Sequence N-term cleavage window C-term cleavage window Amino acid before First amino acid Second amino acid Second last amino acid Last amino acid Amino acid after A Count R Count N Count D Count C Count Q Count E Count G Count H Count I Count L Count K Count M Count F Count P Count S Count T Count W Count Y Count V Count U Count O Count Length Missed cleavages Mass Proteins Leading razor protein Start position End position Unique (Groups) Unique (Proteins) Charges PEP Score Identification type APP2-1_1 Identification type APP2-1_2 Identification type APP2-1_3 Identification type APP2-1_4 Identification type APP2-2_2 Identification type APP2-2_3 Identification type APP2-2_4 Identification type APP2-3_1 Identification type APP2-3_2 Identification type APP2-3_3 Identification type APP2-4_1 Identification type APP2-4_2 Identification type APP2-4_3 Identification type APP2-5-1 Identification type APP2-5-2 Identification type APP2-5-3 Identification type APP2-5-4 Identification type Col-0-1 Identification type Col-0-3 Identification type Col-0-4 Fraction Average Fraction Std. Dev. Fraction 1 Fraction 2 Fraction 3 Fraction 4 Experiment APP2-1_1 Experiment APP2-1_2 Experiment APP2-1_3 Experiment APP2-1_4 Experiment APP2-2_2 Experiment APP2-2_3 Experiment APP2-2_4 Experiment APP2-3_1 Experiment APP2-3_2 Experiment APP2-3_3 Experiment APP2-4_1 Experiment APP2-4_2 Experiment APP2-4_3 Experiment APP2-5-1 Experiment APP2-5-2 Experiment APP2-5-3 Experiment APP2-5-4 Experiment Col-0-1 Experiment Col-0-3 Experiment Col-0-4 Intensity Intensity APP2-1_1 Intensity APP2-1_2 Intensity APP2-1_3 Intensity APP2-1_4 Intensity APP2-2_2 Intensity APP2-2_3 Intensity APP2-2_4 Intensity APP2-3_1 Intensity APP2-3_2 Intensity APP2-3_3 Intensity APP2-4_1 Intensity APP2-4_2 Intensity APP2-4_3 Intensity APP2-5-1 Intensity APP2-5-2 Intensity APP2-5-3 Intensity APP2-5-4 Intensity Col-0-1 Intensity Col-0-3 Intensity Col-0-4 Reverse Potential contaminant id Protein group IDs Mod. peptide IDs Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs Taxonomy IDs MS/MS Count LFQ intensity APP2-1_1 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.47 1.11 19 18 19 17 3 5 5 4 4 4 4 3 4 5 4 4 4 4 3 4 3 2 4 3555400000 236550000 349780000 291590000 132750000 146370000 161240000 167380000 295940000 168950000 179100000 195790000 192400000 109100000 0 82794000 72725000 213650000 246750000 150160000 162370000 287 5086 297;298 7686;7687;7688;7689;7690;7691;7692;7693;7694;7695;7696;7697;7698;7699;7700;7701;7702;7703;7704;7705;7706;7707;7708;7709;7710;7711;7712;7713;7714;7715;7716;7717;7718;7719;7720;7721;7722;7723;7724;7725;7726;7727;7728;7729;7730;7731;7732;7733;7734;7735;7736;7737;7738;7739;7740;7741;7742;7743;7744;7745;7746;7747;7748;7749;7750;7751;7752;7753;7754;7755;7756;7757;7758 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______________________________ IREEQEQLAPFDPSKKKKKKKVVIQEPVED M A D S K K 2 1 1 2 0 2 5 0 0 2 1 1 0 1 2 1 0 0 0 0 0 0 21 1 2457.166 AT5G20920.1;AT5G20920.3 AT5G20920.1 2 22 yes no 2;3 2.2685E-108 157.73 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.86 0.343 3 19 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1 2 1 2 970770000 41099000 68464000 57289000 68336000 35651000 108040000 43699000 82966000 114240000 34854000 69013000 38177000 36704000 0 0 0 23245000 98945000 13845000 36199000 590 4679 620 16861;16862;16863;16864;16865;16866;16867;16868;16869;16870;16871;16872;16873;16874;16875;16876;16877;16878;16879;16880;16881;16882 17340;17341;17342;17343;17344;17345;17346;17347;17348;17349;17350;17351;17352;17353;17354;17355;17356;17357;17358;17359;17360;17361;17362 17359 23 10313000 20020000 10383000 14862000 11095000 24571000 19270000 18298000 19635000 12152000 14395000 14804000 16586000 0 0 0 8015900 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.55 0.589 1 7 12 2 1 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 2 2 263390000 33035000 16346000 12262000 15608000 8780300 9460900 11617000 26835000 21754000 0 30331000 9941700 0 0 16626000 0 0 34244000 16553000 0 2147 2976 2230 59021;59022;59023;59024;59025;59026;59027;59028;59029;59030;59031;59032;59033;59034;59035;59036;59037;59038;59039;59040 60346;60347;60348;60349;60350;60351;60352;60353;60354;60355;60356;60357;60358;60359;60360;60361;60362;60363;60364;60365 60355 4534 20 7500400 4779800 3018500 4162100 2732500 2151700 5122600 5897700 3738700 0 6062500 3814700 0 0 7831300 0 0 6846400 4980000 0 AKPLGTTGEFFR ______________________________ ______________________________ M A K F R R 1 1 0 0 0 0 1 2 0 0 1 1 0 2 1 0 2 0 0 0 0 0 12 1 1322.6983 AT2G02510.1;AT1G14450.1 AT2G02510.1 2 13 yes no 2;3 8.9569E-10 110.08 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.45 1.15 28 23 23 25 5 5 7 7 5 5 4 6 5 4 5 6 4 4 4 3 4 5 5 6 3918500000 246170000 364460000 316830000 161430000 210240000 186390000 167950000 444240000 329770000 96733000 200390000 198750000 129480000 80524000 87593000 33230000 153050000 196550000 193260000 121480000 2148 1453 2231 59041;59042;59043;59044;59045;59046;59047;59048;59049;59050;59051;59052;59053;59054;59055;59056;59057;59058;59059;59060;59061;59062;59063;59064;59065;59066;59067;59068;59069;59070;59071;59072;59073;59074;59075;59076;59077;59078;59079;59080;59081;59082;59083;59084;59085;59086;59087;59088;59089;59090;59091;59092;59093;59094;59095;59096;59097;59098;59099;59100;59101;59102;59103;59104;59105;59106;59107;59108;59109;59110;59111;59112;59113;59114;59115;59116;59117;59118;59119;59120;59121;59122;59123;59124;59125;59126;59127;59128;59129;59130;59131;59132;59133;59134;59135;59136;59137;59138;59139 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.65 1.15 24 21 26 33 3 4 6 6 6 7 4 5 6 4 4 5 6 6 4 7 7 6 5 3 21808000000 439460000 498460000 1054400000 3034000000 3502900000 1413300000 455460000 1275300000 1591400000 218690000 1225000000 449880000 1272000000 932180000 451130000 1301600000 980600000 650380000 809860000 251580000 14401 5481;5482 14862;14863 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.22 1.11 20 16 11 11 2 1 3 2 2 4 4 2 3 3 3 3 2 3 3 4 5 2 3 4 1113300000 38602000 81868000 81343000 40753000 61952000 140400000 75464000 55475000 60407000 60924000 64877000 33355000 36146000 23601000 15463000 58648000 73795000 43663000 30533000 36058000 18634 4486 19206 483830;483831;483832;483833;483834;483835;483836;483837;483838;483839;483840;483841;483842;483843;483844;483845;483846;483847;483848;483849;483850;483851;483852;483853;483854;483855;483856;483857;483858;483859;483860;483861;483862;483863;483864;483865;483866;483867;483868;483869;483870;483871;483872;483873;483874;483875;483876;483877;483878;483879;483880;483881;483882;483883;483884;483885;483886;483887 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 2.7 1.12 10 11 13 16 1 1 3 4 4 3 4 2 4 1 3 2 2 3 3 1 3 2 1 3 1443600000 22661000 12995000 135980000 131690000 104860000 219210000 82124000 33307000 172760000 8946000 128440000 34865000 50905000 34097000 26158000 15924000 50768000 88240000 36058000 53634000 19618 4598 20217 507810;507811;507812;507813;507814;507815;507816;507817;507818;507819;507820;507821;507822;507823;507824;507825;507826;507827;507828;507829;507830;507831;507832;507833;507834;507835;507836;507837;507838;507839;507840;507841;507842;507843;507844;507845;507846;507847;507848;507849;507850;507851;507852;507853;507854;507855;507856;507857;507858;507859 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.17 1.06 9 7 17 37 4 5 4 3 3 4 2 3 2 4 2 4 5 2 4 3 4 4 4 4 15112000000 1060100000 1125000000 925080000 771160000 486450000 512950000 476040000 1426400000 85185000 453390000 167050000 1064000000 676890000 300910000 651830000 491220000 1329000000 1775400000 481620000 852310000 26840 2210;13;3331;3394 27607;27608 681364;681365;681366;681367;681368;681369;681370;681371;681372;681373;681374;681375;681376;681377;681378;681379;681380;681381;681382;681383;681384;681385;681386;681387;681388;681389;681390;681391;681392;681393;681394;681395;681396;681397;681398;681399;681400;681401;681402;681403;681404;681405;681406;681407;681408;681409;681410;681411;681412;681413;681414;681415;681416;681417;681418;681419;681420;681421;681422;681423;681424;681425;681426;681427;681428;681429;681430;681431;681432;681433 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