4 and SFRS1-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSIP1 PE=1 SV=1 1 9 9 9 8 8 7 8 8 7 8 8 7 20 20 20 60.103 530 530 0 23.733 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7669 0.87632 43.932 27 13 Leave out requantified 0.64737 0.74906 0.94202 0.80871 0.87848 1.0124 61.849 19.101 51.776 10 9 8 6 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.7 18.5 16 696800000 359300000 337490000 238070000 130990000 107080000 242560000 124710000 117850000 216160000 103600000 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aminotransferase [isomerizing] 2 GFPT2 sp|O94808|GFPT2_HUMAN Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GFPT2 PE=1 SV=3 1 6 4 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 12.8 7.5 7.5 76.93 682 682 0 12.648 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0715 1.3022 12.347 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 10 10 5.7 24074000 14271000 9803600 6391600 3104800 3286800 15133000 9811700 5321800 2549200 1354200 1195000 238 3011;3457;5331;5335;10600;10990 False;False;True;True;True;True 3083;3539;5453;5457;10867;11264 9356;9357;10745;10746;10747;10748;10749;16555;16556;16569;16570;33220;34402 12246;12247;14095;14096;14097;14098;14099;14100;14101;14102;14103;21620;21621;21644;21645;42700;44230 12246;14096;21621;21644;42700;44230 O94822 O94822 6 6 6 E3 ubiquitin-protein ligase listerin LTN1 sp|O94822|LTN1_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase listerin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LTN1 PE=1 SV=6 1 6 6 6 4 5 6 4 5 6 4 5 6 5.2 5.2 5.2 200.55 1766 1766 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 0 Median Median Median 1.1 0 1.9 18727000 11161000 7566900 8330400 5396000 2934400 0 0 0 10397000 5764500 4632500 240 931;12111 True;True 953;12413 2883;37938 3806;48882 3806;48882 O94906 O94906 7 7 7 Pre-mRNA-processing factor 6 PRPF6 sp|O94906|PRP6_HUMAN Pre-mRNA-processing factor 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF6 PE=1 SV=1 1 7 7 7 3 5 5 3 5 5 3 5 5 9 9 9 106.92 941 941 0 22.301 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89995 0.93487 11.809 17 8 Leave out requantified 0.88027 0.78582 0.96363 0.99849 0.89632 0.96935 14.114 15.073 5.4249 4 7 6 1 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 4.4 6.8 6.6 347260000 167240000 180020000 83332000 42973000 40358000 123180000 65426000 57756000 140740000 58841000 81902000 241 48;114;1140;1498;3375;5484;8122 True;True;True;True;True;True;True 49;116;1165;1535;3455;5610;8309 148;349;350;351;3507;3508;3509;4646;10496;17121;25573;25574;25575;25576;25577;25578;25579 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factor, arginine/serine-rich 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCAF4 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 4.5 4.5 4.5 125.87 1147 1147 0 21.316 By matching By MS/MS By MS/MS 1.0762 1.1925 41.002 5 0 Leave out requantified NaN 1.0802 1.0968 NaN 1.3071 1.1329 NaN 42.538 33.746 1 2 2 0 0 0 Median Median Median 1.4 4.5 4.5 63747000 33432000 30315000 9801800 4782400 5019400 25028000 13936000 11092000 28917000 14713000 14204000 249 2030;5296 True;True 2076;5418 6289;6290;6291;16439;16440 8203;21456;21457;21458;21459 8203;21456 O95140 O95140 2 2 2 Mitofusin-2 MFN2 sp|O95140|MFN2_HUMAN Mitofusin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MFN2 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 3.7 3.7 3.7 86.401 757 757 0.003794 2.0849 By MS/MS By MS/MS 0.95393 1.0587 30.533 3 1 Median 0.87342 NaN NaN 1.0249 NaN NaN 4.5811 NaN NaN 2 1 0 1 0 0 Median Median Median 3.7 1.1 0 192370000 105480000 86890000 172830000 98716000 74109000 19547000 6766800 12780000 0 0 0 250 8139;9486 True;True 8326;9731 25623;29969;29970 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Arginyl-tRNA--protein transferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATE1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 0 1 1 0 1 1 0 1 5.6 5.6 5.6 59.09 518 518 0.00061125 3.2389 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 2.3 0 3.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 255 4081;6541 True;True 4182;6692 12704;20619 16564;26712 16564;26712 O95336 O95336 1 1 1 6-phosphogluconolactonase PGLS sp|O95336|6PGL_HUMAN 6-phosphogluconolactonase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PGLS PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 6.2 6.2 6.2 27.547 258 258 0.0088037 1.7588 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 6.2 7309300 0 7309300 0 0 0 0 0 0 7309300 0 7309300 256 3181 True 3256 9887 12971 12971 O95340 O95340 10 10 10 Bifunctional 3-phosphoadenosine 5-phosphosulfate synthase 2;Sulfate adenylyltransferase;Adenylyl-sulfate kinase PAPSS2 sp|O95340|PAPS2_HUMAN Bifunctional 3-phosphoadenosine 5-phosphosulfate synthase 2 OS=Homo 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P02786 P02786 2 2 2 Transferrin receptor protein 1;Transferrin receptor protein 1, serum form TFRC sp|P02786|TFR1_HUMAN Transferrin receptor protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TFRC PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3 3 3 84.87 760 760 0 9.4999 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69765 0.85607 5.4894 6 0 Median 0.69181 0.66753 0.85521 0.86463 0.82314 0.90804 5.9378 1.3598 4.1487 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 1.8 3 3 131650000 75751000 55901000 44190000 26109000 18082000 54723000 32786000 21937000 32738000 16856000 15882000 282 378;6968 True;True 384;7128 1117;1118;22002;22003;22004;22005;22006;22007 1488;1489;28484;28485;28486;28487;28488;28489;28490;28491;28492;28493 1488;28493 P04075 P04075 11 11 11 Fructose-bisphosphate aldolase A ALDOA sp|P04075|ALDOA_HUMAN Fructose-bisphosphate aldolase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALDOA PE=1 SV=2 1 11 11 11 10 10 6 10 10 6 10 10 6 38.5 38.5 38.5 39.42 364 364 0 68.957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76703 0.84304 8.782 30 11 Leave out requantified 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A1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANXA1 PE=1 SV=2 1 22 22 22 21 21 21 21 21 21 21 21 21 68.8 68.8 68.8 38.714 346 346 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83819 1.0216 17.499 103 28 Leave out requantified 0.73155 0.83832 1.0635 0.95854 1.0235 1.0684 31.785 18.979 18.211 34 36 33 7 12 9 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 64.7 66.5 66.5 12894000000 6729500000 6164300000 3774000000 2119600000 1654300000 4800900000 2564400000 2236500000 4318900000 2045500000 2273500000 284 147;148;764;790;1248;1350;1827;4473;4693;4889;5180;5248;5249;6120;8627;8628;8659;9276;10194;10221;11647;12480 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 150;151;782;809;1279;1384;1872;4581;4806;5003;5300;5368;5369;6257;8846;8847;8879;9515;10452;10479;10480;11938;12790 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Keratin, type II cytoskeletal 1 KRT1 sp|P04264|K2C1_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT1 PE=1 SV=6; 2 38 38 25 23 37 19 23 37 19 14 25 12 57.5 57.5 44.6 66.038 644 644;644 0 322.7 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.8839 2.2636 66.245 120 48 Leave out requantified 1.4525 6.2171 1.0061 1.7273 7.2098 0.99726 26.645 39.73 35.06 31 61 28 7 31 10 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 42.9 56.2 37.3 14632000000 2675300000 11957000000 1355200000 533070000 822140000 11749000000 1385900000 10363000000 1528400000 756340000 772080000 + 288 250;946;2321;2443;3980;4191;4664;5172;5763;6740;6901;7832;7833;8065;8066;8572;8846;8847;8857;8858;8962;9481;10222;10328;10464;10479;10480;10519;10606;10607;10651;11376;11377;11534;11617;11618;13054;13183 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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matching By matching NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 4.1 1.5 1.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 295 11252;12876 True;False 11533;13194 35220;40387;40388;40389 45323;52028;52029;52030 45323;52028 P05114 P05114 2 2 2 Non-histone chromosomal protein HMG-14 HMGN1 sp|P05114|HMGN1_HUMAN Non-histone chromosomal protein HMG-14 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HMGN1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 24 24 24 10.659 100 100 0 6.9001 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74138 0.92607 28.801 5 0 Leave out requantified 0.72279 0.71762 NaN 0.90315 0.8966 NaN 25.256 40.466 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 24 24 24 59103000 33440000 25662000 23265000 12400000 10865000 25072000 14964000 10108000 10766000 6076000 4689500 296 2637;2638 True;True 2701;2702 8210;8211;8212;8213;8214 10760;10761;10762;10763;10764;10765;10766;10767 10761;10766 P05161 P05161 1 1 1 Ubiquitin-like protein ISG15 ISG15 sp|P05161|ISG15_HUMAN Ubiquitin-like protein ISG15 OS=Homo sapiens 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Leave out requantified Median Median 18.8 9.3 9.3 619880000 289200000 330680000 319460000 152190000 167270000 139290000 65586000 73705000 161130000 71420000 89713000 303 944;991;6414;6833;7603;9787;11895 True;True;True;False;True;True;True 966;1013;6563;6991;7774;10039;12191 2909;3047;20175;20176;20177;21550;21551;21552;23937;30825;30826;30827;30828;30829;37218;37219;37220 3838;4020;26096;26097;26098;26099;26100;27850;27851;27852;27853;30961;39627;39628;39629;39630;39631;39632;47948;47949;47950 3838;4020;26100;27850;30961;39628;47950 P05976;P08590 P05976;P08590 1;1 1;1 1;1 Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform;Myosin light chain 3 MYL1;MYL3 sp|P05976|MYL1_HUMAN Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL1 PE=2 SV=3;sp|P08590|MYL3_HUMAN Myosin light chain 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYL3 PE=1 SV=3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 8.2 8.2 8.2 21.145 194 194;195 0.0027732 2.2678 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78748 0.85399 36.757 4 1 Median NaN 0.79962 NaN NaN 0.96355 NaN NaN 22.763 NaN 1 2 1 1 0 0 Median Median Median 8.2 8.2 8.2 288370000 170870000 117500000 87674000 60178000 27496000 108340000 62977000 45365000 92357000 47717000 44640000 304 12224 True 12528 38333;38334;38335;38336 49425;49426;49427;49428 49428 P06280 P06280 1 1 1 Alpha-galactosidase A GLA sp|P06280|AGAL_HUMAN Alpha-galactosidase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GLA PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 2.6 2.6 2.6 48.766 429 429 0 4.6908 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 2.6 2.6 5614400 4553500 1060900 0 0 0 5614400 4553500 1060900 0 0 0 305 11082 True 11358 34671;34672 44597;44598 44597 P06454 P06454 3 3 3 Prothymosin alpha;Prothymosin alpha, N-terminally processed;Thymosin alpha-1 PTMA sp|P06454|PTMA_HUMAN Prothymosin alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTMA PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 3 1 1 3 1 1 3 1 21.6 21.6 21.6 12.203 111 111 0 17.05 By matching By MS/MS By MS/MS 0.98172 1.2212 17.373 5 0 Leave 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By MS/MS By MS/MS 0.6994 0.78325 14.601 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 11.3 11.3 11.3 62861000 37097000 25764000 17894000 11507000 6386700 24643000 15205000 9438700 20324000 10385000 9939100 349 4300 True 4406 13370;13371;13372 17433;17434;17435 17434 P09429;B2RPK0;P23497 P09429;B2RPK0 12;7;1 12;7;1 12;7;1 High mobility group protein B1;Putative high mobility group protein B1-like 1 HMGB1;HMGB1P1 sp|P09429|HMGB1_HUMAN High mobility group protein B1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HMGB1 PE=1 SV=3;sp|B2RPK0|HGB1A_HUMAN Putative high mobility group protein B1-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HMGB1P1 PE=5 SV=1 3 12 12 12 12 11 11 12 11 11 12 11 11 38.6 38.6 38.6 24.893 215 215;211;879 0 73.391 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80373 0.93333 26.433 71 12 Leave out requantified 0.67154 0.79103 0.94428 0.89088 0.99307 0.97278 30.416 27.281 26.052 22 26 23 5 2 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38.6 38.6 34.4 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P11310 5 5 5 Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial ACADM sp|P11310|ACADM_HUMAN Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACADM PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 2 4 5 2 4 5 2 15 15 15 46.588 421 421 0 19.069 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.267 1.5758 34.802 11 1 Leave out requantified 1.4396 1.529 1.2692 1.7572 1.7888 1.2762 31.551 36.08 20.083 4 5 2 0 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 10.7 15 5.9 384330000 169590000 214730000 150090000 67614000 82476000 153500000 72417000 81082000 80737000 29562000 51175000 376 374;2693;3302;4825;6466 True;True;True;True;True 380;2758;3382;4939;6615 1103;8389;8390;8391;10261;10262;15069;15070;20334;20335;20336 1473;11005;11006;11007;11008;11009;13478;13479;19677;19678;19679;19680;26308;26309;26310 1473;11008;13479;19680;26308 P11387 P11387 11 11 11 DNA topoisomerase 1 TOP1 sp|P11387|TOP1_HUMAN DNA topoisomerase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TOP1 PE=1 SV=2 1 11 11 11 10 11 8 10 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cytoplasmic;Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase;Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase;Formyltetrahydrofolate synthetase;C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed MTHFD1 sp|P11586|C1TC_HUMAN C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTHFD1 PE=1 SV=3 1 39 39 39 34 37 33 34 37 33 34 37 33 46 46 46 101.56 935 935 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86511 0.99879 13.059 152 39 Leave out requantified 0.79627 0.85626 0.9604 0.97751 1.0087 0.97801 15.52 9.6278 17.798 49 52 51 11 14 14 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 42.7 45 41.8 12353000000 6710500000 5642700000 3766300000 2137100000 1629200000 4374100000 2370000000 2004200000 4212800000 2203400000 2009400000 380 46;834;1224;1571;2322;2957;3002;3371;3474;4150;4370;4428;4464;4550;4565;4566;5810;6347;6453;6583;6631;6808;6897;8255;8298;8455;8475;9043;9403;9930;11111;11193;11198;11374;11670;12569;12944;13463;13531 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mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ETFA PE=1 SV=1 1 10 10 10 7 8 8 7 8 8 7 8 8 39.6 39.6 39.6 35.079 333 333 0 34.71 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91844 1.087 13.656 29 7 Leave out requantified 0.89691 0.89395 1.0948 1.1237 1.0524 1.1166 14.516 13.684 21.871 9 11 9 4 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.7 32.7 30.9 1139000000 576210000 562750000 357400000 187560000 169830000 424310000 220960000 203350000 357260000 167690000 189570000 397 131;4911;5222;7188;7795;10173;11453;11461;12632;12977 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 133;134;5025;5342;7353;7971;10431;11737;11745;12947;13298 388;389;390;15333;16210;16211;16212;16213;16214;22643;22644;22645;22646;22647;22648;24513;24514;24515;24516;31929;35871;35889;35890;35891;39674;39675;39676;39677;40702;40703;40704 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requantified Leave out requantified 29.2 29.2 29.2 7289300000 3917200000 3372100000 2454500000 1373000000 1081500000 2539100000 1328900000 1210200000 2295600000 1215300000 1080300000 420 583;1049;5193;5210;6488;6501;8783;8784;10251 True;True;False;False;True;True;True;True;True 597;1072;5313;5330;6638;6651;9006;9007;10512 1795;1796;1797;1798;1799;3222;3223;3224;16125;16126;16127;16128;16129;16179;16180;16181;16182;16183;16184;20422;20423;20424;20425;20426;20427;20464;20465;20466;20467;20468;20469;27738;27739;27740;27741;27742;27743;27744;32164;32165;32166;32167;32168;32169 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1981;1982;1983;2409;2410;11059;11060;11061;12111;12112;12113;12114;12115;14261;14262;14263;14264;14265;14266;14267;14809;14810;14811;15387;15388;15389;20675;20676;20677;20678;20679;20680;22554;22555;27477;27478;27479;35058;35467;35468;35469;36320;36321;36322;36323;36324;40384;40385;40386 2605;2606;2607;2608;2609;2610;3165;3166;3167;14539;14540;14541;14542;15848;15849;15850;15851;15852;18638;18639;18640;18641;18642;18643;18644;19353;19354;19355;20112;20113;20114;20115;20116;20117;26773;26774;26775;26776;26777;26778;26779;29177;29178;35378;35379;35380;35381;35382;35383;45089;45677;45678;45679;45680;45681;46826;46827;46828;46829;46830;46831;46832;52026;52027 2608;3166;14542;15849;18639;19354;20115;26779;29178;35378;45089;45679;46832;52026 P19367 P19367 8 6 6 Hexokinase-1 HK1 sp|P19367|HXK1_HUMAN Hexokinase-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HK1 PE=1 SV=3 1 8 6 6 6 5 5 4 3 3 4 3 3 8.4 6.8 6.8 102.48 917 917 0 11.934 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90509 1.0194 30.466 8 2 Leave out requantified 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0.94188 NaN 15.276 19.764 NaN 3 3 1 1 0 0 Median Leave out requantified Median 10.5 10.5 2.9 110600000 60725000 49871000 49365000 26786000 22579000 52104000 27718000 24385000 9127500 6220600 2906900 444 1956;7347;12405 True;True;True 2001;7514;12713 6039;6040;6041;23128;23129;38914;38915 7869;7870;29913;29914;50162;50163 7870;29914;50163 P19388 P19388 3 3 3 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 POLR2E sp|P19388|RPAB1_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2E PE=1 SV=4 1 3 3 3 1 3 2 1 3 2 1 3 2 17.1 17.1 17.1 24.551 210 210 0 44.111 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83588 0.90804 13.608 7 2 Leave out requantified 0.78869 0.89663 0.90109 0.92261 1.0234 0.92627 0.46427 17.016 5.5279 2 3 2 1 1 0 Median Plateau Median 4.3 17.1 12.4 218530000 112730000 105800000 93269000 50249000 43020000 68390000 35499000 32891000 56874000 26984000 29890000 445 2742;5351;5970 True;True;True 2809;5473;6106 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551 0 14.482 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9552 1.1138 28.885 16 9 Leave out requantified 0.88277 1.0489 1.2043 1.0424 1.2109 1.2296 19.873 29.077 13.717 7 6 3 4 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 10.9 13.1 6.9 240270000 123500000 116770000 83537000 46336000 37200000 105780000 54381000 51402000 50949000 22778000 28171000 447 1679;1966;5207;12456;13396;13429 True;True;True;True;True;True 1722;2011;5327;12765;13727;13764 5183;5184;5185;6064;6065;6066;16175;16176;39091;41981;41982;41983;41984;42087;42088;42089 6826;6827;6828;7900;7901;7902;21119;21120;50384;54017;54018;54019;54020;54021;54169;54170;54171 6828;7902;21119;50384;54017;54171 P19623 P19623 7 7 7 Spermidine synthase SRM sp|P19623|SPEE_HUMAN Spermidine synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRM PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 6 5 6 6 5 6 6 5 37.7 37.7 37.7 33.824 302 302 0 45.439 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9727 1.1232 17.288 17 4 Leave out requantified 0.92121 0.95523 1.0624 1.0804 1.1362 1.0699 18.476 10.688 16.945 6 6 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.3132 1.4814 30.581 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 5.1 6.6 5.1 42955000 17220000 25735000 4239500 2451100 1788500 18205000 7783400 10421000 20511000 6985900 13525000 455 2441;2551;3886;9570 False;False;True;True 2500;2615;3984;9816 7600;7601;7602;7975;7976;12092;12093;30209 9935;9936;9937;10441;10442;10443;15824;15825;15826;38825 9935;10441;15824;38825 P20962 P20962 1 1 1 Parathymosin PTMS sp|P20962|PTMS_HUMAN Parathymosin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTMS PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 10.8 10.8 10.8 11.53 102 102 0 4.7935 By MS/MS By MS/MS 0.90988 1.0131 13.071 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 10.8 10.8 36642000 18751000 17891000 0 0 0 19278000 9474700 9803800 17364000 9276700 8087200 456 10970 True 11243 34335;34336 44147;44148 44147 P21127;Q9UQ88;Q13882 P21127;Q9UQ88 16;13;1 16;13;1 16;13;1 Cyclin-dependent kinase 11B;Cyclin-dependent kinase 11A 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5 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 42.7 47.1 51.1 5110800000 2802100000 2308700000 1462400000 849360000 613050000 1700000000 937480000 762510000 1948400000 1015300000 933100000 458 1326;4201;5592;6246;6366;6999;7543;7681;7682;9389;10040;10808;12095;13484 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1359;4303;5719;6389;6512;7160;7712;7853;7854;9631;10296;11079;12396;12397;13819 4089;4090;4091;4092;13057;13058;13059;17541;17542;17543;19604;19605;19606;20030;20031;20032;22113;22114;23735;23736;23737;23738;23739;23740;23741;24154;24155;24156;24157;24158;24159;24160;24161;24162;24163;29641;29642;31525;33858;33859;33860;37872;37873;37874;37875;37876;37877;37878;42252;42253;42254 5421;5422;5423;5424;17017;17018;17019;17020;17021;17022;22806;22807;22808;22809;22810;25368;25369;25370;25923;25924;25925;28630;28631;28632;30701;30702;30703;30704;30705;30706;30707;31225;31226;31227;31228;31229;31230;31231;31232;31233;31234;31235;31236;31237;31238;31239;31240;31241;31242;38093;38094;38095;38096;40464;43543;43544;43545;43546;43547;48801;48802;48803;48804;48805;48806;48807;48808;48809;54368;54369;54370;54371 5424;17022;22806;25368;25925;28631;30705;31226;31240;38095;40464;43545;48805;54370 133 109 P21283 P21283 2 2 2 V-type proton ATPase subunit C 1 ATP6V1C1 sp|P21283|VATC1_HUMAN V-type proton ATPase subunit C 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP6V1C1 PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 4.5 4.5 4.5 43.941 382 382 0 3.3784 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9543 1.0688 20.803 4 1 Median NaN NaN 1.2728 NaN NaN 1.2976 NaN NaN 29.164 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 2.6 2.6 4.5 39807000 19676000 20130000 12515000 6810600 5704800 8872800 4054400 4818400 18418000 8811200 9607100 459 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isomerase B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIB PE=1 SV=2 1 11 11 11 9 11 9 9 11 9 9 11 9 50 50 50 23.742 216 216 0 67.007 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7051 0.82822 27.546 42 16 Leave out requantified 0.56668 0.70559 0.90263 0.70225 0.82327 0.90476 16.07 30.762 19.78 13 16 13 5 6 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38 50 40.7 4784300000 2739500000 2044700000 1222200000 768530000 453710000 1879600000 1089800000 789860000 1682400000 881240000 801150000 475 1635;2286;2348;4094;5584;5782;5841;10477;11150;11829;12369 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1675;1676;2342;2406;4195;5711;5914;5973;10742;11428;12125;12674 5044;5045;5046;5047;5048;5049;7076;7077;7078;7079;7080;7280;7281;7282;7283;7284;7285;12747;12748;12749;12750;17518;17519;18111;18297;18298;32828;32829;32830;34870;34871;34872;37006;37007;37008;37009;37010;37011;37012;38780;38781;38782;38783 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ribosomal protein S3 RPS3 sp|P23396|RS3_HUMAN 40S ribosomal protein S3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS3 PE=1 SV=2 1 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 80.7 80.7 80.7 26.688 243 243 0 124.12 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82274 0.95311 9.0717 108 8 Leave out requantified 0.74554 0.81635 0.97132 0.88984 0.95226 0.97855 17.66 10.703 14.886 33 39 36 2 5 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 80.7 80.7 80.7 37968000000 20369000000 17599000000 11616000000 6523300000 5092800000 13879000000 7531100000 6347600000 12473000000 6314900000 6158100000 477 170;304;1588;3052;3214;3851;3931;4232;4238;4421;4681;4844;6140;6570;6721;7648;9425;9928;11226;11694 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 173;310;1627;3124;3289;3949;4029;4335;4342;4343;4528;4793;4794;4958;6281;6282;6721;6876;7820;9669;10183;11505;11987 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P23919 9 9 9 Thymidylate kinase DTYMK sp|P23919|KTHY_HUMAN Thymidylate kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DTYMK PE=1 SV=4 1 9 9 9 8 8 9 8 8 9 8 8 9 40.1 40.1 40.1 23.819 212 212 0 28.023 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90111 1.0436 18.815 31 2 Leave out requantified 0.89897 0.89033 1.0095 1.0581 1.0354 0.99339 19.879 22.076 16.312 11 10 10 2 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34.9 34.4 40.1 1441600000 770630000 670950000 486290000 267370000 218920000 493010000 261970000 231040000 462280000 241290000 220990000 481 3273;4374;8120;8236;9932;10412;11138;12605;13124 True;True;True;True;True;True;True;True;True 3353;4481;8307;8426;10187;10676;11416;12919;13447 10183;10184;10185;13595;13596;13597;25567;25568;25569;25953;25954;31263;31264;31265;31266;31267;31268;32639;32640;32641;32642;32643;34829;34830;34831;34832;34833;39594;39595;39596;41162;41163 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RNA helicase DDX6 DDX6 sp|P26196|DDX6_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX6 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 13.9 13.9 13.9 54.416 483 483 0 24.488 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0137 1.0831 3.7402 15 1 Leave out requantified 0.78026 0.99013 1.0624 0.96626 1.1723 1.0831 6.8019 14.28 3.8346 5 5 5 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.9 11.8 11.8 649370000 349380000 299990000 203750000 121500000 82246000 225650000 120830000 104830000 219960000 107050000 112910000 498 4975;8945;10310;10414;10663 True;True;True;True;True 5092;9173;10571;10678;10930 15512;15513;15514;28304;32329;32330;32331;32647;32648;32649;33418;33419;33420;33421;33422 20266;20267;36396;41520;41521;41957;41958;41959;41960;41961;41962;42973;42974;42975;42976;42977;42978;42979;42980;42981;42982 20266;36396;41520;41960;42977 P26358 P26358 34 34 34 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 DNMT1 sp|P26358|DNMT1_HUMAN DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNMT1 PE=1 SV=2 1 34 34 34 24 27 21 24 27 21 24 27 21 25.9 25.9 25.9 183.16 1616 1616 0 167.6 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83576 0.99013 17.335 80 35 Leave out requantified 0.76036 0.84941 0.9877 0.94025 1.01 0.97077 20.1 19.453 22.35 28 29 23 14 9 12 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.9 21.4 16.2 2408100000 1286400000 1121600000 774520000 433350000 341170000 907110000 480680000 426430000 726450000 372420000 354030000 499 165;464;509;518;1299;1317;2013;2283;3815;4211;4395;5144;5422;6325;6425;6536;6550;7195;7226;7859;7865;7915;8097;9027;9807;10271;10757;10775;12020;12499;12688;12729;12730;13254 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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type-6 PSMB6 sp|P28072|PSB6_HUMAN Proteasome subunit beta type-6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMB6 PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 8.8 8.8 8.8 25.357 239 239 0 3.6247 By MS/MS By MS/MS 0.8227 0.96066 55.267 3 2 Median NaN NaN 0.8081 NaN NaN 0.84069 NaN NaN 77.396 1 0 2 1 0 1 Median Median Median 4.6 0 8.8 44568000 27140000 17428000 11327000 5634900 5692300 0 0 0 33241000 21505000 11736000 517 6836;9855 True;True 6994;10108 21557;21558;31005 27859;27860;39838 27859;39838 P28340 P28340 14 14 14 DNA polymerase delta catalytic subunit POLD1 sp|P28340|DPOD1_HUMAN DNA polymerase delta catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLD1 PE=1 SV=2 1 14 14 14 13 12 13 13 12 13 13 12 13 16.8 16.8 16.8 123.63 1107 1107 0 74.698 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82471 0.99538 16.756 39 11 Leave out requantified 0.80844 0.77741 1.0057 0.96965 0.88454 1.002 17.497 12.801 23.055 14 12 13 4 5 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16 13.7 15.4 980930000 518500000 462430000 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10 10 10 Elongation factor 1-delta EEF1D sp|P29692|EF1D_HUMAN Elongation factor 1-delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EEF1D PE=1 SV=5 1 10 10 10 9 9 8 9 9 8 9 9 8 54.1 54.1 54.1 31.121 281 281 0 145.22 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85525 0.9973 14.216 39 6 Leave out requantified 0.73843 0.8514 1.1192 0.8682 0.99378 1.1326 28.051 19.073 19.167 14 13 12 3 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 45.6 45.9 40.9 4519800000 2394200000 2125700000 1459100000 814180000 644940000 1517000000 813730000 703260000 1543700000 766270000 777450000 527 1030;4306;5314;5642;6437;8001;9345;10459;10506;10849 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1052;4412;4413;5436;5770;6586;8185;9585;10724;10771;11121 3152;3153;13387;13388;13389;13390;13391;13392;13393;13394;16498;16499;16500;16501;16502;17702;17703;17704;17705;17706;17707;20244;20245;20246;25178;25179;29528;29529;29530;32778;32779;32780;32919;32920;32921;32922;32923;32924;33986 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sp|P30086|PEBP1_HUMAN Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PEBP1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 23.5 23.5 23.5 21.057 187 187 0 4.4023 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82784 0.94217 112.31 4 4 Median NaN NaN 0.63059 NaN NaN 0.66115 NaN NaN 87.359 1 1 2 1 1 2 Median Median Median 10.7 4.8 18.7 67931000 31127000 36804000 9266600 6493900 2772700 24276000 4315100 19961000 34389000 20318000 14071000 537 1255;4971;9051 True;True;True 1286;5088;9283 3876;15506;15507;28630 5151;20260;20261;36837 5151;20260;36837 P30101 P30101 13 13 13 Protein disulfide-isomerase A3 PDIA3 sp|P30101|PDIA3_HUMAN Protein disulfide-isomerase A3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDIA3 PE=1 SV=4 1 13 13 13 12 13 11 12 13 11 12 13 11 28.1 28.1 28.1 56.782 505 505 0 110.99 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0009 1.1377 12.483 41 8 Leave out requantified 0.81403 0.98936 1.0861 1.0167 1.1705 1.1134 20.603 11.586 15.42 12 15 14 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 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dehydrogenase X, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALDH1B1 PE=1 SV=3 4 3 3 2 3 3 3 3 3 3 2 2 2 8.5 8.5 7 57.206 517 517;501;512;518 0 10.64 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93936 1.0635 9.0846 10 1 Leave out requantified 0.83712 1.0614 0.98993 1.0593 1.2837 1.0507 28.79 12.602 13.196 3 3 4 1 0 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 8.5 8.5 8.5 144610000 69943000 74670000 43880000 22244000 21636000 44355000 22508000 21847000 56378000 25192000 31186000 545 6918;12312;12876 True;True;True 7077;12616;13194 21813;21814;21815;21816;21817;38594;38595;38596;40387;40388;40389 28213;28214;28215;28216;28217;49768;49769;49770;49771;52028;52029;52030 28216;49768;52028 P30838;P48448;P43353;P51648 P30838 5;1;1;1 5;1;1;1 5;1;1;1 Aldehyde dehydrogenase, dimeric NADP-preferring ALDH3A1 sp|P30838|AL3A1_HUMAN Aldehyde dehydrogenase, dimeric NADP-preferring OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALDH3A1 PE=1 SV=3 4 5 5 5 4 3 2 4 3 2 4 3 2 12.4 12.4 12.4 50.394 453 453;385;468;485 0 8.5066 By MS/MS 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14;776;812;1567;7138;11827;12124 45;46;47;2345;2346;2347;2348;2349;2350;2474;4738;4739;4740;22042;22043;22044;22045;36110;36111;36112;37004;37005 65;66;67;68;3081;3082;3083;3084;3085;3086;3087;3088;3259;6243;6244;6245;28536;28537;28538;28539;28540;28541;46527;46528;47672;47673;47674 67;3088;3259;6245;28539;46527;47674 P31949 P31949 2 2 2 Protein S100-A11;Protein S100-A11, N-terminally processed S100A11 sp|P31949|S10AB_HUMAN Protein S100-A11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=S100A11 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 15.2 15.2 15.2 11.74 105 105 0.0011723 2.8026 By MS/MS By MS/MS 0.43846 0.51621 76.851 4 2 Median 0.43846 0.44512 NaN 0.51621 0.51409 NaN 85.024 102.41 NaN 2 2 0 1 1 0 Median Median Median 15.2 15.2 0 134510000 76660000 57854000 46393000 27492000 18900000 88122000 49168000 38954000 0 0 0 559 2123;6319 True;True 2174;6464 6592;6593;19852;19853 8627;8628;25695 8627;25695 P32119 P32119 7 6 6 Peroxiredoxin-2 PRDX2 sp|P32119|PRDX2_HUMAN Peroxiredoxin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX2 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MS/MS By MS/MS 0.82091 0.89345 11.819 3 2 Median NaN 0.8328 NaN NaN 0.9509 NaN NaN 8.813 NaN 0 2 1 0 2 0 Median Median Median 2.9 2.9 2.9 29365000 15422000 13943000 0 0 0 18411000 9927400 8483700 10954000 5495100 5459100 561 13034 True 13356 40887;40888;40889;40890 52666;52667;52668;52669;52670 52668 P32322 P32322 2 1 1 Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial PYCR1 sp|P32322|P5CR1_HUMAN Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PYCR1 PE=1 SV=2 1 2 1 1 2 2 0 1 1 0 1 1 0 7.8 3.8 3.8 33.36 319 319 0 3.333 By MS/MS By MS/MS 0.51461 0.62201 3.6032 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 7.8 7.8 0 21107000 13294000 7812400 10129000 6111800 4017000 10978000 7182400 3795400 0 0 0 562 4625;10589 True;False 4735;10856 14388;14389;14390;33191;33192;33193 18798;18799;18800;42662;42663;42664 18799;42662 P32455;P32456 P32455 5;1 5;1 4;1 Interferon-induced guanylate-binding protein 1 GBP1 sp|P32455|GBP1_HUMAN Guanylate-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GBP1 PE=1 SV=2 2 5 5 4 4 5 4 4 5 4 3 4 3 10.3 10.3 9 67.93 592 592;591 0 9.7575 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86259 1.0368 23.633 15 10 Leave out requantified 0.85273 1.2102 1.5107 1.0053 1.4074 1.4848 44.165 37.735 32.913 4 7 4 2 6 2 Median Median Linear 7.6 10.3 7.1 188100000 93438000 94665000 40576000 24424000 16151000 100040000 47091000 52952000 47484000 21923000 25561000 563 2323;7978;8725;10490;12764 True;True;True;True;True 2381;8162;8947;10755;13082 7215;7216;7217;7218;25100;25101;25102;27549;27550;27551;32869;32870;40087;40088;40089 9439;9440;9441;9442;32426;35468;35469;35470;42258;42259;51642;51643;51644 9441;32426;35469;42259;51642 P32969 P32969 9 9 9 60S ribosomal protein L9 RPL9 sp|P32969|RL9_HUMAN 60S ribosomal protein L9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL9 PE=1 SV=1 1 9 9 9 7 9 7 7 9 7 7 9 7 55.2 55.2 55.2 21.863 192 192 0 235.16 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95465 1.1444 26.065 32 2 Leave out requantified 0.87073 0.84832 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sapiens OX=9606 GN=AGL PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2.3 2.3 2.3 174.76 1532 1532 0 9.5879 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88892 1.0003 10.007 8 3 Leave out requantified 0.80899 0.75944 0.94665 0.97236 0.86918 0.96569 8.9749 41.341 10.204 2 3 3 1 2 0 Median Median Leave out requantified 2.3 2.3 2.3 73805000 40676000 33128000 20981000 11921000 9059800 25484000 14931000 10553000 27339000 13824000 13515000 582 4789;7230;10357 True;True;True 4903;7395;10620 14938;14939;14940;22754;22755;22756;32476;32477;32478 19517;19518;29429;29430;29431;41738;41739;41740 19517;29430;41739 P35579;REV__Q9UKV3;P12883;P13535;Q9UKX3;Q9Y623;P13533;P12882;Q9UKX2;A7E2Y1 P35579 130;1;1;1;1;1;1;1;1;1 130;1;1;1;1;1;1;1;1;1 108;1;0;0;0;0;0;0;0;0 Myosin-9 MYH9 sp|P35579|MYH9_HUMAN Myosin-9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYH9 PE=1 SV=4 10 130 130 108 120 128 115 120 128 115 101 106 97 59.1 59.1 50.1 226.53 1960 1960;1341;1935;1937;1938;1939;1939;1939;1941;1983 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86008 0.99314 22.53 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N-terminally processed;RNA binding motif protein, X-linked-like-1 RBMX;RBMXL1 sp|P38159|RBMX_HUMAN RNA-binding motif protein, X chromosome OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBMX PE=1 SV=3;sp|Q96E39|RMXL1_HUMAN RNA binding motif protein, X-linked-like-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBMXL1 PE=1 SV=1 2 4 4 4 1 2 1 1 2 1 1 2 1 10.5 10.5 10.5 42.331 391 391;390 0 6.3298 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 1.8 6.6 2 21978000 15729000 6249600 0 0 0 21978000 15729000 6249600 0 0 0 603 624;2420;7231;12186 True;True;True;True 639;2479;7396;12489 1903;7534;22757;38176 2508;9828;29432;49203 2508;9828;29432;49203 P38606 P38606 11 11 11 V-type proton ATPase catalytic subunit A ATP6V1A sp|P38606|VATA_HUMAN V-type proton ATPase catalytic subunit A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP6V1A PE=1 SV=2 1 11 11 11 8 8 6 8 8 6 8 8 6 22.7 22.7 22.7 68.303 617 617 0 24.268 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0026 1.1533 11.822 21 8 Leave out 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2995;2996;2997;2998;2999;3000;3641;3642;3643;3644;3645;6879;6880;6881;6882;6883;6884;11527;11528;11529;11530;11531;13220;14185;18847;18848;18849;18850;18851;18852;19367;19368;19369;20193;24298;24299;24300;24301;24302;24303;35201;35202;35203;35204;37542;41319;41320;41321;41322;44398;44399;44400;44401;45367;45368;45369;45370;45371;45372;48478;48479;48480;48481;48482;48483;48484;48485;48486;48487;48488;48489;50408;50409;50410 3000;3643;6882;11530;13220;14185;18850;19369;20193;24303;35204;37542;41322;44399;45368;48488;50408 P40261 P40261 2 2 2 Nicotinamide N-methyltransferase NNMT sp|P40261|NNMT_HUMAN Nicotinamide N-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NNMT PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 10.2 10.2 10.2 29.574 264 264 0 29.498 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2297 1.3697 48.245 6 1 Leave out requantified 0.99108 0.94778 1.9972 1.175 1.1158 2.0178 27.46 19.246 35.927 2 2 2 0 1 0 Median Median Median 10.2 10.2 10.2 99518000 44977000 54541000 33458000 18855000 14603000 20417000 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RPL13AP3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL13AP3 PE=5 SV=1 2 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 25.6 25.6 25.6 23.577 203 203;102 0 26.007 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75245 0.9241 8.8631 28 1 Leave out requantified 0.68909 0.72472 0.97134 0.9241 0.89861 0.98829 16.776 7.7124 13.988 10 9 9 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25.6 25.6 25.6 6944800000 3701100000 3243700000 2083800000 1142300000 941550000 2394200000 1300500000 1093800000 2466800000 1258400000 1208400000 615 1267;5695;8620;12221;12222;13423 True;True;True;True;True;True 1298;5824;8837;8838;12525;12526;13758 3908;3909;3910;3911;3912;3913;17854;17855;17856;27224;27225;27226;27227;27228;27229;38313;38314;38315;38316;38317;38318;38319;38320;38321;38322;38323;38324;38325;38326;38327;38328;38329;42069;42070;42071;42072;42073;42074 5195;5196;5197;5198;5199;5200;5201;5202;5203;5204;5205;23198;23199;23200;23201;23202;35029;35030;35031;35032;35033;35034;35035;35036;35037;49382;49383;49384;49385;49386;49387;49388;49389;49390;49391;49392;49393;49394;49395;49396;49397;49398;49399;49400;49401;49402;49403;49404;49405;49406;49407;49408;49409;49410;49411;49412;49413;49414;49415;49416;49417;49418;49419;49420;54144;54145;54146;54147;54148;54149;54150;54151;54152;54153;54154;54155;54156;54157;54158 5203;23201;35036;49387;49403;54156 P40616 P40616 2 2 2 ADP-ribosylation factor-like protein 1 ARL1 sp|P40616|ARL1_HUMAN ADP-ribosylation factor-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARL1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 13.8 13.8 13.8 20.417 181 181 0 4.5777 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1318 1.4096 23.13 8 2 Leave out requantified 1.1585 1.0586 1.2256 1.429 1.2491 1.2111 16.375 36.976 3.8516 3 3 2 1 1 0 Median Median Median 13.8 13.8 13.8 150600000 73112000 77493000 62382000 28597000 33785000 53443000 26719000 26724000 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1 0 2 1 0 2 1 0 2 5.2 5.2 5.2 88.067 770 770 0 6.5966 By MS/MS By MS/MS 1.3507 1.4177 73.056 3 1 Median NaN NaN 2.4512 NaN NaN 2.4891 NaN NaN 79.6 1 0 2 0 0 1 Median Median Median 3.4 0 5.2 56686000 18132000 38554000 17971000 8780000 9191400 0 0 0 38714000 9352100 29362000 618 7750;12934 True;True 7924;13253 24376;24377;40561 31527;31528;31529;31530;52235 31530;52235 P40818 P40818 11 11 11 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 USP8 sp|P40818|UBP8_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP8 PE=1 SV=1 1 11 11 11 9 10 8 9 10 8 9 10 8 14.1 14.1 14.1 127.52 1118 1118 0 48.591 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86557 0.97987 13.105 32 10 Leave out requantified 0.71718 0.88212 0.93498 0.92052 1.0716 0.97335 8.8941 21.072 17.491 11 11 10 3 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.3 12.5 11.4 713580000 389720000 323870000 227020000 129480000 97541000 262850000 139150000 123700000 223710000 121080000 102630000 619 3737;3972;5135;5885;8471;8919;9724;10182;10917;11080;13307 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3828;4070;5253;6018;8673;9145;9975;10440;11190;11356;13636 11599;11600;11601;11602;11603;12346;15967;15968;18436;26710;26711;26712;26713;26714;28196;28197;28198;30650;30651;30652;31952;31953;31954;34190;34191;34192;34193;34667;34668;34669;41722;41723;41724 15200;15201;15202;15203;16146;20831;20832;23899;23900;34421;34422;34423;34424;34425;34426;34427;36238;36239;36240;36241;39395;39396;41005;41006;41007;43958;43959;43960;44593;44594;53689;53690 15200;16146;20832;23900;34426;36241;39395;41005;43959;44593;53689 P40925 P40925 3 3 3 Malate dehydrogenase, cytoplasmic MDH1 sp|P40925|MDHC_HUMAN Malate dehydrogenase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH1 PE=1 SV=4 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 11.7 11.7 11.7 36.426 334 334 0 13.9 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83842 0.91263 23.667 7 3 Leave out requantified 0.6721 0.60803 1.0873 0.78161 0.6784 1.1094 45.583 10.92 23.582 2 2 3 1 1 1 Median Median Median 6.6 6.6 11.7 81722000 45623000 36099000 23679000 14657000 9022000 21759000 12658000 9101400 36284000 18308000 17976000 620 3397;4244;12427 True;True;True 3478;4349;12736 10558;10559;10560;13190;13191;13192;38999 13855;13856;17195;17196;17197;50276 13855;17197;50276 P40926 P40926 5 5 5 Malate dehydrogenase, mitochondrial MDH2 sp|P40926|MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH2 PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 16.3 16.3 16.3 35.503 338 338 0 10.498 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86899 0.95476 18.321 12 4 Leave out requantified 0.83368 0.69759 0.90579 1.0063 0.81683 0.90591 20.708 48.718 6.9255 5 3 4 2 1 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 16.3 13.6 13.3 173510000 101080000 72430000 71583000 42892000 28691000 45280000 25236000 20045000 56642000 32947000 23694000 621 831;5349;5809;6199;12704 True;True;True;True;True 853;5471;5941;6342;13022 2592;2593;16622;16623;16624;18203;18204;18205;19444;19445;39909;39910;39911 3412;21714;21715;21716;23607;23608;23609;25177;25178;51422 3412;21715;23608;25177;51422 P40937 P40937 5 5 5 Replication factor C subunit 5 RFC5 sp|P40937|RFC5_HUMAN Replication factor C subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RFC5 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 3 4 5 3 4 5 3 4 19.7 19.7 19.7 38.496 340 340 0 12.678 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95344 1.04 116.38 16 8 Leave out requantified 0.97853 0.83368 0.9215 1.122 1.0361 0.94958 39.843 27.116 112.56 7 3 6 5 1 2 Median Median Leave out requantified 19.7 13.8 17.4 473700000 269500000 204200000 172480000 98547000 73930000 80863000 50258000 30606000 220360000 120700000 99661000 622 3870;5958;7147;12078;13452 True;True;True;True;True 3968;6093;7310;12378;13787 12048;12049;12050;18676;22532;22533;22534;37773;37774;37775;42150;42151;42152;42153;42154;42155 15777;15778;15779;24215;29149;29150;29151;48678;48679;54250;54251;54252;54253;54254 15777;24215;29151;48678;54253 P40938 P40938 8 8 8 Replication factor C subunit 3 RFC3 sp|P40938|RFC3_HUMAN Replication factor C subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RFC3 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 6 5 7 6 5 7 6 5 27.8 27.8 27.8 40.556 356 356 0 53.043 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89508 0.96023 16.127 18 5 Leave out requantified 0.79158 0.77173 0.94426 0.94516 0.91947 0.95413 21.825 17.842 9.0904 7 7 4 2 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 24.4 21.9 17.1 416940000 228150000 188780000 151110000 83352000 67762000 154820000 89097000 65724000 111000000 55704000 55298000 623 2852;3234;3455;5759;11824;12711;12954;12963 True;True;True;True;True;True;True;True 2919;3309;3537;5889;12120;13029;13274;13283 8854;10046;10047;10740;10741;10742;18050;36995;36996;36997;36998;39924;39925;39926;39927;40625;40626;40627;40653;40654;40655 11596;13207;13208;14088;14089;14090;14091;14092;14093;23431;47662;47663;47664;47665;47666;47667;51438;51439;51440;51441;51442;52326;52327;52328;52329;52330;52331;52360;52361;52362 11596;13208;14089;23431;47666;51441;52331;52362 P40939 P40939 15 15 15 Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial;Long-chain enoyl-CoA hydratase;Long chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase HADHA sp|P40939|ECHA_HUMAN Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADHA PE=1 SV=2 1 15 15 15 12 12 13 12 12 13 12 12 13 25.4 25.4 25.4 82.999 763 763 0 59.876 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87245 0.96645 32.333 41 19 Leave out requantified 0.72396 0.79231 1.0482 0.88744 0.9569 1.0444 38.967 33.656 33.844 13 13 15 7 6 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.8 21.4 22.7 684620000 348990000 335640000 193210000 99560000 93651000 224160000 121570000 102590000 267250000 127860000 139400000 624 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translation initiation factor 2 subunit 3-like protein EIF2S3;EIF2S3L sp|P41091|IF2G_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2S3 PE=1 SV=3;sp|Q2VIR3|IF2GL_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2S3B PE=2 SV=2 2 19 19 19 18 19 17 18 19 17 18 19 17 48.9 48.9 48.9 51.109 472 472;472 0 174.48 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74699 0.86654 22.211 81 14 Leave out requantified 0.73031 0.74135 0.8973 0.87253 0.86525 0.90244 15.453 22.638 6.9126 27 28 26 5 3 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 47 48.9 45.6 9432200000 5261600000 4170500000 2856500000 1628100000 1228500000 3229500000 1871500000 1358000000 3346200000 1762100000 1584100000 625 417;544;1655;5300;5445;5705;6415;6419;7016;7452;8188;8735;9267;9303;9946;10120;10269;12317;13403 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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factor 2D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2D PE=1 SV=3 1 10 10 10 5 9 6 5 9 6 5 9 6 26.9 26.9 26.9 64.706 584 584 0 56.577 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8274 0.93415 12.123 20 9 Leave out requantified 0.68246 0.8575 0.97611 0.80183 1.0317 0.95417 6.2297 9.6599 15.864 6 8 6 3 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12 24.8 17.1 426610000 245690000 180920000 133960000 80445000 53512000 169040000 96654000 72388000 123610000 68587000 55024000 626 1383;4025;4458;5668;6373;7056;8018;8253;10627;10863 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1419;4124;4565;5796;6519;7218;8203;8443;10894;11135 4301;4302;12515;13861;17778;17779;17780;17781;20050;20051;20052;22288;22289;22290;25243;25990;25991;33298;33299;34019;34020 5662;5663;5664;5665;16354;18090;23098;23099;23100;23101;23102;25945;25946;25947;28844;28845;28846;28847;32577;33487;33488;42806;42807;43740;43741;43742 5665;16354;18090;23101;25945;28845;32577;33487;42807;43740 P41223 P41223 3 3 3 Protein BUD31 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sp|P42345|MTOR_HUMAN Serine/threonine-protein kinase mTOR OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTOR PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 2.1 2.1 2.1 288.89 2549 2549 0 13.88 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90869 1.1055 30.612 14 2 Leave out requantified 0.84675 0.90869 1.1545 1.0317 1.1055 1.1586 34.752 30.612 5.7262 5 5 4 1 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 2.1 2.1 2.1 226000000 115420000 110580000 77047000 37502000 39545000 83940000 46068000 37872000 65015000 31855000 33160000 638 1513;5056;6233;7203 True;True;True;True 1550;5174;6376;7368 4686;4687;4688;4689;4690;15743;15744;15745;19567;19568;19569;22686;22687;22688 6164;6165;6166;6167;6168;20554;20555;25327;29349;29350 6164;20554;25327;29349 P42677 P42677 4 4 2 40S ribosomal protein S27 RPS27 sp|P42677|RS27_HUMAN 40S ribosomal protein S27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS27 PE=1 SV=3 1 4 4 2 3 4 3 3 4 3 2 2 2 39.3 39.3 14.3 9.461 84 84 0 12.569 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74927 0.88058 6.1689 21 6 Leave out 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Leave out requantified 11.9 11.7 8.6 646250000 337740000 308510000 235490000 126560000 108930000 204400000 113760000 90636000 206360000 97419000 108940000 645 1935;2230;2608;3821;5246;5964;8200;8377;8856;9218;9840 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1980;2283;2672;3918;5366;6100;8389;8570;9080;9457;10092 5985;5986;5987;6890;6891;6892;8134;11878;11879;16279;18705;18706;18707;25833;25834;25835;25836;26377;26378;26379;27980;27981;27982;27983;29165;29166;30956;30957;30958;30959 7808;7809;7810;9041;9042;9043;10669;15568;15569;21240;24250;24251;24252;24253;33298;33299;33300;33301;33302;33971;35979;35980;35981;35982;37526;37527;39780;39781;39782;39783;39784 7810;9041;10669;15569;21240;24250;33298;33971;35981;37527;39783 P43487 P43487 3 3 3 Ran-specific GTPase-activating protein RANBP1 sp|P43487|RANG_HUMAN Ran-specific GTPase-activating protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RANBP1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 27.9 27.9 27.9 23.31 201 201 0 9.5611 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0445 1.1308 21.616 8 5 Median 0.68064 1.1462 1.0886 0.82915 1.3758 1.1148 25.209 5.8648 8.2819 3 2 3 2 2 1 Median Median Median 22.4 22.4 27.9 210680000 115260000 95425000 71760000 44655000 27105000 56438000 31016000 25422000 82483000 39586000 42897000 646 2274;3713;11492 True;True;True 2330;3803;11777 7034;7035;7036;7037;11531;35966;35967;35968;35969;35970 9232;9233;9234;9235;15118;46350;46351;46352;46353;46354;46355 9232;15118;46354 P43490 P43490 4 4 4 Nicotinamide phosphoribosyltransferase NAMPT sp|P43490|NAMPT_HUMAN Nicotinamide phosphoribosyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAMPT PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 8.6 8.6 8.6 55.52 491 491 0 8.8647 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96125 1.137 28.125 11 8 Median 0.9375 1.0155 1.2556 1.1444 1.1825 1.2624 36.917 28.315 22.023 4 4 3 3 3 2 Median Median Plateau 8.6 8.6 6.5 123220000 62618000 60598000 42227000 22531000 19696000 40155000 21046000 19109000 40835000 19041000 21794000 647 1169;7725;13168;13356 True;True;True;True 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sp|P43897|EFTS_HUMAN Elongation factor Ts, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSFM PE=1 SV=2 1 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 29.5 29.5 29.5 35.39 325 325 0 104.24 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81971 0.88127 13.925 23 5 Leave out requantified 0.88819 0.7887 0.83323 1.1096 0.94492 0.84416 18.9 13.58 24.162 9 7 7 4 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.5 29.5 29.5 611120000 335900000 275230000 232660000 134110000 98549000 203930000 111890000 92040000 174530000 89894000 84639000 649 656;3770;4606;7311;7374;11630;13228 True;True;True;True;True;True;True 672;3865;4716;7477;7541;11921;13556 2016;2017;2018;11733;11734;11735;14326;14327;14328;14329;23015;23016;23017;23195;23196;23197;23198;36422;36423;36424;41482;41483;41484 2664;2665;2666;2667;15380;15381;15382;15383;15384;18715;18716;18717;18718;18719;18720;18721;29767;29768;29998;29999;30000;30001;30002;46947;46948;46949;46950;46951;53387;53388;53389 2666;15384;18718;29767;30002;46950;53389 P45877 P45877 1 1 1 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C PPIC sp|P45877|PPIC_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIC PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.1 6.1 6.1 22.763 212 212 0 11.312 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77966 0.85627 6.9882 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.1 6.1 6.1 56484000 32322000 24162000 16090000 10479000 5611300 21666000 11421000 10245000 18729000 10423000 8305900 650 11838 True 12134 37033;37034;37035 47711;47712;47713;47714 47712 P45974 P45974 8 8 8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5 USP5 sp|P45974|UBP5_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP5 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 5 5 7 5 5 7 5 5 12.2 12.2 12.2 95.785 858 858 0 15.647 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2054 1.4367 28.606 17 5 Leave out requantified 1.1195 1.0793 1.3771 1.3726 1.2158 1.4384 23.869 57.146 60.095 8 4 5 2 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.7 7.3 7.7 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kinase I isoform alpha CSNK1A1 sp|P48729|KC1A_HUMAN Casein kinase I isoform alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK1A1 PE=1 SV=2 2 7 7 7 6 7 6 6 7 6 6 7 6 25.5 25.5 25.5 38.914 337 337;337 0 15.496 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86677 0.95184 33.523 17 5 Leave out requantified 0.87951 0.78063 0.96244 1.0475 0.966 0.9879 29.755 31.791 40.901 5 7 5 2 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.3 25.5 19.3 457530000 272540000 184990000 139410000 91940000 47474000 173320000 101680000 71634000 144790000 78912000 65883000 680 118;272;1776;3778;7241;11744;13146 True;True;True;True;True;True;True 120;277;1820;3873;7406;12037;13472 361;797;798;799;5488;5489;5490;11755;11756;11757;22794;22795;22796;36757;36758;36759;41236;41237;41238 491;1062;1063;1064;7205;15419;15420;15421;29479;29480;29481;29482;29483;47352;47353;47354;53095;53096 491;1062;7205;15420;29481;47354;53096 P48730 P48730 5 5 2 Casein kinase I isoform delta CSNK1D sp|P48730|KC1D_HUMAN Casein kinase I isoform delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK1D PE=1 SV=2 1 5 5 2 2 4 4 2 4 4 1 2 1 13.7 13.7 5.5 47.33 415 415 0 12.517 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86828 0.91032 18.435 11 6 Leave out requantified 0.77279 0.66849 1.0145 0.92414 0.75538 1.0073 22.442 26.218 19.57 3 4 4 3 2 1 Median Median Leave out requantified 6 11.3 11.6 207250000 106330000 100920000 71591000 36290000 35301000 70851000 38515000 32336000 64809000 31529000 33280000 681 2350;3739;4393;4923;8579 True;True;True;True;True 2408;3830;4500;5037;8791 7289;7290;11606;11607;11608;11609;11610;13656;13657;13658;15367;27094 9533;9534;15206;15207;15208;15209;15210;15211;15212;17830;17831;17832;20087;34876 9533;15212;17831;20087;34876 P48735 P48735 8 8 8 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial IDH2 sp|P48735|IDHP_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH2 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 8 4 7 8 4 7 8 4 23 23 23 50.909 452 452 0 44.616 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85376 0.99461 15.426 25 11 Leave 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MS/MS 0.88333 1.0202 15.259 58 24 Leave out requantified 0.8478 0.78017 1.1118 1.0041 0.96606 1.0876 16.893 8.6278 17.62 16 22 20 5 11 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21 26.2 22.5 2515000000 1325300000 1189700000 697260000 388460000 308800000 943810000 520160000 423650000 873960000 416700000 457260000 703 532;1420;2298;3425;3426;3750;3835;4838;5795;6266;9468;9559;11734;11737;12033;12651;13177 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 545;1456;2355;2356;3506;3507;3842;3932;4952;5927;6409;9713;9805;12027;12030;12333;12967;13504 1641;1642;4417;4418;4419;7125;7126;7127;7128;7129;10640;10641;10642;10643;10644;11657;11658;11659;11926;11927;11928;15120;15121;15122;18156;18157;18158;18159;19669;19670;29912;29913;30183;30184;30185;36723;36733;36734;36735;36736;36737;36738;36739;36740;36741;36742;37639;37640;37641;39732;39733;39734;39735;39736;39737;41323;41324;41325;41326;41327;41328;41329 2166;2167;5821;5822;5823;5824;5825;5826;9342;9343;9344;9345;9346;13958;13959;13960;13961;13962;15276;15277;15633;15634;15635;15636;15637;15638;19751;19752;19753;19754;19755;19756;23557;23558;23559;23560;23561;23562;25440;25441;38451;38452;38453;38785;38786;38787;38788;38789;47312;47328;47329;47330;47331;47332;47333;47334;47335;47336;47337;48520;48521;48522;51190;51191;51192;51193;53200;53201;53202;53203;53204;53205 2167;5822;9346;13959;13962;15276;15637;19752;23562;25440;38452;38786;47312;47331;48522;51192;53203 234;235 674;755 P49748 P49748 2 2 2 Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial ACADVL sp|P49748|ACADV_HUMAN Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACADVL PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 4.1 4.1 4.1 70.389 655 655 0.0017212 2.578 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86058 0.9632 0.19247 5 0 Leave out requantified NaN 0.71181 0.97038 NaN 0.84863 0.98337 NaN 11.858 2.7373 1 2 2 0 0 0 Median Median Median 1.2 4.1 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P49770 3 3 3 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta EIF2B2 sp|P49770|EI2BB_HUMAN Translation initiation factor eIF-2B subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2B2 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 13.4 13.4 13.4 38.989 351 351 0 16.71 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88269 1.04 26.723 13 8 Median 0.91241 0.85205 1.0087 1.1429 0.97521 1.0296 30.456 28.985 24.181 4 5 4 2 4 2 Median Median Median 13.4 13.4 13.4 351920000 193260000 158660000 124180000 67747000 56433000 125170000 72064000 53108000 102570000 53453000 49116000 706 4235;7822;8583 True;True;True 4338;8002;8796 13158;13159;13160;13161;13162;13163;24607;24608;24609;27108;27109;27110;27111 17151;17152;17153;17154;17155;17156;17157;31812;31813;31814;34892;34893;34894;34895 17154;31814;34893 P49792;P0DJD0;P0DJD1;Q99666;O14715 P49792 8;3;3;3;3 8;3;3;3;3 5;0;0;0;0 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 RANBP2 sp|P49792|RBP2_HUMAN E3 SUMO-protein ligase RanBP2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RANBP2 PE=1 SV=2 5 8 8 5 4 5 3 4 5 3 3 4 0 4.5 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cyclo-ligase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTHFS PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5.9 5.9 5.9 23.255 203 203 0.0027824 2.3073 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6029 1.6709 9.9388 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 5.9 5.9 5.9 75263000 32811000 42452000 22160000 10247000 11913000 25458000 11246000 14212000 27645000 11318000 16327000 710 5778 True 5909 18096;18097;18098 23482;23483;23484 23483 P49915 P49915 11 11 11 GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] GMPS sp|P49915|GUAA_HUMAN GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GMPS PE=1 SV=1 1 11 11 11 9 9 9 9 9 9 9 9 9 20.3 20.3 20.3 76.715 693 693 0 32.857 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98127 1.1978 37.345 28 9 Leave out requantified 0.94881 0.94152 1.1559 1.1447 1.1128 1.1211 46.971 39.29 44.191 9 10 9 4 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.5 17.5 17.5 823200000 375570000 447640000 248690000 109260000 139430000 257520000 134300000 123220000 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By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 5.9 0 5.9 9765600 7181400 2584200 9765600 7181400 2584200 0 0 0 0 0 0 735 5362 True 5484 16657;16658 21759;21760 21759 P51570 P51570 7 7 7 Galactokinase GALK1 sp|P51570|GALK1_HUMAN Galactokinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GALK1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 5 6 6 5 6 6 5 6 6 23.2 23.2 23.2 42.272 392 392 0 25.945 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94235 0.9983 19.856 17 3 Leave out requantified 0.84475 0.91103 0.95539 0.98636 1.0495 0.95061 25.092 16.581 15.443 5 6 6 1 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15.6 20.9 20.9 367400000 183730000 183670000 95638000 52439000 43198000 144220000 71055000 73165000 127540000 60237000 67308000 736 2683;3606;4727;6513;6971;9679;10546 True;True;True;True;True;True;True 2748;3696;4840;6663;7131;9930;10812 8365;8366;8367;11232;11233;11234;14719;20498;20499;22016;22017;30534;30535;30536;33057;33058;33059 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10.5 10.5 10.5 144110000 74242000 69869000 53955000 29884000 24072000 46601000 25228000 21373000 43555000 19131000 24424000 739 2296;11279 True;True 2353;11561 7120;7121;7122;7123;35297;35298;35299;35300;35301;35302 9337;9338;9339;9340;45420;45421;45422;45423;45424;45425;45426 9338;45420 P51692;P42229 P51692;P42229 6;4 6;4 6;4 Signal transducer and activator of transcription 5B;Signal transducer and activator of transcription 5A STAT5B;STAT5A sp|P51692|STA5B_HUMAN Signal transducer and activator of transcription 5B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STAT5B PE=1 SV=2;sp|P42229|STA5A_HUMAN Signal transducer and activator of transcription 5A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STAT5A PE=1 SV=1 2 6 6 6 5 4 3 5 4 3 5 4 3 8.9 8.9 8.9 89.865 787 787;794 0 10.381 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0212 1.2354 22.293 11 4 Leave out requantified 1.0732 0.99824 0.89729 1.3115 1.2407 0.89456 22.441 33.776 22.996 4 4 3 1 2 1 Leave out requantified Median Median 7.8 5.6 4.4 142120000 69305000 72818000 60412000 29495000 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By MS/MS By MS/MS 0.83621 0.91562 11.272 11 0 Leave out requantified 0.62448 0.93321 0.86341 0.80301 1.1696 0.89493 6.8133 9.7504 5.7812 4 4 3 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 20 20 23.8 383370000 207770000 175600000 104690000 66812000 37877000 141160000 70909000 70253000 137520000 70053000 67468000 742 399;5040;6755;10128 True;True;True;True 406;5158;6911;10385 1190;15690;15691;15692;15693;15694;15695;21309;21310;31800;31801;31802 1592;20481;20482;20483;20484;20485;20486;20487;20488;27562;40813;40814;40815;40816 1592;20488;27562;40815 P51991 P51991 1 1 1 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 HNRNPA3 sp|P51991|ROA3_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPA3 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 4 4 4 39.594 378 378 0.0011561 2.64 By matching By MS/MS 0.95498 1.0571 13.329 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 0 Median Median Median 0 4 4 67318000 38823000 28496000 0 0 0 28043000 15671000 12373000 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nuclear ribonucleoprotein M OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPM PE=1 SV=3 1 12 12 12 11 10 8 11 10 8 11 10 8 22.1 22.1 22.1 77.515 730 730 0 85.087 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96526 1.0882 18.261 29 7 Leave out requantified 0.98171 0.94328 1.2531 1.1573 1.1082 1.2657 20.206 18.3 15.719 11 10 8 0 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.7 17.8 14.2 1459400000 704510000 754910000 508720000 252000000 256730000 483300000 236580000 246720000 467400000 215930000 251470000 745 204;351;1846;3798;4417;4977;6157;8468;8470;8616;9404;12293 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 207;357;1891;3893;4524;5094;6299;8670;8672;8832;9647;12597 616;617;1044;1045;1046;5725;5726;11813;11814;11815;13734;13735;13736;15518;15519;15520;15521;19327;19328;26703;26704;26708;26709;27210;27211;27212;29690;29691;29692;38536;38537 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4;3;3 4;3;3 Importin subunit alpha-5;Importin subunit alpha-5, N-terminally processed;Importin subunit alpha-7;Importin subunit alpha-6 KPNA1;KPNA6;KPNA5 sp|P52294|IMA5_HUMAN Importin subunit alpha-5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA1 PE=1 SV=3;sp|O60684|IMA7_HUMAN Importin subunit alpha-7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA6 PE=1 SV=1;sp|O15131|IMA6_HUMAN Importin subunit alpha-6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA5 3 4 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 10.8 10.8 10.8 60.221 538 538;536;536 0 10.622 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92823 1.0918 7.4866 11 2 Leave out requantified 0.89358 0.8216 1.0299 1.0803 0.9657 1.0278 31.037 19.54 35.219 5 2 4 2 0 0 Median Median Leave out requantified 10.8 5.4 8.7 158370000 81645000 76728000 66751000 39091000 27660000 35741000 19642000 16098000 55881000 22912000 32970000 747 3318;5747;6418;8242 True;True;True;True 3398;5876;6567;8432 10305;10306;10307;10308;18016;18017;18018;20190;20191;20192;20193;25967 13530;13531;23395;26120;26121;26122;26123;26124;33460 13531;23395;26123;33460 P52434 P52434 2 2 2 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 POLR2H sp|P52434|RPAB3_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2H PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 19.3 19.3 19.3 17.143 150 150 0.0011834 2.9124 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74635 0.84265 12.245 4 1 Median NaN 0.74181 NaN NaN 0.83743 NaN NaN 2.7168 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 10.7 19.3 10.7 69896000 41000000 28897000 18067000 10988000 7078900 33907000 21334000 12573000 17923000 8678200 9244300 748 5751;7988 True;True 5880;8172 18025;25134;25135;25136 23404;32464;32465;32466;32467 23404;32465 P52564 P52564 5 3 3 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 MAP2K6 sp|P52564|MP2K6_HUMAN Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP2K6 PE=1 SV=1 1 5 3 3 3 4 1 2 3 1 2 3 1 18 13.2 13.2 37.492 334 334 0 8.0239 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68665 0.86298 34.431 5 5 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 999;1293;2461;4437;4991;7505;8733;9041;9374;11189 2996;2997;2998;3894;3895;7478;7479;13464;13465;13466;15234;15235;23108;23109;23110;26911;26912;26913;26914;27860;27861;27862;28903;34188;34189 3947;3948;3949;5176;5177;9770;9771;17556;17557;17558;19906;19907;29892;29893;29894;29895;29896;34656;34657;34658;34659;34660;35830;35831;35832;35833;37197;43956;43957 3947;5176;9771;17556;19906;29893;34658;35833;37197;43957 P52895 P52895 12 12 4 Aldo-keto reductase family 1 member C2 AKR1C2 sp|P52895|AK1C2_HUMAN Aldo-keto reductase family 1 member C2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR1C2 PE=1 SV=3 1 12 12 4 10 11 12 10 11 12 3 3 4 45.8 45.8 17.3 36.735 323 323 0 205.98 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80698 0.93048 14.62 62 26 Leave out requantified 0.77951 0.79102 0.99663 0.93048 0.92692 0.98891 28.006 11.632 15.853 19 21 22 10 7 9 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 42.4 42.7 45.8 12280000000 6894900000 5385000000 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1958;1959;1960;1961;10723;10724;10725;10726;10727;10728;11107;11108;11109;11110;11111;11112;11113;11114;11115;11116;21556;21557;21558;21559;21560;21561;21562;24653;24654;24655;24656;24657;24658;24659;24660;24661;24662;24663;31009;31010;31011;31012;31013;31014;31015;31016;31017;31018;31019;31020;31021;31022;31023;31024;31834;31835;31836;31837;31838;31839;31840;31841;31842;31843;31844;31845;31846;31847;31848;31849;31850;31851;31852;31853;31854;31855;31856;31857;31858;31859;31860;31861;31862;33825;33826;39181;39182;39183;39184;39185;39186;39187;40095;40096;42024;47005;47006;47007;47008;47009;47010;47011 1958;10723;11113;21557;24655;31017;31861;33826;39184;40096;42024;47010 239;240;241 16;175;293 P52907 P52907 3 3 3 F-actin-capping protein subunit alpha-1 CAPZA1 sp|P52907|CAZA1_HUMAN F-actin-capping protein subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAPZA1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 17.1 17.1 17.1 32.922 286 286 0 13.84 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98651 1.0858 36.642 9 3 Leave 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14 USP14 sp|P54578|UBP14_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP14 PE=1 SV=3 1 4 4 4 3 3 2 3 3 2 3 3 2 8.3 8.3 8.3 56.068 494 494 0 8.0277 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86238 1.0381 7.5034 8 1 Leave out requantified 0.82284 0.89696 1.5491 1.0332 1.0857 1.5808 3.0098 17.272 27.646 3 3 2 0 1 0 Leave out requantified Plateau Median 6.1 6.9 4.7 145140000 67104000 78039000 59086000 30390000 28696000 45786000 21609000 24177000 40272000 15106000 25166000 775 1412;3735;7968;13339 True;True;True;True 1448;3826;8151;13669 4388;11594;11595;11596;25069;41821;41822;41823 5778;15196;15197;32380;53820;53821;53822 5778;15197;32380;53820 P54727;P54725 P54727;P54725 3;2 3;2 3;2 UV excision repair protein RAD23 homolog B;UV excision repair protein RAD23 homolog A RAD23B;RAD23A sp|P54727|RD23B_HUMAN UV excision repair protein RAD23 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAD23B PE=1 SV=1;sp|P54725|RD23A_HUMAN UV excision repair protein RAD23 homolog A OS=Homo sapiens 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132;133;134;135;136;137;138;3118;3119;7761;7762;7763;7764;7765;24167;24168;24169;24170;24171;24172;31531;31532;31533;31534;31535;31604;31605;31606;36106;36107;36108;36109;36110;38923;38924;38925;40665;40666;40667;40668;40669;40670;45723;46342;46343;46344 135;3119;7763;24172;31531;31604;36110;38925;40670;45723;46342 P55072 P55072 8 8 8 Transitional endoplasmic reticulum ATPase VCP sp|P55072|TERA_HUMAN Transitional endoplasmic reticulum ATPase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VCP PE=1 SV=4 1 8 8 8 6 6 4 6 6 4 6 6 4 12.9 12.9 12.9 89.321 806 806 0 24.995 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79467 0.96244 1.5387 15 9 Leave out requantified 0.56976 1.0181 1.2079 0.68606 1.1476 1.23 33.484 24.979 9.854 6 6 3 4 4 1 Median Median Median 7.6 10.2 4.1 353960000 173280000 180670000 132400000 76217000 56180000 162070000 69710000 92362000 59488000 27358000 32130000 784 2324;3196;3416;4480;6852;7062;7150;8419 True;True;True;True;True;True;True;True 2382;3271;3497;4588;7010;7224;7313;8615 7219;7220;9930;9931;10616;13925;13926;13927;21615;22304;22541;22542;22543;26510;26511;26512 9443;9444;13029;13030;13031;13925;18182;27923;28864;29161;29162;29163;29164;29165;29166;34133;34134;34135 9443;13031;13925;18182;27923;28864;29165;34133 P55084 P55084 2 2 2 Trifunctional enzyme subunit beta, mitochondrial;3-ketoacyl-CoA thiolase HADHB sp|P55084|ECHB_HUMAN Trifunctional enzyme subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADHB PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 5.1 5.1 5.1 51.294 474 474 0 6.0761 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85381 0.99024 25.878 4 2 Median NaN NaN 0.87291 NaN NaN 0.86526 NaN NaN 32.448 1 1 2 0 1 1 Median Median Median 5.1 2.7 5.1 67966000 34077000 33888000 16610000 9568500 7042000 17332000 9473800 7858400 34023000 15035000 18988000 785 2152;2469 True;True 2205;2531 6687;6688;6689;7685;7686 8768;8769;8770;10049;10050 8768;10050 P55145 P55145 3 3 3 Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor MANF sp|P55145|MANF_HUMAN Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MANF PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 3 1 1 3 1 1 3 1 14.8 14.8 14.8 20.7 182 182 0 7.043 By matching By MS/MS By MS/MS 1.8357 1.9658 76.627 5 3 Median NaN 1.8357 NaN NaN 2.2417 NaN NaN 106.35 NaN 1 3 1 0 2 1 Median Median Median 5.5 14.8 5.5 101890000 51066000 50828000 15677000 9319800 6356700 64877000 31956000 32921000 21341000 9790500 11551000 786 2179;2397;9445 True;True;True 2232;2456;9690 6766;7464;29826;29827;29828 8892;9750;38342;38343 8892;9750;38343 P55209 P55209 5 5 4 Nucleosome assembly protein 1-like 1 NAP1L1 sp|P55209|NP1L1_HUMAN Nucleosome assembly protein 1-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAP1L1 PE=1 SV=1 1 5 5 4 5 5 5 5 5 5 4 4 4 14.6 14.6 12 45.374 391 391 0 84.923 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93664 1.1185 3.6282 26 9 Leave out requantified 0.85565 1.036 1.0176 1.0249 1.1903 1.0114 6.5595 16.514 47.706 9 10 7 3 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.6 14.6 14.6 1934100000 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Tumor protein D52 TPD52 sp|P55327|TPD52_HUMAN Tumor protein D52 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPD52 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 5.4 5.4 5.4 24.327 224 224 0.0022359 2.3285 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 5.4 5501400 1342300 4159100 0 0 0 0 0 0 5501400 1342300 4159100 790 5324 True 5446 16530;16531 21584;21585 21584 P55769 P55769 3 3 3 NHP2-like protein 1;NHP2-like protein 1, N-terminally processed NHP2L1 sp|P55769|NH2L1_HUMAN NHP2-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNU13 PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 27.3 27.3 27.3 14.173 128 128 0 19.687 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72294 0.79331 28.187 7 2 Leave out requantified NaN 0.57752 0.79167 NaN 0.68506 0.7791 NaN 20.747 40.97 1 2 4 1 0 1 Median Median Median 9.4 18.8 27.3 157950000 86264000 71683000 23071000 15269000 7801800 50262000 24432000 25831000 84614000 46564000 38051000 791 1228;7586;9707 True;True;True 1258;7756;9958 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11687;11688;11689;22620;22621;22622;22623;22624;22625;22626;43923;43924;43925;43926;43927;43928;43929;43930;43931;43932;43933;43934;49880;49881;49882;49883;49884;49885;52004;52005;52006 11688;22624;43934;49881;52006 P55809 P55809 6 6 6 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial OXCT1 sp|P55809|SCOT1_HUMAN Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OXCT1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 4 4 4 4 4 4 4 4 13.8 13.8 13.8 56.157 520 520 0 17.63 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82093 1.0093 16.168 12 5 Leave out requantified 0.81658 0.85391 1.2283 1.0258 1.0423 1.2642 47.954 4.4889 23.385 4 4 4 2 1 2 Median Leave out requantified Linear 9 8.7 9.6 266950000 128660000 138280000 101530000 49600000 51933000 85205000 38880000 46325000 80212000 40185000 40027000 793 1702;4323;4963;8618;9429;10907 True;True;True;True;True;True 1745;4430;5077;8834;9673;11180 5251;13447;13448;13449;15483;15484;27219;29772;29773;29774;34159;34160 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916;2230;2239;2240;3813;4267;4708;4860;5337;6505;8807;9115;11527;12029;13001;13200;13870 2775;6760;6761;6762;6777;6778;6779;6780;6781;11555;11556;11557;12937;12938;12939;12940;12941;12942;12943;12944;14301;14302;14303;14801;16200;16201;16202;19999;20000;20001;20002;20003;27139;27140;28089;28090;28091;28092;35196;35197;35198;36730;36731;36732;39836;39837;39838;40405;40406;40407;42393;42394;42395 3650;8876;8877;8878;8879;8880;8881;8882;8883;8904;8905;8906;8907;8908;15144;15145;15146;15147;15148;16855;16856;16857;16858;16859;16860;16861;16862;16863;18687;18688;19344;21155;21156;21157;21158;25884;25885;25886;25887;25888;25889;25890;34928;34929;36119;36120;36121;36122;36123;36124;36125;45290;45291;45292;45293;47322;47323;47324;47325;47326;47327;51333;51334;51335;52050;52051;54542;54543;54544;54545;54546;54547 3650;8878;8904;8908;15146;16856;18688;19344;21155;25887;34929;36121;45291;47322;51333;52050;54545 P56182 P56182 3 3 3 Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A RRP1 sp|P56182|RRP1_HUMAN Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRP1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 9.3 9.3 9.3 52.839 461 461 0 5.2759 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65933 0.71523 27.33 6 3 Median 0.63596 0.5512 0.67371 0.77003 0.67392 0.71523 35.801 45.19 15.244 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 5.4 5.4 9.3 54846000 35614000 19232000 17340000 12135000 5204700 19196000 12374000 6821900 18310000 11105000 7205400 795 67;6681;12274 True;True;True 68;6834;12578 203;204;205;21059;38486;38487;38488;38489 288;289;290;291;292;293;27225;49616;49617;49618;49619 290;27225;49617 P56192 P56192 22 22 22 Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic MARS sp|P56192|SYMC_HUMAN Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MARS PE=1 SV=2 1 22 22 22 17 19 17 17 19 17 17 19 17 32 32 32 101.11 900 900 0 247.58 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86964 1.0477 16.702 83 22 Leave out requantified 0.80577 0.85296 1.0923 0.97835 1.0113 1.0952 15.475 11.427 20.476 27 31 25 7 9 6 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Rab-10 RAB10 sp|P61026|RAB10_HUMAN Ras-related protein Rab-10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAB10 PE=1 SV=1 2 3 2 2 3 3 2 2 2 1 2 2 1 17 11.5 11.5 22.541 200 200;212 0 9.9554 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0186 1.1477 9.9561 5 0 Leave out requantified 0.93959 0.9314 NaN 1.0752 1.0392 NaN 19.193 22.566 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 17 17 11 104610000 52155000 52452000 36411000 18288000 18124000 41748000 23556000 18192000 26447000 10311000 16135000 819 364;7687;8791 True;False;True 370;7859;9015 1081;1082;1083;24177;24178;24179;24180;24181;24182;27763;27764 1447;1448;1449;1450;31258;31259;31260;31261;31262;31263;31264;35698;35699;35700;35701 1447;31258;35701 P61081 P61081 3 3 3 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 UBE2M sp|P61081|UBC12_HUMAN NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2M PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 1 3 2 1 3 2 1 20.2 20.2 20.2 20.9 183 183 0 26.983 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8918 1.0751 47.791 6 2 Leave out requantified 1.1953 0.97811 NaN 1.3462 1.1186 NaN 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223;224;225;226;227;5560;6304;6305;6306;6307;6489;6490;6491;6492;27115;27116;27117;27118;27119;33806;33807;33808;33903;39710;39711;39712;41419;41420 317;318;319;320;321;7288;8219;8220;8221;8222;8499;8500;8501;8502;34902;34903;34904;34905;34906;43483;43484;43485;43596;51165;53309;53310 319;7288;8222;8500;8502;34903;34906;43485;43596;51165;53309 P61923 P61923 3 3 3 Coatomer subunit zeta-1 COPZ1 sp|P61923|COPZ1_HUMAN Coatomer subunit zeta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPZ1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 22.6 22.6 22.6 20.198 177 177 0 17.547 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.3234 1.476 19.001 8 5 Median 1.3234 NaN 1.9487 1.6107 NaN 1.9589 11.138 NaN 31.19 4 1 3 3 0 2 Median Median Plateau 16.9 16.9 22.6 272480000 120710000 151770000 140170000 61784000 78389000 32449000 16940000 15510000 99857000 41983000 57874000 839 523;4511;13539 True;True;True 535;4619;13874 1602;1603;1604;14016;14017;14018;14019;14020;42401 2117;2118;2119;18311;18312;18313;18314;18315;18316;18317;54553 2119;18315;54553 P61956;Q6EEV6;P55854 P61956;Q6EEV6;P55854 2;1;1 2;1;1 2;1;1 Small ubiquitin-related modifier 2;Small ubiquitin-related modifier 4;Small ubiquitin-related modifier 3 SUMO2;SUMO4;SUMO3 sp|P61956|SUMO2_HUMAN Small ubiquitin-related modifier 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUMO2 PE=1 SV=3;sp|Q6EEV6|SUMO4_HUMAN Small ubiquitin-related modifier 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUMO4 PE=1 SV=2;sp|P55854|SUMO3_HUMAN Small ubiquitin-related modifier 3 3 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 23.2 23.2 23.2 10.871 95 95;95;103 0 5.3652 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68798 0.85346 3.782 4 0 Leave out requantified NaN 0.6786 NaN NaN 0.83879 NaN NaN 6.2332 NaN 1 2 1 0 0 0 Median Median Median 12.6 23.2 12.6 131540000 72850000 58693000 37177000 20855000 16322000 41514000 25248000 16266000 52852000 26747000 26105000 840 11243;11979 True;True 11524;12277 35190;37468;37469;37470 45284;45285;48285;48286;48287 45285;48287 P61964 P61964 6 6 6 WD repeat-containing protein 5 WDR5 sp|P61964|WDR5_HUMAN WD repeat-containing protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR5 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 2 5 4 2 5 4 2 5 31.4 31.4 31.4 36.588 334 334 0 25.526 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98172 1.0218 4.7452 9 3 Leave out requantified 0.73234 0.91878 0.98263 0.87825 1.1012 0.99322 50.268 10.576 9.1533 4 2 3 2 1 0 Median Median Leave out requantified 23.7 12.3 24.3 243780000 131680000 112100000 93336000 54814000 38523000 55805000 27548000 28257000 94641000 49322000 45319000 841 934;1701;6434;7991;11522;13288 True;True;True;True;True;True 956;1744;6583;8175;11807;13617 2889;5250;20237;25143;25144;25145;36053;36054;41658;41659;41660 3816;6922;26179;32474;32475;32476;32477;46451;46452;46453;53610;53611;53612 3816;6922;26179;32475;46452;53611 P61978 P61978 12 12 12 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K HNRNPK sp|P61978|HNRPK_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPK PE=1 SV=1 1 12 12 12 11 11 10 11 11 10 11 11 10 31.5 31.5 31.5 50.976 463 463 0 183.2 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0914 1.2367 13.576 48 9 Leave out requantified 1.0479 0.9632 1.305 1.2423 1.123 1.3073 11.301 15.156 15.552 17 16 15 3 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.8 28.7 27.2 4564600000 2096900000 2467700000 1772800000 833600000 939170000 1259400000 621060000 638360000 1532400000 642250000 890190000 842 1881;5112;5171;5679;5945;7263;7666;8647;8923;9983;11201;12960 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1926;5230;5291;5807;6080;7428;7838;8867;9150;10238;11480;13280 5837;5838;5839;15893;15894;15895;16067;16068;16069;16070;16071;16072;17812;17813;17814;18641;18642;18643;18644;18645;18646;18647;22862;22863;24109;24110;24111;27329;28220;28221;28222;28223;28224;28225;28226;28227;31399;31400;35051;35052;35053;35054;35055;35056;40638;40639;40640;40641;40642;40643 7621;7622;7623;7624;7625;7626;7627;7628;20736;20737;20738;20739;20740;20741;20962;20963;20964;20965;20966;20967;20968;20969;20970;20971;20972;23136;23137;23138;23139;23140;23141;24180;24181;24182;24183;24184;24185;24186;24187;24188;24189;29567;29568;29569;29570;31167;31168;31169;35167;36274;36275;36276;36277;36278;36279;36280;36281;36282;36283;36284;36285;36286;36287;36288;36289;36290;36291;36292;36293;36294;40328;40329;40330;45081;45082;45083;45084;45085;45086;45087;52343;52344;52345;52346;52347;52348;52349;52350 7627;20737;20964;23139;24180;29568;31169;35167;36284;40329;45082;52349 267 27 P61981 P61981 6 4 4 14-3-3 protein gamma;14-3-3 protein gamma, N-terminally processed YWHAG sp|P61981|1433G_HUMAN 14-3-3 protein gamma OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YWHAG PE=1 SV=2 1 6 4 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 28.7 21.5 21.5 28.302 247 247 0 66.629 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73376 0.86772 7.3479 6 1 Leave out requantified NaN 0.72513 1.1962 NaN 0.86998 1.2155 NaN 7.7686 26.005 1 3 2 0 0 1 Median Median 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cis-trans isomerase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIA PE=1 SV=2 8 10 10 10 9 8 10 9 8 10 9 8 10 53.3 53.3 53.3 18.012 165 165;164;164;164;164;164;164;164 0 70.866 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97776 1.1309 9.3305 57 13 Leave out requantified 0.80991 0.90709 1.1493 0.97337 1.0907 1.1544 16.912 8.6468 19.602 18 19 20 4 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 49.1 49.1 53.3 9060000000 4581300000 4478700000 2624300000 1423600000 1200700000 3007000000 1579500000 1427500000 3428700000 1578200000 1850500000 888 2857;3773;5960;6346;6630;10476;11268;12689;12804;12805 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2924;2925;3868;6095;6096;6491;6782;10741;11550;13007;13122;13123 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protein 3;Vesicle-associated membrane protein 2 VAMP3;VAMP2 sp|Q15836|VAMP3_HUMAN Vesicle-associated membrane protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VAMP3 PE=1 SV=3;sp|P63027|VAMP2_HUMAN Vesicle-associated membrane protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VAMP2 PE=1 SV=3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 17 17 17 11.309 100 100;116 0 3.9875 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8424 1.0292 3.5914 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 17 17 17 105700000 56654000 49043000 33699000 18107000 15593000 36231000 20237000 15994000 35768000 18311000 17457000 892 175 True 178 529;530;531 707;708;709;710 709 P63104 P63104 11 11 9 14-3-3 protein zeta/delta YWHAZ sp|P63104|1433Z_HUMAN 14-3-3 protein zeta/delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YWHAZ PE=1 SV=1 1 11 11 9 10 10 8 10 10 8 8 8 6 44.9 44.9 37.6 27.745 245 245 0 237.27 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92533 1.0282 23.331 38 22 Leave out requantified 0.55639 0.8882 1.0763 0.67836 1.0158 1.0856 19.728 19.341 22.082 13 14 11 9 7 6 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light chain 1, cytoplasmic;Dynein light chain 2, cytoplasmic DYNLL1;DYNLL2 sp|P63167|DYL1_HUMAN Dynein light chain 1, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNLL1 PE=1 SV=1;sp|Q96FJ2|DYL2_HUMAN Dynein light chain 2, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNLL2 PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 37.1 37.1 37.1 10.366 89 89;89 0 54.567 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82333 0.96461 86.042 5 5 Median NaN 0.95486 1.0559 NaN 1.1197 1.0802 NaN 21.09 132.17 1 2 2 1 2 2 Median Median Median 37.1 24.7 37.1 254440000 129730000 124710000 30130000 24548000 5582000 160650000 73885000 86764000 63664000 31299000 32365000 894 8635;8753 True;True 8854;8855;8976 27277;27278;27279;27280;27281;27636;27637;27638 35102;35103;35104;35105;35106;35557;35558;35559 35105;35558 289 13 P63173 P63173 5 5 5 60S ribosomal protein L38 RPL38 sp|P63173|RL38_HUMAN 60S ribosomal protein L38 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL38 PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 5 3 3 5 3 3 5 3 50 50 50 8.2178 70 70 0 10.86 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69157 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OX=9606 GN=EIF5A2 PE=1 SV=3;sp|Q6IS14|IF5AL_HUMAN Eukaryotic 3 10 10 10 10 9 7 10 9 7 10 9 7 55.8 55.8 55.8 16.832 154 154;153;154 0 134.18 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86112 1 20.528 50 11 Leave out requantified 0.75488 0.87798 1.2736 0.9606 1.0372 1.2629 21.79 21.355 28.087 18 19 13 4 6 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 55.8 51.3 46.1 5439700000 2880700000 2559000000 1738000000 1023000000 714970000 1965500000 1036300000 929190000 1736300000 821440000 914870000 898 2641;2642;6395;6820;7898;8696;8779;9977;12343;13185 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2705;2706;6541;6976;6977;8080;8917;9002;10232;12647;13512;13513 8224;8225;8226;8227;8228;8229;8230;8231;8232;8233;8234;8235;8236;20104;20105;20106;21501;21502;21503;21504;21505;21506;21507;21508;21509;21510;21511;21512;21513;24868;24869;27460;27461;27462;27463;27464;27465;27731;31387;31388;31389;38699;38700;38701;38702;38703;38704;41350;41351;41352;41353;41354;41355 10776;10777;10778;10779;10780;10781;10782;10783;10784;10785;10786;10787;10788;10789;10790;10791;26017;26018;26019;26020;26021;27785;27786;27787;27788;27789;27790;27791;27792;27793;27794;27795;27796;27797;27798;27799;27800;32131;32132;32133;32134;35353;35354;35355;35356;35357;35358;35359;35360;35361;35362;35666;40311;40312;40313;49896;49897;49898;49899;49900;49901;49902;49903;49904;53230;53231;53232;53233;53234;53235;53236;53237;53238;53239;53240 10777;10790;26018;27786;32131;35362;35666;40312;49896;53234 290 79 P63244 P63244 16 16 16 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1;Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1, N-terminally processed GNB2L1 sp|P63244|RACK1_HUMAN Receptor of activated protein C kinase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RACK1 PE=1 SV=3 1 16 16 16 12 13 13 12 13 13 12 13 13 53.6 53.6 53.6 35.076 317 317 0 71.423 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80307 0.9354 51.412 40 9 Leave out requantified 0.75039 0.80404 0.96507 0.91784 0.9458 0.9775 10.64 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9;2 9;2 6;0 Nuclease-sensitive element-binding protein 1 YBX1 sp|P67809|YBOX1_HUMAN Nuclease-sensitive element-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YBX1 PE=1 SV=3 2 9 9 6 8 9 7 8 9 7 6 6 4 46.3 46.3 37.3 35.924 324 324;364 0 218.3 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89206 0.99524 10.388 39 7 Leave out requantified 0.83778 0.91212 0.98543 1.0452 1.0651 0.97279 16.772 5.0857 10.404 13 13 13 2 2 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 46 46.3 39.2 2195300000 1092500000 1102800000 596840000 313540000 283300000 764590000 372600000 391990000 833900000 406390000 427510000 902 34;2622;2658;2659;4341;9209;9210;9999;10981 True;True;True;True;True;True;True;True;True 35;2686;2723;2724;4448;9448;9449;10254;10255;11255 105;106;107;108;109;110;8168;8169;8170;8300;8301;8302;8303;8304;8305;8306;8307;13497;13498;13499;13500;13501;13502;13503;29141;29142;29143;29144;29145;31431;31432;31433;31434;34366;34367;34368;34369;34370;34371;34372 150;151;152;153;154;155;156;157;158;159;160;10708;10709;10710;10711;10889;10890;10891;10892;10893;10894;10895;10896;10897;10898;10899;10900;17605;17606;17607;17608;17609;17610;17611;17612;17613;17614;17615;17616;17617;37496;37497;40370;40371;40372;40373;44185;44186;44187;44188;44189;44190;44191;44192;44193;44194;44195;44196 160;10709;10894;10899;17615;37496;37497;40373;44194 291 218 P67870 P67870 3 3 3 Casein kinase II subunit beta CSNK2B sp|P67870|CSK2B_HUMAN Casein kinase II subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK2B PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 15.3 15.3 15.3 24.942 215 215 0 9.4078 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76074 0.8077 64.222 7 1 Leave out requantified 0.52663 0.5071 1.1734 0.62074 0.59778 1.177 45.924 22.637 54.494 2 2 3 0 0 1 Median Median Plateau 8.8 8.8 15.3 240280000 142400000 97877000 58632000 37912000 20720000 70461000 47832000 22629000 111180000 56656000 54528000 903 4071;4749;13441 True;True;True 4172;4862;13776 12669;14805;14806;14807;42117;42118;42119 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Histone H3.2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIST2H3A PE=1 SV=3;sp|Q16695|H31T_HUMAN Histone H3.1t OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIST3H3 PE=1 SV=3;sp|P68431|H31_HUMAN Histone H3.1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIST1H3A PE=1 SV=2;sp|P84243|H33_HUMA 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 5 26.5 26.5 26.5 15.388 136 136;136;136;136;135 0 11.273 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81266 0.89681 77.171 16 2 Leave out requantified 0.73229 0.66598 0.92035 0.89786 0.77763 0.95697 13.133 79.184 16.013 5 5 6 1 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.9 19.9 26.5 2432600000 1416000000 1016600000 883880000 528070000 355810000 1012200000 592980000 419230000 536500000 294960000 241540000 913 2924;2925;10089;10902;13450 True;True;True;True;True 2992;2993;10346;11175;13785 9063;9064;9065;9066;9067;9068;31689;34134;34135;34136;42141;42142;42143;42144;42145;42146 11855;11856;11857;11858;11859;11860;11861;11862;40672;43884;43885;43886;43887;43888;43889;54234;54235;54236;54237;54238;54239;54240;54241;54242;54243 11855;11862;40672;43888;54242 P68871;P02042 P68871 3;1 3;1 3;1 Hemoglobin subunit beta;LVV-hemorphin-7;Spinorphin HBB sp|P68871|HBB_HUMAN Hemoglobin subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HBB PE=1 SV=2 2 3 3 3 3 0 0 3 0 0 3 0 0 32.7 32.7 32.7 15.998 147 147;147 0 18.463 By MS/MS 11.589 14.295 80.631 3 3 Median 11.589 NaN NaN 14.295 NaN NaN 80.631 NaN NaN 3 0 0 3 0 0 Median Median Median 32.7 0 0 163220000 14497000 148720000 163220000 14497000 148720000 0 0 0 0 0 0 914 3805;12515;12698 True;True;True 3900;12825;13016 11828;11829;39278;39888 15506;15507;50629;51400 15507;50629;51400 305 56 P69905;CON__P01966 P69905;CON__P01966 3;2 3;2 3;2 Hemoglobin subunit alpha HBA1 sp|P69905|HBA_HUMAN Hemoglobin subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HBA1 PE=1 SV=2; 2 3 3 3 3 0 0 3 0 0 3 0 0 28.2 28.2 28.2 15.257 142 142;142 0 11.331 By MS/MS 7.8074 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4104;4105;4106;8461;8462;8463;13437;13438;13439;13440;13441;16266;16267;16268;16269;16270;16271;21359;27947;27948;27949;27950;28860;28861;29307;29308;29309;29310;29311;32351;32352;32353;34586;34587;34588;37190;40854;40855;40856;44673;44674;46956;46957;46958;46959 4105;8461;13440;16266;21359;27949;28860;29310;32351;34588;37190;40854;44673;46957 P78345 P78345 1 1 1 Ribonuclease P protein subunit p38 RPP38 sp|P78345|RPP38_HUMAN Ribonuclease P protein subunit p38 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPP38 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.4 6.4 6.4 31.834 283 283 0.0027701 2.2672 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 6.4 6.4 6.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 918 5732 True 5861 17964;17965;17966 23332;23333;23334 23332 P78346 P78346 4 4 4 Ribonuclease P protein subunit p30 RPP30 sp|P78346|RPP30_HUMAN Ribonuclease P protein subunit p30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPP30 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 2 2 3 2 2 3 2 22.4 22.4 22.4 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28 28 25 ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type PFKP sp|Q01813|PFKAP_HUMAN ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PFKP PE=1 SV=2 1 28 28 25 23 27 25 23 27 25 20 24 23 46.9 46.9 42.2 85.595 784 784 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82732 0.94846 82.433 122 44 Leave out requantified 0.76156 0.77196 0.97309 0.95304 0.9339 0.98123 91.853 15.476 21.702 35 42 45 11 14 19 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 35.5 42.9 44.3 14362000000 7617900000 6744200000 3839200000 2112800000 1726400000 5359400000 2901300000 2458100000 5163500000 2603700000 2559800000 956 24;513;801;2026;2963;3232;3642;3973;4226;4715;4819;5930;6556;6567;7852;7918;8503;8732;8786;9150;9151;9158;10263;11313;11619;12873;13156;13333 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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PLOD1 sp|Q02809|PLOD1_HUMAN Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PLOD1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 4.1 4.1 4.1 83.549 727 727 0 5.6088 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.55996 0.70445 28.086 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 1 Median Median Median 2.5 2.5 4.1 64869000 40841000 24028000 18476000 12373000 6102900 26401000 15967000 10435000 19991000 12501000 7490000 966 941;4001 True;True 963;4100 2903;2904;2905;12441 3829;3830;3831;3832;3833;16261 3833;16261 Q02878 Q02878 15 15 15 60S ribosomal protein L6 RPL6 sp|Q02878|RL6_HUMAN 60S ribosomal protein L6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL6 PE=1 SV=3 1 15 15 15 15 15 11 15 15 11 15 15 11 40.6 40.6 40.6 32.728 288 288 0 121.07 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81843 0.96047 14.504 61 15 Leave out requantified 0.7264 0.83418 0.91417 0.96349 1.0018 0.92802 16.082 15.46 24.49 20 23 18 5 6 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 40.6 40.6 34.7 12458000000 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CCAAT/enhancer-binding protein zeta CEBPZ sp|Q03701|CEBPZ_HUMAN CCAAT/enhancer-binding protein zeta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CEBPZ PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 3.3 3.3 3.3 120.97 1054 1054 0 5.7004 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1292 1.388 20.396 8 2 Leave out requantified 1.1292 1.4487 1.28 1.388 1.8555 1.27 23.408 31.38 31.388 3 3 2 2 0 0 Median Leave out requantified Median 2.5 3.3 2.5 140390000 61096000 79296000 49249000 21788000 27461000 47595000 19424000 28171000 43547000 19884000 23664000 971 5315;6661;8378 True;True;True 5437;6813;8571 16503;21007;21008;21009;21010;26380;26381;26382 21543;27169;27170;27171;27172;27173;33972;33973;33974 21543;27172;33974 Q04446 Q04446 5 5 5 1,4-alpha-glucan-branching enzyme GBE1 sp|Q04446|GLGB_HUMAN 1,4-alpha-glucan-branching enzyme OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GBE1 PE=1 SV=3 1 5 5 5 3 3 3 3 3 3 3 3 3 9.1 9.1 9.1 80.473 702 702 0 7.4067 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83876 0.96519 1.1596 8 2 Leave out requantified 0.81245 0.86225 1.0763 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335;336;337;338;339;340;341;342 820;1096;1671;2581;2965;4958;5550;5678 Q0VDF9 Q0VDF9 6 6 6 Heat shock 70 kDa protein 14 HSPA14 sp|Q0VDF9|HSP7E_HUMAN Heat shock 70 kDa protein 14 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSPA14 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 3 4 4 3 4 4 3 4 16.9 16.9 16.9 54.794 509 509 0 24.596 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92417 1.064 28.802 8 2 Leave out requantified 0.97827 1.0133 0.91094 1.1369 1.2398 0.91306 32.323 22.323 4.4795 3 3 2 1 0 1 Median Leave out requantified Median 9.4 7.7 12.2 181990000 91678000 90314000 75201000 37265000 37936000 32214000 16151000 16062000 74577000 38262000 36315000 1004 1700;4230;4271;4900;9438;13193 True;True;True;True;True;True 1743;4333;4377;5014;9682;13521 5248;5249;13143;13144;13145;13146;13271;15301;29795;41380;41381;41382 6920;6921;17124;17125;17126;17127;17128;17308;20003;38303;53264;53265 6920;17124;17308;20003;38303;53264 Q0ZGT2 Q0ZGT2 2 2 2 Nexilin NEXN sp|Q0ZGT2|NEXN_HUMAN Nexilin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NEXN PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 1 0 2 1 0 2 1 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108.94 9 8 Median 0.81454 0.72974 0.82339 0.94363 0.90159 0.8715 97.34 181.36 71.115 3 3 3 3 3 2 Median Median Median 1 1.2 0.9 98992000 60737000 38255000 37741000 24456000 13286000 22644000 12401000 10243000 38607000 23881000 14727000 1012 2347;4336;6085;7793;10798;13280 True;True;True;True;True;True 2405;4443;6221;7969;11069;13609 7279;13481;19081;19082;19083;19084;19085;24509;33839;41634;41635 9520;17588;24732;24733;24734;24735;24736;31680;43519;53580;53581 9520;17588;24736;31680;43519;53581 Q12824 Q12824 3 3 3 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 SMARCB1 sp|Q12824|SNF5_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCB1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 3 1 2 3 1 2 3 1 12.7 12.7 12.7 44.141 385 385 0 59.411 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89326 0.95883 17.298 4 0 Leave out requantified NaN 0.89326 NaN NaN 1.037 NaN NaN 6.22 NaN 1 2 1 0 0 0 Median Median Median 8.3 12.7 3.4 169720000 96311000 73411000 52683000 30515000 22168000 63139000 35109000 28030000 53899000 30687000 23212000 1013 1181;9706;11927 True;True;True 1208;9957;12224 3632;3633;3634;30597;30598;37320 4787;4788;4789;4790;4791;4792;39338;39339;48096 4790;39339;48096 Q12873 Q12873 6 3 3 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3 CHD3 sp|Q12873|CHD3_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD3 PE=1 SV=3 1 6 3 3 4 4 4 1 1 1 1 1 1 3.8 2.2 2.2 226.59 2000 2000 0 4.2446 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74564 0.9001 61.174 3 2 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 1 Median Median Median 2 2.4 2.5 38221000 23960000 14261000 20071000 11841000 8230100 11985000 7642700 4342600 6164700 4476800 1687900 1014 1861;3879;5458;7627;7727;9334 False;True;True;False;True;False 1906;3977;5582;7799;7901;9574 5776;5777;5778;12078;16993;24008;24009;24010;24011;24012;24013;24316;29503;29504;29505 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3858;8386;8387;8388;13448;13449;13450;13451;13452;25157;25158;40637;40638;40639;50347;50348;50349;50350;50351;50352;50353;50354;50355;50356;52908;52909;52910;52911;52912;52913;53752;53753;53754;53755;53756 3858;8386;13449;25157;40639;50356;52912;53756 Q12888 Q12888 4 4 4 Tumor suppressor p53-binding protein 1 TP53BP1 sp|Q12888|TP53B_HUMAN TP53-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TP53BP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 1 2 2 1 2 2 1 2 3 3 3 213.57 1972 1972 0 6.4209 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1989 1.2386 36.011 4 3 Median 1.4176 NaN 1.1989 1.7379 NaN 1.2356 52.028 NaN 4.4701 2 0 2 2 0 1 Median Median Median 1.8 0.6 1.7 30667000 11215000 19452000 12859000 4840000 8018900 0 0 0 17808000 6374800 11433000 1016 4475;6597;6896;7640 True;True;True;True 4583;6748;7054;7812 13910;20792;20793;21749;24040 18163;26912;26913;28120;31083 18163;26912;28120;31083 Q12894 Q12894 2 2 2 Interferon-related developmental regulator 2 IFRD2 sp|Q12894|IFRD2_HUMAN Interferon-related developmental regulator 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IFRD2 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5.1 5.1 5.1 54.813 506 506 0 6.6298 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98103 1.0444 15.28 5 3 Median 0.94001 1.0084 NaN 1.0741 1.1603 NaN 23.006 14.874 NaN 2 2 1 1 2 0 Median Median Median 5.1 5.1 1.8 162070000 80844000 81229000 49404000 25583000 23821000 65927000 33563000 32364000 46742000 21698000 25044000 1017 1150;7717 True;True 1175;7891 3533;3534;24283;24284;24285 4667;4668;31409;31410;31411 4668;31410 Q12904 Q12904 14 14 14 Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1;Endothelial monocyte-activating polypeptide 2 AIMP1 sp|Q12904|AIMP1_HUMAN Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AIMP1 PE=1 SV=2 1 14 14 14 14 14 13 14 14 13 14 14 13 63.5 63.5 63.5 34.352 312 312 0 180.08 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80948 0.92853 10.593 71 9 Leave out requantified 0.73188 0.82715 0.87734 0.93083 0.97047 0.85975 16.094 15.366 11.752 24 24 23 5 1 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 63.5 63.5 63.1 6710100000 3590600000 3119500000 1951900000 1113700000 838290000 2391100000 1286300000 1104700000 2367100000 1190600000 1176500000 1018 525;4342;5291;5761;5840;6340;6436;6599;6746;9339;9472;9734;9740;11911 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 537;4449;5413;5891;5972;6485;6585;6750;6902;9579;9717;9985;9991;12208 1608;1609;1610;13504;13505;13506;13507;13508;13509;13510;16424;16425;16426;18052;18053;18054;18055;18056;18057;18294;18295;18296;19915;19916;19917;19918;19919;19920;19921;19922;19923;19924;20241;20242;20243;20801;20802;20803;20804;20805;20806;20807;20808;20809;20810;21285;21286;21287;29515;29516;29517;29921;29922;29923;29924;29925;29926;30674;30675;30676;30677;30678;30679;30691;30692;30693;37269;37270;37271;37272;37273;37274 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Bifunctional coenzyme A synthase;Phosphopantetheine adenylyltransferase;Dephospho-CoA kinase COASY sp|Q13057|COASY_HUMAN Bifunctional coenzyme A synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COASY PE=1 SV=4 1 5 5 5 5 5 2 5 5 2 5 5 2 11.2 11.2 11.2 62.328 564 564 0 17.575 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80774 0.92412 38.082 15 3 Leave out requantified 0.85802 0.8493 0.86332 0.95621 0.98812 0.85574 37.567 12.697 33.41 6 7 2 0 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Median 11.2 11.2 5 304350000 171180000 133170000 113260000 63383000 49880000 150930000 85808000 65124000 40152000 21987000 18165000 1028 1682;4407;4876;7720;10343 True;True;True;True;True 1725;4514;4990;7894;10606 5191;5192;13704;13705;15232;15233;24293;24294;24295;24296;32440;32441;32442;32443;32444 6836;6837;6838;6839;17890;17891;17892;17893;19904;19905;31419;31420;31421;31422;41700;41701;41702;41703;41704 6839;17893;19904;31421;41701 Q13085;O00763 Q13085 21;4 21;4 21;4 Acetyl-CoA carboxylase 1;Biotin carboxylase ACACA 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Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon EIF2B5 sp|Q13144|EI2BE_HUMAN Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2B5 PE=1 SV=3 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 7.9 7.9 7.9 80.379 721 721 0 15.725 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91182 0.91782 5.9565 11 2 Leave out requantified 0.93235 0.72555 0.91182 1.0773 0.8739 0.91782 14.306 1.3257 4.8055 4 4 3 1 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 7.9 7.9 6.2 311030000 185780000 125260000 107260000 69258000 38007000 126480000 76933000 49550000 77287000 39588000 37699000 1035 1303;5352;11952;13157 True;True;True;True 1336;5474;12249;13483 4019;4020;4021;16629;16630;37389;37390;37391;41264;41265;41266 5330;5331;5332;5333;5334;21722;21723;48195;48196;48197;48198;53124;53125;53126;53127;53128;53129 5330;21722;48195;53127 Q13148 Q13148 4 4 4 TAR DNA-binding protein 43 TARDBP sp|Q13148|TADBP_HUMAN TAR DNA-binding protein 43 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TARDBP PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 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NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 0.4 0.9 0.8 43030000 28856000 14174000 8533700 4376000 4157700 8710500 4980200 3730400 25786000 19500000 6286300 1048 1126;7590;10568 True;True;True 1151;7761;10834 3455;23898;23899;23900;33135 4562;30909;30910;42594 4562;30910;42594 Q13325 Q13325 4 4 4 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5 IFIT5 sp|Q13325|IFIT5_HUMAN Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IFIT5 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 2 2 3 2 2 3 2 2 10.6 10.6 10.6 55.846 482 482 0 4.811 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96985 1.172 24.918 5 1 Leave out requantified 0.73527 0.81913 NaN 0.9177 0.95639 NaN 10.056 28.755 NaN 2 2 1 1 0 0 Median Median Median 8.7 3.5 6.6 112390000 57469000 54916000 49027000 26499000 22529000 26499000 14495000 12004000 36859000 16475000 20384000 1049 1488;7096;7162;10295 True;True;True;True 1525;7258;7325;10556 4621;4622;22391;22565;32293;32294;32295 6083;28970;29194;29195;41479;41480;41481 6083;28970;29194;41480 Q13330 Q13330 2 1 1 Metastasis-associated protein MTA1 MTA1 sp|Q13330|MTA1_HUMAN Metastasis-associated protein MTA1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTA1 PE=1 SV=2 1 2 1 1 1 1 2 0 0 1 0 0 1 3.2 1.8 1.8 80.785 715 715 0.0022459 2.3449 By matching By matching By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 1.4 1.4 3.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1050 1409;9447 True;False 1445;9692 4384;29831;29832;29833 5774;38348;38349;38350;38351;38352;38353 5774;38349 Q13347 Q13347 7 7 7 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I EIF3I sp|Q13347|EIF3I_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3I PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 31.7 31.7 31.7 36.501 325 325 0 33.06 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79019 0.89873 14.874 24 3 Leave out requantified 0.69173 0.77681 1.0224 0.82136 0.90541 1.0273 15.373 17.485 12.355 8 8 8 1 0 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.2 21.2 28 1750200000 938350000 811890000 533740000 290590000 243150000 603470000 335190000 268280000 613030000 312570000 300460000 1051 3811;4731;7211;9467;10320;11079;11253 True;True;True;True;True;True;True 3907;4844;7376;9712;10583;11355;11534 11848;11849;11850;11851;11852;14730;14731;14732;14733;14734;14735;14736;14737;22703;22704;22705;29909;29910;29911;32377;32378;32379;34665;34666;35221 15529;15530;15531;15532;15533;15534;19261;19262;19263;19264;19265;19266;19267;19268;19269;19270;29368;29369;29370;29371;29372;29373;38446;38447;38448;38449;38450;41617;41618;41619;41620;41621;41622;44589;44590;44591;44592;45324;45325 15533;19269;29370;38447;41618;44590;45325 Q13363 Q13363 1 1 1 C-terminal-binding protein 1 CTBP1 sp|Q13363|CTBP1_HUMAN C-terminal-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CTBP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 4.3 4.3 4.3 47.535 440 440 0 13.432 By MS/MS By MS/MS 0.97391 1.184 12.827 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 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Q13416 4 4 4 Origin recognition complex subunit 2 ORC2 sp|Q13416|ORC2_HUMAN Origin recognition complex subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ORC2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 2 2 3 2 2 3 2 9 9 9 65.971 577 577 0 8.9805 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88334 1.0478 41.861 7 2 Leave out requantified 0.63853 0.88334 0.97393 0.76684 1.0478 0.95654 39.277 43.989 58.731 2 3 2 1 1 0 Median Plateau Median 4.5 5.9 5.5 154980000 89326000 65653000 13983000 8847700 5135600 119210000 69269000 49942000 21784000 11209000 10576000 1055 926;2498;8704;11002 True;True;True;True 948;2560;8925;11276 2871;7778;7779;27486;27487;27488;34435 3789;10168;10169;35391;35392;35393;44272 3789;10168;35391;44272 Q13418 Q13418 12 12 12 Integrin-linked protein kinase ILK sp|Q13418|ILK_HUMAN Integrin-linked protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ILK PE=1 SV=2 1 12 12 12 11 10 6 11 10 6 11 10 6 29.2 29.2 29.2 51.419 452 452 0 24.787 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80878 0.93276 17.045 26 6 Leave out requantified 0.75356 0.85366 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Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIG PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 3.4 3.4 3.4 88.616 754 754 0 5.7386 By MS/MS By MS/MS 1.3426 1.6248 48.136 3 2 Median 1.0238 NaN NaN 1.1639 NaN NaN 62.387 NaN NaN 2 1 0 2 0 0 Median Median Median 3.4 1.6 0 26949000 12554000 14395000 14605000 7206000 7399100 12344000 5348000 6996000 0 0 0 1057 1277;12939 True;True 1309;13258 3943;40574;40575 5244;52254;52255 5244;52255 Q13428 Q13428 22 22 22 Treacle protein TCOF1 sp|Q13428|TCOF_HUMAN Treacle protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TCOF1 PE=1 SV=3 1 22 22 22 16 21 13 16 21 13 16 21 13 17.8 17.8 17.8 152.1 1488 1488 0 82.562 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74263 0.89361 14.068 46 9 Leave out requantified 0.68909 0.79724 0.83106 0.85281 0.94579 0.83699 19.271 10.99 17.9 14 20 12 1 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.6 17.8 10.9 1576100000 902930000 673170000 440640000 267920000 172720000 643970000 363850000 280120000 491480000 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Q13501 3 3 3 Sequestosome-1 SQSTM1 sp|Q13501|SQSTM_HUMAN Sequestosome-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SQSTM1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 11.4 11.4 11.4 47.687 440 440 0 10.907 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0505 1.1538 11.037 4 3 Median NaN 1.0508 NaN NaN 1.2123 NaN NaN 2.3592 NaN 1 2 1 0 2 1 Median Median Median 6.8 7.7 3.2 48277000 25207000 23070000 13374000 7327100 6046800 23990000 12432000 11559000 10913000 5448300 5464500 1063 1405;8191;8968 True;True;True 1441;8380;9199 4371;25802;25803;25804;28380 5754;33257;33258;33259;33260;36494 5754;33259;36494 Q13547 Q13547 3 3 2 Histone deacetylase 1 HDAC1 sp|Q13547|HDAC1_HUMAN Histone deacetylase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HDAC1 PE=1 SV=1 1 3 3 2 3 3 3 3 3 3 2 2 2 10.2 10.2 7.7 55.102 482 482 0 36.905 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8919 1.0731 5.631 10 6 Leave out requantified 0.92518 0.92623 0.99009 1.1665 1.1367 1.0312 46.657 46.516 56.227 3 4 3 1 3 2 Median Median Median 10.2 10.2 10.2 865800000 357650000 508150000 238360000 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MS/MS By MS/MS 0.75802 0.94191 12.727 5 0 Leave out requantified 0.79115 0.81315 NaN 1.0213 1.0242 NaN 1.2775 47.469 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 5 5 2.4 75286000 42662000 32624000 29217000 16065000 13152000 26709000 13790000 12919000 19360000 12808000 6552600 1065 1962;4207 True;True 2007;4309 6056;6057;6058;13082;13083 7892;7893;7894;17068 7893;17068 Q13561 Q13561 2 2 2 Dynactin subunit 2 DCTN2 sp|Q13561|DCTN2_HUMAN Dynactin subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCTN2 PE=1 SV=4 1 2 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 8.5 8.5 8.5 44.23 401 401 0 4.4796 By MS/MS 0.96677 1.175 15.521 2 0 Median 0.96677 NaN NaN 1.175 NaN NaN 15.521 NaN NaN 2 0 0 0 0 0 Median Median Median 8.5 0 0 30354000 15748000 14606000 30354000 15748000 14606000 0 0 0 0 0 0 1066 7652;12796 True;True 7824;13114 24075;40171;40172 31134;51756;51757 31134;51756 Q13564 Q13564 1 1 1 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit NAE1 sp|Q13564|ULA1_HUMAN NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAE1 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14897;15673;18574;18647;23687;34366 Q14137 Q14137 8 8 8 Ribosome biogenesis protein BOP1 BOP1 sp|Q14137|BOP1_HUMAN Ribosome biogenesis protein BOP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BOP1 PE=1 SV=2 1 8 8 8 6 6 7 6 6 7 6 6 7 13.3 13.3 13.3 83.629 746 746 0 23.34 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77546 0.97353 50.481 17 3 Leave out requantified 0.77546 0.95469 0.9443 0.98914 1.0912 0.96562 24.537 12.366 57.71 5 5 7 0 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.3 11.3 13.1 498420000 262600000 235820000 126320000 63083000 63241000 158700000 85769000 72929000 213400000 113750000 99652000 1084 1168;6778;6908;8225;10276;11779;11889;12700 True;True;True;True;True;True;True;True 1194;6934;7067;8415;10537;12073;12185;13018 3594;3595;21373;21790;21791;21792;25926;25927;25928;32251;32252;32253;32254;36853;37195;37196;37197;39890;39891;39892 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cytokinesis protein 1 DOCK1 sp|Q14185|DOCK1_HUMAN Dedicator of cytokinesis protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DOCK1 PE=1 SV=2 1 4 3 3 4 2 1 3 1 0 3 1 0 3.1 2.5 2.5 215.34 1865 1865 0 3.4045 By MS/MS By MS/MS By matching 0.46058 0.57382 77.153 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 3.1 1.4 0.5 24827000 16008000 8819700 15985000 12213000 3772300 8842200 3794800 5047400 0 0 0 1091 1718;7146;7777;9213 True;True;False;True 1761;7309;7952;9452 5297;22531;24461;24462;24463;29153;29154 6981;29148;31626;31627;31628;37507;37508 6981;29148;31626;37507 Q14203 Q14203 9 9 9 Dynactin subunit 1 DCTN1 sp|Q14203|DCTN1_HUMAN Dynactin subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCTN1 PE=1 SV=3 1 9 9 9 5 8 7 5 8 7 5 8 7 9.7 9.7 9.7 141.69 1278 1278 0 29.381 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88517 0.97723 18.848 19 7 Leave out requantified 0.82761 0.83852 1.0459 0.99515 1.0073 1.0528 7.9744 28.405 18.861 5 7 7 2 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out 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Q14684 Q14684 13 13 13 Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B RRP1B sp|Q14684|RRP1B_HUMAN Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRP1B PE=1 SV=3 1 13 13 13 11 9 10 11 9 10 11 9 10 24.9 24.9 24.9 84.427 758 758 0 41.352 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0943 1.1848 25.375 28 18 Leave out requantified 0.87871 1.0332 1.152 1.0653 1.2254 1.1241 40.387 44.357 23.363 10 9 9 8 6 4 Median Leave out requantified Leave out requantified 21.5 17.7 19 547660000 257130000 290530000 140470000 73216000 67253000 186910000 87949000 98957000 220280000 95968000 124320000 1117 442;1731;3147;3473;3567;3894;5104;5261;5434;10444;12217;12246;12282 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 451;1774;3221;3555;3654;3992;5222;5381;5557;10708;12521;12550;12586 1341;5335;5336;9778;9779;9780;10788;10789;10790;11119;11120;11121;11122;12119;12120;12121;15873;15874;15875;16334;16335;16336;16899;16900;16901;16902;32729;38301;38302;38401;38402;38403;38509;38510 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GINS protein PSF1 GINS1 sp|Q14691|PSF1_HUMAN DNA replication complex GINS protein PSF1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GINS1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 7.1 7.1 7.1 22.988 196 196 0 3.2986 By MS/MS By MS/MS 1.3377 1.3519 21.638 3 1 Plateau NaN NaN 1.2745 NaN NaN 1.3519 NaN NaN 21.004 0 1 2 0 1 0 Median Median Median 0 7.1 7.1 10757000 5138000 5619200 0 0 0 3098800 1534300 1564400 7658500 3603700 4054800 1119 791 True 810 2468;2469;2470;2471 3250;3251;3252;3253;3254;3255 3251 Q14697 Q14697 17 17 17 Neutral alpha-glucosidase AB GANAB sp|Q14697|GANAB_HUMAN Neutral alpha-glucosidase AB OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GANAB PE=1 SV=3 1 17 17 17 14 15 11 14 15 11 14 15 11 21.9 21.9 21.9 106.87 944 944 0 108.48 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92207 1.0253 9.5718 48 10 Leave out requantified 0.82938 0.88334 1.0401 0.96356 1.0603 1.0635 18.252 13.151 14.269 18 17 13 6 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.4 19.4 15.8 1759200000 924410000 834800000 588230000 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vault protein MVP sp|Q14764|MVP_HUMAN Major vault protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MVP PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 2.8 2.8 2.8 99.326 893 893 0.0011534 2.6285 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0616 1.1893 49.678 4 2 Median NaN NaN 0.96606 NaN NaN 0.97629 NaN NaN 27.3 1 1 2 1 0 1 Median Median Median 1.3 1.5 2.8 39263000 16890000 22374000 9193500 2474500 6718900 9116100 4969500 4146600 20954000 9445700 11508000 1122 3187;4403 True;True 3262;4510 9906;9907;13685;13686 12991;12992;17869 12991;17869 Q14839;Q8TDI0 Q14839 24;6 24;6 21;3 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 CHD4 sp|Q14839|CHD4_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD4 PE=1 SV=2 2 24 24 21 16 24 19 16 24 19 13 21 16 16 16 14.3 218 1912 1912;1954 0 77.842 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88553 0.95549 51.209 65 21 Leave out requantified 0.78489 0.8987 0.89038 0.97049 1.0726 0.91767 26.656 57.213 12.584 18 26 21 3 11 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out 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cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3 SART3 sp|Q15020|SART3_HUMAN Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SART3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 4 4 5 4 4 5 4 7.3 7.3 7.3 109.93 963 963 0 18.49 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7649 0.87657 25.477 12 2 Leave out requantified 0.70988 0.81265 0.98751 0.89223 0.97362 1.0087 30.622 33.171 15.454 3 5 4 0 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 6.1 7.3 6.1 269350000 150980000 118370000 70392000 40705000 29687000 96802000 54351000 42451000 102160000 55926000 46232000 1135 2471;2761;2914;10029;13312 True;True;True;True;True 2533;2828;2982;10285;13641 7690;7691;8578;8579;9030;9031;9032;31506;31507;31508;41738;41739;41740 10054;10055;11243;11244;11816;11817;11818;11819;11820;40444;40445;40446;53710;53711;53712;53713;53714 10055;11243;11820;40446;53712 Q15021 Q15021 27 27 27 Condensin complex subunit 1 NCAPD2 sp|Q15021|CND1_HUMAN Condensin complex subunit 1 OS=Homo sapiens 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469;506;573 Q15050 Q15050 1 1 1 Ribosome biogenesis regulatory protein homolog RRS1 sp|Q15050|RRS1_HUMAN Ribosome biogenesis regulatory protein homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRS1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1 4.1 4.1 41.193 365 365 0.0017036 2.4772 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 4.1 4.1 4.1 19230000 7807000 11423000 0 0 0 0 0 0 19230000 7807000 11423000 1142 1243 True 1274 3836;3837;3838 5096;5097;5098 5098 Q15054 Q15054 9 9 9 DNA polymerase delta subunit 3 POLD3 sp|Q15054|DPOD3_HUMAN DNA polymerase delta subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLD3 PE=1 SV=2 1 9 9 9 6 6 7 6 6 7 6 6 7 20.8 20.8 20.8 51.4 466 466 0 47.484 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87754 0.97905 16.396 21 4 Leave out requantified 0.71462 0.8811 0.93512 0.89174 1.0737 0.92331 22.135 10.147 12.328 7 7 7 1 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15.2 14.6 16.3 827390000 429530000 397850000 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disulfide-isomerase A6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDIA6 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 12.5 12.5 12.5 48.121 440 440 0 24.931 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0689 1.2051 10.935 16 8 Leave out requantified 1.0689 1.0249 1.42 1.2361 1.1749 1.4332 18.632 5.0442 19.856 6 5 5 2 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Median 12.5 12.5 10 220420000 100970000 119450000 85642000 40114000 45528000 53437000 27820000 25617000 81344000 33039000 48305000 1146 4555;5123;5161;11323 True;True;True;True 4663;5241;5280;11605 14155;14156;15926;15927;15928;15929;15930;15931;16043;16044;16045;35438;35439;35440;35441;35442 18490;18491;18492;18493;20781;20782;20783;20784;20785;20786;20930;20931;20932;20933;20934;45628;45629;45630;45631 18491;20785;20930;45631 Q15102 Q15102 2 2 2 Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit gamma PAFAH1B3 sp|Q15102|PA1B3_HUMAN Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit gamma OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAFAH1B3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 11.3 11.3 11.3 25.734 231 231 0 7.6016 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0283 1.0893 22.768 6 2 Leave out requantified 0.61881 0.8321 1.1526 0.70106 0.9305 1.1408 12.732 45.053 29.303 2 2 2 1 1 0 Median Median Median 11.3 11.3 11.3 137190000 69699000 67496000 33679000 20610000 13069000 51136000 26147000 24988000 52380000 22941000 29438000 1147 7564;12998 True;True 7733;13320 23807;23808;23809;40782;40783;40784 30794;30795;30796;52529;52530;52531;52532;52533 30796;52530 Q15126 Q15126 5 5 5 Phosphomevalonate kinase PMVK sp|Q15126|PMVK_HUMAN Phosphomevalonate kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMVK PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 32.8 32.8 32.8 21.995 192 192 0 51.722 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0017 1.0836 28.014 21 6 Leave out requantified 1.0596 0.84491 1.6446 1.1927 0.98177 1.6598 27.399 29.731 5.7158 7 6 8 1 0 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 32.8 32.8 32.8 460400000 209280000 251110000 138740000 64267000 74477000 135640000 67546000 68097000 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2 3 2 11.8 11.8 11.8 32.66 289 289 0 21.906 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1388 1.455 46.159 9 7 Median 1.1388 1.231 1.0205 1.38 1.5425 1.0442 44.893 53.073 59.541 3 4 2 2 3 2 Median Median Median 8.7 11.8 8.7 165610000 73561000 92045000 49068000 20328000 28740000 76049000 35447000 40602000 40489000 17786000 22704000 1151 1843;4807;13503 True;True;True 1888;4921;13838 5713;5714;5715;5716;5717;5718;14997;14998;14999;42303 7478;7479;7480;7481;7482;7483;19588;19589;19590;54423 7479;19590;54423 Q15185 Q15185 2 2 2 Prostaglandin E synthase 3 PTGES3 sp|Q15185|TEBP_HUMAN Prostaglandin E synthase 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTGES3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 15.6 15.6 15.6 18.697 160 160 0 6.7165 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.158 2.3974 138.27 6 6 Median 4.3593 1.862 1.9489 5.4296 2.265 1.9609 211.89 151.65 124.7 2 2 2 2 2 2 Median Median Median 15.6 10.6 15.6 194180000 91585000 102590000 74378000 42461000 31918000 47868000 25631000 22236000 71929000 23493000 48436000 1152 2376;5477 True;True 2434;5603 7371;7372;17096;17097;17098;17099;17100 9636;9637;22257;22258;22259;22260;22261 9636;22257 Q15208 Q15208 3 3 3 Serine/threonine-protein kinase 38 STK38 sp|Q15208|STK38_HUMAN Serine/threonine-protein kinase 38 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STK38 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 11.4 11.4 11.4 54.19 465 465 0 7.241 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0845 1.4004 18.067 4 1 Median NaN 0.92536 NaN NaN 1.1626 NaN NaN 17.423 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 9 9.2 9 46871000 23911000 22960000 11728000 6175000 5553000 21315000 11754000 9560800 13828000 5981600 7846200 1153 3388;7339;10406 True;True;True 3469;7506;10670 10541;23111;23112;32620;32621;32622 13836;29897;29898;41921;41922;41923;41924;41925;41926;41927 13836;29898;41924 Q15233;Q8WXF1 Q15233 12;1 12;1 11;1 Non-POU domain-containing octamer-binding protein NONO sp|Q15233|NONO_HUMAN Non-POU domain-containing octamer-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NONO PE=1 SV=4 2 12 12 11 9 12 8 9 12 8 8 11 7 25.7 25.7 24 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457;458;459;460;461;4833;4834;4835;4836;4837;15021;15113;15114;15115;15116;15117;15782;15783;15784;15785;15786;15787;15788;15789;15790;15791;15792;15793;21035;21036;21037;21038;29611;29612;29613;29614;29615;29616;29617;29618;29619;34428;46314;46315;46316;49166;49167;49168;49169 457;460;4833;15021;15115;15792;21038;29617;34428;46315;46316;49166 Q15269 Q15269 1 1 1 Periodic tryptophan protein 2 homolog PWP2 sp|Q15269|PWP2_HUMAN Periodic tryptophan protein 2 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PWP2 PE=2 SV=2 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1.7 1.7 1.7 102.45 919 919 0 3.5437 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 1.7 0 0 21898000 12487000 9410700 21898000 12487000 9410700 0 0 0 0 0 0 1155 12509 True 12819 39261 50613 50613 Q15293 Q15293 3 3 3 Reticulocalbin-1 RCN1 sp|Q15293|RCN1_HUMAN Reticulocalbin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RCN1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 13 13 13 38.89 331 331 0 10.939 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0323 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10274;11215;11216;12815 31482;31483;34253;34254;39257 40422;44036;44037;50609 40422;44036;44037;50609 Q15365;P57723 Q15365 7;1 4;0 4;0 Poly(rC)-binding protein 1 PCBP1 sp|Q15365|PCBP1_HUMAN Poly(rC)-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PCBP1 PE=1 SV=2 2 7 4 4 7 6 5 4 3 2 4 3 2 28.1 17.1 17.1 37.497 356 356;403 0 49.536 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1307 1.4026 11.675 11 2 Leave out requantified 1.1307 0.83737 1.5088 1.4201 1.0269 1.5621 12.035 2.9858 6.8672 5 3 3 2 0 0 Leave out requantified Plateau Median 28.1 21.6 19.1 1164600000 555420000 609140000 574550000 280730000 293820000 278360000 151670000 126690000 311640000 123010000 188630000 1160 552;3442;3561;5980;6164;9396;12660 True;False;False;True;False;True;True 566;3523;3524;3647;6116;6306;9638;12978 1704;1705;1706;1707;1708;1709;1710;10690;10691;10692;10693;10694;10695;10696;10697;10698;10699;10700;10701;10702;11091;11092;11093;18753;18754;18755;19350;19351;19352;19353;19354;29658;29659;29660;39768 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3A subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SF3A2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 13.8 13.8 13.8 49.255 464 464 0 24.538 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80042 0.96284 14.086 17 1 Leave out requantified 0.74837 0.80674 0.90994 0.97655 0.97817 0.958 4.9663 16.988 22.208 6 5 6 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.8 13.8 11.6 1200500000 669480000 530980000 305050000 177860000 127190000 431260000 236820000 194430000 464160000 254800000 209360000 1173 2561;6986;8441;9512 True;True;True;True 2625;7147;8641;9757;9758 8004;8005;22065;22066;22067;22068;22069;22070;26613;26614;26615;26616;30034;30035;30036;30037;30038 10480;28559;28560;28561;28562;28563;28564;28565;28566;28567;28568;28569;28570;34293;34294;34295;34296;34297;34298;34299;38591;38592;38593;38594;38595;38596;38597;38598;38599 10480;28570;34298;38598 360 47 Q15436;Q15437 Q15436 6;2 6;2 6;2 Protein transport protein Sec23A SEC23A sp|Q15436|SC23A_HUMAN Protein transport protein Sec23A OS=Homo 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1 1 Mothers against decapentaplegic homolog 2 SMAD2 sp|Q15796|SMAD2_HUMAN Mothers against decapentaplegic homolog 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAD2 PE=1 SV=1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 8.1 5.4 5.4 52.306 467 467 0.0027685 2.2624 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 8.1 8.1 8.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1188 12202;12290 False;True 12506;12594 38247;38248;38249;38529;38530;38531 49297;49298;49299;49300;49658;49659;49660 49298;49660 Q15813 Q15813 2 2 2 Tubulin-specific chaperone E TBCE sp|Q15813|TBCE_HUMAN Tubulin-specific chaperone E OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBCE PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 4.6 4.6 4.6 59.345 527 527 0.001171 2.7994 By MS/MS By MS/MS 1.2866 1.3189 10.141 3 2 Median NaN NaN 1.4078 NaN NaN 1.431 NaN NaN 11.536 1 0 2 1 0 1 Median Median Median 2.3 0 4.6 50769000 22699000 28070000 18686000 9622400 9063800 0 0 0 32083000 13077000 19006000 1189 12670;13520 True;True 12988;13855 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2216;2217;9915;9916;9917;12774;12775;18558;18559;18560;18561;18562;18563;18564;18565;18566;18567;20477;20478;20479;20480;27205;27206;31711;31712;38077;40112;47057;47058;47059;47060;47061;47062;47063;47064;47065;47066;47067;47068;50748;50749;50750;50751;50752;50753;50754;50755;50756 2216;9915;12775;18561;20479;27205;31711;38077;40112;47063;50753 Q16637 Q16637 2 2 2 Survival motor neuron protein SMN1 sp|Q16637|SMN_HUMAN Survival motor neuron protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMN1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 1 0 2 1 0 2 1 12.2 12.2 12.2 31.848 294 294 0 18.58 By MS/MS By MS/MS 0.89513 0.97699 7.3483 4 2 Median NaN 0.87323 NaN NaN 1.0009 NaN NaN 8.3102 NaN 0 3 1 0 1 1 Median Median Median 0 12.2 6.1 55994000 31115000 24879000 0 0 0 46855000 25872000 20984000 9138700 5243400 3895300 1207 5198;10092 True;True 5318;10349 16147;31697;31698;31699 21078;40682;40683;40684 21078;40682 Q16643 Q16643 1 1 1 Drebrin DBN1 sp|Q16643|DREB_HUMAN Drebrin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DBN1 PE=1 SV=4 1 1 1 1 1 0 0 1 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16 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IFI16 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 5.5 5.5 5.5 88.255 785 785 0 15.682 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86968 0.96953 22.231 8 4 Leave out requantified 0.97638 0.6558 0.9072 1.2625 0.84067 0.96953 38.49 11.699 22.231 3 3 2 2 2 0 Median Median Median 5.5 5.5 4.2 90673000 48241000 42432000 27267000 12788000 14479000 41371000 25003000 16368000 22036000 10451000 11585000 1210 3532;5802;11792 True;True;True 3616;5934;12088 10960;10961;10962;10963;10964;18183;18184;18185;36901;36902 14371;14372;14373;14374;14375;14376;23588;47537;47538 14374;23588;47538 Q16719 Q16719 1 1 1 Kynureninase KYNU sp|Q16719|KYNU_HUMAN Kynureninase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KYNU PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.2 3.2 3.2 52.351 465 465 0.0022422 2.3387 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.8703 3.0473 73.593 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 0 Median Median Median 3.2 3.2 3.2 16759000 3182500 13577000 3211700 537390 2674300 4571100 1205500 3365600 8976600 1439600 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NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 1 1 0 42162000 22382000 19779000 22525000 11045000 11480000 19637000 11337000 8299300 0 0 0 1213 11004 True 11278 34438;34439 44276;44277;44278 44277 Q16836 Q16836 5 5 5 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial HADH sp|Q16836|HCDH_HUMAN Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADH PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 5 3 5 5 3 5 5 3 20.7 20.7 20.7 34.293 314 314 0 33.206 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9473 0.97908 10.635 10 2 Leave out requantified 0.76103 0.76991 1.013 0.95305 0.93108 1.0003 29.49 24.715 16.468 4 3 3 2 0 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 20.7 20.7 15.3 596610000 317500000 279110000 183580000 103900000 79674000 177550000 100980000 76565000 235490000 112620000 122870000 1214 398;2288;3699;3948;11280 True;True;True;True;True 405;2344;3789;4046;11562 1188;1189;7082;7083;7084;11483;11484;11485;12278;12279;12280;35303;35304;35305;35306 1590;1591;9290;9291;9292;15055;15056;15057;15058;16054;16055;16056;16057;16058;45427;45428;45429;45430;45431 1591;9291;15056;16058;45428 Q16851 Q16851 1 1 1 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase UGP2 sp|Q16851|UGPA_HUMAN UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UGP2 PE=1 SV=5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.8 1.8 1.8 56.94 508 508 0.005291 1.9021 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0983 1.319 2.7501 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.8 1.8 1.8 39809000 20246000 19564000 15201000 8725200 6476100 11483000 5696700 5786700 13125000 5823600 7301000 1215 2786 True 2853 8655;8656;8657 11340;11341;11342 11342 Q16881 Q16881 6 6 6 Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic TXNRD1 sp|Q16881|TRXR1_HUMAN Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TXNRD1 PE=1 SV=3 1 6 6 6 2 4 3 2 4 3 2 4 3 14.6 14.6 14.6 70.905 649 649 0 18.581 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94094 1.1018 32.282 8 1 Leave out requantified NaN 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410;411;412;413;5411;5412;5845;5846;5847;5848;5849;5850;6331;6332;6333;9279;9280;9281;9282;9283;10462;10463;10464;10465;11229;11230;11231;12648;12649;12650;16695;16696;16697;17663;17664;17665;17666;17667;18099;18741;18742;18743;32434;32651;32652;32653;32654;32655;32656;33746;33747;33878;33879;33880;34181;34182;34183;34184;34185;34210;34211;34212;37246;37247;37248;37765;37766 557;558;559;560;561;562;7112;7113;7634;7635;7636;7637;7638;7639;8289;8290;8291;8292;8293;8294;12109;12110;12111;12112;12113;12114;12115;13736;13737;13738;13739;13740;14749;14750;14751;16501;21807;21808;21809;22949;22950;22951;22952;22953;22954;22955;23485;24291;24292;24293;41692;41964;41965;41966;41967;41968;41969;41970;41971;41972;41973;41974;43407;43569;43570;43571;43949;43950;43951;43952;43953;43954;43982;43983;43984;47984;47985;47986;47987;48668;48669 561;7113;7634;8290;12111;13736;14751;16501;21809;22952;23485;24291;41692;41967;43407;43569;43951;43984;47985;48668 Q2NL82 Q2NL82 11 11 11 Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog TSR1 sp|Q2NL82|TSR1_HUMAN Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSR1 PE=1 SV=1 1 11 11 11 7 11 9 7 11 9 7 11 9 19.8 19.8 19.8 91.809 804 804 0 70.41 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84734 0.96777 11.453 37 8 Leave out requantified 0.82885 0.78072 1.0505 1.0091 0.96629 1.1093 15.269 15.977 15.903 10 15 12 1 5 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.7 19.8 17.2 1536800000 807030000 729800000 459040000 239660000 219380000 574440000 327590000 246850000 503350000 239780000 263570000 1222 569;1005;1226;2117;5097;6282;7115;7660;7689;9444;10227 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 583;1027;1256;2168;5215;6425;7277;7278;7832;7861;9689;10486 1762;1763;1764;3090;3091;3092;3093;3783;3784;6576;6577;6578;15859;19712;19713;19714;19715;19716;19717;22438;22439;22440;22441;22442;22443;24097;24098;24186;24187;24188;24189;24190;24191;29822;29823;29824;29825;32083 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6 6 tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase TRMT5 sp|Q32P41|TRM5_HUMAN tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT5 PE=1 SV=2 1 6 6 6 4 4 4 4 4 4 4 4 4 12.2 12.2 12.2 58.246 509 509 0 8.7464 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80013 0.93018 7.9406 11 1 Leave out requantified 0.72576 0.87949 0.91732 0.89385 1.0257 0.96271 14.824 8.1504 81.82 4 4 3 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Median 7.5 7.5 8.3 164430000 83211000 81218000 50984000 28754000 22231000 62923000 35108000 27815000 50522000 19349000 31173000 1225 499;1501;3288;3463;5825;13406 True;True;True;True;True;True 509;1538;3368;3545;5957;13740 1514;1515;1516;4653;4654;10220;10763;18245;18246;18247;42018;42019 2002;2003;2004;2005;6119;13430;14117;23663;54070 2005;6119;13430;14117;23663;54070 Q32P44 Q32P44 7 7 7 Echinoderm microtubule-associated protein-like 3 EML3 sp|Q32P44|EMAL3_HUMAN Echinoderm microtubule-associated protein-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EML3 PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 6 4 6 6 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(cyclizing);ATP-dependent dihydroxyacetone kinase;FAD-AMP lyase (cyclizing) DAK sp|Q3LXA3|TKFC_HUMAN Triokinase/FMN cyclase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TKFC PE=1 SV=2 1 6 6 6 4 3 4 4 3 4 4 3 4 16.5 16.5 16.5 58.946 575 575 0 8.0472 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0355 1.0956 28.481 11 1 Leave out requantified 0.99318 0.89283 1.1545 1.1559 1.0754 1.1695 16.791 15.388 32.369 4 3 4 0 1 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 10.1 8.5 12.3 165990000 81841000 84147000 56987000 28093000 28895000 39924000 22291000 17632000 69077000 31457000 37620000 1229 521;7175;10731;11997;12006;12059 True;True;True;True;True;True 533;7339;11001;12296;12305;12359 1598;22598;33635;33636;33637;37530;37531;37532;37557;37715;37716 2113;29240;43277;48364;48365;48395;48396;48615 2113;29240;43277;48365;48396;48615 Q3YEC7 Q3YEC7 9 9 9 Rab-like protein 6 RABL6 sp|Q3YEC7|RABL6_HUMAN Rab-like protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RABL6 PE=1 SV=2 1 9 9 9 6 9 6 6 9 6 6 9 6 15.2 15.2 15.2 79.548 729 729 0 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component MTR3 EXOSC6 sp|Q5RKV6|EXOS6_HUMAN Exosome complex component MTR3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC6 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 11.4 11.4 11.4 28.235 272 272 0 8.1685 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79999 0.95511 14.651 5 2 Median 0.76965 0.90152 NaN 0.92035 1.0371 NaN 5.243 26.231 NaN 2 2 1 2 0 0 Median Median Median 5.9 11.4 5.9 61490000 31382000 30109000 25187000 13690000 11497000 24807000 11812000 12995000 11496000 5878800 5617100 1247 3061;4671 True;True 3133;4782 9524;14535;14536;14537;14538 12464;19004;19005;19006;19007 12464;19005 Q5SSJ5 Q5SSJ5 12 12 12 Heterochromatin protein 1-binding protein 3 HP1BP3 sp|Q5SSJ5|HP1B3_HUMAN Heterochromatin protein 1-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HP1BP3 PE=1 SV=1 1 12 12 12 10 12 9 10 12 9 10 12 9 25.5 25.5 25.5 61.206 553 553 0 65.357 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76242 0.89856 10.416 35 10 Leave out requantified 0.74524 0.752 0.82279 0.9064 0.8761 0.87947 20.713 11.46 11.228 12 12 11 3 3 4 Leave out requantified 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MS/MS By MS/MS 0.71314 0.82622 12.316 10 3 Leave out requantified 0.69381 0.66361 0.7992 0.79269 0.75731 0.78799 21.495 11.816 12.388 3 3 4 1 0 2 Median Median Median 27.2 27.2 27.2 227020000 128870000 98150000 58595000 35900000 22695000 59603000 34783000 24820000 108820000 58182000 50635000 1251 111;9380 True;True 113;9622 336;337;338;339;340;341;29618;29619;29620;29621 463;464;465;466;467;468;38062;38063;38064;38065;38066;38067 464;38067 Q5T280 Q5T280 3 3 3 Putative methyltransferase C9orf114 C9orf114 sp|Q5T280|CI114_HUMAN Putative methyltransferase C9orf114 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPOUT1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 3 1 2 3 1 2 3 1 10.4 10.4 10.4 42.008 376 376 0 8.9296 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.3629 2.6246 85.307 6 4 Median 2.5502 1.4579 NaN 2.9004 1.5796 NaN 131.19 74.009 NaN 2 3 1 2 1 1 Median Median Median 6.6 10.4 3.2 56191000 20495000 35696000 18035000 7144700 10890000 28371000 11559000 16811000 9785500 1791300 7994300 1252 5113;6107;9961 True;True;True 5231;6244;10216 15896;15897;19148;19149;19150;31341 20742;20743;24813;24814;24815;40254 20743;24813;40254 Q5T4S7 Q5T4S7 1 1 1 E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 UBR4 sp|Q5T4S7|UBR4_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBR4 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0.2 0.2 0.2 573.83 5183 5183 0.0087946 1.7588 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0.2 0 0 3408600 0 3408600 3408600 0 3408600 0 0 0 0 0 0 1253 2203 True 2256 6818 8950 8950 Q5T6F2 Q5T6F2 3 3 3 Ubiquitin-associated protein 2 UBAP2 sp|Q5T6F2|UBAP2_HUMAN Ubiquitin-associated protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBAP2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 1 2 3 1 2 3 1 3.5 3.5 3.5 117.11 1119 1119 0 10.231 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0039 1.2464 60.15 4 2 Median 1.0039 0.65518 NaN 1.2464 0.80588 NaN 19.822 92.52 NaN 2 2 0 1 1 0 Median Median Median 2.7 3.5 1.3 28244000 14582000 13662000 15116000 6919900 8195800 13129000 7662100 5466600 0 0 0 1254 1698;3041;10799 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2455;2456;11704;14243;14244;14245;34492;46085;46363;46364;46365;46366;46367;46368;46381;46382;46383;46543;46544;46545;46546;46547;48061;48062;48063;54482;54483;54484;54485;54486 2456;11704;14243;34492;46085;46368;46383;46543;46547;48063;54485 Q5TBA9 Q5TBA9 2 2 1 Protein furry homolog FRY sp|Q5TBA9|FRY_HUMAN Protein furry homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FRY PE=1 SV=1 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 1 1 0.5 0.5 0.2 338.87 3013 3013 0.001692 2.396 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75104 0.87343 14.158 6 0 Leave out requantified 0.74373 0.76363 0.79549 0.8819 0.91798 0.79376 15.522 4.877 27.685 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 0.5 0.5 0.5 143510000 78789000 64722000 46427000 24015000 22412000 45752000 26075000 19676000 51333000 28699000 22634000 1256 1111;2543 True;True 1136;2607 3422;3423;3424;7949;7950;7951 4518;4519;10404;10405;10406 4518;10405 Q5TBB1 Q5TBB1 5 5 5 Ribonuclease H2 subunit B RNASEH2B sp|Q5TBB1|RNH2B_HUMAN Ribonuclease H2 subunit B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNASEH2B PE=1 SV=1 1 5 5 5 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sp|Q68E01|INT3_HUMAN Integrator complex subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=INTS3 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 4.6 4.6 4.6 118.07 1043 1043 0 7.2335 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0801 1.2028 25.565 7 2 Leave out requantified 0.96843 1.1608 1.1442 1.1067 1.3218 1.1837 1.5655 40.452 36.694 2 3 2 0 1 1 Median Median Median 3.9 4.6 1.9 59334000 28037000 31297000 14144000 7515000 6628600 25679000 11574000 14106000 19511000 8948700 10562000 1273 1885;4327;12455 True;True;True 1930;4434;12764 5851;5852;13458;13459;13460;39088;39089;39090 7640;7641;17548;17549;17550;17551;50381;50382;50383 7640;17551;50382 Q68EM7 Q68EM7 17 17 17 Rho GTPase-activating protein 17 ARHGAP17 sp|Q68EM7|RHG17_HUMAN Rho GTPase-activating protein 17 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARHGAP17 PE=1 SV=1 1 17 17 17 14 16 15 14 16 15 14 16 15 33.4 33.4 33.4 95.436 881 881 0 283.62 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83868 0.95586 10.921 64 22 Leave out requantified 0.79105 0.82627 1.0244 0.91894 1.039 1.0409 17.761 23.581 9.2005 20 22 22 8 9 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 26.3 33.4 29.2 2912600000 1495500000 1417000000 794410000 422060000 372350000 1022800000 539130000 483710000 1095300000 534340000 560970000 1274 82;298;320;600;2138;3012;3830;5448;5714;6678;8275;8511;9050;10842;11263;13042;13043 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 83;304;326;614;2190;3084;3927;5572;5843;6831;8466;8718;9282;11113;11545;13364;13365 248;249;885;886;887;945;946;947;948;949;950;1843;1844;1845;6645;9358;9359;9360;9361;9362;9363;11904;11905;11906;11907;16952;16953;16954;16955;17909;17910;17911;17912;17913;17914;17915;21056;26062;26063;26064;26859;26860;26861;26862;28624;28625;28626;28627;28628;28629;33953;33954;33955;35251;35252;35253;35254;35255;35256;35257;40913;40914;40915;40916;40917;40918 341;342;343;344;345;1185;1186;1187;1260;1261;1262;1263;1264;1265;1266;1267;1268;1269;1270;1271;1272;1273;2436;2437;2438;2439;8708;12248;12249;12250;12251;12252;12253;12254;12255;12256;12257;12258;12259;15605;15606;15607;15608;15609;15610;22103;22104;22105;22106;23257;23258;23259;23260;23261;23262;27222;33588;33589;33590;33591;33592;34590;34591;34592;34593;34594;34595;36826;36827;36828;36829;36830;36831;36832;36833;36834;36835;36836;43653;43654;43655;43656;43657;43658;43659;45360;45361;45362;45363;45364;45365;45366;52695;52696;52697;52698;52699 342;1186;1267;2436;8708;12255;15607;22105;23260;27222;33589;34592;36834;43659;45366;52696;52697 Q6DD88 Q6DD88 3 3 3 Atlastin-3 ATL3 sp|Q6DD88|ATLA3_HUMAN Atlastin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATL3 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 1 3 3 1 3 3 1 3 7 7 7 60.541 541 541 0 24.097 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82868 0.89965 0.82646 4 0 Leave out requantified 0.76415 NaN 0.89865 0.91709 NaN 0.88255 3.7835 NaN 5.4365 2 0 2 0 0 0 Median Median Median 7 1.3 7 60072000 33550000 26522000 26173000 15213000 10960000 0 0 0 33899000 18337000 15562000 1275 596;4903;10674 True;True;True 610;5017;10942 1835;1836;15312;15313;15314;33461;33462;33463 2430;2431;20016;20017;20018;43029;43030;43031 2431;20017;43029 Q6DKI1 Q6DKI1 1 1 1 60S ribosomal protein L7-like 1 RPL7L1 sp|Q6DKI1|RL7L_HUMAN 60S ribosomal protein L7-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL7L1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.3 6.3 6.3 29.669 255 255 0 8.064 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2126 1.3004 11.395 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 1 Median Median Median 6.3 6.3 6.3 97399000 49503000 47896000 24015000 10785000 13230000 35154000 21082000 14072000 38231000 17636000 20594000 1276 11437 True 11721 35825;35826;35827 46179;46180;46181 46181 Q6DKJ4 Q6DKJ4 3 3 3 Nucleoredoxin NXN sp|Q6DKJ4|NXN_HUMAN Nucleoredoxin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NXN PE=1 SV=2 1 3 3 3 0 2 1 0 2 1 0 2 1 7.1 7.1 7.1 48.392 435 435 0.0011662 2.7674 By MS/MS By MS/MS 3.2866 3.7676 54.084 2 0 Median NaN 3.2866 NaN NaN 3.7676 NaN NaN 54.084 NaN 0 2 0 0 0 0 Median Median Median 0 5.1 2.1 42351000 14535000 27816000 0 0 0 42351000 14535000 27816000 0 0 0 1277 2513;8782;9565 True;True;True 2576;9005;9811 7841;27737;30195 10246;35670;38799 10246;35670;38799 Q6IA86 Q6IA86 1 1 1 Elongator complex protein 2 ELP2 sp|Q6IA86|ELP2_HUMAN Elongator complex protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELP2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6 1.6 1.6 92.499 826 826 0.00060716 3.1839 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0177 1.1776 20.466 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 1.6 1.6 1.6 25415000 13355000 12060000 10215000 5627400 4587800 9282300 5034700 4247600 5917800 2692800 3225000 1278 10947 True 11220 34266;34267;34268 44052;44053;44054;44055 44054 Q6IBS0 Q6IBS0 1 1 1 Twinfilin-2 TWF2 sp|Q6IBS0|TWF2_HUMAN Twinfilin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TWF2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 5.4 5.4 5.4 39.548 349 349 0.0011655 2.7651 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 5.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1279 12952 True 13271 40612 52302 52302 Q6IBW4 Q6IBW4 2 2 2 Condensin-2 complex subunit H2 NCAPH2 sp|Q6IBW4|CNDH2_HUMAN Condensin-2 complex subunit H2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NCAPH2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3.1 3.1 3.1 68.226 605 605 0 7.8443 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.59564 0.6825 55.946 8 5 Median 0.61829 0.57383 0.518 0.7052 0.66054 0.51257 70.141 41.252 60.177 3 3 2 2 2 1 Median Median Median 3.1 3.1 3.1 96588000 58274000 38314000 36845000 22493000 14352000 35007000 20772000 14236000 24736000 15009000 9726700 1280 3701;4281 True;True 3791;4387 11489;11490;11491;11492;13301;13302;13303;13304 15063;15064;15065;15066;15067;17349;17350;17351;17352;17353 15063;17349 Q6IQ21 Q6IQ21 1 1 1 Zinc finger protein 770 ZNF770 sp|Q6IQ21|ZN770_HUMAN Zinc finger protein 770 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF770 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2 2 2 80.006 691 691 1 -2 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 2 0 0 1634300 1634300 0 1634300 1634300 0 0 0 0 0 0 0 + 1281 6774 True 6930 21361 27616 27616 364 415 Q6L8Q7 Q6L8Q7 1 1 1 2,5-phosphodiesterase 12 PDE12 sp|Q6L8Q7|PDE12_HUMAN 2,5-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDE12 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 67.351 609 609 0.0022334 2.3177 By matching By matching By MS/MS 0.82693 0.84419 19.232 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2 2 2 54803000 32451000 22351000 15725000 9750500 5974100 17737000 10442000 7294500 21341000 12259000 9082700 1282 13036 True 13358 40894;40895;40896 52673;52674 52673 Q6N069 Q6N069 3 2 2 N-alpha-acetyltransferase 16, NatA auxiliary subunit NAA16 sp|Q6N069|NAA16_HUMAN N-alpha-acetyltransferase 16, NatA auxiliary subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAA16 PE=1 SV=2 1 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 3.7 2.5 2.5 101.46 864 864 0.0058047 1.8728 By MS/MS By MS/MS By matching 0.84964 1.0534 16.94 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 2.5 2.3 2.3 20503000 10969000 9534500 4685400 2298900 2386400 7356200 4287300 3068900 8461900 4382800 4079200 1283 2033;7039;9691 False;True;True 2079;7201;9942 6300;6301;6302;22233;22234;30563 8214;8215;8216;8217;28777;39299 8217;28777;39299 Q6NXR4 Q6NXR4 1 1 1 TELO2-interacting protein 2 TTI2 sp|Q6NXR4|TTI2_HUMAN TELO2-interacting protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTI2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2.6 2.6 2.6 56.914 508 508 0 3.5446 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 2.6 0 10015000 3991300 6023300 0 0 0 10015000 3991300 6023300 0 0 0 1284 1931 True 1976 5975 7795 7795 Q6NYC1 Q6NYC1 3 3 3 Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 JMJD6 sp|Q6NYC1|JMJD6_HUMAN Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=JMJD6 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 9.4 9.4 9.4 46.461 403 403 0 14.254 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.012 1.0958 5.9898 9 3 Leave out requantified 0.98935 0.90197 1.2149 1.1322 1.067 1.2131 7.2454 54.216 14.386 3 4 2 1 2 0 Plateau Median Median 9.4 9.4 6.7 162250000 77749000 84499000 35957000 20563000 15394000 81580000 36341000 45239000 44711000 20845000 23866000 1285 176;1288;3825 True;True;True 179;1320;3922 532;533;534;3968;3969;11895;11896;11897;11898 711;5277;15596;15597;15598;15599 711;5277;15599 Q6P582;Q6NZ67 Q6P582;Q6NZ67 2;2 2;2 2;2 Mitotic-spindle organizing protein 2A;Mitotic-spindle organizing protein 2B MZT2A;MZT2B sp|Q6P582|MZT2A_HUMAN Mitotic-spindle organizing protein 2A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MZT2A PE=1 SV=2;sp|Q6NZ67|MZT2B_HUMAN Mitotic-spindle organizing protein 2B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MZT2B PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 18.4 18.4 18.4 16.22 158 158;158 0 3.9261 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86264 0.94633 17.401 6 3 Median 0.68463 0.86912 1.0886 0.80031 1.0245 1.0839 0.65013 12.985 17.432 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 18.4 18.4 18.4 86475000 49120000 37355000 25713000 14281000 11432000 28416000 16471000 11945000 32346000 18368000 13978000 1286 6121;6941 True;True 6258;7100 19190;19191;19192;21899;21900;21901 24859;24860;28337;28338;28339 24859;28337 Q6NZI2 Q6NZI2 3 3 3 Polymerase I and transcript release factor PTRF sp|Q6NZI2|CAVN1_HUMAN Caveolae-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAVIN1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 11 11 11 43.476 390 390 0 23.941 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89935 1.0141 0.61981 11 5 Leave out requantified 0.73745 0.87685 0.94978 0.87245 1.1496 0.97954 30.369 9.4132 3.6117 4 4 3 3 1 1 Median Linear Plateau 9 11 6.4 202210000 115130000 87082000 65909000 39104000 26805000 89193000 50469000 38724000 47112000 25559000 21553000 1287 2875;5933;9230 True;True;True 2943;6067;9469 8922;8923;18598;18599;18600;18601;29190;29191;29192;29193;29194;29195 11682;24120;24121;24122;24123;37553;37554;37555;37556;37557;37558;37559 11682;24123;37556 Q6P158 Q6P158 3 3 3 Putative ATP-dependent RNA helicase DHX57 DHX57 sp|Q6P158|DHX57_HUMAN Putative ATP-dependent RNA helicase DHX57 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DHX57 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 3.3 3.3 3.3 155.6 1386 1386 0 8.6138 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76199 0.81806 33.446 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 0.9 0.9 2.4 11162000 6566400 4595400 3480300 2132900 1347400 0 0 0 7681500 4433500 3248000 1288 909;1271;2019 True;True;True 931;1302;2065 2824;3922;6243;6244 3722;5217;8144;8145 3722;5217;8144 Q6P1J9 Q6P1J9 11 11 11 Parafibromin CDC73 sp|Q6P1J9|CDC73_HUMAN Parafibromin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC73 PE=1 SV=1 1 11 11 11 7 8 6 7 8 6 7 8 6 20.5 20.5 20.5 60.576 531 531 0 22.138 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97939 1.2371 12.975 21 10 Leave out requantified 0.80907 0.95977 1.1592 1.021 1.1682 1.1427 29.413 11.069 18.336 7 8 6 4 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Median 12.1 13.2 12.6 593180000 321640000 271540000 197020000 112470000 84549000 209680000 107580000 102090000 186490000 101590000 84897000 1289 30;844;1995;3270;4277;5725;8799;10090;10299;11180;11791 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 31;866;2041;3350;4383;5854;9023;10347;10560;11459;12087 95;96;2618;6167;6168;6169;10175;13292;13293;17941;27806;27807;27808;31690;31691;31692;32301;32302;32303;34978;34979;36899;36900 139;140;3443;8032;8033;8034;8035;8036;8037;13377;17341;23300;35753;35754;35755;40673;40674;40675;41486;41487;41488;44975;44976;47535;47536 140;3443;8032;13377;17341;23300;35753;40674;41486;44976;47536 Q6P1N0 Q6P1N0 4 4 4 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1A CC2D1A sp|Q6P1N0|C2D1A_HUMAN Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CC2D1A PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 1 2 3 1 2 3 1 7.4 7.4 7.4 104.06 951 951 0 8.7287 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0629 1.2197 45.2 5 2 Median 1.0581 0.70415 NaN 1.1839 0.87977 NaN 59.436 59.195 NaN 2 2 1 1 1 0 Median Median Median 3.6 5.5 1.9 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3938;3939;3940;3941;30917;36640;36641;36642 5239;5240;5241;5242;39729;47215;47216;47217;47218;47219;47220;47221 5242;39729;47215 Q6P1R4 Q6P1R4 2 2 2 tRNA-dihydrouridine(16/17) synthase [NAD(P)(+)]-like DUS1L sp|Q6P1R4|DUS1L_HUMAN tRNA-dihydrouridine(16/17) synthase [NAD(P)(+)]-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DUS1L PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5.7 5.7 5.7 53.23 473 473 0 4.3783 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.59388 0.64328 26.978 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.7 3 2.7 26263000 16432000 9831900 9768500 6129700 3638700 3708800 1418300 2290500 12786000 8883400 3902800 1292 632;3453 True;True 647;3535 1930;10734;10735 2544;14082;14083 2544;14083 Q6P2E9 Q6P2E9 5 5 5 Enhancer of mRNA-decapping protein 4 EDC4 sp|Q6P2E9|EDC4_HUMAN Enhancer of mRNA-decapping protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EDC4 PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 3 4 4 3 4 4 3 4 6.3 6.3 6.3 151.66 1401 1401 0 26.933 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76533 0.90672 5.3289 11 5 Leave out requantified 0.75845 0.79946 0.89548 0.87803 0.93635 0.90979 7.9542 15.915 28.325 4 3 4 1 1 3 Leave out requantified Median Median 3.9 3.3 5.7 252400000 135930000 116470000 84065000 43289000 40776000 77907000 44374000 33532000 90433000 48267000 42166000 1293 732;2501;5553;6992;7264 True;True;True;True;True 750;2564;5680;7153;7429 2274;7797;7798;7799;7800;17377;22087;22088;22089;22864;22865;22866 2986;10193;10194;10195;10196;10197;22619;28593;28594;28595;28596;28597;29571;29572;29573 2986;10197;22619;28597;29571 Q6P2Q9 Q6P2Q9 35 35 35 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 PRPF8 sp|Q6P2Q9|PRP8_HUMAN Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF8 PE=1 SV=2 1 35 35 35 32 28 28 32 28 28 32 28 28 17.8 17.8 17.8 273.6 2335 2335 0 127.01 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85405 0.96199 19.398 93 15 Leave out requantified 0.81711 0.79405 0.95054 0.94242 0.9621 0.92433 24.476 23.678 18.312 32 31 30 6 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16 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1 PDXDC1 sp|Q6P996|PDXD1_HUMAN Pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDXDC1 PE=1 SV=2 2 5 5 5 5 4 3 5 4 3 5 4 3 11.3 11.3 11.3 86.706 788 788;469 0 15.76 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1369 1.3994 12.594 15 2 Leave out requantified 1.1778 1.0433 1.4871 1.4225 1.1632 1.5328 15.696 23.657 9.5835 6 5 4 1 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Median 11.3 8.9 6.2 315460000 134550000 180910000 92229000 41497000 50731000 113340000 51327000 62008000 109900000 41729000 68169000 1295 4801;5111;5292;9626;11299 True;True;True;True;True 4915;5229;5414;9873;11581 14979;14980;14981;15892;16427;16428;16429;16430;30359;30360;35361;35362;35363;35364;35365 19563;19564;19565;19566;19567;20735;21444;21445;21446;39023;45504;45505;45506 19563;20735;21444;39023;45506 Q6PD62 Q6PD62 8 8 8 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog CTR9 sp|Q6PD62|CTR9_HUMAN RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CTR9 PE=1 SV=1 1 8 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protein 1 TRMT10C sp|Q7L0Y3|TM10C_HUMAN tRNA methyltransferase 10 homolog C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT10C PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 4 2 4 4 2 4 4 2 16.6 16.6 16.6 47.346 403 403 0 25.389 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77861 0.8397 3.8036 10 4 Leave out requantified 0.62147 0.75415 0.82707 0.74926 0.92969 0.8397 16.26 41.153 3.8036 4 4 2 2 2 0 Median Median Median 13.9 13.6 8.9 160590000 94820000 65775000 52940000 32703000 20237000 74918000 44340000 30578000 32737000 17777000 14961000 1321 3595;7635;7698;7855;10885 True;True;True;True;True 3685;7807;7870;8036;11158 11208;24028;24217;24218;24738;24739;24740;34073;34074;34075 14729;31071;31330;31331;31989;43802;43803;43804;43805;43806;43807;43808 14729;31071;31330;31989;43804 Q7L1Q6 Q7L1Q6 15 15 14 Basic leucine zipper and W2 domain-containing protein 1 BZW1 sp|Q7L1Q6|BZW1_HUMAN Basic leucine zipper and W2 domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BZW1 PE=1 SV=1 1 15 15 14 13 12 11 13 12 11 12 11 10 32.5 32.5 30.8 48.043 419 419 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out requantified Median 7.3 5.7 4.4 152110000 85669000 66440000 55233000 35617000 19615000 52986000 29503000 23483000 43891000 20549000 23342000 1324 5105;7928;8604;12555 True;True;True;True 5223;8110;8820;12866 15876;24954;24955;24956;27167;27168;39406;39407;39408 20716;32229;32230;32231;32232;32233;32234;32235;34962;34963;50775;50776;50777;50778;50779 20716;32235;34962;50775 Q7L4I2 Q7L4I2 1 1 1 Arginine/serine-rich coiled-coil protein 2 RSRC2 sp|Q7L4I2|RSRC2_HUMAN Arginine/serine-rich coiled-coil protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RSRC2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.7 3.7 3.7 50.559 434 434 0 7.2408 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8471 1.0916 16.101 4 1 Linear NaN NaN 0.8471 NaN NaN 0.90048 NaN NaN 12.295 1 1 2 0 1 0 Median Median Median 3.7 3.7 3.7 18913000 10714000 8199500 4380300 2228700 2151600 7472000 4824200 2647800 7060800 3660700 3400100 1325 10193 True 10451 31976;31977;31978;31979 41035;41036;41037 41036 Q7L576;Q96F07 Q7L576 7;2 7;2 7;2 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 CYFIP1 sp|Q7L576|CYFP1_HUMAN Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CYFIP1 PE=1 SV=1 2 7 7 7 6 5 3 6 5 3 6 5 3 6.2 6.2 6.2 145.18 1253 1253;1278 0 21.778 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89255 1.0034 10.236 13 2 Leave out requantified 0.85603 0.88154 0.93405 0.95132 1.0116 0.93441 15.773 9.8545 11.307 6 5 2 2 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 5.2 4.6 2.5 271900000 164460000 107440000 118900000 77706000 41195000 87846000 50843000 37003000 65153000 35914000 29239000 1326 1540;1831;7385;10315;11842;11875;13470 True;True;True;True;True;True;True 1577;1876;7553;10578;12138;12171;13805 4764;4765;5683;5684;23232;23233;23234;32366;37046;37047;37048;37152;42213;42214 6268;6269;6270;6271;7446;7447;30044;30045;30046;41601;47727;47728;47729;47866;54320;54321 6268;7446;30046;41601;47728;47866;54320 Q7L7X3;Q9H2K8 Q7L7X3 4;1 4;1 4;1 Serine/threonine-protein kinase TAO1 TAOK1 sp|Q7L7X3|TAOK1_HUMAN Serine/threonine-protein kinase TAO1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TAOK1 PE=1 SV=1 2 4 4 4 3 1 4 3 1 4 3 1 4 6.6 6.6 6.6 116.07 1001 1001;898 0 8.4247 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73684 0.89134 5.8699 8 4 Leave out requantified 0.71568 NaN 0.90469 0.89981 NaN 0.90303 18.348 NaN 11.335 3 1 4 2 0 2 Median Median Median 3.9 1.3 6.6 78561000 47500000 31061000 25968000 16917000 9051600 12311000 7453000 4858500 40281000 23130000 17151000 1327 438;3390;7019;7641 True;True;True;True 447;3471;7181;7813 1327;1328;1329;1330;10543;10544;22183;22184;24041 1757;1758;1759;1760;1761;13838;28721;28722;31084 1758;13838;28722;31084 Q7LBC6 Q7LBC6 4 4 4 Lysine-specific demethylase 3B KDM3B sp|Q7LBC6|KDM3B_HUMAN Lysine-specific demethylase 3B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KDM3B PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 3.2 3.2 3.2 191.58 1761 1761 0 9.4271 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84416 1.0053 35.451 9 4 Leave out requantified 1.0328 0.84979 0.83856 1.2566 1.0753 0.93995 13.068 36.613 21.663 3 3 3 3 0 1 Median Leave out requantified Median 1.8 2.5 2.4 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protein KIF21A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF21A PE=1 SV=2 4 11 11 11 8 8 9 8 8 9 8 8 9 9 9 9 187.18 1674 1674;1343;1401;1637 0 31.192 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84168 0.96697 14.534 24 8 Leave out requantified 0.82602 0.81347 0.98708 0.94299 0.9612 0.98598 20.669 18.431 8.841 8 8 8 2 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 7.2 7.6 6.8 533780000 283970000 249800000 168010000 90302000 77712000 171760000 102310000 69452000 194000000 91358000 102640000 1340 404;3895;4780;6365;6684;7630;8126;11591;11883;12058;13353 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 411;3993;4894;6511;6837;7802;8313;11880;12179;12358;13683 1206;12122;12123;12124;14909;14910;20027;20028;20029;21064;21065;21066;24017;24018;24019;25586;36289;36290;37178;37711;37712;37713;37714;41853;41854;41855 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5492;7789;7790;11655;11656;11657;28064;28065;28066;28067;28068;37063 5492;7790;11655;28066;37063 Q7Z5L9 Q7Z5L9 3 3 3 Interferon regulatory factor 2-binding protein 2 IRF2BP2 sp|Q7Z5L9|I2BP2_HUMAN Interferon regulatory factor 2-binding protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IRF2BP2 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 1 2 2 1 2 2 1 2 11.9 11.9 11.9 61.024 587 587 0 44.324 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0774 1.2305 94.027 5 2 Median 1.0953 NaN 2.7459 1.3285 NaN 2.7457 36.546 NaN 164.96 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 8.2 3.4 7.2 301900000 72175000 229730000 43666000 22269000 21397000 20713000 8636700 12076000 237520000 41270000 196250000 1342 18;1790;4999 True;True;True 19;1834;5116 67;5531;5532;5533;15578 105;7250;7251;7252;7253;7254;7255;20344 105;7251;20344 Q7Z6Z7 Q7Z6Z7 3 3 3 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 HUWE1 sp|Q7Z6Z7|HUWE1_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HUWE1 PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 1 1 1 481.89 4374 4374 0 7.6001 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2864 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MS/MS 0.87464 0.96947 1.377 5 0 Leave out requantified 0.82484 0.96082 NaN 0.95407 1.1269 NaN 0.88856 15.376 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 4.4 4.4 2.4 108760000 53725000 55032000 37691000 19460000 18230000 40282000 18282000 22000000 30784000 15982000 14802000 1346 3369;9754 True;True 3449;10006 10476;10477;10478;30728;30729 13753;13754;13755;13756;13757;13758;39491;39492 13756;39492 Q86TU7 Q86TU7 5 5 5 Histone-lysine N-methyltransferase setd3 SETD3 sp|Q86TU7|SETD3_HUMAN Actin-histidine N-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SETD3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 4 2 3 4 2 3 4 2 12 12 12 67.256 594 594 0 16.786 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90131 1.0189 13.797 9 2 Leave out requantified 0.92376 0.88345 1.0618 1.1687 1.0196 1.0817 15.459 13.827 1.6127 3 4 2 1 1 0 Median Leave out requantified Median 6.4 9.4 5.6 126540000 64276000 62268000 33230000 16117000 17113000 53771000 29314000 24457000 39542000 18845000 20697000 1347 2980;8878;9657;10363;12216 True;True;True;True;True 3050;9103;9907;10626;12520 9237;9238;9239;28051;30451;30452;32490;38299;38300 12062;12063;12064;36079;39146;39147;41755;49367;49368 12063;36079;39146;41755;49368 Q86U86 Q86U86 5 5 5 Protein polybromo-1 PBRM1 sp|Q86U86|PB1_HUMAN Protein polybromo-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PBRM1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 2 5 4 2 5 4 2 5 4 3.6 3.6 3.6 192.95 1689 1689 0 10.985 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89715 1.0069 36.447 7 4 Median NaN 0.86186 1.0011 NaN 0.98565 1.0069 NaN 25.507 52.882 1 3 3 1 1 2 Median Median Median 1.9 3.6 3.2 54244000 32510000 21734000 10064000 6821600 3242900 24360000 14389000 9971100 19820000 11300000 8520000 1348 914;1741;5585;7661;13277 True;True;True;True;True 936;1784;5712;7833;13606 2833;2834;5372;17520;17521;17522;24099;24100;41626;41627;41628 3734;3735;7066;22782;22783;22784;31156;53572;53573;53574 3735;7066;22782;31156;53574 Q86UK7 Q86UK7 4 4 4 Zinc finger protein 598 ZNF598 sp|Q86UK7|ZN598_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase ZNF598 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF598 PE=1 SV=1 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Median 7 11.3 14.4 78435000 36384000 42051000 0 0 0 21009000 9112700 11896000 57426000 27271000 30155000 1353 9589;9717;10562 True;True;True 9835;9968;10828 30259;30628;30629;33109;33110 38876;39371;39372;42560;42561 38876;39372;42560 Q86VP6 Q86VP6 10 10 10 Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1 CAND1 sp|Q86VP6|CAND1_HUMAN Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAND1 PE=1 SV=2 1 10 10 10 10 5 9 10 5 9 10 5 9 9.6 9.6 9.6 136.37 1230 1230 0 24.877 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1465 1.3673 21.379 24 7 Leave out requantified 1.0891 0.8663 1.9922 1.3492 1.0578 1.9917 16.599 27.632 24.524 10 5 9 2 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 9.6 5 8.9 414510000 183290000 231210000 168560000 82274000 86290000 90941000 51122000 39819000 155000000 49899000 105100000 1354 768;2866;4215;5961;6369;7382;8176;8683;10995;11489 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 786;2934;4317;6097;6515;7550;8364;8903;11269;11774 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=THOC6 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 7.3 7.3 7.3 37.535 341 341 0 3.5861 By MS/MS 0.89651 0.89507 4.1653 2 1 Median NaN NaN 0.89651 NaN NaN 0.89507 NaN NaN 4.1653 0 0 2 0 0 1 Median Median Median 0 0 7.3 26144000 13057000 13088000 0 0 0 0 0 0 26144000 13057000 13088000 1356 10726;10880 True;True 10996;11152 33621;34059 43258;43785 43258;43785 Q86W92 Q86W92 3 3 3 Liprin-beta-1 PPFIBP1 sp|Q86W92|LIPB1_HUMAN Liprin-beta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPFIBP1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 2 0 1 2 0 1 2 0 3.7 3.7 3.7 114.02 1011 1011 0 7.3076 By MS/MS By MS/MS 0.77336 0.88681 1.2918 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 1 0 Median Median Median 1.3 2.4 0 38579000 16009000 22570000 5486000 3308100 2177800 33093000 12701000 20392000 0 0 0 1357 677;1938;10745 True;True;True 693;1983;11016 2084;2085;5991;33682 2753;2754;7814;43322 2754;7814;43322 Q86WJ1 Q86WJ1 1 1 1 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like CHD1L sp|Q86WJ1|CHD1L_HUMAN 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1057;1058;1059;1060;1061;5289;5290;5291;5292;5293;5294;5295;5793;5794;5795;5796;5797;5798;5799;5800;5801;5802;5803;5804;7487;7488;7489;7490;7491;7492;19726;19727;19728;19729;19730;44056;44057;47867;47868;47869 1059;5295;5802;7492;19729;44057;47868 Q8IWX8 Q8IWX8 5 5 5 Calcium homeostasis endoplasmic reticulum protein CHERP sp|Q8IWX8|CHERP_HUMAN Calcium homeostasis endoplasmic reticulum protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHERP PE=1 SV=3 1 5 5 5 2 4 3 2 4 3 2 4 3 7.9 7.9 7.9 103.7 916 916 0 12.576 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2708 1.4085 40.519 9 2 Leave out requantified 1.1937 1.6034 1.0072 1.4197 2.054 1.0391 32.225 47.421 39.225 2 4 3 1 1 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 3.5 7 4.4 208550000 104140000 104410000 42696000 19678000 23018000 90319000 48185000 42135000 75533000 36277000 39257000 1370 3146;5268;7101;9351;13001 True;True;True;True;True 3220;5389;7263;9591;13323 9777;16361;16362;16363;22404;29543;29544;29545;40791 12825;21347;21348;21349;21350;28984;37967;37968;37969;37970;52540 12825;21350;28984;37967;52540 Q8IWZ3 Q8IWZ3 7 3 3 Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 ANKHD1 sp|Q8IWZ3|ANKH1_HUMAN Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANKHD1 PE=1 SV=1 1 7 3 3 3 6 4 2 2 2 2 2 2 3.9 1.7 1.7 269.45 2542 2542 0 8.9165 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1253 1.2761 14.121 4 2 Median 1.1983 NaN NaN 1.3807 NaN NaN 15.617 NaN NaN 2 1 1 1 0 1 Median Median Median 1.7 3.5 2.5 27834000 13248000 14586000 17037000 8051600 8985100 5469900 2515600 2954300 5327700 2680700 2647000 1371 7089;8203;9364;10503;11342;11806;11830 False;False;True;True;False;True;False 7251;8392;9604;10768;11624;12102;12126 22376;22377;25846;29568;32910;32911;32912;35493;35494;35495;36947;36948;37013 28957;28958;33315;37996;42307;42308;42309;45712;45713;45714;47598;47599;47687 28957;33315;37996;42309;45712;47598;47687 Q8IX12 Q8IX12 9 9 9 Cell division cycle and apoptosis regulator protein 1 CCAR1 sp|Q8IX12|CCAR1_HUMAN Cell division cycle and apoptosis regulator protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCAR1 PE=1 SV=2 1 9 9 9 7 8 7 7 8 7 7 8 7 10.5 10.5 10.5 132.82 1150 1150 0 33.877 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81447 0.93544 4.1133 23 5 Leave out requantified 0.73284 0.76299 0.93531 0.93677 0.9341 0.94401 18.668 14.763 7.523 7 9 7 0 4 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.3 9.3 8.3 673550000 354300000 319250000 177940000 101660000 76280000 279630000 145770000 133850000 215980000 106870000 109110000 1372 4169;6234;7692;8940;10113;12265;12635;12654;13290 True;True;True;True;True;True;True;True;True 4271;6377;7864;9168;10370;12569;12950;12970;13619 12958;12959;12960;19570;19571;19572;24198;24199;24200;28285;31757;31758;38463;38464;38465;39684;39685;39742;39743;39744;41663;41664;41665 16883;16884;16885;16886;25328;25329;25330;25331;25332;25333;25334;25335;31298;31299;31300;31301;31302;31303;36369;40754;40755;49593;49594;51144;51145;51201;51202;51203;53615;53616;53617;53618 16886;25334;31303;36369;40755;49593;51145;51203;53616 Q8IX18 Q8IX18 2 2 2 Probable ATP-dependent RNA helicase DHX40 DHX40 sp|Q8IX18|DHX40_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DHX40 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DHX40 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 3.9 3.9 3.9 88.559 779 779 0 5.1186 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0453 1.2869 28.592 6 0 Median 0.95613 0.9328 1.7725 1.1835 1.1063 1.8798 26.65 6.5842 1.566 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 1.7 1.7 3.9 59703000 29110000 30593000 10188000 5493900 4694100 27920000 14556000 13364000 21594000 9059500 12535000 1373 4432;7337 True;True 4539;7504 13781;23102;23103;23104;23105;23106;23107 17994;29890;29891 17994;29891 Q8IXB1 Q8IXB1 1 1 1 DnaJ homolog subfamily C member 10 DNAJC10 sp|Q8IXB1|DJC10_HUMAN DnaJ homolog subfamily C member 10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAJC10 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.3 1.3 1.3 91.079 793 793 0.0047974 1.9675 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76032 0.80409 24.256 4 3 Median NaN 0.82821 NaN NaN 0.95873 NaN NaN 26.42 NaN 1 2 1 1 2 0 Median Median Median 1.3 1.3 1.3 34463000 19164000 15299000 7458200 4106200 3352000 16552000 9176800 7375100 10453000 5881100 4572200 1374 8763 True 8986 27673;27674;27675;27676 35601;35602;35603;35604;35605 35604 Q8IXH7 Q8IXH7 1 1 1 Negative elongation factor C/D NELFCD sp|Q8IXH7|NELFD_HUMAN Negative elongation factor C/D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NELFCD PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2 2.2 2.2 66.246 590 590 0 6.4971 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86724 0.96183 10.801 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.2 2.2 2.2 84248000 46593000 37655000 26516000 14149000 12367000 26104000 15117000 10987000 31628000 17327000 14301000 1375 4375 True 4482 13598;13599;13600 17745;17746;17747 17747 Q8IY67 Q8IY67 2 2 2 Ribonucleoprotein PTB-binding 1 RAVER1 sp|Q8IY67|RAVR1_HUMAN Ribonucleoprotein PTB-binding 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAVER1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 5.8 5.8 5.8 63.876 606 606 0 7.2719 By matching By MS/MS 1.0072 1.1968 9.1871 3 1 Median NaN 0.96315 NaN NaN 1.1503 NaN NaN 12.584 NaN 1 2 0 0 1 0 Median Median Median 2.1 5.8 0 20442000 10897000 9544900 1699900 953200 746710 18742000 9943600 8798200 0 0 0 1376 747;10303 True;True 765;10564 2312;32315;32316 3038;41502;41503 3038;41502 Q8IY81 Q8IY81 9 9 9 pre-rRNA processing protein FTSJ3 FTSJ3 sp|Q8IY81|SPB1_HUMAN pre-rRNA processing protein FTSJ3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FTSJ3 PE=1 SV=2 1 9 9 9 6 8 5 6 8 5 6 8 5 17.7 17.7 17.7 96.557 847 847 0 40.579 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8795 1.0081 11.777 23 10 Leave out requantified 0.83606 0.82034 0.99169 1.0741 0.98137 0.98972 20.643 16.76 8.607 7 9 7 3 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.5 16.1 10.5 606840000 317320000 289520000 167890000 89696000 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7 7 7 Cell cycle and apoptosis regulator protein 2 CCAR2 sp|Q8N163|CCAR2_HUMAN Cell cycle and apoptosis regulator protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCAR2 PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 5 6 6 5 6 6 5 6 10 10 10 102.9 923 923 0 34.714 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80808 0.93322 18.038 21 9 Leave out requantified 0.73075 0.64782 1.0743 0.88102 0.81472 1.0978 16.109 33.825 24.023 7 6 8 2 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.9 7.7 8.8 513440000 269370000 244070000 142330000 78794000 63534000 152140000 89705000 62437000 218970000 100870000 118100000 1385 1553;2472;4144;10715;11476;12566;12778 True;True;True;True;True;True;True 1591;2534;4245;10985;11760;12877;13096 4801;7692;7693;7694;7695;7696;7697;12879;12880;12881;33585;33586;33587;35927;39446;39447;39448;39449;39450;40121;40122;40123 6318;6319;10056;10057;10058;10059;10060;10061;10062;10063;10064;16800;43212;43213;43214;46313;50821;50822;50823;50824;50825;50826;51685;51686 6319;10063;16800;43212;46313;50824;51685 Q8N1F7 Q8N1F7 3 3 3 Nuclear pore complex protein Nup93 NUP93 sp|Q8N1F7|NUP93_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup93 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP93 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 4.9 4.9 4.9 93.487 819 819 0 6.7065 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0898 1.2089 136.75 9 8 Median 1.0898 0.85924 1.2843 1.2089 0.97455 1.3054 165.97 169.64 134.77 3 3 3 2 3 3 Median Median Median 4.9 2.8 2.8 74106000 38194000 35911000 27538000 14618000 12920000 24484000 12397000 12087000 22084000 11180000 10904000 1386 7871;8296;8929 True;True;True 8052;8488;9157 24780;26132;26133;26134;28240;28241;28242;28243;28244;28245 32039;33677;33678;33679;33680;36309;36310;36311;36312;36313;36314 32039;33678;36309 Q8N1G2 Q8N1G2 6 6 6 Cap-specific mRNA (nucleoside-2-O-)-methyltransferase 1 CMTR1 sp|Q8N1G2|CMTR1_HUMAN Cap-specific mRNA (nucleoside-2-O-)-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CMTR1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 2 6 2 2 6 2 2 6 2 8.9 8.9 8.9 95.32 835 835 0 17.243 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requantified Leave out requantified 23.2 35.8 26.4 3379700000 1822000000 1557700000 914250000 516180000 398080000 1338700000 711510000 627140000 1126800000 594360000 532460000 1388 208;2368;2825;3161;3210;4960;7270;7394;8657;9595;10438;11092;11486;12922;13345 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 211;2426;2892;3235;3285;5074;7435;7562;8877;9841;10702;11368;11771;13240;13675 630;631;632;633;634;635;636;7339;7340;7341;8762;9816;9817;9818;9819;9820;9969;9970;9971;9972;9973;9974;9975;15475;15476;15477;15478;22879;22880;23271;27357;27358;27359;27360;27361;27362;30278;30279;30280;32715;32716;32717;34698;34699;34700;34701;34702;35951;35952;35953;35954;35955;40528;40529;40530;41834 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protein 6B OTUD6B sp|Q8N6M0|OTU6B_HUMAN Deubiquitinase OTUD6B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OTUD6B PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 2 4 5 2 4 5 2 21.5 21.5 21.5 33.812 293 293 0 8.0041 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95325 0.97238 21.19 14 8 Leave out requantified 0.95325 0.82405 0.98103 1.0891 0.94896 0.97238 26.466 37.231 10.662 5 6 3 2 4 2 Leave out requantified Median Median 16.7 21.5 10.9 408270000 228070000 180200000 145290000 82403000 62890000 160320000 89277000 71045000 102650000 56387000 46268000 1396 495;5373;5596;5712;8289 True;True;True;True;True 505;5495;5723;5841;8481 1493;1494;16686;17553;17554;17555;17556;17557;17558;17903;17904;17905;26113;26114 1975;21798;22818;22819;22820;22821;22822;22823;23253;33660;33661;33662 1975;21798;22823;23253;33661 Q8N6R0 Q8N6R0 6 6 6 Methyltransferase-like protein 13 METTL13 sp|Q8N6R0|EFNMT_HUMAN eEF1A lysine and N-terminal methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EEF1AKNMT PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 5 6 4 5 6 4 5 6 14 14 14 78.767 699 699 0 46.804 By MS/MS 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coactivator 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NCOA7 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1.3 1.3 1.3 106.16 942 942 0.0042849 2 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.3 0 5496400 2835600 2660700 0 0 0 5496400 2835600 2660700 0 0 0 1419 9640 True 9890 30416 39107 39107 Q8NI27 Q8NI27 6 6 6 THO complex subunit 2 THOC2 sp|Q8NI27|THOC2_HUMAN THO complex subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=THOC2 PE=1 SV=2 1 6 6 6 4 5 4 4 5 4 4 5 4 4.7 4.7 4.7 182.77 1593 1593 0 10.373 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96072 1.0542 17.35 12 0 Leave out requantified 0.79309 0.88678 0.96595 0.98788 1.0726 0.95591 32.627 17.979 19.566 4 4 4 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 2.6 4.1 3.5 181400000 90186000 91214000 50187000 26493000 23694000 69574000 35655000 33919000 61638000 28037000 33601000 1420 3384;5149;7348;8671;10266;11815 True;True;True;True;True;True 3464;5267;7515;8891;10527;12111 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GADD45GIP1 sp|Q8TAE8|G45IP_HUMAN Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GADD45GIP1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 5 5 5 25.384 222 222 0.0038168 2.1323 By MS/MS By MS/MS 0.30232 0.38675 14.667 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 5 5 0 15496000 13074000 2421800 6737600 5629100 1108500 8758200 7445000 1313300 0 0 0 1422 4112 True 4213 12791;12792 16682;16683 16682 Q8TAF3 Q8TAF3 2 2 2 WD repeat-containing protein 48 WDR48 sp|Q8TAF3|WDR48_HUMAN WD repeat-containing protein 48 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR48 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 2 2 6.9 6.9 6.9 76.21 677 677 0 3.2685 By MS/MS By MS/MS 0.60747 0.68986 25.518 3 2 Median NaN 0.47123 NaN NaN 0.56418 NaN NaN 32.135 NaN 0 2 1 0 1 1 Median Median Median 0 6.9 6.9 34395000 14981000 19414000 0 0 0 16453000 8418700 8033800 17942000 6562200 11380000 1423 5956;11527 True;True 6091;11813 18671;18672;36074;36075 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10526;15038;25241;48072 Q8WXI9 Q8WXI9 4 3 3 Transcriptional repressor p66-beta GATAD2B sp|Q8WXI9|P66B_HUMAN Transcriptional repressor p66-beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GATAD2B PE=1 SV=1 1 4 3 3 3 4 3 2 3 2 2 3 2 11.1 9.3 9.3 65.26 593 593 0 12.028 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81828 0.87924 12.987 7 0 Leave out requantified 0.62294 0.73459 1.0917 0.75281 0.87977 1.07 22.444 8.3558 31.596 2 3 2 0 0 0 Median Leave out requantified Median 6.9 11.1 9.4 108580000 57732000 50844000 22210000 13770000 8440000 44883000 25102000 19780000 41483000 18860000 22623000 1455 739;8028;10466;11672 False;True;True;True 757;8213;10731;11964 2291;2292;2293;25275;25276;25277;32798;32799;36554;36555 3011;3012;3013;3014;32621;32622;32623;42169;47111;47112;47113;47114 3012;32623;42169;47111 Q8WXX5 Q8WXX5 10 10 10 DnaJ homolog subfamily C member 9 DNAJC9 sp|Q8WXX5|DNJC9_HUMAN DnaJ homolog subfamily C member 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAJC9 PE=1 SV=1 1 10 10 10 8 9 7 8 9 7 8 9 7 39.2 39.2 39.2 29.909 260 260 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Beta-catenin-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CTNNBL1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4 1.4 1.4 65.173 563 563 0.0017143 2.5144 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92196 1.0532 20.704 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.4 1.4 1.4 76213000 39836000 36377000 26450000 14057000 12393000 24122000 13379000 10743000 25641000 12400000 13241000 1457 4241 True 4346 13183;13184;13185 17187;17188;17189;17190;17191;17192 17187 Q8WZ42 Q8WZ42 3 3 3 Titin TTN sp|Q8WZ42|TITIN_HUMAN Titin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTN PE=1 SV=4 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 0.1 0.1 0.1 3816 34350 34350 0 3.3608 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80219 0.87883 27.441 9 0 Leave out requantified 0.80219 0.74813 0.8893 0.99213 0.87883 0.8804 39.767 27.441 12.368 3 3 3 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 0.1 0.1 0.1 1591400000 852770000 738600000 523970000 279480000 244490000 543180000 302060000 241120000 524220000 271230000 252990000 1458 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351;1214;2922;2923;2924;2925;2926;8441;8442;8443;8444;8445;8446;8447;8448;11171;11172;11173;17392;17393;17394;17395;17396;19199;19200;19201;19202;21886;21887;21888;21889;27679;35594;37198;37199;37200;42883;42884;42885;42886;42887;42888;43473;43474;47126;47127;47128;51742;51743;51744;51745;51746;51747 351;1214;2923;8441;11173;17396;19202;21888;27679;35594;37199;42886;43474;47128;51742 Q92925;Q6STE5 Q92925 4;1 4;1 4;1 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 2 SMARCD2 sp|Q92925|SMRD2_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCD2 PE=1 SV=3 2 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 10.4 10.4 10.4 58.92 531 531;483 0 15.539 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82075 0.97222 19.156 8 2 Leave out requantified 0.75126 0.89668 0.81775 0.90307 1.0467 0.82734 18.4 28.488 23.332 4 2 2 0 0 2 Leave out requantified Median Median 10.4 8.7 4.9 119350000 70035000 49312000 46692000 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444;543;1228;4778;6007;6090;8692;8752;9777;11303;13078 1317;1318;1319;1638;1639;3688;14525;14526;14527;18397;18398;18670;26777;26778;26779;26780;26974;30093;34502;34503;34504;40075;40076;40077 1746;2162;2163;2164;4864;18992;18993;18994;18995;18996;23852;24211;34493;34494;34495;34496;34497;34498;34499;34739;38666;38667;44363;44364;44365;44366;51623;51624;51625;51626;51627;51628 1746;2162;4864;18996;23852;24211;34493;34739;38667;44365;51626 Q92973;O14787 Q92973 10;1 10;1 10;1 Transportin-1 TNPO1 sp|Q92973|TNPO1_HUMAN Transportin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TNPO1 PE=1 SV=2 2 10 10 10 10 7 6 10 7 6 10 7 6 14.5 14.5 14.5 102.35 898 898;897 0 84.254 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1238 1.3614 28.044 25 6 Leave out requantified 1.1238 0.96374 1.7655 1.3614 1.1407 1.8188 27.408 24.569 25.469 11 7 7 4 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.5 10 8.8 731720000 332180000 399540000 294040000 143820000 150210000 187900000 93871000 94026000 249790000 94486000 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13 13 9 13 17.2 17.2 17.2 128.3 1102 1102 0 42.516 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96376 1.0514 33.022 30 15 Leave out requantified 0.7033 1.2165 1.1543 0.86302 1.4761 1.1739 36.187 4.9124 29.62 11 7 12 5 4 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.3 11.2 16.1 561690000 280590000 281100000 211640000 111200000 100430000 115210000 59036000 56176000 234840000 110350000 124490000 1493 1566;1994;2663;2676;4038;4056;5178;5531;5937;6154;7614;8089;12559;13164 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1605;2040;2728;2741;4137;4156;5298;5658;6072;6296;7785;8276;12870;13490 4844;4845;6165;6166;8315;8316;8317;8348;8349;8350;12562;12563;12619;12620;12621;12622;16088;17283;17284;17285;17286;18619;18620;18621;19314;19315;19316;19317;23957;23958;23959;25467;25468;39420;39421;39422;39423;39424;39425;41281;41282 6385;6386;6387;8030;8031;10909;10910;10958;10959;10960;16408;16409;16472;16473;16474;16475;20989;22509;22510;22511;22512;24156;24157;24158;25003;25004;25005;25006;30984;30985;32835;32836;50789;50790;50791;50792;50793;50794;53149;53150 6387;8030;10910;10958;16408;16473;20989;22511;24158;25004;30984;32836;50793;53150 Q93045;P16949 Q93045;P16949 2;1 2;1 2;1 Stathmin-2;Stathmin STMN2;STMN1 sp|Q93045|STMN2_HUMAN Stathmin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STMN2 PE=1 SV=3;sp|P16949|STMN1_HUMAN Stathmin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STMN1 PE=1 SV=3 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 10.6 10.6 10.6 20.828 179 179;149 0 10.291 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77474 0.94888 64.039 6 4 Median 0.51855 0.88234 0.58723 0.64739 1.0789 0.58975 49.592 13.687 116.74 2 2 2 2 0 2 Median Median Median 10.6 10.6 5 173170000 97823000 75348000 37768000 22842000 14927000 60973000 30300000 30674000 74429000 44681000 29748000 1494 635;2032 True;True 650;2078 1939;1940;6296;6297;6298;6299 2556;2557;8209;8210;8211;8212;8213 2557;8213 Q969G3 Q969G3 5 5 5 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 SMARCE1 sp|Q969G3|SMCE1_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCE1 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 5 4 4 5 4 4 5 4 16.8 16.8 16.8 46.649 411 411 0 16.108 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98115 1.0593 18.088 18 5 Leave out requantified 0.69186 0.93729 0.85678 0.79593 1.1347 0.87836 36.944 16.43 21.52 6 7 5 2 3 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.4 16.8 14.4 307080000 159500000 147580000 93295000 54873000 38422000 114690000 56659000 58030000 99101000 47968000 51132000 1495 247;5589;6653;7489;10803 True;True;True;True;True 252;5716;6805;7658;11074 738;17533;17534;17535;17536;17537;20980;20981;20982;23573;23574;23575;23576;23577;23578;33847;33848;33849 980;981;22797;22798;22799;22800;22801;22802;27138;30480;30481;30482;30483;30484;43528;43529;43530;43531;43532 981;22797;27138;30480;43530 Q969H6 Q969H6 1 1 1 Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 POP5 sp|Q969H6|POP5_HUMAN Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POP5 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.4 7.4 7.4 18.819 163 163 0 4.3481 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.50261 0.57857 37.735 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 0 Median Median Median 7.4 7.4 7.4 36729000 23581000 13148000 14174000 11035000 3138500 10202000 6967600 3234400 12353000 5577600 6775300 1496 13352 True 13682 41850;41851;41852 53851;53852;53853 53853 Q969M3 Q969M3 1 1 1 Protein YIPF5 YIPF5 sp|Q969M3|YIPF5_HUMAN Protein YIPF5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YIPF5 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 27.989 257 257 0 3.3752 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78248 0.97765 4.4969 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 44636000 25974000 18662000 19946000 11495000 8451300 11587000 6810400 4777000 13103000 7668900 5433700 1497 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coactivator of peroxisome proliferator-activated receptor gamma FAM120B sp|Q96EK7|F120B_HUMAN Constitutive coactivator of peroxisome proliferator-activated receptor gamma OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM120B PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 3 1 1 3 1 1 3 1 4 4 4 103.78 910 910 0 5.8225 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74205 0.87258 2.113 4 0 Leave out requantified NaN 0.80386 NaN NaN 0.93282 NaN NaN 7.3284 NaN 1 2 1 0 0 0 Median Median Median 1.3 4 1.3 21688000 11664000 10024000 5171900 3225000 1946900 12387000 5893100 6493700 4129300 2545600 1583600 1518 9318;9361;9847 True;True;True 9558;9601;10099 29463;29464;29465;29561;30982 37871;37872;37873;37985;39815 37872;37985;39815 Q96EK9 Q96EK9 4 4 4 Protein KTI12 homolog KTI12 sp|Q96EK9|KTI12_HUMAN Protein KTI12 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KTI12 PE=1 SV=1 1 4 4 4 1 2 1 1 2 1 1 2 1 16.7 16.7 16.7 38.615 354 354 0 5.7204 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97492 1.1281 10.995 2 1 Median NaN 0.97492 NaN NaN 1.1281 NaN NaN 10.995 NaN 0 2 0 0 1 0 Median Median Median 5.4 11.3 5.1 21966000 11742000 10224000 0 0 0 19844000 11742000 8101900 2122400 0 2122400 1519 2729;3108;3130;10107 True;True;True;True 2796;3182;3204;10364 8478;9678;9740;31740 11126;12697;12780;40727 11126;12697;12780;40727 Q96EY4 Q96EY4 2 2 2 Translation machinery-associated protein 16 TMA16 sp|Q96EY4|TMA16_HUMAN Translation machinery-associated protein 16 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TMA16 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 7.4 7.4 7.4 23.864 203 203 0.0038126 2.1209 By MS/MS By matching By matching 0.76212 0.86539 9.4844 4 1 Median 0.6798 NaN NaN 0.80507 NaN NaN 2.7151 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 7.4 3.4 3.4 77638000 41510000 36127000 36288000 20493000 15795000 18394000 10495000 7898700 22955000 10522000 12433000 1520 1453;3638 True;True 1490;3728 4522;11319;11320;11321 5956;14861;14862 5956;14862 Q96EY7 Q96EY7 1 1 1 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial PTCD3 sp|Q96EY7|PTCD3_HUMAN Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PTCD3 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2.3 2.3 2.3 78.549 689 689 0.0037879 2.0809 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 2.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1521 12166 True 12469 38115 49123 49123 Q96F86 Q96F86 8 8 8 Enhancer of mRNA-decapping protein 3 EDC3 sp|Q96F86|EDC3_HUMAN Enhancer of mRNA-decapping protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EDC3 PE=1 SV=1 1 8 8 8 5 7 2 5 7 2 5 7 2 19.1 19.1 19.1 56.077 508 508 0 17.09 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85296 1.0747 9.4852 15 8 Leave out requantified 0.87175 0.85296 1.17 1.0803 1.0747 1.1752 39.389 11.197 2.2059 5 8 2 4 4 0 Median Leave out requantified Median 12.6 17.3 5.5 299330000 154690000 144630000 92152000 51260000 40891000 129510000 71537000 57970000 77666000 31897000 45768000 1522 136;887;1353;4258;4797;6709;10764;11684 True;True;True;True;True;True;True;True 139;909;1387;4364;4911;6863;11035;11976 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Signal-induced proliferation-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIPA1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 3.6 3.6 3.6 112.15 1042 1042 0.0011716 2.7999 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0236 1.174 99.419 4 1 Median 0.39208 NaN NaN 0.46049 NaN NaN 144.53 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 3.6 2.1 2.1 899550000 442370000 457180000 297090000 155300000 141800000 307720000 150760000 156960000 294730000 136310000 158420000 1524 7613;9743 True;True 7784;9994 23956;30698;30699;30700 30983;39455;39456;39457 30983;39457 Q96FW1 Q96FW1 3 3 3 Ubiquitin thioesterase OTUB1 OTUB1 sp|Q96FW1|OTUB1_HUMAN Ubiquitin thioesterase OTUB1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OTUB1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 0 3 2 0 3 2 0 3 16.6 16.6 16.6 31.284 271 271 0 12.752 By MS/MS By MS/MS 0.85901 0.94537 47.995 6 5 Median 0.66503 NaN 1.7497 0.7498 NaN 1.7087 22.763 NaN 39.984 3 0 3 3 0 2 Median Median Median 10 0 16.6 69209000 34052000 35157000 33708000 18419000 15289000 0 0 0 35501000 15633000 19868000 1525 3643;4522;6229 True;True;True 3733;4630;6372 11330;11331;14051;19560;19561;19562 14872;14873;18353;25319;25320;25321 14873;18353;25321 Q96FZ2 Q96FZ2 1 1 1 Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein HMCES sp|Q96FZ2|HMCES_HUMAN Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HMCES PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 4.2 4.2 4.2 40.574 354 354 0.0037899 2.0816 By MS/MS By MS/MS 0.91877 1.039 15.338 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 4.2 4.2 18276000 8709900 9566100 0 0 0 8527400 4190300 4337100 9748500 4519600 5229000 1526 8988 True 9219 28438;28439;28440 36576;36577;36578 36577 Q96GA3 Q96GA3 8 8 8 Protein LTV1 homolog LTV1 sp|Q96GA3|LTV1_HUMAN Protein LTV1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LTV1 PE=1 SV=1 1 8 8 8 6 8 6 6 8 6 6 8 6 16.4 16.4 16.4 54.854 475 475 0 19.409 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83473 1.0284 17.391 21 7 Leave out requantified 0.8114 0.87399 0.90632 1.0236 1.069 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4.9 4.9 58.232 515 515 0 8.3083 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0421 1.1485 28.114 4 1 Median NaN 1.0205 NaN NaN 1.2141 NaN NaN 47.938 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 2.3 4.9 2.3 70081000 34273000 35808000 17711000 8194600 9516700 31434000 14685000 16749000 20935000 11393000 9541700 1528 5892;11144 True;True 6025;11422 18454;18455;18456;34849 23924;23925;23926;23927;23928;44808 23927;44808 Q96GM8 Q96GM8 5 5 5 Target of EGR1 protein 1 TOE1 sp|Q96GM8|TOE1_HUMAN Target of EGR1 protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TOE1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 5 16.3 16.3 16.3 56.547 510 510 0 15.393 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88457 0.9507 6.9897 15 4 Leave out requantified 0.88457 0.8121 0.87173 1.0337 0.94087 0.92014 11.329 7.2572 27.049 5 4 6 2 1 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 16.3 14.3 16.3 375830000 204720000 171110000 112320000 67274000 45045000 112700000 67428000 45271000 150810000 70019000 80793000 1529 35;1074;9818;10592;11508 True;True;True;True;True 36;1097;10070;10859;11793 111;112;113;114;115;3311;3312;3313;30904;30905;30906;33199;33200;36014;36015;36016;36017;36018 161;162;163;164;165;4379;4380;4381;4382;4383;39718;39719;39720;42671;42672;46408;46409;46410;46411 161;4383;39719;42671;46409 Q96GQ7 Q96GQ7 7 7 7 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX27 DDX27 sp|Q96GQ7|DDX27_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX27 PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 8.2 8.2 8.2 89.834 796 796 0 14.27 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76331 0.90037 18.961 17 1 Leave out requantified 0.70092 0.81466 0.97958 0.83173 1.0112 0.9629 21.684 16.607 13.101 6 6 5 0 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 7 6.9 7 360940000 195910000 165030000 119270000 66172000 53094000 126270000 70470000 55799000 115400000 59263000 56140000 1530 106;158;733;2596;6093;10773;12638 True;True;True;True;True;True;True 108;161;751;2660;6230;11044;12953 324;325;326;479;480;2275;2276;2277;8101;19110;19111;19112;33768;33769;33770;39691;39692;39693 451;452;453;650;651;652;653;2987;2988;10621;24772;24773;24774;24775;43433;43434;43435;51150 452;653;2988;10621;24772;43435;51150 Q96GY0 Q96GY0 1 1 1 Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A ZC2HC1A sp|Q96GY0|ZC21A_HUMAN Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZC2HC1A PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 35.092 325 325 0.0047923 1.9617 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96376 0.96413 14.885 3 3 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 34324000 17559000 16766000 9125700 4809200 4316500 12978000 6032200 6945500 12221000 6717200 5503900 1531 11284 True 11566 35314;35315;35316;35317;35318;35319 45441;45442;45443;45444;45445;45446 45442 Q96HA7 Q96HA7 1 1 1 Tonsoku-like protein TONSL sp|Q96HA7|TONSL_HUMAN Tonsoku-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TONSL PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0.9 0.9 0.9 150.93 1378 1378 0.0042758 1.9881 By MS/MS By MS/MS 0.93539 1.103 3.8417 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 0.9 0.9 0 9233600 5405800 3827700 4774500 2855400 1919100 4459000 2550400 1908600 0 0 0 1532 8022 True 8207 25256;25257 32594;32595 32595 Q96HC4 Q96HC4 6 6 6 PDZ and LIM domain protein 5 PDLIM5 sp|Q96HC4|PDLI5_HUMAN PDZ and LIM domain protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDLIM5 PE=1 SV=5 1 6 6 6 6 5 5 6 5 5 6 5 5 14.9 14.9 14.9 63.944 596 596 0 42.806 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0128 1.1673 10.777 19 7 Leave out requantified 0.94044 1.0289 1.1444 1.189 1.2707 1.1555 15.705 22.306 12.925 7 5 7 3 1 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 14.9 11.7 12.6 485630000 236450000 249180000 217090000 106770000 110320000 104480000 53083000 51393000 164060000 76590000 87474000 1533 827;957;3629;5019;6023;9682 True;True;True;True;True;True 849;979;3719;5137;6159;9933 2577;2578;2948;2949;11296;11297;11298;11299;11300;11301;15638;15639;15640;18894;18895;18896;30543;30544;30545;30546 3389;3390;3883;3884;14835;14836;14837;14838;14839;14840;20415;24498;24499;24500;39274;39275;39276;39277;39278;39279;39280 3390;3883;14835;20415;24498;39279 Q96HE7 Q96HE7 2 2 2 ERO1-like protein alpha ERO1L sp|Q96HE7|ERO1A_HUMAN ERO1-like protein alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ERO1A PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 9.4 9.4 9.4 54.392 468 468 0.0032949 2.1965 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 0 0 0 Median Median Median 3 6.4 0 20526000 5603300 14923000 8255500 5603300 2652200 12271000 0 12271000 0 0 0 1534 7294;9996 True;True 7459;10251 22953;31426 29684;29685;40365 29684;40365 Q96I24 Q96I24 2 2 2 Far upstream element-binding protein 3 FUBP3 sp|Q96I24|FUBP3_HUMAN Far upstream element-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FUBP3 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 4 4 4 61.64 572 572 0.0017261 2.5973 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69051 0.81711 8.5781 5 0 Leave out requantified 0.72275 0.64071 NaN 0.83967 0.77882 NaN 12.43 7.6617 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 4 4 2.3 51634000 30430000 21204000 22251000 13862000 8389100 14357000 8509200 5847400 15026000 8058600 6967700 1535 277;6208 True;True 282;6351 807;808;19481;19482;19483 1072;1073;25220;25221 1072;25221 Q96I25 Q96I25 4 4 4 Splicing factor 45 RBM17 sp|Q96I25|SPF45_HUMAN Splicing factor 45 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM17 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 12 12 12 44.961 401 401 0 11.564 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8119 0.87566 35.354 10 7 Median 0.76752 0.70335 0.84727 0.93708 0.87716 0.87416 27.417 47.124 14.334 2 5 3 1 4 2 Median Median Median 5.7 8 9.7 250110000 139690000 110430000 36581000 19711000 16871000 136320000 84291000 52029000 77212000 35684000 41527000 1536 1430;1644;5986;9783 True;True;True;True 1466;1685;6122;10035 4445;5075;5076;5077;18777;18778;30814;30815;30816;30817 5863;6687;6688;24347;24348;39617;39618;39619;39620;39621 5863;6687;24347;39619 Q96IJ6 Q96IJ6 2 2 2 Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha GMPPA sp|Q96IJ6|GMPPA_HUMAN Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GMPPA PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 5.7 5.7 5.7 46.291 420 420 0 5.0002 By MS/MS By MS/MS 0.89072 0.99941 3.0482 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.3 5.7 0 24919000 13968000 10951000 11721000 6395200 5325500 13199000 7572800 5625800 0 0 0 1537 1141;12167 True;True 1166;12470 3510;38116;38117 4639;49124;49125;49126;49127 4639;49127 Q96IZ0 Q96IZ0 4 4 4 PRKC apoptosis WT1 regulator protein PAWR sp|Q96IZ0|PAWR_HUMAN PRKC apoptosis WT1 regulator protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PAWR PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 4 2 2 4 2 2 4 2 13.5 13.5 13.5 36.567 340 340 0 25.559 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66634 0.71107 91.447 11 8 Median 0.60968 0.73404 0.66634 0.71107 0.90315 0.68057 126.9 92.572 81.806 3 5 3 2 4 2 Median Median Median 9.7 13.5 9.7 121880000 64167000 57716000 28500000 16145000 12355000 59969000 29357000 30613000 33413000 18665000 14748000 1538 1502;1893;1894;10954 True;True;True;True 1539;1938;1939;11227 4655;4656;4657;4658;5880;5881;5882;5883;5884;5885;5886;34291 6120;6121;6122;6123;6124;6125;7674;7675;7676;7677;7678;7679;7680;7681;44083 6125;7674;7681;44083 Q96JG6 Q96JG6 3 3 3 Coiled-coil domain-containing protein 132 CCDC132 sp|Q96JG6|VPS50_HUMAN Syndetin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS50 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 3.4 3.4 3.4 111.17 964 964 0 8.0868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81773 0.99456 49.691 10 5 Median 0.89238 0.45565 0.89791 1.1224 0.52424 0.925 41.563 58.393 34.999 3 3 4 2 1 2 Median Median Median 2.1 2.1 3.4 121140000 73114000 48025000 33740000 16309000 17431000 37769000 25945000 11824000 49631000 30860000 18770000 1539 2454;7550;9578 True;True;True 2515;7719;9824 7640;7641;23762;23763;23764;23765;23766;23767;30228;30229;30230 9990;9991;30734;30735;30736;30737;30738;30739;38844;38845;38846 9991;30738;38844 Q96JJ3;Q92556 Q96JJ3 8;2 8;2 8;2 Engulfment and cell motility protein 2 ELMO2 sp|Q96JJ3|ELMO2_HUMAN Engulfment and cell motility protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELMO2 PE=1 SV=2 2 8 8 8 5 8 4 5 8 4 5 8 4 15.8 15.8 15.8 82.614 720 720;727 0 22.9 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93738 1.1568 31.858 18 8 Leave out requantified 0.77182 0.93738 0.97541 0.94644 1.1568 1.0108 53.364 30.648 17.204 5 8 5 3 2 3 Median Leave out requantified Median 7.9 15.8 6.8 267990000 146260000 121720000 68909000 41289000 27620000 126120000 70370000 55745000 72964000 34607000 38358000 1540 728;1763;5610;6226;7585;8576;10431;12537 True;True;True;True;True;True;True;True 746;1807;5737;6369;7755;8788;10695;12848 2258;2259;5445;5446;5447;17604;19545;19546;19547;19548;23874;23875;27084;32696;32697;32698;39354;39355 2963;2964;7149;7150;22880;22881;25301;25302;25303;25304;25305;30882;30883;34866;42028;42029;50714;50715 2964;7149;22880;25302;30883;34866;42028;50714 Q96JM3 Q96JM3 4 4 4 Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 CHAMP1 sp|Q96JM3|CHAP1_HUMAN Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHAMP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 4 2 2 4 2 2 4 2 4.7 4.7 4.7 89.098 812 812 0 7.9266 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65948 0.8011 32.282 9 3 Leave out requantified 0.69995 0.50691 0.71944 0.85998 0.6376 0.72475 19.003 35.478 64.228 2 5 2 0 3 0 Median Median Median 2.5 4.7 2.5 141540000 86134000 55403000 33995000 20316000 13678000 68889000 44237000 24652000 38653000 21580000 17073000 1541 360;2496;9165;11021 True;True;True;True 366;2558;9402;11295 1071;1072;1073;7773;7774;7775;28995;34484;34485 1435;1436;1437;1438;1439;10161;10162;10163;10164;10165;37313;44345;44346 1435;10162;37313;44345 Q96JP5 Q96JP5 3 3 3 E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91 ZFP91 sp|Q96JP5|ZFP91_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZFP91 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 8.2 8.2 8.2 63.444 570 570 0 4.9547 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69322 0.78144 38.509 5 1 Leave out requantified 0.60406 0.80718 NaN 0.69385 0.92968 NaN 21.696 17.673 NaN 2 2 1 0 1 0 Median Median Median 6.5 6.1 4.4 71569000 40851000 30718000 19970000 13478000 6492400 37768000 19639000 18129000 13831000 7733800 6097100 1542 1;107;1608 True;True;True 1;109;1647 7;327;328;329;4951 9;454;455;456;6537 9;456;6537 Q96K17 Q96K17 3 3 3 Transcription factor BTF3 homolog 4 BTF3L4 sp|Q96K17|BT3L4_HUMAN Transcription factor BTF3 homolog 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BTF3L4 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 29.1 29.1 29.1 17.27 158 158 0 45.482 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0071 1.1161 14.508 13 1 Leave out requantified 0.94238 0.89168 1.0071 1.2539 1.1161 1.003 20.618 20.815 16.881 5 4 4 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.1 29.1 29.1 318140000 169010000 149140000 94612000 53373000 41239000 116750000 59745000 57009000 106780000 55887000 50888000 1543 860;861;6973 True;True;True 882;883;7134 2662;2663;2664;2665;2666;2667;2668;2669;2670;22030;22031;22032;22033 3494;3495;3496;3497;3498;3499;3500;3501;3502;3503;3504;3505;3506;3507;3508;3509;3510;3511;28527;28528;28529 3497;3505;28529 Q96KB5 Q96KB5 3 3 3 Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase PBK sp|Q96KB5|TOPK_HUMAN Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PBK PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 1 2 3 1 2 3 1 2 11.8 11.8 11.8 36.085 322 322 0 7.9368 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0081 1.1054 24.71 6 2 Leave out requantified 0.81734 NaN 1.0722 0.93392 NaN 1.0513 22.024 NaN 26.482 3 1 2 1 0 1 Median Median Median 11.8 2.8 7.8 163460000 80585000 82874000 79365000 40264000 39102000 27731000 13453000 14278000 56363000 26868000 29494000 1544 1007;2188;10604 True;True;True 1029;2241;10871 3096;6782;6783;33230;33231;33232 4083;8909;8910;8911;42714;42715;42716;42717 4083;8909;42716 Q96KG9 Q96KG9 8 8 8 N-terminal kinase-like protein SCYL1 sp|Q96KG9|SCYL1_HUMAN N-terminal kinase-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCYL1 PE=1 SV=1 1 8 8 8 6 6 8 6 6 8 6 6 8 12.3 12.3 12.3 89.63 808 808 0 51.83 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99905 1.1073 23.302 23 14 Leave out requantified 1.1284 0.83456 0.9523 1.3076 1.0314 1.0077 18.835 23.749 44.43 6 6 11 3 2 9 Leave out requantified Leave out requantified Median 8.8 8.8 12.3 392420000 218000000 174420000 109030000 60932000 48100000 100060000 56078000 43984000 183330000 100990000 82337000 1545 4028;4247;4793;5963;6097;7184;10513;10672 True;True;True;True;True;True;True;True 4127;4352;4907;6099;6234;7349;10778;10940 12519;12520;12521;13200;13201;14952;14953;14954;14955;18702;18703;18704;19122;22632;22633;22634;22635;22636;32951;32952;32953;33455;33456;33457 16359;16360;16361;17209;17210;19534;19535;19536;24248;24249;24782;29284;29285;29286;29287;29288;29289;42364;42365;42366;43021;43022 16359;17209;19534;24248;24782;29289;42365;43021 Q96KP1 Q96KP1 2 2 2 Exocyst complex component 2 EXOC2 sp|Q96KP1|EXOC2_HUMAN Exocyst complex component 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOC2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3.4 3.4 3.4 104.07 924 924 0 6.7008 By matching By MS/MS By MS/MS 0.73119 0.78002 1.2009 6 0 Leave out requantified 0.71218 0.70091 0.73119 0.87167 0.83953 0.74208 14.51 11.598 4.3751 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 3.4 3.4 3.4 369360000 202330000 167030000 122720000 64197000 58527000 116540000 65845000 50694000 130100000 72292000 57804000 1546 4498;4686 True;True 4606;4799 13981;13982;13983;14593;14594;14595 18257;19095;19096 18257;19095 Q96M27 Q96M27 1 1 1 Protein PRRC1 PRRC1 sp|Q96M27|PRRC1_HUMAN Protein PRRC1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRRC1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 2.9 2.9 2.9 46.701 445 445 0.0022346 2.3215 By MS/MS By MS/MS 0.99665 1.2356 4.0997 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 1 0 Median Median Median 2.9 2.9 0 21094000 12163000 8931000 12157000 7953400 4204000 8937100 4210000 4727000 0 0 0 1547 10327 True 10590 32399;32400 41647;41648 41648 Q96ME7 Q96ME7 1 1 1 Zinc finger protein 512 ZNF512 sp|Q96ME7|ZN512_HUMAN Zinc finger protein 512 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF512 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 3.4 3.4 3.4 64.681 567 567 0.0027488 2.2026 By MS/MS By MS/MS 1.5858 1.8089 10.237 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 3.4 0 3.4 29038000 9632300 19406000 13039000 3563700 9475400 0 0 0 15999000 6068700 9930400 1548 10218 True 10476 32057;32058 41137;41138 41138 Q96MW1 Q96MW1 1 1 1 Coiled-coil domain-containing protein 43 CCDC43 sp|Q96MW1|CCD43_HUMAN Coiled-coil domain-containing protein 43 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCDC43 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 4.9 4.9 4.9 25.248 224 224 0.0057956 1.8676 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 4.9 4.9 21023000 11056000 9967000 0 0 0 0 0 0 21023000 11056000 9967000 1549 9119 True 9353 28835;28836 37119;37120 37120 Q96N67 Q96N67 5 5 5 Dedicator of cytokinesis protein 7 DOCK7 sp|Q96N67|DOCK7_HUMAN Dedicator of cytokinesis protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DOCK7 PE=1 SV=4 1 5 5 5 3 3 4 3 3 4 3 3 4 3.3 3.3 3.3 242.56 2140 2140 0 8.6217 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92021 1.0885 32.95 8 1 Leave out requantified 0.85453 0.94241 0.79743 1.0609 1.0885 0.7923 23.32 5.8834 34.063 3 2 3 1 0 0 Median Median Leave out requantified 1.4 1.8 2.5 563430000 310800000 252630000 146060000 75495000 70561000 209510000 114230000 95273000 207860000 121070000 86794000 1550 2250;3417;9837;11603;12545 True;True;True;True;True 2304;3498;10089;11893;12856 6945;6946;6947;10617;10618;10619;30953;36325;39375;39376 9107;9108;9109;13926;39777;46833;50737 9107;13926;39777;46833;50737 Q96NU1 Q96NU1 1 1 1 Sterile alpha motif domain-containing protein 11 SAMD11 sp|Q96NU1|SAM11_HUMAN Sterile alpha motif domain-containing protein 11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SAMD11 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2.5 2.5 2.5 72.707 681 681 0.0048051 1.983 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 2.5 0 3344600 2154600 1190100 0 0 0 3344600 2154600 1190100 0 0 0 1551 5057 True 5175 15746 20556 20556 Q96NY9 Q96NY9 1 1 1 Crossover junction endonuclease MUS81 MUS81 sp|Q96NY9|MUS81_HUMAN Crossover junction endonuclease MUS81 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MUS81 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 2.9 2.9 2.9 61.172 551 551 0.0092688 1.7118 By matching By MS/MS 1.2188 1.286 17.095 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 0 Median Median Median 0 2.9 2.9 21128000 9590400 11538000 0 0 0 11036000 5251400 5785000 10092000 4339000 5752600 1552 2115 True 2166 6569;6570 8600 8600 Q96P11;Q63ZY6 Q96P11;Q63ZY6 2;1 2;1 2;1 Probable 28S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase;Putative methyltransferase NSUN5C NSUN5;NSUN5P2 sp|Q96P11|NSUN5_HUMAN Probable 28S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSUN5 PE=1 SV=2;sp|Q63ZY6|NSN5C_HUMAN Putative methyltransferase NSUN5C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSUN5P2 PE=5 SV=2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5.8 5.8 5.8 46.691 429 429;315 0 5.8029 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75469 0.83618 55.259 7 6 Median 0.75469 0.66082 NaN 0.83618 0.75868 NaN 82.799 35.719 NaN 3 3 1 3 3 0 Median Median Median 5.8 5.8 3.3 58917000 26958000 31960000 32442000 13124000 19318000 18257000 9698100 8559400 8218100 4135500 4082600 1553 1494;9539 True;True 1531;9785 4636;4637;4638;30115;30116;30117;30118;30119 6100;6101;6102;38691;38692;38693;38694;38695;38696;38697 6101;38695 Q96P16 Q96P16 3 3 3 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A RPRD1A sp|Q96P16|RPR1A_HUMAN Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1A PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 13.1 13.1 13.1 35.719 312 312 0 41.752 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82155 0.94335 13.884 10 4 Leave out requantified 0.82155 0.79533 0.99868 0.96222 0.90637 1.0159 12.109 6.5069 7.5733 3 3 4 0 1 3 Leave out requantified Plateau Median 13.1 13.1 13.1 260990000 138250000 122750000 75469000 39370000 36099000 78298000 43909000 34388000 107220000 54966000 52258000 1554 731;5643;8501 True;True;True 749;5771;8705 2270;2271;2272;2273;17708;17709;17710;17711;26816;26817;26818 2979;2980;2981;2982;2983;2984;2985;23011;23012;23013;23014;34540;34541 2985;23014;34540 Q9UPQ3;Q96P47 Q9UPQ3;Q96P47 1;1 1;1 1;1 Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1;Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 AGAP1;AGAP3 sp|Q9UPQ3|AGAP1_HUMAN Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGAP1 PE=1 SV=4;sp|Q96P47|AGAP3_HUMAN Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGAP3 PE 2 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1.9 1.9 1.9 94.469 857 857;875 0.00060901 3.203 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.9 0 10315000 5543800 4771700 0 0 0 10315000 5543800 4771700 0 0 0 1555 13383 True 13713 41945 53968;53969 53969 Q96P70 Q96P70 2 2 2 Importin-9 IPO9 sp|Q96P70|IPO9_HUMAN Importin-9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IPO9 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2.4 2.4 2.4 115.96 1041 1041 0.00060423 3.1417 By MS/MS By matching By MS/MS 1.0735 1.2333 7.6665 4 1 Median 1.1237 NaN NaN 1.2554 NaN NaN 2.043 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 2.4 0.7 0.7 26214000 13531000 12684000 15022000 7974500 7047900 3879800 1671600 2208200 7312100 3884700 3427400 1556 2548;12599 True;True 2612;12912 7969;39566;39567;39568 10433;50992;50993 10433;50992 Q96PU8 Q96PU8 2 2 2 Protein quaking QKI sp|Q96PU8|QKI_HUMAN Protein quaking OS=Homo sapiens OX=9606 GN=QKI PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 9.1 9.1 9.1 37.67 341 341 0 8.2245 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84247 0.86929 22.494 5 2 Linear 0.72316 NaN 0.7106 0.90001 NaN 0.74015 28.795 NaN 22.743 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 9.1 4.1 9.1 107410000 56976000 50431000 39745000 21576000 18169000 28038000 14729000 13309000 39623000 20670000 18953000 1557 7787;10058 True;True 7962;10315 24485;24486;24487;31588;31589 31656;31657;40548;40549 31656;40548 Q96PZ0 Q96PZ0 2 2 2 Pseudouridylate synthase 7 homolog PUS7 sp|Q96PZ0|PUS7_HUMAN Pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUS7 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 3.2 3.2 3.2 75.035 661 661 0.0011744 2.8529 By matching By MS/MS By MS/MS 1.0472 1.2092 9.2146 4 2 Median NaN 0.96565 NaN NaN 1.1239 NaN NaN 4.1802 NaN 1 2 1 0 1 1 Median Median Median 1.2 3.2 1.2 30163000 14317000 15846000 7450500 3729800 3720600 15528000 7445300 8082700 7184500 3141700 4042900 1558 3883;7114 True;True 3981;7276 12086;22435;22436;22437 15816;29027;29028 15816;29028 Q96Q11 Q96Q11 3 3 3 CCA tRNA nucleotidyltransferase 1, mitochondrial TRNT1 sp|Q96Q11|TRNT1_HUMAN CCA tRNA nucleotidyltransferase 1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRNT1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 9.4 9.4 9.4 50.127 434 434 0 8.1034 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94396 1.1012 9.362 7 1 Leave out requantified 0.9383 0.9376 0.9934 1.1831 1.1012 1.0116 13.126 9.362 4.3115 3 2 2 1 0 0 Median Median Median 9.4 4.6 4.6 133490000 70309000 63183000 52053000 29250000 22803000 41143000 20744000 20398000 40297000 20314000 19982000 1559 6388;7396;10638 True;True;True 6534;7564;10905 20089;23277;23278;23279;33329;33330;33331 25998;30099;30100;30101;30102;30103;42843;42844;42845;42846;42847;42848 25998;30101;42847 Q96RP9 Q96RP9 3 3 3 Elongation factor G, mitochondrial GFM1 sp|Q96RP9|EFGM_HUMAN Elongation factor G, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GFM1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 1 2 2 1 2 2 1 2 4.7 4.7 4.7 83.471 751 751 0 7.9264 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99886 1.0572 62.361 5 3 Median 0.93454 NaN 1.9447 1.1467 NaN 2.0659 25.544 NaN 94.752 2 1 2 1 1 1 Median Median Median 3.6 2 3.1 98707000 47673000 51034000 50594000 25095000 25499000 15029000 9146300 5882700 33083000 13432000 19652000 1560 4603;10297;13438 True;True;True 4713;10558;13773 14319;32297;42108;42109;42110 18705;41483;54189;54190;54191;54192;54193 18705;41483;54193 Q96S44 Q96S44 4 4 4 TP53-regulating kinase TP53RK sp|Q96S44|PRPK_HUMAN EKC/KEOPS complex subunit TP53RK OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TP53RK PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 23.3 23.3 23.3 28.16 253 253 0 36.029 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81393 0.89326 109.82 10 6 Median 0.54119 1.0314 0.90585 0.61524 1.2518 0.92367 113.4 129.2 125.1 3 3 4 2 2 2 Median Median Median 11.9 15 19 352660000 179840000 172820000 77557000 43473000 34084000 132040000 63722000 68317000 143060000 72644000 70416000 1561 363;1078;2432;4032 True;True;True;True 369;1101;2491;4131 1079;1080;3318;3319;7570;12531;12532;12533;12534;12535;12536 1446;4388;4389;4390;9883;16370;16371;16372;16373;16374;16375 1446;4388;9883;16374 Q96S55 Q96S55 1 1 1 ATPase WRNIP1 WRNIP1 sp|Q96S55|WRIP1_HUMAN ATPase WRNIP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WRNIP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.5 1.5 1.5 72.132 665 665 0 5.6726 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84533 0.90381 20.886 4 2 Median NaN NaN 0.84409 NaN NaN 0.86023 NaN NaN 10.035 1 1 2 0 0 2 Median Median Median 1.5 1.5 1.5 42494000 21246000 21248000 11789000 5152400 6636900 11197000 5828600 5368700 19507000 10265000 9242200 1562 11427 True 11711 35792;35793;35794;35795 46141;46142;46143;46144;46145 46145 Q96SB4 Q96SB4 10 10 8 SRSF protein kinase 1 SRPK1 sp|Q96SB4|SRPK1_HUMAN SRSF protein kinase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRPK1 PE=1 SV=2 1 10 10 8 9 10 7 9 10 7 7 8 7 20.6 20.6 18.2 74.324 655 655 0 94.345 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81056 0.97566 14.311 31 12 Leave out requantified 0.69599 0.85381 1.0074 0.88568 0.97566 1.0159 13.341 6.9863 19.758 10 12 9 4 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 19.4 20.6 16.9 897890000 493250000 404640000 245170000 138920000 106240000 343280000 191950000 151330000 309440000 162380000 147060000 1563 287;1026;3261;5408;5939;5968;7121;9229;10056;10892 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 293;1048;3341;5531;6074;6104;7284;9468;10313;11165 857;858;859;3142;10144;10145;10146;16806;16807;18624;18625;18626;18721;18722;18723;18724;18725;22458;22459;22460;29188;29189;31578;31579;31580;31581;31582;31583;34102;34103;34104 1153;1154;1155;1156;1157;1158;1159;4141;13342;21926;21927;24161;24162;24163;24267;24268;24269;24270;24271;29054;29055;37550;37551;37552;40533;40534;40535;40536;40537;40538;40539;40540;43848;43849;43850 1159;4141;13342;21927;24163;24271;29054;37551;40537;43848 Q96ST2 Q96ST2 2 2 2 Protein IWS1 homolog IWS1 sp|Q96ST2|IWS1_HUMAN Protein IWS1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IWS1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3.3 3.3 3.3 91.954 819 819 0 5.35 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93534 1.0851 51.392 5 2 Median NaN 1.4866 1.3593 NaN 1.8327 1.4428 NaN 74.131 53.725 1 2 2 0 1 1 Median Median Median 1.7 3.3 3.3 55193000 25317000 29877000 12036000 6199500 5836800 21727000 9420300 12307000 21430000 9696800 11733000 1564 3470;6104 True;True 3552;6241 10783;10784;19141;19142;19143 14141;14142;24803;24804;24805 14141;24804 Q96ST3 Q96ST3 6 6 6 Paired amphipathic helix protein Sin3a SIN3A sp|Q96ST3|SIN3A_HUMAN Paired amphipathic helix protein Sin3a OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SIN3A PE=1 SV=2 1 6 6 6 6 3 1 6 3 1 6 3 1 6.8 6.8 6.8 145.17 1273 1273 0 16.475 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74825 0.86389 13.486 9 3 Leave out requantified 0.68984 0.69784 NaN 0.80554 0.86321 NaN 57.087 1.2775 NaN 5 3 1 3 0 0 Median Leave out requantified Median 6.8 3.7 0.7 108310000 64076000 44236000 55657000 33210000 22447000 40083000 24687000 15396000 12571000 6179100 6391900 1565 32;7049;7547;9348;10590;10802 True;True;True;True;True;True 33;7211;7716;9588;10857;11073 98;99;100;22261;23749;23750;29536;29537;29538;33194;33846 142;143;144;28807;30717;37962;37963;37964;42665;43527 143;28807;30717;37963;42665;43527 Q96SU4 Q96SU4 3 3 3 Oxysterol-binding protein-related protein 9 OSBPL9 sp|Q96SU4|OSBL9_HUMAN Oxysterol-binding protein-related protein 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OSBPL9 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.3 4.3 4.3 83.184 736 736 0 7.697 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0044 1.2392 50.959 5 2 Median 0.94975 1.4996 NaN 1.2081 1.7548 NaN 3.5919 92.931 NaN 2 2 1 1 1 0 Median Median Median 3.1 2.6 3.1 131960000 66069000 65894000 48915000 25596000 23319000 44225000 23623000 20602000 38823000 16849000 21974000 1566 1733;12966;13147 True;True;True 1776;13286;13473 5343;40664;40665;40666;41239;41240 7028;52372;52373;52374;52375;53097;53098 7028;52374;53098 Q96T60 Q96T60 3 3 3 Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase;Polynucleotide 3-phosphatase;Polynucleotide 5-hydroxyl-kinase PNKP sp|Q96T60|PNKP_HUMAN Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PNKP PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 3 2 1 3 2 1 3 2 6.7 6.7 6.7 57.076 521 521 0 6.2291 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76715 0.8318 33.281 7 6 Median NaN 0.89147 0.79568 NaN 1.0336 0.77661 NaN 39 9.7093 1 4 2 1 4 1 Median Median Median 2.5 6.7 4.8 97727000 54402000 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Proteasome subunit beta type-7 PSMB7 sp|Q99436|PSB7_HUMAN Proteasome subunit beta type-7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMB7 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 3.2 3.2 3.2 29.965 277 277 0 4.496 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 3.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1570 5226 True 5346 16225 21183 21183 Q99439 Q99439 3 3 2 Calponin-2 CNN2 sp|Q99439|CNN2_HUMAN Calponin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNN2 PE=1 SV=4 1 3 3 2 3 3 2 3 3 2 2 2 1 9.7 9.7 6.1 33.697 309 309 0 12.416 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88689 1.1116 50.504 8 0 Leave out requantified 0.97625 0.8057 0.68564 1.2505 0.98817 0.70934 35.007 49.305 70.836 3 3 2 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 9.7 9.7 7.1 379400000 213960000 165440000 172070000 98041000 74029000 118730000 68466000 50261000 88606000 47457000 41150000 1571 4926;5054;8021 True;True;True 5040;5172;8206 15375;15376;15377;15737;15738;15739;25254;25255 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out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.4 6.6 10.4 460150000 230390000 229760000 175280000 85446000 89833000 96535000 57900000 38636000 188330000 87044000 101290000 1573 2293;4204;7134;7662;8665;9243;9283;9310;11854 True;True;True;True;True;True;True;True;True 2349;4306;7297;7834;8885;9482;9522;9550;12150 7098;7099;7100;13071;13072;22498;24101;24102;27382;29227;29228;29229;29353;29354;29443;29444;29445;37092;37093 9308;9309;9310;9311;9312;17052;17053;29106;31157;31158;35248;37596;37597;37598;37741;37742;37849;47785;47786;47787 9310;17053;29106;31157;35248;37597;37742;37849;47787 Q99471 Q99471 3 3 3 Prefoldin subunit 5 PFDN5 sp|Q99471|PFD5_HUMAN Prefoldin subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PFDN5 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 26.6 26.6 26.6 17.328 154 154 0 6.7545 By MS/MS By matching By MS/MS 1.1797 1.3048 29.011 4 2 Median NaN NaN 1.0275 NaN NaN 1.0584 NaN NaN 10.948 1 1 2 0 0 2 Median Median Median 5.2 5.2 21.4 46281000 22797000 23484000 17194000 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decapentaplegic homolog 5;Mothers against decapentaplegic homolog 1 SMAD5;SMAD1 sp|Q99717|SMAD5_HUMAN Mothers against decapentaplegic homolog 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAD5 PE=1 SV=1;sp|Q15797|SMAD1_HUMAN Mothers against decapentaplegic homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAD1 PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5.4 5.4 5.4 52.258 465 465;465 0.00060132 3.1017 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6029 0.64149 36.761 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 5.4 5.4 2.4 30303000 18799000 11504000 12284000 7936600 4347800 12215000 7374700 4840300 5803600 3487900 2315700 1586 2390;10030 True;True 2448;10286 7422;7423;7424;31509;31510 9698;9699;9700;40447 9699;40447 Q99729 Q99729 2 2 2 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A/B HNRNPAB sp|Q99729|ROAA_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A/B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPAB PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 8.1 8.1 8.1 36.224 332 332 0 3.844 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0243 1.1519 10.944 4 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3320;36745;36746;40706;40707;40708;40709 4391;47341;52440;52441;52442;52443;52444 4391;47341;52443 Q9BRX2 Q9BRX2 6 6 6 Protein pelota homolog PELO sp|Q9BRX2|PELO_HUMAN Protein pelota homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PELO PE=1 SV=2 1 6 6 6 3 4 4 3 4 4 3 4 4 14.8 14.8 14.8 43.359 385 385 0 9.6738 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6018 1.7531 42.258 13 8 Leave out requantified 0.68323 1.4406 1.4961 0.76711 1.7531 1.4932 146.28 42.258 112.46 3 5 5 2 2 4 Median Leave out requantified Median 7.5 9.9 9.6 268970000 128300000 140670000 78409000 38515000 39894000 88263000 41111000 47153000 102300000 48680000 53618000 1609 578;608;2527;4307;5211;5442 True;True;True;True;True;True 592;622;2591;4414;5331;5565 1781;1861;1862;1863;7897;7898;13395;13396;13397;13398;13399;13400;16185;16924 2341;2457;10333;10334;17465;17466;17467;17468;17469;17470;17471;21133;22073 2341;2457;10334;17469;21133;22073 Q9BRX5 Q9BRX5 1 1 1 DNA replication complex GINS protein PSF3 GINS3 sp|Q9BRX5|PSF3_HUMAN DNA replication complex GINS protein PSF3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GINS3 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 6.9 6.9 6.9 24.534 216 216 0 4.4303 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 6.9 0 6461000 3157400 3303600 0 0 0 6461000 3157400 3303600 0 0 0 1610 10060 True 10317 31594 40554;40555 40555 Q9BSD7 Q9BSD7 2 2 2 Cancer-related nucleoside-triphosphatase NTPCR sp|Q9BSD7|NTPCR_HUMAN Cancer-related nucleoside-triphosphatase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NTPCR PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 14.2 14.2 14.2 20.713 190 190 0 4.1788 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.073 1.2203 22.119 6 4 Median 0.96399 1.1232 1.2331 1.2104 1.3609 1.2433 20.691 34.96 25.401 2 2 2 2 1 1 Median Median Median 14.2 14.2 14.2 209900000 99074000 110830000 50512000 23414000 27098000 71975000 34404000 37571000 87415000 41256000 46159000 1611 9804;12062 True;True 10056;12362 30867;30868;30869;37726;37727;37728 39673;39674;39675;48628;48629 39674;48629 Q9BSH4 Q9BSH4 4 4 4 Translational activator of cytochrome c oxidase 1 TACO1 sp|Q9BSH4|TACO1_HUMAN Translational activator of cytochrome c oxidase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TACO1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 2 3 4 2 3 4 2 20.2 20.2 20.2 32.477 297 297 0 13.037 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69188 0.79011 19.985 8 5 Median 0.74428 0.6093 NaN 0.89975 0.7544 NaN 9.2016 28.563 NaN 3 4 1 2 2 1 Median Median Median 12.8 20.2 13.5 206910000 115960000 90950000 60020000 32417000 27603000 101860000 58107000 43749000 45037000 25439000 19598000 1612 649;3908;5025;10915 True;True;True;True 664;4006;5143;11188 1984;1985;12164;12165;15654;15655;15656;15657;34186;34187 2611;2612;15907;15908;20435;20436;20437;20438;43955 2611;15908;20437;43955 Q9BSJ2 Q9BSJ2 5 5 5 Gamma-tubulin complex component 2 TUBGCP2 sp|Q9BSJ2|GCP2_HUMAN Gamma-tubulin complex component 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBGCP2 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 2 3 5 2 3 5 2 3 7.3 7.3 7.3 102.53 902 902 0 9.7597 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87294 0.9525 8.0449 7 2 Leave out requantified 0.71425 0.81382 0.84311 0.85529 0.94033 0.83427 26.435 4.4731 28.036 2 2 3 1 0 1 Median Median Median 7.3 3.3 4.7 177980000 100220000 77763000 72774000 41287000 31487000 31668000 17923000 13744000 73541000 41010000 32532000 1613 120;1539;4778;8766;11296 True;True;True;True;True 122;1576;4892;8989;11578 364;365;4763;14903;14904;14905;27685;27686;27687;27688;35354 494;495;6267;19478;19479;35616;35617;45491 495;6267;19478;35617;45491 Q9BSJ8 Q9BSJ8 6 6 6 Extended synaptotagmin-1 ESYT1 sp|Q9BSJ8|ESYT1_HUMAN Extended synaptotagmin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ESYT1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 3 5 2 3 5 2 3 5 2 6.9 6.9 6.9 122.85 1104 1104 0 22.435 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0391 1.2445 78.33 12 4 Leave out requantified 1.108 1.041 2.1257 1.2633 1.2366 2.2161 50.373 79.387 86.891 4 6 2 2 1 1 Median Leave out requantified Median 3.2 6.2 2.2 225450000 95547000 129910000 51912000 28378000 23534000 118090000 49091000 69000000 55450000 18078000 37371000 1614 767;3816;3986;5905;7789;9571 True;True;True;True;True;True 785;3912;4084;6038;7964;9817 2374;11863;12394;18492;18493;24491;24492;24493;24494;30210;30211;30212 3114;15545;16205;23992;23993;31659;31660;31661;31662;31663;31664;38826;38827;38828;38829;38830 3114;15545;16205;23992;31662;38830 Q9BTC0 Q9BTC0 3 3 3 Death-inducer obliterator 1 DIDO1 sp|Q9BTC0|DIDO1_HUMAN Death-inducer obliterator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DIDO1 PE=1 SV=5 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 2.7 2.7 2.7 243.87 2240 2240 0 3.7431 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70023 0.86565 19.158 4 1 Median 0.67902 NaN NaN 0.83099 NaN NaN 17.723 NaN NaN 2 1 1 0 0 1 Median Median Median 2.7 0.6 0.9 44556000 25625000 18931000 23038000 13157000 9881100 10078000 5876800 4201400 11440000 6591200 4848400 1615 840;9239;13106 True;True;True 862;9478;13429 2610;29218;29219;41094;41095 3432;37585;52920;52921 3432;37585;52921 Q9BTD8 Q9BTD8 2 2 2 RNA-binding protein 42 RBM42 sp|Q9BTD8|RBM42_HUMAN RNA-binding protein 42 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM42 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 5 5 5 50.413 480 480 0 4.673 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0778 1.1426 7.9669 5 1 Leave out requantified NaN 0.84712 1.1424 NaN 0.96355 1.1374 NaN 26.953 18.136 1 2 2 0 1 0 Median Median Median 1.5 3.5 5 54580000 27494000 27086000 9483300 5007500 4475800 21363000 12210000 9152700 23734000 10276000 13458000 1616 4912;5798 True;True 5026;5930 15334;15335;18166;18167;18168 20045;20046;23568;23569;23570 20045;23568 Q9BTE6 Q9BTE6 12 12 12 Alanyl-tRNA editing protein Aarsd1 AARSD1 sp|Q9BTE6|AASD1_HUMAN Alanyl-tRNA editing protein Aarsd1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AARSD1 PE=1 SV=2 1 12 12 12 10 11 10 10 11 10 10 11 10 41.7 41.7 41.7 45.479 412 412 0 156.81 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83583 0.85245 17.508 36 12 Leave out requantified 0.73278 0.82783 0.8336 0.85268 0.98064 0.81597 18.109 18.968 16.724 11 13 12 4 3 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 33.5 36.2 37.1 1056000000 580330000 475630000 291280000 166710000 124570000 431470000 237300000 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nucleotide-binding protein-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNL3 PE=1 SV=2 1 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 30.1 30.1 30.1 61.992 549 549 0 76.781 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92109 1.0462 17.811 50 21 Leave out requantified 0.85234 0.93233 0.99191 1.0657 1.0771 1.0064 11.991 12.273 19.756 16 19 15 9 9 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 30.1 30.1 30.1 2261400000 1101500000 1159900000 653730000 328050000 325680000 886670000 450240000 436430000 720990000 323180000 397810000 1631 1379;3191;4676;5925;6522;6795;7187;7647;8276;10325;10678;10717;12331;12359 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1415;3266;4788;6058;6673;6951;7352;7819;8467;10588;10946;10987;12635;12664 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13468;13469;13470;13471;13472;13473;13474;26151;42861;42862;42863;42864;42865;42866;44904;44905;51308;51309 13471;26151;42865;44904;51309 Q9GZT9 Q9GZT9 4 4 4 Egl nine homolog 1 EGLN1 sp|Q9GZT9|EGLN1_HUMAN Egl nine homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EGLN1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 13.6 13.6 13.6 46.02 426 426 0 7.8063 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62591 0.68325 55.153 8 3 Median 0.49225 0.48203 0.62591 0.60794 0.60767 0.68325 65.237 82.663 58.226 2 2 4 1 0 2 Median Median Median 10.8 8.5 11.3 84707000 55940000 28767000 30173000 22544000 7628400 28239000 16984000 11255000 26295000 16412000 9883400 1665 13;4208;5423;12177 True;True;True;True 13;4310;5546;12480 41;42;43;44;13084;16860;16861;38148;38149 59;60;61;62;63;64;17069;21992;21993;49170 62;17069;21992;49170 Q9GZZ1 Q9GZZ1 6 6 6 N-alpha-acetyltransferase 50 NAA50 sp|Q9GZZ1|NAA50_HUMAN N-alpha-acetyltransferase 50 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAA50 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 6 3 5 6 3 5 6 3 34.9 34.9 34.9 19.398 169 169 0 17.435 By 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sapiens OX=9606 GN=ILKAP PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 4.6 4.6 4.6 42.906 392 392 0 3.4331 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 1.8 0 4.6 24931000 5348400 19583000 0 0 0 0 0 0 24931000 5348400 19583000 1670 1339;3928 True;True 1372;4026 4139;4140;12225 5472;5473;15977 5472;15977 Q9H0D6 Q9H0D6 2 2 2 5-3 exoribonuclease 2 XRN2 sp|Q9H0D6|XRN2_HUMAN 5-3 exoribonuclease 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=XRN2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2.6 2.6 2.6 108.58 950 950 0 3.6235 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6868 0.80323 13.304 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.6 2.6 2.6 71145000 57887000 13258000 23807000 19444000 4363500 23529000 19710000 3819400 23809000 18734000 5074700 1671 5289;8944 True;True 5411;9172 16420;16421;16422;28301;28302;28303 21433;21434;21435;21436;36393;36394;36395 21433;36393 Q9H0H5 Q9H0H5 2 2 2 Rac GTPase-activating protein 1 RACGAP1 sp|Q9H0H5|RGAP1_HUMAN Rac GTPase-activating protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RACGAP1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 3.8 3.8 3.8 71.026 632 632 0 6.8189 By MS/MS By MS/MS 0.85145 0.9859 30.075 4 3 Median 0.72412 0.89491 NaN 0.82399 1.0737 NaN 37.675 24.363 NaN 2 2 0 1 2 0 Median Median Median 3.8 3.8 0 33763000 18082000 15681000 17280000 9812900 7467500 16483000 8268700 8213800 0 0 0 1672 8888;10427 True;True 9113;10691 28085;28086;32687;32688 36115;36116;42020;42021 36115;42021 Q9H0P0 Q9H0P0 2 2 2 Cytosolic 5-nucleotidase 3A NT5C3A sp|Q9H0P0|5NT3A_HUMAN Cytosolic 5-nucleotidase 3A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NT5C3A PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 7.4 7.4 7.4 37.948 336 336 0.0017172 2.5424 By MS/MS By MS/MS 1.1311 1.3334 54.074 3 1 Median 0.87391 NaN NaN 1.064 NaN NaN 74.22 NaN NaN 2 1 0 1 0 0 Median Median Median 7.4 3.9 0 43488000 18462000 25025000 23267000 10019000 13248000 20220000 8442900 11777000 0 0 0 1673 8398;10379 True;True 8590;10642 26428;26429;32535 34028;41815 34028;41815 Q9H0S4 Q9H0S4 5 5 5 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX47 DDX47 sp|Q9H0S4|DDX47_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX47 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX47 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 1 3 5 1 3 5 1 3 13 13 13 50.646 455 455 0 12.141 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88194 1.0128 54.89 8 2 Leave out requantified 0.86071 NaN 0.84381 1.0784 NaN 0.8749 61.975 NaN 11.701 5 1 2 2 0 0 Leave out requantified Median Median 13 2.6 10.1 210850000 119880000 90972000 110010000 70077000 39933000 44115000 22711000 21403000 56727000 27091000 29636000 1674 1764;2611;6676;10439;10813 True;True;True;True;True 1808;2675;6829;10703;11084 5448;5449;5450;8138;8139;21050;21051;32718;33875 7151;7152;7153;7154;7155;10673;10674;27217;42058;43565 7151;10673;27217;42058;43565 Q9H1I8 Q9H1I8 4 4 4 Activating signal cointegrator 1 complex subunit 2 ASCC2 sp|Q9H1I8|ASCC2_HUMAN Activating signal cointegrator 1 complex subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ASCC2 PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 2 4 2 2 4 2 2 4 9.8 9.8 9.8 86.359 757 757 0 23.167 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79431 0.8742 12.14 6 5 Median 0.73798 0.76224 0.90287 0.84273 0.90291 0.89483 6.5095 24.838 4.6227 2 2 2 2 1 2 Median Median Median 5.9 5.9 9.8 67860000 43467000 24393000 17283000 12995000 4287300 19774000 11667000 8106600 30803000 18804000 11999000 1675 2097;2874;6942;8190 True;True;True;True 2147;2942;7101;8379 6513;6514;6515;8919;8920;8921;21902;25801 8527;8528;8529;11676;11677;11678;11679;11680;11681;28340;33256 8528;11678;28340;33256 Q9H211 Q9H211 1 1 1 DNA replication factor Cdt1 CDT1 sp|Q9H211|CDT1_HUMAN DNA replication factor Cdt1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDT1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 3.5 3.5 3.5 60.39 546 546 0.0011554 2.6398 By matching By MS/MS 0.69603 0.86408 8.2469 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 0 49897000 27823000 22074000 21891000 12834000 9056800 28006000 14989000 13017000 0 0 0 1676 353 True 359 1052;1053 1404 1404 382 321 Q9H223 Q9H223 14 13 12 EH domain-containing protein 4 EHD4 sp|Q9H223|EHD4_HUMAN EH domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EHD4 PE=1 SV=1 1 14 13 12 8 7 11 7 6 10 6 5 9 29 27.5 25.9 61.174 541 541 0 47.332 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79803 0.85694 23.019 22 9 Leave out requantified 0.72955 0.82756 0.8421 0.86763 0.9741 0.82967 20.677 16.199 23.017 7 8 7 3 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.5 14.4 24 655940000 353460000 302480000 204230000 114540000 89693000 222630000 119480000 103140000 229080000 119440000 109650000 1677 415;810;1815;2802;3256;3668;4050;5948;6799;6850;7213;7432;10468;12582 True;True;True;True;False;True;True;True;True;True;True;True;True;True 422;832;1859;2869;3336;3758;4150;6083;6955;7008;7378;7600;10733;12895 1242;1243;1244;1245;1246;2537;5630;5631;5632;5633;8697;8698;10124;10125;10126;10127;10128;11399;12602;18653;18654;18655;21433;21434;21612;22708;22709;22710;23404;32802;39515 1656;1657;1658;1659;1660;1661;1662;1663;3339;7379;7380;7381;7382;7383;7384;11397;11398;13315;13316;13317;13318;13319;13320;14956;16453;24192;24193;24194;24195;24196;27705;27920;29376;29377;29378;29379;30274;42172;50917 1659;3339;7381;11398;13320;14956;16453;24194;27705;27920;29379;30274;42172;50917 Q9H267 Q9H267 3 3 3 Vacuolar protein sorting-associated protein 33B VPS33B sp|Q9H267|VP33B_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 33B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS33B PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 3 2 1 3 2 1 3 2 7.3 7.3 7.3 70.584 617 617 0 11.388 By matching By MS/MS By MS/MS 1.1036 1.2528 17.891 6 4 Median NaN 1.037 NaN NaN 1.283 NaN NaN 20.227 NaN 1 4 1 0 3 1 Median Median Median 3.1 7.3 5.5 62239000 32134000 30105000 14297000 6645800 7651000 39792000 20590000 19202000 8150000 4897900 3252100 1678 432;1297;8879 True;True;True 440;1330;9104 1300;1301;1302;4001;4002;4003;28052 1722;1723;5311;5312;5313;36080 1722;5312;36080 Q9H270 Q9H270 1 1 1 Vacuolar protein sorting-associated protein 11 homolog VPS11 sp|Q9H270|VPS11_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 11 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS11 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1.2 1.2 1.2 107.84 941 941 0.0087901 1.7521 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 1.2 0 70599000 42950000 27649000 0 0 0 70599000 42950000 27649000 0 0 0 1679 8887 True 9112 28084 36114 36114 383 372 Q9H2G2 Q9H2G2 22 22 22 STE20-like serine/threonine-protein kinase SLK sp|Q9H2G2|SLK_HUMAN STE20-like serine/threonine-protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SLK PE=1 SV=1 1 22 22 22 19 20 14 19 20 14 19 20 14 23.9 23.9 23.9 142.69 1235 1235 0 144.02 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78241 0.98036 15.963 53 16 Leave out requantified 0.7646 0.81477 1.039 0.9623 1.0133 1.0605 18.972 20.293 21.639 19 21 13 5 6 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.6 20.7 15 1458300000 729540000 728770000 448520000 250450000 198070000 572280000 298780000 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1188;1189;1313;1314;1315;1316;1317;1318;1319;1320;2734;2735;2736;4085;8163;8164;8988;8989;8990;8991;8992;9236;9237;10043;10044;10447;10448;10449;10450;10451;10452;10453;10454;10455;12260;12261;12262;12560;12561;12562;13427;14259;14260;14823;14824;14825;14826;14827;14828;17516;17517;17518;17519;27226;27227;27228;27229;27230;29197;29198;29199;29200;29201;29202;29203;29204;39400;39401;39660;39982;39983;39984;41252;41253;46360 1189;1315;2736;4085;8164;8988;9237;10044;10453;12260;12560;13427;14260;14827;17517;27228;29203;39401;39660;39984;41253;46360 Q9H2H8 Q9H2H8 2 2 2 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 3 PPIL3 sp|Q9H2H8|PPIL3_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIL3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 0 0 2 0 0 2 0 18 18 18 18.154 161 161 0 4.268 By MS/MS 0.41486 0.52176 96.516 2 2 Median NaN 0.41486 NaN NaN 0.52176 NaN NaN 96.516 NaN 0 2 0 0 2 0 Median Median Median 0 18 0 52650000 39674000 12976000 0 0 0 52650000 39674000 12976000 0 0 0 1681 3774;12356 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106 ZNF106 sp|Q9H2Y7|ZN106_HUMAN Zinc finger protein 106 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF106 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0.6 0.6 0.6 208.88 1883 1883 0.0027793 2.2936 By MS/MS By MS/MS 0.79053 0.83793 1.9762 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 1 Median Median Median 0 0.6 0.6 32096000 17560000 14536000 0 0 0 18608000 9551600 9056300 13488000 8008200 5480100 1685 94 True 95 280;281 387;388 388 Q9H3N8 Q9H3N8 1 1 1 Histamine H4 receptor HRH4 sp|Q9H3N8|HRH4_HUMAN Histamine H4 receptor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HRH4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 2.3 2.3 2.3 44.495 390 390 0.0092736 1.7119 By MS/MS By matching 0.55986 0.63991 6.7065 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 2.3 2.3 0 33678000 21101000 12577000 15173000 8970300 6202500 18505000 12130000 6374900 0 0 0 1686 2910 True 2978 9023;9024 11810 11810 Q9H3P2 Q9H3P2 7 7 7 Negative elongation factor A NELFA sp|Q9H3P2|NELFA_HUMAN Negative elongation factor A OS=Homo 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2.331 By MS/MS By MS/MS 1.1505 1.3314 18.886 3 1 Median 1.2201 NaN NaN 1.4339 NaN NaN 10.487 NaN NaN 2 0 1 0 0 1 Median Median Median 7.4 0 4.5 25772000 12095000 13677000 19964000 9507600 10457000 0 0 0 5807000 2587100 3219900 1688 5023;8663 True;True 5141;8883 15649;15650;15651;27378 20429;20430;20431;20432;35242 20429;35242 Q9H3U1 Q9H3U1 9 9 9 Protein unc-45 homolog A UNC45A sp|Q9H3U1|UN45A_HUMAN Protein unc-45 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UNC45A PE=1 SV=1 1 9 9 9 6 6 6 6 6 6 6 6 6 12.2 12.2 12.2 103.08 944 944 0 39.577 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76841 0.92669 21.153 21 7 Leave out requantified 0.66057 0.75534 1.0928 0.83521 0.93066 1.094 12.955 17.911 24.415 6 8 7 2 4 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.5 8.2 8.5 385740000 194150000 191600000 108490000 61425000 47063000 147180000 72958000 74219000 130080000 59763000 70316000 1689 684;2089;2859;4413;7106;7589;7786;8172;11600 True;True;True;True;True;True;True;True;True 700;2139;2927;4520;7268;7760;7961;8360;11889 2103;2104;2105;6493;6494;6495;8878;13720;22413;23893;23894;23895;23896;23897;24482;24483;24484;25732;25733;25734;36312;36313 2774;2775;2776;2777;8503;8504;8505;8506;8507;8508;11628;17912;28998;28999;30904;30905;30906;30907;30908;31654;31655;33163;33164;46813;46814 2775;8507;11628;17912;28998;30908;31655;33164;46813 Q9H444 Q9H444 1 1 1 Charged multivesicular body protein 4b CHMP4B sp|Q9H444|CHM4B_HUMAN Charged multivesicular body protein 4b OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHMP4B PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.2 6.2 6.2 24.95 224 224 0 15.838 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.53961 0.66132 28.183 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.2 6.2 6.2 21282000 11013000 10269000 5058800 2771000 2287700 6548300 3291200 3257100 9674900 4950500 4724400 1690 2533 True 2597 7921;7922;7923 10362;10363;10364;10365;10366;10367;10368 10363 Q9H492 Q9H492 1 1 1 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A MAP1LC3A 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MS/MS By MS/MS 1.0324 1.0278 21.701 9 2 Leave out requantified 0.68393 1.1293 0.96501 0.77001 1.2833 0.96398 79.017 19.877 9.0635 3 4 2 1 1 0 Plateau Leave out requantified Median 7.7 10 4.7 268390000 170470000 97918000 85131000 56791000 28340000 120060000 79020000 41044000 63194000 34660000 28534000 1703 1189;5805;6877;8007 True;True;True;True 1216;5937;7035;8191 3658;3659;3660;18192;18193;21687;21688;21689;25196;25197 4820;4821;4822;4823;4824;4825;4826;23593;23594;28029;28030;28031;32530;32531 4822;23593;28031;32530 Q9H7D0 Q9H7D0 9 9 8 Dedicator of cytokinesis protein 5 DOCK5 sp|Q9H7D0|DOCK5_HUMAN Dedicator of cytokinesis protein 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DOCK5 PE=1 SV=3 1 9 9 8 5 6 6 5 6 6 4 5 5 5 5 4.5 215.31 1870 1870 0 23.209 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71724 0.9034 19.583 15 5 Leave out requantified 0.59883 0.68245 0.99689 0.72516 0.83713 1.0419 29.021 9.536 23.083 4 6 5 1 3 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 2.8 3.3 3.6 267390000 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSTPIP2 PE=1 SV=4 1 4 4 4 0 3 1 0 3 1 0 3 1 11.4 11.4 11.4 38.858 334 334 0 6.0783 By MS/MS By MS/MS 0.85751 1.0686 20.5 4 1 Leave out requantified NaN 0.85747 NaN NaN 1.0686 NaN NaN 17.572 NaN 0 3 1 0 1 0 Median Plateau Median 0 7.8 3.6 32792000 17336000 15457000 0 0 0 30006000 16350000 13656000 2786500 985680 1800800 1708 155;1842;2754;10084 True;True;True;True 158;1887;2821;10341 476;5712;8561;31676 647;7477;11231;40653 647;7477;11231;40653 Q9H993 Q9H993 3 3 3 Protein-glutamate O-methyltransferase ARMT1 sp|Q9H993|ARMT1_HUMAN Protein-glutamate O-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARMT1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 9.8 9.8 9.8 51.172 441 441 0 6.6984 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8193 1.0348 8.2699 7 5 Median 0.75512 0.77313 1.0448 1.0231 0.97327 1.0485 13.669 9.6545 1.8604 2 3 2 2 3 0 Median Median Median 9.8 7.5 5.9 143250000 79600000 63651000 37919000 22599000 15320000 71737000 40645000 31092000 33596000 16357000 17239000 1709 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39S ribosomal protein L44, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRPL44 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 5.7 5.7 5.7 37.535 332 332 0.00059988 3.0554 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 5.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1712 7415 True 7583 23350 30195 30195 Q9H9T3 Q9H9T3 3 3 3 Elongator complex protein 3 ELP3 sp|Q9H9T3|ELP3_HUMAN Elongator complex protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELP3 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 3 1 2 3 1 2 3 1 8.6 8.6 8.6 62.258 547 547 0 9.9579 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96482 1.0401 45.368 6 3 Median 0.70155 1.0837 NaN 0.82596 1.2139 NaN 26.433 60.52 NaN 2 3 1 1 2 0 Median Median Median 6.8 8.6 3.1 70752000 36537000 34215000 22903000 12889000 10014000 33931000 17074000 16857000 13918000 6574300 7343800 1713 1748;1804;9563 True;True;True 1792;1848;9809 5400;5401;5588;5589;5590;30191 7098;7099;7329;7330;7331;38794 7098;7329;38794 Q9H9Y6 Q9H9Y6 1 1 1 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 POLR1B 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homology domain-containing family A member 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PLEKHA5 PE=1 SV=1 1 7 7 7 4 3 3 4 3 3 4 3 3 8 8 8 127.46 1116 1116 0 15.573 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0529 1.1211 33.722 7 4 Median 1.1559 0.84359 1.1115 1.4672 1.0315 1.1211 52.497 24.424 28.939 2 2 3 1 1 2 Median Median Median 4.7 3.3 3.7 133960000 68371000 65591000 43854000 27973000 15880000 29772000 12840000 16932000 60337000 27558000 32779000 1716 1562;3466;3646;9033;11949;12233;12544 True;True;True;True;True;True;True 1600;3548;3736;9264;12246;12537;12855 4830;10773;11336;28564;28565;37383;37384;38361;38362;39374 6368;14130;14879;36739;36740;48191;48192;49458;49459;50736 6368;14130;14879;36740;48192;49458;50736 Q9HAU5 Q9HAU5 3 3 3 Regulator of nonsense transcripts 2 UPF2 sp|Q9HAU5|RENT2_HUMAN Regulator of nonsense transcripts 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UPF2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3.2 3.2 3.2 147.81 1272 1272 0 6.8777 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81431 0.98406 5.446 9 3 Leave out requantified 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homolog 1, mitochondrial GRPEL1 sp|Q9HAV7|GRPE1_HUMAN GrpE protein homolog 1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GRPEL1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 5.1 5.1 5.1 24.279 217 217 0.00060241 3.1138 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 5.1 5559900 2499300 3060600 0 0 0 0 0 0 5559900 2499300 3060600 1719 1979 True 2024 6110 7958 7958 Q9HB07 Q9HB07 2 2 2 UPF0160 protein MYG1, mitochondrial C12orf10 sp|Q9HB07|MYG1_HUMAN UPF0160 protein MYG1, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C12orf10 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 6.9 6.9 6.9 42.449 376 376 0 9.3935 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80258 0.94598 8.5887 5 3 Median 0.79355 NaN 0.8858 0.94773 NaN 0.90438 0.26245 NaN 15.83 2 1 2 1 0 2 Median Median Median 6.9 3.7 6.9 138520000 71235000 67285000 38556000 21942000 16614000 35374000 18007000 17368000 64590000 31286000 33304000 1720 795;4127 True;True 814;4228 2479;2480;12835;12836;12837;12838 3264;3265;16739;16740;16741;16742 3264;16740 Q9HB19 Q9HB19 5 5 5 Pleckstrin homology domain-containing family A member 2 PLEKHA2 sp|Q9HB19|PKHA2_HUMAN Pleckstrin homology domain-containing family A member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PLEKHA2 PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 4 4 3 4 4 3 4 4 13.6 13.6 13.6 47.254 425 425 0 10.641 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73757 0.86574 39.421 9 7 Median 0.9565 0.61692 0.86773 1.1672 0.70065 0.86696 55.016 22.758 21.124 3 3 3 2 2 3 Median Median Plateau 8.7 11.1 10.1 167230000 93482000 73746000 54150000 27088000 27062000 61591000 38474000 23116000 51487000 27920000 23567000 1721 2100;2415;5663;10500;10804 True;True;True;True;True 2150;2474;5791;10765;11075 6524;6525;6526;7519;7520;17760;17761;32899;32900;33850;33851 8544;8545;8546;9817;9818;23072;23073;23074;42291;42292;43533;43534 8544;9818;23073;42291;43533 Q9HB71 Q9HB71 4 4 4 Calcyclin-binding protein CACYBP sp|Q9HB71|CYBP_HUMAN Calcyclin-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CACYBP PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 4 3 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80;232;911;1080;2037;2407;3018;5225;5386;5775;6087;8294;8420;12108;12109;12659;13087 243;244;245;690;691;692;693;2752;2753;2754;2755;3248;3249;3250;3251;6157;6158;6159;6160;7286;7287;7288;9144;9145;9146;9147;15880;15881;15882;16350;16351;16352;17720;17721;18662;18663;18664;25522;25523;25524;25525;25526;25940;25941;25942;25943;36969;36970;38741;38742;38743;40099;40100;40101 335;336;337;338;922;923;924;925;926;927;3614;3615;3616;3617;4284;4285;4286;4287;4288;8021;8022;8023;8024;8025;9527;9528;9529;9530;9531;9532;11953;11954;11955;11956;11957;20722;21331;21332;21333;21334;21335;21336;23022;24203;24204;24205;24206;32909;32910;32911;32912;32913;32914;32915;32916;33429;33430;33431;33432;47628;47629;49957;49958;51657;51658;51659;51660;51661;51662 336;923;3615;4287;8023;9527;11953;20722;21332;23022;24203;32914;33432;47628;47629;49957;51661 Q9HCC0 Q9HCC0 1 1 1 Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial MCCC2 sp|Q9HCC0|MCCB_HUMAN Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MCCC2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.6 3.6 3.6 61.332 563 563 0 6.5083 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99687 1.1481 9.8808 4 2 Linear NaN NaN 0.99686 NaN NaN 0.97816 NaN NaN 8.1944 1 1 2 0 0 2 Median Median Median 3.6 3.6 3.6 70453000 36539000 33914000 19300000 10462000 8838300 19514000 10819000 8694600 31639000 15258000 16381000 1726 126 True 128 377;378;379;380 514;515;516;517;518 515 Q9HCG8 Q9HCG8 2 2 2 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog CWC22 sp|Q9HCG8|CWC22_HUMAN Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CWC22 PE=1 SV=3 1 2 2 2 0 2 0 0 2 0 0 2 0 3 3 3 105.47 908 908 0.0083377 1.7982 By MS/MS 1.1861 1.4504 23.222 2 1 Median NaN 1.1861 NaN NaN 1.4504 NaN NaN 23.222 NaN 0 2 0 0 1 0 Median Median Median 0 3 0 24007000 12852000 11155000 0 0 0 24007000 12852000 11155000 0 0 0 1727 2144;13496 True;True 2197;13831 6669;42284 8745;54405 8745;54405 Q9HCK8;Q8TD26;Q3L8U1;Q9P2D1 Q9HCK8;Q8TD26;Q3L8U1;Q9P2D1 2;1;1;1 2;1;1;1 2;1;1;1 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8;Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6;Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9;Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 7 CHD8;CHD6;CHD9;CHD7 sp|Q9HCK8|CHD8_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD8 PE=1 SV=5;sp|Q8TD26|CHD6_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD6 PE=1 SV=4;sp|Q3L8U1|CHD9_HUMAN Chromodomain-helicase 4 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 0.8 0.8 0.8 290.52 2581 2581;2715;2897;2997 0.0037797 2.0534 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 0.8 8905200 3564900 5340200 0 0 0 0 0 0 8905200 3564900 5340200 1728 10588;12579 True;True 10855;12892 33190;39505 42661;50900 42661;50900 Q9HCS7 Q9HCS7 2 2 2 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 XAB2 sp|Q9HCS7|SYF1_HUMAN Pre-mRNA-splicing factor SYF1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=XAB2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.7 2.7 2.7 100.01 855 855 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Nucleolar protein of 40 kDa ZCCHC17 sp|Q9NP64|NO40_HUMAN Nucleolar protein of 40 kDa OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZCCHC17 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 5.8 5.8 5.8 27.569 241 241 0 3.255 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 5.8 73965000 36138000 37828000 0 0 0 0 0 0 73965000 36138000 37828000 1733 1898 True 1943 5893 7689 7689 Q9NPD3 Q9NPD3 1 1 1 Exosome complex component RRP41 EXOSC4 sp|Q9NPD3|EXOS4_HUMAN Exosome complex component RRP41 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC4 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 4.9 4.9 4.9 26.383 245 245 0.0083203 1.7869 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 4.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1734 603 True 617 1850 2445 2445 Q9NPI1 Q9NPI1 1 1 1 Bromodomain-containing protein 7 BRD7 sp|Q9NPI1|BRD7_HUMAN Bromodomain-containing protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BRD7 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3.4 3.4 3.4 74.138 651 651 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1 1 0 0 Median Median Median 3.4 3 4 68337000 41634000 26703000 15770000 10050000 5720800 27264000 13674000 13590000 25303000 17910000 7392900 1738 8594;9605;11217;12650 True;True;True;True 8808;9851;11496;12966 27141;27142;27143;30302;35089;39731 34930;34931;38931;45126;51189 34930;38931;45126;51189 Q9NQ88 Q9NQ88 1 1 1 Fructose-2,6-bisphosphatase TIGAR TIGAR sp|Q9NQ88|TIGAR_HUMAN Fructose-2,6-bisphosphatase TIGAR OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TIGAR PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.3 6.3 6.3 30.062 270 270 0 14.839 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85411 1.0204 32.858 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 6.3 6.3 6.3 13910000 8842400 5067400 6771700 4672400 2099300 7138100 4170000 2968100 0 0 0 1739 5966 True 6102 18712;18713;18714;18715 24257;24258;24259;24260 24260 Q9NQC3 Q9NQC3 6 6 6 Reticulon-4 RTN4 sp|Q9NQC3|RTN4_HUMAN Reticulon-4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTN4 PE=1 SV=2 1 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 8.3 8.3 8.3 129.93 1192 1192 0 33.413 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90547 1.044 25.775 16 6 Leave out requantified 0.7684 0.88477 0.98509 0.94759 1.0645 1.0517 28.549 32.537 32.871 6 4 6 2 1 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.3 7.1 8.3 547460000 336270000 211190000 194580000 122300000 72279000 162250000 103800000 58456000 190630000 110170000 80451000 1740 1225;5033;5273;5519;6705;13469 True;True;True;True;True;True 1255;5151;5394;5645;6859;13804 3779;3780;3781;3782;15672;15673;15674;16371;16372;16373;17235;17236;17237;17238;21142;21143;21144;42211;42212 5022;5023;5024;5025;20458;20459;20460;20461;21360;21361;21362;22424;22425;22426;22427;27321;27322;27323;54318;54319 5022;20461;21360;22426;27322;54319 Q9NQT5 Q9NQT5 3 3 3 Exosome complex component RRP40 EXOSC3 sp|Q9NQT5|EXOS3_HUMAN Exosome complex component RRP40 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC3 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 10.9 10.9 10.9 29.572 275 275 0 7.0057 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83001 0.91452 13.952 6 2 Leave out 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13568;13569;13570;13571;18875;18876;18877;39203;39204;39205;39206;39207;42257 17702;17703;17704;17705;24468;24469;24470;50544;50545;50546;50547;50548;54375 17705;24468;50546;54375 Q9NR30;Q9BQ39 Q9NR30 27;2 27;2 27;2 Nucleolar RNA helicase 2 DDX21 sp|Q9NR30|DDX21_HUMAN Nucleolar RNA helicase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX21 PE=1 SV=5 2 27 27 27 23 27 21 23 27 21 23 27 21 38.8 38.8 38.8 87.343 783 783;737 0 218.18 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83897 0.98267 11.734 96 17 Leave out requantified 0.76326 0.84558 0.94288 0.96049 1.0109 0.93876 13.068 33.934 15.713 32 36 28 6 8 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 36.7 38.8 34.7 7209700000 3877200000 3332500000 2069700000 1157300000 912400000 2824900000 1522000000 1302900000 2315100000 1197900000 1117100000 1746 138;1648;1649;2335;2568;2745;2803;3065;3347;4406;4851;5882;6484;6526;7386;7594;8720;8781;9287;10130;10157;10961;10962;11115;11308;11419;13100 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 141;1689;1690;2393;2632;2812;2870;3138;3427;4513;4965;6014;6634;6677;7554;7765;8942;9004;9526;10387;10414;11234;11235;11392;11590;11703;13423 414;415;416;5091;5092;5093;5094;5095;7244;7245;8029;8030;8031;8527;8528;8529;8699;8700;8701;8702;8703;8704;9536;10412;10413;10414;13698;13699;13700;13701;13702;13703;15155;15156;15157;18422;18423;18424;20405;20406;20407;20563;20564;23235;23236;23237;23238;23239;23240;23241;23909;23910;23911;27531;27532;27533;27534;27535;27536;27537;27734;27735;27736;29364;29365;29366;29367;29368;31806;31807;31808;31809;31810;31876;31877;31878;31879;31880;31881;31882;31883;31884;31885;31886;34313;34314;34315;34316;34770;34771;34772;34773;34774;34775;35396;35397;35398;35761;35762;41076;41077;41078 563;564;565;566;567;568;6709;6710;6711;6712;6713;9470;9471;10518;10519;10520;10521;10522;11186;11187;11188;11189;11190;11191;11399;11400;11401;11402;11403;11404;11405;11406;11407;11408;12477;12478;13677;13678;13679;17885;17886;17887;17888;17889;19799;19800;19801;19802;19803;23883;23884;23885;23886;26419;26420;26634;26635;26636;26637;30047;30048;30049;30050;30051;30052;30053;30054;30055;30056;30057;30918;30919;30920;30921;30922;30923;30924;30925;30926;30927;30928;30929;35448;35449;35450;35451;35452;35453;35454;35455;35456;35668;35669;37752;37753;37754;37755;37756;37757;40823;40824;40825;40826;40827;40828;40829;40830;40908;40909;40910;40911;40912;40913;40914;40915;40916;40917;40918;40919;44116;44117;44118;44119;44120;44121;44122;44706;44707;44708;44709;44710;44711;44712;44713;44714;44715;44716;45557;45558;45559;45560;45561;46099;46100;52894;52895;52896;52897;52898;52899;52900 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Heme-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HEBP1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 8.5 8.5 8.5 21.097 189 189 0.0011876 2.9562 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87934 0.88676 13.568 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 8.5 8.5 8.5 118970000 58654000 60312000 35949000 18110000 17839000 39418000 17925000 21493000 43599000 22618000 20981000 1750 3722 True 3812 11552;11553;11554 15141;15142;15143 15142 Q9NRW7 Q9NRW7 2 2 2 Vacuolar protein sorting-associated protein 45 VPS45 sp|Q9NRW7|VPS45_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 45 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS45 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 4.2 4.2 4.2 65.076 570 570 0 6.7223 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1906 1.2536 38.482 4 1 Median NaN 0.77685 NaN NaN 0.91258 NaN NaN 40.67 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 2.5 4.2 2.5 99933000 48220000 51713000 21160000 9971900 11188000 51020000 25370000 25651000 27753000 12879000 14874000 1751 381;10280 True;True 387;10541 1129;32263;32264;32265 1503;41445;41446;41447;41448 1503;41448 Q9NRX1 Q9NRX1 4 4 4 RNA-binding protein PNO1 PNO1 sp|Q9NRX1|PNO1_HUMAN RNA-binding protein PNO1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PNO1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 24.6 24.6 24.6 27.924 252 252 0 20.068 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87258 0.94447 10.136 11 4 Leave out requantified 0.86304 0.95441 1.0466 0.97488 1.1352 1.0422 15.73 19.943 24.929 4 4 3 1 2 1 Median Median Plateau 17.5 24.6 18.3 236080000 127190000 108890000 63316000 35250000 28066000 90537000 44937000 45600000 82227000 47004000 35223000 1752 5827;7013;9231;11112 True;True;True;True 5959;7175;9470;11388 18250;18251;18252;22168;22169;29196;29197;29198;34758;34759;34760 23666;23667;23668;23669;28705;28706;37560;37561;37562;37563;44689;44690;44691 23669;28705;37561;44689 Q9NRY4 Q9NRY4 3 3 3 Rho GTPase-activating protein 35 ARHGAP35 sp|Q9NRY4|RHG35_HUMAN Rho GTPase-activating protein 35 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARHGAP35 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2.7 2.7 2.7 170.51 1499 1499 0 15.909 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93304 1.0623 24.864 4 1 Median NaN 0.72643 NaN NaN 0.84476 NaN NaN 25.357 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 1.6 1.7 0.6 66176000 38143000 28033000 21365000 12541000 8823900 26942000 16099000 10843000 17869000 9502600 8366000 1753 3350;4468;7149 True;True;True 3430;4576;7312 10419;13893;22538;22539;22540 13686;18144;29157;29158;29159;29160 13686;18144;29160 Q9NRZ9 Q9NRZ9 6 6 6 Lymphoid-specific helicase HELLS sp|Q9NRZ9|HELLS_HUMAN Lymphoid-specific helicase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HELLS PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 4 3 5 4 3 5 4 3 8.1 8.1 8.1 97.073 838 838 0 7.4356 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94043 1.0804 15.205 12 3 Leave out requantified 0.96547 0.81336 1.0476 1.206 0.98467 1.0804 10.497 8.3075 16.746 5 4 3 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Median 6.8 6.1 3.8 191420000 99951000 91472000 75462000 38236000 37226000 63949000 32937000 31013000 52011000 28778000 23232000 1754 3174;3267;3633;3807;5678;12411 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65;991;2026;2245;3579;3761;5846;7384;7627;9024;10654;12090;12244;13502 195;196;197;2978;2979;2980;6113;6114;6115;6790;6791;6792;6793;6794;10857;10858;11407;11408;11409;17920;22725;22726;22727;23481;23482;23483;23484;27809;27810;27811;27812;27813;32573;32574;32575;36907;36908;36909;37377;37378;37379;37380;41319;41320;41321 277;278;279;280;281;282;3924;7961;7962;7963;7964;7965;7966;8915;8916;8917;8918;8919;14230;14231;14965;14966;14967;23273;29396;29397;29398;30379;30380;30381;30382;35756;35757;35758;35759;35760;35761;35762;41863;41864;47544;47545;47546;47547;47548;47549;48185;48186;48187;48188;48189;53198 282;3924;7962;8918;14230;14967;23273;29398;30379;35760;41864;47547;48186;53198 Q9NSK0 Q9NSK0 7 4 4 Kinesin light chain 4 KLC4 sp|Q9NSK0|KLC4_HUMAN Kinesin light chain 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KLC4 PE=1 SV=3 1 7 4 4 4 6 4 2 3 2 2 3 2 13.4 8.9 8.9 68.639 619 619 0 9.0841 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66523 0.76435 19.615 6 3 Median 0.67484 0.65226 NaN 0.82987 0.77231 NaN 29.075 19.864 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Q9NVS9 Q9NVS9 2 2 2 Pyridoxine-5-phosphate oxidase PNPO sp|Q9NVS9|PNPO_HUMAN Pyridoxine-5-phosphate oxidase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PNPO PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 12.6 12.6 12.6 29.988 261 261 0 4.1359 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0503 1.1921 20.315 6 3 Median 1.0955 NaN 1.0701 1.3318 NaN 1.0402 14.239 NaN 24.792 2 1 3 0 1 2 Median Median Median 12.6 6.9 12.6 115880000 54116000 61764000 34554000 14947000 19607000 15674000 7178400 8495600 65652000 31990000 33661000 1775 2493;10866 True;True 2555;11138 7768;7769;7770;34027;34028;34029 10155;10156;10157;10158;43750;43751 10157;43750 Q9NVU7 Q9NVU7 2 2 2 Protein SDA1 homolog SDAD1 sp|Q9NVU7|SDA1_HUMAN Protein SDA1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SDAD1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 3.5 3.5 3.5 79.87 687 687 0.0017016 2.4737 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88369 0.95606 30.46 4 2 Median NaN 0.88803 NaN NaN 1.0637 NaN NaN 50.631 NaN 1 2 1 1 1 0 Median Median Median 2.2 3.5 2.2 89191000 46150000 43040000 20597000 9469300 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4 5 3 4 5 17.3 17.3 17.3 39.436 346 346;347 0 28.592 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97504 1.093 26.086 17 6 Leave out requantified 0.72193 0.9818 1.0327 0.84769 1.1607 1.0072 24.197 22.777 17.313 5 5 7 2 0 4 Median Leave out requantified Leave out requantified 14.2 17.3 17.3 647360000 350890000 296460000 201170000 122380000 78794000 177590000 85967000 91622000 268590000 142540000 126050000 1780 2240;3726;8884;11286;11287 True;True;True;True;True 2294;3816;9109;11568;11569 6919;6920;6921;6922;6923;6924;11562;11563;28071;28072;28073;28074;28075;35323;35324;35325;35326 9079;9080;9081;9082;9083;9084;9085;15155;36100;36101;36102;36103;36104;36105;45448;45449;45450;45451;45452;45453 9083;15155;36104;45448;45449 Q9NX55 Q9NX55 2 2 2 Huntingtin-interacting protein K HYPK sp|Q9NX55|HYPK_HUMAN Huntingtin-interacting protein K OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HYPK PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 24.8 24.8 24.8 14.665 129 129 0 6.7715 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0901 1.1899 8.2635 6 1 Leave out 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Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP3K20 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 91.154 800 800 0 3.6369 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79227 0.84832 14.282 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 1.1 1.4 1.1 16180000 8748800 7431100 7192700 3732900 3459800 0 0 0 8987200 5015900 3971300 1787 1270;9194 True;True 1301;9433 3920;3921;29099 5215;5216;37444 5216;37444 Q9NYL9;P28289 Q9NYL9 8;1 8;1 8;1 Tropomodulin-3 TMOD3 sp|Q9NYL9|TMOD3_HUMAN Tropomodulin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TMOD3 PE=1 SV=1 2 8 8 8 8 3 4 8 3 4 8 3 4 33 33 33 39.594 352 352;359 0 19.078 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88887 0.99866 35.907 16 7 Leave out requantified 0.7589 0.88887 1.0584 0.95542 1.1164 1.101 37.228 21.144 17.276 9 3 4 6 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 33 8.2 16.5 293600000 139860000 153730000 147990000 71302000 76687000 51597000 27518000 24078000 94009000 41043000 52967000 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protein 26 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCDC59 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 4.6 4.6 4.6 28.669 241 241 0.002764 2.2545 By matching By MS/MS 0.77174 0.93503 9.8192 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 4.6 4.6 0 11060000 6029800 5029700 4627400 2503100 2124300 6432200 3526700 2905500 0 0 0 1797 902 True 924 2793;2794 3675 3675 Q9P0K7 Q9P0K7 5 5 5 Ankycorbin RAI14 sp|Q9P0K7|RAI14_HUMAN Ankycorbin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAI14 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 7.1 7.1 7.1 110.04 980 980 0 20.156 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77221 0.89296 9.3546 11 8 Leave out requantified 0.82518 0.63559 0.87267 1.001 0.77477 0.89719 19.448 38.131 22.936 3 4 4 2 3 3 Plateau Median Median 4.9 6 5.9 127010000 69520000 57494000 41269000 22351000 18918000 35997000 22435000 13562000 49748000 24734000 25015000 1798 3447;7734;9780;9901;10886 True;True;True;True;True 3529;7908;10032;10155;11159 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2553;2554;2555;3549;3857;3858;6507;6508;6509;6510;6511;8149;8150;8151;8191;8192;8193;9117;9118;9119;9120;9864;9865;9866;9867;9868;9869;9870;10140;10141;10142;10143;11309;11310;11311;11611;11612;11613;12898;12899;12900;12901;12902;14424;14425;14426;14427;14428;14429;16148;16149;16150;18072;18073;18475;18476;18936;18937;18938;21753;21754;21755;21756;21757;21758;21759;21760;21761;21762;21763;26750;26751;26752;26753;26754;26755;26756;27615;27616;27617;27618;27619;28057;28058;28059;28060;28061;28062;28063;28064;28065;28066;28067;28374;28375;28376;28377;29480;29481;29482;29661;29662;30848;30849;32255;32256;32257;32258;32452;32453;33097;33098;33099;34172;34173;34174;34175;34176;34177;34178;35073;35074;35075;35446;35447;35448;38286;38287;38288;38289;38290;38291;38292;38293;38294;38295;38352;38353;38354;38728;38729;38730;38731;38732;38733;38734;38735;38736;38737;38738;38739;38740;39000;39001;39002;39232;39233;39234;41643;41644;41645;41646;42134;42135;42136 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3361;4682;5123;8525;10689;10740;11917;12940;13341;14848;15215;16822;18860;21084;23453;23970;24552;28129;34465;35538;36085;36090;36488;37899;38120;39653;41438;41712;42549;43940;43943;45109;45638;49355;49446;49939;49953;50278;50574;53592;54227 390;391;392;393 353;508;759;979 Q9P2K8 Q9P2K8 3 3 3 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 4 EIF2AK4 sp|Q9P2K8|E2AK4_HUMAN eIF-2-alpha kinase GCN2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2AK4 PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2.2 2.2 2.2 186.91 1649 1649 0 6.7066 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93805 0.96222 10.233 4 1 Median NaN NaN 0.94833 NaN NaN 0.92881 NaN NaN 2.9013 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 0.8 1.6 1.3 75358000 36902000 38457000 18136000 9817800 8318200 18666000 8166000 10500000 38556000 18918000 19638000 1806 9477;12503;13176 True;True;True 9722;12813;13503 29939;39253;39254;39255;41322 38485;50603;50604;50605;50606;50607;53199 38485;50603;53199 Q9P2N5 Q9P2N5 1 1 1 RNA-binding protein 27 RBM27 sp|Q9P2N5|RBM27_HUMAN RNA-binding protein 27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM27 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.5 1.5 1.5 118.72 1060 1060 0.0038023 2.0939 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 1.5 16356000 8814500 7541600 0 0 0 0 0 0 16356000 8814500 7541600 1807 2694 True 2759 8392 11010 11010 Q9P2R7 Q9P2R7 1 1 1 Succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial SUCLA2 sp|Q9P2R7|SUCB1_HUMAN Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUCLA2 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.9 1.9 1.9 50.317 463 463 0.0057925 1.8665 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71422 0.84235 3.9135 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.9 1.9 1.9 113900000 65936000 47959000 38133000 22561000 15572000 39347000 23263000 16084000 36416000 20112000 16303000 1808 3326 True 3406 10325;10326;10327 13550;13551;13552;13553 13552 Q9P2W1 Q9P2W1 1 1 1 Homologous-pairing protein 2 homolog PSMC3IP sp|Q9P2W1|HOP2_HUMAN Homologous-pairing protein 2 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMC3IP PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 6.9 6.9 6.9 24.906 217 217 0 5.4153 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 6.9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1809 8409 True 8602 26455 34059 34059 Q9UBB4 Q9UBB4 12 12 12 Ataxin-10 ATXN10 sp|Q9UBB4|ATX10_HUMAN Ataxin-10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATXN10 PE=1 SV=1 1 12 12 12 12 8 9 12 8 9 12 8 9 31.4 31.4 31.4 53.488 475 475 0 56.24 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1485 1.2683 18.711 29 7 Leave out requantified 1.0104 0.94267 1.6275 1.214 1.1295 1.6136 22.146 13.005 19.019 13 8 8 4 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 31.4 19.4 23.8 969140000 398260000 570870000 504150000 209280000 294870000 222420000 97424000 124990000 242570000 91562000 151010000 1810 275;761;1294;1561;5364;6367;6939;8095;8436;8631;8942;12880 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 280;779;1327;1599;5486;6513;7098;8282;8636;8850;9170;13198 803;804;2355;2356;2357;3995;3996;4827;4828;4829;16660;20033;20034;21895;21896;25484;25485;25486;26601;26602;26603;27270;27271;28294;28295;28296;28297;40399;40400;40401 1068;1069;1070;3092;3093;3094;5304;5305;6362;6363;6364;6365;6366;6367;21762;25926;25927;28331;28332;28333;28334;32858;32859;32860;32861;34278;34279;34280;34281;34282;35095;35096;36378;36379;36380;36381;36382;36383;36384;52041;52042;52043;52044;52045 1069;3092;5305;6365;21762;25926;28332;32858;34278;35095;36379;52042 Q9UBK8 Q9UBK8 5 5 5 Methionine synthase reductase MTRR sp|Q9UBK8|MTRR_HUMAN Methionine synthase reductase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTRR PE=1 SV=4 1 5 5 5 5 1 3 5 1 3 5 1 3 11.3 11.3 11.3 77.673 698 698 0 36.996 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0759 1.1431 29.54 8 5 Median 0.9079 NaN 1.1933 1.0107 NaN 1.1862 38.88 NaN 1.6594 5 1 2 3 1 1 Median Median Median 11.3 2.6 6.4 118430000 54131000 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1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 1.2 0 3361200 2052600 1308600 0 0 0 3361200 2052600 1308600 0 0 0 1813 9652 True 9902 30445 39137 39137 Q9UBP0 Q9UBP0 1 1 1 Spastin SPAST sp|Q9UBP0|SPAST_HUMAN Spastin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPAST PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1.8 1.8 1.8 67.196 616 616 0.002784 2.3084 By MS/MS By MS/MS 0.95578 1.0983 14.051 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0 1.8 1.8 31998000 18231000 13767000 0 0 0 15853000 9352700 6500500 16145000 8878000 7266700 1814 3738 True 3829 11604;11605 15204;15205 15205 Q9UBQ5 Q9UBQ5 2 2 2 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K EIF3K sp|Q9UBQ5|EIF3K_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3K PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 11.5 11.5 11.5 25.059 218 218 0 6.3616 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0603 1.2416 50.261 7 4 Median 1.0506 NaN 1.4081 1.2055 NaN 1.4011 68.431 NaN 9.6048 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89;13970;13971;13972;13973;13974;17532;18910;18911;18912;38950;38951;38952 131;18244;18245;18246;18247;18248;18249;22796;24519;24520;24521;50200;50201;50202;50203;50204;50205 131;18247;22796;24520;50204 Q9UBS4 Q9UBS4 2 2 2 DnaJ homolog subfamily B member 11 DNAJB11 sp|Q9UBS4|DJB11_HUMAN DnaJ homolog subfamily B member 11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAJB11 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 7.8 7.8 7.8 40.513 358 358 0 4.8652 By MS/MS By MS/MS 0.99496 1.16 3.5695 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.1 4.7 0 54767000 36530000 18238000 17329000 9650000 7678600 37439000 26880000 10559000 0 0 0 1817 4107;11501 True;True 4208;11786 12778;35996 16667;46380 16667;46380 Q9UBT2 Q9UBT2 4 4 4 SUMO-activating enzyme subunit 2 UBA2 sp|Q9UBT2|SAE2_HUMAN SUMO-activating enzyme subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBA2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 2 2 3 2 2 3 2 2 8.9 8.9 8.9 71.223 640 640 0 11.603 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84375 1.0165 39.198 7 2 Leave out 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signalosome complex subunit 7a COPS7A sp|Q9UBW8|CSN7A_HUMAN COP9 signalosome complex subunit 7a OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPS7A PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 8 8 8 30.276 275 275 0 3.7785 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0742 1.2238 30.28 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 1 Median Median Median 8 8 8 57183000 24964000 32219000 22038000 9968800 12069000 20069000 11707000 8362400 15076000 3288700 11787000 1820 12901 True 13219 40453;40454;40455 52101;52102;52103;52104 52101 Q9UDY2 Q9UDY2 4 4 4 Tight junction protein ZO-2 TJP2 sp|Q9UDY2|ZO2_HUMAN Tight junction protein ZO-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TJP2 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 2 1 3 2 1 3 2 1 5.5 5.5 5.5 133.96 1190 1190 0 6.41 By MS/MS By MS/MS By matching 0.83359 1.0034 25.666 6 1 Leave out requantified 0.72442 0.71455 NaN 0.91539 0.85996 NaN 7.3543 39.269 NaN 3 2 1 1 0 0 Median Median Median 4 2.9 1.5 79955000 48247000 31708000 34447000 20737000 13710000 31462000 20246000 11215000 14047000 7264200 6782900 1821 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12319;12320;12321;12322;12323;12324;12325;12326;12327;12328;18898;18899;24837;35868;35869;35870;35871;35872;51858;51859;51860;51861;51862;51863 12323;12328;18898;24837;35870;51861 Q9UER7 Q9UER7 1 1 1 Death domain-associated protein 6 DAXX sp|Q9UER7|DAXX_HUMAN Death domain-associated protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DAXX PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.4 2.4 2.4 81.372 740 740 0.00060205 3.1123 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1164 1.1514 15.79 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.4 2.4 2.4 64903000 32514000 32390000 18404000 9908800 8494800 21022000 10143000 10879000 25478000 12462000 13016000 1823 7471 True 7640 23515;23516;23517 30420;30421;30422;30423 30423 Q9UEW8 Q9UEW8 4 3 3 STE20/SPS1-related proline-alanine-rich protein kinase STK39 sp|Q9UEW8|STK39_HUMAN STE20/SPS1-related proline-alanine-rich protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=STK39 PE=1 SV=3 1 4 3 3 4 4 4 3 3 3 3 3 3 8.3 7 7 59.473 545 545 0 11.925 By MS/MS By MS/MS By 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 719;720;1437;1523;2052;2489;5945;9461;10116;10598;10599;10608;12458;13463;13692 2165;2166;2167;2168;2169;2170;2171;4362;4363;4364;4365;4366;4616;4617;4618;6200;6201;6202;6203;6204;6205;7564;7565;7566;18219;29174;31036;31037;32415;32416;32417;32418;32419;32420;32446;32447;32448;38091;38092;38093;41205;41206;41207;41208;41209;41879;41880;41881 2858;2859;2860;2861;2862;2863;2864;2865;5739;5740;5741;5742;5743;5744;5745;5746;5747;6078;6079;6080;8074;8075;8076;8077;8078;8079;9875;9876;9877;23629;37536;39885;41666;41667;41668;41669;41670;41671;41672;41673;41706;41707;41708;49099;49100;49101;53054;53055;53056;53057;53058;53059;53877;53878;53879;53880;53881 2860;2864;5742;6080;8077;9876;23629;37536;39885;41667;41672;41708;49101;53057;53880 Q9UHD1 Q9UHD1 5 5 5 Cysteine and histidine-rich domain-containing protein 1 CHORDC1 sp|Q9UHD1|CHRD1_HUMAN Cysteine and histidine-rich domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens 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OX=9606 GN=ZNHIT2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 3 3 3 42.883 403 403 0.0011884 2.9653 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 3 0 4845600 2258700 2586900 0 0 0 4845600 2258700 2586900 0 0 0 1835 1512 True 1549 4685 6163 6163 Q9UHV9 Q9UHV9 3 3 3 Prefoldin subunit 2 PFDN2 sp|Q9UHV9|PFD2_HUMAN Prefoldin subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PFDN2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 2 2 1 2 2 1 2 2 23.4 23.4 23.4 16.648 154 154 0 10.269 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72647 0.91256 58.034 9 9 Median 1.1645 0.64472 1.0346 1.4487 0.75461 1.0333 65.356 47.043 64.987 2 4 3 2 4 3 Median Median Plateau 7.8 16.9 14.3 162720000 86686000 76039000 49566000 20286000 29280000 58220000 35475000 22745000 54939000 30926000 24013000 1836 3582;4411;5929 True;True;True 3670;4518;6062 11164;13717;13718;18570;18571;18572;18573;18574;18575 14672;17909;17910;24093;24094;24095;24096;24097;24098 14672;17910;24097 Q9UHX1 Q9UHX1 13 13 13 Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 PUF60 sp|Q9UHX1|PUF60_HUMAN Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUF60 PE=1 SV=1 1 13 13 13 9 11 11 9 11 11 9 11 11 33.3 33.3 33.3 59.875 559 559 0 127.59 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9408 1.0653 15.728 43 15 Leave out requantified 0.85443 0.8657 1.0419 1.0641 1.0677 1.0454 15.224 12.939 14.162 14 14 15 5 6 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.8 29.3 24.7 1776200000 955820000 820400000 662860000 363910000 298950000 483980000 264620000 219370000 629380000 327290000 302080000 1837 1734;5339;6470;6546;7353;9233;9399;10410;10980;12320;12389;12917;13040 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1777;5461;6619;6697;7520;9472;9641;10674;11254;12624;12697;13235;13362 5344;5345;5346;5347;5348;5349;16580;16581;16582;16583;16584;16585;20346;20347;20348;20349;20629;23142;23143;23144;23145;23146;23147;29200;29666;29667;29668;29669;29670;32635;34363;34364;34365;38618;38619;38620;38621;38869;38870;38871;40512;40513;40514;40908;40909 7029;7030;7031;7032;7033;7034;7035;7036;7037;7038;7039;21655;21656;21657;21658;21659;21660;26327;26328;26329;26330;26331;26722;29936;29937;29938;29939;37565;38125;38126;38127;38128;38129;38130;38131;41940;44183;44184;49792;49793;49794;49795;50106;50107;52186;52187;52690;52691 7030;21658;26328;26722;29936;37565;38126;41940;44183;49795;50106;52186;52691 Q9UHY7 Q9UHY7 1 1 1 Enolase-phosphatase E1 ENOPH1 sp|Q9UHY7|ENOPH_HUMAN Enolase-phosphatase E1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ENOPH1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 4.6 4.6 4.6 28.932 261 261 0.0027809 2.3055 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 4.6 0 9978800 3997900 5980900 0 0 0 9978800 3997900 5980900 0 0 0 1838 1786 True 1830 5520 7234 7234 Q9UI10 Q9UI10 9 9 9 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta EIF2B4 sp|Q9UI10|EI2BD_HUMAN Translation initiation factor eIF-2B subunit delta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2B4 PE=1 SV=2 1 9 9 9 8 8 7 8 8 7 8 8 7 24.5 24.5 24.5 57.557 523 523 0 27.238 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82293 0.95945 33.124 26 8 Leave out requantified 0.80603 0.84959 1.2978 0.94739 0.99625 1.3324 25.798 17.759 53.479 8 9 9 0 3 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 22.2 22.6 17.8 754450000 407100000 347360000 217250000 119250000 98003000 257050000 145750000 111290000 280150000 142090000 138060000 1839 307;476;1006;3185;4347;6101;6411;9974;12774 True;True;True;True;True;True;True;True;True 313;486;1028;3260;4454;6238;6560;10229;13092 907;908;1441;1442;1443;3094;3095;9894;9895;9896;9897;9898;9899;13518;13519;19133;19134;20164;20165;20166;31376;31377;31378;40111;40112;40113 1212;1213;1897;1898;1899;1900;1901;4079;4080;4081;4082;12978;12979;12980;12981;12982;12983;12984;17639;17640;17641;17642;24797;26084;40298;40299;40300;40301;51675;51676;51677;51678 1212;1899;4081;12980;17641;24797;26084;40298;51678 Q9UI12 Q9UI12 2 2 2 V-type proton ATPase subunit H ATP6V1H sp|Q9UI12|VATH_HUMAN V-type proton ATPase subunit H OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP6V1H PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 5.8 5.8 5.8 55.882 483 483 0.0016873 2.3782 By MS/MS 1.3431 1.5838 20.858 2 1 Median 1.3431 NaN NaN 1.5838 NaN NaN 20.858 NaN NaN 2 0 0 1 0 0 Median Median Median 5.8 0 0 13105000 6069800 7035500 13105000 6069800 7035500 0 0 0 0 0 0 1840 4404;9599 True;True 4511;9845 13687;30291 17870;38922 17870;38922 Q9UI30 Q9UI30 3 3 3 Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein TRMT112 sp|Q9UI30|TR112_HUMAN Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT112 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 33.6 33.6 33.6 14.199 125 125 0 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Ribosome biogenesis protein TSR3 homolog TSR3 sp|Q9UJK0|TSR3_HUMAN Ribosome biogenesis protein TSR3 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSR3 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 3.5 3.5 3.5 33.596 312 312 0.0011567 2.644 By MS/MS By MS/MS 0.96202 1.1592 43.695 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 0 24572000 11152000 13420000 11294000 4853800 6440000 13278000 6298300 6980000 0 0 0 1843 3856 True 3954 11992;11993 15712;15713 15712 Q9UJX3 Q9UJX3 5 5 5 Anaphase-promoting complex subunit 7 ANAPC7 sp|Q9UJX3|APC7_HUMAN Anaphase-promoting complex subunit 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANAPC7 PE=1 SV=4 1 5 5 5 3 3 2 3 3 2 3 3 2 11.9 11.9 11.9 66.855 599 599 0 9.2372 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66012 0.74639 21.95 8 5 Median 0.56042 0.85828 0.60408 0.6765 1.0285 0.6143 15.421 13.124 1.7164 3 3 2 2 2 1 Median Plateau Median 5.3 8.7 3.2 124400000 64702000 59696000 34722000 20044000 14678000 71183000 33958000 37225000 18492000 10700000 7792300 1844 770;8656;9294;12747;12792 True;True;True;True;True 788;8876;9533;13065;13110 2380;2381;27355;27356;29385;40036;40037;40165 3120;3121;35209;35210;37776;51576;51577;51750 3121;35209;37776;51576;51750 Q9UKD2 Q9UKD2 8 8 8 mRNA turnover protein 4 homolog MRTO4 sp|Q9UKD2|MRT4_HUMAN mRNA turnover protein 4 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRTO4 PE=1 SV=2 1 8 8 8 8 8 7 8 8 7 8 8 7 38.9 38.9 38.9 27.56 239 239 0 69.173 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77551 0.91532 7.1258 31 0 Leave out requantified 0.75259 0.78929 0.92794 0.93046 0.92938 0.93721 9.5918 7.6855 13.214 11 11 9 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38.9 38.9 32.6 1728500000 930890000 797580000 526630000 308070000 218560000 618730000 331610000 287110000 583120000 291210000 291910000 1845 62;2811;5316;7227;9648;9649;10746;11464 True;True;True;True;True;True;True;True 63;2878;5438;7392;9898;9899;11017;11748 189;190;191;8727;8728;8729;16504;16505;16506;16507;16508;16509;22746;22747;22748;30434;30435;30436;30437;30438;30439;33683;33684;33685;33686;35898;35899;35900;35901;35902;35903 269;270;11433;11434;11435;11436;11437;21544;21545;21546;21547;21548;21549;21550;21551;21552;21553;21554;21555;29422;29423;29424;29425;39127;39128;39129;39130;39131;39132;43323;43324;43325;43326;43327;43328;46280;46281;46282;46283;46284;46285;46286 269;11437;21555;29423;39129;39132;43323;46280 Q9UKI8;Q86UE8 Q9UKI8;Q86UE8 3;2 3;2 3;2 Serine/threonine-protein kinase tousled-like 1;Serine/threonine-protein kinase tousled-like 2 TLK1;TLK2 sp|Q9UKI8|TLK1_HUMAN Serine/threonine-protein kinase tousled-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TLK1 PE=1 SV=2;sp|Q86UE8|TLK2_HUMAN Serine/threonine-protein kinase tousled-like 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TLK2 PE=1 SV=2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4.4 4.4 4.4 86.699 766 766;772 0 6.9273 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0836 1.267 36.528 8 6 Median 1.1931 1.1865 1.1641 1.5008 1.5182 1.1752 26.764 54.212 22.561 2 3 3 2 2 2 Median Plateau Median 4.4 4.4 4.4 114260000 58591000 55667000 21827000 11058000 10769000 39014000 19966000 19048000 53417000 27567000 25850000 1846 1046;4658;13359 True;True;True 1069;4769;13689 3208;3209;3210;3211;3212;14490;14491;14492;41871;41872;41873 4234;4235;4236;4237;4238;18946;18947;18948;53870;53871 4238;18947;53871 Q9UKJ3 Q9UKJ3 2 2 2 G patch domain-containing protein 8 GPATCH8 sp|Q9UKJ3|GPTC8_HUMAN G patch domain-containing protein 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GPATCH8 PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 2 0 0 2 0 0 2 0 1.3 1.3 1.3 164.2 1502 1502 0 3.444 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.3 0 5794400 3655600 2138800 0 0 0 5794400 3655600 2138800 0 0 0 1847 3502;11897 True;True 3586;12193 10877;37224 14258;47954 14258;47954 Q9UKK9 Q9UKK9 1 1 1 ADP-sugar pyrophosphatase NUDT5 sp|Q9UKK9|NUDT5_HUMAN ADP-sugar pyrophosphatase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUDT5 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 6.8 6.8 6.8 24.327 219 219 0 3.2824 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 6.8 0 6.8 9809500 7489400 2320200 2420500 2420500 0 0 0 0 7389000 5068900 2320200 1848 3364 True 3444 10466;10467 13741;13742 13741 Q9UKL0;Q9P2K3 Q9UKL0;Q9P2K3 2;1 2;1 2;1 REST corepressor 1;REST corepressor 3 RCOR1;RCOR3 sp|Q9UKL0|RCOR1_HUMAN REST corepressor 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RCOR1 PE=1 SV=2;sp|Q9P2K3|RCOR3_HUMAN REST corepressor 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RCOR3 PE=1 SV=2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.3 4.3 4.3 53.327 485 485;495 0 8.6435 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1956 1.3282 66.264 6 3 Median 1.3416 1.3585 1.1956 1.639 1.6849 1.2476 78.399 106.75 57.53 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 4.3 4.3 4.3 86373000 40187000 46187000 25007000 11928000 13079000 25858000 12293000 13565000 35508000 15966000 19542000 1849 1645;7024 True;True 1686;7186 5078;5079;5080;22193;22194;22195 6689;6690;6691;28731;28732 6689;28731 Q9UKN8 Q9UKN8 2 2 2 General transcription factor 3C polypeptide 4 GTF3C4 sp|Q9UKN8|TF3C4_HUMAN General transcription factor 3C polypeptide 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF3C4 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 3.8 3.8 3.8 91.981 822 822 0.0038147 2.1228 By MS/MS By matching By MS/MS 1.2173 1.2969 19.862 5 0 Leave out requantified NaN 1.2299 1.1672 NaN 1.3427 1.1564 NaN 14.954 13.46 1 2 2 0 0 0 Median Median Median 2.7 3.8 3.8 70969000 32496000 38474000 15397000 6621800 8775100 24792000 10578000 14214000 30780000 15296000 15484000 1850 9820;10401 True;True 10072;10665 30910;30911;32605;32606;32607 39724;41907 39724;41907 Q9UKS6 Q9UKS6 8 8 8 Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 3 PACSIN3 sp|Q9UKS6|PACN3_HUMAN Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PACSIN3 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 7 6 7 7 6 7 7 6 23.3 23.3 23.3 48.486 424 424 0 38.51 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82926 0.98802 10.784 28 11 Leave out requantified 0.82926 0.92131 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5 3 4 4 3 4 4 3 4 4 7.2 7.2 7.2 151.86 1341 1341 0 16.834 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78393 0.88577 4.167 10 2 Leave out requantified 0.60338 0.81749 0.97033 0.70641 0.88373 0.97598 14.056 8.8453 11.867 3 3 4 0 1 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 4.3 5.4 6 155540000 88922000 66615000 51228000 33352000 17876000 39267000 21061000 18207000 65041000 34509000 30533000 1852 999;3967;4917;5290;6502 True;True;True;True;True 1021;4065;5031;5412;6652 3077;12329;12330;12331;12332;15349;15350;15351;16423;20470;20471;20472 4059;16120;16121;16122;16123;16124;16125;16126;16127;20061;20062;20063;20064;21437;26508 4059;16122;20064;21437;26508 Q9UKW4;P15498 Q9UKW4;P15498 2;1 2;1 2;1 Guanine nucleotide exchange factor VAV3;Proto-oncogene vav VAV3;VAV1 sp|Q9UKW4|VAV3_HUMAN Guanine nucleotide exchange factor VAV3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VAV3 PE=1 SV=1;sp|P15498|VAV_HUMAN Proto-oncogene vav OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VAV1 PE=1 SV=4 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2.7 2.7 2.7 97.775 847 847;845 0.0043011 2.027 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98146 1.0407 24.526 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.7 2.7 1.2 9569200 5217000 4352200 2864600 1716100 1148500 3127100 1661900 1465200 3577400 1839000 1738500 1853 10231;13262 True;True 10490;13590 32090;32091;41576;41577;41578 41180;41181;53507;53508;53509 41180;53508 Q9UKZ1 Q9UKZ1 1 1 1 CCR4-NOT transcription complex subunit 11 CNOT11 sp|Q9UKZ1|CNO11_HUMAN CCR4-NOT transcription complex subunit 11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNOT11 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2.4 2.4 2.4 55.215 510 510 0.0037961 2.0863 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 2.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1854 11488 True 11773 35959 46345 46345 Q9UL46 Q9UL46 3 3 3 Proteasome activator complex subunit 2 PSME2 sp|Q9UL46|PSME2_HUMAN Proteasome activator complex subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSME2 PE=1 SV=4 1 3 3 3 1 0 2 1 0 2 1 0 2 21.3 21.3 21.3 27.401 239 239 0 6.0416 By MS/MS By MS/MS 1.8447 1.8734 14.738 3 3 Plateau NaN NaN 1.7181 NaN NaN 1.7867 NaN NaN 8.1131 1 0 2 1 0 2 Median Median Median 5.4 0 15.9 42351000 12591000 29760000 10622000 4416200 6206100 0 0 0 31728000 8174800 23554000 1855 864;5727;9647 True;True;True 886;5856;9897 2683;17945;30433 3527;23303;39126 3527;23303;39126 Q9ULC4 Q9ULC4 4 4 4 Malignant T-cell-amplified sequence 1 MCTS1 sp|Q9ULC4|MCTS1_HUMAN Malignant T-cell-amplified sequence 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MCTS1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 27.6 27.6 27.6 20.555 181 181 0 10.141 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97148 1.0504 75.57 8 5 Median 0.93202 0.79582 1.0471 1.1401 0.99315 1.1109 37.046 123.29 43.668 2 3 3 1 2 2 Median Median Median 16 17.1 17.1 265490000 121380000 144120000 49608000 25190000 24418000 118590000 49499000 69090000 97298000 46687000 50611000 1856 2868;3306;4264;13416 True;True;True;True 2936;3386;4370;13750 8903;8904;10270;10271;10272;13254;42042;42043 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8734;45600 Q9UM54 Q9UM54 3 3 3 Unconventional myosin-VI MYO6 sp|Q9UM54|MYO6_HUMAN Unconventional myosin-VI OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYO6 PE=1 SV=4 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 3.2 3.2 3.2 149.69 1294 1294 0 9.6136 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98883 1.0666 5.7751 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.2 0.9 0.9 28529000 13887000 14642000 7009900 3782500 3227400 9624300 4886600 4737700 11895000 5217400 6677200 1861 6391;10165;13382 True;True;True 6537;10423;13712 20095;31902;31903;31904;41944 26005;40936;40937;40938;53967 26005;40936;53967 Q9UMS4 Q9UMS4 9 9 9 Pre-mRNA-processing factor 19 PRPF19 sp|Q9UMS4|PRP19_HUMAN Pre-mRNA-processing factor 19 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF19 PE=1 SV=1 1 9 9 9 8 9 7 8 9 7 8 9 7 28.4 28.4 28.4 55.18 504 504 0 36.66 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75912 0.93605 20.899 33 14 Leave out requantified 0.69777 0.75912 0.8862 0.81685 0.93605 0.93409 14.282 22.332 25.342 12 12 9 7 3 4 Leave out requantified Leave out 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Q9UPN3 9 9 9 Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 MACF1 sp|Q9UPN3|MACF1_HUMAN Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MACF1 PE=1 SV=4 1 9 9 9 5 5 6 5 5 6 5 5 6 1.7 1.7 1.7 838.3 7388 7388 0 20.952 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74138 0.90623 10.18 14 3 Leave out requantified 0.75492 0.69071 0.91649 0.9494 0.85185 0.95366 2.666 8.5241 16.666 5 5 4 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 0.9 0.9 1.2 161170000 89510000 71657000 48924000 29201000 19722000 59765000 35607000 24158000 52478000 24702000 27776000 1876 436;1529;3377;4376;8023;8309;9326;10224;11740 True;True;True;True;True;True;True;True;True 445;1566;3457;4483;8208;8502;9566;10483;12033 1320;4736;4737;10504;13601;13602;13603;25258;25259;26177;26178;29483;29484;29485;32080;36747 1747;6241;6242;13788;17748;17749;17750;32596;33729;37901;37902;41168;47342 1747;6241;13788;17750;32596;33729;37901;41168;47342 Q9UPQ0 Q9UPQ0 5 5 5 LIM and calponin homology domains-containing protein 1 LIMCH1 sp|Q9UPQ0|LIMC1_HUMAN LIM and calponin homology domains-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LIMCH1 PE=1 SV=4 1 5 5 5 4 3 1 4 3 1 4 3 1 5.8 5.8 5.8 121.87 1083 1083 0 9.883 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76945 0.88415 48.185 7 3 Leave out requantified 1.0302 0.6128 NaN 1.2512 0.66767 NaN 36.174 29.544 NaN 4 2 1 2 0 1 Median Median Median 4.3 4 1.4 81396000 45419000 35976000 46961000 24204000 22757000 26539000 15914000 10625000 7895200 5301300 2593900 1877 3434;10445;10701;10767;11030 True;True;True;True;True 3515;10709;10971;11038;11304 10666;32730;33543;33544;33751;33752;33753;33754;33755;34505 13989;42072;42073;43142;43143;43414;43415;43416;43417;43418;44367 13989;42073;43142;43416;44367 Q9UPT5 Q9UPT5 4 4 4 Exocyst complex component 7 EXOC7 sp|Q9UPT5|EXOC7_HUMAN Exocyst complex component 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOC7 PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 2 4 2 2 4 2 2 4 6.9 6.9 6.9 83.381 735 735 0 16.159 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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translation and transport factor protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RTRAF PE=1 SV=1 1 13 13 13 11 13 9 11 13 9 11 13 9 63.5 63.5 63.5 28.068 244 244 0 63.116 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92125 1.0883 22.036 43 16 Leave out requantified 0.78788 0.86814 1.144 0.95925 1.0179 1.1464 16.17 25.866 24.802 13 18 12 7 7 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 54.5 63.5 50 2657600000 1309000000 1348600000 719300000 378000000 341300000 1159500000 576340000 583120000 778800000 354670000 424130000 1882 459;2055;2371;2853;5375;5444;6155;7197;7659;8146;8193;8641;8756 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 468;2102;2429;2920;5497;5567;6297;7362;7831;8333;8382;8861;8979 1390;1391;6375;6376;7360;7361;8855;8856;8857;16688;16689;16927;16928;16929;19318;19319;19320;19321;19322;19323;22668;22669;24094;24095;24096;25644;25645;25646;25647;25648;25808;25809;27300;27301;27302;27303;27304;27305;27306;27652;27653;27654;27655;27656 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Developmentally-regulated GTP-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DRG1 PE=1 SV=1 1 16 16 15 14 14 13 14 14 13 13 13 13 46.6 46.6 44.7 40.542 367 367 0 177.36 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81737 0.92542 12.926 53 15 Leave out requantified 0.7656 0.80531 0.92263 0.91129 0.9468 0.94829 12.525 11.286 20.72 17 18 18 5 4 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 43.3 43.9 39.2 2656800000 1424500000 1232300000 761900000 425410000 336490000 929260000 512100000 417160000 965620000 487000000 478610000 1890 1729;1730;1852;4663;4675;5706;5853;5899;5928;6220;7877;9844;10135;10434;11811;13092 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1772;1773;1897;4774;4787;5835;5985;6032;6061;6363;8058;10096;10392;10698;12107;13415 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Translation machinery-associated protein 7 TMA7 sp|Q9Y2S6|TMA7_HUMAN Translation machinery-associated protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TMA7 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 14.1 14.1 14.1 7.0662 64 64 0 3.3842 By MS/MS By MS/MS 0.62706 0.75762 15.63 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 14.1 14.1 0 347260000 197630000 149630000 166210000 105540000 60669000 181050000 92082000 88965000 0 0 0 1897 5030 True 5148 15665;15666 20447;20448;20449;20450 20447 Q9Y2T2;P53677 Q9Y2T2 6;1 6;1 6;1 AP-3 complex subunit mu-1 AP3M1 sp|Q9Y2T2|AP3M1_HUMAN AP-3 complex subunit mu-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP3M1 PE=1 SV=1 2 6 6 6 6 4 4 6 4 4 6 4 4 21.3 21.3 21.3 46.939 418 418;418 0 20.964 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89369 1.0639 23.376 15 6 Leave out requantified 0.89183 0.94051 1.1242 1.1098 1.1639 1.131 28.518 12.251 13.523 6 5 4 2 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 21.3 14.4 14.4 271360000 141690000 129670000 107090000 54768000 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1.4045 23.213 5 4 Median 1.4221 0.97247 NaN 1.7404 1.1678 NaN 9.4415 21.73 NaN 2 2 1 2 2 0 Median Median Median 9.6 20.8 9.6 240640000 105870000 134780000 67987000 29576000 38412000 95752000 45394000 50359000 76905000 30897000 46008000 1910 5177;6328 True;True 5297;6473 16087;19873;19874;19875;19876;19877 20988;25716;25717;25718;25719;25720 20988;25718 Q9Y3C1 Q9Y3C1 2 2 2 Nucleolar protein 16 NOP16 sp|Q9Y3C1|NOP16_HUMAN Nucleolar protein 16 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NOP16 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 8.4 8.4 8.4 21.188 178 178 0.00060864 3.1951 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81376 0.81872 57.572 5 0 Median 0.40353 0.64997 NaN 0.47692 0.76502 NaN 97.721 27.123 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 8.4 8.4 3.9 115610000 66313000 49298000 37413000 23851000 13562000 43192000 25397000 17795000 35006000 17065000 17941000 1911 1945;9216 True;True 1990;9455 6008;6009;6010;29157;29158 7835;7836;7837;7838;7839;37511;37512 7836;37511 Q9Y3C6 Q9Y3C6 2 2 2 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 PPIL1 sp|Q9Y3C6|PPIL1_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIL1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 15.1 15.1 15.1 18.237 166 166 0 6.4848 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7263 0.76563 41.412 9 8 Median 0.55542 0.7263 0.7791 0.70908 0.87827 0.76563 55.599 49.565 34.73 3 3 3 3 2 3 Median Median Median 15.1 15.1 15.1 327010000 184990000 142020000 97753000 60090000 37663000 103750000 61802000 41950000 125500000 63099000 62405000 1912 1636;9371 True;True 1677;9611 5050;5051;5052;5053;5054;5055;29593;29594;29595 6659;6660;6661;6662;6663;6664;38027;38028;38029 6663;38028 Q9Y3D0 Q9Y3D0 1 1 1 Mitotic spindle-associated MMXD complex subunit MIP18 FAM96B sp|Q9Y3D0|CIA2B_HUMAN Cytosolic iron-sulfur assembly component 2B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CIAO2B PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13.5 13.5 13.5 17.663 163 163 0 3.8882 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95884 1.113 11.915 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 13.5 13.5 13.5 28462000 14776000 13686000 7975300 3600800 4374500 7830400 3931800 3898600 12656000 7243700 5412600 1913 10318 True 10581 32372;32373;32374 41609;41610;41611;41612;41613;41614 41610 Q9Y3D6 Q9Y3D6 2 2 2 Mitochondrial fission 1 protein FIS1 sp|Q9Y3D6|FIS1_HUMAN Mitochondrial fission 1 protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FIS1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 15.8 15.8 15.8 16.937 152 152 0 21.454 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2079 1.3345 21.809 5 0 Leave out requantified 1.1078 NaN 1.4018 1.3615 NaN 1.397 37.586 NaN 15.337 2 1 2 0 0 0 Median Median Median 15.8 7.2 15.8 79085000 36552000 42533000 26344000 11692000 14652000 21456000 10537000 10919000 31284000 14323000 16961000 1914 4826;4914 True;True 4940;5028 15071;15072;15073;15339;15340 19681;19682;19683;20050;20051;20052 19681;20051 Q9Y3D9 Q9Y3D9 3 3 3 28S ribosomal protein S23, mitochondrial MRPS23 sp|Q9Y3D9|RT23_HUMAN 28S ribosomal protein S23, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRPS23 PE=1 SV=2 1 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Median Median 0 8.5 4.4 8390800 4014900 4375900 0 0 0 8390800 4014900 4375900 0 0 0 1922 4855;9560 True;True 4969;9806 15167;15168;30186 19814;19815;38790 19814;38790 Q9Y450 Q9Y450 15 15 15 HBS1-like protein HBS1L sp|Q9Y450|HBS1L_HUMAN HBS1-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HBS1L PE=1 SV=1 1 15 15 15 12 10 11 12 10 11 12 10 11 28.5 28.5 28.5 75.472 684 684 0 46.229 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86717 1.022 21.246 37 12 Leave out requantified 0.86717 0.80456 0.91836 1.022 0.93666 0.93894 16.685 37.638 21.604 13 11 13 3 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.8 19.7 21.2 856530000 461540000 394990000 278980000 163230000 115750000 288580000 156110000 132470000 288970000 142200000 146760000 1923 749;1864;1865;3401;3440;4518;4846;5035;5720;6996;9579;10085;10086;10248;13240 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 767;1909;1910;3482;3521;4626;4960;5153;5849;7157;9825;10342;10343;10509;13568 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kinase 5 MAP4K5 sp|Q9Y4K4|M4K5_HUMAN Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP4K5 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1.5 1.5 1.5 95.023 846 846 0.0011703 2.7967 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 1.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1928 10138 True 10395 31828 40849 40849 Q9Y4L1 Q9Y4L1 7 7 7 Hypoxia up-regulated protein 1 HYOU1 sp|Q9Y4L1|HYOU1_HUMAN Hypoxia up-regulated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HYOU1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 4 5 6 4 5 6 4 5 8.6 8.6 8.6 111.33 999 999 0 22.618 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0501 1.2281 27.159 16 5 Leave out requantified 1.1083 0.99461 0.92784 1.2867 1.1349 0.96084 26.853 31.584 84.727 7 5 4 2 1 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 7 4.4 6.7 202800000 85961000 116840000 80566000 40029000 40537000 77824000 25250000 52573000 44412000 20682000 23730000 1929 253;254;7366;8379;10505;11992;13219 True;True;True;True;True;True;True 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protein 706 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF706 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 15.8 15.8 15.8 8.4977 76 76 0.00060643 3.1638 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1912 1.196 4.6912 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 15.8 15.8 15.8 130660000 63143000 67522000 37802000 17801000 20001000 43242000 20532000 22709000 49621000 24810000 24811000 1940 11657 True 11948 36501;36502;36503 47049;47050;47051;47052;47053 47053 Q9Y5X1 Q9Y5X1 4 4 4 Sorting nexin-9 SNX9 sp|Q9Y5X1|SNX9_HUMAN Sorting nexin-9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNX9 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 8.1 8.1 8.1 66.591 595 595 0 13.837 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74197 0.90201 14.495 9 1 Leave out requantified 0.85969 0.74197 0.77398 1.087 0.90201 0.77983 15.794 17.81 19.745 2 3 4 0 0 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 4.5 6.9 8.1 292250000 148960000 143300000 73793000 37683000 36110000 101000000 54852000 46143000 117470000 56422000 61043000 1941 1017;3877;4604;11931 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2735;12358;12359;12360;12361;12362;12363;13830;13831;13832;38588;38589;38590 3590;16160;16161;16162;16163;16164;16165;18055;49761;49762;49763;49764 3590;16164;18055;49762 Q9Y617 Q9Y617 4 4 4 Phosphoserine aminotransferase PSAT1 sp|Q9Y617|SERC_HUMAN Phosphoserine aminotransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSAT1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 1 2 4 1 2 4 1 2 4 10.8 10.8 10.8 40.422 370 370 0 6.7514 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84382 0.9228 35.412 5 0 Leave out requantified NaN NaN 0.90736 NaN NaN 0.89715 NaN NaN 35.966 1 1 3 0 0 0 Median Median Leave out requantified 2.7 5.1 10.8 70425000 36409000 34017000 12566000 6701000 5865400 15464000 8719200 6744800 42395000 20988000 21407000 1945 2606;3882;3885;9880 True;True;True;True 2670;3980;3983;10134 8130;8131;12083;12084;12085;12091;31088 10665;10666;15812;15813;15814;15815;15823;39949 10666;15813;15823;39949 Q9Y678;Q9UBF2 Q9Y678 9;1 9;1 9;1 Coatomer subunit gamma-1 COPG1 sp|Q9Y678|COPG1_HUMAN Coatomer subunit gamma-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPG1 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