Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Number of proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Peptides RAL1 Peptides RAL2 Peptides RAL3 Razor + unique peptides RAL1 Razor + unique peptides RAL2 Razor + unique peptides RAL3 Unique peptides RAL1 Unique peptides RAL2 Unique peptides RAL3 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Q-value Score Identification type RAL1 Identification type RAL2 Identification type RAL3 Ratio H/L Ratio H/L normalized Ratio H/L variability [%] Ratio H/L count Ratio H/L iso-count Ratio H/L type Ratio H/L RAL1 Ratio H/L RAL2 Ratio H/L RAL3 Ratio H/L normalized RAL1 Ratio H/L normalized RAL2 Ratio H/L normalized RAL3 Ratio H/L variability [%] RAL1 Ratio H/L variability [%] RAL2 Ratio H/L variability [%] RAL3 Ratio H/L count RAL1 Ratio H/L count RAL2 Ratio H/L count RAL3 Ratio H/L iso-count RAL1 Ratio H/L iso-count RAL2 Ratio H/L iso-count RAL3 Ratio H/L type RAL1 Ratio H/L type RAL2 Ratio H/L type RAL3 Sequence coverage RAL1 [%] Sequence coverage RAL2 [%] Sequence coverage RAL3 [%] Intensity Intensity L Intensity H Intensity RAL1 Intensity L RAL1 Intensity H RAL1 Intensity RAL2 Intensity L RAL2 Intensity H RAL2 Intensity RAL3 Intensity L RAL3 Intensity H RAL3 Only identified by site Reverse Potential contaminant id Peptide IDs Peptide is razor Mod. peptide IDs Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs Oxidation (M) site positions P0DPI2;A0A0B4J2D5 P0DPI2;A0A0B4J2D5 3;3 3;3 3;3 sp|P0DPI2|GAL3A_HUMAN Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 3A, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GATD3A PE=1 SV=1;sp|A0A0B4J2D5|GAL3B_HUMAN Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 3B, mitochondr 2 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 16 16 16 28.17 268 268;268 0 19.809 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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fibrillarin-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FBLL1 PE=3 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.3 3.3 3.3 34.803 334 334 0.00048709 3.1336 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 3.3 3.3 3.3 54411000 26690000 27721000 0 0 0 0 0 0 54411000 26690000 27721000 11 16102 True 16438 55561;55562;55563;55564 69630;69631;69632;69633;69634 69632 A6NHR9 A6NHR9 8 8 8 Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 SMCHD1 sp|A6NHR9|SMHD1_HUMAN Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMCHD1 PE=1 SV=2 1 8 8 8 7 6 5 7 6 5 7 6 5 4.1 4.1 4.1 226.37 2005 2005 0 16.009 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0249 1.1349 17.413 22 8 Leave out requantified 1.1672 1.0113 0.86082 1.1729 1.1747 1.3801 17.188 9.5747 18.029 8 8 6 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 3.6 3.6 3.1 317750000 168270000 149490000 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G;Putative small nuclear ribonucleoprotein G-like protein 15 SNRPG;SNRPGP15 sp|P62308|RUXG_HUMAN Small nuclear ribonucleoprotein G OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNRPG PE=1 SV=1;sp|A8MWD9|RUXGL_HUMAN Putative small nuclear ribonucleoprotein G-like protein 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNRPGP15 PE=5 SV=2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 26.3 26.3 26.3 8.496 76 76;76 0 12.325 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.30817 0.35569 130.31 6 3 Median 0.37152 0.24084 0.25024 0.35276 0.26994 0.37713 154.26 187.67 156.94 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 26.3 26.3 26.3 283670000 184840000 98829000 80966000 53016000 27950000 109110000 66508000 42600000 93596000 65318000 28278000 15 6423;7334 True;True 6551;7481 21850;21851;21852;25393;25394;25395 27552;27553;27554;31976;31977;31978 27554;31976 CON__P00761 CON__P00761 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 4.3 4.3 4.3 24.409 231 231 0.0098207 1.681 By MS/MS By MS/MS 0.17879 0.23363 21.112 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 4.3 0 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Keratin, type I cytoskeletal 17 KRT17 ;sp|Q04695|K1C17_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 17 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT17 PE=1 SV=2; 6 18 16 10 16 16 17 14 14 15 8 9 9 48.1 44.4 29.2 48.105 432 432;432;433;422;422;422 0 139.45 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84631 0.91225 13.587 43 9 Leave out requantified 0.91826 0.78405 0.59195 0.90317 0.91582 0.88702 14.866 13.679 20.72 14 14 15 2 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 41.9 41 46.5 1663300000 942700000 720600000 546220000 289930000 256290000 530260000 295480000 234780000 586830000 357300000 229530000 + 25 245;851;1402;1518;1816;2080;3152;4591;8105;9323;9474;10380;11051;11118;12158;15759;15829;15851 True;True;True;True;True;True;True;True;True;False;False;True;True;True;True;True;True;True 251;878;1441;1560;1867;2134;3229;4697;8265;9512;9663;10588;11265;11333;12413;16087;16159;16181 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type II cytoskeletal 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KRT7 PE=1 SV=5; 7 18 13 12 15 16 11 10 13 9 9 12 8 36.9 31.6 29.6 51.385 469 469;469;469;457;511;520;511 0 54.216 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80039 0.93296 28.591 33 18 Leave out requantified 0.91994 0.8537 0.55234 0.91045 1.04 0.90637 10.306 33.153 12.817 12 13 8 7 8 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 29.6 35.4 23.7 1576800000 825150000 751690000 685270000 330600000 354670000 539080000 267860000 271220000 352480000 226680000 125790000 + 26 768;774;1330;3006;4855;4856;4947;5171;6511;9031;10381;10756;10823;12076;14043;14588;15361;16774 True;True;True;True;False;False;True;False;True;False;False;True;True;True;True;True;True;True 794;800;1369;3080;4963;4964;5056;5282;6640;9212;10589;10968;11036;12331;14335;14891;15679;17116 2663;2694;2695;2696;2697;2698;4540;4541;10467;10468;10469;16731;16732;16733;16734;16735;16736;16737;17021;17022;17023;17718;22145;22146;22147;31565;31566;31567;31568;36323;37537;37746;37747;37748;37749;37750;41961;41962;48658;48659;48660;48661;50451;50452;50453;53007;53008;57792;57793;57794;57795;57796;57797 3426;3477;3478;3479;3480;3481;5832;5833;13292;13293;13294;21207;21208;21209;21210;21211;21212;21213;21548;21549;22398;27939;27940;27941;39636;39637;39638;39639;39640;39641;45508;47016;47271;47272;47273;47274;47275;47276;52439;52440;60744;60745;60746;60747;60748;60749;63031;63032;63033;66355;66356;72526;72527;72528;72529;72530;72531 3426;3481;5832;13292;21207;21209;21548;22398;27941;39641;45508;47016;47273;52440;60745;63032;66356;72528 Q13765;E9PAV3 Q13765;E9PAV3 4;4 4;4 4;4 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha;Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha, muscle-specific form NACA sp|Q13765|NACA_HUMAN Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha 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ubiquitin-related modifier 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUMO1P1 PE=1 SV=2;sp|P63165|SUMO1_HUMAN Small ubiquitin-related modifier 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUMO1 PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 18.8 18.8 18.8 11.526 101 101;101 0 3.9627 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76809 0.86221 2.3 5 0 Leave out requantified 0.82077 0.73541 NaN 0.80475 0.86154 NaN 7.6727 2.4098 NaN 2 2 1 0 0 0 Median Median Median 18.8 18.8 18.8 179260000 99999000 79264000 71016000 35956000 35061000 60521000 34627000 25894000 47727000 29417000 18309000 29 5178;17179 True;True 5289;17526 17745;17746;17747;59262;59263;59264 22431;22432;74404;74405;74406;74407 22432;74407 O00116 O00116 4 4 4 Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase, peroxisomal AGPS sp|O00116|ADAS_HUMAN Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase, peroxisomal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGPS PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 8.8 8.8 8.8 72.911 658 658 0 8.2607 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77249 0.85722 21.14 8 2 Leave out requantified 0.97748 0.85918 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Transcription elongation factor SPT5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SUPT5H PE=1 SV=1 1 10 10 10 8 8 8 8 8 8 8 8 8 13.7 13.7 13.7 121 1087 1087 0 39.906 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88947 0.90863 12.436 31 10 Leave out requantified 0.92321 0.82328 0.60818 0.90863 0.93306 0.93347 9.5365 15.455 8.0574 10 11 10 1 3 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 11.2 10.6 11.6 1364000000 758470000 605480000 469280000 237300000 231980000 422940000 231180000 191760000 471730000 289990000 181740000 41 2775;3673;4867;6171;6940;7155;8413;16145;16158;16913 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2842;3762;4975;6296;7078;7297;8583;16481;16494;17257 9645;9646;9647;12774;12775;12776;16763;16764;16765;16766;16767;16768;21060;21061;21062;23683;24648;29172;29173;29174;55711;55712;55713;55714;55715;55716;55753;55754;55755;58274;58275;58276;58277;58278;58279 12260;12261;12262;16227;16228;16229;16230;21245;21246;21247;21248;21249;21250;26584;26585;26586;26587;26588;26589;26590;29894;30984;36644;36645;36646;69818;69819;69820;69821;69822;69823;69824;69861;69862;69863;69864;73144;73145;73146;73147;73148;73149 12260;16227;21250;26588;29894;30984;36645;69823;69864;73149 O00273 O00273 4 4 4 DNA fragmentation factor subunit alpha DFFA sp|O00273|DFFA_HUMAN DNA fragmentation factor subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DFFA PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 0 4 2 0 4 2 0 4 14.8 14.8 14.8 36.521 331 331 0 8.9175 By MS/MS By MS/MS 0.69514 1.0815 22.129 6 1 Leave out requantified 1.2451 NaN 0.67565 1.2103 NaN 1.0429 35.614 NaN 22.619 2 0 4 0 0 1 Median Median Leave out requantified 6.9 0 14.8 139830000 85886000 53940000 38274000 15666000 22608000 0 0 0 101550000 70219000 31333000 42 176;4327;4559;5510 True;True;True;True 181;4428;4665;5627 595;14985;14986;15764;18810;18811 755;19032;19033;20037;23745;23746 755;19033;20037;23746 O00299 O00299 4 4 4 Chloride intracellular channel protein 1 CLIC1 sp|O00299|CLIC1_HUMAN Chloride intracellular channel protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CLIC1 PE=1 SV=4 1 4 4 4 3 3 2 3 3 2 3 3 2 27.4 27.4 27.4 26.922 241 241 0 25.725 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66163 0.66157 17.666 6 3 Median 0.70275 0.52098 NaN 0.67157 0.57766 NaN 4.2162 14.056 NaN 3 2 1 2 1 0 Median Median Median 23.7 19.9 14.9 104410000 68855000 35556000 44704000 26014000 18690000 43186000 31564000 11622000 16521000 11276000 5244600 43 9330;10053;12571;17364 True;True;True;True 9519;10252;12841;17714 32711;35176;35177;43678;43679;59979;59980;59981 41058;44108;44109;54496;54497;54498;54499;75332;75333;75334;75335 41058;44108;54497;75334 O00303 O00303 10 10 10 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F EIF3F sp|O00303|EIF3F_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3F PE=1 SV=1 1 10 10 10 9 8 8 9 8 8 9 8 8 30.3 30.3 30.3 37.563 357 357 0 83.011 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.035 1.1151 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O00330 O00330 3 3 3 Pyruvate dehydrogenase protein X component, mitochondrial PDHX sp|O00330|ODPX_HUMAN Pyruvate dehydrogenase protein X component, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDHX PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 6.4 6.4 6.4 54.122 501 501 0 6.7868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79968 0.91739 16.56 7 0 Leave out requantified 1.0242 0.93714 0.5405 0.96989 1.0733 0.77017 14.204 22.195 12.733 2 2 3 0 0 0 Median Median Leave out requantified 4.4 4.4 6.4 106380000 59931000 46452000 25628000 12069000 13559000 22873000 11104000 11769000 57883000 36758000 21125000 45 1156;6127;7261 True;True;True 1192;6252;7406 3955;3956;3957;20896;25104;25105;25106 5107;5108;5109;26392;31646;31647;31648;31649;31650;31651 5108;26392;31646 O00401 O00401 2 2 2 Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein WASL sp|O00401|WASL_HUMAN Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WASL PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.2 4.2 4.2 54.826 505 505 0.0031306 2.1473 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1487 1.3244 84.789 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 4.2 4.2 4.2 76585000 32907000 43678000 26919000 10024000 16895000 23680000 10725000 12955000 25986000 12158000 13828000 46 5606;17259 True;True 5725;17607 19141;19142;19143;59556;59557;59558 24176;24177;24178;74802;74803;74804 24176;74803 O00410 O00410 41 41 39 Importin-5 IPO5 sp|O00410|IPO5_HUMAN Importin-5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IPO5 PE=1 SV=4 1 41 41 39 40 37 37 40 37 37 38 35 35 47.7 47.7 45.9 123.63 1097 1097 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8276 0.93262 18.465 193 63 Leave out requantified 0.93669 0.79349 0.55043 0.92105 0.91533 0.87657 24.009 18.793 22.416 67 62 64 21 18 24 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 45.9 44.5 43.2 20841000000 11878000000 8963100000 7238500000 3654400000 3584100000 6759000000 3820200000 2938700000 6843600000 4403300000 2440300000 47 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Pirin PIR sp|O00625|PIR_HUMAN Pirin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PIR PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 14.5 14.5 14.5 32.113 290 290 0 5.0851 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68395 0.79762 27.93 10 4 Median 0.94623 0.66518 0.52475 0.94968 0.77592 0.82327 28.037 1.5439 25.544 4 3 3 2 1 1 Median Median Plateau 14.5 11.4 11.4 205310000 124490000 80819000 73389000 34416000 38972000 55717000 34849000 20868000 76205000 55226000 20978000 60 7620;11897;14153 True;True;True 7769;12146;14446 26410;26411;26412;26413;26414;26415;41325;41326;41327;48986 33207;33208;33209;33210;51630;51631;51632;61175 33209;51631;61175 O00629 O00629 9 9 6 Importin subunit alpha-3 KPNA4 sp|O00629|IMA3_HUMAN Importin subunit alpha-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA4 PE=1 SV=1 1 9 9 6 9 6 7 9 6 7 6 4 4 24.6 24.6 20.2 57.886 521 521 0 40.798 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91535 1.0033 18.213 29 13 Leave out requantified 1.0745 0.80859 0.7033 1.0568 0.93246 1.1345 17.093 10.748 56.716 11 8 10 4 3 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 24.6 15.7 17.1 1251300000 673190000 578140000 497830000 242460000 255370000 328750000 184780000 143970000 424750000 245940000 178800000 61 7623;9036;10587;11493;12690;13460;14327;17742;17760 True;True;True;True;True;True;True;True;True 7772;9217;10795;11713;12963;13745;14624;18096;18114 26425;26426;26427;26428;26429;26430;26431;26432;31579;31580;31581;31582;31583;31584;37001;37002;37003;39909;39910;39911;44100;44101;44102;44103;44104;46672;49558;49559;49560;61230;61282;61283;61284 33223;33224;33225;33226;33227;33228;33229;33230;33231;33232;33233;33234;39652;39653;39654;39655;39656;39657;46339;46340;46341;46342;49893;49894;49895;55018;55019;55020;55021;55022;55023;55024;55025;58307;61909;61910;76902;76961;76962;76963 33232;39655;46341;49893;55021;58307;61909;76902;76962 O00743 O00743 2 2 2 Serine/threonine-protein phosphatase 6 catalytic subunit;Serine/threonine-protein phosphatase 6 catalytic subunit, N-terminally processed PPP6C sp|O00743|PPP6_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 6 catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP6C PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 7.2 7.2 7.2 35.144 305 305 0 3.8386 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78202 0.98144 16.839 6 1 Leave out requantified 1.1874 0.88648 0.62521 1.2004 1.0726 0.97343 43 1.0102 17.998 2 2 2 0 1 0 Median Median Median 7.2 7.2 7.2 164290000 88354000 75931000 65476000 30923000 34554000 49807000 27463000 22344000 49002000 29969000 19033000 62 1201;18617 True;True 1238;18984 4095;4096;4097;64146;64147;64148 5295;5296;5297;5298;5299;80484 5299;80484 O00762 O00762 2 2 2 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C UBE2C sp|O00762|UBE2C_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2C PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 11.7 11.7 11.7 19.652 179 179 0 5.1257 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 4.5 0 11.7 18331000 11465000 6866200 0 0 0 0 0 0 18331000 11465000 6866200 63 6132;18623 True;True 6257;18990 20908;64163;64164 26404;80500;80501 26404;80500 O14519;O75956 O14519;O75956 2;2 2;2 2;2 Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1;Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2 CDK2AP1;CDK2AP2 sp|O14519|CDKA1_HUMAN Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDK2AP1 PE=1 SV=1;sp|O75956|CDKA2_HUMAN Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDK2AP2 PE=1 SV=1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 15.7 15.7 15.7 12.365 115 115;126 0.00050659 3.6382 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99369 1.2536 16.51 5 1 Leave out requantified NaN 0.99369 0.70682 NaN 1.1422 1.0677 NaN 29.668 9.2865 1 2 2 0 0 1 Median Median Median 8.7 15.7 15.7 131740000 66068000 65669000 25866000 11760000 14105000 56148000 25879000 30270000 49723000 28429000 21294000 64 3349;3792 True;True 3431;3882 11664;11665;13165;13166;13167 14789;14790;16725;16726 14789;16725 O14530 O14530 2 2 2 Thioredoxin domain-containing protein 9 TXNDC9 sp|O14530|TXND9_HUMAN Thioredoxin domain-containing protein 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TXNDC9 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 15.9 15.9 15.9 26.534 226 226 0.0005048 3.5896 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2477 1.311 30.975 5 1 Leave out requantified 1.3874 1.122 NaN 1.3474 1.2757 NaN 32.702 29.249 NaN 2 2 1 0 0 1 Median Median Median 15.9 15.9 4.9 72809000 36406000 36402000 29830000 12348000 17482000 27689000 13640000 14049000 15290000 10418000 4871100 65 4418;11274 True;True 4522;11492 15291;15292;15293;15294;39248;39249 19442;19443;19444;49078 19442;49078 O14562 O14562 4 4 4 Ubiquitin domain-containing protein UBFD1 UBFD1 sp|O14562|UBFD1_HUMAN Ubiquitin domain-containing protein UBFD1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBFD1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 17.5 17.5 17.5 33.382 309 309 0 9.0207 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60783 0.75988 21.844 10 3 Leave out requantified 1.1454 0.5449 0.39279 1.1514 0.6157 0.61262 28.313 29.241 17.809 2 3 5 0 1 2 Median Median Leave out requantified 6.8 12.6 17.5 209890000 152050000 57838000 32029000 17002000 15027000 67374000 48120000 19254000 110490000 86930000 23557000 66 6200;6936;8164;15553 True;True;True;True 6325;7074;8328;15875 21159;21160;21161;21162;23668;28293;28294;53673;53674;53675 26706;26707;26708;29879;35533;35534;67222;67223;67224 26706;29879;35534;67223 O14579 O14579 7 7 7 Coatomer subunit epsilon COPE sp|O14579|COPE_HUMAN Coatomer subunit epsilon OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPE PE=1 SV=3 1 7 7 7 7 4 5 7 4 5 7 4 5 34.4 34.4 34.4 34.482 308 308 0 31.672 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75794 0.91848 20.64 17 7 Leave out requantified 0.99419 0.8174 0.55429 0.979 0.97183 0.85553 12.34 5.0049 41.761 8 4 5 6 0 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 34.4 20.5 23.4 470120000 271990000 198130000 241260000 125200000 116060000 93868000 58468000 35400000 134990000 88316000 46678000 67 1210;2902;5047;10845;11335;11595;11971 True;True;True;True;True;True;True 1247;2972;5156;11058;11554;11819;12224 4131;4132;4133;4134;4135;4136;4137;4138;4139;10093;10094;10095;17350;37828;39427;39428;40266;40267;40268;41601;41602;41603 5331;5332;5333;5334;5335;5336;5337;5338;5339;12794;12795;12796;21967;47376;49311;49312;49313;50335;50336;50337;51971;51972;51973 5332;12796;21967;47376;49311;50335;51972 O14617 O14617 6 6 6 AP-3 complex subunit delta-1 AP3D1 sp|O14617|AP3D1_HUMAN AP-3 complex subunit delta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP3D1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 4 5 5 4 5 5 4 5 5.8 5.8 5.8 130.16 1153 1153 0 22.475 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.017 1.0995 31.569 16 1 Leave out requantified 1.264 0.98505 0.68266 1.2238 1.1155 0.94836 38.87 43.082 56.497 6 5 5 1 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 5.1 3.8 4.5 411640000 189840000 221810000 146280000 57454000 88830000 137330000 59050000 78279000 128030000 73332000 54696000 68 1599;1990;7249;9811;11596;12346 True;True;True;True;True;True 1643;2043;7394;10005;11820;12607 5443;5444;5445;5446;5447;5448;6810;25057;25058;25059;34359;34360;34361;40269;40270;40271;42922 7028;7029;7030;7031;7032;7033;7034;7035;7036;8738;31593;31594;31595;31596;31597;31598;43101;50338;50339;53559 7035;8738;31593;43101;50339;53559 O14618 O14618 2 2 2 Copper chaperone for superoxide dismutase CCS sp|O14618|CCS_HUMAN Copper chaperone for superoxide dismutase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCS PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 7.7 7.7 7.7 29.04 274 274 0 12.275 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91993 1.0158 21.612 6 2 Leave out requantified 1.3646 0.49992 0.45744 1.2869 0.56376 0.64189 11.835 45.431 43.308 2 2 2 0 1 1 Median Median Median 7.7 7.7 7.7 103850000 61360000 42485000 36224000 17369000 18855000 25946000 15919000 10027000 41675000 28073000 13603000 69 5230;14659 True;True 5341;14963 17914;17915;17916;50696;50697;50698 22631;22632;22633;63348;63349;63350 22633;63350 O14641 O14641 2 2 2 Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 DVL2 sp|O14641|DVL2_HUMAN Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DVL2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 78.947 736 736 0 4.7542 By matching By MS/MS By MS/MS 0.90044 1.0043 1.6578 6 1 Leave out requantified 1.0614 0.89042 0.40552 1.0283 1.0353 0.55774 13.582 2.6404 53.684 2 2 2 0 0 1 Median Median Median 3 3 3 77765000 46555000 31210000 27960000 14460000 13500000 26340000 14478000 11862000 23466000 17618000 5848200 70 1100;15267 True;True 1130;15582 3756;3757;3758;52674;52675;52676 4854;4855;65905;65906 4854;65906 O14732 O14732 3 3 3 Inositol monophosphatase 2 IMPA2 sp|O14732|IMPA2_HUMAN Inositol monophosphatase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IMPA2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 11.5 11.5 11.5 31.321 288 288 0 15.18 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71111 0.84139 14.458 8 1 Leave out requantified 1.0156 0.67534 0.37615 0.98742 0.79448 0.61306 12.037 9.5438 13.456 3 2 3 1 0 0 Median Median Leave out requantified 11.5 7.6 11.5 737900000 453480000 284420000 250700000 132120000 118580000 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28048;28049;28050;39835;39836;39837;39838;39839;60985;60986;60987 35257;35258;35259;35260;35261;35262;49813;49814;49815;49816;76595;76596;76597 35259;49813;76595 O14776 O14776 19 19 19 Transcription elongation regulator 1 TCERG1 sp|O14776|TCRG1_HUMAN Transcription elongation regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TCERG1 PE=1 SV=2 1 19 19 19 16 17 13 16 17 13 16 17 13 17.2 17.2 17.2 123.9 1098 1098 0 42.138 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99631 1.1336 16.482 47 13 Leave out requantified 1.0475 0.94382 0.91476 1.0243 1.0896 1.2868 17.968 18.524 27.392 16 17 14 3 7 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15.3 15.8 11.8 1852300000 856030000 996270000 632000000 296980000 335030000 656090000 305150000 350940000 564210000 253910000 310300000 75 737;966;2183;3421;3468;3985;5318;6462;9024;9173;9840;10170;10197;10198;11081;12282;15921;18603;18641 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 762;994;2239;3506;3553;4079;5431;6590;9205;9358;10034;10372;10399;10400;11296;12540;16251;18969;19008 2549;2550;2551;3304;3305;3306;7491;7492;7493;7494;11925;11926;11927;12079;12080;12081;13871;18189;18190;21984;21985;31536;31537;31538;32083;32084;32085;34459;34460;35562;35563;35564;35656;35657;35658;35659;38615;42664;54993;54994;54995;54996;64091;64092;64093;64217;64218;64219 3280;3281;3282;3283;3284;3285;4256;4257;4258;4259;9618;9619;9620;9621;15124;15125;15126;15127;15317;17631;22970;27716;27717;39601;40286;40287;40288;43224;43225;44583;44584;44585;44586;44587;44706;44707;44708;44709;44710;44711;44712;48313;53272;68898;68899;80416;80417;80418;80419;80562;80563;80564 3281;4257;9620;15125;15317;17631;22970;27716;39601;40288;43225;44583;44706;44709;48313;53272;68899;80416;80562 O14777 O14777 4 4 4 Kinetochore protein NDC80 homolog NDC80 sp|O14777|NDC80_HUMAN Kinetochore protein NDC80 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NDC80 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 1 0 4 1 0 4 1 0 5.6 5.6 5.6 73.912 642 642 0 6.5443 By MS/MS By MS/MS 0.27573 0.26672 129.38 4 3 Median 0.53291 NaN NaN 0.51056 NaN NaN 116.1 NaN NaN 3 1 0 2 1 0 Median Median Median 5.6 1.2 0 38033000 25250000 12782000 30843000 19307000 11536000 7189500 5943400 1246100 0 0 0 76 2560;4924;10933;12579 True;True;True;True 2624;5033;11147;12849 8864;8865;16964;38111;43700 11303;11304;21496;47712;54527 11304;21496;47712;54527 O14787 O14787 8 2 2 Transportin-2 TNPO2 sp|O14787|TNPO2_HUMAN Transportin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TNPO2 PE=1 SV=3 1 8 2 2 8 8 8 2 2 2 2 2 2 8.5 3 3 101.39 897 897 0.00048828 3.176 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0402 1.2458 12.849 6 0 Leave out requantified 0.99538 1.0402 1.0261 0.98528 1.2458 1.6666 10.668 12.849 28.026 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 8.5 8.5 8.5 210340000 104440000 105900000 71615000 34354000 37260000 69479000 33682000 35797000 69249000 36403000 32845000 77 1083;2774;5794;9326;10662;12222;13503;14739 False;False;True;False;True;False;False;False 1113;2841;5915;9515;10873;12478;13788;15044 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mobility group protein B3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HMGB3 PE=1 SV=4 1 7 7 7 6 7 6 6 7 6 6 7 6 43 43 43 22.98 200 200 0 41.247 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97734 1.0895 7.271 19 9 Leave out requantified 1.0745 1.0178 0.72048 1.0519 1.1541 1.222 8.2742 12.973 19.336 4 8 7 1 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 33.5 43 33.5 1111000000 533210000 577820000 287950000 123140000 164800000 434490000 198610000 235880000 388600000 211460000 177140000 100 8958;9918;12463;14537;15167;15168;18383 True;True;True;True;True;True;True 9139;10112;12732;14839;14840;15481;15482;18748 31300;31301;31302;34699;43337;43338;43339;50267;50268;50269;50270;50271;52347;52348;52349;52350;52351;52352;52353;52354;52355;52356;52357;63314;63315;63316 39324;39325;39326;39327;39328;39329;43516;54081;54082;54083;62802;62803;62804;62805;62806;65498;65499;65500;65501;65502;65503;65504;65505;65506;65507;65508;65509;65510;79428;79429;79430;79431;79432 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471;11630;11631;11632;18181;18182;18183;18313;18314;18315;18316;22090;22091;22092;22093;44032;44033;46403;46404;46405;46406;46407;46408;46409;46410;50135;50136;51038;51039;51040;51041;51042;51043;51044;51045;51046;51047;52747;52748;52749;52750;52751;62391;62392;62393;62394;66811;68255 471;11631;18182;18314;22092;44032;46404;46408;50135;51044;52747;62393;66811;68255 O43447 O43447 2 2 2 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H PPIH sp|O43447|PPIH_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPIH PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 14.1 14.1 14.1 19.208 177 177 0.00093897 2.6449 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.687 0.77802 106.25 5 5 Median 1.6048 NaN 1.6397 1.5158 NaN 2.138 132.3 NaN 142.96 2 1 2 2 1 2 Median Median Median 14.1 7.9 14.1 96921000 27141000 69780000 37436000 10784000 26652000 11186000 5064900 6120800 48300000 11292000 37008000 129 8900;10812 True;True 9079;11024 31047;31048;31049;37714;37715 39028;39029;39030;47233;47234 39029;47234 O43488;Q8NHP1;O95154 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2-deoxynucleoside 5-phosphate N-hydrolase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNPH1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 9.8 9.8 9.8 19.108 174 174 0 4.1821 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75815 0.85392 16.59 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 9.8 9.8 9.8 128370000 75691000 52680000 46656000 21281000 25375000 39819000 24072000 15747000 41896000 30338000 11557000 134 5043 True 5152 17332;17333;17334 21937;21938;21939;21940;21941 21941 O43615 O43615 2 2 2 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 TIMM44 sp|O43615|TIM44_HUMAN Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TIMM44 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.2 4.2 4.2 51.355 452 452 0 5.4616 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0083 1.0469 9.3642 6 1 Leave out requantified 0.98512 1.1203 0.33468 0.97468 1.325 0.45847 0.74779 3.7285 14.226 2 2 2 0 0 1 Median Median Median 4.2 4.2 4.2 44833000 25437000 19396000 16813000 8044900 8768400 15909000 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requantified 1.483 0.81115 1.0176 1.4548 0.95205 1.6518 30.75 32.054 44.161 2 4 7 1 2 2 Median Median Leave out requantified 8 12.1 18.5 470250000 250800000 219450000 83392000 39171000 44221000 113430000 64187000 49239000 273440000 147440000 125990000 148 632;864;9990;11625;16159 True;True;True;True;True 652;891;10188;11852;16495 2182;2996;2997;2998;2999;34988;34989;34990;40382;55756;55757;55758;55759 2821;3864;3865;3866;3867;3868;43874;43875;43876;43877;43878;50476;69865;69866;69867 2821;3866;43877;50476;69866 O43776 O43776 13 13 13 Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic NARS sp|O43776|SYNC_HUMAN Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NARS PE=1 SV=1 1 13 13 13 12 13 10 12 13 10 12 13 10 33 33 33 62.942 548 548 0 78.658 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85628 0.98229 31.373 38 8 Leave out requantified 0.90823 0.89496 0.85537 0.89418 0.99139 1.3483 28.857 34.196 61.566 13 13 12 2 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 28.8 33 29.2 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MYO1B sp|O43795|MYO1B_HUMAN Unconventional myosin-Ib OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYO1B PE=1 SV=3 1 6 6 6 4 5 3 4 5 3 4 5 3 9.1 9.1 9.1 131.98 1136 1136 0 12.651 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79955 0.96471 99.005 9 2 Leave out requantified 0.83504 0.84722 0.66575 0.8442 1.0933 0.9834 96.167 7.9716 5.5789 3 4 2 0 2 0 Leave out requantified Linear Median 5.5 7 3.4 175670000 115830000 59841000 92767000 72083000 20684000 60863000 30705000 30158000 22044000 13044000 8999200 150 1098;2824;7674;13868;14715;17585 True;True;True;True;True;True 1128;2894;7824;14158;15020;17937 3752;9807;26600;26601;26602;48073;48074;48075;48076;50865;50866;50867;60691 4851;12458;33446;60044;60045;60046;60047;63559;63560;63561;76235 4851;12458;33446;60047;63560;76235 O43809 O43809 3 3 3 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 NUDT21 sp|O43809|CPSF5_HUMAN Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUDT21 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 12.8 12.8 12.8 26.227 227 227 0 6.176 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86058 0.94455 11.484 8 0 Leave out requantified 1.1077 0.8126 0.82552 1.0866 0.94455 1.3159 14.398 20.006 1.5503 3 3 2 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 12.8 12.8 7.5 193900000 99513000 94386000 68579000 32807000 35772000 70342000 37295000 33047000 54979000 29412000 25567000 151 6821;9836;16433 True;True;True 6958;10030;16771 23252;23253;23254;34448;34449;34450;56631;56632 29360;29361;43212;43213;43214;70970 29360;43213;70970 O43837 O43837 3 3 3 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial IDH3B sp|O43837|IDH3B_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH3B PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 17.1 17.1 17.1 42.183 385 385 0 16.738 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.1984 2.1281 226.82 4 4 Median 2.1984 NaN NaN 2.1281 NaN NaN 166.12 NaN NaN 2 1 1 2 1 1 Median Median Median 17.1 4.4 9.4 68692000 45109000 23582000 35868000 20642000 15226000 7899500 502140 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30989;67411 O43865;Q96HN2 O43865 11;4 11;4 11;4 Putative adenosylhomocysteinase 2 AHCYL1 sp|O43865|SAHH2_HUMAN S-adenosylhomocysteine hydrolase-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AHCYL1 PE=1 SV=2 2 11 11 11 7 9 9 7 9 9 7 9 9 31.7 31.7 31.7 58.951 530 530;611 0 108.53 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61997 0.74832 22.381 33 7 Leave out requantified 0.88095 0.61997 0.36132 0.86794 0.72342 0.56681 11.095 24.449 20.116 10 12 11 1 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20 25.7 27 2140700000 1264300000 876470000 707040000 357180000 349870000 731180000 406270000 324900000 702500000 500800000 201700000 155 3702;3711;6163;9075;9526;12546;13102;13577;13639;14976;18033 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3791;3800;6288;9256;9717;12816;13381;13862;13924;15288;18390 12862;12890;21034;21035;21036;21037;21038;21039;31714;31715;31716;31717;31718;31719;33406;33407;33408;33409;33410;33411;43600;43601;43602;45471;45472;47039;47040;47041;47237;47238;51769;62177;62178;62179 16342;16372;26547;26548;26549;26550;26551;26552;26553;26554;26555;26556;39806;39807;39808;39809;39810;39811;39812;39813;41928;41929;41930;41931;41932;54400;54401;54402;56729;56730;58774;58775;58776;59027;59028;64755;78038;78039 16342;16372;26556;39807;41928;54400;56729;58774;59028;64755;78039 O43869 O43869 1 1 1 Olfactory receptor 2T1 OR2T1 sp|O43869|OR2T1_HUMAN Olfactory receptor 2T1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OR2T1 PE=3 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.9 1.9 1.9 41.996 369 369 0.003977 2.0261 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.11294 0.17996 233.16 5 5 Median 0.90041 0.91221 NaN 0.86482 1.0802 NaN 326.31 296.42 NaN 2 2 1 2 2 1 Median Median Median 1.9 1.9 1.9 850660000 475680000 374980000 330820000 171130000 159690000 352170000 164410000 187760000 167670000 140140000 27532000 156 3096 True 3171 10788;10789;10790;10791;10792 13657;13658;13659;13660;13661 13657 O43929;CON__Q2YDI2 O43929 3;1 3;1 3;1 Origin recognition complex subunit 4 ORC4 sp|O43929|ORC4_HUMAN Origin recognition complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ORC4 PE=1 SV=2 2 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 7.8 7.8 7.8 50.377 436 436;436 0 9.1551 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88006 1.0147 90.331 6 2 Median 1.0213 0.77745 1.4404 1.0159 0.91729 2.1713 65.735 61.188 154.49 2 2 2 0 0 2 Median Median Median 5.5 5.5 4.1 144740000 63209000 81531000 54227000 22895000 31332000 39198000 21914000 17284000 51314000 18400000 32915000 157 413;13640;15288 True;True;True 427;13925;15604 1424;1425;47239;52747;52748;52749;52750 1830;1831;59029;66009;66010;66011;66012;66013;66014 1830;59029;66013 O60216;Q9H4I0 O60216 8;1 8;1 8;1 Double-strand-break repair protein rad21 homolog RAD21 sp|O60216|RAD21_HUMAN Double-strand-break repair protein rad21 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAD21 PE=1 SV=2 2 8 8 8 4 4 6 4 4 6 4 4 6 21.1 21.1 21.1 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chromatin subfamily A member 5 SMARCA5 sp|O60264|SMCA5_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCA5 PE=1 SV=1 2 10 10 10 9 7 7 9 7 7 9 7 7 9.7 9.7 9.7 121.9 1052 1052;1054 0 30.466 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93016 1.1117 35.406 24 13 Leave out requantified 0.98903 0.91458 0.73495 0.96555 1.0597 1.1096 24.944 47.101 19.488 10 7 7 6 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 8.6 7.2 8.3 357740000 192960000 164790000 146050000 78282000 67764000 111550000 57557000 53988000 100150000 57117000 43034000 162 3784;7500;9803;11262;11617;12210;12890;13911;15573;18639 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3874;7648;9997;11480;11844;12466;13165;14201;15897;19006 13141;13142;13143;13144;26000;26001;26002;34334;34335;34336;34337;39209;39210;40361;40362;42393;44751;44752;48232;48233;48234;53743;64211;64212;64213 16692;16693;16694;16695;32685;32686;43073;43074;43075;43076;49037;49038;50458;52942;55830;60218;60219;60220;67317;80553;80554;80555 16692;32685;43073;49038;50458;52942;55830;60219;67317;80554 O60266 O60266 1 1 1 Adenylate cyclase type 3 ADCY3 sp|O60266|ADCY3_HUMAN Adenylate cyclase type 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ADCY3 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0.8 0.8 0.8 128.96 1144 1144 0.003573 2.1335 By MS/MS By MS/MS 0.93083 1.1336 8.1262 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 0.8 0 0.8 140470000 76886000 63586000 70178000 34229000 35949000 0 0 0 70294000 42657000 27637000 163 11006 True 11220 38349;38350 47994;47995;47996 47995 O60271 O60271 18 18 18 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 4 SPAG9 sp|O60271|JIP4_HUMAN C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPAG9 PE=1 SV=4 1 18 18 18 14 11 14 14 11 14 14 11 14 18.5 18.5 18.5 146.2 1321 1321 0 64.382 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88082 1.122 23.576 40 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6096;9091;59665;74316 O60333;Q12756 O60333 5;1 5;1 4;0 Kinesin-like protein KIF1B KIF1B sp|O60333|KIF1B_HUMAN Kinesin-like protein KIF1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF1B PE=1 SV=5 2 5 5 4 3 4 3 3 4 3 2 3 2 3.4 3.4 2.6 204.47 1816 1816;1690 0 13.674 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2438 1.3264 31.135 8 4 Leave out requantified 1.2207 1.3274 0.77712 1.1908 1.5859 1.1783 15.894 2.499 102.34 2 3 3 1 1 2 Median Median Plateau 1.8 2.7 1.8 164100000 80719000 83382000 46358000 20057000 26301000 65267000 29862000 35406000 52475000 30800000 21675000 166 1940;4045;8160;14846;16411 True;True;True;True;True 1992;4139;8324;15156;16749 6626;6627;14067;14068;14069;28286;51336;56571;56572;56573;56574 8509;8510;17872;17873;17874;17875;17876;35526;64178;70901;70902;70903;70904 8510;17873;35526;64178;70903 O60341 O60341 6 6 6 Lysine-specific histone demethylase 1A KDM1A sp|O60341|KDM1A_HUMAN Lysine-specific histone demethylase 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KDM1A PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 4 4 5 4 4 5 4 4 8.2 8.2 8.2 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 34.3 27 34.3 35643000 18713000 16930000 19534000 10400000 9134300 0 0 0 16109000 8313400 7795400 169 2861;5140;12193;17598 False;True;False;False 2931;5251;12449;17950 9947;9948;9949;9950;17640;17641;42342;42343;42344;42345;60724;60725;60726 12624;12625;12626;12627;12628;12629;22319;22320;52885;52886;52887;52888;76269 12629;22319;52885;76269 O60437 O60437 2 2 2 Periplakin PPL sp|O60437|PEPL_HUMAN Periplakin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPL PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 0 2 1 0 2 1 0 2 1.7 1.7 1.7 204.74 1756 1756 0 4.8917 By matching By MS/MS 0.69344 1.0005 16.724 3 0 Median NaN NaN 0.69113 NaN NaN 0.95113 NaN NaN 7.1497 1 0 2 0 0 0 Median Median Median 0.5 0 1.7 28808000 16264000 12545000 5068800 2221500 2847200 0 0 0 23740000 14042000 9697400 170 4150;10931 True;True 4244;11145 14400;14401;38107 18256;47708 18256;47708 O60443 O60443 8 8 8 Non-syndromic hearing impairment protein 5 DFNA5 sp|O60443|GSDME_HUMAN Gasdermin-E OS=Homo 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differentiation-related factor 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EDF1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 3 4 3 3 4 3 3 4 30.4 30.4 30.4 16.368 148 148 0 18.984 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99418 1.2224 5.8507 15 0 Leave out requantified 0.99418 1.0317 0.92861 0.98427 1.2224 1.4805 20.777 3.6403 14.867 5 5 5 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25 25 30.4 933860000 445590000 488270000 306800000 148880000 157930000 310050000 147530000 162520000 317010000 149180000 167830000 194 701;8173;9604;12799 True;True;True;True 725;8337;9796;13074 2414;2415;2416;28325;28326;28327;28328;28329;28330;33702;33703;33704;33705;33706;33707;44456 3111;3112;3113;35575;35576;35577;35578;35579;35580;35581;35582;35583;35584;42325;42326;42327;55464 3111;35584;42326;55464 O60879 O60879 3 3 3 Protein diaphanous homolog 2 DIAPH2 sp|O60879|DIAP2_HUMAN Protein diaphanous homolog 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DIAPH2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 2.8 2.8 2.8 125.57 1101 1101 0 6.1885 By MS/MS By 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9857;9858;9859;9860;9861;9862;9863;9864;10606;10607;31796;31797;32845;32846;32847;32848;32849;32850;38685;53841;53842;53843;53844;53845;53846;53847;55892;55893;57927;57928;57929;57930;57931;57932;58450;58451;58452;58453;58454;58455;58456;67907;72596 9857;10607;31797;32850;38685;53847;55893;57930;58453;58456;67907;72596 O75489 O75489 2 2 2 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial NDUFS3 sp|O75489|NDUS3_HUMAN NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NDUFS3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 10.2 10.2 10.2 30.241 264 264 0 4.0323 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88179 0.81964 14.68 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 5.3 10.2 5.3 53471000 32400000 21071000 18355000 9624300 8730700 19824000 12764000 7060000 15292000 10012000 5280100 222 4406;14755 True;True 4510;15060 15257;15258;15259;51003 19392;19393;19394;63731 19392;63731 O75521 O75521 5 5 5 Enoyl-CoA delta isomerase 2, mitochondrial ECI2 sp|O75521|ECI2_HUMAN Enoyl-CoA delta isomerase 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ECI2 PE=1 SV=4 1 5 5 5 3 2 3 3 2 3 3 2 3 21.6 21.6 21.6 43.585 394 394 0 32.818 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0392 1.0994 28.322 7 3 Leave out requantified 1.2886 0.93485 0.49122 1.3436 1.0528 0.74425 24.694 34.401 17.135 3 2 2 1 0 2 Median Median Median 12.7 10.2 15.7 115100000 64493000 50606000 48012000 23414000 24598000 29810000 13916000 15894000 37277000 27163000 10115000 223 2235;10030;11982;12837;13349 True;True;True;True;True 2292;10229;12235;13112;13633 7645;35107;41645;41646;44584;46333;46334;46335 9823;44013;52044;55622;57887;57888;57889;57890 9823;44013;52044;55622;57890 O75530 O75530 2 2 2 Polycomb protein EED EED sp|O75530|EED_HUMAN Polycomb protein EED OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EED PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 5 5 5 50.197 441 441 0.00092851 2.5252 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 2.9 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 224 7360;7776 True;True 7507;7929 25513;26966 32108;33927 32108;33927 O75531 O75531 6 6 6 Barrier-to-autointegration factor;Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed BANF1 sp|O75531|BAF_HUMAN Barrier-to-autointegration factor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BANF1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 6 6 59.6 59.6 59.6 10.058 89 89 0 42.574 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0114 1.1561 21.648 19 11 Leave out requantified 1.0331 0.93768 0.92366 1.0334 1.0696 1.4161 19.177 49.886 18.488 6 7 6 3 5 3 Leave out requantified Median Leave out requantified 57.3 59.6 59.6 1437800000 755780000 682020000 546140000 267590000 278550000 520710000 270680000 250030000 370940000 217510000 153440000 225 1760;2284;2285;4742;7237;8698 True;True;True;True;True;True 1809;2344;2345;4850;7382;8873 5975;5976;5977;7869;7870;7871;7872;7873;7874;7875;7876;16367;16368;16369;25024;25025;30213;30214;30215 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 684;3042;4944;6078;6079;6335;7522;8299;8696;8766;8767;8796;8813;9240;9297;10818;12132;12811;13132;13571;13659;15063;15870;16037;17371;17851;18080;18407;18528 2266;2267;2268;10337;10338;10339;16673;16674;20325;20326;20327;20328;20329;21194;21195;25568;25569;25570;28187;29528;29529;29530;29773;29774;29775;29776;29777;29778;29893;29894;29895;29960;29961;31654;31655;31865;31866;31867;31868;37067;37068;37069;37070;41282;41283;41284;41285;43584;43585;43586;44649;44650;44651;44652;44653;46139;46140;46141;46403;46404;46405;46406;51013;51014;51015;53659;53660;53661;54224;54225;54226;54227;54228;58683;58684;60423;60424;60425;61170;62237;62238;62239;62608;62609;62610 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double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A PRKRA sp|O75569|PRKRA_HUMAN Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKRA PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 4.8 4.8 4.8 34.404 313 313 0.00049383 3.2992 By MS/MS By MS/MS 0.9419 1.1278 5.7952 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 4.8 0 4.8 18747000 11283000 7464100 8737300 4263900 4473300 0 0 0 10009000 7018600 2990800 228 17961 True 18318 61940;61941 77751;77752 77751 O75592 O75592 2 2 2 E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 MYCBP2 sp|O75592|MYCB2_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYCBP2 PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 0.6 0.6 0.6 513.63 4678 4678 0.0043917 1.9453 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76447 0.86101 16.143 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 0.3 0.3 0.6 28906000 16835000 12070000 8930100 4115900 4814200 9561100 5402900 4158200 10415000 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1480;4536;6112;10829 4888;4889;4890;4891;4892;4893;15329;15330;20426;20427;20428;37099;37100;37101;37102 6281;6282;6283;6284;6285;6286;6287;19483;25777;25778;25779;25780;25781;25782;46462;46463;46464;46465 6287;19483;25780;46465 O75874 O75874 3 3 3 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic IDH1 sp|O75874|IDHC_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 8.9 8.9 8.9 46.659 414 414 0 14.111 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65794 0.71892 44.526 7 1 Leave out requantified 0.95518 0.65794 0.37732 0.92801 0.73275 0.6144 8.4223 47.221 20.951 2 2 3 0 0 1 Median Median Plateau 8.9 8.9 8.9 205400000 120220000 85178000 70061000 37789000 32272000 67447000 36277000 31169000 67894000 46157000 21736000 241 1474;16429;16904 True;True;True 1515;16767;17248 5026;5027;5028;56622;56623;56624;58244 6476;6477;6478;6479;6480;70959;70960;70961;70962;70963;73098 6479;70962;73098 O75934 O75934 2 2 2 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 BCAS2 sp|O75934|SPF27_HUMAN Pre-mRNA-splicing factor SPF27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BCAS2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 12.9 12.9 12.9 26.131 225 225 0 10.907 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0938 1.1989 8.8964 4 1 Median 1.1508 NaN NaN 1.1567 NaN NaN 5.9022 NaN NaN 2 1 1 0 1 0 Median Median Median 12.9 5.8 5.8 77077000 39344000 37734000 34161000 16049000 18111000 20070000 10795000 9274500 22847000 12499000 10348000 242 7616;15833 True;True 7765;16163 26395;54697;54698;54699 33185;68533;68534;68535;68536 33185;68535 O75935 O75935 3 3 3 Dynactin subunit 3 DCTN3 sp|O75935|DCTN3_HUMAN Dynactin subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCTN3 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 21 21 21 21.119 186 186 0 14.501 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80161 1.0625 13.339 10 4 Leave out requantified 1.042 0.85908 0.78167 1.0336 1.0312 1.2028 6.2421 15.527 22.855 4 3 3 4 0 0 Median Leave out requantified Leave out requantified 21 21 21 240010000 123570000 116440000 99644000 48305000 51339000 71881000 38731000 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1417;1418;1419;12474;12475;12476;12477;12478;16539;16540;16541;34252;36609;46078;46079;46080;46645;46646;46647;46648;46649;46650 1821;1822;1823;15828;15829;15830;15831;15832;15833;15834;15835;20986;20987;20988;20989;42974;45865;57548;57549;57550;57551;57552;58273;58274;58275;58276;58277;58278;58279;58280 1823;15834;20988;42974;45865;57548;58273 O75940 O75940 4 4 4 Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 SMNDC1 sp|O75940|SPF30_HUMAN Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMNDC1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 15.1 15.1 15.1 26.711 238 238 0 10.804 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80018 0.87875 22.217 11 3 Leave out requantified 0.9879 0.69202 1.2265 0.99333 0.79624 1.9413 45.046 16.197 45.504 5 3 3 2 0 1 Median Median Median 15.1 5.9 14.3 166120000 72944000 93173000 59234000 29089000 30145000 34172000 20485000 13687000 72711000 23369000 49342000 245 2685;3981;7918;14431 True;True;True;True 2749;4075;8073;14730 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sapiens OX=9606 GN=SEC24A PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 4.5 4.5 4.5 119.75 1093 1093 0 10.502 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80447 0.97365 9.1464 11 4 Leave out requantified 1.0959 0.86101 0.63651 1.0491 0.97365 0.88694 16.344 20.486 29.244 4 3 4 3 0 1 Median Leave out requantified Median 2.6 3.5 4.5 184340000 99321000 85016000 88756000 43422000 45334000 40626000 21751000 18875000 54956000 34149000 20807000 290 1142;14801;16581;16837 True;True;True;True 1178;15109;16923;17180 3917;51179;51180;57165;57166;57167;57168;57169;58007;58008;58009;58010 5054;63979;63980;71642;71643;71644;71645;71646;72795;72796;72797;72798;72799 5054;63980;71642;72799 O95544 O95544 2 2 2 NAD kinase NADK sp|O95544|NADK_HUMAN NAD kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NADK PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.7 4.7 4.7 49.228 446 446 0 4.4866 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70122 0.74742 64.954 6 3 Median 0.77256 0.58659 0.3095 0.76755 0.66997 0.46223 25.517 37.23 127.68 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 4.7 4.7 4.7 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MS/MS By MS/MS 0.8256 0.8828 12.785 12 5 Leave out requantified 1.075 0.63981 0.51587 1.0277 0.75776 0.75579 17.569 0.10333 48.761 3 2 7 0 0 5 Leave out requantified Median Median 9.7 5.2 13.2 309340000 169510000 139830000 73966000 35095000 38871000 35939000 21386000 14553000 199430000 113030000 86404000 296 1852;2470;3376;5724;11667;12002;13209;14418;17340 True;True;True;False;False;True;True;True;True 1903;2534;3460;5844;11897;12255;13490;14717;17689 6275;6276;6277;8532;8533;8534;11762;11763;19574;19575;19576;19577;40519;41710;45863;49861;59906;59907;59908 8121;8122;8123;10900;10901;10902;14912;14913;24704;24705;24706;24707;24708;24709;24710;50638;52117;57249;62289;75240;75241;75242 8122;10902;14912;24705;50638;52117;57249;62289;75242 O95782 O95782 20 20 16 AP-2 complex subunit alpha-1 AP2A1 sp|O95782|AP2A1_HUMAN AP-2 complex subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP2A1 PE=1 SV=3 1 20 20 16 16 17 20 16 17 20 13 14 16 27.8 27.8 21.9 107.54 977 977 0 119.05 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0007 1.1542 21.005 57 19 Leave out requantified 1.1236 0.97459 0.76437 1.1049 1.1732 1.1749 18.945 14.215 20.966 17 18 22 4 7 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.5 24.5 27.8 2222200000 1116900000 1105300000 709140000 313130000 396010000 703350000 354320000 349020000 809700000 449440000 360260000 297 186;1022;1146;1508;2254;4975;5059;5095;6452;7085;8118;10158;10428;10536;11272;15712;16322;16445;17055;18560 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 192;1052;1182;1550;2312;5084;5168;5205;6580;7225;8278;10360;10636;10744;11490;16040;16658;16783;17402;18926 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Tetratricopeptide repeat protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTC4 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 8.5 8.5 8.5 44.678 387 387 0 21.743 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.105 1.2289 15.435 5 3 Median 1.1635 1.1598 NaN 1.1905 1.3026 NaN 8.3715 8.2442 NaN 2 2 1 1 1 1 Median Median Median 8.5 8.5 6.2 128820000 65750000 63067000 62513000 22580000 39934000 37830000 21679000 16151000 28474000 21492000 6982000 298 4263;5665 True;True 4364;5784 14775;14776;14777;19360;19361 18766;18767;18768;24444 18768;24444 O95816 O95816 6 6 6 BAG family molecular chaperone regulator 2 BAG2 sp|O95816|BAG2_HUMAN BAG family molecular chaperone regulator 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BAG2 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 3 6 4 3 6 4 3 6 34.6 34.6 34.6 23.772 211 211 0 19.051 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91664 0.98051 24.943 10 4 Leave out requantified 1.2008 0.76751 1.0123 1.1696 0.89244 1.4968 90.969 85.233 88.367 3 3 4 1 1 2 Median Median Median 20.4 13.7 34.6 216760000 106440000 110320000 74485000 29277000 45208000 61716000 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0.9 14264000 7197000 7067400 4623400 2190400 2433000 4846800 2598900 2247900 4794100 2407600 2386500 300 8037 True 8193 27870;27871;27872 35051;35052;35053;35054;35055 35052 O95833 O95833 1 1 1 Chloride intracellular channel protein 3 CLIC3 sp|O95833|CLIC3_HUMAN Chloride intracellular channel protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CLIC3 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.8 6.8 6.8 26.648 236 236 0.0031292 2.1461 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.794 0.91162 13.066 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.8 6.8 6.8 40082000 23237000 16845000 12795000 5957400 6837300 13823000 8959800 4863600 13464000 8319800 5144100 301 1364 True 1403 4647;4648;4649 5962;5963;5964 5964 O95861 O95861 7 7 7 3(2),5-bisphosphate nucleotidase 1 BPNT1 sp|O95861|BPNT1_HUMAN 3(2),5-bisphosphate nucleotidase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BPNT1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 6 5 6 6 5 6 6 5 6 27.3 27.3 27.3 33.392 308 308 0 43.582 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93806 0.92492 11.87 21 6 Leave 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NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 3.7 3.7 0 36560000 21143000 15417000 17568000 7188800 10379000 18992000 13954000 5037900 0 0 0 303 4422 True 4526 15305;15306 19457;19458 19457 O95983 O95983 3 3 3 Methyl-CpG-binding domain protein 3 MBD3 sp|O95983|MBD3_HUMAN Methyl-CpG-binding domain protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MBD3 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 12 12 12 32.844 291 291 0 4.0737 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78945 0.88363 33.641 6 6 Median 0.93278 0.84365 0.50756 0.91246 0.98347 0.67038 12.079 41.128 46.595 2 2 2 2 2 2 Median Median Median 6.9 6.9 8.6 64734000 33638000 31097000 26537000 12365000 14172000 24741000 12115000 12625000 13456000 9156900 4299600 304 446;9145;11052 True;True;True 460;9329;11266 1536;1537;1538;31975;31976;38512 1970;1971;1972;40142;40143;48196 1972;40143;48196 O96017 O96017 2 2 2 Serine/threonine-protein kinase Chk2 CHEK2 sp|O96017|CHK2_HUMAN Serine/threonine-protein kinase Chk2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHEK2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 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174;175;1078;1122;1123;1824;1981;2537;2601;5902;6123;6405;6798;6887;6888;8279;12196;12197;12198;12238;13128;14434;14464;14465;16467;17710;17711;18497 563;564;565;566;567;568;569;570;571;572;573;574;575;576;577;3557;3558;3559;3560;3561;3562;3563;3564;3721;3722;3723;3724;3725;3726;3727;3728;3729;3730;3731;6023;6024;6025;6026;6027;6028;6582;8539;8540;8541;8786;8787;8788;8789;8790;8791;19761;19762;19763;19764;19765;19766;20456;20457;20458;20459;20460;20461;20462;20463;20464;21416;21417;21418;21419;21420;21421;22662;22663;22973;22974;22975;22976;22977;22978;22979;22980;22981;22982;22983;22984;28123;28124;28125;41489;41490;41491;41492;41493;41494;41495;41496;41497;41498;41499;41500;41501;41502;41656;41657;41658;41659;41660;41661;44635;44636;44637;44638;48947;48948;48949;49049;49050;49051;49052;55668;55669;55670;59967;59968;59969;59970;59971;59972;59973;59974;62514;62515;62516 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MS/MS 0.85651 1.0272 13.038 16 3 Leave out requantified 0.99894 1.0128 0.60679 0.99317 1.1952 0.92653 13.537 8.9423 25.734 6 5 5 1 0 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20 16.4 16.4 420810000 223220000 197590000 191380000 88040000 103340000 139540000 75053000 64484000 89885000 60125000 29760000 320 476;4847;6303;7233;17498;18215 True;True;True;True;True;True 491;4955;6428;7378;17849;18574 1624;16709;16710;16711;21483;21484;21485;25002;25003;25004;60415;60416;60417;60418;60419;62741;62742;62743 2072;21185;21186;21187;27105;27106;27107;31536;31537;31538;75885;75886;75887;75888;75889;75890;78709;78710;78711 2072;21186;27105;31536;75888;78710 P04183 P04183 4 4 4 Thymidine kinase, cytosolic TK1 sp|P04183|KITH_HUMAN Thymidine kinase, cytosolic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TK1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 21.4 21.4 21.4 25.468 234 234 0 11.669 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86665 0.91817 10.401 13 4 Leave out requantified 1.0022 0.80101 0.46636 0.99551 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requantified Median 24.4 24.4 24.4 2500400000 1403500000 1096900000 806130000 347520000 458610000 726340000 446120000 280220000 967900000 609850000 358050000 344 4164;10640;10842 True;True;True 4258;10849;11055 14447;14448;14449;37155;37156;37157;37817;37818;37819 18317;18318;18319;18320;18321;18322;46531;46532;46533;46534;46535;47359;47360;47361;47362;47363 18319;46532;47363 P06730 P06730 4 4 4 Eukaryotic translation initiation factor 4E EIF4E sp|P06730|IF4E_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 4E OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF4E PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 19.8 19.8 19.8 25.097 217 217 0 21.042 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70651 0.76821 12.267 15 7 Leave out requantified 0.97619 0.65574 0.29688 0.99331 0.76821 0.47533 28.187 8.9484 20.268 5 5 5 2 1 4 Median Leave out requantified Median 19.8 19.8 14.7 1241200000 759160000 482030000 421370000 219120000 202250000 441990000 253090000 188890000 377840000 286950000 90886000 345 2314;7412;8550;18220 True;True;True;True 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ribonucleoprotein A1;Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, N-terminally processed;Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1-like 2 HNRNPA1;HNRNPA1L2 sp|P09651|ROA1_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPA1 PE=1 SV=5;sp|Q32P51|RA1L2_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1-like 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPA1L2 PE=2 SV=2 2 11 11 11 6 6 10 6 6 10 6 6 10 30.1 30.1 30.1 38.746 372 372;320 0 51.11 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72411 0.93956 38.006 32 11 Leave out requantified 0.95338 0.71386 0.63886 0.93956 0.83424 1.0566 25.461 19.311 39.612 9 10 13 2 3 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.2 21.2 28.8 1706200000 987830000 718420000 504240000 258380000 245860000 468670000 274680000 193990000 733340000 454770000 278570000 387 3408;3409;5873;5874;7635;9013;9820;12503;14199;14200;14395 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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P10515 3 3 3 Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial DLAT sp|P10515|ODP2_HUMAN Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DLAT PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 5.3 5.3 5.3 68.996 647 647 0 4.7636 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87594 1.0267 33.792 6 3 Median NaN 1.2852 0.75968 NaN 1.4659 1.0012 NaN 46.807 25.862 1 2 3 0 1 2 Median Median Median 2.6 2.6 5.3 81142000 42526000 38615000 17413000 8129000 9283700 28756000 13980000 14776000 34972000 20417000 14555000 403 2379;6067;17700 True;True;True 2441;6191;18054 8224;8225;8226;20703;20704;20705;61083 10536;10537;10538;26147;26148;76716 10537;26147;76716 P10599 P10599 4 4 4 Thioredoxin TXN sp|P10599|THIO_HUMAN Thioredoxin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TXN PE=1 SV=3 1 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 27.6 27.6 27.6 11.737 105 105 0 7.686 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.042 1.2688 37.841 7 5 Median 1.042 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12103000 441 4933 True 5042 16984;16985;16986 21514 21514 P13995 P13995 1 1 1 Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial;NAD-dependent methylenetetrahydrofolate dehydrogenase;Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase MTHFD2 sp|P13995|MTDC_HUMAN Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTHFD2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6 6 6 37.895 350 350 0 3.8494 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.467 1.6628 3.2413 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 6 6 6 81078000 36556000 44522000 23694000 11148000 12547000 29571000 10780000 18791000 27813000 14628000 13185000 442 7478 True 7626 25933;25934;25935 32606;32607;32608;32609 32608 P14174 P14174 1 1 1 Macrophage migration inhibitory factor MIF sp|P14174|MIF_HUMAN Macrophage migration inhibitory factor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MIF PE=1 SV=4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.8 7.8 7.8 12.476 115 115 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sapiens OX=9606 GN=PKM PE=1 SV=4 2 40 40 40 36 36 40 36 36 40 36 36 40 71.8 71.8 71.8 57.936 531 531;574 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.59487 0.72693 12.263 242 69 Leave out requantified 0.99757 0.56409 0.33847 0.97008 0.66086 0.55164 16.381 10.63 40.334 79 75 88 17 18 34 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 63.3 63.3 71.8 92333000000 57913000000 34421000000 29638000000 14717000000 14921000000 29688000000 18288000000 11400000000 33007000000 24907000000 8099300000 445 324;325;538;1188;1779;1784;2820;3189;3190;4893;5630;5631;5768;5769;5802;6085;6086;6590;6591;6798;6799;7883;8469;8470;8633;8825;8862;9437;9565;10696;11816;12616;13126;13127;13726;13795;15234;15430;15431;17625 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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dehydrogenase [quinone] 1 NQO1 sp|P15559|NQO1_HUMAN NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NQO1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 7 5 6 7 5 6 7 5 6 25.5 25.5 25.5 30.867 274 274 0 20.914 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82529 0.89731 16.413 20 1 Leave out requantified 1.0646 0.7712 0.46923 1.0483 0.89938 0.75962 18.808 24.903 30.525 8 5 7 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25.5 18.2 22.3 600120000 342240000 257870000 333770000 172110000 161660000 122090000 68217000 53875000 144260000 101920000 42340000 457 933;3573;5024;8269;8270;10215;14479 True;True;True;True;True;True;True 961;3660;5133;8434;8435;10417;14780 3212;3213;3214;3215;3216;12427;12428;12429;12430;17273;17274;28678;28679;28680;28681;28682;28683;35709;35710;35711;50050 4144;4145;4146;4147;15760;15761;15762;15763;15764;15765;15766;21867;21868;36019;36020;36021;36022;44776;44777;44778;44779;44780;62524 4146;15761;21867;36019;36022;44780;62524 P15735 P15735 3 3 3 Phosphorylase b kinase gamma catalytic chain, liver/testis isoform PHKG2 sp|P15735|PHKG2_HUMAN Phosphorylase b kinase gamma catalytic chain, liver/testis isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PHKG2 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 11.3 11.3 11.3 46.442 406 406 0 4.7978 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76861 0.92239 17.993 7 1 Leave out requantified 0.97548 0.82386 0.60297 0.95169 0.94697 0.89516 22.415 61.584 22.231 2 3 2 0 1 0 Median Plateau Median 7.1 11.3 7.1 110700000 63371000 47329000 37784000 17701000 20083000 40578000 25525000 15053000 32339000 20146000 12193000 458 11023;11128;15902 True;True;True 11237;11343;16232 38403;38404;38405;38768;38769;38770;54932 48059;48513;68821 48059;48513;68821 P15880 P15880 15 15 15 40S ribosomal protein S2 RPS2 sp|P15880|RS2_HUMAN 40S ribosomal protein S2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS2 PE=1 SV=2 1 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 52.6 52.6 52.6 31.324 293 293 0 143.13 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92717 1.0495 28.461 71 14 Leave out requantified 1.0705 0.91489 0.77597 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MS/MS By MS/MS 4.3098 4.3103 62.362 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 3.7 3.7 6.6 103900000 23779000 80119000 35258000 7172600 28085000 23309000 8645600 14663000 45332000 7961100 37371000 464 1187;2886 True;True 1223;2956 4046;10040;10041;10042 5224;12733;12734;12735 5224;12733 P16401 P16401 8 8 8 Histone H1.5 HIST1H1B sp|P16401|H15_HUMAN Histone H1.5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIST1H1B PE=1 SV=3 1 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 23.9 23.9 23.9 22.58 226 226 0 39.152 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0944 1.1305 7.1454 33 3 Leave out requantified 1.1263 1.0313 0.79044 1.1165 1.2424 1.3094 6.9441 13.958 56.002 11 11 11 1 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.9 23.9 23.9 5270100000 2600900000 2669300000 1829100000 856760000 972350000 1805800000 859780000 946010000 1635200000 884320000 750910000 465 785;786;1502;8667;8683;12146;12147;14203 True;True;True;True;True;True;True;True 811;812;1544;8841;8857;12401;12402;14497 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P17252;P05771 P17252 8;2 8;2 8;2 Protein kinase C alpha type PRKCA sp|P17252|KPCA_HUMAN Protein kinase C alpha type OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKCA PE=1 SV=4 2 8 8 8 6 7 7 6 7 7 6 7 7 15.6 15.6 15.6 76.749 672 672;671 0 22.116 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90904 0.92412 11.925 20 11 Leave out requantified 0.90904 0.89906 0.62483 0.92412 1.0875 0.90096 21.42 16.219 32.126 7 6 7 4 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.3 14.1 11.8 368880000 207950000 160930000 132550000 67174000 65378000 112390000 67700000 44687000 123940000 73072000 50864000 472 1795;3108;3672;3788;5641;6672;9585;10505 True;True;True;True;True;True;True;True 1845;3183;3761;3878;5760;6803;9777;10713 6082;6083;6084;10831;10832;10833;10834;12773;13152;13153;13154;19263;19264;19265;19266;22687;22688;22689;33634;33635;33636;36723 7872;7873;13710;13711;13712;13713;16226;16707;24323;24324;24325;24326;28619;28620;28621;42232;42233;42234;42235;46015 7872;13712;16226;16707;24323;28620;42235;46015 P17612;P22694 P17612;P22694 8;6 8;6 7;5 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha;cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta PRKACA;PRKACB sp|P17612|KAPCA_HUMAN cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKACA PE=1 SV=2;sp|P22694|KAPCB_HUMAN cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRKACB PE=1 SV=2 2 8 8 7 7 6 7 7 6 7 6 5 6 21.4 21.4 18.8 40.589 351 351;351 0 18.578 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86767 1.0577 12.728 32 11 Leave out requantified 1.0747 0.86767 0.63305 1.0584 1.0349 1.0574 2.5562 2.3672 40.053 12 11 9 5 5 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.7 15.7 19.4 1195700000 642050000 553650000 464780000 222260000 242530000 373610000 199110000 174500000 357310000 220690000 136620000 473 752;5340;6573;9243;9299;12339;12340;13064 True;True;True;True;True;True;True;True 777;5453;6702;9429;9485;12600;12601;13343 2615;18253;18254;18255;18256;22342;32346;32347;32348;32349;32350;32351;32558;32559;32560;32561;32562;42896;42897;42898;42899;42900;42901;42902;42903;42904;42905;42906;45326;45327;45328;45329;45330;45331 3371;23042;23043;23044;23045;28168;40601;40602;40603;40604;40605;40606;40607;40608;40609;40866;40867;40868;40869;40870;40871;53527;53528;53529;53530;53531;53532;53533;53534;53535;53536;53537;53538;53539;53540;53541;56546;56547;56548;56549;56550;56551;56552;56553;56554;56555;56556;56557 3371;23043;28168;40602;40871;53527;53536;56553 P17655 P17655 25 25 25 Calpain-2 catalytic subunit CAPN2 sp|P17655|CAN2_HUMAN Calpain-2 catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAPN2 PE=1 SV=6 1 25 25 25 21 21 22 21 21 22 21 21 22 46.1 46.1 46.1 79.994 700 700 0 217.44 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87004 0.99616 18.425 77 15 Leave out requantified 1.0072 0.85118 0.64828 0.99445 1.0055 0.99687 17.944 17.233 38.922 29 25 23 8 1 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 45.1 43.3 39.7 5799300000 3175000000 2624400000 2181000000 1053800000 1127100000 1859100000 966530000 892560000 1759300000 1154600000 604670000 474 846;2303;2853;4021;4399;4816;6042;6610;8162;8163;8648;9079;9695;9696;11616;11791;12064;12107;13875;14085;14118;14370;18235;18610;18611 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 872;2363;2923;4115;4503;4924;6166;6739;8326;8327;8822;9261;9889;9890;11843;12033;12319;12362;14165;14378;14411;14669;18595;18977;18978 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1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0.8 0.8 2.8 19889000 15759000 4129600 0 0 0 0 0 0 19889000 15759000 4129600 494 11258;11742;16424 True;False;True 11476;11979;16762 39203;40810;40811;40812;56607 49032;50980;50981;50982;70938 49032;50980;70938 P19387 P19387 2 2 2 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 POLR2C sp|P19387|RPB3_HUMAN DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2C PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 6.2 6.2 6.2 31.441 275 275 0 4.484 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0076 1.0292 15.99 6 5 Median 1.0445 1.0509 0.60154 0.99736 1.234 0.90832 8.2473 5.6422 13.861 2 2 2 2 2 1 Median Median Median 6.2 6.2 6.2 162530000 89298000 73236000 48300000 23148000 25152000 64283000 36558000 27725000 49950000 29591000 20359000 495 8448;17225 True;True 8618;17572 29285;29286;29287;59437;59438;59439;59440 36785;36786;36787;74655;74656;74657;74658 36787;74655 P19388 P19388 2 2 2 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 POLR2E sp|P19388|RPAB1_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2E PE=1 SV=4 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 11.4 11.4 11.4 24.551 210 210 0 7.8786 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72582 0.87621 26.361 11 1 Leave out requantified 0.79811 0.72582 0.63598 0.79811 0.82852 0.96204 26.64 18.958 22.239 3 4 4 0 1 0 Median Median Leave out requantified 11.4 11.4 11.4 310540000 177140000 133400000 61822000 33028000 28795000 117630000 64504000 53130000 131090000 79609000 51477000 496 935;7880 True;True 963;8035 3224;3225;3226;3227;3228;3229;27312;27313;27314;27315;27316 4156;4157;4158;4159;4160;34358;34359;34360;34361;34362 4156;34359 P19525 P19525 6 6 6 Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase EIF2AK2 sp|P19525|E2AK2_HUMAN Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2AK2 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 5 6 5 5 6 5 5 6 12.9 12.9 12.9 62.094 551 551 0 18.483 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0975 1.1442 37.652 16 5 Leave out requantified 1.0837 1.1029 0.72092 1.0585 1.2861 1.0674 15.324 33.296 44.428 5 5 6 3 0 2 Median Leave out requantified Leave out requantified 10.5 10.5 12.9 374490000 206730000 167760000 110530000 53926000 56608000 118030000 63021000 55012000 145930000 89786000 56141000 497 2631;3713;4899;7699;9106;17328 True;True;True;True;True;True 2695;3802;5007;7849;9290;17677 9100;9101;9102;12895;12896;12897;16877;16878;16879;26701;26702;26703;31848;59856;59857;59858 11572;11573;11574;16380;16381;16382;21388;21389;21390;33583;33584;39963;75177;75178;75179;75180;75181 11573;16380;21389;33583;39963;75179 P19623 P19623 10 10 10 Spermidine synthase SRM sp|P19623|SPEE_HUMAN Spermidine synthase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRM PE=1 SV=1 1 10 10 10 9 9 8 9 9 8 9 9 8 45 45 45 33.824 302 302 0 99.977 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.5977 0.74094 28.594 33 11 Leave out requantified 1.1106 0.62112 0.44141 1.1084 0.72276 0.70535 24.224 21.96 37.015 10 12 11 3 5 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 45 45 37.1 1558400000 970200000 588190000 563420000 294640000 268780000 485230000 310790000 174440000 509740000 364770000 144970000 498 65;4727;4728;7202;7203;9268;11175;12479;13338;15402 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 66;4835;4836;7344;7345;9454;11391;12748;13622;15721 206;207;208;209;210;16310;16311;16312;16313;16314;16315;16316;16317;16318;16319;24803;24804;24805;32431;32432;32433;32434;32435;32436;32437;38929;38930;38931;43379;43380;43381;46290;46291;46292;53160;53161 277;278;279;280;281;20713;20714;20715;20716;20717;20718;20719;20720;20721;20722;20723;20724;20725;31174;31175;31176;40703;40704;40705;40706;40707;40708;40709;40710;40711;40712;40713;40714;40715;48686;48687;48688;48689;48690;48691;54125;54126;54127;54128;54129;54130;57829;57830;57831;57832;66555;66556;66557 279;20721;20722;31174;31176;40704;48686;54130;57830;66556 P19784 P19784 6 6 6 Casein kinase II subunit alpha CSNK2A2 sp|P19784|CSK22_HUMAN Casein kinase II subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK2A2 PE=1 SV=1 1 6 6 6 2 6 6 2 6 6 2 6 6 21.7 21.7 21.7 41.213 350 350 0 17.347 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81283 1.2524 49.804 11 6 Leave out requantified NaN 1.0331 0.81283 NaN 1.1702 1.2524 NaN 30.351 55.078 1 4 6 1 3 2 Median Median Leave out requantified 7.4 21.7 21.7 167030000 95351000 71678000 8340400 2118600 6221800 58266000 31128000 27138000 100420000 62104000 38319000 499 3055;5609;7156;10099;16130;17426 True;True;True;True;True;True 3129;5728;7298;10299;16466;17777 10633;10634;10635;19154;19155;24649;24650;35350;35351;55666;55667;60177;60178;60179 13476;13477;13478;24190;30985;30986;44312;44313;69764;69765;75574;75575;75576 13476;24190;30985;44313;69764;75576 P19971 P19971 2 2 2 Thymidine phosphorylase TYMP sp|P19971|TYPH_HUMAN Thymidine phosphorylase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TYMP PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 5.2 5.2 5.2 49.955 482 482 0 4.7413 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96411 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Transcription factor BTF3 BTF3 sp|P20290|BTF3_HUMAN Transcription factor BTF3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BTF3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 35.4 35.4 35.4 22.168 206 206 0 110.24 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0835 1.1223 43.315 27 11 Leave out requantified 1.0395 1.248 0.91213 1.0285 1.4245 1.4553 60.919 42.255 89.65 10 9 8 4 2 5 Leave out requantified Leave out requantified Median 35.4 35.4 35.4 1940500000 1028400000 912140000 657440000 320240000 337200000 611300000 306200000 305100000 671780000 401950000 269830000 503 1197;4535;13283;13510;13793 True;True;True;True;True 1233;4641;13564;13795;14082 4080;4081;4082;4083;4084;4085;15690;15691;15692;15693;46114;46115;46116;46117;46118;46119;46824;46825;46826;46827;46828;46829;46830;46831;46832;47807;47808;47809 5269;5270;5271;5272;5273;5274;5275;5276;5277;19937;19938;19939;57604;57605;57606;57607;57608;57609;57610;58505;58506;58507;58508;58509;58510;58511;58512;58513;58514;59726 5270;19938;57604;58510;59726 P20339 P20339 3 2 2 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11 V-type proton ATPase subunit C 1 ATP6V1C1 sp|P21283|VATC1_HUMAN V-type proton ATPase subunit C 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ATP6V1C1 PE=1 SV=4 1 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 27.2 27.2 27.2 43.941 382 382 0 32.911 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88176 0.98707 33.731 43 23 Leave out requantified 1.0195 0.88176 0.61983 1.0187 1.004 0.96594 22.616 27.02 43.611 15 15 13 8 9 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 27.2 27.2 27.2 1183900000 646900000 537010000 428290000 211640000 216650000 400130000 212630000 187500000 355500000 222640000 132860000 511 2267;4655;5311;6421;6822;7491;12223;12439;13654;14566;15461 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2326;4762;5424;6549;6959;7639;12479;12708;13939;14869;15780 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sapiens OX=9606 GN=DGKA PE=1 SV=3 1 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 3.7 3.7 3.7 82.629 735 735 0.0065161 1.8514 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 3.7 18523000 13250000 5272400 0 0 0 0 0 0 18523000 13250000 5272400 535 6290;16067 True;True 6415;16402 21451;55444 27070;69488 27070;69488 P23786 P23786 2 2 2 Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial CPT2 sp|P23786|CPT2_HUMAN Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CPT2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 3.6 3.6 3.6 73.776 658 658 0.00092807 2.5046 By MS/MS 1.1868 1.1588 60.746 2 1 Median 1.1868 NaN NaN 1.1588 NaN NaN 60.746 NaN NaN 2 0 0 1 0 0 Median Median Median 3.6 0 0 23155000 11561000 11594000 23155000 11561000 11594000 0 0 0 0 0 0 536 14215;18628 True;True 14509;18995 49177;49178;64182 61413;61414;80520 61413;80520 P23919 P23919 11 11 11 Thymidylate kinase DTYMK sp|P23919|KTHY_HUMAN Thymidylate kinase OS=Homo sapiens OX=9606 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RNA polymerase II subunit RPB1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2A PE=1 SV=2 1 5 5 5 1 3 3 1 3 3 1 3 3 4.4 4.4 4.4 217.17 1970 1970 0 12.813 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74475 0.92822 21.506 5 2 Median NaN 0.76571 0.58258 NaN 0.88969 0.8139 NaN 8.7468 40.422 1 2 2 0 1 1 Median Median Median 1.4 3 2.8 65969000 37994000 27976000 13238000 6398200 6839900 29708000 16331000 13377000 23024000 15265000 7759100 542 8182;13533;16472;18745;18746 True;True;True;True;True 8346;13818;16811;19116;19117 28362;46893;56771;64540;64541;64542;64543 35624;58592;71154;81015;81016;81017;81018;81019 35624;58592;71154;81018;81019 P24941;Q00526 P24941 10;3 8;1 8;1 Cyclin-dependent kinase 2 CDK2 sp|P24941|CDK2_HUMAN Cyclin-dependent kinase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDK2 PE=1 SV=2 2 10 8 8 9 10 7 7 8 5 7 8 5 45 38.6 38.6 33.929 298 298;305 0 37.334 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84937 0.92178 18.347 23 4 Leave out requantified 0.90308 0.86578 0.56273 0.90133 0.97044 0.93128 2.9149 18.423 14.325 8 9 6 2 1 1 Leave 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Leave out requantified 8 4.3 8.6 141350000 88633000 52717000 59811000 32417000 27394000 30335000 21631000 8704700 51204000 34585000 16618000 560 5927;9350;11622;13573;13612;17676 True;True;True;True;True;True 6050;9539;11849;13858;13897;18030 20240;20241;20242;32783;32784;32785;40373;47030;47031;47032;47161;47162;61006 25539;25540;25541;41148;41149;41150;50466;58767;58923;58924;58925;76616 25540;41150;50466;58767;58925;76616 P26640 P26640 40 40 40 Valine--tRNA ligase VARS sp|P26640|SYVC_HUMAN Valine--tRNA ligase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VARS PE=1 SV=4 1 40 40 40 36 36 36 36 36 36 36 36 36 39.4 39.4 39.4 140.47 1264 1264 0 285.94 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86206 0.9597 17.434 140 42 Leave out requantified 0.99153 0.84231 0.59013 0.95978 0.9597 0.9327 15.534 20.018 28.925 49 46 45 14 12 16 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34.8 34.5 35.8 11795000000 6738400000 5057100000 4451900000 2322800000 2129100000 3656300000 2031100000 1625200000 3687300000 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50 35.554 318 318 0 228.55 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0132 1.1358 28.302 79 17 Leave out requantified 1.0347 1.0265 0.8901 1.0039 1.1494 1.4416 25.484 23.477 46.158 28 25 26 5 6 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 49.7 49.7 46.9 8855800000 4470200000 4385600000 3315600000 1610800000 1704800000 2873100000 1404300000 1468900000 2667100000 1455200000 1211900000 569 3169;3422;5697;5698;5699;6244;7485;8815;8816;8843;9088;9122;9618;11973;12045;12998;16294;17875 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3246;3507;5817;5818;5819;6369;7633;8992;8993;9020;9272;9306;9810;12226;12299;13273;16630;18229 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48.766 3 3 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 1.3 1.3 1.3 34709000 22743000 11965000 10650000 6859700 3789900 12023000 7633000 4390500 12036000 8250700 3785000 575 16412 True 16750 56575;56576;56577 70905;70906;70907 70907 P28838 P28838 8 8 8 Cytosol aminopeptidase LAP3 sp|P28838|AMPL_HUMAN Cytosol aminopeptidase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LAP3 PE=1 SV=3 1 8 8 8 4 5 7 4 5 7 4 5 7 18.9 18.9 18.9 56.166 519 519 0 23.804 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75519 0.81343 71.073 15 8 Leave out requantified 1.1767 0.5981 0.50188 1.1403 0.6677 0.69561 32.227 43.673 82.626 4 5 6 1 3 4 Leave out requantified Median Median 10.6 12.3 16.8 244090000 136940000 107150000 72804000 29690000 43114000 85070000 51596000 33474000 86216000 55653000 30563000 576 3824;4541;6148;9792;13244;13981;15814;15949 True;True;True;True;True;True;True;True 3915;4647;6273;9986;13525;14272;16143;16279 13304;13305;13306;15713;15714;15715;20965;20966;34304;45981;45982;48451;54629;54630;54631;54632;55078 16937;16938;16939;19962;19963;26462;26463;43036;57409;57410;60492;68440;68441;68442;68443;69007 16938;19963;26463;43036;57410;60492;68443;69007 P29083 P29083 5 5 5 General transcription factor IIE subunit 1 GTF2E1 sp|P29083|T2EA_HUMAN General transcription factor IIE subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF2E1 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 21.6 21.6 21.6 49.452 439 439 0 25.747 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74885 0.98533 12.168 21 8 Leave out requantified 0.93112 0.86037 0.56507 0.89094 1.026 0.88322 10.912 17.76 20.632 7 7 7 3 3 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.6 21.6 21.6 593670000 328720000 264950000 221580000 114770000 106800000 189420000 103670000 85746000 182670000 110270000 72402000 577 2022;2354;4508;5302;6481 True;True;True;True;True 2076;2415;4614;5415;6609 6907;6908;6909;8125;8126;8127;8128;8129;8130;8131;8132;15591;15592;15593;15594;18141;18142;18143;22045;22046;22047 8856;8857;8858;8859;10411;10412;10413;10414;10415;10416;10417;10418;10419;10420;19802;19803;19804;19805;22908;22909;22910;27810;27811;27812 8858;10414;19804;22909;27811 P29084 P29084 6 6 6 Transcription initiation factor IIE subunit beta GTF2E2 sp|P29084|T2EB_HUMAN Transcription initiation factor IIE subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF2E2 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 5 3 4 5 3 4 5 3 30.2 30.2 30.2 33.043 291 291 0 26.664 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0121 1.1667 22.316 12 6 Leave out requantified 1.4676 1.0048 1.2853 1.1314 1.2055 1.9943 22.257 26.093 53.43 4 5 3 2 2 2 Linear Leave out requantified Plateau 21 27.8 18.6 397910000 191230000 206680000 139860000 62419000 77441000 153160000 77803000 75357000 104890000 51005000 53881000 578 1038;5786;6269;8017;13009;15299 True;True;True;True;True;True 1068;5907;6394;8173;13286;15615 3533;19782;19783;19784;21381;21382;21383;27802;45113;45114;45115;52782 4554;24948;24949;24950;26982;26983;26984;34966;56295;56296;56297;56298;56299;66057 4554;24949;26984;34966;56296;66057 P29144 P29144 2 2 2 Tripeptidyl-peptidase 2 TPP2 sp|P29144|TPP2_HUMAN Tripeptidyl-peptidase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPP2 PE=1 SV=4 1 2 2 2 1 0 1 1 0 1 1 0 1 2.7 2.7 2.7 138.35 1249 1249 0 3.9555 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 1.4 0 1.4 26268000 11929000 14339000 20561000 6222500 14339000 0 0 0 5706300 5706300 0 579 9144;18675 True;True 9328;19045 31974;64317 40141;80705 40141;80705 P29218 P29218 6 6 6 Inositol monophosphatase 1 IMPA1 sp|P29218|IMPA1_HUMAN Inositol monophosphatase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IMPA1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 27.4 27.4 27.4 30.188 277 277 0 28.365 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.41218 0.52357 83.236 16 9 Leave out requantified 0.66392 0.65317 0.2559 0.66963 0.76173 0.40937 69.717 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130;131;132 29;135;211 P30040 P30040 5 5 5 Endoplasmic reticulum resident protein 29 ERP29 sp|P30040|ERP29_HUMAN Endoplasmic reticulum resident protein 29 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ERP29 PE=1 SV=4 1 5 5 5 3 1 3 3 1 3 3 1 3 20.7 20.7 20.7 28.993 261 261 0 13.42 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.48813 0.6593 61.737 7 4 Median 1.6296 NaN 0.37914 1.6182 NaN 0.55137 14.361 NaN 21.169 3 1 3 1 0 3 Median Median Median 12.3 3.8 12.3 82497000 41520000 40977000 42908000 15003000 27905000 11920000 7037800 4882000 27669000 19479000 8190100 584 5669;7985;13017;14703;18153 True;True;True;True;True 5788;8141;13294;15008;18512 19374;27699;45136;50831;50832;50833;62563 24462;34844;56326;63522;63523;63524;78495 24462;34844;56326;63524;78495 P30041 P30041 10 10 10 Peroxiredoxin-6 PRDX6 sp|P30041|PRDX6_HUMAN Peroxiredoxin-6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX6 PE=1 SV=3 1 10 10 10 9 10 8 9 10 8 9 10 8 48.2 48.2 48.2 25.035 224 224 0 138.16 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80999 0.95615 17.563 31 9 Leave out 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reductase (NADPH) BLVRB sp|P30043|BLVRB_HUMAN Flavin reductase (NADPH) OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BLVRB PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 14.1 14.1 14.1 22.119 206 206 0.00049188 3.2489 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.44261 0.5132 27.243 5 2 Median 0.62858 NaN 0.3429 0.60088 NaN 0.50759 51.184 NaN 4.5962 2 1 2 0 0 2 Median Median Median 14.1 9.2 14.1 115810000 79133000 36673000 43068000 25657000 17410000 22393000 14901000 7492700 50345000 38575000 11770000 586 1933;10839 True;True 1985;11052 6590;6591;6592;37809;37810 8462;8463;8464;47351;47352 8464;47352 P30044 P30044 6 6 6 Peroxiredoxin-5, mitochondrial PRDX5 sp|P30044|PRDX5_HUMAN Peroxiredoxin-5, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX5 PE=1 SV=4 1 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 42.1 42.1 42.1 22.086 214 214 0 49.404 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81438 1.2943 34.417 16 9 Leave out requantified 1.3312 0.57936 0.81438 1.3112 0.67975 1.255 55.238 15.114 50.258 6 5 5 4 2 3 Median Leave out requantified Median 31.3 31.3 33.6 767650000 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Median Leave out requantified 32.2 22 39 463870000 283070000 180790000 209730000 105350000 104380000 91181000 58019000 33162000 162950000 119700000 43253000 588 3914;4970;9499;14403 True;True;True;True 4007;5079;9690;14702 13649;17094;17095;17096;33329;33330;33331;33332;49811;49812;49813;49814 17359;21633;21634;21635;41838;41839;41840;41841;41842;41843;62224;62225;62226;62227 17359;21634;41843;62226 P30048 P30048 7 7 7 Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial PRDX3 sp|P30048|PRDX3_HUMAN Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX3 PE=1 SV=3 1 7 7 7 6 6 7 6 6 7 6 6 7 36.3 36.3 36.3 27.692 256 256 0 42.465 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94222 0.99382 19.354 21 5 Leave out requantified 1.0293 0.94222 0.50657 1.0054 1.1254 0.78758 12.602 11.582 38.577 8 6 7 3 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 30.9 30.9 36.3 1084100000 560710000 523350000 393730000 178060000 215670000 368070000 186510000 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18459;18460;18461;18462;18463;18464;22458;22459;22460;22461;54164;54165;54166;79861;79862;79863;79864;79865 18464;22460;54166;79863;79865 P30101 P30101 6 6 6 Protein disulfide-isomerase A3 PDIA3 sp|P30101|PDIA3_HUMAN Protein disulfide-isomerase A3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDIA3 PE=1 SV=4 1 6 6 6 3 6 5 3 6 5 3 6 5 15.2 15.2 15.2 56.782 505 505 0 10.348 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87097 1.0505 7.0102 12 7 Leave out requantified 1.2598 0.87097 0.52605 1.2495 1.0505 0.77599 16.695 7.6564 26.491 3 5 4 2 2 3 Plateau Leave out requantified Median 5.9 15.2 13.3 202200000 120130000 82065000 35264000 19242000 16021000 95233000 53992000 41241000 71703000 46899000 24804000 594 5105;5225;6168;9436;11061;18477 True;True;True;True;True;True 5215;5336;6293;9625;11276;18842 17532;17533;17887;17888;17889;21051;21052;21053;33082;33083;38556;38557;38558;63652 22187;22601;22602;22603;22604;26572;26573;26574;41516;41517;48247;48248;48249;79857 22187;22603;26574;41517;48248;79857 P30153;P30154 P30153 23;4 23;4 23;4 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform PPP2R1A sp|P30153|2AAA_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP2R1A PE=1 SV=4 2 23 23 23 22 23 22 22 23 22 22 23 22 48.9 48.9 48.9 65.308 589 589;601 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75263 0.89729 17.138 105 22 Leave out requantified 1.0215 0.77922 0.51863 0.97903 0.89989 0.83493 21.695 14.97 27.718 34 37 34 7 7 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 47.5 48.9 47.5 12364000000 7111200000 5252400000 4464100000 2284400000 2179700000 3959700000 2215700000 1744000000 3939800000 2611100000 1328700000 595 722;1608;2798;3484;4182;4282;4741;7166;7748;10701;11114;11499;12067;12267;13277;14004;14173;15505;15506;17271;17332;17390;18655 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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133 350 P30260 P30260 3 3 3 Cell division cycle protein 27 homolog CDC27 sp|P30260|CDC27_HUMAN Cell division cycle protein 27 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC27 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 1 3 3 1 3 3 1 3 3.4 3.4 3.4 91.866 824 824 0 5.4539 By MS/MS By matching By MS/MS 0.69732 0.97984 63.061 7 4 Median 0.47189 NaN 0.69732 0.46944 NaN 1.0413 56.974 NaN 84.58 3 1 3 2 0 2 Median Median Median 3.4 1.2 3.4 103110000 65257000 37852000 43998000 28947000 15051000 17101000 9696800 7404300 42010000 26613000 15397000 596 3000;9875;10707 True;True;True 3074;10069;10919 10453;10454;34565;34566;34567;37369;37370 13273;13274;43355;46806;46807 13273;43355;46807 P30419;O60551 P30419 7;2 7;2 7;2 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 NMT1 sp|P30419|NMT1_HUMAN Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NMT1 PE=1 SV=2 2 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 19 19 19 56.806 496 496;498 0 68.558 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95671 1.0742 15.617 32 7 Leave out requantified 1.0067 0.92197 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flavoprotein subunit, mitochondrial SDHA sp|P31040|SDHA_HUMAN Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SDHA PE=1 SV=2 1 9 9 9 8 9 7 8 9 7 8 9 7 19.9 19.9 19.9 72.691 664 664 0 77.183 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71093 0.97236 14.049 23 4 Leave out requantified 1.0869 0.71093 0.63411 1.0608 0.82402 1.0025 16.685 15.741 15.953 8 8 7 2 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.3 19.9 13 639280000 341910000 297370000 235040000 101400000 133640000 221330000 125710000 95621000 182910000 114800000 68110000 605 62;4819;5820;7505;12642;16575;17806;17918;18195 True;True;True;True;True;True;True;True;True 63;4927;5942;7653;12913;16917;18160;18273;18554 201;16608;16609;16610;19887;19888;19889;26015;26016;26017;43918;43919;43920;57144;57145;57146;61431;61432;61790;61791;61792;62684;62685;62686 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kinase TTK OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTK PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.5 1.5 1.5 97.071 857 857 0 3.8571 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 1.5 8643500 6732700 1910800 0 0 0 0 0 0 8643500 6732700 1910800 628 5715 True 5835 19548 24677 24677 P33991;Q9UJA3 P33991 39;1 39;1 39;1 DNA replication licensing factor MCM4 MCM4 sp|P33991|MCM4_HUMAN DNA replication licensing factor MCM4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MCM4 PE=1 SV=5 2 39 39 39 35 31 33 35 31 33 35 31 33 54 54 54 96.557 863 863;840 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87739 0.99175 19.321 149 45 Leave out requantified 1.0455 0.88849 0.59668 1.032 1.01 0.93232 19.399 25.822 25.481 51 49 49 13 17 15 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 48.6 40 42.8 17426000000 9821500000 7604700000 6014400000 3084200000 2930100000 6047200000 3293600000 2753600000 5364600000 3443600000 1921000000 629 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subunit 1 RFC1 sp|P35251|RFC1_HUMAN Replication factor C subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RFC1 PE=1 SV=4 1 3 3 3 1 0 3 1 0 3 1 0 3 3.4 3.4 3.4 128.25 1148 1148 0 11.385 By MS/MS By MS/MS 0.97579 1.1437 22.367 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 1 0 3.4 17437000 9624900 7812500 8485300 4312700 4172600 0 0 0 8952200 5312200 3640000 642 37;95;5982 True;True;True 38;98;6106 128;319;20412;20413 173;423;25758;25759 173;423;25759 P35268 P35268 5 5 5 60S ribosomal protein L22 RPL22 sp|P35268|RL22_HUMAN 60S ribosomal protein L22 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL22 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 5 52.3 52.3 52.3 14.787 128 128 0 86.195 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97521 1.1494 17.768 20 0 Leave out requantified 1.0964 1.1236 0.83309 1.0461 1.2651 1.263 14.05 12.359 53.324 7 7 6 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 52.3 40.6 52.3 4418500000 2154500000 2264100000 1629700000 758870000 870810000 1467600000 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TAGLN2 sp|P37802|TAGL2_HUMAN Transgelin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TAGLN2 PE=1 SV=3 1 9 9 9 9 8 9 9 8 9 9 8 9 59.3 59.3 59.3 22.391 199 199 0 144.03 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74475 0.8537 29.308 41 13 Leave out requantified 1.1558 0.72406 0.43221 1.1024 0.81038 0.68248 17.277 13.505 31.293 13 14 14 3 5 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 59.3 53.8 59.3 3890300000 2281600000 1608700000 1221800000 533030000 688730000 1062700000 609800000 452890000 1605900000 1138800000 467080000 669 2175;2344;4240;6439;12132;12668;13304;15984;18457 True;True;True;True;True;True;True;True;True 2231;2405;4341;6567;12387;12939;12940;13585;16315;16316;18822 7453;7454;7455;7456;7457;7458;8091;8092;8093;8094;8095;8096;14712;14713;14714;14715;21908;21909;21910;42145;42146;42147;44019;44020;44021;46176;46177;46178;46179;46180;55166;55167;55168;55169;55170;55171;63588;63589;63590;63591;63592;63593;63594 9567;9568;9569;9570;9571;9572;9573;10368;10369;10370;10371;10372;10373;10374;10375;10376;18687;18688;18689;18690;18691;18692;27621;27622;27623;52650;52651;52652;52653;52654;52655;54924;54925;54926;54927;57695;57696;57697;57698;57699;57700;69120;69121;69122;69123;69124;69125;69126;69127;69128;79776;79777;79778;79779;79780;79781;79782;79783;79784;79785 9569;10368;18692;27623;52651;54926;57699;69128;79781 157 130 P37840;Q16143 P37840 5;1 5;1 5;1 Alpha-synuclein SNCA sp|P37840|SYUA_HUMAN Alpha-synuclein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNCA PE=1 SV=1 2 5 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 44.3 44.3 44.3 14.46 140 140;134 0 20.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92873 1.0405 49.203 16 4 Leave out requantified 1.1109 0.81013 0.88422 1.1183 0.92578 1.4726 50.32 48.386 68.507 7 5 4 3 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 44.3 32.9 32.9 449400000 222420000 226980000 211450000 101710000 109740000 132380000 73495000 58888000 105560000 47214000 58346000 670 753;3650;3651;15847;16432 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P40925 P40925 1 1 1 Malate dehydrogenase, cytoplasmic MDH1 sp|P40925|MDHC_HUMAN Malate dehydrogenase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH1 PE=1 SV=4 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 5.1 5.1 5.1 36.426 334 334 0 6.4739 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 0 0 0 Median Median Median 5.1 0 5.1 9472800 5721700 3751200 9472800 5721700 3751200 0 0 0 0 0 0 689 17258 True 17606 59554;59555 74800;74801 74801 P40926 P40926 6 6 6 Malate dehydrogenase, mitochondrial MDH2 sp|P40926|MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MDH2 PE=1 SV=3 1 6 6 6 5 6 5 5 6 5 5 6 5 22.2 22.2 22.2 35.503 338 338 0 26.729 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64058 0.78625 17.717 15 3 Leave out requantified 0.94775 0.65839 0.44809 0.95267 0.80087 0.7053 18.34 20.67 16.8 5 5 5 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.6 22.2 15.7 436630000 259470000 177170000 169090000 90863000 78232000 139190000 81532000 57660000 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4229;18443;19779;19780;19781;19782;19783;19784;70917;70918;70919;70920;70921;70922;70923;78051;78052;78053 4229;18443;19784;70922;78051 P40939 P40939 19 19 19 Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial;Long-chain enoyl-CoA hydratase;Long chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase HADHA sp|P40939|ECHA_HUMAN Trifunctional enzyme subunit alpha, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADHA PE=1 SV=2 1 19 19 19 16 16 16 16 16 16 16 16 16 35.9 35.9 35.9 82.999 763 763 0 175.86 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9552 1.1274 32.533 68 28 Leave out requantified 0.99746 1.01 0.76593 0.98739 1.2176 1.1737 25.267 30.652 32.018 24 24 20 10 9 9 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 28.2 29.2 29.1 2455400000 1305600000 1149800000 823940000 417230000 406710000 865850000 450280000 415570000 765610000 438050000 327560000 693 1891;2668;2974;4608;5010;5519;5791;5944;6372;7082;8083;11627;11820;11903;12984;14212;15666;16007;16480 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1943;2732;3047;4715;5119;5637;5912;6067;6497;7222;8242;11854;12063;12152;13259;14506;15993;16342;16819 6407;6408;6409;6410;6411;6412;9242;9243;9244;9245;9246;9247;9248;10348;10349;10350;15926;17227;17228;17229;17230;17231;17232;17233;18845;18846;18847;18848;18849;19794;19795;19796;20292;21708;21709;21710;24306;28010;28011;40386;40387;41074;41075;41076;41344;41345;41346;45016;45017;45018;45019;45020;45021;45022;49167;49168;49169;54056;54057;54058;54059;54060;54061;55262;55263;55264;56796;56797;56798;56799;56800;56801 8263;8264;8265;8266;8267;8268;11743;11744;11745;11746;11747;13135;13136;13137;13138;13139;20248;21807;21808;21809;21810;21811;21812;21813;21814;21815;21816;21817;23794;23795;23796;23797;23798;24961;24962;24963;25612;27371;27372;27373;27374;30628;35214;35215;50480;50481;50482;51319;51320;51321;51322;51323;51324;51655;51656;51657;51658;56165;56166;56167;56168;56169;56170;56171;61402;61403;61404;67723;67724;67725;67726;67727;67728;67729;67730;67731;69254;69255;71187;71188;71189;71190;71191;71192 8266;11743;13135;20248;21808;23798;24963;25612;27373;30628;35214;50481;51324;51655;56169;61404;67730;69254;71189 P41091;Q2VIR3 P41091;Q2VIR3 21;16 21;16 21;16 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3;Putative eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3-like protein EIF2S3;EIF2S3L sp|P41091|IF2G_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2S3 PE=1 SV=3;sp|Q2VIR3|IF2GL_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3B 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Eukaryotic translation initiation factor 2D EIF2D sp|P41214|EIF2D_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2D PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 5 5 5 64.706 584 584 0 8.2172 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93524 1.1698 0.05985 6 0 Leave out requantified 1.0154 1.0021 0.87531 0.9868 1.2 1.274 19.589 3.6573 12.003 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 5 5 5 121360000 61700000 59663000 40795000 21051000 19743000 37878000 18181000 19697000 42691000 22468000 20223000 695 10937;14735 True;True 11151;15040 38121;38122;38123;50910;50911;50912 47727;63612;63613;63614;63615 47727;63615 P41223 P41223 4 4 4 Protein BUD31 homolog BUD31 sp|P41223|BUD31_HUMAN Protein BUD31 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BUD31 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 1 1 3 1 1 3 1 1 33.3 33.3 33.3 17 144 144 0 8.7549 By MS/MS By matching By MS/MS 0.91706 0.96772 40.089 4 2 Median 0.97337 NaN NaN 0.97405 NaN NaN 16.664 NaN NaN 2 1 1 1 0 1 Median Median Median 25.7 6.9 7.6 41242000 24745000 16498000 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Elongation factor Ts, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSFM PE=1 SV=2 1 9 9 9 8 8 6 8 8 6 8 8 6 34.2 34.2 34.2 35.39 325 325 0 51.201 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85337 1.0184 21.843 22 9 Leave out requantified 0.90555 0.86334 0.63133 0.88527 0.98007 0.96483 28.448 18.39 25.954 8 8 6 3 3 3 Leave out requantified Leave out requantified Median 25.8 34.2 23.4 553890000 318510000 235390000 175010000 91764000 83250000 229190000 124100000 105090000 149690000 102640000 47048000 723 3630;4918;5918;5919;8671;9999;12771;16108;18436 True;True;True;True;True;True;True;True;True 3717;5027;6041;6042;8845;10197;13045;16444;18801 12625;16943;16944;16945;16946;20215;20216;20217;20218;20219;20220;20221;30080;30081;30082;30083;30084;35016;44368;44369;55584;55585;55586;63515;63516;63517 16036;21470;21471;21472;21473;21474;21475;25505;25506;25507;25508;25509;25510;25511;25512;37801;37802;37803;37804;37805;37806;43908;55358;55359;69655;69656;69657;69658;79674;79675;79676 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BAG6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BAG6 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 3 2 2 3 2 2 3 2 7.2 7.2 7.2 119.41 1132 1132 0 11.106 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.8026 1.8136 56.15 7 4 Median 1.1668 1.8026 0.92789 1.1083 2.0365 1.4197 69.65 37.202 95.969 2 3 2 0 2 2 Median Median Median 3.5 5.8 4.9 231140000 112620000 118520000 60910000 27795000 33115000 91998000 42014000 49984000 78236000 42815000 35421000 734 1213;10157;11517;18831 True;True;True;True 1250;10359;11738;19202 4144;4145;35520;39990;64808;64809;64810 5344;5345;44528;49988;81368;81369;81370 5344;44528;49988;81370 P46459 P46459 24 24 24 Vesicle-fusing ATPase NSF sp|P46459|NSF_HUMAN Vesicle-fusing ATPase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSF PE=1 SV=3 1 24 24 24 20 22 17 20 22 17 20 22 17 35.8 35.8 35.8 82.593 744 744 0 75.244 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81342 0.9383 31.418 64 23 Leave out requantified 0.8583 0.8078 0.56852 0.85434 0.95371 0.89016 30.989 16.717 46.777 24 23 17 12 6 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 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MS/MS 0.91236 0.90735 25.769 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 6.4 6.4 6.4 28364000 14771000 13593000 10762000 5170400 5591900 8949400 4701100 4248300 8652600 4899500 3753100 774 954;18239 True;False 982;18599 3271;3272;3273;3274;62818;62819;62820 4210;4211;4212;4213;4214;78795;78796;78797 4213;78795 P49458 P49458 3 3 3 Signal recognition particle 9 kDa protein SRP9 sp|P49458|SRP09_HUMAN Signal recognition particle 9 kDa protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRP9 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 30.2 30.2 30.2 10.112 86 86 0 11.086 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91772 1.0295 17.079 6 1 Leave out requantified 1.028 NaN 0.6151 0.98675 NaN 0.98083 11.085 NaN 31.389 2 1 3 0 0 1 Median Median Median 30.2 22.1 30.2 360620000 205510000 155110000 112010000 53545000 58465000 67339000 40924000 26414000 181280000 111040000 70233000 775 11449;12711;17890 True;True;True 11668;12985;18244 39794;39795;39796;39797;44190;44191;61713;61714;61715 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E3 SUMO-protein ligase RanBP2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RANBP2 PE=1 SV=2 7 42 42 42 29 36 35 29 36 35 29 36 35 18.4 18.4 18.4 358.2 3224 3224;1758;1758;1765;1765;1748;1756 0 183.69 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7743 0.9623 25.165 106 34 Leave out requantified 1.1009 0.79532 0.60743 1.0984 0.94076 0.89627 26.617 33.385 37.19 31 37 38 8 11 15 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 12.9 15.3 15.6 2811000000 1627400000 1183600000 873420000 461410000 412010000 999730000 586500000 413220000 937890000 579490000 358400000 789 1859;1860;2030;2050;3562;3625;3699;4400;5014;5017;5143;5529;6054;8092;8650;9049;9847;9865;10038;10464;10619;10855;12540;12547;12557;13341;13342;13343;14070;14296;14307;14440;14499;14500;14835;14836;15178;15229;15594;15609;15655;17218 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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P49840 P49840 5 5 5 Glycogen synthase kinase-3 alpha GSK3A sp|P49840|GSK3A_HUMAN Glycogen synthase kinase-3 alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GSK3A PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 4 3 3 4 3 3 4 3 18.4 18.4 18.4 50.98 483 483 0 25.116 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90695 0.94876 0.73155 9 3 Leave out requantified 1.016 1.0134 0.45607 0.95233 1.1493 0.65618 10.62 16.954 51.415 3 4 2 1 2 0 Plateau Median Median 13.5 14.9 13.5 223210000 121010000 102210000 84252000 44688000 39564000 96512000 46856000 49656000 42448000 29462000 12986000 790 2416;11092;14928;16306;17955 True;True;True;True;True 2479;11307;15239;16642;18312 8355;8356;38653;38654;38655;51620;56232;56233;56234;61916 10694;10695;48363;48364;48365;48366;48367;64567;70473;70474;70475;70476;70477;77714 10694;48364;64567;70477;77714 P49841 P49841 3 3 3 Glycogen synthase kinase-3 beta GSK3B sp|P49841|GSK3B_HUMAN Glycogen synthase kinase-3 beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GSK3B PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 14.8 14.8 14.8 46.744 420 420 0 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P49959 7 7 7 Double-strand break repair protein MRE11A MRE11A sp|P49959|MRE11_HUMAN Double-strand break repair protein MRE11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRE11 PE=1 SV=3 1 7 7 7 6 4 4 6 4 4 6 4 4 15.7 15.7 15.7 80.592 708 708 0 14.93 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89266 1.0868 16.524 17 5 Leave out requantified 1.0974 0.8255 0.71582 1.0868 1.0003 1.161 18.34 9.6119 23.615 6 5 6 1 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.7 6.9 7.3 575680000 315070000 260610000 234070000 109780000 124290000 135880000 75274000 60607000 205730000 130020000 75713000 794 6381;7040;7521;9989;10191;12962;13140 True;True;True;True;True;True;True 6506;7179;7669;10187;10393;13237;13420 21729;24141;26069;26070;26071;34983;34984;34985;34986;34987;35638;35639;35640;35641;44949;45610;45611;45612 27392;30452;32767;32768;32769;32770;32771;43869;43870;43871;43872;43873;44685;44686;44687;44688;56083;56909;56910;56911 27392;30452;32768;43871;44686;56083;56909 P50213 P50213 8 8 8 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial IDH3A sp|P50213|IDH3A_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IDH3A PE=1 SV=1 1 8 8 8 8 6 7 8 6 7 8 6 7 23.2 23.2 23.2 39.591 366 366 0 43.003 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80492 0.91742 23.589 23 10 Leave out requantified 0.89227 0.72757 0.62892 0.87532 0.80058 0.96395 23.646 17.456 30.437 8 8 7 3 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.2 18.3 20.5 1413000000 730750000 682290000 511380000 241050000 270330000 513220000 253170000 260050000 388440000 236530000 151900000 795 1987;1988;4279;4587;7380;12705;16175;18233 True;True;True;True;True;True;True;True 2040;2041;4380;4693;7527;12979;16511;18593 6801;6802;6803;6804;6805;6806;14830;14831;14832;14833;15854;15855;15856;25581;44159;44160;44161;44162;55808;55809;55810;62802;62803 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=METAP2 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 15.3 15.3 15.3 52.891 478 478 0 12.452 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.877 0.99271 20.22 11 3 Leave out requantified 1.2191 1.1501 0.69185 1.1984 1.3251 1.0369 16.169 16.685 20.927 4 3 4 1 1 1 Linear Median Median 10 7.3 12.6 187110000 99116000 87998000 72647000 35440000 37207000 54500000 26753000 27747000 59966000 36923000 23043000 801 7507;12098;14005;14544 True;True;True;True 7655;12353;14297;14847 26021;26022;26023;26024;42022;48538;48539;48540;48541;48542;48543;50304 32708;32709;32710;32711;52502;60601;60602;60603;60604;60605;60606;60607;60608;60609;60610;60611;62849 32709;52502;60609;62849 P50748 P50748 1 1 1 Kinetochore-associated protein 1 KNTC1 sp|P50748|KNTC1_HUMAN Kinetochore-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KNTC1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.8 0.8 0.8 250.75 2209 2209 0 3.8623 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.56988 0.76429 29.356 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 0 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membrane protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VAMP7 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 4.1 4.1 4.1 24.935 220 220 0.0056694 1.8902 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 4.1 0 0 6514700 3883100 2631600 6514700 3883100 2631600 0 0 0 0 0 0 825 447 True 461 1539 1973 1973 P51812;Q9UK32;Q15349 P51812 13;4;3 13;4;3 8;1;1 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 RPS6KA3 sp|P51812|KS6A3_HUMAN Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPS6KA3 PE=1 SV=1 3 13 13 8 12 9 9 12 9 9 7 5 5 22 22 15.1 83.735 740 740;745;733 0 34.321 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71502 0.88219 49.822 35 12 Leave out requantified 0.90182 0.75181 0.64887 0.89965 0.88219 1.1232 23.807 55.527 18 11 12 12 3 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.3 15.4 15.8 1560400000 868340000 692080000 503540000 255330000 248210000 501190000 277210000 223980000 555680000 335790000 219890000 826 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19572;66812;66813;66814 19572;66812 P51965 P51965 2 1 1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 UBE2E1 sp|P51965|UB2E1_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2E1 PE=1 SV=1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 13.5 9.3 9.3 21.404 193 193 0 9.6705 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78775 1.1023 27.112 7 5 Median 0.98349 NaN 0.78775 0.97111 NaN 1.2421 30.052 NaN 9.2573 3 1 3 3 0 2 Median Median Median 13.5 13.5 13.5 199940000 111230000 88712000 92512000 48209000 44303000 20350000 13045000 7304900 87080000 49976000 37103000 829 3897;5774 True;False 3990;5894 13595;13596;13597;13598;13599;13600;13601;19738;19739;19740 17292;17293;17294;17295;17296;17297;17298;17299;17300;17301;24899 17292;24899 P51991 P51991 5 5 5 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 HNRNPA3 sp|P51991|ROA3_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPA3 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 2 3 4 2 3 4 2 3 21.7 21.7 21.7 39.594 378 378 0 11.959 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91117 0.99214 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442;6538;11855 1485;1486;21815;21816;40388;40389 1915;1916;27504;27505;50483 1915;27504;50483 P52292 P52292 12 12 12 Importin subunit alpha-1 KPNA2 sp|P52292|IMA1_HUMAN Importin subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA2 PE=1 SV=1 1 12 12 12 11 11 11 11 11 11 11 11 11 28 28 28 57.861 529 529 0 232.24 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88764 0.95448 10.549 42 10 Leave out requantified 0.96926 0.89419 0.53491 0.93784 1.0303 0.86061 10.938 15.17 14.428 14 14 14 3 2 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25.5 26.3 24.8 3200100000 1832300000 1367800000 1158100000 611290000 546830000 1048400000 576780000 471580000 993580000 644200000 349380000 833 3872;5570;6116;7565;10426;11058;12249;12447;12455;12703;13772;15703 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3965;5688;6241;7713;10634;11272;12506;12716;12724;12977;14060;16030 13505;13506;13507;19011;19012;19013;20862;20863;20864;20865;20866;20867;26224;26225;26226;36477;36478;36479;36480;36481;36482;38547;38548;42548;42549;42550;42551;43283;43284;43285;43304;43305;43306;43307;43308;44154;44155;47708;47709;54197;54198;54199 17192;17193;24010;24011;26349;26350;26351;26352;26353;26354;26355;26356;26357;32961;32962;32963;32964;32965;45692;45693;45694;45695;45696;45697;45698;45699;45700;48234;48235;53123;53124;53125;53126;53995;53996;53997;53998;53999;54000;54025;54026;54027;54028;55085;55086;55087;59606;59607;67908;67909;67910;67911;67912;67913 17193;24011;26350;32963;45696;48235;53123;53999;54028;55087;59607;67909 P52294;O15131 P52294 6;2 4;0 4;0 Importin subunit alpha-5;Importin subunit alpha-5, N-terminally processed KPNA1 sp|P52294|IMA5_HUMAN Importin subunit alpha-5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KPNA1 PE=1 SV=3 2 6 4 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 15.2 10.6 10.6 60.221 538 538;536 0 4.7288 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71192 0.84715 32.663 6 2 Leave out requantified 1.1272 0.71192 0.40047 1.1049 0.79719 0.53608 56.345 41.258 32.052 2 2 2 1 0 1 Median Median Median 10 8 9.5 113730000 66849000 46880000 41028000 22110000 18918000 53023000 31052000 21971000 19678000 13687000 5991200 834 4294;8569;11279;13894;14707;18638 True;False;False;True;True;True 4395;8742;11497;14184;15012;19005 14878;29693;29694;29695;39265;39266;39267;39268;39269;48163;50845;50846;50847;64210 18898;37280;37281;49100;49101;49102;49103;49104;60145;63538;80552 18898;37280;49103;60145;63538;80552 P52306 P52306 13 13 13 Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 RAP1GDS1 sp|P52306|GDS1_HUMAN Rap1 GTPase-GDP dissociation stimulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAP1GDS1 PE=1 SV=3 1 13 13 13 10 10 11 10 10 11 10 10 11 31.6 31.6 31.6 66.316 607 607 0 77.286 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71772 0.84784 42.092 33 18 Leave out requantified 0.92256 0.71328 0.52254 0.92229 0.80695 0.79546 12.36 16.918 48.142 10 11 12 5 6 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 25.2 21.4 27.7 1146200000 714670000 431530000 413290000 239360000 173940000 353250000 219290000 133970000 379650000 256020000 123630000 835 904;4206;4321;4682;8439;11723;11749;12033;12258;14033;14583;15208;16684 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 932;4304;4422;4789;8609;11959;11987;12287;12515;14325;14886;15522;17026 3121;3122;3123;3124;3125;3126;14592;14593;14594;14595;14964;14965;16154;16155;16156;29256;29257;40738;40834;40835;40836;41811;41812;42583;42584;48633;48634;48635;50439;50440;52480;52481;52482;57489;57490;57491 4035;4036;4037;4038;4039;4040;4041;18534;18535;18536;19001;19002;20529;20530;20531;36752;36753;50886;51011;51012;51013;52248;52249;53168;53169;60721;60722;60723;60724;63014;63015;63016;65671;65672;65673;72103;72104;72105;72106;72107 4040;18535;19002;20531;36753;50886;51011;52249;53168;60721;63014;65672;72104 P52434 P52434 1 1 1 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 POLR2H sp|P52434|RPAB3_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2H PE=1 SV=4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 10.7 10.7 10.7 17.143 150 150 0.00092635 2.4868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0883 1.4224 12.138 4 2 Median NaN NaN 0.87914 NaN NaN 1.3419 NaN NaN 18.475 1 1 2 0 0 2 Median Median Median 10.7 10.7 10.7 116500000 63122000 53379000 24508000 11940000 12568000 34350000 18466000 15884000 57643000 32716000 24926000 836 10889 True 11102 37960;37961;37962;37963 47526;47527;47528;47529;47530 47528 P52564;P46734 P52564 8;3 8;3 8;3 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 MAP2K6 sp|P52564|MP2K6_HUMAN Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP2K6 PE=1 SV=1 2 8 8 8 8 5 5 8 5 5 8 5 5 28.1 28.1 28.1 37.492 334 334;347 0 27.494 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79504 0.96374 30.231 17 12 Leave out requantified 0.93771 0.79504 0.48388 0.92119 0.96374 0.76649 74.27 30.231 42.526 8 5 4 7 2 3 Median Leave out requantified Median 28.1 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requantified Leave out requantified Leave out requantified 9.7 12.3 11 1326400000 688150000 638280000 421010000 190320000 230680000 472080000 235160000 236920000 433330000 262660000 170670000 841 511;4596;5953;6395;7834;9424;9425;12355;12789;14959;15195;16047;16932;17131 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 526;4702;6077;6523;7987;9613;9614;12616;13063;15270;15509;16382;17276;17478 1722;1723;15879;15880;15881;20323;20324;21776;21777;21778;27152;27153;27154;33038;33039;33040;33041;33042;33043;42939;42940;42941;44411;51720;52440;52441;52442;52443;52444;55388;55389;55390;58329;58330;58331;59101;59102 2190;2191;20181;20182;20183;20184;25654;25655;27455;27456;27457;34176;34177;34178;41457;41458;41459;41460;41461;41462;53575;53576;53577;53578;55408;64695;65621;65622;65623;65624;65625;65626;65627;65628;69416;69417;69418;73224;73225;73226;74215;74216 2190;20184;25655;27457;34178;41457;41460;53578;55408;64695;65623;69416;73225;74215 P52732 P52732 4 4 4 Kinesin-like protein KIF11 KIF11 sp|P52732|KIF11_HUMAN Kinesin-like protein KIF11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF11 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 2 3 4 2 3 4 2 4.9 4.9 4.9 119.16 1056 1056 0 12.476 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7933 0.85606 34.396 11 1 Leave out requantified 1.1522 0.55092 0.59437 1.0908 0.65728 0.82061 22.566 36.177 4.1439 4 5 2 0 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 3.9 4.9 2.6 173180000 98356000 74826000 62751000 29281000 33470000 82456000 51016000 31440000 27975000 18059000 9916300 842 4566;4870;10712;11246 True;True;True;True 4672;4978;10924;11463 15787;16776;16777;16778;37382;37383;37384;39162;39163;39164;39165 20062;21261;21262;21263;46821;46822;46823;48975;48976 20062;21262;46821;48976 P52789;Q2TB90;P52790 P52789 11;1;1 11;1;1 10;0;0 Hexokinase-2 HK2 sp|P52789|HXK2_HUMAN Hexokinase-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HK2 PE=1 SV=2 3 11 11 10 10 9 10 10 9 10 9 8 9 14 14 13.2 102.38 917 917;917;923 0 39.735 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75757 0.93889 29.773 25 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405;35893;39749;48561;48563;49116;55196 P52895 P52895 5 1 1 Aldo-keto reductase family 1 member C2 AKR1C2 sp|P52895|AK1C2_HUMAN Aldo-keto reductase family 1 member C2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AKR1C2 PE=1 SV=3 1 5 1 1 3 5 4 1 1 1 1 1 1 17.3 3.7 3.7 36.735 323 323 0.00049358 3.2888 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 12.7 17.3 15.2 170350000 170350000 0 39678000 39678000 0 39097000 39097000 0 91572000 91572000 0 845 635;3372;6836;10390;10678 False;False;False;True;False 655;3456;6973;10598;10889;10890 2190;11753;11754;23311;23312;23313;36350;36351;36352;36353;37272;37273;37274;37275;37276 2829;14902;14903;29445;29446;29447;29448;29449;45537;45538;45539;45540;46674;46675;46676;46677;46678 2829;14903;29446;45539;46674 198 16 P52907 P52907 7 7 6 F-actin-capping protein subunit alpha-1 CAPZA1 sp|P52907|CAZA1_HUMAN F-actin-capping protein subunit alpha-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAPZA1 PE=1 SV=3 1 7 7 6 7 6 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Nup96 NUP98 sp|P52948|NUP98_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP98 PE=1 SV=4 1 6 6 6 5 4 5 5 4 5 5 4 5 4.7 4.7 4.7 197.58 1817 1817 0 15.078 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85826 1.0039 29.865 13 1 Leave out requantified 1.0598 0.85286 0.69075 1.0578 1.0039 1.1069 20.376 29.865 43.217 4 4 5 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 3.8 2.8 3.7 270500000 150910000 119590000 98456000 52109000 46347000 70693000 37486000 33207000 101350000 61316000 40032000 847 274;590;4733;7057;7084;10280 True;True;True;True;True;True 280;610;4841;7197;7224;10486 922;923;924;2015;2016;2017;16338;16339;16340;24200;24311;35975;35976;35977 1181;1182;1183;1184;2589;20747;20748;20749;20750;30512;30633;45085;45086;45087 1184;2589;20748;30512;30633;45085 P53004 P53004 4 4 4 Biliverdin reductase A BLVRA sp|P53004|BIEA_HUMAN Biliverdin reductase A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BLVRA PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 4 4 2 4 4 2 4 4 14.2 14.2 14.2 33.428 296 296 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phosphodiesterase 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDE1A PE=2 SV=2 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 9 9 9 61.251 535 535 0 12.329 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9729 1.2989 46.491 7 2 Leave out requantified 1.1333 0.74392 0.9729 1.0976 0.87247 1.2989 32.278 7.2302 46.491 2 2 3 1 1 0 Median Median Leave out requantified 4.1 7.1 6.9 123730000 73541000 50187000 31737000 16499000 15237000 24038000 14650000 9387400 67953000 42391000 25562000 870 8552;12567;14120;16086 True;True;True;True 8724;12837;14413;16422 29635;29636;29637;43657;43658;43659;48875;55509;55510 37207;37208;54471;54472;54473;61016;69567;69568 37207;54472;61016;69567 P54819 P54819 14 14 14 Adenylate kinase 2, mitochondrial;Adenylate kinase 2, mitochondrial, N-terminally processed AK2 sp|P54819|KAD2_HUMAN Adenylate kinase 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AK2 PE=1 SV=2 1 14 14 14 14 12 14 14 12 14 14 12 14 64.4 64.4 64.4 26.477 239 239 0 123.98 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76219 0.85882 10.075 70 16 Leave out requantified 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Microfibrillar-associated protein 1 MFAP1 sp|P55081|MFAP1_HUMAN Microfibrillar-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MFAP1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6 4.6 4.6 51.958 439 439 0.00050582 3.6146 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9612 1.0803 14.209 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 4.6 4.6 4.6 24475000 13300000 11175000 7810800 4178700 3632100 7745600 3973400 3772200 8919000 5148300 3770700 879 755 True 780 2623;2624;2625 3379;3380;3381;3382;3383 3383 P55084 P55084 3 3 3 Trifunctional enzyme subunit beta, mitochondrial;3-ketoacyl-CoA thiolase HADHB sp|P55084|ECHB_HUMAN Trifunctional enzyme subunit beta, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADHB PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 2 2 1 2 2 1 2 2 5.7 5.7 5.7 51.294 474 474 0 3.9997 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89758 1.2194 55.19 4 1 Linear NaN 0.56331 NaN NaN 0.6778 NaN NaN 76.63 NaN 1 2 1 0 1 0 Median Median Median 1.7 3.8 3.6 61035000 34884000 26151000 16551000 8317900 8233200 27372000 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2 2 3 17.9 17.9 17.9 24.327 224 224 0 14.259 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73248 0.80909 29.296 6 3 Median 0.93761 0.66695 0.62683 0.94338 0.77544 0.99668 32.016 16.308 47.999 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 9.4 9.4 17.9 132830000 75546000 57281000 44742000 22443000 22299000 37571000 20859000 16712000 50514000 32244000 18270000 885 3912;14229;16255 True;True;True 4005;14523;16591 13645;49224;49225;49226;56064;56065;56066;56067 17356;61487;61488;70249;70250;70251;70252;70253 17356;61487;70251 P55735 P55735 3 3 3 Protein SEC13 homolog SEC13 sp|P55735|SEC13_HUMAN Protein SEC13 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SEC13 PE=1 SV=3 1 3 3 3 1 0 2 1 0 2 1 0 2 13.4 13.4 13.4 35.54 322 322 0 15.502 By MS/MS By MS/MS 0.46489 0.56934 26.584 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 3.4 0 9.9 143410000 91485000 51926000 129550000 80306000 49241000 0 0 0 13864000 11179000 2685100 886 4491;4859;16992 True;True;True 4597;4967;17338 15528;16746;58579 19710;21224;73541 19710;21224;73541 P55769 P55769 5 5 5 NHP2-like protein 1;NHP2-like protein 1, N-terminally processed NHP2L1 sp|P55769|NH2L1_HUMAN NHP2-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNU13 PE=1 SV=3 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 28.1 28.1 28.1 14.173 128 128 0 33.198 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85185 0.91179 6.5099 26 13 Leave out requantified 0.87478 0.86018 0.53575 0.88808 0.93673 0.80821 12.829 13.77 22.088 10 7 9 6 2 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 28.1 28.1 28.1 1902800000 1011300000 891500000 709780000 325600000 384180000 573370000 293630000 279740000 619700000 392120000 227580000 887 1748;1749;9027;10342;13405 True;True;True;True;True 1796;1797;9208;10549;13689 5934;5935;5936;5937;5938;5939;5940;5941;5942;5943;31549;31550;31551;31552;31553;31554;31555;31556;31557;36192;36193;36194;36195;36196;36197;46497;46498;46499;46500 7689;7690;7691;7692;7693;7694;7695;7696;7697;7698;7699;39619;39620;39621;39622;39623;39624;39625;39626;39627;39628;39629;45349;45350;45351;45352;45353;45354;45355;45356;58092;58093;58094;58095;58096;58097 7691;7697;39629;45349;58096 P55795 P55795 8 8 4 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 HNRNPH2 sp|P55795|HNRH2_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPH2 PE=1 SV=1 1 8 8 4 6 7 7 6 7 7 3 3 3 28.3 28.3 16.9 49.263 449 449 0 124.14 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.63622 0.79148 16.245 34 13 Leave out requantified 1.08 0.65288 0.43445 1.0295 0.74939 0.70698 26.26 10.706 25.157 11 12 11 3 5 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21.8 24.5 23.6 2132400000 1265900000 866450000 651390000 313280000 338110000 673300000 398080000 275230000 807690000 554580000 253110000 888 1488;3627;6319;7296;15136;17112;17903;18440 True;True;True;True;True;True;True;True 1529;3714;6444;7441;15450;17459;18257;18805 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Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MARS PE=1 SV=2 1 20 20 20 16 15 17 16 15 17 16 15 17 27.9 27.9 27.9 101.11 900 900 0 120.57 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91804 1.0714 15.477 57 8 Leave out requantified 0.96054 0.95087 0.75476 0.94629 1.0824 1.134 17.499 7.0831 21.823 18 19 20 1 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 22.3 23.9 22.7 3143800000 1653500000 1490400000 1150300000 585960000 564360000 972700000 482280000 490420000 1020800000 585250000 435570000 893 59;237;854;1049;1283;4958;5523;5938;6257;8486;8827;9884;10155;12449;13166;13813;14062;14063;14462;15999 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 60;243;881;1079;1321;5067;5641;6061;6382;8658;9004;10078;10357;12718;13447;14102;14355;14356;14761;16334 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zinc finger protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAZ PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.1 3.1 3.1 48.607 477 477 0 4.2741 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88394 1.0158 16.916 7 3 Median 0.97474 0.87719 0.87692 0.96918 1.0102 1.2225 18.887 0.78448 7.0222 3 2 2 2 0 1 Median Median Median 3.1 3.1 3.1 107890000 53879000 54015000 47661000 24907000 22754000 29594000 13240000 16353000 30639000 15731000 14908000 894 17127 True 17474 59079;59080;59081;59082;59083;59084;59085 74192;74193;74194;74195;74196;74197;74198 74197 P56537 P56537 3 3 3 Eukaryotic translation initiation factor 6 EIF6 sp|P56537|IF6_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF6 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 3 18.8 18.8 18.8 26.599 245 245 0 24.655 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.55222 0.70294 52.043 6 4 Median 1.047 0.45983 0.34437 1.0363 0.52646 0.50332 39.048 25.036 69.584 2 2 2 1 1 2 Median Median Median 13.1 18.8 18.8 192030000 139770000 52263000 57801000 32237000 25564000 70911000 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(guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 5.1 5.1 5.1 45.489 412 412 0.0013736 2.37 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 5.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 899 8429 True 8599 29228 36712 36712 P57678 P57678 5 5 5 Gem-associated protein 4 GEMIN4 sp|P57678|GEMI4_HUMAN Gem-associated protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GEMIN4 PE=1 SV=2 1 5 5 5 4 3 1 4 3 1 4 3 1 5.3 5.3 5.3 120.04 1058 1058 0 13.957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0565 1.2706 10.196 8 4 Leave out requantified 1.2127 0.98995 NaN 1.2198 1.2041 NaN 28.053 4.2706 NaN 4 3 1 2 1 1 Median Median Median 4.4 3.5 1 149260000 74391000 74870000 77576000 35742000 41835000 43295000 23745000 19550000 28389000 14904000 13485000 900 845;3091;11320;13638;14234 True;True;True;True;True 871;3166;11538;13923;14528 2937;2938;10776;39378;39379;47235;47236;49238 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Selenocysteine-specific elongation factor EEFSEC sp|P57772|SELB_HUMAN Selenocysteine-specific elongation factor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EEFSEC PE=1 SV=4 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 7.4 7.4 7.4 65.304 596 596 0 10.312 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.921 1.0758 19.281 6 3 Median 1.0184 0.89127 0.81234 0.98401 1.0374 1.1458 19.203 31.803 15.489 2 2 2 1 2 0 Median Median Median 4.9 5.5 4.9 115010000 65770000 49240000 38416000 21842000 16573000 43198000 23832000 19366000 33396000 20096000 13300000 903 1039;2715;9534 True;True;True 1069;2780;9726 3534;3535;3536;3537;9411;33469;33470 4555;4556;4557;4558;11966;42041 4555;11966;42041 P59998 P59998 2 2 2 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 ARPC4 sp|P59998|ARPC4_HUMAN Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARPC4 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 11.3 11.3 11.3 19.667 168 168 0 13.441 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77455 0.81028 97.164 4 1 Median NaN NaN 1.2943 NaN NaN 1.8858 NaN NaN 145.27 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 6.5 6.5 11.3 143530000 85100000 58434000 46235000 24612000 21624000 36695000 24044000 12651000 60604000 36445000 24159000 904 360;4066 True;True 370;4160 1239;14138;14139;14140 1594;17952;17953;17954;17955;17956 1594;17953 P60174 P60174 10 10 10 Triosephosphate isomerase TPI1 sp|P60174|TPIS_HUMAN Triosephosphate isomerase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPI1 PE=1 SV=3 1 10 10 10 7 8 10 7 8 10 7 8 10 43.4 43.4 43.4 30.791 286 286 0 58.721 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61281 0.82743 11.978 26 7 Leave out requantified 0.90496 0.56948 0.57575 0.88962 0.67659 0.9507 18.434 16.818 10.713 8 8 10 1 2 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 30.1 40.2 43.4 1162600000 719500000 443050000 412870000 223660000 189210000 360080000 237910000 122170000 389600000 257930000 131670000 905 3928;3929;4983;7318;7459;7906;14852;15435;16655;17137 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 4021;4022;5092;7464;7607;8061;15162;15754;16997;17484 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requantified Leave out requantified 43.1 42.7 40.4 5119800000 2576200000 2543600000 2019400000 992670000 1026700000 1697300000 830240000 867030000 1403100000 753240000 649890000 906 4530;7006;7153;9459;9578;9949;10240;11599;11716;11717;11989;12407;12951;13252;14131;14957;16405;17574;18206;18634 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 4636;7144;7295;9648;9770;10145;10444;11823;11951;11952;12242;12671;13226;13533;14424;15268;16743;17926;18565;19001 15676;15677;15678;15679;15680;24001;24636;24637;24638;24639;24640;24641;33176;33177;33178;33179;33180;33181;33600;33601;33602;33603;33604;33605;34842;34843;34844;35788;35789;35790;40275;40276;40277;40711;40712;40713;40714;40715;40716;40717;41672;41673;41674;43128;43129;43130;44918;44919;44920;45997;45998;45999;46000;46001;46002;48911;48912;51715;51716;56553;56554;56555;60653;60654;62713;62714;62715;64200 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Putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 N-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2NL PE=1 SV=1 2 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 50.7 50.7 50.7 17.138 152 152;153 0 31.548 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87397 0.99274 14.423 30 3 Leave out requantified 0.98976 0.81693 0.65616 0.98317 0.95591 1.0855 18.538 17.155 25.222 11 9 10 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 50.7 50.7 50.7 4861100000 2491100000 2370100000 1784400000 818920000 965520000 1511700000 722150000 789590000 1565000000 950010000 614950000 923 2525;7477;8617;9707;10314;10315;11422;16095 True;True;True;True;True;True;True;True 2589;7625;8790;9901;10520;10521;11641;16431 8732;8733;8734;25930;25931;25932;29871;29872;29873;29874;29875;29876;34049;34050;34051;34052;34053;34054;36105;36106;36107;36108;36109;36110;39704;39705;39706;39707;39708;39709;55535;55536;55537 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subunit beta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNB1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 37.377 340 340 0.00048972 3.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84144 0.96272 13.701 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 1 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 76041000 42523000 33518000 25768000 12335000 13433000 24162000 13826000 10337000 26110000 16362000 9748600 987 9885 True 10079 34590;34591;34592 43389;43390;43391;43392 43391 P62875 P62875 2 2 2 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 POLR2L sp|P62875|RPAB5_HUMAN DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POLR2L PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 29.9 29.9 29.9 7.645 67 67 0 5.1274 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70159 1.0888 81.86 7 4 Median 1.2969 1.1192 0.37056 1.2983 1.336 0.52777 89.941 81.527 102.41 2 3 2 1 2 1 Median Median Median 29.9 29.9 29.9 113140000 63442000 49698000 31912000 15045000 16866000 45393000 24076000 21317000 35835000 24320000 11514000 988 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Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP2R2A PE=1 SV=1 2 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 15.2 15.2 15.2 51.691 447 447;447 0 34.828 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91864 0.94123 28.429 10 6 Leave out requantified 0.91864 0.65436 0.34287 0.94123 0.75615 0.5012 22.523 56.183 97.476 3 4 3 0 3 3 Leave out requantified Median Median 12.8 15.2 13.4 410460000 218390000 192060000 74537000 36529000 38008000 168090000 86702000 81389000 167830000 95163000 72666000 1002 2472;5704;9793;17708 True;True;True;True 2536;5824;9987;18062 8537;8538;19500;19501;19502;19503;34305;34306;61105;61106;61107 10905;10906;24628;24629;24630;24631;24632;43037;43038;76743;76744 10906;24632;43038;76743 P63167;Q96FJ2 P63167 4;1 4;1 4;1 Dynein light chain 1, cytoplasmic DYNLL1 sp|P63167|DYL1_HUMAN Dynein light chain 1, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNLL1 PE=1 SV=1 2 4 4 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 51.7 51.7 51.7 10.366 89 89;89 0 36.674 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.5204 0.70218 98.975 8 6 Median 0.80151 0.5475 0.45054 0.79476 0.65737 0.70647 153.68 8.4659 94.584 3 2 3 3 1 2 Median Median Median 33.7 46.1 51.7 389680000 268340000 121340000 148380000 87166000 61215000 119310000 85892000 33417000 121990000 95281000 26711000 1003 2366;11959;12117;18664 True;True;True;True 2427;12212;12372;19033 8171;8172;8173;41546;41547;41548;41549;41550;41551;42092;42093;64286 10461;10462;10463;51892;51893;51894;51895;51896;51897;51898;51899;52584;52585;80656 10461;51899;52584;80656 P63172 P63172 1 1 1 Dynein light chain Tctex-type 1 DYNLT1 sp|P63172|DYLT1_HUMAN Dynein light chain Tctex-type 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DYNLT1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 14.2 14.2 14.2 12.452 113 113 0.00047529 2.7757 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 14.2 50201000 16574000 33627000 0 0 0 0 0 0 50201000 16574000 33627000 1004 3240 True 3320 11300 14318 14318 P63173 P63173 3 3 3 60S ribosomal protein L38 RPL38 sp|P63173|RL38_HUMAN 60S ribosomal protein L38 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL38 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 32.9 32.9 32.9 8.2178 70 70 0 8.5149 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1086 1.2497 13.353 9 4 Leave out requantified 0.8445 1.3557 0.26225 0.82794 1.6096 0.41982 78.401 49.142 153.36 5 2 2 3 0 1 Median Median Median 32.9 32.9 32.9 317630000 207230000 110400000 131370000 86455000 44915000 79128000 43607000 35521000 107140000 77171000 29965000 1005 7586;8889;13488 True;True;True 7734;9068;13773 26310;26311;26312;31001;31002;31003;31004;31005;31006;46769;46770;46771 33079;33080;33081;33082;38979;38980;38981;38982;38983;38984;58434;58435;58436;58437;58438;58439;58440;58441;58442;58443;58444;58445 33082;38981;58444 P63208 P63208 7 7 7 S-phase kinase-associated protein 1 SKP1 sp|P63208|SKP1_HUMAN S-phase kinase-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SKP1 PE=1 SV=2 1 7 7 7 5 3 7 5 3 7 5 3 7 50.3 50.3 50.3 18.658 163 163 0 30.914 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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NaN 1 1 1 0 1 1 Median Median Median 21.7 21.7 21.7 111330000 77402000 33928000 49253000 33990000 15263000 31507000 22866000 8640800 30570000 20546000 10025000 1007 2356 True 2417 8135;8136;8137 10423;10424;10425;10426 10425 P63241;Q9GZV4;Q6IS14 P63241;Q9GZV4;Q6IS14 11;6;6 11;6;6 11;6;6 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1;Eukaryotic translation initiation factor 5A-2;Eukaryotic translation initiation factor 5A-1-like EIF5A;EIF5A2;EIF5AL1 sp|P63241|IF5A1_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF5A PE=1 SV=2;sp|Q9GZV4|IF5A2_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 5A-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF5A2 PE=1 SV=3;sp|Q6IS14|IF5AL_HUMAN Eukaryotic 3 11 11 11 11 9 11 11 9 11 11 9 11 51.3 51.3 51.3 16.832 154 154;153;154 0 139.65 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.024 1.1155 16.091 68 21 Leave out requantified 1.1771 0.94345 0.85576 1.174 1.0814 1.4206 10.489 18.752 38.842 24 19 25 7 6 8 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 51.3 51.3 51.3 12759000000 6712700000 6045900000 4315900000 1985800000 2330000000 3449700000 1889000000 1560700000 4993000000 2837800000 2155200000 1008 3388;3389;8539;9307;9308;10760;12039;13842;17119;18373;18374 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3472;3473;8711;9494;9495;9496;10972;12293;14132;17466;18737;18738;18739 11804;11805;11806;11807;11808;11809;11810;11811;11812;11813;11814;11815;11816;11817;11818;11819;29581;29582;29583;32598;32599;32600;32601;32602;32603;32604;32605;32606;32607;32608;32609;32610;32611;32612;32613;32614;32615;32616;32617;32618;32619;32620;32621;37549;37550;41832;41833;41834;41835;47973;47974;47975;47976;47977;47978;59051;59052;59053;59054;59055;59056;63267;63268;63269;63270;63271;63272;63273;63274;63275;63276 14960;14961;14962;14963;14964;14965;14966;14967;14968;14969;14970;14971;14972;14973;14974;14975;14976;14977;14978;14979;14980;37140;37141;37142;37143;37144;37145;40917;40918;40919;40920;40921;40922;40923;40924;40925;40926;40927;40928;40929;40930;40931;40932;40933;40934;40935;40936;40937;40938;40939;40940;40941;40942;40943;40944;40945;47034;52269;52270;52271;52272;52273;59930;59931;59932;59933;59934;59935;59936;74159;74160;74161;74162;74163;74164;74165;74166;74167;74168;79369;79370;79371;79372;79373;79374;79375;79376;79377;79378;79379;79380 14960;14972;37143;40937;40938;47034;52271;59936;74162;79376;79379 239 79 P63244 P63244 7 7 7 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1;Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1, N-terminally processed GNB2L1 sp|P63244|RACK1_HUMAN Receptor of activated protein C kinase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RACK1 PE=1 SV=3 1 7 7 7 6 5 7 6 5 7 6 5 7 23 23 23 35.076 317 317 0 17.724 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73677 1.0111 18.356 19 6 Leave out requantified 0.91321 0.58843 0.75349 0.91765 0.70142 1.2194 17.571 17.686 45.338 7 6 6 3 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 20.5 19.9 23 747950000 460170000 287780000 261420000 138950000 122480000 229330000 142290000 87041000 257200000 178940000 78263000 1009 2226;7899;7900;12943;16099;18106;18819 True;True;True;True;True;True;True 2283;8054;8055;13218;16435;18465;19190 7624;7625;27385;27386;27387;27388;27389;27390;27391;27392;27393;27394;44888;44889;44890;44891;55550;55551;55552;55553;55554;62421;62422;64781;64782;64783 9804;34463;34464;34465;34466;34467;34468;34469;34470;34471;55993;55994;55995;55996;55997;55998;69619;69620;69621;69622;69623;78353;78354;81333;81334;81335 9804;34463;34468;55993;69621;78353;81333 P63279 P63279 3 3 3 SUMO-conjugating enzyme UBC9 UBE2I sp|P63279|UBC9_HUMAN SUMO-conjugating enzyme UBC9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2I PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 3 2 2 3 2 2 3 2 14.6 14.6 14.6 18.007 158 158 0 15.733 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.52112 0.58275 1.7755 7 1 Leave out requantified 0.69009 0.50421 0.28375 0.70106 0.56128 0.48801 2.2186 7.9913 16.288 2 3 2 0 0 1 Median Median Median 14.6 14.6 14.6 349600000 251810000 97788000 103760000 65724000 38036000 136080000 98739000 37345000 109750000 87346000 22407000 1010 2195;6715;11718 True;True;True 2252;6846;11953 7535;22850;22851;22852;40718;40719;40720;40721 9680;28854;28855;28856;50867;50868;50869;50870 9680;28856;50869 P67775;P62714 P67775;P62714 4;2 4;2 4;2 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform;Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit beta isoform PPP2CA;PPP2CB sp|P67775|PP2AA_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP2CA PE=1 SV=1;sp|P62714|PP2AB_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit beta isoform OS=Homo sapiens OX=9606 G 2 4 4 4 2 2 4 2 2 4 2 2 4 18.4 18.4 18.4 35.594 309 309;309 0 58.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6768 0.7881 5.107 8 4 Leave out requantified 0.66355 0.6768 0.62289 0.64356 0.7881 0.89958 15.701 5.107 30.783 2 2 4 1 0 3 Median Median Median 7.4 6.8 18.4 292000000 179280000 112710000 83746000 49136000 34611000 88006000 49994000 38012000 120240000 80154000 40089000 1011 3951;10884;13273;14871 True;True;True;True 4044;11097;13554;15181 13770;13771;37943;46075;46076;46077;51405;51406 17513;17514;47506;57545;57546;57547;64264;64265 17514;47506;57545;64264 P67809;Q9Y2T7 P67809 11;1 11;1 9;0 Nuclease-sensitive element-binding protein 1 YBX1 sp|P67809|YBOX1_HUMAN Nuclease-sensitive element-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YBX1 PE=1 SV=3 2 11 11 9 11 10 9 11 10 9 9 9 8 48.8 48.8 43.8 35.924 324 324;364 0 147.8 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9967 1.0001 19.097 42 12 Leave out requantified 0.96766 0.98616 0.88551 0.93944 1.1301 1.2869 15.933 17.081 60.91 15 14 13 4 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 48.8 43.8 43.8 1824300000 933040000 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subunit beta CSNK2B sp|P67870|CSK2B_HUMAN Casein kinase II subunit beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CSNK2B PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 4 4 23.7 23.7 23.7 24.942 215 215 0 12.856 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8225 0.97356 8.7237 12 4 Leave out requantified 0.99597 0.8225 0.64857 0.93669 0.91408 0.97356 9.464 10.809 35.395 3 4 5 0 1 3 Leave out requantified Leave out requantified Median 13 23.7 23.7 807090000 496710000 310380000 152230000 73777000 78450000 297300000 193370000 103930000 357560000 229560000 128000000 1013 6063;13850;18115;18708 True;True;True;True 6187;14140;18474;19079 20691;20692;20693;48001;48002;48003;48004;48005;62452;62453;64420;64421;64422 26132;26133;26134;26135;26136;26137;59964;59965;59966;59967;78383;78384;80856;80857;80858;80859;80860 26134;59965;78384;80857 P67936;CON__Q3SX28;P07951;P06753;P09493 P67936;CON__Q3SX28;P07951;P06753 8;4;4;4;3 8;4;4;4;3 8;4;4;4;3 Tropomyosin alpha-4 chain;Tropomyosin beta chain;Tropomyosin alpha-3 chain TPM4;TPM2;TPM3 sp|P67936|TPM4_HUMAN Tropomyosin alpha-4 chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPM4 PE=1 SV=3;;sp|P07951|TPM2_HUMAN Tropomyosin beta chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPM2 PE=1 SV=1;sp|P06753|TPM3_HUMAN Tropomyosin alpha-3 chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TPM3 P 5 8 8 8 4 6 7 4 6 7 4 6 7 35.1 35.1 35.1 28.521 248 248;284;284;285;284 0 19.33 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91939 1.0601 15.303 20 12 Leave out requantified 1.0393 0.91939 0.62737 1.0345 1.0657 1.0159 28.694 56.779 18.733 6 6 8 4 3 5 Median Median Leave out requantified 14.1 25.8 32.3 483810000 251790000 232020000 147360000 69512000 77850000 130970000 67070000 63897000 205480000 115210000 90276000 + 1014 7037;8242;8275;8924;9476;9647;11316;18730 True;True;True;True;True;True;True;True 7176;8407;8440;9104;9665;9840;11534;19101 24128;24129;28565;28566;28567;28701;28702;31140;31141;31142;31143;31144;33248;33249;33859;33860;33861;33862;33863;33864;39370;64489 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requantified 51.7 45.9 50.9 8880700000 4962400000 3918300000 3890500000 1985000000 1905500000 2220000000 1338800000 881280000 2770200000 1638600000 1131500000 1015 509;1600;2708;2729;2937;2938;3798;6881;7219;7220;7221;7804;7805;7934;8598;8706;9531;9572;15327;16696;18681 False;False;False;True;False;False;False;True;False;False;False;False;False;False;False;True;True;False;False;True;True 524;1644;2772;2773;2794;3009;3010;3888;3889;7018;7361;7362;7363;7364;7365;7366;7957;7958;8089;8771;8881;9722;9764;15644;17038;19051;19052 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P78346 P78346 1 1 1 Ribonuclease P protein subunit p30 RPP30 sp|P78346|RPP30_HUMAN Ribonuclease P protein subunit p30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPP30 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.5 7.5 7.5 29.321 268 268 0 7.7581 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0438 1.294 7.4838 4 2 Median NaN NaN 0.83928 NaN NaN 1.288 NaN NaN 4.9753 1 1 2 0 0 2 Median Median Median 7.5 7.5 7.5 83380000 41295000 42085000 19142000 8373300 10768000 23964000 10489000 13475000 40274000 22432000 17841000 1027 6493 True 6621 22081;22082;22083;22084 27851;27852;27853;27854;27855 27853 P78347;Q86UP8;Q6EKJ0 P78347 27;1;1 27;1;1 27;1;1 General transcription factor II-I GTF2I sp|P78347|GTF2I_HUMAN General transcription factor II-I OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF2I PE=1 SV=2 3 27 27 27 22 21 21 22 21 21 22 21 21 34.4 34.4 34.4 112.42 998 998;949;949 0 127.62 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85492 1.057 22.46 73 25 Leave out requantified 0.95926 0.85641 0.60351 0.95745 0.98105 0.94349 12.646 22.379 29.538 26 23 24 9 7 9 Leave out 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subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BLOC1S1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 14.4 14.4 14.4 17.262 153 153 0.00047985 2.9348 By MS/MS By MS/MS 0.87719 0.99761 21.235 3 1 Plateau NaN 0.70004 NaN NaN 0.81873 NaN NaN 27.946 NaN 1 2 0 0 1 0 Median Median Median 7.2 14.4 0 25065000 16550000 8515100 7081600 4920000 2161600 17984000 11630000 6353500 0 0 0 1033 15745;16014 True;True 16073;16349 54393;55277;55278 68163;69272 68163;69272 P80723 P80723 16 16 16 Brain acid soluble protein 1 BASP1 sp|P80723|BASP1_HUMAN Brain acid soluble protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BASP1 PE=1 SV=2 1 16 16 16 15 15 14 15 15 14 15 15 14 92.5 92.5 92.5 22.693 227 227 0 189.7 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87595 0.97437 16.588 75 9 Leave out requantified 1.0132 0.78947 0.87448 0.96613 0.91937 1.3504 16.588 25.435 48.257 28 25 22 4 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 92.5 92.5 82.8 6515000000 3463500000 3051500000 2245800000 1120300000 1125500000 2285400000 1247900000 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1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 12.7 0 0 15845000 3907900 11937000 15845000 3907900 11937000 0 0 0 0 0 0 1035 9962 True 10158 34894 43768 43768 P82979 P82979 6 6 6 SAP domain-containing ribonucleoprotein SARNP sp|P82979|SARNP_HUMAN SAP domain-containing ribonucleoprotein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SARNP PE=1 SV=3 1 6 6 6 4 5 5 4 5 5 4 5 5 34.3 34.3 34.3 23.671 210 210 0 36.842 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0363 1.0519 15.483 14 2 Leave out requantified 1.1766 0.9085 0.73589 1.1324 1.0436 1.0976 8.22 19.1 23.579 4 5 5 0 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.3 29.5 29.5 542870000 274220000 268650000 157820000 73559000 84265000 201760000 99731000 102030000 183280000 100930000 82350000 1036 5018;5019;5022;5330;6349;8495 True;True;True;True;True;True 5127;5128;5131;5443;6474;8667 17256;17257;17258;17259;17260;17267;17268;17269;18224;21622;21623;29430;29431;29432 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protein L24 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL24 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 24.8 24.8 24.8 17.779 157 157 0 25.012 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92136 1.052 10.26 22 11 Leave out requantified 0.95162 1.0647 0.66847 0.96064 1.2476 1.0556 9.6022 68.072 10.741 7 8 7 3 5 3 Leave out requantified Median Leave out requantified 24.8 24.8 24.8 3523400000 1736700000 1786600000 1147600000 563220000 584350000 1225300000 572480000 652780000 1150500000 601010000 549520000 1038 728;1818;16909;17003 True;True;True;True 752;753;1869;17253;17349 2500;2501;2502;2503;2504;2505;2506;2507;2508;2509;6166;6167;6168;6169;6170;58259;58260;58261;58262;58611;58612;58613 3212;3213;3214;3215;3216;3217;3218;3219;3220;3221;3222;3223;3224;3225;3226;3227;3228;3229;7992;7993;7994;7995;7996;73128;73129;73130;73131;73578;73579;73580;73581;73582;73583 3218;7994;73131;73579 260 91 Q969Q0;P83881 Q969Q0;P83881 5;5 5;5 5;5 60S ribosomal protein L36a-like;60S ribosomal protein L36a RPL36AL;RPL36A sp|Q969Q0|RL36L_HUMAN 60S ribosomal protein L36a-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL36AL PE=1 SV=3;sp|P83881|RL36A_HUMAN 60S ribosomal protein L36a OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL36A PE=1 SV=2 2 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 35.8 35.8 35.8 12.469 106 106;106 0 12.719 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92154 0.98821 12.969 16 12 Leave out requantified 0.53994 0.33565 0.25779 0.53725 0.39499 0.40097 101.32 141.94 104.44 6 5 5 4 4 4 Median Median Median 35.8 35.8 35.8 2058500000 1384600000 673930000 797960000 498120000 299830000 488460000 350160000 138300000 772100000 536300000 235800000 1039 6966;6967;8853;9639;13481 True;True;True;True;True 7104;7105;9030;9832;13766 23795;23796;23797;23798;23799;23800;23801;23802;23803;30806;30807;30808;33838;33839;33840;46740;46741;46742;46743;46744;46745 30020;30021;30022;30023;30024;30025;30026;30027;30028;38735;42484;42485;42486;58397;58398;58399;58400;58401;58402 30020;30027;38735;42485;58400 P84022;Q15796;O15198;Q99717;Q15797 P84022;Q15796;O15198 3;3;2;1;1 3;3;2;1;1 3;3;2;1;1 Mothers against decapentaplegic homolog 3;Mothers against decapentaplegic homolog 2;Mothers against decapentaplegic homolog 9 SMAD3;SMAD2;SMAD9 sp|P84022|SMAD3_HUMAN Mothers against decapentaplegic homolog 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAD3 PE=1 SV=1;sp|Q15796|SMAD2_HUMAN Mothers against decapentaplegic homolog 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAD2 PE=1 SV=1;sp|O15198|SMAD9_HUMAN Mothers against deca 5 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 8 8 8 48.08 425 425;467;467;465;465 0 8.8689 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78496 0.92399 3.8007 9 3 Leave out requantified 0.97794 0.78496 0.57222 0.95784 0.92399 0.83557 43.373 3.8007 28.693 3 2 4 1 0 2 Median Median Median 8 5.4 8 251910000 139810000 112100000 100330000 48031000 52299000 65784000 35875000 29909000 85794000 55900000 29894000 1040 4875;16946;18478 True;True;True 4983;17291;18843 16792;16793;58416;58417;58418;58419;63653;63654;63655 21280;21281;73326;73327;73328;73329;73330;79858 21281;73326;79858 P84085 P84085 9 5 4 ADP-ribosylation factor 5 ARF5 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out requantified Leave out requantified 37.5 36.5 34.7 6437400000 3477600000 2959800000 2401100000 1161500000 1239600000 2223600000 1201200000 1022400000 1812700000 1114900000 697770000 1049 1167;1342;1444;2127;2274;2275;2492;2542;2613;2760;3686;4054;5851;6424;6959;7531;7604;7605;8271;8548;8817;9691;9997;10850;10974;11294;13234;13696;14093;14270;14344;14371;14464;15551;15552;15842;16003;16720;17111;17172;17173;17275 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1203;1381;1483;2181;2333;2334;2556;2606;2677;2827;3775;4148;5973;6552;7097;7679;7752;7753;8436;8720;8994;9885;10195;11063;11188;11512;13515;13982;14386;14564;14641;14670;14763;15873;15874;16172;16338;17062;17458;17519;17520;17623 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NF-kappa-B p100 subunit;Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit NFKB2 sp|Q00653|NFKB2_HUMAN Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NFKB2 PE=1 SV=4 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 3.3 3.3 3.3 96.748 900 900 0 4.1614 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70666 0.80022 13.393 4 3 Median 0.82583 NaN 0.52669 0.80022 NaN 0.7809 4.751 NaN 22.574 2 0 2 1 0 2 Median Median Median 3.3 1.3 3.3 62660000 36983000 25677000 36809000 21187000 15623000 0 0 0 25850000 15796000 10054000 1054 14995;18437 True;True 15307;18802 51834;51835;51836;63518;63519 64840;64841;64842;79677;79678 64842;79677 Q00688 Q00688 7 7 7 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3 FKBP3 sp|Q00688|FKBP3_HUMAN Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FKBP3 PE=1 SV=1 1 7 7 7 5 5 6 5 5 6 5 5 6 30.4 30.4 30.4 25.177 224 224 0 51.08 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84161 0.91733 27.538 23 12 Leave out requantified 0.84161 1.0263 0.80329 0.82653 1.1702 1.2808 40.623 18.101 74.515 7 8 8 4 4 4 Leave out 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Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PMPCA PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 2 5 3 2 5 3 2 5 11.2 11.2 11.2 58.252 525 525 0 20.276 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.38958 0.55001 21.594 11 4 Leave out requantified 0.70121 0.56583 0.3444 0.65286 0.6502 0.55001 45.979 25.568 21 4 3 4 2 2 0 Median Median Leave out requantified 7.4 5.9 11.2 207170000 137060000 70112000 62940000 35740000 27200000 46469000 29308000 17161000 97759000 72009000 25750000 1132 4224;4878;4907;11910;15209 True;True;True;True;True 4325;4986;5015;12160;15523 14664;14665;16798;16902;16903;16904;41372;41373;41374;41375;41376;41377;52483 18622;21289;21424;21425;21426;51684;51685;51686;51687;51688;51689;65674 18622;21289;21424;51684;65674 Q12768 Q12768 6 6 6 WASH complex subunit strumpellin KIAA0196 sp|Q12768|WASC5_HUMAN WASH complex subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WASHC5 PE=1 SV=1 1 6 6 6 2 4 5 2 4 5 2 4 5 6.9 6.9 6.9 134.28 1159 1159 0 14.636 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1631 1.0829 21.596 11 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76211000 99795000 190610000 101430000 89181000 141310000 89913000 51399000 1134 843;4196;10598;13065;13295;14142;14272 True;True;True;True;True;True;True 869;4291;10806;13344;13576;14435;14566 2930;2931;2932;2933;14550;37029;45332;45333;46153;48950;48951;48952;49344;49345 3778;3779;3780;3781;3782;3783;18475;46376;46377;56558;56559;57663;61122;61123;61124;61610;61611 3783;18475;46377;56559;57663;61123;61611 Q12788 Q12788 3 3 3 Transducin beta-like protein 3 TBL3 sp|Q12788|TBL3_HUMAN Transducin beta-like protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBL3 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 3 5.2 5.2 5.2 89.034 808 808 0 7.8495 By matching By MS/MS By MS/MS 0.95257 0.99086 45.119 4 0 Median NaN NaN 1.0089 NaN NaN 1.4253 NaN NaN 68.451 1 1 2 0 0 0 Median Median Median 1.2 1.2 5.2 100370000 47461000 52913000 32917000 14794000 18123000 35386000 20059000 15327000 32072000 12608000 19464000 1135 3094;4879;5181 True;True;True 3169;4987;5292 10786;16799;16800;16801;17753 13655;21290;22438 13655;21290;22438 Q12792 Q12792 10 10 10 Twinfilin-1 TWF1 sp|Q12792|TWF1_HUMAN Twinfilin-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TWF1 PE=1 SV=3 1 10 10 10 9 9 10 9 9 10 9 9 10 38.9 38.9 38.9 40.282 350 350 0 110.87 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86496 0.96301 16.6 41 13 Leave out requantified 0.96214 0.86374 0.55459 0.92529 0.99383 0.94843 11.971 13.835 30.837 13 14 14 4 3 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34.6 34.6 38.9 2671200000 1454900000 1216300000 953180000 464350000 488830000 881470000 461830000 419640000 836570000 528750000 307820000 1136 3215;3415;3493;7231;8175;8896;10176;10382;12075;18605 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 3293;3500;3578;7376;8339;9075;10378;10590;12330;18971 11191;11192;11193;11907;11908;11909;11910;11911;12161;12162;12163;12164;12165;24992;24993;24994;24995;24996;24997;28333;28334;28335;28336;28337;31035;31036;31037;31038;31039;35583;35584;35585;36324;36325;36326;41960;64096;64097;64098;64099;64100;64101 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matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 SMARCB1 sp|Q12824|SNF5_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCB1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 7.5 7.5 7.5 44.141 385 385 0 6.2138 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78148 1.0502 27.065 5 3 Median 0.85818 NaN 0.73304 0.83677 NaN 1.1082 44.782 NaN 8.6602 2 1 2 1 0 2 Median Median Median 7.5 3.4 7.5 150970000 86375000 64596000 58947000 32026000 26921000 35520000 19777000 15743000 56505000 34573000 21932000 1138 1369;1677 True;True 1408;1722 4662;4663;5692;5693;5694 5977;5978;7337;7338;7339 5978;7339 Q12873 Q12873 8 4 4 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3 CHD3 sp|Q12873|CHD3_HUMAN Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CHD3 PE=1 SV=3 1 8 4 4 6 5 4 3 4 2 3 4 2 6 3.3 3.3 226.59 2000 2000 0 7.8009 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94955 0.93567 24.365 11 2 Leave out requantified 0.95531 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Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 AIMP2 sp|Q13155|AIMP2_HUMAN Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AIMP2 PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 26.9 26.9 26.9 35.348 320 320 0 99.528 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99681 1.1726 38.108 17 3 Leave out requantified 1.112 0.99681 0.78565 1.104 1.1556 1.2271 17.474 12.726 75.003 5 7 5 0 3 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 24.7 24.7 24.7 1285200000 670450000 614700000 395880000 190010000 205880000 485650000 246960000 238680000 403630000 233480000 170140000 1163 5418;10325;12870;14048;15281;15331;16914 True;True;True;True;True;True;True 5533;10531;13145;14340;15597;15648;17258 18515;18516;18517;18518;36135;44690;44691;48675;48676;48677;52714;52715;52716;52899;52900;52901;58280;58281;58282 23365;23366;23367;23368;23369;23370;45279;55761;55762;60766;60767;60768;60769;65960;65961;65962;65963;65964;66215;66216;66217;73150 23370;45279;55762;60766;65964;66216;73150 Q13158 Q13158 1 1 1 FAS-associated death domain protein FADD sp|Q13158|FADD_HUMAN FAS-associated death domain protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FADD PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 12.5 12.5 12.5 23.279 208 208 0.00048996 3.2133 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 12.5 0 0 13129000 4664700 8464200 13129000 4664700 8464200 0 0 0 0 0 0 1164 17757 True 18111 61275 76952 76952 Q13162 Q13162 4 1 1 Peroxiredoxin-4 PRDX4 sp|Q13162|PRDX4_HUMAN Peroxiredoxin-4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRDX4 PE=1 SV=1 1 4 1 1 4 4 3 1 1 0 1 1 0 11.1 4.1 4.1 30.54 271 271 0.0013749 2.371 By MS/MS By MS/MS By matching NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 11.1 11.1 7 14919000 14563000 355940 8363700 8363700 0 6555000 6199100 355940 0 0 0 1165 6261;6262;13110;15213 False;False;True;False 6386;6387;13389;15527 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EIF3A sp|Q14152|EIF3A_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF3A PE=1 SV=1 1 49 49 49 45 46 45 45 46 45 45 46 45 34.4 34.4 34.4 166.57 1382 1382 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96359 1.0864 62.119 197 50 Leave out requantified 1.0255 1.0048 0.73215 0.98817 1.1456 1.1309 15.431 64.366 38.667 68 67 62 18 19 13 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 31.5 32.7 32 17055000000 8855400000 8200100000 5883200000 2920000000 2963200000 5875100000 2901300000 2973800000 5297200000 3034100000 2263100000 1220 429;733;889;1138;1139;2376;3358;3970;4346;4477;5261;5328;7034;7738;7774;7910;8084;8085;8847;8886;9093;9163;9478;9652;9751;9910;10343;10556;11225;11369;11442;11955;12168;12395;12409;12516;13354;13454;13589;13738;13739;13757;13810;14610;16021;16022;17459;17460;18575 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 3.9 3.9 3.9 761900000 32013000 729890000 238500000 11529000 226970000 237180000 8946200 228230000 286220000 11538000 274690000 1237 1941 True 1993 6628;6629;6630 8511;8512;8513 8511 Q14353 Q14353 3 3 3 Guanidinoacetate N-methyltransferase GAMT sp|Q14353|GAMT_HUMAN Guanidinoacetate N-methyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GAMT PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 18.2 18.2 18.2 26.318 236 236 0 7.1673 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97949 1.0387 48.452 10 4 Median 1.3861 0.86056 0.55223 1.2966 0.98168 0.84903 45.743 20.479 80.407 4 3 3 2 1 1 Median Median Median 18.2 18.2 18.2 250970000 122850000 128120000 86877000 34938000 51940000 84048000 39640000 44407000 80049000 48275000 31774000 1238 8025;15583;17722 True;True;True 8181;15907;18076 27830;27831;27832;53775;53776;53777;53778;61157;61158;61159 35000;35001;35002;67366;67367;67368;76807;76808;76809 35002;67367;76809 Q14432 Q14432 9 9 9 cGMP-inhibited 3,5-cyclic 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15 15 Nuclear mitotic apparatus protein 1 NUMA1 sp|Q14980|NUMA1_HUMAN Nuclear mitotic apparatus protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUMA1 PE=1 SV=2 1 15 15 15 11 11 8 11 11 8 11 11 8 9.4 9.4 9.4 238.26 2115 2115 0 63.079 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97009 1.0251 23.767 27 12 Leave out requantified 1.0772 0.78913 1.047 1.0215 0.88119 1.4288 18.114 30.395 110.41 10 9 8 4 2 6 Leave out requantified Leave out requantified Median 6.8 6.8 5.1 425710000 193930000 231780000 160980000 70389000 90595000 138580000 66703000 71880000 126140000 56841000 69302000 1268 96;391;1659;2876;3455;5371;7088;7232;9557;10529;12930;14607;15652;16889;17844 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 99;401;1704;2946;3540;5484;7228;7377;9749;10737;13205;14910;15979;17233;18198 320;1329;1330;5640;5641;10005;10006;10007;12041;12042;12043;18362;24321;24322;24323;24998;24999;25000;25001;33533;33534;36798;36799;36800;44859;44860;50509;50510;54014;58198;61568 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out requantified Leave out requantified 36.9 36.2 35.1 8482500000 4643600000 3838900000 3046300000 1517300000 1528900000 2742900000 1478100000 1264900000 2693300000 1648300000 1045100000 1323 1266;1393;3403;3875;4298;5306;6362;6363;7705;7740;7771;8317;8907;10295;10296;10987;11283;12973;13138;13369;13469;13906;13907;15490;15491;15535;15536;16211;17605;17718;17770;17771 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1304;1432;3488;3968;4399;5419;6487;6488;7855;7890;7923;7924;8482;9086;10501;10502;11201;11501;13248;13418;13653;13754;14196;14197;15809;15810;15857;15858;16547;17957;17958;18072;18124;18125 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13761;13762;13763;13764;13765;13766;19250;21555;21556;21557;21558;21559;21560;21561;21562;21563;21564;21565;21566;21567;21568;26641;35201;35202;35203;37082;37083;37084;38452;38453;38454;38455;38456;39926;39927;39928;39929;39930;39931;39932;39933;39934;40052;40053;40054;40055;40056;40057;42664;42665;42666;42667;42668;42669;42670;42671;48927;48928;48929;48930;48931;48932;48933;48934;48935;48936;48937;48938;48939;52828;52829;52830;52831;52832;52833;52834;52835;52836;52837;56327;56328;56329;56330;56331;56332;56333;56334;56335;56336;56337;56338;56339;56340 13765;19250;21557;21566;26641;35201;37082;38452;38456;39926;40052;42671;48927;48933;48938;52834;56331 Q15714 Q15714 1 1 1 TSC22 domain family protein 1 TSC22D1 sp|Q15714|T22D1_HUMAN TSC22 domain family protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TSC22D1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1 1.1 1.1 109.68 1073 1073 0 9.0058 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1945 1.3706 23.127 4 2 Median NaN 1.0616 NaN NaN 1.2078 NaN NaN 25.831 NaN 1 2 1 0 2 0 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1 Myosin light chain kinase, smooth muscle;Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form MYLK sp|Q15746|MYLK_HUMAN Myosin light chain kinase, smooth muscle OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYLK PE=1 SV=4 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0.4 0.4 0.4 210.71 1914 1914 0.0098081 1.6704 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 0.4 0 0.4 38311000 21036000 17275000 38311000 21036000 17275000 0 0 0 0 0 0 1336 10092 True 10292 35330;35331 44285;44286 44285 Q15750 Q15750 3 3 3 TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 TAB1 sp|Q15750|TAB1_HUMAN TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TAB1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 1 2 1 1 2 1 1 2 12.1 12.1 12.1 54.643 504 504 0 18.452 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76658 1.0545 31.497 4 3 Median NaN NaN 0.76658 NaN NaN 1.1326 NaN NaN 17.568 1 1 2 1 1 1 Median Median Median 2.2 2.2 9.9 73378000 41773000 31604000 16229000 8199900 8029000 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58449;76178 Q16763 Q16763 6 6 6 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S UBE2S sp|Q16763|UBE2S_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2S PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 3 3 5 3 3 5 3 3 42.8 42.8 42.8 23.845 222 222 0 14.949 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70334 0.85705 20.206 9 5 Leave out requantified 0.95344 0.70334 0.56204 0.91367 0.82572 0.75247 28.307 14.94 20.116 4 2 3 3 0 2 Median Median Median 36 27 27.5 144260000 81420000 62841000 68821000 32773000 36048000 36115000 22412000 13703000 39326000 26235000 13091000 1366 800;1914;2262;4716;10470;10596 True;True;True;True;True;True 826;1966;2321;4824;10678;10804 2796;2797;2798;6538;6539;6540;7746;16272;16273;36622;37026 3607;3608;3609;3610;3611;3612;3613;8405;8406;8407;8408;9945;20664;20665;45879;46373 3610;8408;9945;20665;45879;46373 Q16836 Q16836 4 4 4 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial HADH sp|Q16836|HCDH_HUMAN Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HADH PE=1 SV=3 1 4 4 4 4 4 2 4 4 2 4 4 2 12.7 12.7 12.7 34.293 314 314 0 15.861 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84701 0.89517 42.199 9 5 Leave out requantified 0.99285 0.6106 0.4229 0.98374 0.70996 0.68123 26.033 60.838 19.897 3 4 2 1 2 2 Median Median Median 12.7 12.7 7.3 335870000 192420000 143450000 125400000 61641000 63757000 132790000 80793000 51995000 77685000 49984000 27701000 1367 495;2968;5745;15600 True;True;True;True 510;3041;5865;15925 1675;1676;10335;10336;19637;19638;19639;19640;53836;53837;53838;53839 2138;13121;13122;13123;24787;24788;24789;24790;67439;67440;67441;67442 2138;13122;24790;67440 Q16851 Q16851 18 18 18 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase UGP2 sp|Q16851|UGPA_HUMAN UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UGP2 PE=1 SV=5 1 18 18 18 12 16 13 12 16 13 12 16 13 42.1 42.1 42.1 56.94 508 508 0 165.12 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76815 0.90285 22.432 49 19 Leave out requantified 0.93981 0.72479 0.4364 0.90897 0.86357 0.71265 14.179 25.247 15.335 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4979;4980;15576;15577;15578;15579;15580;15581;19506;19507;23987;23988;25915;25916;25917;27153;27154;27155;27156;27157;28898;28899;32761;35316;35317;35318;35319;35320;35321;35322;35323;35324;35325;35326;35327;35328;36120;36121;36122;36123;36124;36125;37296;46757;49079;49080;49081;49082;49083;49084;52449;52450;52451;61489;61490;61491;61492;68780;68781;68782;68783;68784;68785;68786;68787;68788;71720;71721 4979;15579;19506;23987;25917;27157;28899;32761;35316;35322;36123;37296;46757;49079;52451;61492;68782;71720 Q16878 Q16878 1 1 1 Cysteine dioxygenase type 1 CDO1 sp|Q16878|CDO1_HUMAN Cysteine dioxygenase type 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDO1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 22.972 200 200 0.0065104 1.828 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93944 0.95081 7.336 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 1210800000 658080000 552710000 443030000 228380000 214650000 417200000 212160000 205040000 350560000 217540000 133020000 1369 15874 True 16204 54848;54849;54850 68729;68730;68731;68732 68729 Q16881;Q9NNW7 Q16881 3;1 3;1 3;1 Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic TXNRD1 sp|Q16881|TRXR1_HUMAN Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TXNRD1 PE=1 SV=3 2 3 3 3 2 1 2 2 1 2 2 1 2 7.4 7.4 7.4 70.905 649 649;524 0 10.598 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.67418 0.67425 38.191 5 2 Median 0.83309 NaN 0.5437 0.82703 NaN 0.82379 28.883 NaN 65.901 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 5.9 2.3 3.9 125770000 69419000 56350000 65501000 32058000 33444000 15506000 9799800 5706700 44761000 27561000 17200000 1370 5187;18016;18193 True;True;True 5298;18373;18552 17769;62122;62678;62679;62680 22454;77972;78635;78636;78637 22454;77972;78637 Q1KMD3 Q1KMD3 6 6 6 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U-like protein 2 HNRNPUL2 sp|Q1KMD3|HNRL2_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U-like protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPUL2 PE=1 SV=1 1 6 6 6 3 3 6 3 3 6 3 3 6 12.7 12.7 12.7 85.104 747 747 0 40.123 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1754 1.6902 37.533 14 9 Leave out requantified 1.0076 0.9548 1.1754 0.98856 1.1134 1.8262 40.508 34.017 60.52 4 4 6 2 3 4 Median Median Median 7.8 7.8 12.7 504840000 299640000 205190000 135260000 78811000 56450000 150420000 82334000 68090000 219150000 138500000 80654000 1371 1143;2659;8767;11367;14291;14292 True;True;True;True;True;True 1179;2723;8944;11586;14587;14588 3918;3919;3920;9215;9216;9217;9218;9219;9220;30518;39527;49445;49446;49447;49448;49449 5055;5056;5057;5058;5059;5060;11719;11720;11721;11722;11723;11724;38385;49443;61779;61780;61781;61782;61783;61784;61785 5057;11720;38385;49443;61782;61784 Q27J81 Q27J81 16 16 16 Inverted formin-2 INF2 sp|Q27J81|INF2_HUMAN Inverted formin-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=INF2 PE=1 SV=2 1 16 16 16 13 12 12 13 12 12 13 12 12 20.7 20.7 20.7 135.62 1249 1249 0 71.658 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76754 0.91037 30.972 39 14 Leave out requantified 0.91379 0.85816 0.53573 0.85389 0.95108 0.82352 31.406 31.559 39.319 15 13 11 6 3 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.4 15.5 16.4 832370000 445270000 387100000 337810000 172660000 165150000 269460000 137710000 131750000 225100000 134900000 90199000 1372 500;823;1491;1634;1949;3799;5448;6639;7744;10514;12867;13407;14400;15287;17803;17924 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 515;849;1532;1678;2001;3890;5565;6769;7894;10722;13142;13691;14699;15603;18157;18280 1687;1688;2863;2864;5075;5076;5077;5078;5564;5565;5566;6655;6656;6657;13213;13214;13215;18627;18628;22560;22561;22562;26832;26833;36751;36752;36753;36754;36755;36756;44683;46504;49805;52744;52745;52746;61423;61424;61813;61814;61815 2149;3685;3686;6525;6526;6527;6528;6529;7194;8542;8543;8544;8545;8546;8547;16823;16824;16825;23523;23524;28430;28431;33748;33749;46047;46048;46049;46050;46051;55753;58104;62218;66004;66005;66006;66007;66008;77138;77139;77597 2149;3686;6527;7194;8542;16824;23524;28430;33748;46050;55753;58104;62218;66006;77139;77597 Q29RF7 Q29RF7 18 18 17 Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A PDS5A sp|Q29RF7|PDS5A_HUMAN Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDS5A PE=1 SV=1 1 18 18 17 16 16 14 16 16 14 15 15 13 18.6 18.6 18.1 150.83 1337 1337 0 135.82 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79115 0.9132 19.577 49 16 Leave out requantified 0.98161 0.78262 0.62937 0.95305 0.89654 0.9074 21.215 31.197 17.908 18 16 15 6 4 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.9 17.7 14.1 940540000 536570000 403980000 380240000 202780000 177460000 291960000 166280000 125690000 268350000 167510000 100830000 1373 157;2394;2539;2709;4051;5294;5295;7431;10569;11558;12037;14428;14990;15156;15333;15481;17530;18343 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 162;2457;2603;2774;4145;5407;5408;7579;10777;11782;12291;14727;15302;15470;15650;15800;17882;18706 518;519;520;521;522;8282;8798;8799;8800;8801;9400;9401;9402;14085;14086;18116;18117;18118;18119;18120;25760;25761;25762;25763;36918;36919;40143;41821;41822;41823;49888;49889;49890;51812;51813;51814;52316;52317;52318;52910;52911;53419;53420;53421;53422;53423;53424;60526;60527;60528;63164;63165;63166 669;670;671;672;673;10605;11226;11227;11228;11229;11955;11956;11957;17895;17896;17897;22879;22880;22881;32397;32398;32399;32400;32401;32402;46243;50191;52260;62325;62326;62327;62328;62329;64807;64808;64809;64810;65456;65457;65458;66233;66234;66893;66894;66895;66896;66897;66898;66899;66900;76037;76038;79234 669;10605;11229;11956;17897;22879;22880;32399;46243;50191;52260;62327;64809;65456;66233;66895;76038;79234 Q2M389 Q2M389 1 1 1 WASH complex subunit 7 KIAA1033 sp|Q2M389|WASC4_HUMAN WASH complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WASHC4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.9 0.9 0.9 136.4 1173 1173 0.0035587 2.0947 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 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protein SMU1, N-terminally processed SMU1 sp|Q2TAY7|SMU1_HUMAN WD40 repeat-containing protein SMU1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMU1 PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 4 5 6 4 5 6 4 5 18.9 18.9 18.9 57.543 513 513 0 19.265 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89787 0.98767 13.599 14 5 Leave out requantified 0.95135 1.0004 1.0111 0.8947 1.1341 1.4746 10.78 66.525 74.29 6 4 4 2 1 2 Leave out requantified Median Median 16.4 8.8 10.7 471060000 197540000 273520000 125700000 58762000 66942000 159320000 65560000 93759000 186030000 73214000 112820000 1377 79;2950;3025;3045;10632;16344;18511 True;True;True;True;True;True;True 82;3022;3099;3119;10841;16680;18877 269;10278;10279;10280;10281;10549;10550;10606;37133;37134;56354;56355;56356;63787;63788;63789;63790;63791;63792 364;13042;13043;13044;13045;13385;13386;13445;46506;46507;70623;70624;70625;70626;70627;70628;80017;80018;80019;80020;80021;80022;80023 364;13045;13386;13445;46506;70625;80020 Q32MZ4 Q32MZ4 4 4 4 Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1 LRRFIP1 sp|Q32MZ4|LRRF1_HUMAN Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRRFIP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 3 2 3 3 2 3 3 2 7.7 7.7 7.7 89.252 808 808 0 9.6942 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91257 0.99334 7.0939 8 2 Leave out requantified 0.93991 0.94152 0.94062 0.92038 1.1158 1.2378 26.202 11.846 46.812 2 3 3 0 0 2 Median Leave out requantified Median 5.7 5.9 4 96547000 50585000 45962000 26696000 13045000 13651000 34781000 17929000 16852000 35070000 19611000 15459000 1378 524;4171;7512;14034 True;True;True;True 539;4265;7660;14326 1767;14469;14470;14471;14472;26034;26035;26036;48636 2258;18351;18352;18353;18354;18355;32720;60725 2258;18351;32720;60725 Q32P28 Q32P28 7 7 7 Prolyl 3-hydroxylase 1 LEPRE1 sp|Q32P28|P3H1_HUMAN Prolyl 3-hydroxylase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=P3H1 PE=1 SV=2 1 7 7 7 5 6 6 5 6 6 5 6 6 12.1 12.1 12.1 83.393 736 736 0 35.214 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88303 1.0209 6.3131 18 7 Leave out requantified 1.0794 0.87725 0.60353 1.0271 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507 0 3.7792 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 4.7 11858000 10324000 1534000 0 0 0 0 0 0 11858000 10324000 1534000 1382 5528;12090 True;True 5646;12345 18870;42002 23821;52478 23821;52478 Q3LXA3 Q3LXA3 9 9 9 Bifunctional ATP-dependent dihydroxyacetone kinase/FAD-AMP lyase (cyclizing);ATP-dependent dihydroxyacetone kinase;FAD-AMP lyase (cyclizing) DAK sp|Q3LXA3|TKFC_HUMAN Triokinase/FMN cyclase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TKFC PE=1 SV=2 1 9 9 9 5 5 9 5 5 9 5 5 9 21.2 21.2 21.2 58.946 575 575 0 36.039 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82338 0.89279 11.561 25 11 Leave out requantified 0.94445 0.79099 0.33962 0.91822 0.92189 0.53317 6.6785 16.988 21.22 8 8 9 3 3 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15 15 21.2 1108100000 523310000 584840000 322420000 167480000 154950000 281310000 157810000 123490000 504420000 198020000 306400000 1383 713;1452;9735;14887;16281;16673;16689;16690;16770 True;True;True;True;True;True;True;True;True 737;1491;9929;15198;16617;17015;17031;17032;17112 2445;4927;34127;34128;34129;34130;34131;34132;34133;51471;51472;51473;56148;56149;56150;57458;57502;57503;57504;57505;57506;57507;57508;57780;57781;57782 3146;6330;42816;42817;42818;42819;42820;42821;42822;64367;64368;64369;70349;70350;72069;72127;72128;72129;72130;72131;72132;72133;72134;72135;72136;72137;72138;72513;72514;72515 3146;6330;42817;64368;70350;72069;72127;72137;72515 Q3V6T2 Q3V6T2 3 3 3 Girdin CCDC88A sp|Q3V6T2|GRDN_HUMAN Girdin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCDC88A PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 0 0 3 0 0 3 0 0 2.1 2.1 2.1 216.04 1871 1871 0.00093327 2.555 By MS/MS 0.78701 0.79714 35.638 2 2 Median 0.78701 NaN NaN 0.79714 NaN NaN 35.638 NaN NaN 2 0 0 2 0 0 Median Median Median 2.1 0 0 25297000 11690000 13607000 25297000 11690000 13607000 0 0 0 0 0 0 1384 8014;16252;16402 True;True;True 8170;16588;16740 27792;56058;56546 34960;70240;70867 34960;70240;70867 Q3YEC7 Q3YEC7 4 4 4 Rab-like protein 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MS/MS By MS/MS 1.2767 1.2469 9.8534 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 8.4 8.4 8.4 51603000 23892000 27711000 20755000 8548600 12206000 18432000 8619900 9812500 12415000 6723700 5691700 1408 21 True 22 70;71;72 100;101 100 Q5JVF3 Q5JVF3 3 3 3 PCI domain-containing protein 2 PCID2 sp|Q5JVF3|PCID2_HUMAN PCI domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PCID2 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 9.3 9.3 9.3 46.029 399 399 0 13.963 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.49634 0.62052 18.204 6 1 Leave out requantified 0.53827 0.51406 0.34874 0.53809 0.60085 0.53251 53.812 13.649 48.944 2 2 2 1 0 0 Median Median Median 5.3 7 7 151110000 108710000 42399000 75971000 55401000 20570000 39515000 26980000 12534000 35621000 26326000 9294300 1409 1674;10927;16957 True;True;True 1719;11140;17302 5684;5685;38081;58462;58463;58464 7329;47677;73387;73388;73389 7329;47677;73388 Q5K651 Q5K651 2 2 2 Sterile alpha motif domain-containing protein 9 SAMD9 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protein 26 RBM26 sp|Q5T8P6|RBM26_HUMAN RNA-binding protein 26 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM26 PE=1 SV=3 1 11 11 11 9 8 6 9 8 6 9 8 6 12.3 12.3 12.3 113.6 1007 1007 0 31.134 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8323 1.0348 26.291 24 5 Leave out requantified 0.98758 0.95432 0.71549 0.96155 1.0744 1.0569 21.579 26.109 10.016 9 8 7 3 1 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 10.8 9.1 7 406280000 230730000 175540000 146620000 76309000 70312000 133530000 76885000 56645000 126120000 77537000 48587000 1423 812;3634;4052;6805;14144;15782;15917;15924;16121;16222;18798 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 838;3721;4146;6942;14437;16111;16247;16254;16457;16558;19169 2826;12635;12636;12637;14087;23181;23182;23183;48956;48957;48958;54517;54518;54519;54983;54984;55001;55632;55633;55950;55951;55952;55953;55954;55955;55956;64717 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5582;15683;15684;15685;15686;24592;24593;24594;24595;24596;24597;24598;24990;24991;31040;31041;33590;33591;33592;33593;33594;36242;36243;36244;53665;53666;53667;62141;62142;62143 7214;19929;19930;19931;19932;30930;30931;30932;30933;30934;30935;30936;31521;31522;39022;39023;42187;42188;42189;42190;42191;45405;45406;45407;45408;67214;67215;67216;77994 7214;19930;19931;30936;31522;39023;42189;42190;45407;67215;77994 Q6IN85 Q6IN85 3 3 3 Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3A SMEK1 sp|Q6IN85|P4R3A_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP4R3A PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 3.8 3.8 3.8 95.367 833 833 0 7.495 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73135 0.87336 8.3155 8 2 Leave out requantified 1.0254 0.73135 0.48012 0.99661 0.87336 0.73683 7.58 8.3155 16.787 3 2 3 1 0 1 Median Median Median 3.8 2.4 3.8 125010000 71009000 53999000 47522000 22563000 24958000 28496000 16502000 11994000 48990000 31943000 17047000 1450 6685;12634;14250 True;True;True 6816;12905;14544 22728;22729;43884;43885;43886;49278;49279;49280 28677;28678;54768;54769;54770;54771;54772;54773;61542;61543 28678;54773;61542 Q6IQ49 Q6IQ49 1 1 1 Protein SDE2 homolog SDE2 sp|Q6IQ49|SDE2_HUMAN Replication stress response regulator SDE2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SDE2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1.8 1.8 1.8 49.741 451 451 0.0044033 1.9915 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 1.8 0 27400000 13897000 13503000 0 0 0 27400000 13897000 13503000 0 0 0 1451 897 True 925 3101 4011 4011 Q6L8Q7 Q6L8Q7 2 2 2 2,5-phosphodiesterase 12 PDE12 sp|Q6L8Q7|PDE12_HUMAN 2,5-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDE12 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4 3.4 3.4 67.351 609 609 0 3.9873 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.59856 0.62872 12.653 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 1 Median Median Median 2 1.5 1.5 41264000 25751000 15513000 30741000 18969000 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13 60.576 531 531 0 17.537 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83986 1.1292 0.90759 13 9 Leave out requantified 1.091 0.93664 0.70927 1.049 1.0716 1.1364 3.2351 18.49 16.639 3 3 7 2 2 5 Median Median Median 7.7 9 13 325680000 181040000 144640000 71484000 35079000 36404000 80160000 49231000 30929000 174040000 96726000 77310000 1457 31;143;3582;7569;12184;14018;14271 True;True;True;True;True;True;True 32;148;3669;7717;12440;14310;14565 108;109;110;467;468;12457;12458;26241;26242;42315;42316;42317;48584;48585;49341;49342;49343 146;147;148;149;150;151;602;603;15806;15807;32988;32989;52850;52851;52852;60663;60664;61607;61608;61609 151;603;15806;32988;52850;60663;61609 Q6P1N0 Q6P1N0 1 1 1 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1A CC2D1A sp|Q6P1N0|C2D1A_HUMAN Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CC2D1A PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2 2 2 104.06 951 951 0.00093284 2.5546 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 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4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EDC4 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 2.3 2.3 2.3 151.66 1401 1401 0.0060976 1.8842 By MS/MS By MS/MS 1.1489 1.2176 7.2821 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 1 0 Median Median Median 1 1.3 0 28667000 12539000 16127000 7399300 3321400 4077800 21267000 9218000 12049000 0 0 0 1460 9523;15038 True;True 9714;15351 33399;51955 41921;64998 41921;64998 Q6P2Q9 Q6P2Q9 39 39 39 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 PRPF8 sp|Q6P2Q9|PRP8_HUMAN Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRPF8 PE=1 SV=2 1 39 39 39 33 32 29 33 32 29 33 32 29 20.8 20.8 20.8 273.6 2335 2335 0 173.66 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89797 1.0441 30.032 111 46 Leave out requantified 1.0145 0.93923 0.74025 0.99307 1.0658 1.1445 29.009 23.558 32.396 38 38 35 16 16 14 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.4 16.4 15.5 3770500000 1713400000 2057100000 1214300000 548100000 666230000 1298700000 578670000 720030000 1257400000 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Q6P3W7 1 1 1 SCY1-like protein 2 SCYL2 sp|Q6P3W7|SCYL2_HUMAN SCY1-like protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCYL2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.2 1.2 1.2 103.71 929 929 0.00048263 3.0129 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 1.2 7418300 4540000 2878300 0 0 0 0 0 0 7418300 4540000 2878300 1462 10150 True 10351 35499 44503 44503 Q6P3X3 Q6P3X3 3 3 3 Tetratricopeptide repeat protein 27 TTC27 sp|Q6P3X3|TTC27_HUMAN Tetratricopeptide repeat protein 27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTC27 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 5 5 5 96.631 843 843 0 3.7905 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0104 1.2463 34.162 4 2 Median NaN NaN 0.6808 NaN NaN 0.95682 NaN NaN 46.514 1 1 2 0 1 1 Median Median Median 3.8 3.8 3.8 50130000 27356000 22774000 17045000 8675300 8370100 10415000 6905700 3509500 22670000 11775000 10894000 1463 900;3549;11939 True;True;True 928;3636;12191 3108;12356;12357;12358;41473;41474 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I;Putative beta-actin-like protein 3;Putative beta-actin-like protein 3, N-terminally processed;POTE ankyrin domain family member J POTEE;POTEI;POTEKP;POTEJ sp|Q6S8J3|POTEE_HUMAN POTE ankyrin domain family member E OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POTEE PE=2 SV=3;sp|P0CG38|POTEI_HUMAN POTE ankyrin domain family member I OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POTEI PE=3 SV=1;sp|Q9BYX7|ACTBM_HUMAN Putative beta-actin-like protein 4 10 1 1 9 9 10 0 0 1 0 0 1 10 1.7 1.7 121.36 1075 1075;1075;375;1038 1 -2 By matching By matching By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 8.4 8.4 10 29522000 22904000 6617800 0 0 0 0 0 0 29522000 22904000 6617800 + 1474 509;1600;2414;3844;8598;9532;12948;12949;15327;16695 False;False;False;False;False;False;False;False;False;True 524;1644;2477;3936;3937;8771;9723;9724;13223;13224;15644;17037 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339;1420;1657;2303;2448;3610;3821;4772;4904;5863;8634;9115;10154;11157;13652;14657;17835;19176 1151;4692;4693;5504;5505;5506;7675;7676;7677;8244;8245;8246;12280;12948;12949;16104;16105;16106;16521;19633;29324;31193;34884;34885;34886;38145;38146;38147;38148;46388;46389;49669;49670;49671;60367;60368;64736;64737;64738;64739;64740 1480;6016;6017;7115;7116;7117;9855;9856;10557;10558;10559;15592;16456;20471;20472;20473;20474;20964;24782;36834;39191;43756;43757;43758;43759;43760;47756;47757;47758;47759;57966;62040;75822;75823;81275;81276;81277 1480;6017;7115;9855;10558;15592;16456;20471;20964;24782;36834;39191;43757;47756;57966;62040;75822;81275 Q6UWE0 Q6UWE0 3 3 3 E3 ubiquitin-protein ligase LRSAM1 LRSAM1 sp|Q6UWE0|LRSM1_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase LRSAM1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRSAM1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 5.4 5.4 5.4 83.593 723 723 0 9.9803 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81991 0.92755 24.373 6 0 Leave out requantified 0.95368 0.81991 0.61918 0.91372 0.92755 0.86397 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cluster sorting protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PACS1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 2 4 2 2 4 2 2 4 5.7 5.7 5.7 104.9 963 963 0 9.4275 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90186 1.0298 38.868 9 7 Median 1.0519 1.2484 0.72591 1.0298 1.4299 1.0623 55.732 63.346 15.299 3 2 4 2 2 3 Median Median Median 2.8 2.8 5.7 115600000 60700000 54897000 34410000 17655000 16755000 22233000 10426000 11807000 58954000 32619000 26335000 1480 2982;5191;8630;14193 True;True;True;True 3056;5302;8803;14487 10373;17777;17778;17779;17780;29912;49099;49100;49101 13167;22463;22464;22465;22466;37564;61306;61307;61308;61309 13167;22466;37564;61308 Q6WCQ1 Q6WCQ1 10 10 10 Myosin phosphatase Rho-interacting protein MPRIP sp|Q6WCQ1|MPRIP_HUMAN Myosin phosphatase Rho-interacting protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MPRIP PE=1 SV=3 1 10 10 10 5 6 7 5 6 7 5 6 7 15.9 15.9 15.9 116.53 1025 1025 0 46.48 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98181 1.3121 35.378 19 10 Leave out requantified 0.93089 0.9095 0.90361 0.93521 1.0303 1.2985 16.568 49.802 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HSDL2 sp|Q6YN16|HSDL2_HUMAN Hydroxysteroid dehydrogenase-like protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSDL2 PE=1 SV=1 1 7 7 7 7 6 7 7 6 7 7 6 7 23.4 23.4 23.4 45.394 418 418 0 107.51 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75422 0.90863 18.164 27 7 Leave out requantified 0.91144 0.75422 0.55069 0.8682 0.90863 0.91766 20.358 14.942 34.545 9 8 10 2 1 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.4 17.2 23.4 1062900000 650620000 412250000 398400000 218700000 179700000 326040000 200590000 125450000 338430000 231330000 107110000 1484 2220;2296;2912;5995;9257;10440;14284 True;True;True;True;True;True;True 2277;2356;2983;6119;9443;10648;14578 7612;7613;7614;7907;7908;7909;10129;10130;10131;20444;20445;32396;32397;32398;32399;32400;32401;36517;36518;36519;36520;36521;36522;36523;49377;49378;49379 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 1.2 0 0 16244000 4741200 11503000 16244000 4741200 11503000 0 0 0 0 0 0 1486 3191 True 3268 11099 14028 14028 Q6ZS17 Q6ZS17 2 2 2 Protein FAM65A FAM65A sp|Q6ZS17|RIPR1_HUMAN Rho family-interacting cell polarization regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RIPOR1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 2.2 2.2 2.2 132.31 1223 1223 0 8.6978 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.74067 0.87373 19.068 4 1 Median NaN NaN 0.51967 NaN NaN 0.77563 NaN NaN 17.064 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 1.2 1.2 2.2 76089000 44543000 31545000 22183000 11696000 10488000 21600000 11281000 10319000 32305000 21566000 10739000 1487 12353;13489 True;True 12614;13774 42934;46772;46773;46774 53570;58446;58447;58448 53570;58446 Q70J99 Q70J99 8 8 8 Protein unc-13 homolog D UNC13D sp|Q70J99|UN13D_HUMAN Protein unc-13 homolog D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UNC13D PE=1 SV=1 1 8 8 8 7 2 3 7 2 3 7 2 3 11.7 11.7 11.7 123.28 1090 1090 0 9.7694 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65579 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Q7Z4S6;O75037;Q2M1P5;Q86VH2 Q7Z4S6 5;2;1;1 5;2;1;1 5;2;1;1 Kinesin-like protein KIF21A KIF21A sp|Q7Z4S6|KI21A_HUMAN Kinesin-like protein KIF21A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF21A PE=1 SV=2 4 5 5 5 3 5 1 3 5 1 3 5 1 4.8 4.8 4.8 187.18 1674 1674;1637;1343;1401 0 10.385 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77731 0.91874 27.897 10 3 Leave out requantified 1.3788 0.85594 NaN 1.2932 0.9442 NaN 39.079 32.082 NaN 3 6 1 0 3 0 Leave out requantified Leave out requantified Median 3.3 4.8 1.5 174320000 101360000 72955000 59451000 30896000 28555000 82805000 47780000 35025000 32064000 22688000 9375200 1519 503;5057;9058;16332;16769 True;True;True;True;True 518;5166;9239;16668;17111 1696;1697;1698;17378;31651;31652;31653;56315;56316;57779 2158;2159;2160;2161;21997;39726;39727;39728;39729;39730;70573;72512 2159;21997;39726;70573;72512 Q7Z4V5 Q7Z4V5 7 7 7 Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 HDGFRP2 sp|Q7Z4V5|HDGR2_HUMAN Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 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protein 2 SPATS2 sp|Q86XZ4|SPAS2_HUMAN Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPATS2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.5 1.5 1.5 59.544 545 545 0.0060923 1.8749 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79947 0.87244 8.5643 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 1 Median Median Median 1.5 1.5 1.5 17208000 8209900 8998000 5890600 2478800 3411800 5465800 2628200 2837600 5851500 3102900 2748700 1543 9303 True 9490 32579;32580;32581 40891;40892;40893 40891 Q86Y56 Q86Y56 5 5 5 Dynein assembly factor 5, axonemal DNAAF5 sp|Q86Y56|DAAF5_HUMAN Dynein assembly factor 5, axonemal OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DNAAF5 PE=1 SV=4 1 5 5 5 4 2 3 4 2 3 4 2 3 7.5 7.5 7.5 93.52 855 855 0 10.063 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60851 0.80566 6.6551 8 2 Leave out requantified 1.003 0.67932 0.59198 1.0063 0.78147 0.77542 41.802 10.772 5.1984 3 2 3 1 0 1 Median Median Median 6.4 2.7 3.7 110610000 60358000 50248000 41431000 21494000 19937000 26776000 16431000 10345000 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PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 7.2 7.2 7.2 61.687 584 584 0 6.2742 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64149 0.68402 13.404 4 4 Median 0.78448 NaN NaN 0.76945 NaN NaN 18.859 NaN NaN 2 1 1 2 1 1 Median Median Median 7.2 3.3 3.3 54182000 30030000 24152000 36163000 20048000 16115000 8202900 4235200 3967600 9815600 5746400 4069200 1546 520;6350 True;True 535;6475 1755;1756;1757;1758;21624 2242;2243;2244;2245;27274 2242;27274 Q8IU85 Q8IU85 5 5 3 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D CAMK1D sp|Q8IU85|KCC1D_HUMAN Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CAMK1D PE=1 SV=1 1 5 5 3 2 3 4 2 3 4 2 2 3 16.9 16.9 11.7 42.913 385 385 0 11.374 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73843 0.88981 15.673 11 6 Leave out requantified 0.67624 0.61022 0.65956 0.65828 0.69604 0.99322 35.008 23.713 47.91 2 4 5 1 2 3 Median Median Median 7.3 9.9 14.3 179950000 110120000 69827000 16984000 10184000 6799800 66927000 42328000 24599000 96036000 57608000 38428000 1547 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226;227;228;273;13499;13500;13501;14668;14669;34197;34198;34199;38701;38702;38703;47540;47541;47542;50875;52596;54033 298;299;300;370;17183;17184;17185;17186;17187;17188;18626;18627;18628;42908;42909;42910;42911;48426;48427;48428;59400;59401;59402;59403;59404;63571;65801;67689 300;370;17187;18626;42908;48428;59403;63571;65801;67689 Q8IUR0 Q8IUR0 2 2 2 Trafficking protein particle complex subunit 5 TRAPPC5 sp|Q8IUR0|TPPC5_HUMAN Trafficking protein particle complex subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRAPPC5 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 12.2 12.2 12.2 20.783 188 188 0.00049751 3.403 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95459 1.2642 78.732 6 3 Median 1.0006 1.7936 NaN 0.97676 2.0697 NaN 112.09 87.059 NaN 2 3 1 1 2 0 Median Median Median 12.2 12.2 6.9 122270000 66010000 56264000 45442000 24278000 21163000 52349000 27311000 25038000 24483000 14420000 10063000 1549 3188;17013 True;True 3265;17359 11090;11091;11092;11093;58654;58655 14019;14020;14021;14022;73643 14021;73643 Q8IV38 Q8IV38 1 1 1 Ankyrin repeat and MYND domain-containing protein 2 ANKMY2 sp|Q8IV38|ANKY2_HUMAN Ankyrin repeat and MYND domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANKMY2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.9 2.9 2.9 49.298 441 441 0 16.508 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0752 1.0665 39.231 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.9 2.9 2.9 41191000 22909000 18282000 15170000 7590600 7579500 13327000 6728300 6599100 12693000 8589800 4103600 1550 6734 True 6865 22902;22903;22904 28911;28912;28913;28914 28912 Q8IV48 Q8IV48 2 2 2 3-5 exoribonuclease 1 ERI1 sp|Q8IV48|ERI1_HUMAN 3-5 exoribonuclease 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ERI1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 6.6 6.6 6.6 40.063 349 349 0 6.8037 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.86329 0.91938 50.782 5 3 Median NaN 0.6226 0.89573 NaN 0.73154 1.3873 NaN 46.145 63.428 1 2 2 0 2 1 Median Median Median 2.3 6.6 6.6 139070000 74466000 64600000 33634000 17678000 15956000 61285000 36307000 24977000 44146000 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1331;5060;17626;17627;17628;33345;33925;33926;33927;33928;33929;33930;33931;33932;33933;37551;38101;38102;38103;41012;41013;41014;48582;48583;51090;54976;54977;54978 1718;6512;22307;41856;42583;42584;42585;42586;42587;42588;42589;42590;42591;42592;47035;47702;47703;47704;51239;51240;51241;60661;60662;63854;68877;68878;68879 1718;6512;22307;41856;42583;42589;42592;47035;47703;51240;60662;63854;68879 Q8IVL6 Q8IVL6 1 1 1 Prolyl 3-hydroxylase 3 LEPREL2 sp|Q8IVL6|P3H3_HUMAN Prolyl 3-hydroxylase 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=P3H3 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.5 1.5 1.5 81.836 736 736 0.0060949 1.8836 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81068 0.90754 22.167 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 0 Median Median Median 1.5 1.5 1.5 19568000 11019000 8549100 6569400 2801100 3768300 5581700 3726800 1854900 7416900 4491000 2925900 1553 13676 True 13962 47337;47338;47339 59148;59149;59150 59148 Q8IVT5 Q8IVT5 1 1 1 Kinase suppressor of Ras 1 KSR1 sp|Q8IVT5|KSR1_HUMAN Kinase suppressor of Ras 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KSR1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.3 2.3 2.3 102.16 923 923 0.0061002 1.8857 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 2.3 3700500 2412000 1288500 0 0 0 0 0 0 3700500 2412000 1288500 1554 3568 True 3655 12418 15751 15751 Q8IVV2 Q8IVV2 1 1 1 Lipoxygenase homology domain-containing protein 1 LOXHD1 sp|Q8IVV2|LOXH1_HUMAN Lipoxygenase homology domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LOXHD1 PE=2 SV=4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.4 0.4 0.4 235.67 2067 2067 0.00094206 2.6643 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7048 0.93057 11.088 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 1 Median Median Median 0.4 0.4 0.4 73211000 44483000 28728000 0 0 0 37566000 22495000 15071000 35645000 21988000 13657000 1555 7614 True 7763 26388;26389;26390;26391 33175;33176;33177;33178 33178 Q8IWE2 Q8IWE2 11 11 11 Protein NOXP20 FAM114A1 sp|Q8IWE2|NXP20_HUMAN Protein NOXP20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM114A1 PE=1 SV=2 1 11 11 11 8 7 10 8 7 10 8 7 10 28.2 28.2 28.2 60.741 563 563 0 102.78 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76221 0.91034 34.493 27 9 Leave out requantified 0.9929 0.76221 0.49592 0.99286 0.91034 0.76199 37.31 14.663 19.459 8 9 10 1 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 23.8 20.8 25.2 1124400000 655210000 469200000 397850000 202360000 195490000 346890000 197790000 149100000 379680000 255060000 124620000 1556 596;1865;3977;3978;5491;6389;14693;15268;16081;16638;17756 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 616;1916;4071;4072;5608;6517;14997;15583;16417;16980;18110 2030;6327;13857;13858;13859;13860;18746;18747;18748;18749;21762;21763;21764;50787;50788;50789;52677;52678;52679;55495;55496;55497;57351;57352;57353;57354;57355;57356;61274 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PHF6 sp|Q8IWS0|PHF6_HUMAN PHD finger protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PHF6 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 16.7 16.7 16.7 41.29 365 365 0 17.9 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90819 1.1445 31.161 16 2 Leave out requantified 1.102 0.9561 0.75592 1.0534 1.0964 1.1486 17.568 43.111 37.024 5 6 5 0 2 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 16.7 16.7 13.7 338900000 183350000 155550000 112230000 57706000 54526000 114870000 58766000 56100000 111800000 66874000 44929000 1560 316;1839;15184;16579;16580 True;True;True;True;True 324;1890;15498;16921;16922 1076;1077;1078;6236;6237;6238;6239;6240;52402;52403;52404;57157;57158;57159;57160;57161;57162;57163;57164 1365;1366;1367;8078;8079;8080;65563;65564;65565;65566;65567;71635;71636;71637;71638;71639;71640;71641 1365;8080;65565;71635;71641 Q8IWV7 Q8IWV7 4 4 4 E3 ubiquitin-protein ligase UBR1 UBR1 sp|Q8IWV7|UBR1_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase UBR1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBR1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 2 2 3 2 2 3 2 2 3 2.9 2.9 2.9 200.21 1749 1749 0 6.7111 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81078 0.89993 2.6892 6 1 Leave out requantified 1.0708 0.77523 0.40019 1.0491 0.90165 0.51868 19.547 2.9597 7.0127 2 2 2 0 0 1 Median Median Median 1.1 1.1 2.2 59565000 34349000 25216000 22483000 11254000 11229000 21710000 12634000 9076500 15371000 10461000 4910300 1561 492;4777;14582;17807 True;True;True;True 507;4885;14885;18161 1669;1670;16472;16473;16474;50438;61433 2134;20904;20905;20906;20907;63013;77149 2134;20905;63013;77149 Q8IWZ3 Q8IWZ3 7 7 3 Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 ANKHD1 sp|Q8IWZ3|ANKH1_HUMAN Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANKHD1 PE=1 SV=1 1 7 7 3 5 5 4 5 5 4 2 2 1 4.2 4.2 2.3 269.45 2542 2542 0 32.935 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80756 0.83307 114.34 12 10 Median 0.81789 0.80258 0.64159 0.77763 0.90665 0.88144 147.38 129.1 44.112 4 5 3 4 4 2 Median Median Median 2.6 3.1 2 283600000 181960000 101630000 93127000 54066000 39061000 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36783;49285;55017 Q8IX12 Q8IX12 5 5 5 Cell division cycle and apoptosis regulator protein 1 CCAR1 sp|Q8IX12|CCAR1_HUMAN Cell division cycle and apoptosis regulator protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CCAR1 PE=1 SV=2 1 5 5 5 3 5 4 3 5 4 3 5 4 6.3 6.3 6.3 132.82 1150 1150 0 14.812 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85026 0.99103 20.481 13 5 Leave out requantified 0.94627 0.92416 0.79442 0.95352 1.0764 1.21 21.601 12.364 26.959 3 6 4 1 3 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 4.5 6.3 5.6 301730000 153130000 148600000 70584000 34928000 35656000 142850000 70656000 72194000 88294000 47545000 40749000 1564 3184;8575;9060;10486;14045 True;True;True;True;True 3261;8748;9241;10694;14337 11078;11079;11080;29714;31656;31657;31658;36667;36668;36669;48665;48666;48667 14002;14003;14004;14005;14006;37303;39734;45944;45945;45946;45947;45948;60752;60753;60754 14003;37303;39734;45944;60753 Q8IXH7 Q8IXH7 2 2 2 Negative elongation factor C/D NELFCD sp|Q8IXH7|NELFD_HUMAN Negative elongation factor C/D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NELFCD PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 4.1 4.1 4.1 66.246 590 590 0 25.57 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1071 1.102 9.092 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 4.1 2.4 4.1 146950000 78367000 68587000 59168000 31947000 27221000 46424000 22012000 24412000 41362000 24408000 16954000 1565 1593;18278 True;True 1637;18638 5425;5426;5427;5428;62935;62936 7002;7003;7004;7005;7006;78947;78948 7003;78947 Q8IY57 Q8IY57 2 2 2 YY1-associated factor 2 YAF2 sp|Q8IY57|YAF2_HUMAN YY1-associated factor 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=YAF2 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 15 15 15 19.901 180 180 0.0052493 1.9116 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95612 0.94097 0.73794 6 0 Leave out requantified 0.95612 0.94068 0.84593 0.93308 1.0772 1.115 1.9274 19.857 36.853 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 15 15 15 40542000 21673000 18869000 13748000 6760100 6987900 13662000 7418000 6243900 13132000 7494900 5637200 1566 14896;15866 True;True 15207;16196 51499;51500;51501;54819;54820;54821 64400;68693;68694 64400;68693 Q8IY67 Q8IY67 8 8 8 Ribonucleoprotein PTB-binding 1 RAVER1 sp|Q8IY67|RAVR1_HUMAN Ribonucleoprotein PTB-binding 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RAVER1 PE=1 SV=1 1 8 8 8 7 6 6 7 6 6 7 6 6 19 19 19 63.876 606 606 0 58.597 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7172 0.80205 18.387 20 2 Leave out requantified 0.93297 0.71882 0.43746 0.92066 0.85165 0.68877 16.564 12.576 27.707 8 6 6 1 1 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.2 17.2 13.9 774200000 447780000 326420000 332960000 171970000 160990000 215770000 123210000 92564000 225470000 152610000 72859000 1567 1026;5877;6320;13687;13688;14099;14277;14278 True;True;True;True;True;True;True;True 1056;5999;6445;13973;13974;14392;14571;14572 3497;3498;3499;20063;20064;20065;21530;21531;21532;47374;47375;47376;47377;48824;49356;49357;49358;49359;49360;49361 4510;4511;4512;25305;25306;25307;27163;27164;27165;27166;59197;59198;59199;60951;61622;61623;61624;61625;61626;61627;61628;61629;61630;61631 4510;25306;27165;59197;59198;60951;61623;61631 Q8IY81 Q8IY81 4 4 4 pre-rRNA processing protein FTSJ3 FTSJ3 sp|Q8IY81|SPB1_HUMAN pre-rRNA processing protein FTSJ3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FTSJ3 PE=1 SV=2 1 4 4 4 2 4 2 2 4 2 2 4 2 7.7 7.7 7.7 96.557 847 847 0 12.709 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96582 1.0241 27.191 9 7 Median 0.93377 0.86372 1.0257 0.91829 1.0241 1.5467 9.5773 27.787 1.0626 2 5 2 1 4 2 Median Median Median 3.8 7.7 5.4 160910000 85927000 74987000 44383000 23187000 21196000 81443000 41913000 39530000 35088000 20827000 14261000 1568 114;1366;2606;11156 True;True;True;True 118;1405;2670;11372 377;378;379;4653;4654;4655;9024;38878;38879 494;495;496;5966;5967;5968;5969;5970;11493;48634;48635 496;5967;11493;48635 Q8IYB3 Q8IYB3 6 6 6 Serine/arginine repetitive matrix protein 1 SRRM1 sp|Q8IYB3|SRRM1_HUMAN Serine/arginine repetitive matrix protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SRRM1 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 5 4 5 5 4 5 5 4 10.1 10.1 10.1 102.33 904 904 0 33.988 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0643 1.4159 11.473 20 8 Leave out requantified 1.0936 0.96312 1.224 1.0824 1.1462 2.0479 2.1856 39.714 10.168 7 7 6 3 4 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 9.7 9 8.6 1019900000 521040000 498840000 398170000 196570000 201600000 326640000 175020000 151630000 295060000 149450000 145610000 1569 1546;8765;8766;11480;17276;17695 True;True;True;True;True;True 1589;8942;8943;11699;17624;18049 5263;5264;5265;30511;30512;30513;30514;30515;30516;30517;39872;59620;59621;59622;59623;59624;59625;59626;59627;61066;61067;61068;61069 6786;6787;6788;38373;38374;38375;38376;38377;38378;38379;38380;38381;38382;38383;38384;49855;74874;74875;74876;74877;74878;74879;74880;74881;74882;74883;74884;74885;74886;76701;76702;76703;76704 6788;38380;38384;49855;74879;76704 Q8IYB5 Q8IYB5 3 3 3 Stromal membrane-associated protein 1 SMAP1 sp|Q8IYB5|SMAP1_HUMAN Stromal membrane-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMAP1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 8.6 8.6 8.6 50.386 467 467 0 7.4986 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.57169 0.76882 15.121 9 8 Median 0.79737 0.62989 0.47034 0.76882 0.7234 0.68313 9.3771 12.086 21.043 3 2 4 3 1 4 Median Median Median 5.8 6 8.6 130720000 74964000 55756000 57032000 25903000 31129000 15572000 8614000 6957900 58116000 40448000 17669000 1570 3431;3831;10627 True;True;True 3516;3923;10836 11968;11969;13344;13345;13346;13347;13348;37122;37123;37124 15182;15183;16986;16987;16988;16989;16990;46497;46498;46499 15183;16989;46499 Q8IYI6 Q8IYI6 6 6 6 Exocyst complex component 8 EXOC8 sp|Q8IYI6|EXOC8_HUMAN Exocyst complex component 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOC8 PE=1 SV=2 1 6 6 6 6 3 3 6 3 3 6 3 3 9 9 9 81.798 725 725 0 17.138 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98862 1.0739 23.82 10 5 Leave out requantified 1.0989 0.8535 1.0171 1.0439 1.022 1.3959 20.514 16.17 1.2278 5 3 2 2 2 1 Leave out requantified Median Median 9 5.2 4 162300000 85624000 76679000 74546000 41783000 32763000 60724000 27823000 32901000 27034000 16018000 11016000 1571 4446;4744;4925;10493;13321;16041 True;True;True;True;True;True 4550;4852;5034;10701;13605;16376 15368;15369;15370;16371;16965;16966;16967;36687;36688;46239;46240;55376 19525;19526;19527;20792;21497;21498;21499;45968;57766;69403 19526;20792;21498;45968;57766;69403 Q8IZ73 Q8IZ73 1 1 1 RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 2 RPUSD2 sp|Q8IZ73|RUSD2_HUMAN RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPUSD2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.9 3.9 3.9 61.311 545 545 0 7.1794 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.069 1.2359 14.486 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.9 3.9 3.9 56483000 31273000 25210000 14364000 6160600 8203800 15102000 8365600 6736300 27016000 16747000 10270000 1572 4618 True 4725 15962;15963;15964 20290;20291;20292;20293;20294 20294 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protein 52 homolog VPS52 sp|Q8N1B4|VPS52_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 52 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS52 PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 3 3 3 3 3 3 3 3 9.4 9.4 9.4 82.22 723 723 0 17.408 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69011 0.65672 59.597 7 6 Median 0.90086 0.54274 0.58519 0.85483 0.61466 0.86061 37.286 52.521 118.4 2 3 2 1 3 2 Median Median Median 6.1 6.2 6.2 142030000 63886000 78147000 64642000 21397000 43245000 46933000 23971000 22963000 30458000 18518000 11940000 1577 3791;5170;6650;13586;15096 True;True;True;True;True 3881;5281;6781;13871;15410 13164;17717;22604;22605;22606;22607;47066;52145;52146;52147 16724;22397;28500;28501;28502;28503;28504;58811;65230;65231;65232 16724;22397;28501;58811;65232 Q8N1F7 Q8N1F7 22 22 22 Nuclear pore complex protein Nup93 NUP93 sp|Q8N1F7|NUP93_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup93 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP93 PE=1 SV=2 1 22 22 22 20 18 16 20 18 16 20 18 16 34.9 34.9 34.9 93.487 819 819 0 156.54 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 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Tetratricopeptide repeat protein 39C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TTC39C PE=2 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 4.5 4.5 4.5 65.869 583 583 0 6.6928 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64946 0.81486 34.717 4 2 Median NaN NaN 0.47427 NaN NaN 0.67972 NaN NaN 17.365 1 1 2 1 0 1 Median Median Median 1.5 1.5 4.5 56094000 34740000 21355000 10248000 5907200 4340900 11881000 5855900 6025500 33965000 22976000 10988000 1586 11855;18601 True;True 12100;18967 41173;64085;64086;64087 51445;80410;80411;80412 51445;80410 Q8N684 Q8N684 6 6 6 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 7 CPSF7 sp|Q8N684|CPSF7_HUMAN Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CPSF7 PE=1 SV=1 1 6 6 6 6 5 4 6 5 4 6 5 4 15.9 15.9 15.9 52.049 471 471 0 18.829 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93172 1.0428 20.241 14 7 Leave out requantified 1.011 0.88953 0.69671 0.9516 1.0152 0.98552 13.559 24.646 10.537 5 5 4 3 2 2 Median Leave out requantified Median 15.9 14.2 10 287200000 149090000 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115;1062;1718;3081;4758;4916;5130;5832;6046;7624;7862;8115;8835;9399;11108;11109;11418;11419;11798;12532;12758;13090;13709;14075;14117;14118;15471;16302 370;371;372;3517;5681;5682;5683;10470;10471;10472;16072;16073;16572;16573;16574;17262;17263;17264;17265;17266;19536;19537;19538;19539;19540;19541;19542;20229;20230;20231;25927;25928;25929;26735;26736;26737;26738;27600;27601;27602;30033;30034;30035;30036;32233;37984;37985;37986;37987;37988;37989;37990;37991;37992;39011;39012;39013;39014;39015;40210;42633;42634;42635;43405;43406;43407;43408;43409;43410;44508;44509;44510;46559;47772;47773;47774;47923;47924;47925;47926;47927;47928;47929;47930;52319;52320;52321;55138;55139;55140 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particle complex subunit 12 TRAPPC12 sp|Q8WVT3|TPC12_HUMAN Trafficking protein particle complex subunit 12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRAPPC12 PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 79.374 735 735 0.00094073 2.6537 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.5071 1.5922 106.04 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 1.5 1.5 1.5 21878000 14103000 7775700 7364300 4074800 3289500 6540300 2054100 4486200 7973900 7973900 0 1645 3547;10594 True;True 3634;10802 12354;37018;37019 15678;46359;46360 15678;46359 Q8WVV9 Q8WVV9 3 2 2 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L-like HNRNPLL sp|Q8WVV9|HNRLL_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HNRNPLL PE=1 SV=1 1 3 2 2 2 2 3 1 1 2 1 1 2 7.2 5.9 5.9 60.082 542 542 0.00048497 3.0886 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60499 0.80407 5.2017 4 0 Leave out requantified NaN NaN 0.52751 NaN NaN 0.80407 NaN NaN 5.2017 1 1 2 0 0 0 Median Median Median 4.1 4.1 7.2 72260000 42658000 29603000 20121000 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pseudouridine synthase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRUB1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 9.5 9.5 9.5 37.252 349 349 0 4.6351 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.60464 0.66381 29.737 4 1 Median 0.65425 NaN NaN 0.62596 NaN NaN 41.794 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 9.5 3.4 3.4 51797000 30961000 20836000 25530000 15726000 9804000 12311000 6290700 6020400 13955000 8943600 5011500 1649 7723;17897 True;True 7873;18251 26765;26766;26767;61733 33667;33668;33669;33670;77518 33669;77518 Q8WWI1 Q8WWI1 11 11 11 LIM domain only protein 7 LMO7 sp|Q8WWI1|LMO7_HUMAN LIM domain only protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LMO7 PE=1 SV=3 1 11 11 11 5 8 9 5 8 9 5 8 9 8.8 8.8 8.8 192.69 1683 1683 0 25.885 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98793 1.0801 23.508 24 7 Leave out requantified 1.0156 0.86987 0.59619 0.96902 1.0017 0.86293 16.445 26.927 51.147 5 8 11 0 2 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 3.6 5.9 7.3 363070000 198030000 165040000 93373000 47014000 46359000 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out requantified Leave out requantified 12.8 14.3 14 940820000 529280000 411550000 311700000 150250000 161460000 306260000 164660000 141600000 322860000 214370000 108490000 1651 2496;3719;4463;5301;5638;6454;6466;7422;11722;16407;18520 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2560;3808;4568;5414;5757;6582;6594;7570;11958;16745;18886 8622;12919;12920;12921;15418;15419;15420;18138;18139;18140;19253;19254;19255;21956;21957;21958;21959;21996;21997;21998;25721;25722;25723;25724;25725;25726;40736;40737;56560;56561;56562;63819;63820;63821 11017;16411;16412;16413;16414;16415;19578;19579;22905;22906;22907;24311;24312;24313;24314;24315;27685;27686;27687;27733;27734;27735;32349;32350;32351;32352;32353;50884;50885;70887;70888;70889;70890;70891;80060;80061;80062;80063;80064 11017;16414;19579;22907;24315;27685;27735;32350;50885;70891;80064 Q8WWY3 Q8WWY3 7 7 7 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 PRPF31 sp|Q8WWY3|PRP31_HUMAN U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 OS=Homo 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NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 0 9.7 5.7 13217000 6668500 6548600 0 0 0 13217000 6668500 6548600 0 0 0 1663 357;14081 True;True 367;14374 1233;48773 1588;60884 1588;60884 Q8WZA9 Q8WZA9 2 2 2 Immunity-related GTPase family Q protein IRGQ sp|Q8WZA9|IRGQ_HUMAN Immunity-related GTPase family Q protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IRGQ PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 4.2 4.2 4.2 62.717 623 623 0 5.181 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87014 0.99202 17.944 3 1 Median NaN 0.95733 NaN NaN 1.126 NaN NaN 17.918 NaN 0 2 1 0 1 0 Median Median Median 2.4 4.2 1.8 28218000 16474000 11744000 0 0 0 19921000 11268000 8653600 8296900 5206600 3090400 1664 6273;15487 True;True 6398;15806 21398;21399;53441;53442 27000;66919;66920 27000;66920 Q92466 Q92466 5 5 5 DNA damage-binding protein 2 DDB2 sp|Q92466|DDB2_HUMAN DNA damage-binding protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDB2 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 5 13.3 13.3 13.3 47.863 427 427 0 24.352 By 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MS/MS 1.3457 1.6978 40.809 11 10 Median 1.5166 1.2186 1.3457 1.4495 1.3409 2.0609 32.439 57.242 27.635 3 3 5 3 2 5 Median Median Median 7.8 12.4 10.7 213200000 96152000 117040000 61768000 28442000 33326000 50204000 21888000 28316000 101220000 45822000 55401000 1711 2706;7363;8984;14970 True;True;True;True 2770;7510;9165;15282 9369;25523;25524;25525;25526;25527;31388;31389;51753;51754;51755 11898;32120;32121;32122;32123;32124;39433;39434;64740;64741;64742 11898;32124;39434;64741 Q969G6 Q969G6 1 1 1 Riboflavin kinase RFK sp|Q969G6|RIFK_HUMAN Riboflavin kinase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RFK PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 7.1 7.1 7.1 17.623 155 155 0.0043937 1.9498 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 7.1 8068000 7159600 908410 0 0 0 0 0 0 8068000 7159600 908410 1712 7912 True 8067 27432 34521 34521 Q969J3 Q969J3 2 2 2 Loss of heterozygosity 12 chromosomal region 1 protein LOH12CR1 sp|Q969J3|BORC5_HUMAN BLOC-1-related complex subunit 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BORCS5 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 11.7 11.7 11.7 22.222 196 196 0 3.767 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 5.1 6.6 0 13053000 6235600 6817000 0 0 0 13053000 6235600 6817000 0 0 0 1713 6308;12702 True;True 6433;12976 21497;44153 27122;55084 27122;55084 Q969S3 Q969S3 7 7 7 Zinc finger protein 622 ZNF622 sp|Q969S3|ZN622_HUMAN Zinc finger protein 622 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZNF622 PE=1 SV=1 1 7 7 7 5 5 5 5 5 5 5 5 5 21.6 21.6 21.6 54.271 477 477 0 32.038 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88676 0.91 44.265 19 14 Leave out requantified 0.92977 0.73948 0.5368 0.91074 0.82992 0.8918 22.556 21.959 34.668 5 6 8 3 4 7 Median Median Median 14.7 16.6 15.3 647730000 361760000 285960000 177260000 80194000 97065000 192040000 110230000 81814000 278420000 171340000 107080000 1714 2364;3553;4857;6281;10986;14274;16712 True;True;True;True;True;True;True 2425;3640;4965;6406;11200;14568;17054 8164;8165;8166;8167;12371;12372;12373;12374;12375;12376;16738;16739;21422;38294;49348;49349;49350;57585;57586;57587 10453;10454;10455;10456;10457;15696;15697;15698;15699;15700;15701;21214;21215;27036;47932;61614;61615;61616;72259;72260;72261 10453;15699;21215;27036;47932;61616;72259 Q969S9 Q969S9 1 1 1 Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial GFM2 sp|Q969S9|RRF2M_HUMAN Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GFM2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.5 1.5 1.5 86.6 779 779 0.0060896 1.8668 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 1.5 7429800 5114700 2315100 0 0 0 0 0 0 7429800 5114700 2315100 1715 7287 True 7432 25212 31780 31780 Q969U7 Q969U7 6 6 6 Proteasome assembly chaperone 2 PSMG2 sp|Q969U7|PSMG2_HUMAN Proteasome assembly chaperone 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSMG2 PE=1 SV=1 1 6 6 6 6 6 5 6 6 5 6 6 5 23.1 23.1 23.1 29.396 264 264 0 23.588 By MS/MS 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59 LRRC59 sp|Q96AG4|LRC59_HUMAN Leucine-rich repeat-containing protein 59 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LRRC59 PE=1 SV=1 1 9 9 9 8 9 7 8 9 7 8 9 7 36.8 36.8 36.8 34.93 307 307 0 46.919 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9816 1.0983 17.824 25 3 Leave out requantified 0.9816 0.93467 0.79277 0.95871 1.0983 1.2886 16.427 26.737 42.003 9 9 7 2 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 32.9 36.8 28 2132000000 1095700000 1036400000 807450000 399100000 408360000 659030000 348730000 310300000 665560000 347850000 317710000 1721 1507;2501;3894;10954;11232;11345;11396;16646;18216 True;True;True;True;True;True;True;True;True 1549;2565;3987;11168;11449;11564;11615;16988;18575 5131;5132;5133;8639;8640;8641;8642;13584;13585;13586;38179;38180;38181;38182;39107;39108;39109;39455;39456;39457;39625;57379;57380;57381;62744;62745 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isomerase FKBP10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FKBP10 PE=1 SV=1 1 13 13 12 10 12 13 10 12 13 9 11 12 25.6 25.6 24.4 64.244 582 582 0 48.125 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.90208 1.0031 16.852 42 12 Leave out requantified 0.96308 0.93705 0.7162 0.92043 1.088 1.0634 14.638 18.367 45.374 14 13 15 3 2 7 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 21 23 25.6 1786100000 960820000 825260000 707270000 341440000 365830000 485730000 246980000 238740000 593080000 372390000 220690000 1723 483;1415;4687;4911;6376;7844;10288;10660;12625;13222;15777;15778;17161 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 498;1454;4794;5019;6501;7998;10494;10871;12896;13503;16106;16107;17508 1639;1640;1641;4803;16167;16168;16169;16170;16914;16915;16916;21719;21720;21721;27200;27201;27202;36012;36013;36014;36015;36016;36017;36018;36019;37220;37221;37222;37223;43858;43859;45898;45899;45900;45901;45902;45903;45904;54503;54504;54505;54506;54507;59201;59202;59203;59204 2089;2090;2091;2092;6159;20541;20542;20543;20544;21437;27381;27382;27383;34231;34232;34233;34234;34235;34236;45127;45128;45129;45130;45131;45132;45133;45134;46613;46614;46615;46616;54735;57305;57306;57307;57308;57309;57310;68296;68297;68298;68299;68300;68301;74330;74331;74332 2092;6159;20541;21437;27381;34234;45128;46614;54735;57306;68297;68298;74332 Q96B26 Q96B26 2 2 2 Exosome complex component RRP43 EXOSC8 sp|Q96B26|EXOS8_HUMAN Exosome complex component RRP43 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC8 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 11.6 11.6 11.6 30.039 276 276 0 33.206 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8341 1.0695 30.715 6 3 Median 0.84819 1.1489 0.81987 0.85723 1.3405 1.2459 10.822 47.581 5.9461 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 6.9 11.6 6.9 91681000 47652000 44029000 31414000 17719000 13696000 25464000 10640000 14824000 34802000 19294000 15509000 1724 314;16401 True;True 322;16739 1074;56539;56540;56541;56542;56543;56544;56545 1363;70860;70861;70862;70863;70864;70865;70866 1363;70860 Q96BJ3 Q96BJ3 2 2 2 Axin interactor, dorsalization-associated protein AIDA sp|Q96BJ3|AIDA_HUMAN Axin interactor, dorsalization-associated protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AIDA PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 11.8 11.8 11.8 35.023 306 306 0 6.1944 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85346 0.92046 12.184 6 1 Leave out requantified 1.0027 0.81872 0.46666 0.99421 0.90275 0.69993 17.589 14.932 25.374 2 2 2 0 0 1 Median Median Median 11.8 11.8 11.8 100570000 59208000 41360000 35609000 18825000 16783000 32397000 17821000 14576000 32561000 22561000 9999900 1725 3296;13948 True;True 3377;14239 11477;11478;11479;48346;48347;48348 14557;14558;14559;14560;14561;60353;60354;60355;60356 14560;60355 Q96BN8 Q96BN8 8 8 8 Ubiquitin thioesterase otulin OTULIN sp|Q96BN8|OTUL_HUMAN Ubiquitin thioesterase otulin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OTULIN PE=1 SV=3 1 8 8 8 6 7 7 6 7 7 6 7 7 28.1 28.1 28.1 40.262 352 352 0 24.923 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95628 1.0358 16.063 23 4 Leave out requantified 1.0455 0.95782 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NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 0.8 0.8 0.8 614470000 382660000 231820000 222520000 136080000 86438000 196660000 126490000 70174000 195290000 120080000 75205000 1737 959 True 987 3286;3287;3288 4231;4232;4233 4231 Q96CX2;Q68DU8;Q6ZWB6 Q96CX2 16;1;1 16;1;1 16;1;1 BTB/POZ domain-containing protein KCTD12 KCTD12 sp|Q96CX2|KCD12_HUMAN BTB/POZ domain-containing protein KCTD12 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KCTD12 PE=1 SV=1 3 16 16 16 12 15 15 12 15 15 12 15 15 56.6 56.6 56.6 35.7 325 325;428;473 0 123.61 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75326 0.86601 19.71 56 14 Leave out requantified 0.96302 0.73436 0.48697 0.9214 0.83032 0.72599 24.082 24.221 17.883 17 19 20 4 4 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34.8 53.2 44.3 3713300000 2172800000 1540500000 1194500000 579930000 614530000 1226400000 714140000 512280000 1292400000 878700000 413710000 1738 2028;2689;3208;3209;4625;4626;4963;5305;6780;9898;11614;13816;14388;14902;14903;18516 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2082;2753;3285;3286;4732;4733;5072;5418;6913;10092;11840;14105;14687;15213;15214;18882 6931;6932;9317;9318;9319;9320;9321;9322;11161;11162;11163;11164;11165;11166;11167;15987;15988;15989;15990;15991;15992;15993;15994;15995;15996;17072;18148;18149;18150;23068;34626;34627;34628;34629;34630;34631;40337;40338;40339;47885;47886;47887;49767;49768;49769;51520;51521;51522;51523;51524;51525;51526;51527;51528;51529;63803;63804 8893;11837;11838;11839;11840;11841;11842;14117;14118;14119;14120;14121;14122;14123;14124;20323;20324;20325;20326;20327;20328;20329;20330;20331;20332;20333;21608;22915;22916;29121;43432;43433;43434;43435;43436;43437;43438;43439;50424;50425;50426;50427;50428;59825;59826;59827;62175;62176;62177;62178;62179;64423;64424;64425;64426;64427;64428;64429;64430;64431;64432;64433;64434;64435;64436;80037;80038 8893;11841;14117;14123;20323;20332;21608;22915;29121;43438;50424;59827;62175;64424;64433;80037 Q96D46 Q96D46 6 6 6 60S ribosomal export protein NMD3 NMD3 sp|Q96D46|NMD3_HUMAN 60S ribosomal export protein NMD3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NMD3 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 3 6 4 3 6 4 3 6 18.9 18.9 18.9 57.603 503 503 0 48.437 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.007 1.0774 48.109 14 5 Leave out requantified 1.0254 0.90932 0.41939 1.0177 1.0311 0.63883 9.7484 48.682 88.538 4 3 7 0 1 4 Leave out requantified Median Leave out requantified 14.9 8 18.9 384730000 210680000 174050000 127280000 55394000 71882000 71734000 42094000 29640000 185720000 113190000 72532000 1739 2872;4050;13667;14557;15132;15717 True;True;True;True;True;True 2942;4144;13953;14860;15446;16045 9992;9993;9994;9995;14084;47311;47312;50348;50349;50350;52244;52245;54270;54271 12677;12678;12679;12680;12681;12682;17894;59107;59108;62902;62903;65361;65362;68009 12680;17894;59108;62902;65361;68009 Q96D71 Q96D71 2 2 2 RalBP1-associated Eps domain-containing protein 1 REPS1 sp|Q96D71|REPS1_HUMAN RalBP1-associated Eps domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=REPS1 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 0 1 2 0 1 2 0 1 2.9 2.9 2.9 86.661 796 796 0.00094473 2.6876 By MS/MS By MS/MS 0.8407 0.83928 77.399 3 2 Plateau 0.39847 NaN NaN 0.39195 NaN NaN 107.68 NaN NaN 2 0 1 1 0 1 Median Median Median 2.9 0 1.4 102270000 62822000 39448000 81940000 48526000 33414000 0 0 0 20330000 14297000 6033600 1740 8855;15363 True;True 9032;15681 30815;53012;53013 38748;66361;66362 38748;66362 Q96DH6 Q96DH6 1 1 1 RNA-binding protein Musashi homolog 2 MSI2 sp|Q96DH6|MSI2H_HUMAN RNA-binding protein Musashi homolog 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MSI2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.7 3.7 3.7 35.196 328 328 0.00049285 3.2696 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6241 2.3211 39.655 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.7 3.7 3.7 34385000 12908000 21477000 11073000 5080400 5992400 9798400 4272700 5525700 13514000 3554700 9959100 1741 17425 True 17776 60174;60175;60176 75569;75570;75571;75572;75573 75572 Q96DI7 Q96DI7 4 4 4 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein SNRNP40 sp|Q96DI7|SNR40_HUMAN U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNRNP40 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 4 4 10.9 10.9 10.9 39.31 357 357 0 9.9647 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0737 1.2613 11.089 10 6 Leave out requantified 1.0587 1.0835 0.77552 1.0693 1.2728 1.2535 18.195 36.375 21.526 3 4 3 1 3 2 Median Median Median 7.6 10.9 10.9 229720000 118230000 111490000 68933000 33363000 35570000 89566000 42816000 46750000 71221000 42055000 29167000 1742 6469;7677;13761;16423 True;True;True;True 6597;7827;14048;16761 22004;22005;22006;22007;26609;26610;26611;47656;47657;47658;56605;56606 27744;27745;27746;27747;27748;33457;33458;33459;33460;59550;59551;59552;70936;70937 27745;33457;59551;70936 Q96DM3 Q96DM3 2 2 2 Uncharacterized protein C18orf8 C18orf8 sp|Q96DM3|RMC1_HUMAN Regulator of MON1-CCZ1 complex OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RMC1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 3.2 3.2 3.2 74.974 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6 Ribosome-recycling factor, mitochondrial MRRF sp|Q96E11|RRFM_HUMAN Ribosome-recycling factor, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRRF PE=1 SV=1 1 6 6 6 5 3 6 5 3 6 5 3 6 27.1 27.1 27.1 29.277 262 262 0 15.822 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1095 1.324 1.9006 17 10 Leave out requantified 1.2631 1.0582 0.74192 1.2407 1.242 1.1602 46.766 15.63 74.098 7 4 6 5 1 4 Median Leave out requantified Median 21 10.7 27.1 434260000 218370000 215880000 162090000 75442000 86644000 127590000 60642000 66953000 144570000 82286000 62288000 1745 4428;7465;13108;14528;15249;16293 True;True;True;True;True;True 4532;7613;13387;14829;15564;16629 15317;25884;25885;25886;25887;45489;45490;50228;50229;50230;50231;50232;50233;52617;52618;52619;56175;56176;56177 19470;32544;32545;32546;32547;32548;32549;56758;56759;62757;62758;62759;62760;62761;62762;65827;65828;65829;70381;70382 19470;32547;56758;62761;65829;70381 Q96EB1 Q96EB1 1 1 1 Elongator complex protein 4 ELP4 sp|Q96EB1|ELP4_HUMAN Elongator complex protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELP4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 4.2 4.2 4.2 46.587 424 424 0.00092293 2.4357 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 4.2 0 19293000 7937000 11356000 0 0 0 19293000 7937000 11356000 0 0 0 1746 3397 True 3482 11845 15019 15019 Q96EE3 Q96EE3 3 3 3 Nucleoporin SEH1 SEH1L sp|Q96EE3|SEH1_HUMAN Nucleoporin SEH1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SEH1L PE=1 SV=3 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 9.4 9.4 9.4 39.648 360 360 0 7.856 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88338 1.0245 20.794 9 1 Leave out requantified 1.0195 0.88338 0.59755 1.0245 1.0219 1.0185 20.157 21.415 26.523 3 3 3 0 0 1 Leave out requantified Leave out requantified Plateau 9.4 9.4 9.4 142840000 80688000 62155000 49773000 26943000 22831000 48011000 26829000 21182000 45059000 26917000 18142000 1747 14241;15368;16325 True;True;True 14535;15686;16661 49254;49255;49256;49257;53028;53029;53030;56297;56298;56299 61515;61516;61517;61518;61519;61520;66382;70558 61520;66382;70558 Q96EH3 Q96EH3 1 1 1 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 MALSU1 sp|Q96EH3|MASU1_HUMAN Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MALSU1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 9 9 9 26.17 234 234 0 4.2505 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0976 1.4848 26.311 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 9 9 9 54478000 26750000 27728000 18726000 8559900 10166000 13614000 8293300 5320400 22139000 9897300 12241000 1748 327 True 337 1145;1146;1147 1470;1471;1472;1473;1474;1475 1475 Q96EI5 Q96EI5 1 1 1 Transcription elongation factor A protein-like 4 TCEAL4 sp|Q96EI5|TCAL4_HUMAN Transcription elongation factor A protein-like 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TCEAL4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 9.8 9.8 9.8 24.647 215 215 0.0089936 1.7186 By MS/MS By MS/MS 0.75553 0.99254 54.524 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 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4182;4183;4184;4205;4206;7296;7297;7298;7299;7300;7301;7302;7303;17621;17622;20372;20373;20374;20375;20376;22554;22555;22556;22557;22558;22559;38307;73140;73141;73142;73143 4182;4206;7302;17621;20374;22554;38307;73140 Q96EK7 Q96EK7 3 3 3 Constitutive coactivator of peroxisome proliferator-activated receptor gamma FAM120B sp|Q96EK7|F120B_HUMAN Constitutive coactivator of peroxisome proliferator-activated receptor gamma OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM120B PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5.3 5.3 5.3 103.78 910 910 0 7.0586 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.77982 0.8521 14.284 3 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 0 Median Median Median 2.6 4 2.6 33206000 17416000 15790000 12222000 6075400 6146300 11262000 5775200 5487200 9721400 5565400 4156000 1751 12944;12945;12947 True;True;True 13219;13220;13222 44892;44893;44894;44898;44899;44900 55999;56000;56001;56008;56009;56010 55999;56001;56008 Q96EK9 Q96EK9 2 2 2 Protein KTI12 homolog KTI12 sp|Q96EK9|KTI12_HUMAN Protein KTI12 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KTI12 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 2 11.3 11.3 11.3 38.615 354 354 0 6.9915 By MS/MS By MS/MS 1.0309 1.2758 15.19 4 3 Median 1.4751 NaN 0.72751 1.4498 NaN 1.1168 1.9651 NaN 2.7103 2 0 2 2 0 1 Median Median Median 11.3 0 11.3 69421000 30217000 39204000 35087000 11943000 23144000 0 0 0 34334000 18274000 16060000 1752 3984;14039 True;True 4078;14331 13869;13870;48649;48650 17628;17629;17630;60736;60737 17630;60737 Q96EN8 Q96EN8 4 4 4 Molybdenum cofactor sulfurase MOCOS sp|Q96EN8|MOCOS_HUMAN Molybdenum cofactor sulfurase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MOCOS PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 5.1 5.1 5.1 98.119 888 888 0 6.8312 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87904 0.96394 61.582 9 6 Median 0.91419 1.2798 NaN 0.88675 1.4375 NaN 68.77 57.674 NaN 4 4 1 3 3 0 Median Median Median 5.1 3.9 2.6 167490000 79167000 88323000 70940000 35462000 35478000 78757000 30890000 47866000 17794000 12816000 4978600 1753 4281;11163;14744;17866 True;True;True;True 4382;11379;15049;18220 14838;14839;14840;38896;38897;50943;50944;50945;50946;50947;61639;61640 18845;18846;18847;48650;48651;63652;63653;63654;63655;63656;77402 18847;48650;63653;77402 Q96ER3 Q96ER3 3 3 3 Protein SAAL1 SAAL1 sp|Q96ER3|SAAL1_HUMAN Protein SAAL1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SAAL1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 5.9 5.9 5.9 53.557 474 474 0 7.4319 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.97699 1.0398 21.323 11 6 Leave out requantified 0.97815 0.89753 0.89633 0.93261 1.0154 1.209 27.191 34.299 48.611 4 4 3 2 2 2 Median Median Median 5.9 5.9 4.4 214960000 120640000 94321000 79982000 39839000 40143000 71092000 38868000 32224000 63886000 41932000 21954000 1754 10655;16831;17515 True;True;True 10866;17174;17867 37212;37213;57986;57987;57988;60474;60475;60476;60477;60478;60479 46602;72770;72771;72772;75974;75975;75976;75977;75978;75979 46602;72771;75974 Q96ES7 Q96ES7 1 1 1 SAGA-associated factor 29 homolog CCDC101 sp|Q96ES7|SGF29_HUMAN SAGA-associated factor 29 OS=Homo sapiens OX=9606 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mRNA-decapping protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EDC3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 3 3 4 3 3 4 3 3 4 10.4 10.4 10.4 56.077 508 508 0 11.049 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89982 1.0329 13.8 9 4 Leave out requantified 1.065 0.77399 0.65529 1.0329 0.86944 0.91324 13.8 0.51957 19.133 3 2 4 0 1 3 Leave out requantified Median Median 6.9 6.9 8.9 149930000 83070000 66862000 53116000 24970000 28146000 34271000 18942000 15328000 62545000 39157000 23388000 1759 5543;6121;7903;16189;18262 True;True;True;True;True 5661;6246;8058;16525;18622 18921;18922;20883;27401;55853;55854;55855;62887;62888;62889 23886;23887;23888;26381;34481;69982;69983;69984;69985;78880;78881;78882 23888;26381;34481;69984;78880 Q96FQ6 Q96FQ6 4 4 4 Protein S100-A16 S100A16 sp|Q96FQ6|S10AG_HUMAN Protein S100-A16 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=S100A16 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 38.8 38.8 38.8 11.801 103 103 0 16.235 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2848 1.4532 43.099 13 3 Leave out requantified 1.3275 1.2848 1.3077 1.3121 1.4532 2.0901 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homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LTV1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 4.4 4.4 4.4 54.854 475 475 0.00050633 3.6369 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87925 1.0337 10.747 5 0 Leave out requantified NaN 0.81838 0.79229 NaN 0.93237 1.0184 NaN 3.8371 42.022 1 2 2 0 0 0 Median Median Median 2.1 4.4 4.4 35347000 19379000 15968000 7490200 3991600 3498600 13329000 7360300 5969000 14527000 8026800 6500400 1764 13845;15667 True;True 14135;15994 47984;47985;54062;54063;54064 59943;67732;67733;67734 59943;67733 Q96GM5 Q96GM5 1 1 1 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 SMARCD1 sp|Q96GM5|SMRD1_HUMAN SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCD1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 58.232 515 515 0.00049334 3.2851 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72308 0.87972 47.047 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 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1 1 Scavenger receptor class F member 2 SCARF2 sp|Q96GP6|SREC2_HUMAN Scavenger receptor class F member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCARF2 PE=1 SV=5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.9 0.9 0.9 92.383 871 871 0.0098039 1.6654 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.30962 0.35677 32.888 3 3 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 0.9 0.9 0.9 87239000 64330000 22909000 30436000 23474000 6962000 27933000 19696000 8236600 28870000 21160000 7710600 1767 3170 True 3247 11016;11017;11018 13922;13923;13924 13923 Q96H79 Q96H79 2 2 2 Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1-like ZC3HAV1L sp|Q96H79|ZCCHL_HUMAN Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZC3HAV1L PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 14.3 14.3 14.3 32.962 300 300 0 6.998 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80956 0.97531 50.712 7 6 Median 1.0847 0.80956 0.45642 1.0741 0.97531 0.6952 36.74 56.547 54.201 2 3 2 2 3 1 Median Median Median 6.7 14.3 14.3 137860000 83130000 54734000 46006000 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2 1 1 2 1 1 7.4 7.4 7.4 46.51 432 432 0.000489 3.1983 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70894 0.81538 3.6161 4 1 Linear 0.80402 NaN NaN 0.79962 NaN NaN 6.2448 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 7.4 2.5 2.5 114160000 64925000 49238000 47572000 26807000 20764000 33373000 17680000 15693000 33218000 20438000 12781000 1772 8064;9686 True;True 8223;9880 27960;33973;33974;33975 35153;42643;42644;42645;42646 35153;42645 Q96IJ6 Q96IJ6 3 3 3 Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha GMPPA sp|Q96IJ6|GMPPA_HUMAN Mannose-1-phosphate guanyltransferase alpha OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GMPPA PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 9.3 9.3 9.3 46.291 420 420 0 9.4408 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76146 0.88055 9.4486 9 1 Leave out requantified 0.94252 0.76146 0.52692 0.90093 0.88055 0.80849 2.8529 18.452 9.4498 3 3 3 1 0 0 Plateau Leave out requantified Leave out requantified 9.3 9.3 9.3 239480000 134390000 105090000 86302000 42568000 43733000 82728000 48432000 34295000 70448000 43388000 27060000 1773 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By MS/MS 1.1201 1.1995 47.761 6 3 Median 1.27 0.82703 0.68118 1.2355 0.98011 1.0903 29.756 54.153 83.965 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 4.2 4.2 4.2 519510000 297670000 221830000 176890000 79960000 96930000 162210000 95458000 66753000 180400000 122260000 58149000 1778 5843;8733 True;True 5965;8910 19969;19970;19971;30398;30399;30400 25191;25192;25193;38245;38246;38247 25193;38246 Q96JG6 Q96JG6 3 3 3 Coiled-coil domain-containing protein 132 CCDC132 sp|Q96JG6|VPS50_HUMAN Syndetin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS50 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 3 4.7 4.7 4.7 111.17 964 964 0 14.209 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.5936 0.64704 30.319 8 2 Leave out requantified 0.78974 0.74702 0.41154 0.7938 0.89608 0.64747 39.496 15.253 12.862 2 3 3 0 1 1 Median Median Median 2.2 4.7 4.7 109420000 69096000 40321000 27562000 16728000 10834000 42233000 23126000 19107000 39622000 29241000 10380000 1779 3159;13236;14898 True;True;True 3236;13517;15209 10979;10980;10981;10982;45951;45952;45953;51505;51506 13878;13879;13880;13881;13882;57371;57372;57373;64405;64406 13878;57373;64405 Q96JJ3 Q96JJ3 2 2 2 Engulfment and cell motility protein 2 ELMO2 sp|Q96JJ3|ELMO2_HUMAN Engulfment and cell motility protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ELMO2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 5 5 5 82.614 720 720 0 6.1297 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73659 0.99895 50.318 4 3 Median NaN NaN 0.94451 NaN NaN 1.4879 NaN NaN 44.991 1 1 2 0 1 2 Median Median Median 1.8 1.8 5 76767000 41808000 34959000 21399000 10649000 10749000 14123000 8398000 5724600 41246000 22761000 18485000 1780 997;17437 True;True 1027;17788 3411;3412;3413;60208 4388;4389;4390;75613 4390;75613 Q96K17 Q96K17 3 3 3 Transcription factor BTF3 homolog 4 BTF3L4 sp|Q96K17|BT3L4_HUMAN Transcription factor BTF3 homolog 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BTF3L4 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 24.1 24.1 24.1 17.27 158 158 0 30.782 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98661 1.2741 12.69 12 1 Leave out requantified 0.97072 1.0286 0.83225 0.95544 1.1639 1.4789 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MS/MS 0.87274 0.99335 8.826 13 5 Leave out requantified 1.1182 0.91768 0.5958 1.1178 1.0331 0.89068 10.816 13.221 19.846 5 3 5 2 0 3 Leave out requantified Leave out requantified Median 12.1 8.1 12.1 564010000 307120000 256890000 229190000 109450000 119750000 120210000 63573000 56636000 214600000 134100000 80503000 1783 1421;5753;8195;14702 True;True;True;True 1460;5873;8359;15007 4820;4821;19667;19668;19669;28405;28406;28407;50826;50827;50828;50829;50830 6179;6180;24823;35678;35679;35680;63516;63517;63518;63519;63520;63521 6179;24823;35679;63521 Q96KG9 Q96KG9 6 6 6 N-terminal kinase-like protein SCYL1 sp|Q96KG9|SCYL1_HUMAN N-terminal kinase-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SCYL1 PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 3 3 4 3 3 4 3 3 9.4 9.4 9.4 89.63 808 808 0 17.927 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64424 0.79248 27.181 12 4 Leave out requantified 0.84422 0.94688 0.60972 0.79851 1.1364 0.88725 32.027 87.116 43.614 5 3 4 1 2 1 Leave out requantified Median Median 6.2 5 5.4 245680000 148860000 96825000 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finger RNA-binding protein ZFR sp|Q96KR1|ZFR_HUMAN Zinc finger RNA-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ZFR PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 2.5 2.5 2.5 117.01 1074 1074 0 6.4638 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68265 0.96261 17.246 4 2 Median NaN NaN 0.62412 NaN NaN 0.96261 NaN NaN 1.6284 1 1 2 0 1 1 Median Median Median 1 1 2.5 47968000 31634000 16334000 9842200 5024000 4818200 8091800 5082600 3009200 30034000 21528000 8506300 1786 6916;15113 True;True 7054;15427 23606;52195;52196;52197 29806;65292;65293;65294 29806;65294 Q96L92;O60759 Q96L92 3;1 3;1 3;1 Sorting nexin-27 SNX27 sp|Q96L92|SNX27_HUMAN Sorting nexin-27 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SNX27 PE=1 SV=2 2 3 3 3 2 1 3 2 1 3 2 1 3 5.5 5.5 5.5 61.264 541 541;359 0 4.6291 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94822 1.0963 34.957 9 3 Median 1.1451 0.90606 0.57075 1.109 1.069 0.89303 5.2636 3.5549 53.725 3 2 4 1 0 2 Median Median Median 4.3 2.8 5.5 253000000 130220000 122780000 89889000 40209000 49680000 68899000 34444000 34455000 94208000 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enzyme E2 E2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2E2 PE=1 SV=1;sp|Q969T4|UB2E3_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2E3 PE=1 SV=1 2 4 4 3 4 3 4 4 3 4 3 2 3 28.9 28.9 24.9 22.255 201 201;207 0 13.894 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.028 1.1513 10.519 10 0 Leave out requantified 1.1822 0.808 0.81103 1.1513 0.96034 1.3273 10.502 20.722 34.904 4 3 3 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 28.9 19.9 28.9 339060000 169120000 169940000 156940000 69045000 87898000 88425000 48715000 39709000 93695000 51359000 42336000 1789 3900;4496;5774;16784 True;True;True;True 3993;4602;5894;17126 13609;13610;15547;15548;15549;19738;19739;19740;57827;57828;57829 17316;17317;17318;19746;19747;19748;19749;19750;24899;72574;72575 17318;19750;24899;72575 Q96M27 Q96M27 4 4 4 Protein PRRC1 PRRC1 sp|Q96M27|PRRC1_HUMAN Protein PRRC1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRRC1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 4 4 9.7 9.7 9.7 46.701 445 445 0 11.317 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82705 0.98578 14.333 13 3 Leave out requantified 1.124 0.82705 0.59475 1.1284 0.98664 0.98578 65.249 12.501 22.193 4 5 4 1 1 1 Linear Leave out requantified Leave out requantified 8.1 9.7 9.7 612800000 423950000 188850000 232390000 157200000 75184000 227230000 153790000 73445000 153180000 112960000 40217000 1790 6742;14316;14683;18261 True;True;True;True 6873;14612;14987;18621 22925;22926;22927;49525;49526;49527;50759;50760;62882;62883;62884;62885;62886 28933;28934;28935;28936;61867;61868;61869;63432;63433;78874;78875;78876;78877;78878;78879 28933;61867;63432;78876 Q96ME1 Q96ME1 4 4 4 F-box/LRR-repeat protein 18 FBXL18 sp|Q96ME1|FXL18_HUMAN F-box/LRR-repeat protein 18 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FBXL18 PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 6 6 6 88.34 805 805 0 8.7445 By MS/MS By MS/MS By matching 1.0557 1.1794 17.197 9 3 Leave out requantified 1.0496 1.393 0.73319 1.0288 1.6758 1.0381 5.395 15.007 35.251 4 3 2 2 1 0 Median Plateau Median 6 4.5 2.6 123540000 63082000 60460000 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motif domain-containing protein 11 SAMD11 sp|Q96NU1|SAM11_HUMAN Sterile alpha motif domain-containing protein 11 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SAMD11 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 72.707 681 681 0.00047596 2.789 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1585 1.1676 16.025 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 29098000 17089000 12009000 10608000 5238500 5369400 9467900 6307400 3160500 9022200 5542900 3479300 1793 6485 True 6613 22057;22058;22059 27825;27826;27827 27827 Q96P16 Q96P16 2 2 2 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A RPRD1A sp|Q96P16|RPR1A_HUMAN Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1A PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 9.3 9.3 9.3 35.719 312 312 0 12.549 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71337 0.875 32.915 6 3 Median 0.75996 0.88096 0.42323 0.758 1.0263 0.62076 22.597 14.283 46.251 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 9.3 9.3 9.3 239740000 132100000 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699;1629;1727;3353;4099;4165;4247;4816;5499;5935;10752;13317;13446;13958;17641;17871;17898;18217 2318;2319;2320;5405;5406;5407;5708;5709;5710;11401;11402;11403;11404;11405;11406;13935;13936;13937;14156;14157;14158;14408;14409;14410;16234;16235;16236;16237;16238;18410;18411;18412;18413;18414;18415;19869;19870;19871;36843;36844;36845;36846;36847;36848;36849;36850;36851;36852;45227;45228;45229;45230;45231;45704;45705;45706;47326;59707;59708;59709;59710;59711;59712;59713;59714;60488;60489;60490;60577;60578;61626;61627 2989;6981;6982;6983;7356;7357;7358;14447;14448;14449;14450;14451;14452;14453;14454;17709;17710;17711;17976;17977;17978;18265;18266;18267;20625;20626;20627;20628;20629;23234;23235;23236;23237;23238;23239;23240;23241;23242;25057;25058;25059;25060;25061;25062;46150;46151;46152;46153;46154;46155;46156;46157;46158;46159;46160;46161;46162;46163;46164;46165;46166;56432;56433;56434;56435;56436;57027;57028;57029;57030;57031;59130;74991;74992;74993;74994;74995;74996;74997;74998;74999;75000;75989;75990;75991;76092;76093;76094;77387 2989;6983;7358;14453;17710;17976;18265;20627;23237;25061;46150;56436;57029;59130;74993;75989;76093;77387 Q96PU8 Q96PU8 8 8 8 Protein quaking QKI sp|Q96PU8|QKI_HUMAN Protein quaking OS=Homo sapiens OX=9606 GN=QKI PE=1 SV=1 1 8 8 8 6 7 4 6 7 4 6 7 4 31.1 31.1 31.1 37.67 341 341 0 27.558 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92339 0.96308 31.508 16 7 Leave out requantified 0.89998 1.0967 0.47089 0.88239 1.3191 0.79626 12.357 32.372 31.996 6 6 4 3 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 24 25.8 19.1 480200000 285640000 194560000 184770000 101890000 82879000 182110000 104960000 77158000 113320000 78794000 34523000 1796 3859;6203;10334;10615;10616;11477;13178;13973 True;True;True;True;True;True;True;True 3952;6328;10540;10823;10824;11696;13459;14264 13460;13461;21175;36158;36159;37083;37084;37085;37086;39863;39864;39865;45752;45753;48427;48428;48429 17132;17133;26723;45305;45306;46441;46442;46443;49847;49848;57098;57099;60461;60462;60463;60464 17133;26723;45306;46441;46443;49848;57099;60461 Q96Q89 Q96Q89 1 1 1 Kinesin-like protein KIF20B KIF20B sp|Q96Q89|KI20B_HUMAN Kinesin-like protein KIF20B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF20B PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0.5 0.5 0.5 210.63 1820 1820 0.0082038 1.7914 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 1 0 Median Median Median 0 0.5 0 24590000 21874000 2715800 0 0 0 24590000 21874000 2715800 0 0 0 1797 930 True 958 3205 4135 4135 Q96QG7 Q96QG7 1 1 1 Myotubularin-related protein 9 MTMR9 sp|Q96QG7|MTMR9_HUMAN Myotubularin-related protein 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTMR9 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.6 2.6 2.6 63.461 549 549 0.0005 3.4763 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88194 1.013 24.135 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.6 2.6 2.6 28359000 14961000 13398000 9475800 4362400 5113500 8826400 4968200 3858100 10057000 5630600 4426600 1798 11266 True 11484 39220;39221;39222 49046;49047;49048 49048 Q96QK1 Q96QK1 4 4 4 Vacuolar protein sorting-associated protein 35 VPS35 sp|Q96QK1|VPS35_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 35 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS35 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 4 7.7 7.7 7.7 91.706 796 796 0 10.341 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.64257 0.80743 40.027 7 4 Median 1.2176 0.64581 0.62979 1.2182 0.75868 1.0379 34.178 4.432 47.448 2 2 3 1 0 3 Median Median Plateau 5.8 3.9 7.7 144650000 92491000 52158000 48646000 25611000 23035000 39941000 26750000 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47320 Q96RE7;Q96BF6 Q96RE7;Q96BF6 2;1 2;1 2;1 Nucleus accumbens-associated protein 1;Nucleus accumbens-associated protein 2 NACC1;NACC2 sp|Q96RE7|NACC1_HUMAN Nucleus accumbens-associated protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACC1 PE=1 SV=1;sp|Q96BF6|NACC2_HUMAN Nucleus accumbens-associated protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NACC2 PE=1 SV=1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 5.7 5.7 5.7 57.258 527 527;587 0 5.156 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.52398 0.67849 91.872 6 3 Median 0.7996 0.33463 0.1786 0.78008 0.37753 0.24446 20.231 84.038 144.86 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 5.7 5.7 5.7 66078000 41689000 24389000 25423000 14117000 11306000 22836000 13724000 9111400 17819000 13847000 3971600 1803 12623;17310 True;True 12894;17659 43853;43854;43855;59788;59789;59790 54730;54731;54732;75094;75095 54730;75094 Q96RP9 Q96RP9 8 8 8 Elongation factor G, mitochondrial GFM1 sp|Q96RP9|EFGM_HUMAN Elongation factor G, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GFM1 PE=1 SV=2 1 8 8 8 5 6 6 5 6 6 5 6 6 12.9 12.9 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1544;1545;1546;1547 1978;1979 1979 Q96S44 Q96S44 6 6 6 TP53-regulating kinase TP53RK sp|Q96S44|PRPK_HUMAN EKC/KEOPS complex subunit TP53RK OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TP53RK PE=1 SV=2 1 6 6 6 4 4 6 4 4 6 4 4 6 30.4 30.4 30.4 28.16 253 253 0 41.104 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92479 0.93495 18.805 15 8 Leave out requantified 0.87268 0.86376 0.485 0.81854 0.96067 0.68548 39.333 52.158 36.726 5 5 5 2 2 4 Median Median Median 27.3 27.3 30.4 500990000 295820000 205170000 171610000 96418000 75188000 165210000 92661000 72547000 164180000 106740000 57439000 1807 443;1536;3136;3137;5236;15781 True;True;True;True;True;True 457;1579;3212;3213;5347;16110 1528;1529;1530;5230;5231;5232;5233;5234;10908;10909;10910;10911;17928;17929;17930;54516 1961;1962;1963;6741;6742;6743;6744;6745;6746;6747;6748;6749;13796;13797;13798;13799;22646;22647;22648;68312 1962;6742;13796;13799;22647;68312 Q96S55 Q96S55 3 3 3 ATPase WRNIP1 WRNIP1 sp|Q96S55|WRIP1_HUMAN ATPase WRNIP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WRNIP1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 3 4.2 4.2 4.2 72.132 665 665 0 8.4913 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8922 0.98786 10.574 5 1 Leave out requantified NaN 0.8922 0.74193 NaN 1.0358 1.1014 NaN 17.27 56.256 1 2 2 0 0 1 Median Median Median 4.2 2.7 4.2 80261000 43442000 36818000 16473000 7663700 8809000 33471000 17200000 16271000 30317000 18579000 11738000 1808 10159;15798;17452 True;True;True 10361;16127;17803 35524;35525;35526;54574;54575;60259;60260;60261;60262 44531;44532;44533;44534;68379;68380;75680;75681;75682;75683 44531;68380;75681 Q96S82 Q96S82 2 2 2 Ubiquitin-like protein 7 UBL7 sp|Q96S82|UBL7_HUMAN Ubiquitin-like protein 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBL7 PE=1 SV=2 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 7.4 7.4 7.4 40.51 380 380 0.00093853 2.6446 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73876 0.77485 26.625 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 1 0 Median Median Median 2.4 2.4 7.4 133460000 81573000 51885000 50250000 28973000 21278000 47693000 27436000 20257000 35515000 25164000 10350000 1809 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1503;1504;1505;1506;1507;1508;1509;18635;30125;30126;34216;34353;34354;34355;34356;60445;60446;60447;60448;60449;60450;60451;60452;60453;61645 1506;18635;30126;34216;34354;60451;61645 Q96ST2 Q96ST2 2 2 2 Protein IWS1 homolog IWS1 sp|Q96ST2|IWS1_HUMAN Protein IWS1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IWS1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 4 4 4 91.954 819 819 0 5.5048 By MS/MS By matching By MS/MS 0.65404 1.4992 43.085 5 2 Linear 0.92217 NaN 0.40997 0.90853 NaN 0.61356 51.51 NaN 51.736 2 1 2 1 0 1 Median Median Median 4 2.3 4 96101000 55709000 40392000 45135000 23500000 21635000 18364000 10452000 7911600 32603000 21757000 10845000 1811 2311;8086 True;True 2371;8245 7962;7963;7964;28021;28022 10204;10205;35229;35230 10205;35230 Q96SU4 Q96SU4 6 6 6 Oxysterol-binding protein-related protein 9 OSBPL9 sp|Q96SU4|OSBL9_HUMAN Oxysterol-binding protein-related protein 9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OSBPL9 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 3 5 5 3 5 5 3 5 11.4 11.4 11.4 83.184 736 736 0 30.604 By MS/MS By MS/MS 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Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 POP1 sp|Q99575|POP1_HUMAN Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=POP1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 5.7 5.7 5.7 114.71 1024 1024 0 12.971 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.94919 0.98669 13.795 8 2 Leave out requantified 1.0131 0.90073 0.74461 0.98669 1.0239 1.1633 13.795 10.757 36.444 2 3 3 0 1 1 Median Median Plateau 4.9 5.7 4.9 161310000 88718000 72590000 40788000 20384000 20403000 57296000 33364000 23932000 63224000 34969000 28255000 1830 139;10130;13827;17663 True;True;True;True 144;10331;14116;18017 456;457;458;35439;35440;35441;35442;47922;60953;60954;60955 589;590;591;44419;44420;44421;44422;59866;76563 591;44422;59866;76563 Q99584 Q99584 4 4 4 Protein S100-A13 S100A13 sp|Q99584|S10AD_HUMAN Protein S100-A13 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=S100A13 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 2 4 4 2 4 4 2 41.8 41.8 41.8 11.471 98 98 0 17.086 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.88487 1.1847 24.718 9 1 Leave out requantified 0.68281 1.2399 1.0091 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390 0 24.193 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79956 0.96953 11.443 8 4 Leave out requantified 1.2332 1.0883 0.61112 1.2686 1.2356 0.89417 44.962 40.786 54.644 3 2 3 2 1 1 Median Median Median 15.1 8.5 10.3 264430000 146320000 118120000 112920000 59398000 53518000 65748000 29922000 35826000 85771000 56998000 28772000 1846 2634;4089;6781;8942;9601 True;True;True;True;True 2698;4183;6914;9123;9793 9119;9120;14213;14214;14215;23069;31229;33693;33694;33695 11598;11599;18036;18037;18038;29122;39238;42308;42309;42310;42311;42312;42313 11598;18037;29122;39238;42311 Q99829 Q99829 7 7 7 Copine-1 CPNE1 sp|Q99829|CPNE1_HUMAN Copine-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CPNE1 PE=1 SV=1 1 7 7 7 5 4 4 5 4 4 5 4 4 12.7 12.7 12.7 59.058 537 537 0 20.641 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.61407 0.73115 9.5482 10 4 Leave out requantified 0.75726 0.56817 0.23818 0.72463 0.6398 0.35212 28.664 8.3782 3.0402 4 3 3 2 0 2 Median Leave out requantified Plateau 8.9 8.4 8 715060000 475110000 239950000 242920000 138600000 104320000 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2998;3862;6613;7766;8699;16057;16311;25640;26592;32331;32339;34529;35544;40777;45433;52349;57050;58112;58882;63274;64508;65634;66714;67589;69419;69543;74209;76684;76839;80639 326;327;328;329 227;382;394;414 Q99836 Q99836 2 2 2 Myeloid differentiation primary response protein MyD88 MYD88 sp|Q99836|MYD88_HUMAN Myeloid differentiation primary response protein MyD88 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MYD88 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 2 0 2 2 0 2 2 11.1 11.1 11.1 33.233 296 296 0 6.3813 By MS/MS By MS/MS 1.1494 1.4747 37.015 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 1 Median Median Median 0 11.1 11.1 25872000 11407000 14465000 0 0 0 13454000 6258400 7195500 12418000 5148600 7269500 1849 5112;10003 True;True 5222;10202 17551;17552;35032;35033 22210;22211;43931;43932 22210;43932 Q99848 Q99848 3 3 3 Probable rRNA-processing protein EBP2 EBNA1BP2 sp|Q99848|EBP2_HUMAN Probable rRNA-processing protein EBP2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EBNA1BP2 PE=1 SV=2 1 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 3 13.1 13.1 13.1 34.852 306 306 0 6.9697 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8682 1.1452 114.26 4 1 Median NaN NaN 0.23279 NaN NaN 0.3607 NaN NaN 151.87 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 2.6 2.6 13.1 169050000 126770000 42283000 17219000 7983600 9235000 23390000 13212000 10178000 128440000 105570000 22870000 1850 1577;9616;17763 True;True;True 1620;9808;18117 5381;33750;61289;61290;61291 6942;42373;76968;76969 6942;42373;76969 Q99873;Q9NR22 Q99873 6;1 6;1 6;1 Protein arginine N-methyltransferase 1 PRMT1 sp|Q99873|ANM1_HUMAN Protein arginine N-methyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PRMT1 PE=1 SV=3 2 6 6 6 3 3 4 3 3 4 3 3 4 22.1 22.1 22.1 42.461 371 371;394 0 16.799 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78427 1.0425 11.495 9 4 Leave out requantified 1.1628 0.73845 0.62499 1.1235 0.83377 1.041 10.585 14.715 30.592 2 3 4 0 1 3 Median Median Median 11.9 11.3 14 264140000 145320000 118820000 77170000 36203000 40967000 89334000 51496000 37837000 97638000 57619000 40019000 1851 1154;2524;2997;6206;6510;9266 True;True;True;True;True;True 1190;2588;3071;6331;6639;9452 3953;8731;10445;10446;10447;10448;21182;22142;22143;22144;32429 5105;11154;13261;13262;13263;13264;13265;13266;13267;26729;27936;27937;27938;40701 5105;11154;13264;26729;27936;40701 Q99933 Q99933 6 6 6 BAG family molecular chaperone regulator 1 BAG1 sp|Q99933|BAG1_HUMAN BAG family molecular chaperone regulator 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BAG1 PE=1 SV=4 1 6 6 6 4 1 4 4 1 4 4 1 4 15.7 15.7 15.7 38.778 345 345 0 17.422 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91074 1.1144 33.447 9 3 Median 1.2182 0.83176 0.76127 1.2165 1.0038 1.1998 35.399 7.6727 40.227 3 2 4 1 0 2 Median Median Median 12.2 4.3 10.7 288070000 155830000 132240000 86437000 38932000 47505000 68754000 36781000 31972000 132880000 80112000 52766000 1852 1504;2681;4162;7373;7374;7999 True;True;True;True;True;True 1546;2745;4256;7520;7521;8155 5124;9292;14443;25565;25566;25567;27740;27741;27742;27743;27744 6597;11804;18312;32163;32164;32165;34888;34889;34890;34891 6597;11804;18312;32164;32165;34888 Q99961 Q99961 14 14 12 Endophilin-A2 SH3GL1 sp|Q99961|SH3G1_HUMAN Endophilin-A2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SH3GL1 PE=1 SV=1 1 14 14 12 12 9 10 12 9 10 10 7 9 40.2 40.2 34.2 41.489 368 368 0 83.898 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87329 0.94159 20.825 35 12 Leave out requantified 0.97627 0.847 0.58587 0.95084 0.96815 0.90379 18.726 16.546 32.495 12 11 12 3 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 37.8 32.9 33.4 1870300000 1042200000 828130000 655170000 316410000 338760000 558350000 293030000 265320000 656810000 432760000 224050000 1853 1690;4007;4008;7016;9383;11185;12467;12805;12847;12848;13011;13326;15773;17050 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1735;4101;4102;7154;9572;11401;12736;13080;13122;13123;13288;13610;16102;17397 5734;5735;5736;13941;13942;13943;24022;24023;32900;38954;43350;43351;43352;43353;43354;43355;44474;44475;44476;44477;44478;44479;44625;44626;44627;44628;45117;45118;46248;46249;46250;54492;54493;54494;58785;58786;58787 7391;7392;7393;17715;17716;17717;30300;30301;41296;48718;54095;54096;54097;54098;54099;54100;55482;55483;55484;55668;55669;55670;55671;55672;55673;55674;56301;57775;57776;57777;57778;57779;68279;68280;68281;68282;68283;68284;73797;73798;73799;73800 7392;17715;17716;30301;41296;48718;54095;55482;55669;55674;56301;57775;68280;73800 Q99962 Q99962 4 2 2 Endophilin-A1 SH3GL2 sp|Q99962|SH3G2_HUMAN Endophilin-A1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SH3GL2 PE=1 SV=1 1 4 2 2 3 3 2 1 1 1 1 1 1 14.8 8.5 8.5 39.962 352 352 0.0097956 1.6617 By matching By MS/MS By MS/MS 1.1154 1.2228 7.1168 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 10.8 10.8 7.4 41842000 20179000 21663000 16503000 6351300 10152000 15155000 7936900 7218300 10183000 5890700 4292800 1854 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2-like PDCD2L sp|Q9BRP1|PDD2L_HUMAN Programmed cell death protein 2-like OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDCD2L PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 12 12 12 39.416 358 358 0 7.6845 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.96419 1.1672 9.9913 5 3 Median 1.3048 NaN 0.7876 1.2769 NaN 1.1722 12.71 NaN 2.0272 2 1 2 1 1 1 Median Median Median 12 6.4 12 97888000 51543000 46345000 39611000 16572000 23038000 21955000 11406000 10549000 36323000 23564000 12758000 1871 3574;9934 True;True 3661;10130 12431;12432;12433;34774;34775 15767;15768;15769;15770;15771;43613;43614 15768;43614 Q9BRP8 Q9BRP8 4 4 4 Partner of Y14 and mago WIBG sp|Q9BRP8|PYM1_HUMAN Partner of Y14 and mago OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PYM1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 33.3 33.3 33.3 22.655 204 204 0 18.132 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99724 1.1431 11.5 14 0 Leave out requantified 1.0055 1.0268 0.7972 1.0034 1.2003 1.3812 6.3223 5.4398 20.751 5 5 4 0 0 0 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 33.3 33.3 27 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complex GINS protein SLD5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GINS4 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 19.7 19.7 19.7 26.047 223 223 0 20.053 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.72985 0.82561 60.787 6 0 Leave out requantified 1.5894 1.0783 0.45536 1.5354 1.2355 0.67361 53.535 57.011 7.1484 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 11.2 11.2 19.7 250700000 128710000 121990000 92946000 35324000 57622000 74959000 34690000 40269000 82794000 58695000 24099000 1874 3513;15740;16230 True;True;True 3598;16068;16566 12228;12229;12230;54372;54373;54374;55986 15524;15525;15526;68135;68136;68137;70152 15526;68135;70152 Q9BRX2 Q9BRX2 7 7 7 Protein pelota homolog PELO sp|Q9BRX2|PELO_HUMAN Protein pelota homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PELO PE=1 SV=2 1 7 7 7 4 4 3 4 4 3 4 4 3 20.5 20.5 20.5 43.359 385 385 0 13.728 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0045 1.0587 83.16 11 8 Median 1.1576 1.0796 0.7527 1.0988 1.277 1.0587 133.9 22.872 44.879 4 4 3 3 2 3 Median Median Plateau 11.2 11.4 8.6 168060000 86490000 81569000 60517000 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MS/MS By MS/MS 0.73821 0.92004 21.125 12 3 Leave out requantified 0.91906 0.80696 0.58149 0.91375 0.95594 0.51809 11.57 24.299 32.515 3 6 3 1 2 0 Median Leave out requantified Plateau 13.7 35.8 13.7 225130000 128010000 97116000 55789000 27710000 28078000 117760000 64620000 53141000 51578000 35682000 15896000 1878 6201;7321;7711;13550;15034 True;True;True;True;True 6326;7467;7861;13835;15347 21163;21164;21165;21166;21167;21168;25331;26734;46945;51944;51945;51946 26709;26710;26711;26712;26713;26714;31913;33620;58656;64981;64982;64983 26711;31913;33620;58656;64981 Q9BSH4 Q9BSH4 2 2 2 Translational activator of cytochrome c oxidase 1 TACO1 sp|Q9BSH4|TACO1_HUMAN Translational activator of cytochrome c oxidase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TACO1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 12.8 12.8 12.8 32.477 297 297 0 7.9544 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.68744 0.75696 25.72 6 1 Leave out requantified 0.72489 0.70113 0.35075 0.69887 0.79179 0.5315 24.288 32.083 50.146 2 2 2 0 0 1 Median Median Median 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nuclear phosphoprotein 32 family member E ANP32E sp|Q9BTT0|AN32E_HUMAN Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANP32E PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 7.1 7.1 7.1 30.692 268 268 0.00047687 2.8168 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 7.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1889 9002 True 9183 31457 39519 39519 Q9BTV5 Q9BTV5 2 2 2 Fibronectin type III and SPRY domain-containing protein 1 FSD1 sp|Q9BTV5|FSD1_HUMAN Fibronectin type III and SPRY domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FSD1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 4.8 4.8 4.8 55.819 496 496 0.00050684 3.6398 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 4.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1890 9538;16573 True;True 9730;16915 33476;57140 42048;71617 42048;71617 Q9BTW9 Q9BTW9 14 14 14 Tubulin-specific chaperone D TBCD sp|Q9BTW9|TBCD_HUMAN Tubulin-specific chaperone D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TBCD PE=1 SV=2 1 14 14 14 12 13 13 12 13 13 12 13 13 15.9 15.9 15.9 132.6 1192 1192 0 52.848 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7736 0.99657 30.719 41 15 Leave out requantified 1.0184 0.85949 0.62685 0.98587 0.97584 1.0174 9.6464 15.001 36.953 13 15 13 5 5 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 13.5 15.2 13.8 1673400000 929890000 743500000 557130000 280380000 276750000 623150000 335440000 287710000 493120000 314070000 179040000 1891 913;1064;1691;5629;6301;7483;8355;9332;9848;11265;13078;14964;15891;17167 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 941;1094;1736;5748;6426;7631;8520;9521;10042;11483;13357;15276;16221;17514 3150;3151;3616;5737;5738;5739;19218;19219;19220;21479;21480;21481;25946;25947;25948;28948;28949;28950;32718;32719;32720;32721;32722;34485;34486;34487;34488;34489;39216;39217;39218;39219;45378;45379;45380;51736;51737;51738;54902;54903;59227;59228;59229 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6388 1.7802 47.967 4 2 Median 1.6031 NaN NaN 1.5886 NaN NaN 29.203 NaN NaN 2 1 1 1 0 1 Median Median Median 7 3.3 5.4 72448000 26196000 46253000 27030000 11208000 15823000 19466000 9201700 10264000 25952000 5786300 20166000 1898 11157;15237;16843 True;True;True 11373;15552;17186 38880;52575;58029;58030 48636;65782;72823;72824 48636;65782;72823 Q9BUQ8 Q9BUQ8 12 12 12 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 DDX23 sp|Q9BUQ8|DDX23_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX23 PE=1 SV=3 1 12 12 12 12 10 9 12 10 9 12 10 9 18.7 18.7 18.7 95.581 820 820 0 52.383 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93472 1.1063 29.782 38 15 Leave out requantified 0.96661 1.0031 0.80008 0.93992 1.1584 1.2721 25.447 14.427 49.072 14 14 10 6 6 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.7 16.1 15.6 1133900000 613540000 520390000 457110000 250540000 206570000 385310000 203290000 182020000 291510000 159720000 131800000 1899 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phosphatase 23 DUSP23 sp|Q9BVJ7|DUS23_HUMAN Dual specificity protein phosphatase 23 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DUSP23 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 7.3 7.3 7.3 16.588 150 150 0.00048804 3.174 By MS/MS By MS/MS 0.39411 0.48361 9.842 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 0 0 0 Median Median Median 7.3 0 7.3 53783000 38285000 15498000 25568000 16665000 8902900 0 0 0 28215000 21620000 6594800 1903 5566 True 5684 19000;19001 23999;24000 24000 Q9BVL2 Q9BVL2 2 2 2 Nucleoporin p58/p45 NUPL1 sp|Q9BVL2|NUP58_HUMAN Nucleoporin p58/p45 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP58 PE=1 SV=1 1 2 2 2 0 2 1 0 2 1 0 2 1 4.7 4.7 4.7 60.896 599 599 0.008165 1.7528 By MS/MS By MS/MS 0.72538 0.84458 42.286 3 2 Median NaN 0.5577 NaN NaN 0.65292 NaN NaN 36.399 NaN 0 2 1 0 1 1 Median Median Median 0 4.7 1.3 80522000 53929000 26593000 0 0 0 60114000 41764000 18350000 20408000 12166000 8242800 1904 937;7630 True;True 965;7779 3232;26448;26449 4163;33255;33256 4163;33256 Q9BVL4 Q9BVL4 1 1 1 Selenoprotein O SELO sp|Q9BVL4|SELO_HUMAN Protein adenylyltransferase SelO, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SELENOO PE=1 SV=3 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 4 4 4 73.488 669 669 0.0069324 1.8151 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 4 9564300 8074000 1490300 0 0 0 0 0 0 9564300 8074000 1490300 1905 10407 True 10615 36417 45613 45613 Q9BVM2 Q9BVM2 1 1 1 Protein DPCD DPCD sp|Q9BVM2|DPCD_HUMAN Protein DPCD OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DPCD PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5.4 5.4 5.4 23.239 203 203 0.00049432 3.3061 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83143 0.8706 10.064 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 5.4 5.4 5.4 75300000 46558000 28742000 27469000 13684000 13785000 25690000 16966000 8724100 22141000 15908000 6232800 1906 4732 True 4840 16335;16336;16337 20744;20745;20746 20744 Q9BVP2 Q9BVP2 18 18 18 Guanine nucleotide-binding protein-like 3 GNL3 sp|Q9BVP2|GNL3_HUMAN Guanine nucleotide-binding protein-like 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GNL3 PE=1 SV=2 1 18 18 18 16 17 15 16 17 15 16 17 15 35.3 35.3 35.3 61.992 549 549 0 64.764 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9659 1.1087 11.991 50 16 Leave out requantified 1.0527 0.98752 0.75913 1.0472 1.1476 1.2407 15.875 17.793 36.103 17 16 17 7 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 31.5 34.1 30.2 2786100000 1524700000 1261400000 942670000 448900000 493770000 783870000 377850000 406020000 1059600000 697960000 361610000 1907 1960;1961;4116;5981;8712;9008;9264;10429;11328;11425;12940;14209;14310;14797;14867;17093;17155;17156 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 2013;2014;4210;6105;8889;9189;9450;10637;11546;11644;13215;14503;14606;15105;15177;17440;17502;17503 6707;6708;6709;6710;6711;6712;6713;14294;14295;14296;20409;20410;20411;30315;30316;30317;30318;30319;31484;31485;31486;31487;32421;32422;32423;36488;36489;36490;39403;39404;39405;39719;44882;49157;49158;49159;49503;49504;49505;51165;51166;51167;51394;51395;51396;51397;58953;58954;58955;59186;59187;59188;59189;59190 8615;8616;8617;8618;8619;8620;8621;18120;18121;18122;18123;18124;18125;25755;25756;25757;38141;38142;38143;38144;38145;38146;38147;38148;39549;39550;39551;39552;40697;45708;45709;45710;45711;45712;45713;49282;49283;49284;49690;55988;61390;61391;61392;61843;61844;61845;61846;61847;61848;61849;63963;63964;63965;63966;64247;64248;64249;64250;64251;64252;74029;74030;74031;74032;74033;74309;74310;74311;74312;74313;74314;74315 8618;8620;18123;25755;38141;39549;40697;45711;49282;49690;55988;61390;61848;63963;64247;74030;74309;74315 Q9BVQ7 Q9BVQ7 2 2 2 Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1 SPATA5L1 sp|Q9BVQ7|SPA5L_HUMAN Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPATA5L1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 3.2 3.2 3.2 80.709 753 753 0 4.7316 By MS/MS By MS/MS 0.667 0.83215 14.943 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 1 0 Median Median Median 0 1.9 1.3 12131000 7671500 4459800 0 0 0 3044200 2211100 833140 9087000 5460400 3626600 1908 2541;12601 True;True 2605;12871 8803;43779 11231;54634 11231;54634 Q9BVS4 Q9BVS4 1 1 1 Serine/threonine-protein kinase RIO2 RIOK2 sp|Q9BVS4|RIOK2_HUMAN Serine/threonine-protein kinase RIO2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RIOK2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2.5 2.5 2.5 63.282 552 552 0 4.0966 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 2.5 0 0 4026700 4026700 0 4026700 4026700 0 0 0 0 0 0 0 1909 13634 True 13919 47219 59005 59005 Q9BW27 Q9BW27 3 3 3 Nuclear pore complex protein Nup85 NUP85 sp|Q9BW27|NUP85_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup85 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP85 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 3 7.3 7.3 7.3 75.019 656 656 0 15.201 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92208 1.0562 4.3079 7 1 Leave out requantified 1.1493 0.92208 0.72161 1.0772 1.0457 1.0717 7.0886 5.7174 6.5404 2 2 3 0 0 1 Median Median Median 3.4 3.4 7.3 143310000 77550000 65764000 40946000 17603000 23343000 40714000 20502000 20212000 61655000 39445000 22209000 1910 3182;13879;17843 True;True;True 3259;14169;18197 11069;11070;11071;48115;61565;61566;61567 13987;13988;13989;60089;77304;77305;77306;77307;77308 13988;60089;77304 Q9BW71 Q9BW71 5 5 5 HIRA-interacting protein 3 HIRIP3 sp|Q9BW71|HIRP3_HUMAN HIRA-interacting protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HIRIP3 PE=1 SV=3 1 5 5 5 3 5 2 3 5 2 3 5 2 11.2 11.2 11.2 61.956 556 556 0 10.622 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95968 1.1162 18.078 8 0 Leave out requantified 1.0239 0.93378 1.3679 0.99349 1.047 1.8121 29.224 12.663 34.346 2 4 2 0 0 0 Median Leave out requantified Median 5.2 11.2 4.3 82804000 39053000 43751000 18604000 9099900 9504200 49024000 22755000 26269000 15175000 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1482;1483;1484;1485;1486;1487;9059;9060;14778;14779;14780;15498;15499;15500;15501;15502;17129;17130;17131;19520;19521;19522;19523;19524;20149;24021;24022;24023;24024;24025;24026;24027;34931;34932;34933;34934;34935;34936;34937;34938;34939;34940;34941;34942;34943;34944;34945;34946;34947;34948;34949;34950;34951;34952;34953;34954;34955;34956;34957;34958;34959;37185;37186;37187;47956;47957;47958;47959;47960;48760;48761;48762;48763;48764;50281;50282;50283;50284;50285;50286;52774;52920;52921;52922;52923;52924;58142;70022;72077;72078;72079;72080;72081;72082;72083 1486;9060;14778;15499;17129;19524;20149;24021;24024;34935;34936;34953;37187;47959;48762;50284;52774;52921;58142;70022;72078 Q9BXS5;Q9Y6Q5 Q9BXS5 6;1 6;1 6;1 AP-1 complex subunit mu-1 AP1M1 sp|Q9BXS5|AP1M1_HUMAN AP-1 complex subunit mu-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AP1M1 PE=1 SV=3 2 6 6 6 5 6 4 5 6 4 5 6 4 17 17 17 48.586 423 423;423 0 22.594 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92154 1.044 34.022 14 7 Leave out requantified 1.1174 0.87182 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248;249;60018;60019;62253;62254;62255;67742;67743;67744;67745;67746;67747;67748 248;60019;62253;67744 Q9BY44 Q9BY44 12 12 12 Eukaryotic translation initiation factor 2A;Eukaryotic translation initiation factor 2A, N-terminally processed EIF2A sp|Q9BY44|EIF2A_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 2A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EIF2A PE=1 SV=3 1 12 12 12 11 12 11 11 12 11 11 12 11 30.3 30.3 30.3 64.989 585 585 0 104.46 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84763 0.99899 17.481 51 9 Leave out requantified 0.94375 0.83967 0.60307 0.92063 0.99805 0.87095 11.051 17.4 45.064 16 19 16 2 4 3 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 26.5 30.3 26.5 2173200000 1227100000 946110000 772030000 404730000 367300000 762460000 406530000 355930000 638730000 415850000 222880000 1925 1566;1789;2339;5686;6298;6568;8170;11467;12641;12688;14096;15827 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1609;1839;2400;5806;6423;6697;8334;11686;12912;12961;14389;16157 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processed WDR61 sp|Q9GZS3|WDR61_HUMAN WD repeat-containing protein 61 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR61 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 8.9 8.9 8.9 33.58 305 305 0 12.806 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6976 0.91442 8.4849 7 3 Leave out requantified 0.84105 0.75971 0.59315 0.84587 0.88739 0.91442 49.24 21.684 8.4849 3 2 2 2 1 0 Median Median Median 8.9 8.9 8.9 92293000 51281000 41012000 41585000 22741000 18844000 23371000 11900000 11471000 27337000 16640000 10697000 1947 4277;17639 True;True 4378;17993 14824;14825;14826;14827;60884;60885;60886 18828;18829;18830;18831;18832;76476;76477;76478;76479;76480 18828;76478 Q9GZT3 Q9GZT3 4 4 4 SRA stem-loop-interacting RNA-binding protein, mitochondrial SLIRP sp|Q9GZT3|SLIRP_HUMAN SRA stem-loop-interacting RNA-binding protein, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SLIRP PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 36.7 36.7 36.7 12.349 109 109 0 13.211 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0991 1.2677 9.7403 11 6 Leave out requantified 0.80117 1.0991 0.79901 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426 0 6.4776 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79465 0.97447 57.243 7 1 Leave out requantified 0.60189 1.0679 0.83684 0.59645 1.2358 1.2808 49.085 72.257 65.79 3 2 2 1 0 0 Median Median Median 10.6 4.5 10.1 97512000 55877000 41635000 36425000 21275000 15149000 32055000 17847000 14208000 29033000 16755000 12278000 1950 11;1268;5470;12468 True;True;True;True 11;1306;5587;12737 30;31;4333;4334;4335;18689;18690;43356 43;5589;5590;5591;23608;23609;54101 43;5591;23609;54101 Q9GZZ1 Q9GZZ1 11 11 11 N-alpha-acetyltransferase 50 NAA50 sp|Q9GZZ1|NAA50_HUMAN N-alpha-acetyltransferase 50 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAA50 PE=1 SV=1 1 11 11 11 10 8 8 10 8 8 10 8 8 50.9 50.9 50.9 19.398 169 169 0 38.622 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.99615 1.1941 19.085 40 18 Leave out requantified 1.1393 1.0864 0.79848 1.1061 1.2427 1.1976 20.928 22.775 27.061 15 13 12 9 5 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 44.4 50.9 44.4 1401700000 743150000 658590000 551730000 267910000 283820000 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sp|Q9GZZ9|UBA5_HUMAN Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBA5 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 8.9 8.9 8.9 44.863 404 404 0 20.323 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81602 1.1282 23.338 7 4 Median 0.99955 0.81602 0.81738 0.99802 0.9464 1.331 32.797 18.129 23.382 2 3 2 1 2 1 Median Median Median 8.9 8.9 8.9 277580000 122400000 155180000 78701000 26483000 52218000 126820000 55447000 71377000 72052000 40471000 31581000 1952 9143;9809 True;True 9327;10003 31970;31971;31972;31973;34353;34354;34355 40135;40136;40137;40138;40139;40140;43097;43098;43099 40135;43097 Q9H063 Q9H063 2 2 2 Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog MAF1 sp|Q9H063|MAF1_HUMAN Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAF1 PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 2 1 0 2 1 0 2 1 15.2 15.2 15.2 28.77 256 256 0 5.6369 By MS/MS By MS/MS 0.89935 1.0482 47.205 3 2 Median NaN 0.74501 NaN NaN 0.83544 NaN NaN 32.085 NaN 0 2 1 0 1 1 Median Median Median 0 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785;786;787;14145;14146;14147;14148;14149;16789;16790;16791;21153;21154;21155;21156;21157;26396;26397;26398;38888;38889;38890;38891;38892;56478;56479;64387;64388;64389 1005;1006;1007;1008;1009;1010;17962;17963;17964;17965;17966;21279;26697;26698;26699;26700;26701;26702;26703;26704;33186;33187;33188;33189;33190;33191;48644;48645;48646;70783;70784;70785;80813;80814 1008;17965;21279;26698;33186;48644;48645;70784;80814 Q9H089 Q9H089 3 3 3 Large subunit GTPase 1 homolog LSG1 sp|Q9H089|LSG1_HUMAN Large subunit GTPase 1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LSG1 PE=1 SV=2 1 3 3 3 3 2 2 3 2 2 3 2 2 4.3 4.3 4.3 75.225 658 658 0 3.7251 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.98993 1.0892 28.833 8 2 Leave out requantified 1.2291 0.86777 0.72877 1.2028 1.0132 1.0949 27.697 43.132 92.742 3 3 2 1 0 1 Plateau Median Median 4.3 4.3 3 3169900000 1399300000 1770600000 95684000 38857000 56827000 3006100000 1321500000 1684600000 68143000 39023000 29119000 1955 5920;5921;12924 True;True;True 6043;6044;13199 20222;20223;20224;20225;20226;20227;44847;44848 25513;25514;25515;25516;25517;25518;25519;25520;25521;25522;25523;55949 25514;25516;55949 Q9H0A0 Q9H0A0 4 4 4 N-acetyltransferase 10 NAT10 sp|Q9H0A0|NAT10_HUMAN RNA cytidine acetyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NAT10 PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 4.5 4.5 4.5 115.73 1025 1025 0 16.297 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80848 0.88739 18.645 11 5 Leave out requantified 1.0202 0.91063 0.63131 1.0009 1.0698 1.0124 41.33 27.542 16.106 4 4 3 2 2 1 Median Median Median 4.5 3.7 2.7 212220000 110700000 101530000 70894000 33736000 37157000 84346000 40219000 44127000 56981000 36741000 20241000 1956 642;9841;13438;13538 True;True;True;True 662;10035;13722;13823 2206;2207;34461;46601;46602;46603;46604;46605;46606;46607;46608;46910;46911;46912 2850;2851;43226;58217;58218;58219;58220;58221;58222;58223;58610 2851;43226;58218;58610 Q9H0A8 Q9H0A8 1 1 1 COMM domain-containing protein 4 COMMD4 sp|Q9H0A8|COMD4_HUMAN COMM domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COMMD4 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 9.5 9.5 9.5 21.764 199 199 0.00047619 2.8015 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 9.5 15790000 9975100 5814500 0 0 0 0 0 0 15790000 9975100 5814500 1957 7280 True 7425 25196 31765 31765 Q9H0B6 Q9H0B6 9 5 5 Kinesin light chain 2 KLC2 sp|Q9H0B6|KLC2_HUMAN Kinesin light chain 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KLC2 PE=1 SV=1 1 9 5 5 9 8 7 5 5 5 5 5 5 15.6 10.1 10.1 68.934 622 622 0 21.174 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89336 0.99769 14.222 16 7 Leave out requantified 1.0317 0.94262 0.86243 0.97856 1.0821 1.1765 25.354 11.553 20.379 7 5 4 4 2 1 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 15.6 14.5 13 236950000 123600000 113350000 112510000 55203000 57311000 72012000 37963000 34050000 52429000 30439000 21990000 1958 1620;3171;3202;8972;9991;12803;15227;16846;18399 True;True;False;True;False;False;True;True;False 1664;3248;3279;9153;10189;13078;15541;17189;18764 5523;5524;5525;11019;11020;11021;11022;11140;31346;31347;31348;34991;34992;34993;44468;44469;44470;52540;52541;52542;52543;52544;58040;58041;58042;63395;63396 7142;7143;7144;13925;13926;13927;13928;13929;14086;39375;43879;43880;43881;55475;55476;55477;55478;65736;65737;65738;65739;65740;65741;72834;72835;72836;79533 7143;13925;14086;39375;43880;55475;65739;72836;79533 Q9H0C8 Q9H0C8 9 9 9 Integrin-linked kinase-associated serine/threonine phosphatase 2C ILKAP sp|Q9H0C8|ILKAP_HUMAN Integrin-linked kinase-associated serine/threonine phosphatase 2C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ILKAP PE=1 SV=1 1 9 9 9 6 8 6 6 8 6 6 8 6 25.3 25.3 25.3 42.906 392 392 0 30.957 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.76167 0.97168 35.463 22 10 Leave out requantified 0.99912 0.8216 0.6066 0.96949 0.92893 0.98189 5.4389 22.966 37.57 6 9 7 2 7 1 Leave out requantified Median Leave out requantified 14.5 22.4 14.5 916930000 502500000 414430000 296290000 140280000 156010000 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True;True;True;True;True 2784;6940;12660;12832;12844 9422;23176;23177;43093;43094;43644;43645;43684;43685 11979;29261;29262;53782;53783;54454;54455;54505;54506 11979;29261;53783;54454;54506 Q9H0F6 Q9H0F6 1 1 1 Sharpin SHARPIN sp|Q9H0F6|SHRPN_HUMAN Sharpin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SHARPIN PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3.6 3.6 3.6 39.949 387 387 0.0018215 2.3125 By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 0 Median Median Median 0 0 3.6 11546000 6955700 4590200 0 0 0 0 0 0 11546000 6955700 4590200 1961 3287 True 3367 11451 14522 14522 Q9H0G5 Q9H0G5 2 2 2 Nuclear speckle splicing regulatory protein 1 NSRP1 sp|Q9H0G5|NSRP1_HUMAN Nuclear speckle splicing regulatory protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NSRP1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 5 5 5 66.389 558 558 0 4.3679 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1295 1.2957 22.288 5 3 Median 1.0871 1.1919 NaN 1.0835 1.3291 NaN 6.0048 3.6055 NaN 2 2 1 1 1 1 Median Median Median 5 5 2.7 85779000 38779000 46999000 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44.286 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95387 1.0694 26.283 8 5 Median 0.86827 1.1085 0.51797 0.86256 1.3261 0.80829 14.194 4.3633 35.894 3 3 2 2 1 2 Median Median Median 46.3 46.3 42.8 646400000 341920000 304480000 270850000 136780000 134070000 226670000 110210000 116460000 148890000 94925000 53962000 1964 3480;4817;10474;11629;12000;15766;15825 False;False;False;True;True;False;False 3565;4925;10682;11856;12253;16094;16155 12107;12108;12109;12110;12111;12112;16601;16602;16603;16604;36630;36631;36632;40390;40391;40392;41699;41700;41701;41702;41703;54463;54464;54667;54668;54669 15354;15355;15356;15357;15358;15359;15360;15361;15362;15363;15364;15365;21053;21054;21055;21056;21057;21058;45885;45886;45887;45888;45889;45890;50484;50485;50486;52104;52105;52106;52107;52108;52109;52110;68246;68247;68248;68249;68486;68487;68488;68489;68490 15362;21057;45885;50486;52106;68249;68489 Q9H0W8 Q9H0W8 1 1 1 Protein SMG9 SMG9 sp|Q9H0W8|SMG9_HUMAN Protein SMG9 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMG9 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 6.3 6.3 6.3 57.65 520 520 0.006087 1.8597 By MS/MS By MS/MS 0.64077 0.65552 1.1364 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 1 1 0 Median Median Median 6.3 6.3 0 27102000 18917000 8185100 14581000 10825000 3756100 12521000 8091800 4429000 0 0 0 1965 3437 True 3522 11984;11985 15203;15204 15203 Q9H1E3 Q9H1E3 2 2 2 Nuclear ubiquitous casein and cyclin-dependent kinase substrate 1 NUCKS1 sp|Q9H1E3|NUCKS_HUMAN Nuclear ubiquitous casein and cyclin-dependent kinase substrate 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUCKS1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 11.5 11.5 11.5 27.296 243 243 0 4.303 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78499 1.2276 19.085 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.7 3.7 11.5 280380000 149090000 131290000 87610000 45823000 41787000 90460000 49409000 41051000 102300000 53857000 48448000 1966 1543;17996 True;True 1586;18353 5256;5257;5258;62058 6778;6779;77904 6778;77904 Q9H1H9;Q9NQT8 Q9H1H9 6;1 6;1 6;1 Kinesin-like protein KIF13A KIF13A sp|Q9H1H9|KI13A_HUMAN Kinesin-like protein KIF13A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIF13A PE=1 SV=2 2 6 6 6 4 5 5 4 5 5 4 5 5 4.2 4.2 4.2 202.31 1805 1805;1826 0 10.192 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73067 0.95924 30.805 13 8 Leave out requantified 1.2765 1.0436 0.76383 1.2314 1.1957 1.0586 32.261 17.308 18.615 4 5 4 3 4 1 Median Median Median 2.7 3.5 3.5 199880000 108590000 91290000 96075000 51441000 44633000 57141000 30933000 26208000 46666000 26217000 20449000 1967 4129;8366;9497;13414;14190;16410 True;True;True;True;True;True 4223;8531;9688;13698;14484;16748 14335;14336;14337;14338;28984;33326;33327;46525;46526;46527;49092;49093;56567;56568;56569;56570 18175;18176;18177;36404;41835;41836;58120;58121;58122;61299;61300;70896;70897;70898;70899;70900 18177;36404;41836;58122;61300;70898 Q9H1I8 Q9H1I8 1 1 1 Activating signal cointegrator 1 complex subunit 2 ASCC2 sp|Q9H1I8|ASCC2_HUMAN Activating signal cointegrator 1 complex subunit 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ASCC2 PE=1 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1 1 0 12.4 12.4 12.4 32.447 275 275 0.00049554 3.3548 By MS/MS By MS/MS 1.1548 1.2526 81.939 2 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 1 0 Median Median Median 5.5 6.9 0 35788000 14112000 21676000 23977000 8413600 15563000 11811000 5698400 6112600 0 0 0 1970 4597;9861 True;True 4703;10055 15882;34531 20185;43319 20185;43319 Q9H201 Q9H201 2 1 1 Epsin-3 EPN3 sp|Q9H201|EPN3_HUMAN Epsin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EPN3 PE=2 SV=1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 3.5 1.6 1.6 68.221 632 632 0 4.3638 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.70971 1.0611 16.398 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 33674000 19022000 14652000 11379000 5529800 5849400 12613000 7753200 4859800 9681400 5738700 3942700 1971 1054;12229 True;False 1084;12485 3576;3577;3578;42463;42464;42465;42466;42467 4602;4603;4604;4605;4606;4607;53019;53020;53021;53022;53023 4605;53022 Q9H211 Q9H211 1 1 1 DNA replication factor Cdt1 CDT1 sp|Q9H211|CDT1_HUMAN DNA replication factor Cdt1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDT1 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5 3.5 3.5 60.39 546 546 0 5.0396 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 0 0 0 0 Median Median Median 3.5 3.5 3.5 45072000 37956000 7116000 13089000 13089000 0 21746000 14630000 7116000 10237000 10237000 0 1972 431 True 445 1496;1497;1498 1929;1930;1931 1930 331 321 Q9H223 Q9H223 13 12 10 EH domain-containing protein 4 EHD4 sp|Q9H223|EHD4_HUMAN EH domain-containing protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EHD4 PE=1 SV=1 1 13 12 10 9 7 11 8 7 10 7 6 8 27.4 25.9 22.4 61.174 541 541 0 59.122 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.8555 0.93557 16.043 25 12 Leave out requantified 0.93777 0.78767 0.55214 0.93024 0.92732 0.82713 6.7951 13.552 24.761 8 8 9 3 4 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.4 14 22.2 943580000 501980000 441600000 309940000 153130000 156810000 305280000 158570000 146710000 328360000 190280000 138070000 1973 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True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 357;403;404;574;935;1466;2752;4667;4832;8371;8372;8755;9233;9540;13828;13934;18307 1206;1332;1333;1334;1335;1336;1874;3131;3132;3133;4848;4849;9316;15767;15768;16297;16298;16299;28445;28446;28447;28448;28449;28450;29742;29743;29744;31637;32786;46923;46924;46925;46926;47260;61902;61903;61904 1555;1719;1720;1721;1722;1723;1724;2399;4051;4052;4053;6221;6222;6223;6224;11836;20040;20041;20696;20697;20698;20699;20700;20701;35731;35732;35733;35734;35735;35736;35737;35738;37342;37343;37344;37345;37346;39713;41151;58624;58625;58626;58627;59053;77701 1555;1719;1724;2399;4052;6223;11836;20041;20700;35732;35737;37343;39713;41151;58626;59053;77701 Q9H2J4 Q9H2J4 5 5 5 Phosducin-like protein 3 PDCL3 sp|Q9H2J4|PDCL3_HUMAN Phosducin-like protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDCL3 PE=1 SV=1 1 5 5 5 5 5 4 5 5 4 5 5 4 25.1 25.1 25.1 27.614 239 239 0 29.868 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71936 0.80612 17.954 12 3 Leave out 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Median 3.7 3.7 1.5 77572000 36934000 40638000 35286000 14770000 20515000 31131000 14786000 16345000 11156000 7377900 3777700 1980 4178;12469 True;True 4272;12738 14490;14491;43357;43358;43359 18372;18373;18374;54102;54103;54104 18372;54104 Q9H307 Q9H307 4 4 4 Pinin PNN sp|Q9H307|PININ_HUMAN Pinin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PNN PE=1 SV=5 1 4 4 4 3 2 3 3 2 3 3 2 3 5.4 5.4 5.4 81.627 717 717 0 5.7791 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83493 0.88683 17.175 7 1 Leave out requantified 0.73512 0.85464 0.661 0.7119 0.96625 0.88683 29.828 5.931 22.876 2 2 3 1 0 0 Median Median Leave out requantified 3.9 2.8 4.3 80115000 46105000 34009000 22758000 11938000 10820000 24545000 13616000 10929000 32812000 20552000 12260000 1981 3689;5142;11566;11775 True;True;True;True 3778;5253;11790;12016 12827;17644;17645;17646;40171;40932;40933;40934 16296;22323;22324;50220;51137;51138;51139 16296;22324;50220;51138 Q9H3H1 Q9H3H1 2 2 2 tRNA dimethylallyltransferase, mitochondrial TRIT1 sp|Q9H3H1|MOD5_HUMAN tRNA dimethylallyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRIT1 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 0 1 2 0 1 2 0 2.8 2.8 2.8 52.725 467 467 0.0039805 2.0325 By MS/MS By MS/MS 0.98141 0.98509 3.6583 3 0 Plateau 0.98141 NaN NaN 0.92461 NaN NaN 0 NaN NaN 2 1 0 0 0 0 Median Median Median 2.8 2.8 0 18367000 8724100 9643200 11939000 5570700 6368700 6427900 3153400 3274500 0 0 0 1982 1459;1460 True;True 1498;1499 4949;4950;4951;4952 6355;6356 6355;6356 Q9H3H3 Q9H3H3 2 2 2 UPF0696 protein C11orf68 C11orf68 sp|Q9H3H3|CK068_HUMAN UPF0696 protein C11orf68 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C11orf68 PE=1 SV=3 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 8.2 8.2 8.2 31.43 292 292 0 8.6521 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7037 0.72505 34.26 5 2 Median 0.93581 0.72139 NaN 0.91039 0.82243 NaN 35.204 55.697 NaN 2 2 1 1 1 0 Median Median Median 8.2 8.2 8.2 125530000 68326000 57206000 50838000 25378000 25460000 48165000 25463000 22702000 26529000 17485000 9044400 1983 1697;13598 True;True 1742;13883 5753;5754;5755;47108;47109;47110 7417;7418;7419;7420;58863;58864;58865 7417;58864 Q9H3P2 Q9H3P2 2 2 2 Negative elongation factor A NELFA sp|Q9H3P2|NELFA_HUMAN Negative elongation factor A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NELFA PE=1 SV=3 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 10.2 10.2 10.2 57.276 528 528 0 12.161 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80537 0.91639 16.946 4 4 Median NaN NaN 0.60266 NaN NaN 0.85598 NaN NaN 22.327 1 1 2 1 1 2 Median Median Median 6.2 10.2 10.2 90887000 64815000 26072000 16725000 10553000 6171900 26213000 17835000 8378000 47949000 36427000 11522000 1984 3308;15888 True;True 3389;16218 11518;11519;54885;54886;54887 14613;14614;68772;68773;68774 14613;68773 Q9H3P7 Q9H3P7 6 6 6 Golgi resident protein GCP60 ACBD3 sp|Q9H3P7|GCP60_HUMAN Golgi resident protein GCP60 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACBD3 PE=1 SV=4 1 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 19.1 19.1 19.1 60.593 528 528 0 49.713 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81318 1.0591 16.604 14 5 Leave out requantified 1.063 0.71743 0.70455 1.0591 0.81423 1.1377 14.386 13.47 29.883 5 4 5 1 2 2 Leave out requantified Median Leave out requantified 16.7 16.3 16.7 317520000 181890000 135640000 112820000 64755000 48066000 81613000 51719000 29894000 123090000 65415000 57675000 1985 425;6453;8283;11992;13394;15727 True;True;True;True;True;True 439;6581;8448;12245;13678;16055 1474;1475;1476;1477;21953;21954;21955;28725;41678;41679;46453;46454;46455;54323;54324;54325 1904;1905;1906;1907;27679;27680;27681;27682;27683;27684;36075;52080;52081;58041;58042;58043;58044;58045;68070;68071;68072;68073 1904;27679;36075;52081;58045;68070 Q9H3Q1 Q9H3Q1 1 1 1 Cdc42 effector protein 4 CDC42EP4 sp|Q9H3Q1|BORG4_HUMAN Cdc42 effector protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC42EP4 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 5.6 5.6 5.6 37.979 356 356 0.0094057 1.693 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 5.6 0 5.6 4953600 3154600 1799000 0 0 0 0 0 0 4953600 3154600 1799000 1986 506 True 521 1703;1704 2169;2170;2171 2170 Q9H3R5 Q9H3R5 1 1 1 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Ran-binding protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RANBP3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4.8 4.8 4.8 60.209 567 567 0 6.6317 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.66963 0.83011 10.333 6 2 Leave out requantified 1.3839 0.73862 0.41355 1.3326 0.85498 0.60917 17.344 33.76 14.837 2 2 2 1 1 0 Median Median Median 4.8 4.8 4.8 109730000 65391000 44334000 31007000 14953000 16055000 32753000 17396000 15357000 45965000 33042000 12923000 2008 8437;10680 True;True 8607;10892 29251;29252;29253;37278;37279;37280 36745;36746;36747;36748;36749;46681;46682;46683;46684 36747;46683 Q9H773 Q9H773 4 4 4 dCTP pyrophosphatase 1 DCTPP1 sp|Q9H773|DCTP1_HUMAN dCTP pyrophosphatase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCTPP1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 22.9 22.9 22.9 18.681 170 170 0 27.562 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.56045 0.64179 14.924 12 6 Leave out requantified 0.68245 0.72249 0.30927 0.65336 0.82462 0.4473 24.962 48.298 40.165 4 4 4 2 2 2 Median Linear Median 22.9 22.9 22.9 303920000 199680000 104230000 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OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2Z PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 7 6 6 7 6 6 7 6 25.1 25.1 25.1 38.21 354 354 0 22.886 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82413 0.91863 10.556 21 10 Leave out requantified 0.96802 0.7792 0.58851 0.94211 0.90305 0.89126 19.276 14.376 11.939 6 8 7 2 4 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 18.4 25.1 22.9 1068400000 608000000 460400000 335220000 164430000 170800000 397970000 217830000 180130000 335200000 225740000 109460000 2012 2434;10059;10670;12743;14249;15416;16726 True;True;True;True;True;True;True 2498;10258;10881;13017;14543;15735;17068 8409;8410;35193;35194;35195;37251;37252;37253;44276;44277;44278;49275;49276;49277;53204;53205;57641;57642;57643;57644;57645 10750;10751;44127;44128;44129;46644;46645;46646;46647;46648;55226;55227;55228;55229;61539;61540;61541;66610;66611;66612;72329;72330;72331;72332;72333;72334 10751;44129;46645;55226;61539;66612;72332 Q9H845 Q9H845 1 1 1 Acyl-CoA dehydrogenase family member 9, mitochondrial ACAD9 sp|Q9H845|ACAD9_HUMAN Acyl-CoA dehydrogenase family member 9, mitochondrial OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ACAD9 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.1 2.1 2.1 68.76 621 621 0.0013761 2.3746 By MS/MS By matching By matching 0.64871 0.73505 30.469 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.1 2.1 2.1 50732000 29824000 20908000 17149000 7784500 9364900 14664000 8526300 6137800 18918000 13513000 5404900 2013 6619 True 6748 22492;22493;22494 28346 28346 Q9H8Y8 Q9H8Y8 4 4 4 Golgi reassembly-stacking protein 2 GORASP2 sp|Q9H8Y8|GORS2_HUMAN Golgi reassembly-stacking protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GORASP2 PE=1 SV=3 1 4 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 3 8.6 8.6 8.6 47.145 452 452 0 13.581 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.69023 0.86837 8.76 13 5 Leave out requantified 0.90783 0.69023 0.54118 0.92919 0.76076 0.83143 9.1414 4.5481 26.944 4 5 4 1 2 2 Leave out requantified Leave out requantified Median 8.6 8.6 5.1 475780000 257040000 218740000 152660000 68989000 83669000 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sp|Q9H939|PPIP2_HUMAN Proline-serine-threonine phosphatase-interacting protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PSTPIP2 PE=1 SV=4 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3.9 3.9 3.9 38.858 334 334 0.00049727 3.3977 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82603 0.97407 4.3599 6 0 Leave out requantified 0.94691 0.82603 0.67803 0.9378 0.97407 0.9503 21.272 4.3599 5.9853 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 3.9 3.9 3.9 62453000 33595000 28858000 22289000 11685000 10604000 19621000 9082100 10539000 20542000 12828000 7714500 2016 1983;2486 True;True 2036;2550 6786;6787;6788;8580;8581;8582 8708;8709;10965;10966 8709;10965 Q9H944 Q9H944 1 1 1 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 MED20 sp|Q9H944|MED20_HUMAN Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MED20 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.6 6.6 6.6 23.222 212 212 0 9.4496 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.2014 1.2196 17.302 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 6.6 6.6 6.6 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complex subunit 7b COPS7B sp|Q9H9Q2|CSN7B_HUMAN COP9 signalosome complex subunit 7b OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COPS7B PE=1 SV=1 1 6 6 6 4 6 4 4 6 4 4 6 4 26.5 26.5 26.5 29.622 264 264 0 89.578 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.92302 1.0714 3.2415 20 7 Leave out requantified 1.1094 1.0171 0.67061 1.0893 1.1781 1.0463 34.581 15.196 11.939 7 8 5 4 2 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 20.1 26.5 20.1 806000000 438140000 367860000 351730000 175950000 175790000 253780000 129470000 124310000 200490000 132720000 67769000 2020 1464;1465;2441;4444;7149;16212 True;True;True;True;True;True 1504;1505;2505;4548;7291;16548 4969;4970;4971;4972;4973;4974;4975;4976;4977;8430;15362;15363;15364;24627;55918;55919;55920;55921;55922;55923;55924 6379;6380;6381;6382;6383;6384;6385;6386;6387;6388;10775;19517;19518;19519;30965;70070;70071;70072;70073;70074;70075;70076;70077;70078 6384;6386;10775;19519;30965;70073 Q9H9T3 Q9H9T3 5 5 5 Elongator complex protein 3 ELP3 sp|Q9H9T3|ELP3_HUMAN Elongator 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ligase PPCS sp|Q9HAB8|PPCS_HUMAN Phosphopantothenate--cysteine ligase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPCS PE=1 SV=2 1 7 7 7 6 3 6 6 3 6 6 3 6 20.3 20.3 20.3 34.005 311 311 0 13.451 By MS/MS By matching By MS/MS 0.86516 1.0083 14.067 14 5 Leave out requantified 1.1094 0.86516 0.49396 1.0871 1.0083 0.78951 2.8682 16.807 25.959 6 3 5 3 0 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 17.4 10.3 20.3 494570000 289510000 205060000 203600000 98330000 105270000 113900000 62909000 50990000 177070000 128270000 48795000 2024 5157;6767;7285;8294;8527;10491;10583 True;True;True;True;True;True;True 5268;6900;7430;8459;8699;10699;10791 17683;17684;23028;25207;28756;28757;29538;29539;29540;36683;36684;36685;36986;36987;36988 22358;22359;29075;31775;36128;36129;37090;37091;45966;46322 22359;29075;31775;36128;37091;45966;46322 Q9HAS0 Q9HAS0 1 1 1 Protein Njmu-R1 C17orf75 sp|Q9HAS0|NJMU_HUMAN Protein Njmu-R1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=C17orf75 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 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2277;26743;26744;26745;26746;26747;26748;26749;49862;49863;71947;71948;71949 2277;26743;49863;71947 Q9HB71 Q9HB71 18 18 18 Calcyclin-binding protein CACYBP sp|Q9HB71|CYBP_HUMAN Calcyclin-binding protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CACYBP PE=1 SV=2 1 18 18 18 17 18 15 17 18 15 17 18 15 74.6 74.6 74.6 26.21 228 228 0 177.15 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79222 0.87604 17.618 88 39 Leave out requantified 1.006 0.74338 0.45536 1.0147 0.83862 0.73371 15.965 17.239 16.508 31 30 27 12 11 16 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 69.7 74.6 69.7 9246200000 5494100000 3752100000 3390200000 1723000000 1667200000 2811700000 1538400000 1273300000 3044300000 2232700000 811580000 2032 353;2574;3829;3830;3864;3865;8403;8404;8607;8619;8937;14224;14545;15347;15525;17777;18172;18173 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 363;2638;3921;3922;3957;3958;8573;8574;8780;8792;9117;9118;14518;14848;15664;15665;15847;18131;18531;18532 1216;1217;1218;1219;1220;8928;13326;13327;13328;13329;13330;13331;13332;13333;13334;13335;13336;13337;13338;13339;13340;13341;13342;13343;13472;13473;13474;13475;13476;13477;13478;13479;29149;29150;29151;29152;29153;29154;29155;29156;29832;29833;29834;29835;29836;29837;29880;29881;29882;29883;29884;29885;31201;31202;31203;31204;31205;31206;31207;31208;31209;31210;49203;49204;49205;50305;50306;50307;52953;52954;52955;52956;52957;52958;52959;52960;52961;53583;53584;53585;61336;61337;61338;61339;61340;61341;62617;62618;62619;62620;62621;62622;62623;62624;62625 1567;1568;1569;1570;1571;1572;11384;16964;16965;16966;16967;16968;16969;16970;16971;16972;16973;16974;16975;16976;16977;16978;16979;16980;16981;16982;16983;16984;16985;17145;17146;17147;17148;17149;17150;17151;17152;36619;36620;36621;36622;36623;36624;36625;36626;36627;37460;37461;37462;37463;37464;37465;37466;37467;37527;37528;37529;37530;37531;37532;37533;37534;39201;39202;39203;39204;39205;39206;39207;39208;39209;39210;39211;39212;39213;39214;39215;61449;61450;61451;61452;61453;61454;62850;62851;62852;62853;66285;66286;66287;66288;66289;66290;66291;66292;66293;66294;66295;66296;66297;67112;67113;67114;77030;77031;77032;77033;77034;77035;78557;78558;78559;78560;78561;78562;78563;78564;78565;78566;78567 1571;11384;16964;16983;17145;17152;36619;36624;37465;37529;39209;61450;62853;66297;67112;77035;78559;78562 332;333 127;206 Q9HB90;Q9NQL2 Q9HB90;Q9NQL2 1;1 1;1 1;1 Ras-related GTP-binding protein C;Ras-related GTP-binding protein D RRAGC;RRAGD sp|Q9HB90|RRAGC_HUMAN Ras-related GTP-binding protein C OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRAGC PE=1 SV=1;sp|Q9NQL2|RRAGD_HUMAN Ras-related GTP-binding protein D OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RRAGD PE=1 SV=1 2 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 2.3 2.3 2.3 44.223 399 399;400 0.00048426 3.0744 By MS/MS By MS/MS 0.77505 0.99726 28.227 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 1 1 0 0 0 Median Median Median 0 2.3 2.3 26290000 14345000 11945000 0 0 0 13046000 5735700 7309900 13245000 8609300 4635400 2033 436 True 450 1512;1513 1944;1945 1944 Q9HBI1 Q9HBI1 2 2 2 Beta-parvin PARVB sp|Q9HBI1|PARVB_HUMAN Beta-parvin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PARVB PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 6.6 6.6 6.6 41.714 364 364 0 10.758 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.4581 0.55915 27.13 4 3 Median NaN NaN 0.47994 NaN NaN 0.71228 NaN NaN 9.2883 1 1 2 1 1 1 Median Median Median 3.8 6.6 6.6 71821000 50944000 20878000 28356000 21187000 7168200 20918000 16165000 4753100 22547000 13591000 8956400 2034 4695;10742 True;True 4802;10954 16196;16197;37495;37496;37497 20579;20580;46963;46964;46965 20580;46963 Q9HBL8 Q9HBL8 5 5 5 NmrA-like family domain-containing protein 1 NMRAL1 sp|Q9HBL8|NMRL1_HUMAN NmrA-like family domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NMRAL1 PE=1 SV=1 1 5 5 5 2 2 2 2 2 2 2 2 2 19.7 19.7 19.7 33.344 299 299 0 13.825 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.35402 0.37804 76.766 4 4 Median NaN NaN 0.42117 NaN NaN 0.64684 NaN NaN 120.12 1 1 2 1 1 2 Median Median Median 10 7 6.7 119400000 95653000 23749000 67480000 59162000 8317800 12603000 8642400 3960900 39319000 27849000 11471000 2035 1051;7284;11885;15963;18794 True;True;True;True;True 1081;7429;12131;16293;19165 3569;25205;25206;41281;55115;64707 4592;31773;31774;51579;69056;81239 4592;31774;51579;69056;81239 Q9HBM1 Q9HBM1 3 3 3 Kinetochore protein Spc25 SPC25 sp|Q9HBM1|SPC25_HUMAN Kinetochore protein Spc25 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SPC25 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 1 2 3 1 2 3 1 2 18.8 18.8 18.8 26.152 224 224 0 14.236 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.75704 0.89161 17.813 6 2 Leave out requantified 1.0108 NaN 0.60079 0.96816 NaN 0.87127 36.762 NaN 26.571 3 1 2 1 1 0 Plateau Median Median 18.8 5.4 15.2 88990000 48340000 40650000 43622000 22345000 21277000 11665000 6253500 5411600 33703000 19741000 13961000 2036 2987;3130;15124 True;True;True 3061;3206;15438 10391;10895;10896;52228;52229;52230 13190;13782;13783;65339;65340;65341 13190;13782;65339 Q9HC35 Q9HC35 6 6 6 Echinoderm microtubule-associated protein-like 4 EML4 sp|Q9HC35|EMAL4_HUMAN Echinoderm microtubule-associated protein-like 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EML4 PE=1 SV=3 1 6 6 6 5 4 3 5 4 3 5 4 3 8.4 8.4 8.4 108.91 981 981 0 24.436 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79712 0.91016 67.564 13 10 Median 1.356 0.5621 0.46537 1.3157 0.64551 0.74312 57.345 47.024 92.537 5 4 4 4 3 3 Median Median Median 5.9 4.7 4.9 226200000 134270000 91930000 72035000 33312000 38723000 67904000 45230000 22674000 86257000 55725000 30532000 2037 3047;3724;7355;7855;16378;16403 True;True;True;True;True;True 3121;3813;7502;8009;16715;16741 10612;10613;10614;10615;10616;12931;12932;12933;25500;25501;27235;56465;56547;56548;56549 13451;13452;13453;13454;13455;16431;16432;16433;32092;32093;34271;70768;70868;70869;70870 13455;16432;32093;34271;70768;70869 Q9HCE5 Q9HCE5 1 1 1 N6-adenosine-methyltransferase subunit METTL14 METTL14 sp|Q9HCE5|MET14_HUMAN N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit OS=Homo sapiens OX=9606 GN=METTL14 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.4 2.4 2.4 52.15 456 456 0 5.7452 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.93795 0.96228 8.6684 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 2.4 2.4 2.4 44875000 24654000 20221000 15297000 7548600 7748500 14029000 7243100 6786300 15548000 9862300 5686100 2038 1451 True 1490 4923;4924;4925;4926 6324;6325;6326;6327;6328;6329 6329 Q9HCN4 Q9HCN4 3 3 3 GPN-loop GTPase 1 GPN1 sp|Q9HCN4|GPN1_HUMAN GPN-loop GTPase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GPN1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 2 3 3 2 10.7 10.7 10.7 41.74 374 374 0 19.073 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95174 0.9418 29.38 8 5 Median 0.97761 0.92914 0.83567 0.97042 0.8002 1.2398 22.025 34.899 43.111 3 3 2 2 2 1 Median Plateau Median 10.7 10.7 7.8 222690000 111180000 111510000 82347000 39918000 42429000 87369000 46460000 40909000 52973000 24803000 28169000 2039 2749;2914;14572 True;True;True 2816;2985;14875 9551;9552;9553;10135;10136;10137;50397;50398 12152;12153;12154;12850;12851;12852;12853;62959;62960 12152;12852;62960 Q9HD26 Q9HD26 4 4 4 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein GOPC sp|Q9HD26|GOPC_HUMAN Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GOPC PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 9.3 9.3 9.3 50.519 462 462 0 19.084 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84416 0.9323 1.0759 6 1 Leave out requantified 0.84333 0.69298 0.8551 0.82711 0.79813 1.2533 7.9246 20.898 14.842 2 2 2 0 1 0 Median Median Median 9.3 7.4 9.3 146780000 94669000 52112000 55356000 34103000 21254000 36904000 22941000 13963000 54521000 37625000 16895000 2040 3300;11450;11451;14183 True;True;True;True 3381;11669;11670;14477 11491;11492;39798;39799;39800;39801;49073;49074;49075 14576;49776;49777;49778;49779;61275;61276;61277;61278;61279;61280 14576;49776;49777;61280 Q9NNW5 Q9NNW5 2 2 2 WD repeat-containing protein 6 WDR6 sp|Q9NNW5|WDR6_HUMAN WD repeat-containing protein 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDR6 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 0 1 1 0 1 1 0 2.8 2.8 2.8 121.72 1121 1121 0.0031348 2.1616 By MS/MS By MS/MS 0.91398 0.97542 11.932 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 1.1 1.7 0 28723000 16333000 12390000 13297000 6295600 7001000 15426000 10037000 5389100 0 0 0 2041 17124;18061 True;True 17471;18419 59066;62264 74177;78140 74177;78140 Q9NP61 Q9NP61 2 2 2 ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 3 ARFGAP3 sp|Q9NP61|ARFG3_HUMAN ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARFGAP3 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 2 1 4.1 4.1 4.1 56.928 516 516 0 4.4284 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81926 0.94636 9.8235 3 0 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 1.9 4.1 1.9 63566000 36083000 27483000 21671000 10952000 10718000 22410000 12737000 9673500 19485000 12393000 7091200 2042 1511;9429 True;True 1553;9618 5145;5146;5147;33056 6626;6627;6628;6629;41480 6628;41480 Q9NP73 Q9NP73 1 1 1 Putative bifunctional UDP-N-acetylglucosamine transferase and deubiquitinase ALG13 ALG13 sp|Q9NP73|ALG13_HUMAN Putative bifunctional UDP-N-acetylglucosamine transferase and deubiquitinase ALG13 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALG13 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1.7 1.7 1.7 126.05 1137 1137 0.00050531 3.594 By MS/MS By matching 0.83151 0.90392 43.489 2 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 0 0 0 0 Median Median Median 1.7 1.7 0 36573000 17432000 19141000 20156000 7238600 12917000 16417000 10193000 6224200 0 0 0 2043 253 True 259 869;870 1120 1120 Q9NP79 Q9NP79 4 4 4 Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog VTA1 sp|Q9NP79|VTA1_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VTA1 PE=1 SV=1 1 4 4 4 3 4 3 3 4 3 3 4 3 15.6 15.6 15.6 33.879 307 307 0 10.035 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7172 0.83281 21.661 11 8 Median 0.79142 0.70729 0.82122 0.77849 0.82923 1.4217 19.325 13.588 24.493 4 4 3 3 3 2 Median Median Plateau 12.4 15.6 12.4 462730000 267150000 195580000 191240000 105360000 85876000 152810000 87559000 65253000 118680000 74232000 44448000 2044 10637;11191;11611;18309 True;True;True;True 10846;11407;11837;18669 37147;37148;37149;37150;38968;38969;38970;40330;63045;63046;63047;63048;63049 46522;46523;46524;46525;46526;46527;46528;48740;48741;48742;50419;79078;79079;79080;79081;79082 46524;48740;50419;79082 Q9NPA8 Q9NPA8 1 1 1 Transcription and mRNA export factor ENY2 ENY2 sp|Q9NPA8|ENY2_HUMAN Transcription and mRNA export factor ENY2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ENY2 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 16.8 16.8 16.8 11.528 101 101 0 3.994 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 16.8 0 0 13987000 7492400 6494600 13987000 7492400 6494600 0 0 0 0 0 0 2045 6253 True 6378 21331 26911 26911 Q9NPD3 Q9NPD3 3 3 3 Exosome complex component RRP41 EXOSC4 sp|Q9NPD3|EXOS4_HUMAN Exosome complex component RRP41 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXOSC4 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 13.1 13.1 13.1 26.383 245 245 0 4.1149 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.024 1.1514 19.671 5 3 Median 1.1991 1.0191 NaN 1.1492 1.1414 NaN 18.098 34.922 NaN 2 2 1 2 1 0 Median Median Median 7.3 9.8 7.3 207510000 105540000 101970000 78984000 35551000 43433000 70326000 36240000 34086000 58203000 33749000 24454000 2046 3040;13532;17368 True;True;True 3114;13817;17718 10595;10596;46892;60000;60001;60002 13431;13432;58591;75357;75358;75359 13431;58591;75357 Q9NPD8 Q9NPD8 5 5 5 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T UBE2T sp|Q9NPD8|UBE2T_HUMAN Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UBE2T PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 4 5 4 4 5 4 4 5 32.5 32.5 32.5 22.521 197 197 0 63.835 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.63895 0.89739 14.618 16 8 Leave out requantified 0.92567 0.73017 0.57273 0.89509 0.83787 0.89739 13.22 17.022 15.756 6 5 5 5 2 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 24.9 24.9 32.5 571680000 308720000 262960000 240700000 120210000 120490000 181820000 101290000 80537000 149160000 87225000 61931000 2047 210;1281;5252;9762;13118 True;True;True;True;True 216;1319;5363;9956;13397 701;702;703;704;4383;4384;4385;4386;4387;4388;17974;34218;34219;34220;45527;45528;45529;45530 888;889;890;891;5636;5637;5638;5639;5640;5641;22708;42935;56812;56813;56814;56815;56816 891;5637;22708;42935;56813 Q9NPF4 Q9NPF4 5 5 5 Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase OSGEP sp|Q9NPF4|OSGEP_HUMAN Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=OSGEP PE=1 SV=1 1 5 5 5 4 5 4 4 5 4 4 5 4 17.9 17.9 17.9 36.426 335 335 0 12.703 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6013 0.66005 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3493;3954;7676;16831;16834;66861;71427 Q9NTI5 Q9NTI5 6 5 5 Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B PDS5B sp|Q9NTI5|PDS5B_HUMAN Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PDS5B PE=1 SV=1 1 6 5 5 3 5 4 2 4 3 2 4 3 5.7 5.2 5.2 164.67 1447 1447 0 21.885 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80033 0.90322 93.887 8 2 Leave out requantified 0.688 0.83785 1.4639 0.69314 1.0097 2.061 33.609 15.37 110.87 2 4 2 0 2 0 Median Median Median 3.1 5.2 3.2 117750000 63438000 54309000 23710000 14568000 9142400 57153000 29220000 27933000 36884000 19651000 17234000 2082 2639;2709;4555;7432;10606;14354 True;False;True;True;True;True 2703;2774;4661;7580;10814;14651 9141;9400;9401;9402;15756;25764;25765;25766;37058;37059;49654;49655 11623;11955;11956;11957;20024;32403;32404;46411;46412;62019;62020 11623;11956;20024;32404;46411;62020 Q9NTJ3 Q9NTJ3 43 43 43 Structural maintenance of chromosomes protein 4 SMC4 sp|Q9NTJ3|SMC4_HUMAN Structural maintenance of chromosomes protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMC4 PE=1 SV=2 1 43 43 43 37 38 38 37 38 38 37 38 38 37.5 37.5 37.5 147.18 1288 1288 0 161.46 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.9572 1.0893 17.278 137 54 Leave out requantified 1.0087 0.9572 0.7433 0.96789 1.1141 1.1382 22.502 21.163 57.408 46 48 43 18 18 18 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 32.8 34.3 33.9 5601200000 3028600000 2572600000 2040600000 1080800000 959780000 2011000000 1073300000 937700000 1549600000 874470000 675160000 2083 1306;2383;2453;2490;2961;3035;3259;3260;3752;3958;3959;5464;5495;6533;7185;7390;7772;9908;10063;10258;11209;11632;11873;11896;12338;12437;12627;12628;12854;12855;13173;13820;13895;13921;13922;14551;14759;14834;15577;16637;17231;17351;18079 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 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NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 0 4 6848000 6848000 0 0 0 0 0 0 0 6848000 6848000 0 2113 12299 True 12558 42734 53349 53349 Q9NX01 Q9NX01 1 1 1 Thioredoxin-like protein 4B TXNL4B sp|Q9NX01|TXN4B_HUMAN Thioredoxin-like protein 4B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TXNL4B PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 6.7 6.7 6.7 17.014 149 149 0.0013692 2.3408 By MS/MS By matching By matching 1.0493 1.1416 20.178 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 6.7 6.7 6.7 23597000 12693000 10904000 9238600 4470500 4768100 7127400 3807800 3319600 7230500 4414600 2815900 2114 16864 True 17207 58125;58126;58127 72956 72956 Q9NX08 Q9NX08 1 1 1 COMM domain-containing protein 8 COMMD8 sp|Q9NX08|COMD8_HUMAN COMM domain-containing protein 8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COMMD8 PE=1 SV=1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 6.6 6.6 6.6 21.09 183 183 0.0098291 1.6917 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 0 6.6 0 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(guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRMT1 PE=1 SV=1 1 3 3 3 1 1 3 1 1 3 1 1 3 5.5 5.5 5.5 72.233 659 659 0 15.274 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.62698 0.68407 47.254 4 4 Median NaN NaN 0.4156 NaN NaN 0.56703 NaN NaN 79.178 1 1 2 1 1 2 Median Median Median 2 2 5.5 53120000 42124000 10996000 9462800 5671000 3791800 10686000 8454300 2231900 32971000 27999000 4972100 2120 4417;4684;17374 True;True;True 4521;4791;17724 15290;16159;16160;16161;60024 19441;20534;20535;20536;75383 19441;20536;75383 Q9NXR7 Q9NXR7 1 1 1 BRCA1-A complex subunit BRE BRE sp|Q9NXR7|BABA2_HUMAN BRISC and BRCA1-A complex member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BABAM2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3.7 3.7 3.7 43.551 383 383 0 8.8251 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81255 0.90223 3.5555 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 3.7 3.7 3.7 51585000 29649000 21936000 20521000 11440000 9080800 14012000 7560800 6451000 17052000 10648000 6404400 2121 14288 True 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Q9NYL2 Q9NYL2 4 4 4 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT ZAK sp|Q9NYL2|M3K20_HUMAN Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAP3K20 PE=1 SV=3 1 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 4 5.6 5.6 5.6 91.154 800 800 0 11.075 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84711 1.0539 27.543 10 5 Leave out requantified 1.2815 0.72901 0.71558 1.2407 0.84612 1.0491 50.661 33.374 98.358 3 2 5 2 0 3 Median Median Median 4.4 2.5 5.6 154710000 82767000 71941000 50922000 20713000 30209000 32466000 17272000 15193000 71321000 44782000 26539000 2127 1810;2696;12715;14216 True;True;True;True 1860;2760;12989;14510 6136;6137;6138;6139;9340;44200;44201;44202;44203;49179;49180 7943;7944;7945;7946;7947;7948;11867;55146;55147;55148;55149;61415;61416 7948;11867;55148;61416 Q9NYL9;P28289 Q9NYL9 11;1 11;1 11;1 Tropomodulin-3 TMOD3 sp|Q9NYL9|TMOD3_HUMAN Tropomodulin-3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TMOD3 PE=1 SV=1 2 11 11 11 7 8 9 7 8 9 7 8 9 42.6 42.6 42.6 39.594 352 352;359 0 29.107 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.91342 1.1726 21.148 27 8 Leave out requantified 1.49 0.91591 0.64923 1.4902 1.0649 0.99897 28.155 23.47 20.485 8 9 10 1 3 4 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 27.8 31.8 33.8 840910000 499190000 341730000 265730000 132730000 132990000 221900000 142920000 78976000 353290000 223530000 129760000 2128 4876;8076;8077;11710;12211;13144;13410;14816;15187;15844;18536 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 4984;8235;8236;11945;12467;13424;13694;15125;15501;16174;18902 16794;27989;27990;27991;27992;40687;40688;40689;42394;42395;42396;45628;45629;45630;45631;45632;45633;46511;46512;46513;51236;52409;52410;54744;63869;63870;63871 21282;35191;35192;35193;35194;35195;50838;52943;52944;52945;56938;56939;56940;56941;56942;58107;58108;58109;64050;65573;65574;68590;80118;80119;80120;80121;80122 21282;35191;35192;50838;52945;56941;58107;64050;65573;68590;80121 Q9NYU2 Q9NYU2 7 7 7 UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase 1 UGGT1 sp|Q9NYU2|UGGG1_HUMAN UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=UGGT1 PE=1 SV=3 1 7 7 7 3 3 5 3 3 5 3 3 5 6.8 6.8 6.8 177.19 1555 1555 0 25.226 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.532 1.4935 113.25 8 6 Median 3.433 3.6749 0.35022 3.2793 4.3277 0.53886 95.749 15.167 150.57 3 2 3 2 2 2 Plateau Median Median 2.6 2.4 5 187650000 90074000 97577000 67053000 32616000 34437000 54231000 19239000 34992000 66368000 38220000 28148000 2129 2602;5482;6542;8566;9951;14861;15366 True;True;True;True;True;True;True 2666;5599;6671;8739;10147;15171;15684 9012;9013;18716;22248;29687;29688;34848;34849;51373;53023;53024 11482;11483;23638;28050;37273;37274;43707;43708;64220;66377;66378 11483;23638;28050;37274;43708;64220;66378 Q9NZB2;Q5T035 Q9NZB2 14;1 14;1 14;1 Constitutive coactivator of PPAR-gamma-like protein 1 FAM120A sp|Q9NZB2|F120A_HUMAN Constitutive coactivator of PPAR-gamma-like protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAM120A PE=1 SV=2 2 14 14 14 10 10 13 10 10 13 10 10 13 17.4 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Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IGF2BP1 PE=1 SV=2 1 5 4 4 5 2 5 4 1 4 4 1 4 11.8 9.5 9.5 63.48 577 577 0 18.476 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0525 1.4258 21.03 8 3 Leave out requantified 1.631 NaN 1.0525 1.6151 NaN 1.5365 30.915 NaN 28.584 4 1 3 2 0 1 Median Median Median 11.8 5 11.8 207600000 100820000 106790000 95949000 39181000 56769000 41224000 23755000 17470000 70431000 37883000 32549000 2132 726;2842;11904;13436;16494 True;True;False;True;True 750;2912;12153;13720;16833 2494;2495;2496;9871;9872;41347;41348;41349;46598;46599;56851;56852;56853 3203;3204;3205;12533;12534;51659;51660;51661;58214;58215;71262;71263;71264 3204;12534;51659;58214;71262 Q9NZL4 Q9NZL4 11 11 11 Hsp70-binding protein 1 HSPBP1 sp|Q9NZL4|HPBP1_HUMAN Hsp70-binding protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSPBP1 PE=1 SV=2 1 11 11 11 8 10 8 8 10 8 8 10 8 50.7 50.7 50.7 39.302 359 359 0 71.383 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.79047 0.89743 31.118 24 1 Leave out requantified 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beta OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAT2B PE=1 SV=1 1 4 4 4 4 3 2 4 3 2 4 3 2 20.1 20.1 20.1 37.551 334 334 0 10.21 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.81904 0.76449 28.849 9 3 Leave out requantified 0.81904 0.74823 0.40052 0.76449 0.90731 0.59278 27.871 11.981 23.307 4 3 2 1 2 0 Leave out requantified Median Median 20.1 12.6 7.5 177330000 109100000 68228000 79749000 49047000 30701000 46889000 26876000 20013000 50690000 33176000 17514000 2134 1628;11996;13852;17578 True;True;True;True 1672;12249;14142;17930 5547;5548;5549;41691;41692;41693;48012;60667;60668;60669 7172;7173;7174;52096;52097;52098;59975;76210;76211;76212;76213 7174;52098;59975;76212 Q9NZN4 Q9NZN4 13 13 11 EH domain-containing protein 2 EHD2 sp|Q9NZN4|EHD2_HUMAN EH domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EHD2 PE=1 SV=2 1 13 13 11 12 12 10 12 12 10 10 11 8 34.4 34.4 31.3 61.161 543 543 0 122.56 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83658 1.014 9.4652 39 9 Leave out requantified 0.9765 0.8308 0.6457 0.95527 0.96191 1.0076 14.716 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Q9UBG0 2 2 2 C-type mannose receptor 2 MRC2 sp|Q9UBG0|MRC2_HUMAN C-type mannose receptor 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MRC2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 0 0 2 0 0 2 0 0 2 1.9 1.9 1.9 166.67 1479 1479 0 5.0408 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 1.9 18332000 12652000 5679900 0 0 0 0 0 0 18332000 12652000 5679900 2160 567;1824 True;True 587;1875 1921;6188 2464;8019 2464;8019 Q9UBI1 Q9UBI1 3 3 3 COMM domain-containing protein 3 COMMD3 sp|Q9UBI1|COMD3_HUMAN COMM domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=COMMD3 PE=1 SV=1 1 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 17.4 17.4 17.4 22.151 195 195 0 4.902 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.83658 1.1039 26.721 5 1 Leave out requantified 0.79817 NaN 0.83658 0.77418 NaN 1.2274 23.456 NaN 11.728 2 1 2 1 0 0 Median Median Median 13.3 11.3 13.3 95439000 57646000 37793000 32106000 19407000 12699000 25437000 18699000 6737900 37897000 19541000 18356000 2161 7043;12561;15161 True;True;True 7182;12831;15475 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IP6K2 sp|Q9UHH9|IP6K2_HUMAN Inositol hexakisphosphate kinase 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IP6K2 PE=1 SV=2 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3.3 3.3 3.3 49.185 426 426 1 -2 By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 0 0 3.3 30551000 29795000 755910 0 0 0 0 0 0 30551000 29795000 755910 + 2186 11699 True 11933 40652 50801 50801 335 141 Q9UHI6 Q9UHI6 4 4 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20 DDX20 sp|Q9UHI6|DDX20_HUMAN Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DDX20 PE=1 SV=2 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 6.2 6.2 6.2 92.239 824 824 0 12.196 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.85291 1.0026 41.83 14 3 Leave out requantified 1.0681 0.85291 0.65537 1.0687 0.98063 1.0026 61.124 19.347 21.145 5 5 4 1 2 0 Leave out requantified Median Leave out requantified 6.2 6.2 6.2 320350000 182240000 138110000 131910000 76995000 54913000 115180000 61666000 53519000 73262000 43579000 29682000 2187 69;1274;12593;15419 True;True;True;True 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Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 PUF60 sp|Q9UHX1|PUF60_HUMAN Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUF60 PE=1 SV=1 1 17 17 17 15 14 17 15 14 17 15 14 17 40.3 40.3 40.3 59.875 559 559 0 147.63 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.84906 0.98823 32.853 55 18 Leave out requantified 1.0007 0.81875 0.70664 0.98823 0.98594 1.0658 19.684 36.894 31.764 18 18 19 5 7 6 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 34.2 32 40.3 3320200000 1764800000 1555500000 1207700000 588570000 619090000 1013100000 524370000 488760000 1099400000 651820000 447630000 2191 706;1315;2370;6863;8631;8632;8749;9287;9288;9978;12780;12997;14419;15236;17083;17195;18149 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 730;1354;2431;7000;8804;8805;8926;9473;9474;10175;13054;13272;14718;15551;17430;17542;18508 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1908;1909;7128;7129;7130;7526;7527;7528;7529;7530;7531;7704;14843;14844;14845;14846;14847;14848;14849;28622;28623;28624;28625;29148;29149;30937;37008;37009;37010;37011;69233;69234;69235;71072;71073;71074;71075;71076;71077;71078;71079;71080;71081;71082;71083;78422 1909;7128;7527;7704;14846;28624;29149;30937;37008;69233;71074;71076;71081;78422 Q9UJC3 Q9UJC3 1 1 1 Protein Hook homolog 1 HOOK1 sp|Q9UJC3|HOOK1_HUMAN Protein Hook homolog 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HOOK1 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5 2.5 2.5 84.647 728 728 0.001819 2.308 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.17 1.2176 20.478 3 1 Plateau NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 1 Median Median Median 2.5 2.5 2.5 34918000 20570000 14348000 12968000 6351300 6616900 11166000 6167900 4998500 10783000 8050400 2732600 2201 2004 True 2058 6857;6858;6859 8795;8796;8797;8798 8796 Q9UJU6 Q9UJU6 2 2 2 Drebrin-like protein DBNL sp|Q9UJU6|DBNL_HUMAN Drebrin-like protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DBNL PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 5.1 5.1 5.1 48.207 430 430 0.008158 1.7441 By matching By MS/MS By MS/MS 0.7719 0.94584 12.171 4 1 Median NaN NaN 0.63647 NaN NaN 0.84481 NaN NaN 15.662 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 2.8 2.8 5.1 29850000 18437000 11412000 7178700 4050600 3128200 7189300 4288600 2900700 15482000 10098000 5383400 2202 17269;18696 True;True 17617;19067 59599;64390;64391;64392 74851;80815;80816 74851;80815 Q9UJX2 Q9UJX2 1 1 1 Cell division cycle protein 23 homolog CDC23 sp|Q9UJX2|CDC23_HUMAN Cell division cycle protein 23 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CDC23 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 2.8 2.8 2.8 68.833 597 597 0.0081861 1.7673 By MS/MS By MS/MS 0.88719 1.0704 12.054 2 2 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 1 1 0 1 Median Median Median 2.8 0 2.8 17786000 11781000 6004600 8242500 5521500 2721000 0 0 0 9543400 6259800 3283600 2203 10045 True 10244 35148;35149 44070;44071 44070 Q9UJX3 Q9UJX3 2 2 2 Anaphase-promoting complex subunit 7 ANAPC7 sp|Q9UJX3|APC7_HUMAN Anaphase-promoting complex subunit 7 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANAPC7 PE=1 SV=4 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 3.3 3.3 3.3 66.855 599 599 0.0005015 3.5004 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0718 1.1209 35.983 4 1 Median 1.1447 NaN NaN 1.1209 NaN NaN 34.856 NaN NaN 2 1 1 1 0 0 Median Median Median 3.3 1.7 1.7 56520000 29449000 27071000 28480000 14298000 14182000 15245000 7769000 7476200 12795000 7382300 5412900 2204 724;9645 True;True 748;9838 2488;2489;2490;33852 3199;3200;42498 3199;42498 Q9UJX5 Q9UJX5 1 1 1 Anaphase-promoting complex subunit 4 ANAPC4 sp|Q9UJX5|APC4_HUMAN Anaphase-promoting complex subunit 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ANAPC4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 92.115 808 808 0 15.003 By MS/MS By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 0 0 1 0 0 Median Median Median 2 2 2 28288000 23154000 5134000 7482500 7038100 444360 5086200 5086200 0 15720000 11030000 4689600 2205 2604 True 2668 9018;9019;9020;9021 11488;11489;11490;11491 11491 Q9UJY1 Q9UJY1 1 1 1 Heat shock protein beta-8 HSPB8 sp|Q9UJY1|HSPB8_HUMAN Heat shock protein beta-8 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HSPB8 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7.7 7.7 7.7 21.604 196 196 0.00049164 3.2484 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.80953 0.89105 36.928 6 0 Median 1.1234 0.80953 0.4378 1.0882 0.89105 0.49992 1.3212 9.2753 14.257 2 2 2 0 0 0 Median Median Median 7.7 7.7 7.7 42447000 23609000 18838000 16391000 8255100 8135600 14352000 7606900 6745100 11704000 7746700 3957700 2206 15841 True 16171 54735;54736;54737;54738;54739;54740 68583;68584;68585;68586 68585 Q9UJY4;Q9NZ52 Q9UJY4 3;1 3;1 2;0 ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2 GGA2 sp|Q9UJY4|GGA2_HUMAN ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GGA2 PE=1 SV=3 2 3 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 5.1 5.1 3.9 67.15 613 613;723 0.000499 3.4554 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.46848 0.56443 124.16 4 1 Median NaN NaN 0.13483 NaN NaN 0.16583 NaN NaN 151.39 1 1 2 0 0 1 Median Median Median 3.1 3.1 3.9 40052000 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2 RNA-binding protein Raly RALY sp|Q9UKM9|RALY_HUMAN RNA-binding protein Raly OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RALY PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 6.9 6.9 6.9 32.463 306 306 0 4.5538 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.1972 1.2559 41.054 6 3 Median 1.2617 1.2304 0.97359 1.2527 1.492 1.4491 35.541 61.175 55.415 2 2 2 1 1 1 Median Median Median 6.9 6.9 6.9 77421000 36713000 40709000 27201000 13661000 13541000 27409000 11592000 15817000 22811000 11460000 11351000 2213 9731;16988 True;True 9925;17333 34116;34117;34118;58560;58561;58562 42804;42805;42806;73517;73518;73519 42804;73518 Q9UKN8 Q9UKN8 12 12 12 General transcription factor 3C polypeptide 4 GTF3C4 sp|Q9UKN8|TF3C4_HUMAN General transcription factor 3C polypeptide 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GTF3C4 PE=1 SV=2 1 12 12 12 10 10 8 10 10 8 10 10 8 20.7 20.7 20.7 91.981 822 822 0 44.409 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.73915 0.85515 21.698 29 9 Leave out requantified 0.96731 0.69822 0.45072 0.92501 0.82577 0.60132 23.411 26.007 33.57 11 11 7 3 4 2 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neurons protein 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PACSIN3 PE=1 SV=2 1 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 19.1 19.1 19.1 48.486 424 424 0 39.169 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.89052 1.0132 21.956 16 9 Leave out requantified 0.88901 0.91984 0.92998 0.85155 1.0407 1.4377 31.337 3.6136 7.4123 6 5 5 4 3 2 Median Median Leave out requantified 15.8 15.3 15.8 468480000 243190000 225290000 170300000 87098000 83204000 145840000 78623000 67215000 152340000 77469000 74872000 2215 267;1090;1331;2603;7743;9508 True;True;True;True;True;True 273;1120;1370;2667;7893;9699 902;903;904;3714;3715;3716;4542;4543;4544;9014;9015;9016;9017;26831;33353;33354;33355 1159;1160;1161;1162;1163;1164;4798;4799;4800;4801;5834;5835;5836;11484;11485;11486;11487;33747;41866;41867;41868 1163;4800;5836;11484;33747;41868 Q9UKT5 Q9UKT5 1 1 1 F-box only protein 4 FBXO4 sp|Q9UKT5|FBX4_HUMAN F-box only protein 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FBXO4 PE=1 SV=2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3 2.3 2.3 44.136 387 387 0.0039718 2.0112 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.78856 1.0824 20.583 3 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 0 0 0 Median Median Median 2.3 2.3 2.3 39277000 21219000 18058000 11078000 5985100 5092600 10820000 5096000 5723700 17380000 10138000 7241600 2216 14711 True 15016 50854;50855;50856 63547;63548;63549;63550 63550 Q9UKV8 Q9UKV8 1 1 1 Protein argonaute-2 AGO2 sp|Q9UKV8|AGO2_HUMAN Protein argonaute-2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AGO2 PE=1 SV=3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.3 1.3 1.3 97.207 859 859 0.0035635 2.0997 By MS/MS By MS/MS By matching 0.61259 0.60602 18.837 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 1.3 1.3 1.3 38532000 22970000 15561000 11157000 5274700 5881900 14273000 8231200 6041400 13102000 9464300 3638200 2217 14016 True 14308 48578;48579;48580;48581 60657;60658;60659;60660 60659 Q9UKX7 Q9UKX7 5 5 5 Nuclear pore complex protein Nup50 NUP50 sp|Q9UKX7|NUP50_HUMAN Nuclear pore complex protein Nup50 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NUP50 PE=1 SV=2 1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 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polyphosphate phosphatase 1 MINPP1 sp|Q9UNW1|MINP1_HUMAN Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MINPP1 PE=1 SV=1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 3.1 3.1 3.1 55.051 487 487 0 5.8445 By MS/MS NaN NaN NaN 0 0 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 0 0 0 0 Median Median Median 3.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2242 15007 True 15319 51867 64879 64879 Q9UNX3 Q9UNX3 8 2 2 60S ribosomal protein L26-like 1 RPL26L1 sp|Q9UNX3|RL26L_HUMAN 60S ribosomal protein L26-like 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPL26L1 PE=1 SV=1 1 8 2 2 8 8 7 2 2 1 2 2 1 40 11.7 11.7 17.256 145 145 0 11.068 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.95866 1.238 142.48 8 6 Median 0.84987 0.75379 NaN 0.82536 0.82625 NaN 161.48 162.84 NaN 4 3 1 4 2 0 Median Median Median 40 40 33.8 183590000 114340000 69252000 84862000 52180000 32681000 71902000 48041000 23861000 26824000 14115000 12709000 2243 1145;2173;3819;5317;6980;8694;18539;18797 False;False;False;False;True;False;True;False 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1/2/3/5 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MACF1 PE=1 SV=4 1 13 13 12 8 6 9 8 6 9 7 6 8 2.4 2.4 2.2 838.3 7388 7388 0 17.383 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.6347 0.78708 16.134 21 9 Leave out requantified 0.84558 0.74476 0.43691 0.80407 0.83389 0.67786 21.771 27.42 27.382 7 5 9 3 1 5 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 1.5 1 1.7 453480000 270920000 182560000 152940000 84242000 68702000 89099000 54678000 34420000 211440000 132000000 79438000 2246 469;553;916;1794;6516;7393;7444;8021;9428;10480;11376;11587;14172 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 483;572;944;1844;6645;7540;7592;8177;9617;10688;11595;11811;14466 1602;1870;3161;3162;6081;22160;25622;25623;25624;25821;25822;25823;27817;27818;33053;33054;33055;36649;39550;39551;39552;40242;49053 2042;2392;4082;4083;7871;27957;32228;32476;34984;34985;41476;41477;41478;41479;45912;49467;49468;49469;50313;61253 2042;2392;4082;7871;27957;32228;32476;34984;41477;45912;49468;50313;61253 Q9UPN7 Q9UPN7 1 1 1 Serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory subunit 1 PPP6R1 sp|Q9UPN7|PP6R1_HUMAN Serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PPP6R1 PE=1 SV=5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2 2.2 2.2 96.723 881 881 0 3.9262 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.71279 0.84373 17.787 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 2.2 2.2 2.2 113280000 63290000 49986000 42842000 23367000 19474000 35638000 16894000 18743000 34797000 23028000 11769000 2247 16645 True 16987 57376;57377;57378 71974;71975;71976 71974 Q9UPN9 Q9UPN9 3 3 3 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 TRIM33 sp|Q9UPN9|TRI33_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TRIM33 PE=1 SV=3 1 3 3 3 2 0 2 2 0 2 2 0 2 2.8 2.8 2.8 122.53 1127 1127 0 8.8092 By MS/MS By MS/MS NaN NaN NaN 1 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 0 1 0 0 1 Median Median Median 2 0 1.8 5661900 806950 4855000 0 0 0 0 0 0 5661900 806950 4855000 2248 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NIMA-interacting 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PIN4 PE=1 SV=1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 17.6 17.6 17.6 13.81 131 131 0 4.4978 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0923 1.7187 43.494 3 1 Median NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 9.2 8.4 9.2 45465000 21080000 24385000 15983000 6496200 9486600 12033000 7135200 4898000 17449000 7448400 10001000 2260 5052;5304 True;True 5161;5417 17365;18146;18147 21981;21982;22913;22914 21981;22913 Q9Y248 Q9Y248 2 2 2 DNA replication complex GINS protein PSF2 GINS2 sp|Q9Y248|PSF2_HUMAN DNA replication complex GINS protein PSF2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GINS2 PE=1 SV=1 1 2 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 14.1 14.1 14.1 21.427 185 185 0 4.6134 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.43536 0.50407 51.985 5 4 Median 1.0014 0.37792 NaN 0.98709 0.43815 NaN 4.6475 19.822 NaN 2 2 1 1 2 1 Median Median Median 14.1 6.5 6.5 140630000 81382000 59252000 74615000 35768000 38847000 38136000 25684000 12451000 27883000 19930000 7953400 2261 10481;10521 True;True 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 0 0 Median Median Median 4 4 4 30153000 17368000 12785000 9685600 4446800 5238800 9809300 5063400 4745900 10658000 7857700 2800100 2273 6820 True 6957 23249;23250;23251 29357;29358;29359 29358 Q9Y2Q3 Q9Y2Q3 7 7 7 Glutathione S-transferase kappa 1 GSTK1 sp|Q9Y2Q3|GSTK1_HUMAN Glutathione S-transferase kappa 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=GSTK1 PE=1 SV=3 1 7 7 7 7 7 6 7 7 6 7 7 6 38.5 38.5 38.5 25.497 226 226 0 28.661 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.65327 0.76963 13.955 20 9 Leave out requantified 1.0674 0.66104 0.44951 1.0748 0.7965 0.7148 10.028 4.4022 25.315 6 8 6 3 4 2 Leave out requantified Leave out requantified Leave out requantified 38.5 38.5 33.6 1599100000 990960000 608120000 459450000 246460000 212990000 707960000 445790000 262180000 431670000 298720000 132950000 2274 2253;2891;5250;7033;11581;12066;18232 True;True;True;True;True;True;True 2311;2961;5361;7172;11805;12321;18592 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MS/MS By MS/MS 0.84108 1.0976 17.426 25 12 Leave out requantified 0.78873 0.89815 0.76572 0.7738 1.005 1.0976 43.775 13.964 21.842 10 8 7 8 3 1 Median Leave out requantified Leave out requantified 15.4 16.5 9.5 676770000 368060000 308710000 288850000 153850000 135000000 207600000 111500000 96102000 180320000 102710000 77610000 2281 206;207;1467;1676;2741;5280;5559;9010;9189;11431;14356 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 212;213;1507;1721;2808;5392;5677;9191;9374;11650;14653 683;684;685;686;687;688;689;690;691;692;4981;4982;4983;4984;5689;5690;5691;9530;9531;18056;18057;18058;18973;31490;32137;39738;39739;39740;39741;49661 865;866;867;868;869;870;871;872;873;874;875;6390;6391;6392;6393;6394;7333;7334;7335;7336;12127;12128;22803;23963;39554;40349;49715;49716;49717;49718;62029 865;875;6392;7335;12127;22803;23963;39554;40349;49718;62029 Q9Y2X3 Q9Y2X3 3 3 3 Nucleolar protein 58 NOP58 sp|Q9Y2X3|NOP58_HUMAN Nucleolar protein 58 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NOP58 PE=1 SV=1 1 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NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 1 1 1 1 1 1 Median Median Median 0.9 0.9 0.9 153710000 122300000 31407000 59814000 46304000 13510000 56916000 45590000 11326000 36980000 30409000 6570500 2314 17672 True 18026 60982;60983;60984 76592;76593;76594 76592 Q9Y4E8 Q9Y4E8 5 5 4 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 USP15 sp|Q9Y4E8|UBP15_HUMAN Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=USP15 PE=1 SV=3 1 5 5 4 4 3 3 4 3 3 3 2 2 5.7 5.7 4.7 112.42 981 981 0 19.796 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.7666 0.97394 3.6578 9 4 Leave out requantified 0.96104 1.0221 0.91818 0.95363 1.1346 1.4431 21.932 42.589 59.266 4 3 2 2 1 1 Median Median Median 4.9 3.7 3.5 301430000 134420000 167010000 108390000 50992000 57397000 89294000 39709000 49585000 103750000 43722000 60024000 2315 8425;11677;14090;14245;15163 True;True;True;True;True 8595;11910;14383;14539;15477 29214;29215;29216;40580;40581;48802;49265;52336;52337;52338 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A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1 ARFGEF1 sp|Q9Y6D6|BIG1_HUMAN Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ARFGEF1 PE=1 SV=2 1 4 4 2 3 1 1 3 1 1 1 0 1 2.8 2.8 1.8 208.76 1849 1849 0 5.9538 By MS/MS By matching By MS/MS 0.98068 1.2226 16.655 4 1 Median 1.0762 NaN NaN 1.0497 NaN NaN 24.476 NaN NaN 2 1 1 0 0 1 Median Median Median 2.1 0.5 0.6 49652000 24532000 25120000 27328000 13392000 13936000 8280900 3991000 4289900 14044000 7149100 6894400 2344 2091;6246;8724;15218 True;True;True;True 2145;6371;8901;15532 7141;21315;21316;30362;52508 9145;26894;38205;65700 9145;26894;38205;65700 Q9Y6D9 Q9Y6D9 4 4 4 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 MAD1L1 sp|Q9Y6D9|MD1L1_HUMAN Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAD1L1 PE=1 SV=2 1 4 4 4 3 2 2 3 2 2 3 2 2 4.9 4.9 4.9 83.066 718 718 0 8.0466 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.82564 0.93423 4.3353 7 3 Leave out requantified 1.0857 0.82564 0.53258 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member 2 WASF2 sp|Q9Y6W5|WASF2_HUMAN Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WASF2 PE=1 SV=3 1 4 4 4 2 3 3 2 3 3 2 3 3 7.4 7.4 7.4 54.283 498 498 0 9.683 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0.87882 0.92488 1.8493 7 3 Leave out requantified 1.0593 0.93747 0.5191 1.039 1.0801 0.7964 14.611 23.788 26.394 2 2 3 1 0 2 Median Median Median 5.8 7.4 5.8 188400000 104700000 83694000 62763000 30908000 31855000 53622000 26488000 27135000 72012000 47307000 24704000 2350 3436;14101;15053;17941 True;True;True;True 3521;14394;15367;18297 11983;48828;52011;52012;52013;61865;61866;61867 15202;60955;65062;65063;65064;65065;77646;77647;77648;77649 15202;60955;65064;77646 Q9Y6X9 Q9Y6X9 2 2 2 MORC family CW-type zinc finger protein 2 MORC2 sp|Q9Y6X9|MORC2_HUMAN ATPase MORC2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MORC2 PE=1 SV=2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1.7 1.7 1.7 117.82 1032 1032 0.0031334 2.1563 By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.0255 1.1892 32.633 6 2 Leave out requantified 1.0021 1.0255 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