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APP2-5-1 Razor + unique peptides APP2-5-2 Razor + unique peptides APP2-5-3 Razor + unique peptides APP2-5-4 Razor + unique peptides Col-0-1 Razor + unique peptides Col-0-3 Razor + unique peptides Col-0-4 Unique peptides APP2-1_1 Unique peptides APP2-1_2 Unique peptides APP2-1_3 Unique peptides APP2-1_4 Unique peptides APP2-2_2 Unique peptides APP2-2_3 Unique peptides APP2-2_4 Unique peptides APP2-3_1 Unique peptides APP2-3_2 Unique peptides APP2-3_3 Unique peptides APP2-4_1 Unique peptides APP2-4_2 Unique peptides APP2-4_3 Unique peptides APP2-5-1 Unique peptides APP2-5-2 Unique peptides APP2-5-3 Unique peptides APP2-5-4 Unique peptides Col-0-1 Unique peptides Col-0-3 Unique peptides Col-0-4 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Fraction average Fraction 1 Fraction 2 Fraction 3 Fraction 4 Q-value Score Identification type APP2-1_1 Identification type APP2-1_2 Identification type 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THALIANA TRANSLOCON AT THE INNER ENVELOPE MEMBRANE OF CHLOROPLASTS 110, translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 110 | chr1:2130303-2135563 REVERSE LENGTH=1016 2 47 47 47 31 36 33 31 34 28 30 35 36 26 34 33 30 30 28 28 37 34 28 32 31 36 33 31 34 28 30 35 36 26 34 33 30 30 28 28 37 34 28 32 31 36 33 31 34 28 30 35 36 26 34 33 30 30 28 28 37 34 28 32 48.9 48.9 48.9 106.42 966 966;1016 2.66 355 296 482 460 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 32.7 36.5 38.3 34.6 38.3 29.6 31.6 36.7 40.6 28.3 38.5 31.9 31.4 34.3 30.4 30.4 38 36.3 31.6 32.1 45610000000 2371000000 3712700000 3436000000 2411800000 2335300000 1933300000 2955100000 3489700000 2794100000 668990000 2521800000 2261200000 1605000000 851090000 1231800000 1138900000 2670000000 3597900000 1633800000 1990800000 48 686190000 30907000 53689000 49465000 37486000 34776000 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MS/MS By MS/MS 38 40.1 38 41.4 36.8 38.6 34.4 41.6 30.1 34.4 36.8 38 29 37.3 32.1 40.1 38 38 37.8 36.8 19910000000 1200900000 1696300000 1601300000 1285100000 924980000 868400000 767230000 1440400000 955310000 441430000 1413300000 975990000 809470000 374690000 414990000 736840000 992540000 1346100000 954890000 709950000 26 367800000 14841000 29681000 27946000 25485000 20902000 21862000 16378000 16905000 19732000 9266600 30415000 12253000 17353000 9522500 7301700 17944000 16347000 25467000 18227000 9972400 33440000 30807000 33901000 41449000 35294000 30217000 29913000 35362000 32973000 30475000 41506000 34908000 41815000 38081000 29797000 40585000 30703000 29125000 36371000 32303000 27 39 42 37 33 33 28 34 24 22 40 33 35 20 26 33 28 41 34 32 641 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THALIANA UDP-GLC 4-EPIMERASE 1, UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 1 | chr1:4356124-4358120 REVERSE LENGTH=351 1 12 12 10 4 4 6 6 5 5 3 4 5 2 5 3 3 5 4 4 5 5 5 6 4 4 6 6 5 5 3 4 5 2 5 3 3 5 4 4 5 5 5 6 4 2 5 5 4 5 3 3 4 1 4 2 2 4 4 4 4 4 4 5 43.6 43.6 35.9 39.157 351 351 2.55 39 24 50 35 0 80.39 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 15.1 15.4 26.2 24.2 21.1 16.8 13.4 12.8 19.7 7.7 19.1 12.5 13.4 20.5 16.8 16.2 20.2 20.5 19.7 23.6 1261100000 45147000 98542000 132420000 95863000 104200000 61006000 29350000 80030000 72007000 17694000 86292000 46654000 40159000 35293000 31857000 21121000 68003000 98475000 39710000 57307000 19 52406000 2376100 4680400 4940900 4182000 3964300 2473300 818410 2473500 3789900 931270 4083700 1866000 1509900 1803800 1144800 791360 2125900 4420100 1742500 2287400 3886400 3505000 4073900 4557600 5332600 5250200 3065800 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RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1, ATP-binding cassette C1, Arabidopsis thaliana ATP-binding cassette C1, multidrug resistance-associated protein 1 | chr1:10728139-107 2 11 11 10 4 1 3 5 3 4 5 4 4 0 4 3 5 1 1 3 3 5 0 3 4 1 3 5 3 4 5 4 4 0 4 3 5 1 1 3 3 5 0 3 3 0 2 4 2 3 4 3 3 0 3 2 5 1 0 3 2 4 0 2 10.7 10.7 10.1 181.92 1622 1622;1622 2.12 34 11 6 18 0 17.501 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 3.3 0.6 2.3 3.9 2.5 3.3 4.1 3.1 3.3 0 3.1 2.2 5.4 0.9 0.6 2.3 2.2 4.2 0 2.7 399490000 12284000 13650000 20751000 40711000 22903000 27243000 42910000 23965000 26069000 0 10664000 15662000 28521000 1364900 1223300 7553400 28462000 48514000 0 27043000 76 5158400 161630 179610 273040 535670 301350 358460 564600 315330 343010 0 140320 206080 277180 17959 16096 99387 374510 638340 0 355830 1431700 973140 1578400 2803400 2503000 2981000 4023600 1847100 2532900 0 1526000 1471600 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THALIANA 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLIC ACID DEAMINASE 1, D-cysteine desulfhydrase | chr1:1 6 16 16 16 11 6 8 10 10 4 8 8 11 11 10 9 7 8 7 9 9 7 8 9 11 6 8 10 10 4 8 8 11 11 10 9 7 8 7 9 9 7 8 9 11 6 8 10 10 4 8 8 11 11 10 9 7 8 7 9 9 7 8 9 50.7 50.7 50.7 41.557 381 381;381;381;401;401;401 2.7 66 39 86 87 0 74.877 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 37.5 19.4 32.5 39.6 31.8 15.7 28.6 32 36.2 35.7 36.5 29.9 22.8 29.1 22 28.9 28.9 21 28.9 33.3 4203500000 289190000 226250000 339360000 270610000 268660000 273960000 123020000 229070000 314390000 139300000 355710000 163290000 122500000 92273000 92820000 161570000 174620000 221210000 204840000 140910000 20 152520000 6327100 8242500 13097000 9944000 11020000 12201000 4373100 7389800 10059000 5214900 12597000 4831800 5271000 2859500 4017600 6573500 6959000 8662400 7190400 5688400 10797000 9527700 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full name available | chr1:20873891-20876018 FORWARD LENGTH=325 2 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 7 7 33.85 298 298;325 4 2 0.0066174 2.0111 By MS/MS By MS/MS 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 22058000 0 12357000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9700800 0 0 20 1102900 0 617860 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 485040 0 0 0 3613400 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2179000 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 FPEPDTEGNKIFDTLENEFQK 958 12517 True 12942 323798;323799 333616;333617 333617 -1;-1 AT1G55850.1 AT1G55850.1 3 3 3 AT1G55850.1 | Symbols: CSLE1, ATCSLE1 | cellulose synthase like E1 | chr1:20876752-20879414 FORWARD LENGTH=729 1 3 3 3 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 1 2 1 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 1 2 1 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 1 2 1 0 0 0 1 0 0 2 4.5 4.5 4.5 82.346 729 729 1.75 9 4 1 2 0.0016814 2.8102 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By 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Symbols: AT-E1 ALPHA, E1 ALPHA, IAR4L | pyruvate de 4 15 9 9 13 12 14 13 14 12 13 14 13 12 13 14 13 15 12 12 15 15 13 12 8 8 8 8 9 7 9 9 8 7 8 8 7 9 9 9 9 9 8 7 8 8 8 8 9 7 9 9 8 7 8 8 7 9 9 9 9 9 8 7 36 22 22 40.281 364 364;389;353;378 2.61 124 109 168 143 0 157.4 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 33.2 29.4 35.7 33.5 33.8 29.7 29.9 32.1 31.9 29.7 33.5 35.7 32.7 36 27.5 27.5 36 36 31.9 28 14899000000 1005300000 1311000000 1088300000 825940000 799120000 584000000 663690000 1176500000 959590000 290750000 897930000 598260000 398210000 364740000 434710000 518170000 940760000 1090500000 573190000 378530000 18 467420000 28971000 47856000 31095000 25359000 27892000 18937000 19480000 33852000 30309000 10236000 27790000 14537000 14004000 9540000 14624000 14770000 25055000 42011000 18353000 12752000 24018000 23428000 20989000 25028000 24045000 19489000 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NAD(P)H DEHYDROGENASE SUBUNIT 45, NDH-dependent cyclic electron flow 1, Photosynthetic NDH subcomplex B 2 | chr1:24057549-24059415 FORWARD LENGTH=348;AT1G64770.1_neo1;AT1G64770.2 | Symbols: NDF2, PnsB2, NDH45 | 6 18 18 18 10 14 9 9 12 11 13 12 10 11 11 13 9 12 11 11 12 12 9 11 10 14 9 9 12 11 13 12 10 11 11 13 9 12 11 11 12 12 9 11 10 14 9 9 12 11 13 12 10 11 11 13 9 12 11 11 12 12 9 11 46.8 46.8 46.8 38.005 348 348;304;313;367;269;323 2.59 128 120 164 148 0 176.37 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 31.9 41.7 31 33.3 44 37.4 40.8 44 33.3 33.9 38.5 41.7 34.5 38.8 35.9 38.8 38.8 39.9 31 38.2 15594000000 850360000 1362400000 1232400000 803810000 788310000 665860000 553240000 1475600000 881700000 501800000 826420000 714220000 546540000 327110000 377800000 419450000 1003600000 1081700000 568380000 613780000 18 475100000 17509000 46361000 36257000 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LENGTH=1454;AT1G65440.2 | Symbols: SPT6L, GTB1 | global transcription factor group B1, Arabidopsis Sup 4 2 2 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.6 1.6 1.6 166.39 1454 1454;1642;1647;1647 1.33 2 1 0.0069822 1.9802 By MS/MS By MS/MS 0 0 0 0 0 1.6 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65407000 0 0 0 0 0 62462000 0 0 0 0 2945200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 124030 0 0 0 0 0 86752 0 0 0 0 37281 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6886200 0 0 0 0 4009600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 FLELHHVQK;ISGEQLPQQSGNVR 1093 12224;19697 True;True 12645;20296 317675;509612;509613 327434;327435;524037;524038 327435;524037 -1;-1;-1;-1 AT1G65540.3_neo1;AT1G65540.2_neo1;AT1G65540.1_neo1;AT1G65540.3;AT1G65540.2;AT1G65540.1 AT1G65540.3_neo1;AT1G65540.2_neo1;AT1G65540.1_neo1;AT1G65540.3;AT1G65540.2;AT1G65540.1 7;7;7;7;7;7 7;7;7;7;7;7 6;6;6;6;6;6 AT1G65540.3_neo1;AT1G65540.2_neo1;AT1G65540.1_neo1;AT1G65540.3 | Symbols: AtLETM2, LETM2 | leucine zipper-EF-hand-containing transmembrane protein 2 | chr1:24362382-24366011 REVERSE LENGTH=736;AT1G65540.2 | Symbols: AtLETM2, LETM2 | leucine zipper-EF-hand- 6 7 7 6 3 1 4 2 6 5 3 3 5 1 5 4 3 4 1 2 3 4 1 3 3 1 4 2 6 5 3 3 5 1 5 4 3 4 1 2 3 4 1 3 2 1 4 2 5 5 3 3 5 1 5 3 3 4 1 2 3 4 1 3 13.3 13.3 11.4 80.314 708 708;708;708;736;736;736 2.56 23 13 20 24 0 31.511 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.2 1.8 8.1 3.4 11.4 9.6 5.1 6.2 9.6 1.6 9.6 6.9 6.2 8.1 1.8 4.5 5.1 6.9 1.8 5.9 497810000 18967000 6363700 43096000 5458700 39948000 63797000 33900000 51338000 41737000 1198500 34939000 18762000 19330000 24593000 4638100 6711100 37813000 29476000 9040600 6698900 37 13454000 512630 171990 1164800 147530 1079700 1724200 916220 1387500 1128000 32393 944290 507090 522420 664670 125360 181380 1022000 796640 244340 181050 2766200 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synthetase 1;2, glutamine synthase clone F11 | chr1:246 4 22 18 7 16 14 16 16 13 13 13 15 15 12 15 15 13 13 14 15 17 18 15 14 13 12 14 14 11 11 10 12 12 10 13 12 10 11 11 12 14 15 12 11 3 5 5 3 3 4 2 3 4 2 4 2 2 2 1 2 4 5 2 2 72.5 68.3 36.8 39.207 356 356;365;272;353 2.71 120 94 193 169 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 42.7 48.9 44.9 48.9 42.4 37.1 36 37.1 50.3 35.7 42.7 42.4 39.3 35.7 36.8 48 43 49.7 41.6 36 33612000000 2329100000 3398200000 2348500000 1664300000 1451300000 1152800000 1072000000 3128600000 2291200000 1147700000 1890700000 1164200000 956840000 758830000 1014000000 1168000000 2176700000 2246300000 1102500000 1150000000 14 679170000 43873000 64111000 67602000 33078000 24875000 28402000 15060000 43343000 42600000 32208000 32662000 8835700 18619000 23590000 19635000 28819000 52147000 55550000 19969000 24195000 92840000 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LPEAT1 | LYSOPHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE1 | chr1:30412387-30414935 REVERSE LENGTH=390;AT1G80950.1 | Symbols: AtLPEAT1, LPEAT1 | LYSOPHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE1 | chr1:30412653-30414935 REVERSE LEN 2 5 5 5 2 3 2 2 2 2 3 1 2 2 3 1 1 2 2 1 2 2 0 4 2 3 2 2 2 2 3 1 2 2 3 1 1 2 2 1 2 2 0 4 2 3 2 2 2 2 3 1 2 2 3 1 1 2 2 1 2 2 0 4 15.6 15.6 15.6 43.678 390 390;398 2.04 24 8 16 5 0 5.6048 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 6.4 10.3 6.4 6.4 6.4 6.4 8.7 4.1 6.4 6.4 8.7 3.8 4.1 5.4 6.2 2.3 6.4 6.4 0 12.6 247710000 10881000 33495000 25375000 10798000 11258000 8090300 13055000 4040600 11969000 8141600 7611200 5057200 4866100 3054400 15484000 7125000 21971000 28520000 0 16917000 23 9949800 473100 1113400 1103300 469480 489490 351750 567620 175680 520400 353980 330920 219880 211570 132800 531800 309780 955270 1240000 0 619550 1356300 1622100 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MS/MS By MS/MS 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 18.6 18.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 14.6 18.6 14.6 14.6 1409800000 46238000 77906000 106280000 84993000 85794000 86016000 89965000 101200000 130350000 31278000 84184000 43826000 72348000 22738000 24693000 33028000 67539000 117530000 42092000 61745000 9 74797000 3253600 5775000 4258400 3124000 5615400 3566500 6197100 4883600 5085900 1473100 3497500 2471300 3360300 651660 1322100 1710600 4375700 7166300 2735700 4273600 7203800 8157500 11475000 12182000 12250000 12118000 16758000 12422000 14343000 8338200 10074000 8535000 15429000 6378600 8521700 8004200 10044000 12439000 7838300 11960000 4 3 4 3 3 4 4 5 7 2 4 4 3 3 3 3 4 6 4 6 79 ALNDDDSPTETTPGVGSAVEDRPPDSSEDR;DLIVFLEAPVK;SSSVYEFLYPR 1423 2501;6136;35965 True;True;True 2587;6384;37049 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LENGTH=145;AT2G05520.5_neo1;AT2G05520.4_neo1;AT2G05520.3_neo1;AT2G05520 12 3 3 2 1 2 3 2 3 2 2 2 3 2 2 2 1 2 2 2 3 3 3 1 1 2 3 2 3 2 2 2 3 2 2 2 1 2 2 2 3 3 3 1 1 1 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 61.5 61.5 44.3 11.992 122 122;145;88;101;102;111;115;124;125;138;94;117 3.58 3 2 15 47 0 150.35 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 34.4 51.6 61.5 44.3 61.5 51.6 44.3 44.3 61.5 51.6 44.3 44.3 9.8 44.3 44.3 44.3 61.5 61.5 61.5 34.4 4656800000 228360000 365890000 310880000 198700000 367130000 136570000 68326000 510370000 574600000 183280000 235370000 161310000 644410 263720000 65832000 155190000 301840000 205350000 254130000 69266000 7 152230000 23023000 52270000 572800 9257500 2288100 14805000 1607600 16728000 11603000 26183000 918240 17245000 92059 31548000 5160300 16945000 18780000 4695600 14789000 9895200 41027000 52158000 19851000 44264000 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THALIANA S-FORMYLGLUTATHIONE HYDROLASE | chr2:17323656-17325430 REVERSE LENGTH=284 1 8 8 8 6 6 6 6 6 5 5 6 7 6 6 5 5 7 7 7 6 6 7 6 6 6 6 6 6 5 5 6 7 6 6 5 5 7 7 7 6 6 7 6 6 6 6 6 6 5 5 6 7 6 6 5 5 7 7 7 6 6 7 6 26.4 26.4 26.4 31.655 284 284 2.29 111 84 90 60 0 77.102 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 23.6 23.6 23.6 23.6 23.6 20.8 19.7 23.6 26.1 23.6 23.6 19.7 19.7 23.9 23.9 23.9 23.6 23.6 23.9 23.6 11096000000 529280000 959430000 745040000 419490000 540490000 651330000 396780000 662400000 530210000 399970000 744310000 410610000 519100000 270710000 439970000 523500000 494240000 773120000 567410000 518740000 15 493600000 29010000 48416000 36593000 22829000 25028000 33482000 16995000 25471000 27637000 18442000 34653000 16751000 18562000 9545900 16986000 21579000 17035000 29323000 24823000 20442000 25442000 28092000 21894000 23584000 26853000 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Symbols: PTAC8, PSI-P, PSAP, CURT1B, TMP14 | CURVATURE THYLAKOID 1B, PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 8, THYLAKOID MEMBRANE PHOSPHOPROTEIN OF 14 KDA, photosystem I P subunit | chr2:19243729-19244870 FORWARD L 4 7 7 7 5 5 6 4 4 5 6 5 4 6 4 6 5 4 4 4 5 4 4 5 5 5 6 4 4 5 6 5 4 6 4 6 5 4 4 4 5 4 4 5 5 5 6 4 4 5 6 5 4 6 4 6 5 4 4 4 5 4 4 5 56.8 56.8 56.8 11.941 111 111;111;174;174 2.74 77 69 97 126 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 51.4 49.5 55 45.9 45.9 51.4 55 49.5 45.9 51.4 45.9 55 49.5 45.9 45.9 45.9 49.5 45.9 45.9 51.4 142670000000 7644900000 9791800000 10314000000 7863100000 5932200000 6666900000 3933100000 12302000000 8963400000 6242300000 8809100000 7522200000 5413700000 4201800000 4982000000 4125900000 7850100000 9276100000 4850500000 5982000000 4 20040000000 1041700000 1371200000 1637500000 1051100000 747490000 734920000 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 34.8 40.7 39.3 34.1 38.5 34.1 39.3 34.8 34.8 39.3 34.8 34.8 40 37 37 37 34.8 40.7 34.8 35.6 20392000000 1016400000 2281900000 1445300000 985410000 793000000 1216600000 809700000 1673900000 1356800000 630120000 1275000000 879210000 910610000 321050000 407970000 449170000 844330000 1658800000 538630000 898070000 4 2112100000 92092000 306470000 142250000 60454000 34517000 114350000 108720000 109020000 131560000 71317000 54897000 65503000 106760000 60492000 94012000 87990000 108280000 146690000 88369000 128340000 97874000 128440000 90660000 98218000 69215000 130150000 118460000 122780000 107540000 106600000 98421000 126060000 113140000 106390000 81904000 114470000 97135000 128450000 65721000 155940000 8 14 8 6 9 10 8 10 8 5 7 10 6 9 8 7 8 10 5 8 164 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MS/MS By MS/MS 48.8 54.1 47.6 47.6 47.3 44.4 47.3 51.5 51.5 48.8 50.2 48.3 49.5 51 44.7 45.9 49.3 52.9 47.1 49 124590000000 7070300000 9108700000 10522000000 7303800000 6449200000 5628300000 5509900000 9270000000 6930600000 2997300000 8214100000 6206800000 5639600000 3017300000 3373100000 3436200000 6017400000 7627800000 5223200000 5044400000 23 4060400000 203990000 305090000 333190000 235620000 219690000 197410000 183220000 274070000 229020000 114780000 265380000 171820000 177100000 109110000 114780000 130090000 192700000 254530000 173810000 174960000 132490000 128680000 163430000 153460000 145690000 138150000 147510000 135140000 139900000 131410000 155150000 158990000 145600000 146870000 137280000 133460000 128820000 128060000 150530000 158970000 60 60 79 76 71 67 55 77 65 59 77 65 72 58 52 51 62 70 57 69 1302 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MEMBRANE INTRINSIC PROTEIN 2;1, plasma membrane intrinsic protein 2A | chr3:19803906-19805454 REVERSE LENGTH=287;AT3G53420.1 | Symbols: PIP2;1, AtPIP2;1, PIP 2 6 6 4 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 18.1 18.1 11.5 30.474 287 287;287 2.73 96 104 141 160 0 139.47 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 18.1 68331000000 5522000000 3072400000 4857200000 3787100000 2596500000 2077200000 3182100000 5642900000 4706500000 1508000000 2914200000 3657500000 2392200000 1794300000 2311600000 2793400000 4748400000 4681600000 2623300000 3462700000 7 6264900000 494340000 302910000 471130000 381160000 251030000 206940000 302690000 447210000 444560000 153800000 268100000 248700000 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ARABIDOPSIS THALIANA PEPTIDE TRANSPORTER 1, peptide transporter 1 | chr3:20045885-20048154 REVERSE LENGTH=570;AT3G54140.1 | Symbols: AtNPF8.1, NPF8.1, ATPTR1, PTR1 | NRT1/ PTR fa 5 4 4 4 2 0 2 2 4 2 2 1 2 0 0 1 2 1 1 2 1 1 2 1 2 0 2 2 4 2 2 1 2 0 0 1 2 1 1 2 1 1 2 1 2 0 2 2 4 2 2 1 2 0 0 1 2 1 1 2 1 1 2 1 8.6 8.6 8.6 64.033 570 570;570;570;570;570 2.7 9 2 17 9 0 7.1379 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By matching By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 4.9 0 4.4 4.4 8.6 3.2 4.4 3 5.4 0 0 1.9 4.9 3 3 4.9 3 1.9 4.9 1.9 325420000 29312000 0 33054000 19640000 77619000 44066000 21332000 6516400 20812000 0 0 1865800 13323000 4475800 4285900 13790000 12376000 2272000 10757000 9922600 18 18079000 1628500 0 1836300 1091100 4312100 2448100 1185100 362020 1156200 0 0 103660 740140 248660 238110 766090 687580 126220 597620 551260 4405800 0 3244400 2710700 5089300 3521400 3255000 1834800 1957300 0 0 1487600 3332400 2378100 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Symbols: SAP130b, AtSAP130b | spliceosome-associated protein 130 b, Arabidopsis thaliana spliceosome-associated protein 130 b | chr3:20467116-20470944 REVERSE LENGTH=1214;AT3G55200.3 | Symbols: AtSAP130a, SAP130a | spliceosome-associated prot 4 7 7 7 1 2 3 1 0 0 2 2 1 0 2 0 1 2 1 3 2 2 0 1 1 2 3 1 0 0 2 2 1 0 2 0 1 2 1 3 2 2 0 1 1 2 3 1 0 0 2 2 1 0 2 0 1 2 1 3 2 2 0 1 7 7 7 134.97 1214 1214;1214;1214;1214 2.68 9 4 2 13 0 29.707 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.4 2.1 3.2 1.4 0 0 2.3 2.1 1.4 0 2.1 0 0.9 2.5 1.4 2.9 2.1 2.5 0 1.4 256460000 13229000 39961000 19235000 12439000 0 0 14539000 21450000 28317000 0 15810000 0 0 14685000 5284000 7240700 19802000 32192000 0 12275000 52 4931900 254410 768480 369900 239210 0 0 279600 412500 544560 0 304050 0 0 282410 101620 139240 380810 619070 0 236060 3523600 6636700 2302300 2871400 0 0 4969100 3690200 5165700 0 3037000 0 0 3959700 3982000 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NUDT7, AtNUDT7, GFG1 | GROWTH FACTOR GENE 1, Arabidopsis thaliana Nudix hydr 6 7 7 7 2 5 4 4 5 3 3 3 2 1 6 3 4 3 2 4 3 3 2 2 2 5 4 4 5 3 3 3 2 1 6 3 4 3 2 4 3 3 2 2 2 5 4 4 5 3 3 3 2 1 6 3 4 3 2 4 3 3 2 2 38.3 38.3 38.3 31.884 282 282;282;282;217;322;199 2.84 17 10 47 28 0 97.309 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.2 25.9 20.6 17 29.4 14.2 12.1 8.2 5.7 2.8 35.8 8.2 17 12.1 10.3 16.7 16.7 8.2 9.2 5.7 2002100000 61715000 155730000 125690000 121570000 185670000 115640000 63020000 127580000 186920000 46749000 126330000 73428000 59887000 41067000 19448000 54456000 36804000 227390000 134730000 38319000 13 140360000 4747300 8195100 9395200 9351300 12221000 8895500 4847700 9813900 14378000 3596100 7880900 5648300 4606700 3159000 428220 3888500 755540 15237000 10364000 2947600 9949800 8255900 8296000 11236000 19874000 12676000 9554300 14037000 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Symbols: atARA7, ARA-7, ARA7, ATRABF2B, ATRAB-F2B, RAB-F2B, ATRAB5B, RABF2B | ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG F2B, RAB GTPASE HOMOLOG F2B | chr4:10687441-10689449 REVERSE LENGTH=200;AT4G19640.2 | Symbols: atARA7, ARA-7, ARA7, ATRABF2B, ATRAB-F 5 5 5 5 2 2 1 1 1 2 2 2 1 1 3 2 3 1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 2 2 2 1 1 3 2 3 1 1 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 2 2 2 1 1 3 2 3 1 1 2 2 2 2 1 30.5 30.5 30.5 21.873 200 200;149;193;200;208 1.82 25 16 13 1 0 11.521 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 18 9.5 7.5 7.5 7.5 13 12.5 9.5 7.5 7.5 23.5 18 18 7.5 7.5 12.5 12.5 12.5 12.5 7.5 458550000 25522000 38806000 37083000 18129000 10548000 51425000 8360100 14316000 6087400 11048000 44805000 18332000 44457000 6057300 9061500 23959000 23134000 27625000 34275000 5516100 12 25708000 690480 2567900 3090300 1510800 879020 4285400 423900 761450 507280 920650 2603300 604070 1888700 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THALIANA PLASMA-MEMBRANE ASSOCIATED CATION-BINDING PROTEIN 1, microtubule-destabilizing protein 25, plasma-membrane associated cation-binding protein 1 | chr4:10941593-10943227 FORWARD LENGTH=225;A 10 35 35 35 23 23 23 23 24 24 25 25 25 26 24 21 23 25 20 23 23 20 23 22 23 23 23 23 24 24 25 25 25 26 24 21 23 25 20 23 23 20 23 22 23 23 23 23 24 24 25 25 25 26 24 21 23 25 20 23 23 20 23 22 84 84 84 24.584 225 225;225;225;225;225;225;225;226;166;167 3.11 125 151 274 514 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 74.2 74.2 74.2 77.3 77.3 77.3 77.3 74.2 77.3 74.7 74.2 74.2 74.2 74.2 60.4 74.2 74.2 74.2 68 68 92799000000 5820200000 5719800000 6830100000 5706400000 4766200000 6902700000 3756700000 5895600000 7168300000 5401600000 5676400000 3741600000 3025700000 2828800000 2050300000 3064000000 4428300000 4057300000 3287800000 2671000000 14 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METHYLTRANSFERASE 11, PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 1B, arginine methyltransferase 11 | chr4:1449173 1 7 7 7 4 1 3 3 2 2 3 4 2 2 4 4 4 3 3 3 3 3 4 5 4 1 3 3 2 2 3 4 2 2 4 4 4 3 3 3 3 3 4 5 4 1 3 3 2 2 3 4 2 2 4 4 4 3 3 3 3 3 4 5 24.9 24.9 24.9 43.893 390 390 2.41 33 26 26 26 0 18.345 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 14.1 3.3 11 9 5.6 5.9 9 15.6 7.4 7.7 13.8 12.1 11.8 10.8 9 9 8.7 9 12.1 19 900240000 76159000 21060000 46065000 15582000 29964000 22212000 35052000 93011000 36579000 26589000 47352000 58551000 124390000 31689000 25800000 18032000 30963000 60630000 48585000 51980000 16 34188000 2294700 1316300 1143200 506120 1520400 1388300 1700400 3444200 1142800 841290 1462400 2507300 1693300 1376400 1612500 1127000 1481800 3170800 2687300 1771700 4208400 2023300 3963400 2469500 2935100 2198700 4749300 4959900 2994800 5174300 3804600 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Large subunit of Heterodimeric geranyl(geranyl)diphosphate synthase, ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYN 17 10 10 10 5 6 7 4 4 4 6 7 5 4 6 6 4 3 4 5 7 6 5 5 5 6 7 4 4 4 6 7 5 4 6 6 4 3 4 5 7 6 5 5 5 6 7 4 4 4 6 7 5 4 6 6 4 3 4 5 7 6 5 5 27.2 27.2 27.2 40.174 371 371;314;307;347;357;360;360;360;360;360;284;320;320;320;320;319;320 2.4 69 42 76 43 0 121.22 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 17.3 18.3 18.3 14.3 14 14 18.3 25.1 14 14 18.3 18.3 14.3 10.5 10.8 16.4 20.5 19.4 17.3 17.3 6071600000 413700000 682270000 427930000 218780000 211750000 208650000 198640000 574050000 317480000 191890000 330990000 203260000 46358000 106610000 229130000 211040000 278550000 545540000 354540000 320450000 11 241930000 15274000 30052000 24748000 6426700 12726000 8193000 3051400 18063000 8538300 4478700 14143000 9491100 4214400 5520600 8461100 7271700 14043000 23294000 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MS/MS By MS/MS By MS/MS 38.4 42.6 45.8 47.7 25.9 36.1 32.4 32.4 37 32.4 38.4 41.7 32.4 36.1 34.3 29.6 46.8 52.3 34.3 36.1 5104300000 252040000 458030000 401170000 247060000 277300000 258770000 227720000 399300000 304790000 92008000 204370000 196080000 273700000 113860000 122590000 190020000 397480000 387600000 130490000 169910000 17 210850000 8823300 21369000 15361000 8662800 11658000 12837000 10283000 16903000 11933000 4276400 8428500 6575800 13764000 4379300 4138300 8228000 16780000 14558000 5284400 6602700 12224000 12227000 14122000 12527000 13482000 12193000 11931000 15406000 12852000 10453000 8790700 10337000 13111000 13859000 16413000 17478000 13825000 11968000 9745500 12820000 14 12 13 12 14 7 14 13 10 10 11 14 10 12 9 11 18 21 10 16 251 ARSDYDYLIK;GAMGILLVYDVTDESSFNNIR;GQALADEYGIK;ILVGNKADMDESKR;LLLIGDSGVGK;LTETDTKAEPQGIK;NIEQHASDNVNK;QDTAASSSTAEK;TITTAYYR;TNLNVENVFMSIAK;TVELDGKR 4277 3485;13373;15612;18989;24288;25880;28484;30591;37957;38480;39364 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AtABCG22, ABCG22 | Arabidopsis thaliana ATP-binding cassette G22, ATP-binding cassette G22 | chr5:1990334-1994605 REVERSE LENGTH=691;AT5G06530.2 | Symbols: AtABCG22, ABCG22 | Arabidopsis thaliana ATP-binding cassette G22, ATP-binding 4 4 4 4 1 1 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 2 1 1 1 1 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 2 1 1 1 1 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0 0 2 1 1 8.4 8.4 8.4 75.869 691 691;751;751;496 1.41 20 4 2 1 0 6.1294 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 5.6 3.6 4.6 1.9 1.9 1.7 1.9 1.9 1.9 1.9 0 0 3.6 1.9 1.9 183900000 12027000 11834000 12575000 6938900 9092900 12853000 18383000 17272000 14046000 4723300 2134900 8067300 8693600 2520000 3826400 0 0 23825000 6751900 8336400 32 5538700 375850 369800 392980 216840 284150 401650 574470 331530 438950 147600 66714 252100 271680 78749 119570 0 0 744550 211000 260510 1729700 889970 1514500 1340300 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By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 19.3 14.6 21.1 13.7 15.4 16.1 8.5 11.7 3.9 6.1 15.4 12.4 14.6 9.6 14.6 11.7 14.6 7.8 21.1 14.6 6908200000 475070000 408880000 570050000 307420000 426670000 389270000 191040000 475290000 215250000 233750000 432790000 436570000 330310000 197390000 196080000 270790000 391220000 211690000 539510000 209180000 20 87122000 1555200 5581500 6072700 2121700 7685900 8532400 237090 4038200 645370 143110 4021400 8611000 4857700 2923500 6117100 5879100 2971700 1031600 9072200 5023800 35434000 24879000 26641000 33084000 30535000 28076000 19668000 27483000 18194000 46132000 29028000 38150000 26644000 39247000 24855000 30646000 24845000 14363000 45253000 19489000 11 13 12 14 11 13 5 11 5 7 12 9 10 4 9 9 10 7 17 9 198 EDDLVTGLPGQPPVNFK;GAGHQVPALAPAQSLTLFSHFISSVPLPSK;HYAGYVNLGPEQK;IWIYSGDTDGR;IWIYSGDTDGRVPVTSTR;KEDDLVTGLPGQPPVNFK;LTYNHFSWNK;VPVTSTR;VTISSSGR;WSDAPSTMIPIIQK 4376 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chr5:3073356-3077974 FORWARD LENGTH=1069;AT5G64740.1 | Symbols: IXR2, PRC1, E112, CESA6 | ISOXABEN RESISTANT 2, cellulose synthase 6, PROCUSTE 1 | chr5:25881555-25886333 FORWA 4 5 4 4 0 2 2 1 1 0 2 1 0 0 1 2 2 1 0 2 3 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 2 3 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 2 3 1 1 1 4.3 3.4 3.4 120.86 1069 1069;1084;1084;1088 2.81 5 3 10 8 0.0026558 2.4945 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 1.8 1.9 0.8 0.8 0 1.8 0.8 0 0 0.8 1.8 1.8 0.9 0 1.8 2.5 0.9 0.8 0.8 187940000 0 12623000 6102200 12517000 7623100 0 15015000 6463600 0 0 12490000 10030000 10415000 2538600 0 28313000 43314000 8604800 5421200 6465900 49 3835400 0 257610 124540 255440 155570 0 306420 131910 0 0 254910 204690 212550 51809 0 577820 883950 175610 110640 131960 0 2083500 0 2202900 2372400 0 3496100 1415400 0 0 1887100 2610100 3116900 0 0 0 0 0 2278300 3510200 0 1 0 2 1 0 1 1 0 0 2 2 3 0 0 2 2 1 1 1 20 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2F, KAONASHI 2, sucrose-phosphate synthase A2, SUCROSE PHOSPHATE SYNTHASE 1 | chr5:3536426-3540901 FORWARD LENGTH=1047 1 4 2 2 2 3 2 2 1 3 2 2 2 0 3 2 3 2 2 2 1 3 2 3 1 1 2 1 0 1 1 1 1 0 2 1 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1 1 0 2 1 2 1 1 1 0 1 1 1 3.8 2.2 2.2 116.96 1047 1047 1.68 16 13 5 0.00022442 3.9569 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS 1.6 2.6 2.2 2.2 1 2.6 1.9 1.9 1.9 0 3.2 1.9 3.2 1.9 1.9 1.9 1 2.6 1.9 2.6 496210000 28271000 63610000 6614400 4268300 0 5502800 48111000 26821000 47422000 0 38203000 34160000 40020000 5539500 17441000 22356000 0 43770000 27184000 36915000 49 9432000 576960 1298200 105950 87109 0 112300 981850 547370 967800 0 561310 697140 456530 113050 355940 456240 0 893270 554780 753370 4607000 4079900 2984000 5146200 0 2140500 8338200 4619400 8012800 0 5520800 7902600 5106500 3088700 5632900 7087800 0 5172800 6661800 8434400 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cyclophilin 20-2, Photosynthetic NDH subcomplex L 5, ARABIDOPSIS THALIANA CYCLOPHILIN 20-2 | chr5:4162714-4164720 REVERSE LENGTH=255;AT5G13120.1 | Symbols: CYP20-2, Pnsl5 4 10 9 9 7 9 7 7 9 9 9 9 8 6 8 8 8 6 8 7 8 9 8 6 6 8 7 6 8 8 8 8 7 6 7 7 7 5 7 6 7 8 7 6 6 8 7 6 8 8 8 8 7 6 7 7 7 5 7 6 7 8 7 6 56.8 53 53 19.973 183 183;183;255;259 2.81 65 54 102 118 0 105.62 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 37.7 53 41 37.7 53 53 53 49.7 45.9 33.9 45.9 45.9 45.9 38.8 45.9 37.7 45.9 53 45.9 33.9 13035000000 622810000 1229400000 994110000 827250000 644100000 734030000 538160000 942650000 816910000 372090000 682870000 578030000 435420000 295870000 362030000 354980000 758180000 1077000000 498190000 271280000 11 963900000 46942000 82926000 79330000 64156000 50325000 45657000 40203000 70698000 56246000 27280000 52270000 34466000 31803000 22418000 28688000 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IMD1 | isopropylmalate dehydrogena 6 23 23 13 17 17 15 16 20 20 17 15 21 15 18 18 16 16 16 20 20 19 18 16 17 17 15 16 20 20 17 15 21 15 18 18 16 16 16 20 20 19 18 16 9 7 8 9 10 10 9 7 11 5 9 9 8 7 8 10 11 10 9 7 62.6 62.6 43.8 39.954 372 372;409;351;388;263;300 2.44 243 163 259 175 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 49.7 58.3 53.5 47.6 55.1 54.3 52.4 44.9 61.6 46.5 58.3 49.5 47 46.8 44.4 57.3 60.8 59.7 51.9 48.4 29484000000 1528400000 3787200000 2709000000 1097500000 2149700000 2221000000 989960000 1501200000 1614900000 791260000 1725000000 719220000 1644300000 567460000 627960000 1140800000 1508000000 1745500000 841670000 573580000 18 918140000 42913000 104820000 73744000 37405000 56936000 79248000 37076000 42988000 59069000 34726000 54672000 25953000 48417000 21935000 26607000 40779000 32672000 45710000 26825000 25650000 53132000 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AT5G16390.2_neo1;AT5G16390.1_neo1;AT5G16390.2 | Symbols: CAC1-A, CAC1A, CAC1, BCCP1, BCCP, BCCP-1 | chloroplastic acetylcoenzyme A carboxylase 1, BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN, BIOTIN CARBOXYL-CARRIER PROTEIN 1 | chr5:5361554-5363020 REVERSE LENGTH=254;A 6 7 7 7 4 4 3 3 4 5 4 3 6 4 5 4 3 4 4 3 2 4 4 4 4 4 3 3 4 5 4 3 6 4 5 4 3 4 4 3 2 4 4 4 4 4 3 3 4 5 4 3 6 4 5 4 3 4 4 3 2 4 4 4 34.9 34.9 34.9 20.213 192 192;218;254;280;201;255 2.42 46 41 46 35 0 39.103 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 20.8 28.1 14.6 14.1 19.8 20.8 19.8 14.6 20.8 16.1 20.8 20.8 14.1 19.8 20.8 14.6 9.9 19.8 19.8 20.8 2471500000 66761000 161650000 134620000 67789000 104300000 165680000 178640000 83506000 214550000 119580000 214110000 103980000 88322000 126570000 58429000 48487000 52179000 200710000 149130000 132460000 10 217070000 6676100 11183000 13462000 6778900 10430000 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Chloroplast GrpE 1 | 6 20 20 20 11 16 14 9 10 15 13 14 14 12 12 15 11 12 12 10 11 16 10 11 11 16 14 9 10 15 13 14 14 12 12 15 11 12 12 10 11 16 10 11 11 16 14 9 10 15 13 14 14 12 12 15 11 12 12 10 11 16 10 11 59.2 59.2 59.2 28.648 260 260;260;262;324;324;326 2.91 91 96 135 229 0 276.73 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 46.9 59.2 51.2 46.9 43.8 50.8 50 48.5 51.2 50.4 54.6 51.9 50.8 50 38.1 34.6 48.5 50.4 36.5 37.7 22352000000 1228100000 1356100000 1876300000 1261300000 1003500000 1509400000 947860000 1676500000 1454800000 921270000 1444300000 1159000000 691880000 460440000 415140000 530130000 1012300000 1573700000 1010200000 819410000 13 1195700000 68815000 59168000 97994000 70424000 56650000 80470000 53028000 74043000 78077000 44869000 72383000 50154000 37536000 28630000 24858000 34178000 62089000 88473000 65490000 48327000 52306000 41727000 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Probable Plastid-Lipid Associated Protein 4 12 12 12 9 9 8 10 9 10 9 11 10 10 11 8 10 11 9 9 11 9 7 7 9 9 8 10 9 10 9 11 10 10 11 8 10 11 9 9 11 9 7 7 9 9 8 10 9 10 9 11 10 10 11 8 10 11 9 9 11 9 7 7 64.2 64.2 64.2 20.697 187 187;183;239;235 2.51 134 117 130 134 0 148.38 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 51.3 50.8 48.7 56.7 52.4 50.8 47.1 60.4 56.1 50.8 59.9 42.2 50.8 55.1 46 47.6 58.8 52.4 38 38 26246000000 893150000 2196900000 2081600000 1645100000 1463300000 1567000000 1230000000 1903800000 1514600000 859840000 1497100000 1006700000 1310200000 520810000 672280000 906210000 1494100000 1696000000 936150000 851830000 13 1472200000 45682000 109880000 112190000 91191000 82528000 99585000 65230000 101920000 85541000 57217000 85086000 51010000 78426000 26527000 33910000 55828000 88472000 97861000 56722000 47434000 24151000 35671000 37589000 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3, methylthioalkylmalate synthase 1 | chr5:7703173-7706769 FORWARD LENGTH=506;AT5G23010.2 | Symbols: GSM1, MAM1, IMS3 | gluco 6 22 22 20 12 13 13 11 9 13 12 10 13 13 10 14 12 10 15 14 15 10 13 13 12 13 13 11 9 13 12 10 13 13 10 14 12 10 15 14 15 10 13 13 12 11 11 9 7 11 10 10 12 11 8 12 10 8 13 12 13 8 11 11 47.8 47.8 43 49.815 456 456;456;506;534;452;502 2.63 106 107 173 129 0 207.49 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 32.2 35.7 35.7 32 24.8 36.4 29.8 26.3 32 35.1 28.7 35.5 34.4 27.2 41.2 39 41.2 28.9 37.1 34.9 9032900000 794620000 800900000 532670000 419960000 298700000 489550000 281020000 592080000 453890000 260860000 419690000 448860000 446250000 292450000 376850000 426370000 560920000 479110000 338130000 320010000 27 241860000 18952000 17615000 14334000 12620000 9385000 15120000 7085900 13845000 13284000 8392800 12690000 9457500 12280000 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29913;29953;58997;135794;176743;222040;302621;302622;320573;471381;490659;502202;629684;641104;646192;661407;686040;686079;775287;825313;830201;854244;872941;872942;1029733;1075974;1168572 7415;7416;7417;7418;7419;7420;7421;7422;7423 9;58;72;281;290;337;412;415;446 -1;-1;-1;-1 AT5G35220.1 AT5G35220.1 4 4 4 AT5G35220.1 | Symbols: AMOS1, EVR3, EGY1 | ammonium overly sensitive 1, ETHYLENE-DEPENDENT GRAVITROPISM-DEFICIENT AND YELLOW-GREEN 1, enhancer of variegation3 | chr5:13484606-13487546 REVERSE LENGTH=548 1 4 4 4 2 2 3 3 2 1 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 3 4 3 2 2 2 3 3 2 1 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 3 4 3 2 2 2 3 3 2 1 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 3 4 3 2 11.3 11.3 11.3 59.5 548 548 3.63 1 21 43 0 62.864 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.1 5.1 8.4 8.4 5.1 2.4 5.1 5.1 5.1 5.1 8.4 5.1 5.1 5.1 5.1 5.1 8.4 11.3 8.4 5.1 660700000 43181000 22150000 49445000 44326000 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THALIANA GLUTAMINE SYNTHASE CLONE R1, ARABIDOPSIS GLUTAMINE SYNTHASE 1;1, GLUTAMINE SYNTHASE 1;1, glutamine synthase clone R1 | chr5:14933574-14935656 REVERSE LENGTH=356 1 15 8 5 11 10 11 13 10 9 9 10 11 8 10 10 8 10 10 11 11 13 10 10 5 6 6 6 6 6 5 5 6 4 5 4 3 5 4 5 5 7 4 5 3 4 4 4 4 4 3 3 4 2 3 2 1 3 2 3 3 4 2 3 51.1 30.9 23 39.115 356 356 2.88 42 25 64 83 0 164 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 35.1 42.7 37.1 49.2 42.7 36.2 30.1 32.3 43.5 22.5 40.4 31.7 23.3 29.5 30.9 42.1 37.9 43.3 30.9 29.5 3973000000 180050000 449570000 316820000 169060000 287140000 374870000 186480000 112400000 244420000 88818000 386420000 58443000 126790000 110440000 82588000 139370000 212570000 306970000 81413000 58331000 14 170410000 6900000 9329800 10034000 8017700 12451000 18836000 11967000 4797200 11902000 6344200 12425000 2771000 8263400 6976900 5069400 8426000 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LENGTH=280;AT5G40650.2_neo1;AT5G40650.2 | Symbols: SDH2-2 | succinate dehydrogenase 2-2 | chr5:16281462-16282136 FORWARD LENGTH=224 4 8 8 3 6 5 6 4 4 5 5 6 4 6 5 6 5 3 3 4 6 4 5 6 6 5 6 4 4 5 5 6 4 6 5 6 5 3 3 4 6 4 5 6 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 3 2 1 2 33.3 33.3 13.9 28.143 252 252;280;196;224 2.63 39 38 64 47 0 39.827 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 25.4 19.4 25 16.3 19.4 24.2 20.6 25.4 19.4 25.4 20.6 25.4 23.8 14.7 14.7 19.4 29 19.8 21 25.4 3791300000 377830000 424230000 247700000 103430000 169920000 272040000 157000000 231470000 182830000 166220000 158260000 210090000 149260000 36294000 100140000 120410000 170610000 179460000 160420000 173690000 13 162350000 14525000 11798000 10512000 5109900 11048000 20363000 9794800 9015600 11777000 8415500 5774200 6607700 9019300 1724900 2711300 1968600 5058700 5510800 5419500 6198300 13977000 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 5.6 5.6 7.4 5.6 3.5 9.5 10.5 10.5 8.4 7.4 7.4 6.6 5.6 5.6 7 10.5 10.5 5.1 6.6 10.5 532310000 17385000 22067000 30000000 19914000 8047400 19128000 17144000 65556000 26417000 14438000 23310000 22073000 13868000 9094300 20701000 24540000 45172000 74095000 41147000 18217000 30 10780000 579500 735560 999990 663790 268250 637600 390040 737740 493310 481260 776990 122400 462270 303140 271400 378490 895160 707740 391650 484060 2762700 2598100 2661300 2518700 2539600 2899600 2068600 3102800 3164200 3136000 2353500 2600700 3475900 4061800 3399300 3127700 2738100 4442000 5581400 3265600 3 3 5 3 2 6 3 5 2 4 3 1 3 3 2 4 6 5 3 3 69 FDGLLSSSPPNSSVVSSLR;FVKPAFDDFVLPSKK;GLTSEELQR;IFVDTDADVR;SAVSSSSPSSSDPEAPK;SGESMENALR 4901 11537;13077;15108;18160;32864;33643 True;True;True;True;True;True 11941;13507;15592;18720;33876;34673 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THALIANA DHFS-FPGS HOMOLOG A | chr5:16595967-16598523 FORWARD LENGTH=530 2 3 3 3 0 0 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 1 1 1 1 0 1 9.3 9.3 9.3 52.86 496 496;530 2.53 4 6 4 5 0.00207 2.6338 By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By matching By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 0 0 2.8 4 4 2.4 6.9 4 0 2.8 4 4 6.5 2.8 2.4 2.8 4 2.8 0 4 79026000 0 0 5379600 7125900 7020300 7170900 7482900 11483000 0 938690 3993700 4027500 15838000 0 271250 0 3901500 0 0 4393000 26 324870 0 0 206910 274070 270010 275810 81855 441670 0 36104 153600 154900 609140 0 10433 0 150060 0 0 168960 0 0 1590300 1790000 1861500 3847000 1151800 1178200 0 1015700 931860 1210500 1914500 0 271080 0 773800 0 0 1544500 0 0 1 1 0 1 1 2 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 14 EAETLLLPGATVLLDGAHTK;GAGTDSDDGFDLGR;GSTSAFLSNILR 4906 7604;13328;16041 True;True;True 7908;13761;16560 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NUDT2, ATNUDX2 | nudix hydrolase homolog 2, ARABIDOPSIS THALIANA NUDIX HYDROLASE HOMOLOG 2 | chr5:19310391-19312084 REVERSE LENGTH=278;AT5G47650.3 | Symbols: ATNUDT2, NUDT2, ATNUDX2 | nudix 9 6 6 6 2 2 3 3 2 1 1 2 2 2 2 2 1 3 3 3 3 3 3 4 2 2 3 3 2 1 1 2 2 2 2 2 1 3 3 3 3 3 3 4 2 2 3 3 2 1 1 2 2 2 2 2 1 3 3 3 3 3 3 4 28.2 28.2 28.2 31.479 277 277;277;278;278;278;324;325;369;398 2.41 20 22 34 11 0 17.092 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 9.7 9.7 16.6 16.6 8.3 5.4 5.4 10.1 10.1 10.1 10.1 8.3 5.4 13 13 16.6 13 13 13 17.3 506480000 25592000 24210000 30447000 30729000 11202000 10059000 11922000 41208000 49750000 11868000 26886000 16397000 14279000 20360000 18627000 27805000 43285000 34446000 30733000 26669000 17 28571000 1325400 1424100 1791000 1354800 658930 591730 701320 2424000 2926500 698140 1581500 964530 839940 1197600 1095700 1211800 2546200 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| Symbols: RPP1C, RPP1.3 | 60S acidic ribosomal protein P1-3, RPP1 co-orthologous gene 3 | chr5:193 2 6 4 4 3 2 3 3 3 5 2 5 3 4 3 4 3 1 1 1 3 2 3 2 3 2 3 2 2 3 2 4 3 4 3 3 2 1 1 1 3 2 3 2 3 2 3 2 2 3 2 4 3 4 3 3 2 1 1 1 3 2 3 2 67.3 51.3 51.3 11.247 113 113;113 3.01 27 8 44 64 0 323.31 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 50.4 49.6 50.4 65.5 65.5 67.3 36.3 67.3 50.4 51.3 50.4 66.4 65.5 35.4 35.4 35.4 50.4 49.6 50.4 36.3 22097000000 1006200000 1571100000 1743500000 1251100000 1705100000 1244100000 1170400000 1434400000 1043200000 1283900000 1191600000 1429500000 657450000 522360000 451980000 394830000 1089900000 1304400000 762920000 839150000 3 169300000 6190700 63374000 25889000 3301100 9094300 8565700 283860000 3048600 1007900 494660 14435000 1104700 5297700 171910000 150660000 131610000 10888000 12556000 4052600 243500000 104040000 128040000 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pyridoxin (pyrodoxamine) 5-phosphate oxidase, HOMOLOG OF YEAST PYRIDOXINE AUXOTROPHY 3 | chr5:20329213-20332900 FORWARD LENGTH=530;AT5G49970.2_neo1;AT5G49970.2 | Symbols: ATPPOX, PPOX, PDX3 | py 4 12 12 12 6 9 6 3 4 3 8 7 7 5 7 6 3 5 4 7 7 6 6 5 6 9 6 3 4 3 8 7 7 5 7 6 3 5 4 7 7 6 6 5 6 9 6 3 4 3 8 7 7 5 7 6 3 5 4 7 7 6 6 5 28.5 28.5 28.5 52.987 473 473;530;409;466 2.53 58 29 60 52 0 80.015 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 16.9 21.4 18.8 8.5 11 6.8 22.4 20.9 19.5 13.7 19.5 16.3 8.2 13.3 10.6 17.8 18.4 16.3 16.9 13.7 2862400000 267850000 242140000 207170000 68231000 110740000 51046000 137770000 289830000 241720000 64696000 136340000 102180000 48218000 65289000 60789000 117620000 216920000 214360000 132630000 86896000 27 68129000 5404800 5503700 2343100 1655000 3334500 1890600 2617000 6414400 5556900 1581200 3398000 2423100 879580 1951300 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MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 12.6 10.7 14.2 17.1 12.4 14.2 10.7 12.8 14 7.6 13.4 13.8 15.3 14.4 14.8 13.2 15.9 13.8 13.4 15.1 713280000 41424000 32188000 16205000 62504000 27807000 16351000 30776000 62918000 54400000 12061000 53820000 38893000 16279000 13119000 52944000 35798000 51451000 45952000 28065000 20329000 25 27258000 1657000 1287500 648190 2500100 1112300 654040 1014600 2516700 2176000 482440 2152800 1296200 651150 524750 1899200 1431900 1479600 1838100 1122600 813170 3641600 2693600 2569900 3532400 4023700 3805700 3927800 3711700 4268000 2853200 3574800 4413900 3695500 3296100 5939100 4594300 2953700 3060300 3670300 3440000 4 2 3 7 4 5 4 7 3 2 8 3 5 4 5 7 4 6 5 6 94 GASVIFEEIR;GASVIFEEIRR;GINQVYIIGGDGTQR;ITETQNNVVITDR;IVDSIQDR;LLSSTNQPSFLGPK;QTYIPFYR;SFGFDTAVEEAQR;SMESTPMDASGNK;TIDNDIPVIDK;VAVVGIPK;YIDPTYMIR 5206 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THALIANA NITROGEN FIXATION S (NIFS)-LIKE 1 | chr5:26296349-26297710 FORWARD LENGTH=453;AT5 5 16 16 16 8 7 7 5 5 6 8 5 5 5 7 8 4 1 5 6 4 5 6 3 8 7 7 5 5 6 8 5 5 5 7 8 4 1 5 6 4 5 6 3 8 7 7 5 5 6 8 5 5 5 7 8 4 1 5 6 4 5 6 3 49.5 49.5 49.5 47.219 426 426;426;453;453;325 2.85 22 27 71 46 0 74.756 By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS By MS/MS 28.9 26.8 24.9 15 16 20 27.2 18.5 17.6 17.6 23.5 29.6 14.8 3.8 18.1 16.9 13.6 18.3 21.6 11.3 2379100000 270770000 359390000 182730000 88401000 68476000 57402000 103460000 218910000 117930000 36519000 145960000 191420000 49020000 16565000 37479000 68915000 74487000 147570000 82721000 60969000 25 16969000 1966900 2184800 2075500 607650 1156600 950600 531910 2122500 1309100 1325700 1516900 252080 1960800 662590 195670 178520 240430 4518000 62532 291800 9910700 7175400 6449000 5579100 6543100 6253200 7526400 10084000 8787100 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